요지

법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 ⁠‘고발 또는 통고처분’을 하였더라도 소득처분에 따른 소득금액변동통지 관련 조세포탈에 대해서까지 ⁠‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없음
납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 ⁠‘사기 기타 부정행위’로 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 ①매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 ②결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 필요하나 이 사건의 경우, 원고에게 허위거래의 상대방이 허위 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 매입세액 공제를 받는 것이 결과적으로 국가 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 없어 5년의 부과제척기간 적용하는 것이 상당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2018. 6. 26. 원고에게 한 부가가치세 부과처분 중 ① 2008년 1기분 중 20,008,366원 부분, ② 2008년 2기분 중 17,409,580원 부분, ③ 2009년 1기분 중 952,380원 부분을 모두 취소한다.

3. 소송총비용 중 50%는 원고가 부담하고, 50%는 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 원고에게 한, 별지1 목록 제1항 기재 2018. 3. 27.자, 2018. 6. 26.자 각 법인세, 부가가치세 부과처분 및 같은 목록 제2항 기재 2018. 3. 31.자, 2018. 6. 26.자 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

주문 제2항과 같다.

나. 피고

제1심판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

원고는 제1심에서, 피고가 원고에게 한 별지1 목록 제1항 기재 각 법인세, 부가가치세 부과처분 및 제2항 기재 각 소득금액변동통지 모두의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 제1심은 그 중 피고가 원고에게 한 별지1 목록 제2항 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소하고, 나머지 청구를 기각하는 판결을 하였다. 이에 대하여 원고는, 제1심판결의 원고 패소 부분 중 ① 법인세 부과처분 전부, ②매출액 누락으로 인한 부가가치세 부분(별지1 목록 제1항의 2008년 1기분 중 36,631,771원 부분)에 대한 항소를 취하하고, 제1심판결의 원고 패소 부분 중 원재료비 가공계상으로 인한 부가가치세 부분(별지1 목록 제1항의 ㉮ 2008년 1기분 중 20,008,366원 부분, ㉯ 2008년 2기분 중 17,409,580원 부분, ㉰ 2009년 1기분 중 952,380원 부분)에 대하여만 항소하였다. 한편, 피고는 피고 패소 부분 전부에 대하여 항소하였다. 따라서 이 법원의 심판대상은, ① 2018. 6. 26.자 부가가치세 부과처분 중 원재료비 가공계상으로 인한 부가가치세 부분(별지1 목록 제1항의 ㉮ 2008년 1기분 중 20,008,366원 부분, ㉯ 2008년 2기분 중 17,409,580원 부분, ㉰ 2009년 1기분 중 952,380원 부분) 및 ② 별지1 목록 제2항의 2018. 3. 31.자, 2018. 6. 26.자 각 소득금액변동통지 부분으로 한정된다.

2. 처분의 경위

가. 원고는 2003. 10.경 설립되어 hhh부품제조업 등을 영위하는 회사이다.

나. aa세무서장과 bbb은 아래와 같은 내용으로 원고에 대하여 세무조사를 하였다.

다. ccc은 2018. 2. 22.부터 2018. 12. 26.까지 원고에 대한 법인통합조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 결과, 원재료비 가공계상, 고철매출액 누락 등의 사실을 확인하여 그 과세자료를 피고에게 통지하였다. 이에 피고는 원고에 대하여, 2018. 3. 27.과 2018. 6. 26. 별지1 목록 제1항 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과 처분(이하 부가가치세 부과처분에 대하여 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 하였고, 2018. 3. 31.과 2018. 6. 26. 별지1 목록 제2항 기재 각 소득금액변동통지(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 부가가치세 부과처분과 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 하며, 이 사건 소득금액변동통지 중 일부를 특정할 때는 귀속연도로 특정한다)를 하였다.

라. 원고는 이 사건 각 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 5. 14.과 2019. 7. 24. 원고의 청구를 기각하였다.

마. 한편 원고의 대표이사였던 ddd는 2018. 8. 13. 특정경제범죄가중처벌등에관한 법률위반(횡령) 등으로 유죄판결을 선고받았는데(서울00지방법원 2010고합000호), 그 범죄사실은 ⁠“eee, fff와 공모하여 허위로 회계처리하는 등의 방법으로 2006. 8. 경부터 2015. 3.경까지 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 원고로부터 횡령하였다”는 것이었다. 위 판결은 항소심(서울고등법원 2000노000호), 상고심(대법원 2010도0000호)을 거쳐 2019. 7. 4. 확정되었다(이하 ⁠‘ddd 관련 형사사건’이라 한다).

바. eee의 배우자였던 fff는 2020. 1. 10. 특정경제범죄가중처벌등에관한법률 위반(횡령) 등으로 유죄판결을 선고받았는데(서울00지방법원 2010고합000호), 그 범죄사실은 ⁠“ddd 등과 공모하여 허위로 회계처리하는 등의 방법으로 2009. 5.경부터 2015. 3.경까지 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 원고로부터 횡령하였다”는 것이었다. 위 판결은 항소심(서울고등법원 2000노000호), 상고심(대법원 2000도0000호)을 거쳐 2020. 9. 3. 확정되었다(이하 ⁠‘fff 관련 형사사건’이라 한다).

 [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 11호증(가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 부가가치세 부과처분 중 가공계상 부분 이 사건 부가가치세 부과처분은, ⁠(1) 원고가 원재료비 등에 관하여 거래상대방으로부터 교부받은 허위 세금계산서에 의하여 매입세액으로 신고한 것을 매입세액에서 불공제한 부분(별지1 목록 제1항 중 각 ①부분 기재의, ㉮ 2008년 1기분 중 20,008,366원 부분, ㉯ 2008년 2기분 중 17,409,580원 부분, ㉰ 2009년 1기분 중 952,380원 부분, 이하 ⁠‘이 사건 가공계상 처분’이라 한다) 및 ⁠(2) 원고가 고철을 매출하면서 세금계산서 발행 없이 매출하여 매출세액을 신고하지 않은 것을 매출세액에 포함한 부분(별지1 목록 제1항 중 ②부분 기재의, 2008년 1기분 중 36,631,771원 부분)으로 구분된다.

이 사건 가공계상 처분의 경우, 위와 같이 원고가 허위 세금계산서를 수취하고 그에 의하여 매입세액을 공제받은 행위는, 원고가 가공거래의 대가로 지급한 대금의 일부를 되돌려 받아 이를 횡령하는 과정에서 기계적으로 이루어진 행위일 뿐이고, 원고로서는 매입세액 공제를 받은 부가가치세 상당액을 거래상대방이 부가가치세로 납부할 수 있도록 거래상대방에게 그 부가가치세 상당액을 지급하였으므로, 그와 같은 매입세액 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 원고에게 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 위와 같은 행위는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호에 따른 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당하지 아니하여, 이 사건 가공계상 처분에 대한 부과제척기간은 ⁠‘10년’이 아닌 ⁠‘5년’으로 봄이 타당함에도, 피고가 원고에 대하여 5년의 부과제척기간을 도과한 이후 이 사건 가공계상 처분을 하였으므로, 위 처분은 위법하다.

2) 이 사건 소득금액변동통지 부분

가) 이 사건 소득금액변동통지 중 2007년도 소득금액변동통지를 제외한 나머지 부분의 경우, ccc장은 2018. 6. 26. 원고에게 세무조사 부분결과를 통지하였고, 원고는 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사 청구를 할 수 있는데, 피고는 곧바로 소득금액변동통지를 단행함으로써 원고의 과세전적부심사 청구의 기회를 박탈하여 납세자의 절차적 권리를 침해하였으므로, 이는 위법하다.

나) 2007년도, 2008년도 소득금액변동통지의 경우, 사외유출된 소득의 귀속자가 eee임이 객관적 증거에 의하여 확인됨에도 불구하고, 피고는 그 귀속이 불분명하다고 보아, 당시 대표자인 ddd에 대한 인정상여로 처분하였으므로, 이는 위법하다.

나. 관계 법령

별지2 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 이 사건 가공계상 처분의 적법 여부

1) 관련 법리

납세자가 허위의 계약서를 작성한 다음 그에 따라 교부받은 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호가 정한 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당하여 10년의 부과제척기간이 적용되기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

위 인정사실과 인용증거들, 갑 제4, 5, 12, 13, 14호증, 을 제8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 가공계상 처분의 경우, 원고에게 이 사건 허위거래의 상대방이 허위 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 매입세액 공제를 받는 것이 결과적으로 국가 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 없었다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 행위는 구 국세기본법 제26조의 제1항 제1호의 ⁠‘사기나 그 밖의 부정한 행위’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 가공계상 처분에 대하여 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호에 따른 10년의 부과제척기간이 아닌 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호에 따른 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다고 봄이 타당하다. 결국 이 사건 가공계상 처분에 대한 2008년 1기 부가가치세에 관한 원고의 납세의무는 2013. 7. 25. 부과제척기간 만료로 소멸하였고, 2008년 2기 부가가치세에 관한 원고의 납세의무는 2014. 1. 25. 부과제척기간 만료로 소멸하였고, 2009년 1기 부가가치세에 관한 원고의 납세의무는 2014. 7. 25. 부과제척기간 만료로 소멸하였다고 할 것이므로, 위 부과제척기간 만료일 이후인 2018. 6. 26. 이루어진 이 사건 가공계상 처분은 위법하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 이 사건 부가가치세 부과처분은, ㉮ 원고가 원재료비 등에 관하여 거래상대방으로부터 교부받은 허위 세금계산서에 의하여 매입세액으로 신고한 것을 매입세액에서 불공제한 부분(별지1 목록 제1항 각 ①부분, 이 사건 가공계상 처분)과 ㉯ 원고가 고철을 매출하면서 세금계산서 발행 없이 매출하여 매출세액을 신고하지 않은 것을 매출세액에 포함한 부분(별지1 목록 제1항 ②부분)으로 구분된다.

② ddd는 실제 거래 없이 허위 거래서류를 작성하고 가공 세금계산서를 수수하거나 실제 거래금액을 부풀려 거래서류를 조작하여 사실과 다른 세금계산서를 수수하는 방법으로 주식회사 hhh, 주식회사 jjj 등의 거래상대방에게 거래대금을 과다하게 지급한 후, 거래상대방의 허위 매출액에 대응하는 부가가치세 등을 차감한 금액을 다시 되돌려 받는 방법으로 원고의 자금을 횡령하였고, 이러한 행위로 ddd 관련 형사사건에서 유죄판결을 선고받았다.

③ ddd는 2003. 10.경부터 2018년경까지 원고의 대표이사로 재직하면서 회사 경영 전반과 회사 자금 집행을 총괄한 점에 비추어 보면, 원고와 거래상대방들은 위와 같이 통모에 따른 거래를 통하여 세금계산서 등이 사실과 다르게 기재되어 있다는 사실을 잘 알고 있었음에도 가공의 세금계산서를 발행, 수취하고 관련 세무 신고를 한 것으로 보인다.

④ 그러나 나아가, 원고에게 이 사건 허위거래의 상대방이 허위 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고ㆍ납부하거나 허위 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고ㆍ납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로, 허위 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써, 원고가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 볼 자료가 부족하다. 오히려 원고는 이 사건 허위거래 상대방에게 허위 매출액에 대응하는 부가가치세를 지급함으로써 일단 거래상대방이 부가가치세 납부의무를 이행할 것을 전제하고 이 사건 허위거래를 한 것으로 보인다.

⑤ 과세관청이 원고의 거래상대방에 대한 부가가치세 조사를 실시하여 원고와의 거래에 대해서 조사하였는지 여부는 기록상 찾아볼 수 없다.

⑥ 부가가치세의 납세의무는 전단계 세액공제방식을 취하고 있어 부가가치세의 담세자는 최종소비자이므로, 중간사업자들 단계에서 어느 사업자의 과소납부 부가가치 세가 그 다음 단계 사업자의 과다납부 부가가치세로 서로 상쇄된다면 전체적으로 부가가치세의 포탈이 있었다고 보기 어렵다.

라. 소득금액변동통지의 과세전적부심사 절차적 위법 여부

1) 관련 법리

○ 구 국세기본법 제81조의15는 제1항 본문 및 제1호에서 ⁠“제81조의12에 따른 세무조사 결과에 대한 서면통지(이하 ⁠‘세무조사결과통지’라 한다)를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ⁠‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다”라고 규정하면서, 제2항 제2호에서 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에는 제1항을 적용하지 않는다고 정하고 있다. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 구 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사결과통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 할 것이다(대법원 2016.12. 27. 선고 2016두49228 판결 참조).

○ 과세관청의 익금산입 등에 따른 법인세 부과처분과 그 익금 등의 소득처분에 따른 소득금액변동통지는 각각 별개의 처분이므로, 과세관청이 법인에 대하여 세무조사결과통지를 하면서 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐이지, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ⁠‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다. 따라서 이러한 경우 과세전적부심사를 거치기 전이라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 다른 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 과세관청은 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 해당 법인에게 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 이와 같은 특별한 사정이 없음에도 세무조사결과통지가 있은 후 과세전적부심사 청구 또는 그에 대한 결정이 있기 전에 이루어진 소득금액변동통지는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하다(대법원2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

관계 법령의 규정 내용, 앞서 인정한 사실, 갑 제9 내지 11호증, 을 제5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 소득금액변동통지 중 2007년 소득금액변동통지를 제외한 나머지 소득금액변동통지 부분은 원고에게 과세전적부심사를 청구할 기회를 부여하지 아니한 위법이 있고, 이는 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효라고 봄이 타당하므로, 위 나머지 소득금액변동통지는 무효를 선언하는 의미에서 취소되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 앞에서 본 바와 같이, 원고에 대하여 세무조사를 실시한 ccc은 2018. 6. 26. 원고에게 ⁠‘확정 전 보전압류에 관한 납세의무 확정 통지’(이하 ⁠‘이 사건 통지’라 한다)를 하였다(갑 제10호증). 위 통지는 아래와 같은 이유로 소득금액변동통지 ⁠(2008년도 내지 2016년도)를 하기 전에 이에 관한 세무조사 결과통지라고 봄이 타당하다.

㉮ 이 사건 통지서에는, ccc장이 세무조사를 개시한 2018. 2. 22.부터 그 통지 당시까지 조사한 사항에 관하여, ⁠‘조사대상 및 조사한 내용(제1면)’, ⁠‘과세표준 및 세액의 산출내역(제3면)’ 등이 기재되어 있는데, 이는 구 국세기본법 제81조의12 제1항 각호에서 정한 세무조사결과통지의 기재사항에 해당한다.

㉯ 반면에, ccc은 2018. 12. 26. 원고에게 ⁠‘세무조사 결과 통지’를 하였는데, 위 통지서에는 2013년 ~ 2016년 귀속 세무조사에 대한 결과에 대하여, ⁠“2018. 6. 28. 부분결과 통지한 내용과 동일하게 종결합니다”라고 기재되어 있어 이 사건 통지를 그대로 인용하고 있을 뿐, 이 사건 통지와 같은 구체적인 ⁠‘세무조사 내용’, ⁠‘결정 또는 경정할 과세표준, 세액 및 산출근거’ 등은 전혀 명시되어 있지 않다(‘2018. 6. 28.’은 원고의 이 사건 통지의 수령일을 뜻하는 것으로 보인다. 갑 제11호증).

㉰ 이 사건 통지서에는 ⁠‘권리구제 절차’로 납세자인 원고가 그 통지 내용에 이의가 있는 경우 ⁠“이 통지서를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사 청구를 할 수 있다”고 명시되어 있다(제2면).

② 따라서 원고로서는 이 사건 통지에 대해 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제1호에 따른 과세전적부심사 청구를 할 수 있고, 과세관청인 피고로서는 과세전적부심사를 거치지 않더라도 소득금액변동통지를 할 수 있는 예외사유가 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 소득금액변동통지를 하기 전에 납세자인 원고에게 과세전적부심사의 기회를 부여하여야 한다. 그런데 피고는 이 사건 통지가 있은 날로부터 30일이 경과하기 전인 2018. 6. 26. 곧바로 이 사건 소득금액변동통지를 하였다.

③ 피고는, 원고의 법인세 포탈에 관하여 조세범처벌법위반으로 고발하였으므로 위 나머지 소득금액변동통지 부분에 관하여도 제81조의15 제2항 제2호에서 정한 ⁠‘조세범 처벌법 위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’의 사유가 있는 것으로 볼 수 있다는 취지로 주장한다.

그러나 과세관청이 법인에 대하여 익금누락 등으로 인한 법인세 포탈에 관하여 조세범처벌법위반으로 고발 또는 통고처분을 하였더라도, 이는 포탈한 법인세에 대하여 구 국세기본법 제81조의15 제2항 제2호의 ⁠‘조세범처벌법위반으로 고발 또는 통고처분하는 경우’에 해당할 뿐, 소득처분에 따른 소득금액변동통지와 관련된 조세포탈에 대해서까지 과세전적부심사의 예외사유인 ⁠‘고발 또는 통고처분’을 한 것으로 볼 수는 없다.

따라서 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

④ 피고는, 대법원 2021. 4. 29. 선고 2020두52689 판결 등에 따르면, 소득금액변동통지는 구 국세기본법상 과세예고통지의 대상인 납세고지가 아니므로, 소득금액변동통지의 경우 과세전적부심사를 거치지 않더라도 납세자의 절차적 권리를 침해하는것이 아니라고 주장한다.

그러나 위 대법원 판결은, 과세예고통지를 누락한 소득금액변동통지의 무효 여부가 쟁점이 된 사안에서, 소득금액변동통지는 ⁠‘납세고지’ 자체가 아니므로 필수적인 과세예고통지의 대상이 아니라는 점을 확인하였을 뿐이다. 앞서 본 바와 같이, 이 사건은 ⁠‘과세예고통지’가 아닌 ⁠‘세무조사결과통지’에 따른 과세전적부심사를 받을 절차적 권리가 침해되었는지 여부가 문제될 뿐이므로, 위 대법원 판결이 그대로 적용될 수 없다. 따라서 피고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

마. 소득금액변동통지 귀속자 부분

1) 관련 법리

법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 ⁠“법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다.”는 취지로 규정하고 있는데, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 등 참조). 나아가 장부에 기재되지 않고 사외유출된 법인의 수입금은 그 귀속이 분명하지 않은 한 과세관청이 법인세법 제67조, 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서의 규정에 의하여 대표자에 대한 상여로 소득처분할 수밖에 없고, 이 경우 그 귀속이 분명하다는 점에 관한 증명책임은 이를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2017. 10. 26. 선고 2017두51310 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 인정한 사실, 갑 제4 내지 6, 12 내지 14호증, 을 제7 내지 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 2007년도, 2008년도 소득금액변동통지상의 소득금액은 eee에게 귀속된 것으로 봄이 타당하여 ⁠‘그 귀속이 불분명한 경우에 해당한다’고 보기 어려움에도, 피고는 원고의 대표자인 ddd에게 소득금액이 귀속된 것으로 보아 2007년도, 2008년도 소득금액변동통지를 하였으므로 이는 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① ddd 관련 형사사건에서, ddd가 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 횡령하여 eee과 fff에게 전달한 시기가 2006. 8.경부터 2015. 3.경까지로 인정되었다. fff 관련 형사사건에서, fff가 위 금액을 전달받은 시기가 2009. 5.경부터 2015. 3.경까지로 인정되었다. 따라서 ddd는 2006. 8.경부터 2009. 5.경 이전까지는 fff에게 횡령금을 전달하지 않은 것으로 보인다.

② fff 관련 형사사건의 항소심은 ⁠“ddd는 eee이 쓰러져 병원에 입원하기 전까지는 원고를 통해 부외자금을 조성하여 eee에게 전달하였는데, fff는 이러한 사실을 몰랐던 것으로 보인다. 다만 ggg이 2009. 4.경 fff에게 찾아가 ⁠‘매월 1 ~ 2억 원의 비자금을 조성하여 eee에게 주었다’는 이야기를 하였고, fff는 2009. 5.경 이후로 원고로부터 비자금을 받아 온 것으로 보인다”라고 판단하였다.

③ ddd 관련 형사사건의 범죄일람표를 보면, 횡령금이 2006. 8.경부터 2008.12.경까지 매월 단위로 교부되고 2009. 5.경부터 다시 매월 단위로 교부된 것을 알 수 있는데, 2009. 1.경부터 2009. 4.경까지는 횡령금을 교부받던 eee이 쓰러져 병원에 입원하는 등의 사정이 발생하여 횡령금 교부가 잠시 중단되었다가, 이를 알게 된 fff의 요구로 2009. 5.경부터는 횡령금이 fff에게 교부된 것으로 보인다. 만약 2006. 8.경부터 eee과 fff가 횡령금을 지급받아 왔다면, eee이 쓰러진 후에는 횡령금이 중단 없이 fff에게 교부되었을 것이나, 위와 같이 약 4개월간의 공백이 있었던 점에 비추어 볼 때, 2006. 8.경부터 2009. 5.경 이전까지는 eee에게만 횡령금이 지급되었던 것으로 보인다.

④ 원고의 직원이었던 ggg은 수사기관에서, ⁠“2009. 1.경부터는 eee의 건강이 악화되어 eee에게 조성된 비자금을 건네지 못하고 있다가, 2009. 5.경부터 ddd가 다시 ⁠‘비자금을 조성하여 fff에게 건네주라’고 하여 fff에게 건네준 것이다”라고 진술하였다. 또한 ⁠“eee에게 돈을 줄 때에는 영수증을 작성하지 않았으나, eee 외에 fff 등에게 돈을 줄 때에는 영수증을 받은 적이 있다”는 취지로 진술하기도 하였다.

⑤ 비록 ddd 관련 형사사건에서, ⁠“ddd가 고철 판매대금, 용역비, 원재료 매입대금 명목의 금액을 횡령한 후 eee과 fff에게 전달하였다”는 사실인정만 되어 있을 뿐 그 횡령금별 귀속자가 구분되어 있지 않았다. 그러나 앞서 본 여러 사정들을 종합하여 보면, 2009. 5.경 전․후로 횡령금의 귀속자가 eee과 fff로 구분됨을 알 수 있으므로, 앞서 본 사실관계만으로 이러한 판단을 뒤집기 어렵다.

바. 소결론

따라서 이 사건 부가가치세 부과처분 중 이 사건 가공계상 처분은 부과제척기간이 도과된 이후에 이루어진 것으로 위법하여 취소되어야 하고, 이 사건 소득금액변동통지는 과세전적부심사를 청구할 기회를 부여하지 아니하여 납세자의 절차적 권리를 침해하거나, 횡령금의 귀속자가 ⁠‘ddd’가 아닌 ⁠‘eee’이어서 소득금액의 귀속이 불분명한 경우에 해당하지 아니함에도 원고의 대표자인 ddd에게 인정상여 처분이 이루어진 것으로 위법하여 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하여야 하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리 하여 부당하므로, 원고의 일부 항소를 받아들여 제1심판결의 원고 패소부분 중 이 사건 가공계상 처분 부분을 취소하고, 그 부분 처분의 취소를 명하며, 피고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구고등법원 2022. 02. 11. 선고 대구고등법원 2021누3579 판결 | 국세법령정보시스템