요지

분할존속법인의 4년간 연구인력개발비용 합계액은 분할신설법인의 귀속액(월할 계산 후)을 차감하여 산정하는 것임

회신

1. 내국법인이 사업연도 중에 인적분할을 통하여 일부 사업을 분할신설법인에 승계한 후 분할존속법인이 ⁠「조세특례제한법(2013.1.1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것)」제10조제1항제3호가목에 따른 방식으로 세액공제를 계산하는 경우 ⁠‘해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구․인력개발비’는 우선 분할신설법인에게 귀속될 금액을 ⁠「조세특례제한법 시행령」제9조제5항 및 제6항에 따라 계산한 후 총발생액에서 분할신설법인에게 귀속될 금액을 차감하여 계산하는 것임.
2. 내국법인이 과세연도 중 분할하여 일부 사업을 분할신설법인이 승계한 후 분할존속법인과 분할신설법인이 ⁠「조세특례제한법」 제104조의14【제3자물류비용에 대한 세액공제】를 적용하는 경우 직전과세연도 물류비용은 분할존속법인의 지출액으로 보는 것임.

○’12. 9. ***** ⁠(주)(제조, 도소매, 임대업 영위, 이하 ⁠‘분할법인')는 인적분할을 통하여 *****(주)(이하 ⁠‘분할신설법인')을 설립하고, 분할존속법인은 사명을 *******와이드(이하 ⁠‘질의법인’)로 변경

 ○분할존속법인인 청구법인은 지주회사로 개편, 임대업을 계속 영위하며 분할신설법인은 제조업, 도소매업 등을 승계

 ○(연구 및 인력개발비 세액공제 관련)질의법인은 '12사업연도 법인세 신고시 인건비 147억 원과 재료비 60억 원, 총 207억 원(’12. 1. ~ 8.발생분)에 대하여

  -당기발생분 계산방식(3%+0.36%)에 따라 연구 및 인력개발비 세액공제 *억 원을 신청하였으나, 증가발생분 계산방식으로 계산한 세액공제액이 더 크다고 판단하여 **억 원 경정청구함

 ○한편, 질의법인은 각 사업연도의 사업별 매출액을 기준으로 존속사업(임대업)의 4년간 연구 및 인력개발비 합계액을 계산한 후

  -이를 반영하여 질의법인(분할존속법인)의 4년간의 일반연구․인력개발비의 연평균 발생액을 계산함

 ○(제3자물류비세액공제 관련)’12.1.~8. 분할법인(질의법인)에서 제3자물류비용 ***억 원 발생하였으며

  -’12.9. ～ 12. 분할신설법인에서 제3자물류비용 ***억 원 발생하였고

 -직전 과세연도(’11년)에 지출한 전체 제3자물류비용은 ****억 원임

 ○조특법 제104조의14 제1항은 당해 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용을 초과하는 경우, 그 초과한 금액의 3%만큼을 세액공제하도록 규정하고 있는데

  -질의법인(분할법인)은 ⁠‘직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용’을 계산함에 있어 ⁠‘분할 시 직전 4년간 연구․인력개발비용 합계액 산출방법’을 준용함

2. 질의내용

 ○(질의 1) 임대업과 제조업 등을 영위하는 법인이 대부분의 연구․인력개발비가 발생하는 사업(제조업 등)을 분할신설법인에 승계한 경우

  -분할존속법인의 연구․인력개발비세액공제 계산 시 ⁠‘4년간의 연구․인력개발비의 연평균발생액’ 계산방법

 ○(질의 2)조특법§104의14(제3자물류비용에 대한 세액공제) 적용시 분할존속법인의 ⁠「직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용」계산 방법

3. 관련법령 및 관련사례

○ 조세특례제한법시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】 ⁠(2013.2.15 대통령령 제24368호로 개정된 것)

⑤ 법 제10조제2항에 따른 4년간의 일반연구・인력개발비의 연평균 발생액은 다음 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다.

   해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액/해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구・인력개발비가 발생한 과세연도의 수(그 수가 4 이상인 경우 4로 한다) × 해당 과세연도의 개월 수/12

⑥제5항의 계산식 중 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구・인력개발비의 합계액을 계산할 때 합병법인, 분할신설법인, 분할합병의 상대방법인, 사업양수법인 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자를 받은 법인(이하 이 항에서 "합병법인등"이라 한다)의 경우에는 합병, 분할, 분할합병, 사업양도 또는 기획재정부령으로 정하는 현물출자(이하 이 항에서 "합병등"이라 한다)를 하기 전에 피합병법인, 분할법인, 사업양도인 또는 현물출자자(이하 이 항에서 "피합병법인등"이라 한다)로부터 발생한 일반연구・인력개발비는 합병법인등에서 발생한 것으로 본다. 다만, 피합병법인등이 운영하던 사업의 일부를 승계한 경우에는 피합병법인등에서 합병등을 하기 전에 발생한 일반연구・인력개발비에 각 사업연도의 승계사업의 매출액이 총매출액에서 차지하는 비율과 각 사업연도말 승계사업의 자산가액이 총자산가액에서 차지하는 비율 중 큰 것을 곱한 금액을 피합병법인등에서 발생한 일반연구・인력개발비로 본다.

○ 조세특례제한법 제104조의14【제3자물류비용에 대한 세액공제】

①제조업을 경영하는 내국인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 각 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 5)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다.

 1. 각 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 각 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 30 이상일 것

 2. 해당 과세연도에 지출한 물류비용 중 제3자물류비용이 차지하는 비율이 직전 과세연도보다 낮아지지 아니할 것

② 직전 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 직전 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 30 미만이거나 없는 경우로서 해당 과세연도에 지출한 제3자물류비용이 해당 과세연도에 지출한 물류비용의 100분의 30을 초과하는 경우에는 제1항에도 불구하고 그 초과금액의 100분의 3(중소기업의 경우에는 100분의 5)에 상당하는 금액을 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 다만, 공제받는 금액이 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세의 100분의 10을 초과하는 경우에는 100분의 10을 한도로 한다.

○조세특례제한법시행령 제104조 의14【제3자물류비용에 대한 세액공제신청 등】

  법 제104조의14제1항 및 제2항에 따라 소득세 또는 법인세를 공제받으려는 자는 과세표준신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다

출처 : 국세청 2017. 10. 10. 기준-2016-법령해석법인-0239[법령해석과-2785] | 국세법령정보시스템