요지

원고는 2007년 개정 전 상증세법 제49조 제1항과 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 규정된 성실공익법인에 해당하므로, 2009 및 2010 사업연도에도 여전히 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단의 주식보유기준 적용제외 대상인 성실공익법인에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하므로, 그 나머지 주장에 대하여 나아가 살펴볼 필요 없이 취소되어야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 원고에 대하여 2019. 12. 6. 한 2009. 12. 귀속 증여세(가산세) 429,871,510원의 부과처분과 2020. 12. 5. 한 2010. 12. 귀속 증여세(가산세) 245,597,250원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 1979. 6. 25. 설립된 재단법인으로, 공익법인의 설립 및 운영에 관한 법률에 따른 공익법인이다.

나. 원고는 1996. 12. 31.을 기준으로, 설립자 CCC으로부터 출연받은 DDD주식회사(변경 전 상호 DD 주식회사) 발행주식 17만 주(지분율 9.99%, 이하 ⁠‘기존 보유주식’이라 한다)를 보유하고 있었고, 2006년 이후에는 DDD 주식회사의 자기주식을 제외한 주식배당을 통해 주식을 무상취득하여 보유주식과 지분율이 변동한 것 외에 달리 취득한 주식은 없었다.

 다. 그런데 피고는 원고가 구 상속세 및 증여세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정된 것, 이하 ⁠‘구 상증세법’이라 하고, 그 개정 전의 법을 ⁠‘2007년 개정 전 상증세법’이라 한다) 제49조 제1항 단서 전단의 위임에 따라 구 상속세 및 증여세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정된 것, 이하 ⁠‘2008년 개정 시행령’이라 하고, 그 개정 전의 시행령을 ⁠‘2008년 개정 전 시행령’이라 한다) 제42조 제1항, 제13조 제5항에 성실공익법인의 요건으로 추가된 ⁠‘구 상증세법 제50조 제3항에 따른 외부감사를 이행할 것’이라는 요건을 충족하지 못하였으므로, 2009 및 2010 사업연도 성실공익법인에 해당하지 않는다고 판단하였다.

 라. 이에 피고는 원고에게, ① 2019. 12. 6. 구 상증세법 제49조 제1항, 제78조 제4항에 따라 주식보유기준위반 가산세 263,303,485원, 구 상증세법 제48조 제9항, 제78조 제7항에 따라 특수관계에 있는 내국법인 주식에 대한 초과보유가산세 166,568,028원 합계 429,871,510원(합계 429,871,513원에서 원 단위를 버린 금액)을 2009. 12. 귀속 증여세(가산세)로 부과․고지하였고, ② 2020. 12. 5. 구 상증세법 제48조 제9항, 제78조 제7항에 따라 특수관계에 있는 내국법인의 주식에 대한 초과보유가산세 245,597,250원을 2010. 12. 귀속 증여세(가산세)로 부과․고지하였다(이하 ①, ②를 통칭하여 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

 마. 원고는 2020. 2. 7. 및 2021. 2. 4. 이 사건 각 처분에 대하여 감사원법 제43조에 따른 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 5. 14. 위 심사청구를 모두 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 6호증, 을 제1호증의 각 기재(각 가지번호 있는 것은 가지번호를 포함한다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장

  1) 구 상속세 및 증여세법 시행령 부칙(2008. 2. 22.)(이하 ⁠‘이 사건 부칙’이라 한다) 제3조 제1항은 ⁠‘2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조의 개정규정은 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.‘는 경과규정을 두었으므로, 2008년 개정 시행령 시행 이후 새로 주식을 출연받거나 취득하지 않은 이상 그 공익법인이 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상인 성실공익법인인지 여부는 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 따라 판단되어야 한다. 원고는 주식배당을 받은 외에 2008년 개정 시행령 시행 후 새로 주식을 출연받거나 취득한 바 없고, 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여 왔으므로 여전히 성실공익법인에 해당한다. 따라서 그와 다른 전제에서 원고에게 구 상증세법 제78조 제4항 및 제7항에 따라 가산세를 부과한 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

  2) 설령 원고에게 2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항에 규정된 ’성실공익법인‘의 요건이 적용되어야 한다고 하더라도, 구 상증세법 제50조 제3항 제1호 및 그 위임에 따른 2008년 개정 시행령 제43조 제3항은 대차대조표상 총 자산가액의 합계액이 100억 원 미만인 경우 외부감사를 받을 의무가 없는 것으로 규정하였는데, 원고는 2009. 12. 31. 및 2010. 12. 31. 기준으로 총 자산가액이 약 20억 원에 불과하여 외부감사를 받을 의무가 없다. 그럼에도 원고가 외부감사를 받지 아니하였다는 이유만으로 성실공익법인에 해당하지 아니한다고 본 것은 위법하다.

  3) 조세심판원은 2012년경 ’2007. 12. 31. 이전에 주식 등의 출연이 완료되고 새로운 주식 출연 또는 취득사실이 없는 경우에는 2007년 개정 전 상증세법에 따른 성실공익법인 요건이 적용되어야 한다고 판단한 바 있다. 또한 피고는 2015년 내지 2018년경 원고의 주식 보유에 관한 조사를 하였는데, 당시 원고가 구 상증세법 시행 이후 주식배당을 받은 부분에 관하여만 10%를 초과하였다는 이유로 증여세를 부과하였다가 이후 주식배당이 신규취득에 해당하지 않는다는 이유로 기납부한 증여세를 다시 환급하기도 하였는바, 이는 기존 보유주식과 관련하여 구 상증세법 및 2008년 개정 시행령이 적용되지 않는다는 공적인 견해표명을 한 것이다. 일반 납세자인 원고로서는 이 사건 부칙 규정의 문언 내용이나 위와 같은 과세당국의 태도 등을 볼 때 기존 보유주식에 강화된 성실공익법인 요건이 적용되리라는 점을 도저히 인식하거나 예측할 수 없었는바, 관련 의무를 이행하지 아니한 데 정당한 사유가 있다고 볼 수도 있다. 따라서 그에 반한 이 사건 처분은 신뢰보호원칙과 소급과세금지의 원칙에 위배될 뿐 아니라 납세자의 예측가능성을 벗어나는 것으로서 가산세의 본질에도 부합하지 않는다.

 나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

 다. 1)주장에 관한 판단

  1) 법령의 개정 경위

   가) 2007년 개정 전 상증세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항은, 공익법인이 내국법인의 의결권 있는 주식을 출연받은 경우로서 그 주식과 보유주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 5/100를 초과하는 경우에는 그 초과 부분 가액을 상속세 내지 증여세 과세가액에 산입하는 것으로 규정하였다. 당시 구 상증세법 제49조 제1항은, 공익법인이 1996. 12. 31. 기준으로 내국법인 발행주식총수의 5/100를 초과하여 보유하고 있는 경우 일정 기간까지 그 5/100를 초과하여 보유하지 않도록 하여야 한다고 규정하면서, 그 단서 전단에서 위 주식보유기준을 적용받지 아니하는 공익법인을 ’직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인‘이라고 규정하였고, 그 위임에 따른 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항은 ’대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인‘을 ’공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인(이를 ⁠‘성실공익법인’이라 칭하였다)’으로 규정하였다.

   나) 그런데 2007년 개정된 구 상증세법은 2007년 개정 전 상증세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항이 위와 같이 규정하였던 것에 추가하여, 제16조 제2항 본문과 제48조 제1항 단서로 ⁠‘대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인으로서 외부감사, 전용계좌의 개설․사용, 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인(이를 ’성실공익법인’이라 칭하였다)의 경우에는 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 10/100까지 상속세 내지 증여세 과세대상에서 제외하는 것으로 규정함으로써 종래 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 있던 ⁠‘성실공익법인’ 개념을 법률로 가져와 그 요건을 강화하였고, 부칙(2007. 12. 31.)(이하 ⁠‘구 상증세법 부칙’이라 한다) 제3조에서 ⁠‘구 상증세법 제16조 제2항 각 호 외의 부분 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분 단서는 위 법 시행(2008. 1. 1.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.’고 규정하였다. 이어서 구 상증세법 제16조 제2항 본문의 위임에 따른 2008년 개정 시행령 제13조 제3항은 위 법 조항의 ⁠‘대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인’의 요건에 관하여 ⁠‘공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것(제1호)’과 ⁠‘출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인 이사 현원의 1/5을 초과하지 아니할 것(제2호)’을 모두 갖추어야 한다고 규정하고, 같은 조 제5항은 위 법 조항의 ⁠‘성실공익법인’의 요건에 관하여 주식의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 ⁠‘외부감사를 이행하였을 것(제1호)’, ⁠‘전용계좌를 개설하여 사용하고 있을 것(제2호)’, ⁠‘결산서류 등의 공시를 이행하였을 것(제3호)’ 및 ⁠‘위 제3항에 해당할 것(제4호)’을 모두 갖추어야 한다고 규정하였다.

   다) 한편 구 상증세법 제49조 제1항은 2007년 개정 전후로 동일한데, 2008년 개정 시행령 제42조 제1항은 법 제49조 제1항 단서 전단의 ’대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인‘이 ’성실공익법인‘이라고 규정하고, 같은 시행령 제13조 제3항, 제5항에 의하여 강화된 성실공익법인의 요건을 적용하도록 하였다. 그리고 이 사건 부칙 제3조 제1항은 ⁠‘2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항 및 제7항 제2호, ⁠(...) 제40조 및 제42조의 개정규정은 위 영 시행 후 최초로 공익법인등에 주식등을 출연하거나 공익법인등이 주식등을 취득하는 분부터 적용한다.‘고 규정하였다.

  2) 판단 – 기존 보유주식에 2008년 개정 시행령 제42조 제1항이 적용되는지 여부

     가) 앞서 본 관계 법령의 개정 경위와 규정 내용, 체계, 취지 등을 살펴보면, 공익법인이 2008년 개정 시행령의 시행 후 새로 출연받거나 취득한 것이 아닌 기존 보유주식에 대하여는 2008년 개정 시행령 제42조 제1항이 적용되지 않는다고 판단된다.

      즉 공익법인이 2008. 2. 22. 이후 추가로 주식을 출연받거나 취득하지 아니한 이상 기존 보유주식에 관하여는 여전히 2008년 개정되기 전 시행령 제42조에 따라 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단 해당 여부를 판단하여야 한다고 보이고, 그 구체적인 이유는 다음과 같다.

      ① 구 상증세법 제16조 제2항과 제48조 제1항은 공익법인이 내국법인의 주식을 출연받거나 취득하는 시점을 기준으로 상속세 내지 증여세 과세대상이 되는 범위를 규정하면서, 성실공익법인의 경우 의결권 있는 발행주식총수의 10/100까지 비과세 혜택을 주고 있다(다만, 사후에 성실공익법인 요건에 해당하지 않게 되면 구 상증세법 제48조 제11항에 따라 그 혜택을 박탈한다). 한편 구 상증세법 제49조 제1항 본문은 공익법인이 내국법인의 주식을 취득한 후 이를 계속 보유할 수 있는 범위를 발행주식총수의 5/100 이내로 제한하여 규정하면서, 그 단서에서 일정한 요건을 갖춘 공익법인의 경우에는 그러한 주식보유기준 제한을 적용받지 아니하고 계속 보유할 수 있는 예외를 규정하고 있다.

② 위 단서에 규정된 주식보유기준 제한의 예외가 되는 공익법인에 관하여, 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항은 이를 성실공익법인이라 칭하면서 그 구체적인요건을 함께 규정하였는데, 2008년 개정 시행령 제42조 제1항은 ’성실공익법인‘이라고만 규정하고 그 구체적인 요건은 2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항의 강화된 요건에 따르도록 하였다. 그리고 이 사건 부칙 제3조 제1항은 ⁠‘2008년 개정 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조의 개정규정은 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다‘고 규정하여, 위 제13조 제3항, 제5항, 제42조에 규정된 강화된 성실공익법인 요건이 ’2008. 2. 22. 이후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분‘부터임을 명확히 한 것으로 보인다. 즉 위 부칙의 문언 그대로 보더라도, 위 규정의 취지는 2008년 개정 시행령 제42조 등이 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용의 예외인 성실공익법인의 요건을 강화한 데 따른 경과규정으로서, 공익법인이 위 개정 시행령 시행 이후에 새로이 취득한 것이 아니라 이전부터 보유해 온 기존 주식에 대하여는 강화된 주식보유기준이 아닌 종전의 기준에 따르도록 하고, 이로써 기존 법률관계에 대한 간섭을 최소화하여 법적 안정을 기하기 위한 것이라고 보일 따름이다.

      나) 한편 이에 대하여 피고는, 조세법령이 개정된 경우에는 납세의무가 성립한 당시 시행되는 법령을 적용하는 것이 원칙이고 이 사건 부칙은 주식의 출연 또는 취득과 관련한 상속세 및 증여세와 관련하여 그 원칙을 선언한 것에 불과하므로, 주식의 보유에 대하여도 동일하게 보유 당시 시행되는 개정법령을 적용하는 것이 당연하다고 주장한다. 또한 구 상증세법 제49조 제1항이 구 상증세법 부칙 제3조의 경과규정에 포함되어 있지 않은 점이 이에 부합하고, 이 사건 부칙을 그와 달리 해석한다면 시행령 부칙이 모법인 구 상증세법 부칙에 반하는 결과가 될 뿐 아니라 성실공익법인 지위를 사후적으로 구비하지 못한 경우 이를 제재할 방법이 없게 되어 사후관리규정을 둔 입법취지가 심각하게 훼손된다고 주장한다.

      그러나 구 상증세법 제49조 제1항은 2007년 개정 전후로 그 문언상 바뀐 내용이 없었기 때문에 경과규정을 둘 이유가 없었던 것으로 보일 뿐이고, 그 위임을 받아 공익법인의 범위를 구체적으로 규정한 시행령 제42조가 개정되면서 이 사건 부칙 제3조 제1항으로 경과규정을 두고 있는 이상, 이 사건 부칙을 그 문언대로 해석하는 것이 모법에 반하는 것이라고는 보기 어렵다. 즉 피고의 주장과 같이 보게 되면 이 사건 부칙을 굳이 둘 이유가 없을뿐더러, 실제로 공익법인이 종래 보유해 오던 주식에 대하여도 2008년 개정 시행령 제42조 등을 적용하여 그 초과보유를 더 엄격히 제한코자 하였다면, 이 사건 부칙 제3조 제1항에 ’제42조‘를 포함하지 않거나, 적어도 그 부칙 적용범위는 다시 제한하였어야 하고, 구 상증세법 제40조 제1항 각 호처럼 종래 보유하던 주식을 어느 시점까지 처분하도록 유예기간도 두었어야 할 것으로 보일 따름이다. 따라서 이와 다른 취지의 피고 주장은 받아들이지 않는다.

 라. 소결

      그렇다면, 이 사건 부칙 제3조 제1항에 따라 공익법인의 기존 보유주식에 대하여는 여전히 2008년 개정 전 시행령 제42조를 적용하여 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단 해당 여부를 판단하여야 하는데, 원고는 1996. 12. 31.을 기준으로 DDD 주식회사 발행주식 17만 주(지분율 9.99%)를 보유한 이래 주식배당을 통하여 무상으로 주식을 취득하여 지분율이 변동된 것 외에는 현재까지 주식을 추가로 취득하거나 출연받은 적이 없고, 2009 및 2010 사업연도에도 그 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용하여 2007년 개정 전 상증세법 제49조 제1항과 2008년 개정 전 시행령 제42조 제1항에 규정된 성실공익법인에 해당하므로, 2009 및 2010 사업연도에도 여전히 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단의 주식보유기준 적용제외 대상인 성실공익법인에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분은 위법하므로, 그 나머지 주장에 대하여 나아가 살펴볼 필요 없이 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 06. 24. 선고 서울행정법원 2021구합68926 판결 | 국세법령정보시스템