요지

사업자가 철도 민자역사 점용기간 만료 후 국운법 및 본건 점용허가조건에 따른 원상회복의무 면제로 해당 민자역사를 국가에 무상귀속시키는 경우 해당 민자역사의 기부채납이 경제적 또는 실질적 대가관계 없는 무상이전에 해당하는 경우 부가가치세가 면제되는 것임

회신

귀 서면질의의 경우, 사업자가 구 철도민자역사(이하 ⁠“구역사”)에 대한 점용허가기간이 만료되어 점용허가기간 연장을 신청하였으나, 구 ⁠「국유철도의 운영에 관한 특례법」제30조 및 본건 점용(변경)허가조건 제17조제2항에 따른 원상회복의무 면제로 해당 영업시설이 국가에 무상귀속됨에 따라 구역사를 감정평가하여 세금계산서를 발급하고 구역사를 임대하는 국가는 매입세액을 공제받지 아니한 경우로서 구역사의 기부채납이 경제적 또는 실질적 대가관계없는 무상이전에 해당하는 경우, 구역사의 기부채납은 ⁠「부가가치세법」제26조제1항제20호에 따라 부가가치세가 면제되는 것입니다.

1. 사실관계

 ○ ㈜◈◈유통 및 ◇◇에너지(주)는 철도청(현, 한국철도시설공단*)과 1987.7.7. 서울민자역사를 개발하는 내용의 협약(이하 ⁠“쟁점협약”)을 체결하고

  - 1987.9.14. 민자역사 건설 및 운영을 목적으로 공동출자하여 서울청량리역사 주식회사(1995.8.28. ☆☆역사로 회사명을 변경하였으며, 이하 ⁠“질의법인”)를 설립하였음

   * 2005.1.1. 철도청이 공기업인 한국철도공사로 전환되면서 점용허가를 담당하던 철도청 건설부문은 국토교통부 산하의 한국철도시설공단에 인수됨

 ○ 질의법인은 1988.9.30. 철도청장으로부터 서울 중구 봉래동2가 000-00 철도용지 26,893.5㎡ 등 총 3필지 31,197.24㎡(이하 ⁠“본건 토지”)에 관하여 1987.7.31.부터 2017.12.31.까지 점용허가를 받았음

 ○ 질의법인은 쟁점협약에 따라 쟁점부지 지상에 건물(이하 ⁠“구역사”)을 신축하고, 1989.12.29. 영업시설은 질의법인의 소유로, 역무시설은 기부채납하여 국가의 소유로 각각 등기를 완료하였음

 ○ 이후 질의법인은 1999.12.17. 철도청과 서울통합역사 확충(KTX 운영관련 역무시설 확충) 관련 협약을 체결, 구역사와 별개동의 건물(이하 ⁠“신역사”)을 신축하고 신역사 내 역무시설과 기존 구역사 내 역무시설을 교환하기로 합의하였음

 ○ 상기 협약에 의거, 질의법인은 2007.11.26. 구역사 내 역무시설을 신역사 내 역무시설과 교환하였으며 본 교환으로 인하여 구역사 건물 전체가 질의법인 소유의 영업시설로 변경되었으며,

  - 이러한 변경사항에 대하여 2008.1.25. 한국철도시설공단으로부터 점용(변경)허가를 받았음

 ○ 질의법인은 구역사 점용허가 만료일(2017.12.31.)을 앞두고 2017.9.21. 한국철도시설공단에 점용허가 연장을 신청하였으나

  - 한국철도시설공단은 점용허가 만료 후 구역사를 국가에 귀속시킨다는 결정문*(민자역사관리단TF-278, 2017.11.10.)을 질의법인에 통보함으로써 점용허가 연장을 불허하였음

   * 점용허가 기간 만료 후 구역사는 국가로 귀속하며, 이와 별개로 ⁠「국유재산법」상 사용허가절차를 통해 2년 이내의 정리기간을 부여하되, 질의법인으로 하여금 해당 정리기간 동안 구역사 내 입점 소상공인에 대한 보호조치(임대차계약 정리 및 종사자 고용처리방안의 수립 등)를 이행하도록 함(2017.10.24. 철도산업위원회의결 및 2017.11.8. 정부방침)

 ○ 질의법인은 구역사 건물의 국가 귀속(이하 ⁠“쟁점거래”)과 관련하여 2018.1.5. 한국철도시설공단으로부터 구역사 건물의 감정평가액이 197억원임을 통보받았고

  - 이에 2017.12.31.을 발행일로 하여 공급가액 197억원(부가가치세 19억원)의 전자세금계산서를 발급하고 2017년 제2기 부가가치세 과세표준에 포함하여 신고납부하였음

   1) 기부채납 시 구역사의 대한 장부가액은 ⁠“0”임

   2) 질의법인은 해당 매출부가세를 납부하고 세금과공과금 처리

   3) 국토부는 해당 세금계산서상의 매입세액을 불공제처리함(무상취득)

   4) 국토부는 구역사를 부동산임대사업(과세사업)에 사용 중임

 ○ 질의법인은 2년 이내의 정리기간 동안 ⁠「국유재산법」에 따라 구역사 사용료를 부담함

2. 질의내용

 ○ 사업자가 철도용지 점용허가기간 만료에 따라 구 철도민자역사 건물을 국가에 무상귀속시키는 경우 부가가치세 과·면세 여부

3. 관련법령

○ 부가가치세법 제9조【재화의 공급】

 ① 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도(引渡)하거나 양도(讓渡)하는 것으로 한다.

○ 부가가치세법 시행령 제18조【재화 공급의 범위】

 ① 법 제9조제1항에 따른 재화의 공급은 다음 각 호의 것으로 한다.

  3. 재화의 인도 대가로서 다른 재화를 인도받거나 용역을 제공받는 교환계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것

○ 부가가치세법 제11조【용역의 공급】

 ① 용역의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따른 것으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로 한다.

  1. 역무를 제공하는 것

  2. 시설물, 권리 등 재화를 사용하게 하는 것

○ 부가가치세법 제12조【용역 공급의 특례】

 ② 사업자가 대가를 받지 아니하고 타인에게 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 보지 아니한다. 다만, 사업자가 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)에게 사업용 부동산의 임대용역 등 대통령령으로 정하는 용역을 공급하는 것은 용역의 공급으로 본다.

○ 부가가치세법 제26조【재화 또는 용역의 공급에 대한 면세】

 ① 다음 각 호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

  20. 국가, 지방자치단체, 지방자치단체조합 또는 대통령령으로 정하는 공익단체에 무상(無償)으로 공급하는 재화 또는 용역

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률(1995.12.6. 법률 제5027호로 공포되어 1996.1.1. 시행된 국유철도의 운영에 관한 특례법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

 제6조【점용허가】

 ① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 영구시설물(이하 ⁠“시설물”이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

 제9조【점용료】

 ① 점용권자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

 제12조【원장회복의무】

 ① 점용권자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원장회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원장회복의무를 면제할 수 있다.

 ③ 제1항 단서의 규정에 의하여 원장회복의무가 면제된 때에는 당해 시설물은 국가에 귀속된다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 국유철도재산의 활용에 관한 법률 시행령(2004.11.3. 대통령령 제18580호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 「한국철도공사법 시행령」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것) 제7조【점용허가기간】

 ① 철도재산의 점용허가기간은 다음 각 호의 기간이상으로 한다.

  1. 철골조·철근콘크리트조·석조 또는 이와 유사한 견고한 건물의 축조를 목적으로 하는 경우에는 30년

○ 국유철도의 운영에 관한 특례법(2003.12.31. 법률 제7052호로 공포되어 2005.1.1. 시행된 ⁠「한국철도공사법」부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

 제24조【점용허가】

 ① 철도청장은 철도재산에 건물 기타의 시설물(이하 "시설물"이라 한다)을 설치하고자 하는 자에게 국유재산법 제24조제3항의 규정에 불구하고 대통령령이 정하는 바에 의하여 시설물의 종류 및 기간등을 정하여 점용허가를 할 수 있다.

 제27조【점용료】

 ① 점용허가를 받은 자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 철도청장에게 점용료를 납부하여야 한다.

 제30조【원상회복의무】

 ① 점용허가를 받은 자는 점용허가기간이 만료되거나 점용을 폐지한 때에는 점용허가된 철도재산을 원장으로 회복하여야 한다. 다만, 철도청장은 원장으로 회복할 수 없거나 원상회복이 부적당하다고 인정되는 경우에는 원상회복의무를 면제할 수 있다.

 ③ 철도청장은 제1항 단서의 규정에 의하여 원상회복의무가 면제되는 시설물을 국가의 소유로 할 수 있다. 이 경우 그 시설물은 철도청장이 관리한다.

○ 부칙(법률 제5027호, 1995.12.6.)

 제2조(다른 법률의 폐지) 한국철도공사법 및 국유철도재산의활용에관한법률은 이를 각각 페지한다.

 제5조(출자등에 관한 경과조치) 이 법 시행당시 종전의 국유철도재산의 활용에 관한 법률 제3조 및 동법 제6조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 재산은 이 법 제21조 및 동법 제24조의 규정에 의하여 철도청장이 출자하거나 점용허가한 것으로 본다.

○ 국유재산법(법률 제14841호, 2017.8.9. 시행)

 제30조【사용허가】

 ① 중앙관서의 장은 다음 각 호의 범위에서만 행정재산의 사용허가를 할 수 있다.

  1. 공용·공공용·기업용 재산 : 그 용도나 목적에 장애가 되지 아니하는 범위

  2. 보존용재산 : 보존목적의 수행에 필요한 범위

 제32조【사용료】

 ① 행정재산을 사용허가한 때에는 대통령령으로 정하는 요율과 산출방법에 따라 매년 사용료를 징수한다. 다만, 연간 사용료가 대통령령으로 정하는 금액 이하인 경우에는 사용허가기간의 사용료를 일시에 통합 징수할 수 있다.

 제35조【사용허가기간】

 ① 행정재산의 사용허가기간은 5년 이내로 한다.

출처 : 국세청 2018. 11. 06. 서면-2018-법령해석부가-2282[법령해석과-2939] | 국세법령정보시스템