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비영리법인 교회건물 용도변경 후 처분 시 법인세 과세 여부

사전-2020-법령해석법인-0549[법령해석과-2255] · 2020. 07. 16.

질의 및 요약

Q질의내용

비영리내국법인이 종교시설로 사용하던 건물 및 부수토지를 매각 계약 후 매수인 요청에 따라 처분일 전에 공부상 수익사업용으로 용도변경했다면, 해당 자산을 법인세법 시행령 제3조제2항의 '3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 자산'으로 볼 수 있는지요?

S요약

비영리내국법인이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 유형자산을 처분할 때, 해당 자산의 실제 사용(공부상 용도 아님)이 중요하며, 수익사업용 용도변경이 처분일 전에 있었다 해도 처분일까지 실제로 고유목적사업에 계속 직접 사용했다면 법인세 과세대상이 아닌 것으로 판단된다.

#비영리법인 #고유목적사업 #법인세 #유형자산 #건물매각 #용도변경

핵심 정리

R회신 내용 사전-2020-법령해석법인-0549[법령해석과-2255] · 2020. 07. 16.

국세청 사전-2020-법령해석법인-0549[법령해석과-2255] (2020.07.16) 회신 기준
비영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 정관상 고유목적사업(법인세법 시행령 제3조제1항의 수익사업은 제외)에 직접 사용한 유형자산 처분수입은 법인세가 과세되는 소득에서 제외됨
유형자산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 공부(공적장부)상 용도가 아니라 ‘실제 사용’을 기준으로 판단해야 함
매도 및 매수 계약상 잔금일까지 종전과 동일하게 종교시설로 사용했고, 수익사업 용도변경이 공부상 기록에 불과하며, 실사용이 고유목적사업에 해당하면 과세대상 아님
실제 고유목적사업에 사용했는지 여부는 구체적 사실판단 사항이나, 단순히 자산의 용도변경 등기나 공부상 변경만으로는 과세대상이라고 단정하기 어려움
법령상 요구하는 '처분일 현재 3년 이상 직접 사용' 요건은, 공부상 용도가 아니라 실질적 사용 기간이 핵심임

L관련 법령 해석

법인세법 제4조 제3항 제5호: 비영리내국법인의 유형자산 처분수입은 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분 등 일부는 과세대상에서 제외
법인세법 시행령 제3조 제2항: 3년 이상 계속하여 정관상 고유목적사업에 직접 사용한 자산 처분수입은 법인세 과세에서 제외
국세기본법 제14조(실질과세): 과세는 명목이 아닌 실제 사용 및 실질적 귀속에 따라 적용
법인세법 시행령 제3조 제1항: 정관상 고유목적사업과 수익사업 구분 명시

사례 Q&A

1. 비영리법인 교회부동산 매각 시 용도변경이 있어도 3년 이상 직접 사용 요건 충족하나요?

답변

처분일까지 실제로 고유목적사업(예: 종교시설 운영)에 직접 사용하였다면, 공부상 용도변경과 관계없이 3년 이상 직접 사용 요건을 충족한다고 보입니다.

근거

국세청 유권해석 및 법인세법 시행령 제3조 제2항에 따라 실제 사용여부를 중시함

2. 종교시설을 매각하는 비영리법인은 용도변경 등기 전까지 교회로 사용하면 법인세 비과세인가요?

답변

네, 실사용이 계속 종교고유목적사업이었다면 용도변경 등기와 무관하게 법인세 과세대상이 아니라고 판단됩니다.

근거

국세기본법 실질과세 원칙 적용 및 국세청 회신

3. 비영리법인 건물의 공부상 용도변경이 처분일 전이라면 고유목적사업 직접사용 판단 기준은?

답변

공부상 변경 여부가 아니라 실제로 어떻게 사용했는지가 가장 중요한 기준임을 유의해야 합니다.

근거

국세청 사전-2020-법령해석법인-0549 해석에서 공부상 용도보다 실제 사용 내역을 중시함

* 중앙부처 1차 해석은 부처에서 해석한 내용을 수집·제공하는 공공데이터로, 현재 기준과 다를 수 있습니다. 구체적 사안은 소관 부처에 확인하거나 전문가 상담을 권장합니다.

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유권해석 전문

요지

유형자산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 공부상 용도가 아닌 실제 사용용도에 따라 판단하되, 실제로 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 사실판단 할 사항임

답변내용

비영리내국법인이 처분일 현재 3년 이상 계속하여 정관에 규정된 고유목적사업(법인세법 시행령 제3조제1항에 따른 수익사업은 제외)에 직접 사용한 유형자산의 처분으로 인한 수입은 ｢법인세법｣ 제4조제3항제5호 및 같은 법 시행령 제3조제2항에 따라 법인세가 과세되는 소득에서 제외되는 것이며,
해당 유형자산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 공부상 용도가 아닌 실제 사용용도에 따라 판단하되, 실제로 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 사실판단 할 사항임

1. 사실관계

○ A재단은 7년 이상 종교시설로 계속 사용해 오던 교회건물 및 부수토지(이하 ⁠‘쟁점 건물’)를 매매하는 계약을 체결하고 계약금을 수령함

- 매수인은 매매계약서 특약사항^*에 의해 잔금지급일 전인 7월중 쟁점 건물을 수익사업용으로 공부상 용도변경을 할 예정이며 8월중 잔금수령 및 소유권이전 예정임

※ 매매계약서 특약사항

제4항: 매도인은 계약과 동시에 건물 용도변경을 위해 적극 협조한다

제8항: 잔금일까지는 종전과 같이 계속하여 종교고유목적대로 예배 등 종교시설로 사용하기로 한다

2. 질의요지

○ 비영리내국법인이 종교시설로 계속하여 사용하던 교회건물 및 부수토지에 대한 매매계약을 체결하고 매수인이 약정에 의해 처분일(잔금지급일)전에 해당 자산을 수익사업용으로 공부상 용도변경 한 경우

- 해당 자산을 ｢법인세법 시행령｣ 제3조제2항의 ⁠“처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 자산”으로 볼 수 있는지 여부

3. 관련 법령

○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】

① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득

② 제1항제1호를 적용할 때 연결법인의 각 사업연도의 소득은 제76조의14제1항의 각 연결사업연도의 소득으로 한다.

③ 제1항제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다.

5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다.

○ 법인세법 시행령 제3조 【수익사업의 범위】

② 법 제4조제3항제5호 단서에서 "대통령령으로 정하는 수입"이란 해당 유형자산 및 무형자산의 처분일(「국가균형발전 특별법」 제18조에 따라 이전하는 공공기관의 경우에는 공공기관 이전일을 말한다) 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인하여 생기는 수입을 말한다. 이 경우 해당 자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 자산으로 보며, 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 고유목적사업에 전입한 후 처분하는 경우에는 전입 시 시가로 평가한 가액을 그 자산의 취득가액으로 하여 처분으로 인하여 생기는 수입을 계산한다.

○ 국세기본법 제14조【실질과세】

① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

출처 : 국세청 2020. 07. 16. 사전-2020-법령해석법인-0549[법령해석과-2255] | 국세법령정보시스템

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