요지

상증법 시행령 부칙 규정은 ⁠‘제42조 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인등이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.’고 규정하고 있으므로, 이 사건 주식에 대하여는 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조, 제13조 제3항, 제5항에서 규정하는 강화된 성실공익법인 요건을 적용할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 10. 8. 원고에 대하여 한 증여세 ***,***,***원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1972. 11. 8. 설립되어 MM시 서구 PP길 &&에서 MM△△중학교 및 △△고등학교를 운영하고 있는 학교법인이다.

나. 원고는 1989. 8. 14. KKK, HHH로부터 △△기업 주식회사(이하 ⁠‘△△기업’이라 한다)의 주식 합계 70,120주(68.08%)를, 1993. 12. 21. KKK으로부터 주식회사 TT(변경 전 상호: 주식회사 AA)의 주식 49,278주(19.80%)를 각 출연 받았다(이하 위 각 주식을 함께 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다).

다. 한편, 상속세 및 증여세법(이하 ⁠‘상증세법’이라 한다)이 1996. 12. 30. 법률 제5193호로 전부 개정되어 제49조 제1항, 제78조 제4항에서 공익법인 등이 2000. 1. 1.이후 동일 내국법인의 발행주식총수의 5/100를 초과하여 보유하는 경우 가산세를 부과하는 규정이 신설되었으나, 원고는 구 상증세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2007년 개정 전 상증세법’이라 한다) 제49조 제1항 단서 전단 및 그 위임에 따른 구 상증세법 시행령(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2008년 개정 전 상증세법 시행령‘이라 한다) 제42조 제1항이 정한 바에 따라 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인인 ’성실공익법인’에 해당하여 이 사건 주식에 대하여 초과보유 가산세가 부과되지 않고 있었다.

라. 그런데 상증세법 시행령이 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 다음과 같이 일부 개정됨에 따라 주식 초과보유 가산세의 부과 대상에서 제외되는 ⁠‘성실공익법인’의 정의에 구 상증세법(2007. 12. 31. 법률 제8828호로 개정되어 2010. 1. 1. 법률 제9916호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘2007년 개정 상증세법’이라 한다) 제50조 제3항에 따른 외부감사의 이행 등 요건이 추가되었다(이하 2008. 2. 22. 대통령령 제20621호로 개정되어 2010. 2. 18. 대통령령 제22042호로 개정되기 전의 상증세법 시행령을 ⁠‘2008년 개정 상증세법 시행령’이라 한다).

마. 원고는 2009. 12. 31. 기준으로 이 사건 주식을 소유하고 있었다.

바. 피고는 2019. 10. 8. ⁠“원고가 2009년 회계연도에 외부감사를 받지 않아 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항, 제13조 제5항이 정한 성실공익법인에 해당하지아니 한다”는 이유로 원고에게 이 사건 주식과 관련하여 지분율 5% 초과액을 과세표준으로 한 2009. 12. 귀속 증여세(초과보유 가산세) ***,***,***원을 부과·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 2020. 1. 6. 이 사건 처분에 불복하여 감사원에 심사청구를 하였으나, 감사원은 2021. 5. 13. 심사청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 갑 제3호증, 갑 제7호증 내지 갑 제10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 2008년 개정 상증세법 시행령 부칙 제3조는 제42조의 개정규정을 개정 시행령 시행 후 최초로 주식을 출연하거나 취득하는 분부터 적용하도록 정하고 있는데, 이 사건 주식은 2008년 개정 상증세법 시행령이 시행된 2008. 2. 22. 이후 최초로 출연하거나 취득한 주식이 아니므로, 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항은 이 사건 주식에 대하여 적용되지 않는다. 따라서 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항을 적용한 이 사건 처분은 위법하다.

2) 2007년 개정 전 상증세법 제49조 제1항, 2008년 개정 전 상증세법 시행령 제42조 제1항은 1996. 12. 31.을 기준으로 공익법인의 주식보유기준과 함께 초과보유의 예외를 정한 것인데, 2008년 개정 상증세법 시행령은 초과보유의 예외를 인정하는 성실공익법인의 요건을 강화함으로써 원고에게 불리하게 개정한 것이므로, 이를 원고에게 적용하는 것은 소급과세금지의 원칙, 신뢰보호의 원칙, 신의칙에 반한다.

3) 설령 원고에게 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항이 적용된다고 하더라도, 원고는 학교법인으로서 2007년 개정 상증세법 제50조 제3항 단서, 2008년 개정 상증세법 시행령 제43조 제4항, 제12조 제2호에 따라 외부감사를 받지 않아도 되는 법인에 해당한다. 따라서 원고가 2009년 회계연도에 외부감사를 받지 않았다는 이유로성실공익법인에 해당하지 아니한다는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 관계 법령의 내용 및 개정 연혁

가) 2007년 개정 전 상증세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항은 공익법인이 내국법인의 의결권 있는 주식을 출연 받은 경우로서 그 주식과 보유주식 등을 합한 것이 당해 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 5/100를 초과하는 경우에는 그 초과 부분의 가액을 상속세 내지 증여세 과세가액에 산입하는 것으로 규정하였다.

나) 한편 2007년 개정 전 상증세법 제49조 제1항은 공익법인이 1996. 12.31. 기준 내국법인의 발행주식총수의 5/100를 초과하여 보유하고 있는 경우 일정 기간까지 당해 발행주식총수의 5/100를 초과하여 보유하지 않도록 하여야 한다고 규정하면서, 단서 전단에서 위 주식보유기준을 적용받지 아니하는 공익법인을 ⁠‘직접 공익목적사업에의 사용실적 기타 당해 공익법인의 공익기여도 등을 감안하여 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인’이라고 규정하였다. 그리고 2007년 개정 전 상증세법 제49조 제1항 단서 전단의 위임에 따른 2008년 개정 전 상증세법 시행령 제42조 제1항은 ⁠‘대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인’에 대하여 ⁠‘공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인(성실공익법인)’이라고 규정하였다.

다) 그런데 2007년 개정 상증세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항은 2007년 개정 전 상증세법 제16조 제1항, 제2항 및 제48조 제1항이 위와 같이 규정한 것에 추가하여, 제16조 제2항 본문과 제48조 제1항 단서에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인으로서 외부감사, 전용계좌의 개설·사용, 결산서류 등의 공시를 이행하는 공익법인(성실공익법인)’의 경우에는 내국법인의 의결권 있는 발행주식총수의 10/100까지 상속세 내지 증여세 과세대상에서 제외하는 것으로 규정함으로써 종래 2008년 개정 전 상증세법 시행령 제42조 제1항에 있던 ’성실공익법인‘의 개념을 법률로 가져와 그 요건을 강화하여 규정하면서 그에 대한 과세를 완화하였다. 그리고 상증세법 부칙(2007. 12. 31. 법률 제8828호) 제3조는 ’2007년 개정 상증세법 제16조 제2항 각 호 외의 부분의 본문과 제48조 제1항 각 호 외의 부분의 단서는 위 법 시행(2008.1. 1.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다‘고 규정하였다.

라) 2007년 개정 상증세법 제16조 제2항 본문의 위임에 따른 2008년 개정 상증세법 시행령 제13조 제3항은 위 법 조항의 ’대통령령으로 정하는 기준에 해당하는 공익법인‘의 요건에 관하여 ’공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용할 것(제1호)‘과 ’출연자 또는 그와 특수관계에 있는 자가 공익법인의 이사 현원의 5분의 1을 초과하지 아니할 것(제2호)‘을 모두 갖추어야 한다고 규정하였고, 같은 조 제5항은 위 법 조항의 ’성실공익법인‘의 요건에 관하여 주식의 출연일 또는 취득일 현재를 기준으로 ’외부감사를 이행하였을 것(제1호)‘, ’전용계좌를 개설하여 사용하고 있을 것(제2호)‘, ’결산서류 등의 공시를 이행하였을 것(제3호)‘ 및 ’위 제3항에 해당할 것(제4호)‘를 모두 갖추어야 한다고 규정하였다. 한편, 2007년 개정 상증세법 제49조제1항은 2007년 개정 전 상증세법 제49조 제1항과 동일하나(이하에서는 함께 ’구 상증세법 제49조 제1항‘이라 한다), 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항은 위 법 제49조 제1항 단서의 ’대통령령이 정하는 기준에 해당하는 공익법인‘은 ’성실공익법인‘이라고 규정하여, 위 시행령 제13조 제3항, 제5항에 따라 강화된 성실공익법인의 요건을 따르도록 하였다.

마) 그리고 상증세법 시행령 부칙(2008. 2. 22. 대통령령 제20621호) 제3조 제1항(이하 ’이 사건 부칙 조항‘이라 한다)은 ’2008년 개정 상증세법 시행령 제13조 제 3항, 제5항, 제42조는 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.‘고 규정하고 있다.

2) 이 사건 주식에 대하여 2008년 개정 상증세법 시행령 조항이 적용되는지

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다. 또한 세법의 개정이 있을 경우에는 개정 전후의 법 중에서 납세의무가 성립될 당시의 세법을 적용하여야 하나, 세법이 납세의무자에게 불리하게 개정되면서 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과조치를 두어 납세의무자에게 유리한 구법을 적용하도록 정하고 있는 경우에는 구법이 적용되어야 한다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333판결 등 참조).

나) 앞서 본 관계 법령의 규정내용과 체계, 그 취지 등을 위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건 부칙 조항에 따라 이 사건 주식에 대하여는 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조, 제13조 제3항, 제5항에서 규정하는 강화된 성실공익법인 요건을 적용할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 2007년 개정 상증세법 제16조 제2항, 제48조 제1항은 공익법인이 내국법인의 주식을 출연 받거나 취득하는 시점에 상속세 내지 증여세 과세대상이 되는 범위를 규정하면서, 성실공익법인의 경우 의결권 있는 발행주식총수의 10/100까지 비과세 혜택을 주고 있다. 한편 구 상증세법 제49조 제1항 본문은 공익법인이 내국법인의 주식을 취득한 후 이를 계속 보유할 수 있는 기준을 발행주식총수의 5/100 이내로 제한하여 규정하면서, 그 단서에서 일정한 요건을 갖춘 공익법인의 경우 그러한 주식보유기준 제한을 적용받지 아니하고 계속 보유할 수 있는 것으로 규정하고 있다.

(2) 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상 공익법인에 관하여, 2008년 개정 전 상증세법 시행령 제42조 제1항은 이를 성실공익법인이라 칭하면서 그 구체적인 요건을 직접 규정하였는데, 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항은 ’성실공익법인‘이라고만 규정함으로써 그 구체적인 요건은 2008년 개정 상증세법 시행령 제13조 제3항, 제5항에 규정된 강화된 성실공익법인 요건에 따르도록 하였다. 그리고 이 사건 부칙 조항은 ’2008년 개정 상증세법 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조의 개정규정은 위 시행령 시행(2008. 2. 22.) 후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용한다.‘고 규정하여, 2008년 개정 상증세법 시행령 제13조 제3항, 제5항, 제42조에 규정된 강화된 성실공익법인 요건의 적용 대상을 ’2008. 2. 22. 이후 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분‘이라고 분명히 규정하였다. 이러한 부칙 규정은 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 등이 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단에 규정된 주식보유기준 적용제외대상인 성실공익법인의 요건을 강화함으로써 더욱 엄격한 주식보유기준을 도입한 것에 대한 경과규정으로서, 그 취지는 공익법인이 위 개정 시행령 시행 전부터 보유하고 있던 주식에 대하여는 위와 같이 개정된 더 엄격한 주식보유기준을 적용하지 않고 종전의 기준에 따르도록 함으로써 기존 법률관계에 대한 간섭을 최소화하여 법적 안정을 기하도록 함에 있다고 보인다.

(3) 앞서 본 상증세법 부칙(2007. 12. 31. 법률 제8828호) 제3조 및 이 사건 부칙 조항은 강화된 성실공익법인 요건을 위 법 및 시행령 시행 이후에 최초로 공익법인에 주식을 출연하거나 공익법인이 주식을 취득하는 분부터 적용하도록 통일적으로 규정하고 있다. 특히 이 사건 부칙 조항은 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조를 포함하여 규정하였는데, 만일 피고의 주장처럼 공익법인이 종래 보유하던 주식에 대하여도 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항, 제13조 제3항, 제5항에 따라 강화된 성실공익법인 요건을 적용함으로써 더 엄격한 주식보유기준을 도입하려는 것이었다면 이 사건 부칙 조항에 위 시행령 제42조를 포함하여 규정할 특별한 이유가 없었다고 보인다. 위 시행령 제42조는 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단의 위임에 따라주식보유기준 적용제외대상 공익법인의 요건을 직접 규정하기 위한 조항이고, 이 사건 부칙 조항은 위 시행령 제42조의 적용 범위를 2008년 개정 상증세법 시행령의 시행이후에 최초로 출연하거나 취득한 주식부터 적용한다고 명시하면서 다른 제한규정을 두고 있지 않으므로 그 명문 규정대로 해석할 수밖에 없다.

(4) 피고의 주장처럼 종래 공익법인이 보유하던 주식에 대하여도 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 등의 강화된 기준을 적용하고자 하였다면 이 사건 부칙 조항에 ’제42조‘를 포함하지 않거나 적어도 부칙 조항의 적용범위를 다시 제한하였어야 하고, 나아가 종래 보유하던 주식을 장래 어느 시점까지 처분하거나 강화된 성실공익법인의 기준을 갖출 수 있도록 하는 유예기간을 두었어야 한다. 만일 그러한 유예기간을 두지 않은 채 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조를 시행일인 2008. 2. 22.부터 곧바로 적용한다면, 그 시행 직후부터 순차로 사업연도 종료일이 도래하는 공익법인들은 기존 보유주식을 처분하거나 강화된 성실공익법인의 기준을 갖출 수 있는 기회조차 갖지 못한 채 곧바로 초과보유 가산세를 부과 받게 되는 결과가 되는바, 이는 상당히 불합리한 제재를 가하는 입법을 한 셈이 된다. 이는 상증세법 시행령이 2013. 2. 15.대통령령 제24358호로 개정되어 제13조 제5항에서 ’성실공익법인 확인제도‘를 도입할 당시 그 부칙 제3조에서 ’제13조 제5항 등의 개정규정은 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시하는 과세기간 또는 사업연도 분부터 적용하되, 이 영 시행 당시 종전의 규정에 따른 성실공익법인 등에 해당하는 경우 이 영 시행일이 속하는 연도에 최초로 개시한 과세기간 또는 사업연도가 종료될 때까지 성실공익법인 등으로 보아 이 영을 적용한다.‘고 규정하여 벌도의 유예규정을 마련해둔 것을 보더라도 확인된다.

(5) 이 사건 부칙 조항의 명백한 문언에도 불구하고 성실공익법인 요건

의 강화라는 목적을 위하여 이 사건 부칙 조항을 ’이 영 시행 후 최초로 성실공익법인에 해당하지 않게 된 경우‘ 또는 ’이 영 시행 후 최초로 증여세 납세의무가 성립하게 된 경우‘와 같이 해석하는 것은 이 사건 부칙 조항 중 적용대상 범위에 대한 ’이 영 시행 후 최초로 주식을 출연하거나 취득하는 분부터‘라는 문언을 사실상 삭제함으로써 영 시행 전후를 불문하고 출연하거나 취득한 주식 전부를 개정 시행령의 적용대상으로포함시키는 것으로서, 그 문언의 의미를 완전히 바꾸는 결과가 된다. 이 사건 부칙 조항을 접한 일반 수범자의 입장에서 그 문언과는 완전히 반대로 ’이 영 시행 전에 주식을 출연하거나 취득한 경우에도 개정규정이 적용되고, 이에 따라 강화된 성실공익법인의 요건을 갖추지 않으면 그 전에 출연 받은 주식과 관련하여서도 초과보유 가산세가부과 된다‘는 것을 예측할 수 있다고 보기 어렵다. 따라서 위와 같은 해석은 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성과 예측가능성을 해치게 된다.

3) 소결론 이 사건 주식에 대하여는 2008년 개정 상증세법 시행령 제42조 제1항, 제13조 제3항, 제5항이 정한 강화된 성실공익법인 요건이 적용되지 아니하고, 원고가 2009년 사업연도에 2008년 개정 전 상증세법 시행령 제42조 제1항에 따른 ’당해 공익법인의 운용소득의 90/100 이상을 직접 공익목적사업에 사용한 공익법인‘에 해당함은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 결국 원고는 2009년 사업연도에 구 상증세법 제49조 제1항 단서 전단의 주식보유기준 적용 제외 대상인 성실공익법인에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고가 성실공익법인에 해당하지 아니함을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2022. 10. 20. 선고 대전지방법원 2021구합104589 판결 | 국세법령정보시스템