요지

원고가 이 사건 각 토지를 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 토지를 취득하는 과정에서 발생한 이 사건 차입원리금의 상환을 고유목적사업준비금에서 상계할 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2021. 2. 1. 원고에 대하여 한 2018 사업연도(2018. 3. 1.~2019. 2. 28.) 귀속 법인세 2,624,658,093원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 대한민국의 교육이념에 입각하여 중등교육을 실시함을 목적으로 설립된 학교법인으로, 법인세법상 비영리내국법인이다.

나. 원고는 2016. 9. 20. 주식회사 C에 아래 표 기재와 같은 원고 소유 각 토지(이하 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 각 토지’라 하고, 개별적으로 특정할 필요가 있을 경우에는 순번으로 특정한다)를 00,000,000,000원에 매도하였다.

다. 원고는 이 사건 각 토지의 매각대금으로 2016. 9. 27.과 2016. 12. 30. 순번 8, 9토지 매입 시 차입한 차입금의 원리금 합계 0,000,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 차입원리금’이라 한다)을 상환하였다.

라. 원고는 2016 사업연도(2016. 3. 1.~2017. 2. 28.) 법인세를 신고하면서, 이 사건 각 토지의 처분에 따라 발생한 처분이익 00,000,000,000원[양도가액 00,000,000,000원 – 취득가액 0,000,000,000원 – 매각 부대비용 000,000,000원(감정료 00,000,000원 + 중개사 수수료 000,000,000원 + 가압류해제 등 비용 00,000,000원)]에 이자·임대료 수익을 더한 금액인 00,000,000,000원(이하 ⁠‘이 사건 준비금’이라 한다)을 익금에 산입하는 동시에 위 금액 전부를 고유목적사업준비금으로 설정하여 손금 산입하였다.

마. 한편 원고는 2018. 10. 1. OO OO구 OO동 741-24 토지와 그 지상 다가구주택을 0,000,000,000원에, 2019. 1. 21. 같은 동 629-8 토지와 그 지상 근린생활시설을 0,000,000,000원에 각 취득하고 현재까지 수익사업(부동산임대업)을 영위하고 있다(이하 편의상 위 각 부동산을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 건물’이라 한다).

바. OO지방국세청장은 원고에 대한 종합감사 결과 원고가 2016 사업연도 소득금액산정 과정에서 손금산입하여 고유목적사업준비금으로 계상하고 있던 이 사건 각 준비금 중 이 사건 각 건물의 취득가액 합계 00,000,000,000원은 고유목적사업에 사용되지 않은 것으로 보아, 피고에게 2018 사업연도 소득금액 산정에 있어서 위 00,000,000,000원을 익금 산입하여 법인세를 경정하도록 과세자료를 통보하였다.

사. 피고는 이에 따라 2021. 2. 1. 원고에 대하여 2018 사업연도 법인세 2,932,701,072원(가산세 포함)을 경정·고지하였다.

아. 원고는 위 법인세 부과처분에 불복하여 2021. 4. 7. 국세청장에게 심사청구를 제기하였는데, 국세청장은 2022. 1. 19. ⁠‘이 사건 준비금 환입으로 익금산입한 10,009,741,949원 중 이 사건 각 토지 취득가액 원금에서 차입원리금을 상환하고 남은 잔액만큼은 이 사건 준비금 환입(익금산입)액에서 제외하여 각 사업연도의 법인세 과세표준과 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다’는 내용의 일부인용결정을 하였다.

자. 피고는 2022. 2. 9. 원고에 대하여 위 심사청구 결과에 따라 2018 사업연도 법인세 2,624,658,093원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 위와 같이 감액경정된 법인세 부과처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 12, 13, 14호증, 을 제1 내지 4호증(가지번호포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 고유목적사업준비금의 지출·사용 이 사건 차입원리금은 원고의 교육목적사업에 사용할 토지 매입에 사용된 것이므로, 이 사건 차입원리금 상환 역시 고유목적사업준비금의 지출·사용이라고 보아야 한다. 특히 원고가 1997년경부터 해양전문학교를 설립할 목적으로 순번 1 내지 7 토지를 매입하였으나 국방부가 위 토지를 군부대시설로 무단 점유하여 사용하면서 원고의 부대이전 요청을 거부한 점, 이후 국방부가 2003. 7.경에서야 위 순번 1 내지 7 토지를 양도하고 순번 8, 9 토지를 매수할 것을 요청함에 따라 원고가 원고 산하 DD 외국어 고등학교와 DD 전자디자인 고등학교의 분리·이전을 위해 위 순번 8, 9 토지를 매입한 점, 원고는 순번 8, 9 토지를 매입한 후 곧바로 학교이전계획을 추진하였으나 OO광역시교육청의 교육정책 변경으로 허가를 받지 못함에 따라 부득이하게 OO광역시교육청의 승인을 받아 이 사건 각 토지를 양도한 점 등 원고에게 이 사건 각 토지를 학교시설부지로 사용하지 못한 부득이한 외부적 사정이 존재하는 점을 고려하면 더욱 그러하다.

설령 피고 주장에 따르더라도 이 사건 차입원리금 중 적어도 이자 부분에 해당하는 약 3,386,000,000원은 고유목적사업 등에 지출한 금액으로 인정되어야 한다.

2) 가산세 관련

설령 이 사건 차입원리금의 상환을 고유목적사업준비금의 지출·사용이라고 볼 수 없다고 하더라도, 위와 같은 이 사건 각 토지의 매각 경위를 고려하면 원고에게 고유목적사업준비금의 사후관리 요건 위반에 따른 책임을 추궁하는 것은 가혹하므로, 원고에 대하여 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

앞서 든 증거, 갑 제4 내지 8, 15, 19호증의 각 기재에 의하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 원고는 1973년경 구 항공대학 부지이던 순번 1 내지 7 토지를 매입하고 문교부장관에게 OO해양전문학교 설립 예비인가신청을 하였으나 인가를 받지 못하였다. 한편 원고는 그 무렵 위 각 토지를 예비군훈련 교육장으로 사용하도록 대한민국(국방부)에 무상으로 제공하였고, 이후 위 각 토지는 예비군훈련 교육장 등 목적으로 사용되어 왔다.

② 원고는 이 사건 각 토지 인근에 향촌전자공고를 설립할 계획을 수립하였고, OOOO시장은 1988. 12. 30. 이 사건 각 토지 일원 60,160㎡를 학교용지로 지정하는 내용의 도시계획결정을 고시하였으나, 실제 학교 설립에는 이르지 못하였다.

③ 한편 국방부는 2003년경 순번 1 내지 7 토지를 원고에게 반환함과 함께 대한민국 소유의 순번 8, 9 토지를 원고가 매수할 것을 제의하였고, 이에 원고는 2004. 11. 29. 대한민국으로부터 순번 8, 9 토지를 계약일로부터 10년간 학교시설사업용으로 사용할 것을 조건으로 0,000,000,000원에 매수하였다.

④ 원고는 2004. 12.경 OO광역시 교육감에게 원고가 OO OO구 OO동 000-00번지에서 설치·운영 중인 2개의 학교(DD외국어고등학교, DD전자디자인고등학교) 중 DD전자디자인고등학교를 DD영상애니메이션고등학교로 개편하여 이 사건 각 토지 중 일부로 이전하고, 이 사건 각 토지 중 일부(약 12,000평)는 수익용 기본재산으로 전환 후 그 처분대금으로 순번 8, 9 토지의 매수비용과 이전시설사업비에 사용하는 것을 주된 내용으로 한 학교이전 계획을 추진하였으나 실제 신청에 이르지는 못하였다.

⑤ 이후 원고는 2007. 5.경에는 OO광역시 교육감에게 DD전자디자인고등학교에 골프레저스포츠과를 신설하고 이 사건 토지에 BOT 방식(시공사가 일정 기간 이를 운영해 투자비를 회수한 뒤 발주처에 넘겨주는 수주 방식을 말한다)으로 골프실습장을 설치하는 내용의 학과개편 추진계획의 승인을 요청하였으나, OO광역시 교육감은 2007. 10. 1. ⁠‘민간사업자가 시설 운영권을 갖고 상업적인 요소가 강하다면 학교시설사업촉진법상의 학교시설로 볼 수 없어 이 법에 따라 건축을 할 수 없으며, 사립학교의 교지 안에 민간사업자가 운영권을 갖고 일반인을 상대로 사용·수익할 경우 학습권을 침해할 우려가 높아 교육 및 공공의 목적에 부합하는 시설로 볼 수 없어 골프연습장을 교지 안에 둘 수 없으므로, 골프레저스포츠과 신설에 따른 실습장 확보가 사실상 어렵다’는 이유로 원고의 학과개편 추진계획을 승인할 수 없다고 회신하였다.

라. 판단

1) 이 사건 차입원리금의 상환을 고유목적사업준비금의 지출로 볼 수 있는지 여부

가) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

원고는, 원고가 고유사업목적에 사용할 목적으로 이 사건 각 토지를 취득하는 과정에서 차입한 돈은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액이고, 따라서 이 사건 차입 원리금의 상환 역시 고유목적사업에 지출 또는 사용한 것으로 보아야 한다는 취지로 주장하므로 살피건대, 앞서 든 증거, 을 제5호증의 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 각 토지를 고유목적사업에 사용하였다고 볼 수 없다. 따라서 원고로서는 이 사건 각 토지를 취득하는 과정에서 발생한 이 사건 차입원리금의 상환을 이 사건 준비금에서 상계할 수 없는바, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

① 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제1항은 ⁠‘비영리내국법인이 각 사업연도의 결산을 확정할 때 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금(이하 "고유목적사업 등"이라 한다)에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손비로 계상한 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 금액의 합계액의 범위에서 그 계상한 고유목적사업준비금을 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제56조 제5항은 비영리내국법인이 수행하는 고유목적사업에 관하여, ⁠‘당해 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업으로서 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 외의 사업’이라고 정의하고 있다.

원고는 이 사건 각 토지, 특히 순번 1 내지 7 토지를 교육목적사업(학교이전부지)에 사용할 목적으로 취득한 것으로 보이기는 한다. 그러나 원고는 종국적으로 이 사건 각 토지를 학교부지로 사용하지 못한 채 제3자에게 매각하였는바, 원고가 이 사건 각 토지를 고유목적사업에 사용하였다고 평가할 수는 없다.

② 이에 대하여 원고는, 차입금이 발생한 당시를 기준으로 해당 비용을 고유목적사업에 지출한 것인지를 판단하여야 하고, 나아가 그 차입금의 상환이 고유목적사업에 해당하는지 여부 역시 상환 당시의 사정이 아니라 당초 차입금 발생 당시 법률적 평가에 부수하여 판단되어야 한다는 취지로 주장한다(당초 차입금의 사용이 원고의 고유목적사업에의 사용이라고 보는 이상, 그 차입금의 상환 역시 고유목적사업에의 지출 또는 사용이라고 보아야 한다는 것이다).

그러나 고유목적사업을 수행하기 위하여 토지를 매입하는 과정에서 자금을 차입하였으나, 이후 해당 토지를 고유목적사업에 사용하지 못한 채 제3자에게 다시 매각한 경우에도 그 차입원리금의 상환을 모두 고유목적사업에 사용한 것으로 보아 고유목적사업준비금과의 상계가 허용된다고 해석하면, 본래 손금이 될 수 없는 지출을 손금으로 인정하게 되는 부당한 결과가 된다. 이는 구 법인세법 제56조 제6항이 비영리 내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 고정자산 취득비용은 고유목적 사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보나, 다만 고정자산 취득 후 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업에 3년 이상 고정자산을 직접 사용하지 아니하고 처분하는 경우에는 위 고정자산 취득비용을 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 보지 아니한다고 규정하고 있는 점을 보더라도 그러하다.

결국, 위와 같은 원고의 주장은 비영리법인이라도 보유하고 있는 고정자산을 처분함으로써 수익이 발생한 경우 이를 수익사업에서 생기는 과세대상소득으로 취급하는 것을 원칙으로 하되, 고정자산 처분일 기준으로 3년간 고유목적사업에 직접 사용하는 경우에는 예외적으로 비과세대상으로 삼고 있는 법의 취지를 몰각하여 예외적인 감면규정에 해당하는 구 법인세법 제4조 제3항 제5호, 구 법인세법 시행령 제2조 제2항을 조세법률주의에 반하여 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것으로서 허용될 수 없고, 해당 토지가 실제 고유목적사업에 사용되지 못한 경우라면 그 차입금의 사용 또는 이에 따른 차입원리금의 상환은 고유목적사업에 사용한 것으로 평가되어서는 안된다.

③ 감사원이 2006. 3. 13.부터 같은 해 5. 30.까지 OO광역시교육청이 관할하는 사학기관에 대하여 실시한 ⁠‘사학지원 등 교육재정 운용실태 감사’ 결과 중 순번 8,9 토지와 관련된 지적사항은 다음과 같다.

이에 따르면 원고는 2005년 초경 이미 이 사건 토지로 학교를 이전할 계획을 사실상 포기한 상태에 있었음에도 매수자금을 차입하여 2005. 4. 20. 순번 8, 9 토지의 소유권을 취득한 것으로 보이고, 그렇다면 차입금이 발생한 당시를 기준으로 고유목적사업에 지출한 것인지 여부를 판단하여야 한다는 원고의 주장에 의하더라도 순번 8, 9 토지는 고유목적 사업에 사용할 목적으로 취득한 것이라고 보기 어렵다.

④ 이에 관하여 원고는, 이 사건 각 토지를 매입한 이후로 계속하여 이 사건 각 토지에 학교를 이전 또는 설치하려고 시도하였으나 공적인 교육정책의 변화에 따라 이 사건 각 토지를 교육시설용지로 사용하지 못하였으므로, 이에 관한 정당한 사유가 존재한다고 주장한다.

그러나 구 법인세법 제3조 제3항 제5호와 구 법인세법 시행령 제2조 제2항 전문은 비영리국내법인이 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 고정자산의 처분으로 생기는 수입에 관하여 법인세를 부과한다고 규정하고 있을 뿐, 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는 경우에는 달리 본다는 규정을 두고 있지 아니하므로, 토지의 처분대금을 법인세 과세소득으로 보아야 하는지를 결정하는 경우 해당 비영리법인이 토지를 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 없는지는 따질 필요가 없으므로(대법원 2017. 7. 11. 선고 2016두64722 판결 등 참조), 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 나아가 원고가 제출한 증거들에 의하더라도, 원고가 2007년경 DD전자디자인 고등학교의 학과개편을 추진한 이후 이 사건 각 토지를 매각하기까지 상당한 시간적 간격이 있었음에도 이 사건 각 토지에 학교를 설립하기 위한 노력을 하였다는 사정은 찾아볼 수 없는바, 원고가 주장하는 교육환경 정책의 변화를 고려하더라도 원고가 이 사건 각 토지를 매각하는 것에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

⑤ 원고는 그 주장과 같은 사정들을 고려할 때 원고에 대한 이 사건 각 처분은 가혹하므로 이 사건 각 토지는 법인세가 부과되는 양도자산에 포함되지 않는 것으로 해석하여야 한다는 취지로도 주장하나, 앞서 살펴본 바와 같이 원고가 이 사건 각 토지를 학교용지로 사용하지 못하고 매각한 것에 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 이상 그 양도소득에 관하여 법인세를 부과하는 것이 원고에게 지나치게 가혹하다고 볼 수 없고, 달리 이 사건 각 토지의 양도에 관하여 법인세의 부과를 배제할만한 사정도 찾아볼 수 없다.

2) 원고에게 가산세를 부과할 수 없는 정당한 사유가 존재하는지 여부

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등 참조). 그러나 이러한 가산세에 있어서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지·착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 참조). 여기서의 정당한 사유는 가산세 책임을 면하는 요건에 관한 것이므로 그 존재에 관한 주장·증명책임은 납세의무자에게 있다.

나) 살피건대, 앞서 본 사실 내지 사정들에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고에게 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있거나 그 의무 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2022. 11. 10. 선고 부산지방법원 2022구합21536 판결 | 국세법령정보시스템