요지

조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 양도소득세 과세를 이연받은 후, 모회사가 자회사의 주식을 대통령령으로 정하는 기간 내에 처분하는 경우, 이연받은 양도소득세를 납부해야하는 것임

회신

1.완전자회사의 주주가 조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 양도소득세 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 ｢법인세법｣ 제52조 제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 ⁠“대통령령으로 정하는 기간”에 완전모회사가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우 과세를 이연받은 양도소득세를 납부하여야하는 것으로,
“대통령령으로 정하는 기간”이란 조세특례제한법 시행령 제35조의2 제11항에 따라 주식의 포괄적 교환·이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말하는 것입니다.
2.또한, 조세특례제한법 제38조 제1항에 따라 완전모회사가 취득하는 주식의 취득가액은 법인세법 제52조 제2항에 따른 시가가 되는 것입니다.

【관련 참고자료】

1. 사실관계

 ○2019년 11월에 법인A와 법인B가 포괄적 주식교환을 하여 법인A는 모회사, 법인B는 자회사가 되었으며,

  -자회사의 주주는 자회사의 주식을 이전하고, 모회사의 주식을 이전받아 자회사의 주주는 모회사의 주주로 수용되었음

 ○신청인은 자회사의 주주로서, ｢조세특례제한법｣ 제38조에 따른 양도소득세 과세이연을 적용 받았으나,

  -22년 중 모회사는 ⁠‘포괄적 주식교환으로 취득한 자회사의 주식‘을 전량 처분하고자 함

2. 질의내용

 ○(질의1)2022년 모회사가 자회사의 주식을 전량 매각 시, 기존 자회사의 주주가 양도소득세 과세이연을 계속 적용받을 수 있는지

 ○(질의2)모회사가 ⁠‘포괄적 주식교환으로 취득한 자회사의 주식‘을 전량 처분 시 취득가액이 법인세법 상 시가인지

3. 관련법령

□조세특례제한법 제38조【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례】

① 내국법인이 다음 각 호의 요건을 모두 갖추어 「상법」 제360조의2에 따른 주식의 포괄적 교환 또는 같은 법 제360조의15에 따른 주식의 포괄적 이전(이하 이 조에서 "주식의 포괄적 교환등"이라 한다)에 따라 주식의 포괄적 교환등의 상대방 법인의 완전자회사로 되는 경우 그 주식의 포괄적 교환등으로 발생한 완전자회사 주주의 주식양도차익에 상당하는 금액에 대한 양도소득세, 금융투자소득세 또는 법인세에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 완전자회사의 주주가 완전모회사 또는 그 완전모회사의 완전모회사의 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있다.

1. 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 하던 내국법인 간의 주식의 포괄적 교환등일 것. 다만, 주식의 포괄적 이전으로 신설되는 완전모회사는 제외한다.

2. 완전자회사의 주주가 완전모회사로부터 교환ㆍ이전대가를 받은 경우 그 교환ㆍ이전대가의 총합계액 중 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상이거나 그 완전모회사의 완전모회사 주식의 가액이 100분의 80 이상으로서 그 주식이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 완전모회사 및 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 보유할 것

3. 완전자회사가 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 종료일까지 사업을 계속할 것

② 완전자회사의 주주가 제1항에 따라 과세를 이연받은 경우 완전모회사는 완전자회사 주식을 「법인세법」 제52조제2항에 따른 시가로 취득하고, 이후 3년 이내의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간에 다음 각 호의 어느 하나의 사유가 발생하는 경우 완전모회사는 해당 사유의 발생 사실을 발생일부터 1개월 이내에 완전자회사의 주주에게 알려야 하며, 완전자회사의 주주는 제1항에 따라 과세를 이연받은 양도소득세, 금융투자소득세 또는 법인세를 대통령령으로 정하는 바에 따라 납부하여야 한다.

1. 완전자회사가 사업을 폐지하는 경우

2. 완전모회사 또는 대통령령으로 정하는 완전자회사의 주주가 주식의 포괄적 교환등으로 취득한 주식을 처분하는 경우

③ 제1항제2호 및 제3호와 제2항제1호 및 제2호를 적용할 때 법령에 따라 불가피하게 주식을 처분하는 경우 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 주식을 보유하거나 사업을 계속하는 것으로 본다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 주식양도차익의 계산, 완전자회사의 사업의 계속 및 폐지에 관한 기준, 익금산입액의 계산 및 그 산입방법, 완전자회사 주식의 장부가액의 산정방식, 주식의 포괄적 교환등에 관한 명세서 제출 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

□조세특례제한법 시행령 제35조의2【주식의 포괄적 교환·이전에 대한 과세특례】

⑪ 법 제38조제2항 각 호 외의 부분에서 "대통령령으로 정하는 기간"이란 주식의 포괄적 교환ㆍ이전일이 속하는 사업연도의 다음 사업연도 개시일부터 2년을 말한다.

□법인세법 제52조【부당행위계산의 부인】

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

4. 관련예규

출처 : 국세청 2022. 03. 07. 서면-2021-자본거래-7837[자본거래관리과-124] | 국세법령정보시스템