요지

이 사건 주택 양도 당시 소외 주택은 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록 및 구 민간임대주택법 제5조에 따른 민간임대주택 등록이라는 요건을 갖추지 못한 이상, 이 사건 주택 양도에 관하여 거주주택 비과세 특례가 적용될 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2019. 6. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 99,271,387원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

  가. 원고의 이 사건 부동산 소유권 취득

   1) 원고는 1996. 1. 10. 서울 **구 ** 332-17 대 139m²(이하 ⁠‘332-17 토지’라 한다) 및 그 지상 단독주택(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)에 관하여 1995. 11. 23.자 매매‘를 원인으로 하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.

   2) 이후 원고는 1996. 11. 20. 서울 **구 *** 332-18 대 10m²(이하 ⁠‘332-18 토지’라 한다)의 소유권을 취득하였고, 1997. 12. 30.에는 같은 동 332-11 대 182m²(이하 ⁠‘332-11 토지’라 한다)의 소유권을 취득하였다.

   3) 332-17 토지에 1998. 7. 23. 332-11 토지가, 2001. 3. 9. 332-18 토지가 각 합병되었고, 이로써 332-17 토지의 면적이 331m²가 되었다(이하 합병 후 토지를 ⁠‘이 사건 토지’라 하며, 이 사건 토지와 이 사건 주택을 통틀어 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다).

   4) 332-17 토지, 332-11 토지, 332-18 토지의 각 취득일과 아래에서 보는 이 사건 부동산 양도일(2016. 5. 2.) 무렵 위 각 토지의 개별공시지가(1m²당, 이하 같다) 내역은 다음과 같다.

   5) 한편 이 사건 토지 인근의 서울 **구 *** 332-15 대 479m² 토지는 1995년 개별공시지가가 331,000원이었는데, 1996년 76,300원, 1997년 72,200원으로 대폭 하락하였다.

나. 원고의 소외 주택 소유건 취득

  1) 원고는 서울 **구 *** 332-22, 332-25 지상 2층 구조의 단독주택(이하 ⁠‘소외 주택’이라 한다)에 관한 임의경매절차(서울중앙지방법원 2004타경20006호)에서 소외 주택을 낙찰받았다.

   2) 원고는 2005. 6. 27. 위 임의경매절차에서 매각대금을 완납한 다음 2005. 7. 6. 소외 주택에 관하여 2005. 6. 27.자 임의경매로 인한 매각을 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 이래 현재까지 소외 주택을 소유하고 있다.

다. 이 사건 부동산 양도

   1) 원고는 2015. 10. 26. 소외 함**와 사이에 원고가 함**에게 이 사건 부동산을 대금 8억 9,000만 원에 매도하기로 하는 내용의 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 함**는 이 사건 매매계약에 따라 계약금 1억 원은 계약시에 지불하고, 중도금 1억 3,000만 원은 2016. 2. 10. 지불하며, 잔금 6억 6,000만 원은 2016. 5. 2. 지불하기로 하였다.

  2) 원고는 2016. 5. 2. 함**에게 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 매매계약을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

  라. 양도소득세 신고

  1) 원고는 이 사건 부동산 양도와 관련하여 2016. 5. 30. 피고에게 2016년 귀속 양도소득세 85,181,431원을 신고하였다.

   2) 위 신고 금액은 양도가액을 8억 9,000만 원으로, 취득가액을 환산가액 478,526,955원(332-17, 332-11, 332-18 각 토지에 대해서는 각 취득 당시 필지별 개별공시지가가 아닌 합병 후 이 사건 토지의 개별공시지가를 기준으로 환산가액 산정)으로, 기타 필요경비(개산공제액)를 6,564,964원으로 하여 산출한 양도차익 404,908,081원에 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득금액을 277,714,294원으로 산출한 다음, 여기에 다시 기본공제 250만 원을 뺀 275,214,294원을 과세표준으로 하여 산정한 것이었다.

마. 이 사건 부과처분

  1) 서울지방국세청은 피고에 대한 종합감사에서, ① 이 사건 토지 중 합병 전 332-11 토지 및 332-18 토지는 원고가 332-17 토지와 이 사건 주택을 취득한 뒤에 합병된 토지로서 환산취득가액 산정 시 합병 전 각 필지별 기준시가로 계산하여야 함에도 합병 후 토지인 이 사건 토지의 기준시가를 적용하여 환산취득가액 255,703,066원을 과다 신고하였고, ② 이 사건 토지(331m²) 중 주택정착면적(59.24m²)의 5배(296.2m²)를 초과하는 34.8m²( = 331m² – 296.2m²)는 비사업용 토지에 해당하므로 장기보유특별공제가 잘못 공제되었음을 지적하고, 원고에 대한 양도소득세를 경정하도록 처분 지시하였다.

   2) 그에 따라 피고는 2019. 2. 20. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 109,300,868원(① 환산취득가액 계산 오류 98,127,288원, ② 비사업용 토지 장기보유 특별공제 11,173,640원)을 결정․고지할 예정이라는 내용의 감사결과 과세예고 통지를 하였다.

   3) 원고는 위 통지를 받은 다음 위 ⁠‘② 비사업용 토지 장기보유 특별공제 11,173,640원’ 부분에 관하여 ⁠‘공부상 면적과 달리 무허가 증축된 실제 주택면적에 의하면 주택부수토지가 주택정착면적의 5배를 초과하지 않는다.’는 취지로 주장하며 서울지방국세청장에게 과세전부심사를 청구하였다. 서울지방국세청장은 2019. 5. 9. 원고의 주장을 받아들여 과세적부심사 청구 채택결정을 하였다.

   4) 그에 따라 피고는 2019. 6. 1. 원고에게 위 ⁠‘① 환산취득가액 계산 오류 99,271,387원을 경정․고지하였다(이하 ’이 사건 부과처분‘이라 한다). 피고는 이 사건 부과처분을 함에 있어 332-11 토지의 취득가액에 대해서는 그 취득 당시인 1997년 개별공시지가 60,000원을 적용하여 환산가액을 산정하였다.

바. 이의신청 및 조세심판 청구

 1) 원고는 2019. 10. 1. ⁠‘실제 취득가액 및 공사비용 등을 반영하면 이 사건 부동산의 양도차익이 없고, 비정상적으로 낮게 고시된 기준시가(332-11 토지)를 환산취득가액 계산에 적용하여 과세한 처분은 부당하다.’고 주장하면서 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였다.

  2) 서울지방국세청장은 국세심사위원회의 심의를 거쳐 2019. 12. 19. ⁠‘이 사건 부과처분은, 원고가 주장하는 이 사건 주택 취득 당시 실제거래가액과 자본적 지출액 등 및 양도비 등에 대해 인정 가능한 구체적인 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라.’는 내용의 재조사 결정을 하였다.

  3) 피고는 위 재조사 결정에 따라 2020. 2. 17.부터 2020. 3. 7.까지 원고가 제출한 금융계좌 등 자료를 검토하는 등 재조사를 실시하였으나, 환산취득가액을 상회하는 취득에 소요된 실지 거래가액과 취득 후 개보수에 따른 공사비 지출액 및 관련 증빙을 확인할 수 없어, 당초 결정한 이 사건 부과처분 내용대로 조사종결한 다음, 2020. 3. 24. 원고에게 이 사건 부과처분을 유지한다는 내용으로 이의신청 결정에 따른 처리결과를 통지하였다.

  4) 원고는 2020. 4. 14. 다시 위 이의신청 내용과 동일하게 주장하면서 조세심판원에 심판을 청구하였다(조심 2020서1655호). 이에 대하여 조세심판원은 2020. 12. 29. ⁠‘이 사건 부과처분은, 원고가 1997. 12. 30. 취득한 332-11 토지의 1997년 개별공시지가가 적정한지 여부의 판단을 지방자치단체에 의뢰하는 등의 방법으로 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.’는 내용의 재조사 결정을 하였다. 그 결정 이유의 요지는 다음과 같다.

  5) 그에 따라 피고는 2021. 2. 1.부터 2021. 2. 20.까지 재조사를 실시한 다음 2021. 2. 23. 이 사건 부과처분을 유지한다는 내용의 심판청구 결정에 따른 처분결과 통지를 하였다.

사. 개별공시지가 정정 요청 및 서울특별시 종로구청장의 회신

 1) 피고는 2021. 4. 9. 서울특별시 **구청장(이하 ⁠‘**구청장’이라 한다)에게 아래와 같은 내용의 개별공시지가 정정 요청을 하였다.

 2) 이에 대하여 **구청장은 2021. 4. 15. ⁠‘피고의 정정 요청에 대하여 조사하였으나, 개별공시지가 조사․산정 과정에 있어 토지특성, 비교표준지 선정, 지가산정 등에 정정 사유가 발견되지 않았음을 알려드리니 업무에 참고하시기 바랍니다.’라는 내용으로 회신하였다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부에 대한 판단

 가. 원고의 주장 요지

아래와 같은 이유에서 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 주위적 주장

  소득세법 시행령 제155조 제19항에 따라 장기임대주택을 소유한 자가 거주주택을 양도할 경우 양도소득세 비과세 특례를 적용받기 위해서는 양도일 현재 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ⁠‘민간임대주택법’이라 한다) 제5조에 따른 임대사업자등록과 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 완료하고 대상 주택을 임대하고 있어야 한다. 원고는 2012. 7. 12. 소외 주택에 관하여 부동산 임대업을 목적으로 하여 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 완료하였고, 2017. 4. 6. 폐업신고 전까지 계속 임대사업자로 등록된 상태였다. 그러나 원고는 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록을 하지는 못하였는바, 그 경위는 원고가 2011년 2기 부가가치세 신고기간 중 **세무서에 방문하여 상담을 진행하는 과정에서 담당 공무원에게 장기임대주택 소유자가 거주주택을 양도하는 경우 비과세 특례에 대하여 문의하였는데, 당시 그 담당공무원은 ⁠‘임대주책의 월세가 월 10만 원이므로 부가가치세 면세사업자에 해당하기 때문에 별도로 임대사업자등록을 할 필요가 없다.’고 안내하였고, 원고로서는 이를 신뢰하였던 것이다. 원고는 민간임대주택법에 따른 임대사업자등록을 하지는 못하였지만, 임대의무기간 내에 임대주택을 양도하지 않는 등 임대사업자로서 실질적으로 민간임대주택법의 입법 취지에 부합하도록 임대사업을 운영하였다. 따라서 이 사건 부과처분은 비과세 요건에 관한 피고의 잘못된 정보제공으로 인해 불가피하게 형식적 요건을 일부 갖추지 못한 원고에 대한 과도한 과세처분이다.

  2) 제1예비적 주장

  원고는 332-17 토지 및 이 사건 주택을 2억 5,000만 원에, 332-18 토지를 2,000만 원에, 332-11 토지를 2억 5,000만 원에 각 매입하는 등 이 사건 주택 매입비용으로 총 5억 2,000만 원을 지출하였다. 또한 332-17 토지와 이 사건 주택을 매입한지 얼마 지나지 않아 폭우로 인해 이 사건 주택이 붕괴되어 이를 철거한 다음 거주할 주택을 신축하여야 했고, 기타 도시가스 설치, 상하수도 설치, 담장 설지 등을 위해 총 2억 8,000만 원 가량의 공사비를 지출하였다. 따라서 이 사건 부동산 양도로 인한 양도소득은 6,300만 원에 불과하다. 따라서 원고가 주장하는 매매가액을 실지거래가액으로 인정하고 실제 지출된 필요비용을 공제하는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다.

 3) 제2예비적 주장

  설령 원고가 이 사건 부동산 취득을 위한 실지거래가액을 입증하지 못하여 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에 따라 취득가액을 환산가액으로 하더라도, 332-11 토지의 취득 당시인 1997년 개별공시지가가 위법하게 산정되었으므로, 이를 토대로 한 환산취득가액을 산정한 것은 위법하다.

나. 관계 법령

  별지1. 기재와 같다.

다. 주위적 주장에 대한 판단

1) 1세대 1주택에 해당하는지

  구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 소득세법’이라 한다) 제89조 제1항 제3호 가목은 ⁠‘대통령령으로 정하는 1세대 1주택’의 양도로 발생하는 소득을 비과세 양도소득으로 규정하고 있고, 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령(2016. 12. 5. 대통령령 제27653호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제154조 제1항 본문은 위 법 제89조 제1항 제3호 가목의 ⁠“대통령령으로 정하는 1세대 1주택”의 의미에 대하여 ⁠‘거주자 및 그 배우자가 그들과 동일한 주소 또는 거소에서 생계를 같이 하는 가족과 함께 구성하는 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다.’고 규정하고 있다.

  그런데 위에서 본 바와 같이 원고는 2016. 5. 2. 이 사건 부동산(이 사건 주택 포함)을 양도하였을 당시 이 사건 주택 외에도 소외 주택을 함께 보유하고 있었으므로, ⁠‘1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우’에 해당하지 않음이 분명하다.

2) 구 소득세법 시행령 제155조 제19항에 따른 비과세 특례 요건을 충족하였는지

  가) 다만, 구 소득세법 시행령 제155조는 ⁠‘1세대 1주택의 특례’라는 표제 하에 제19항에서 ⁠‘제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(장기임대주택)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(거주주택)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.’고 규정하면서 그 각 호의 요건으로 제1호에서 ⁠‘거주주택; 거주기간이 2년 이상일 것’을 규정하고, 제2호에서 ⁠‘장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것’을 규정하고 있다.

  위와 같이 구 소득세법 시행령 제155조 제19항은 장기임대주택과 그 밖의 거주주택을 소유하고 있는 1세대가 일정한 요건을 갖추어 해당 거주주택을 양도하는 경우 ⁠‘국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.’고 규정하고 있으므로, 그 법 문언상 이는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목에 따른 양도소득세 비과세 규정이 적용되는 1세대 1주택의 특례를 규정한 것으로 해석함이 옳다.

나) 위 법령 규정에 따르면, 원고가 이 사건 부동산 양도와 관련하여 구 소득세법 시행령 제155조 제19항에 따른 1세대 1주택 비과세 특례를 적용받기 위해서는 그 양도일 현재 장기임대주택(소외주택)에 관하여, 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 구 민간임대주택에 관한 특별법(2017. 1. 17. 법률 제14542호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 이를 임대하고 있을 것이라는 요건을 모두 갖추어야 한다.

다) 그러나 원고가 2016. 5. 2. 이 사건 부동산 양도 당시 소외 주택에 관하여 구 민간임대주택법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하지 않았다는 점에 대해서는 원고 스스로 인정하고 있다. 한편 원고는 이 사건 부동산 양도 당시 소외 주택에 관하여 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록은 유지하고 있었다는 취지로 주장하고 있으나, 갑 제7호증을 비롯하여 원고가 제출한 증거들만으로는 위 주장사실을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

오히려을 제12호증의 기재에 의하면, 원고는 2011. 12. 28. 소외 주택에 관하여 구 소득세법 제168조에 따라 일반과세자(부동산 임대업)로 사업자등록을 하였다가 2012. 7. 12. 폐업한 사실, 다시 이 사건 부동산 양도 이후인 2017. 5. 2. 소외 주택에 관하여 구 소득세법 제168조에 따라 면세사업자 사업자등록(주거용 부동산 임대업)을 한 사실이 인정될 뿐이다.

라) 이와 관련하여, 원고는 **세무서의 담당공무원으로부터 장기임대주택 소유자가 거주주택을 양도하는 경우 비과세 특례에 관하여 구 민간임대주택법 제5조에 따른 임대사업자등록을 할 필요가 없다는 취지의 잘못된 안내를 받고 이를 신뢰하여 착오로 임대사업자등록을 하지 않았다는 취지로 주장하고 있다.

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위해서는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다(대법원 2009. 12. 24. 선고 2007두5004 판결 등 참조). 또한 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 잇는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(대법원 1997. 11. 28. 선고 96누11495 판결 등 참조).

그러나 갑 제8호증의 기재만으로는 **세무서의 담당공무원이 원고에게 장기임대주택 소유자가 거주주택을 양도하는 경우 비과세 특례에 관하여 구 민간임대주택법 제5조에 따른 민간임대주택 등록을 할 필요가 없다는 취지로 안내하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는바, 애초에 과세관청이 납세자인 원고에게 원고의 주장과 같은 비과세 특례에 관한 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없다. 그리고 원고가 제출한 증거들만으로는 해당 담당공무원이 누구인지 전혀 특정되지 않으며, 그 담당공무원이 양도소득세 비과세 특례에 관하여 공적인 견해를 표명할 수 있는 일정한 책임 있는 지위에 있었다는 점을 인정할 만한 증거도 전혀 없다. 또한 위에서 본 바와 같이 원고는 이 사건 부동산 양도 당시 소외 주택에 관하여 구 민간임대주택법 제5조에 따른 민간임대주택 등록을 하지 않았을 뿐만 아니라, 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록도 하지 않은 상태였는바, 설령 원고가 주장하는 **세무서 소속 담당공무원의 잘못된 안내가 있었다고 가정하더라도, 그와 상관없이 원고는 어차피 1세대 1주택 비과세 특례가 적용될 수 없었던 것이므로, 이 사건 부과처분으로 인해 원고의 이익이 침해되는 결과가 초래되었다고 볼 수도 없다.

마) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특례규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

위에서 살펴본 바와 같이, 원고는 2016. 5. 2. 이 사건 부동산(이 사건 주택 포함) 양도 당시 이 사건 주택 외에도 소외 주택을 함께 보유하고 있었고, 그 당시 소외 주택에 관하여 구 소득세법 제168조에 따른 사업자등록 및 구 민간임대주택법 제5조에 따른 민간임대주택 등록이라는 요건을 갖추지 못한 이상, 이 사건 부동산 양도에 관하여 구 소득세법 시행령 제155조 제19항에 따른 1세대 1주택 비과세 특례가 적용될 수 없음이 명백하다. 이는 조세법률주의의 원칙상 설령 원고가 주장하는 바와 같이 원고가 소외 주택에 관하여 구 민간임대주책법에 따른 제한(임대기간 중 임대주책 양도 금지 등)을 준수하여 임대사업을 운영하였다고 가정하더라도 달리 볼 수 없다.

3) 소결

 따라서 원고의 주위적 주장은 받아들이지 않는다.

라. 제1예비적 주장에 대한 판단

1) 관련 법령과 법리

  가) 구 소득세법 제97조 제1항은 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로 ⁠‘취득가액’(제1호), ⁠‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’(제2호), ⁠‘양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것’(제3호)를 규정하고 있고, 그중 ⁠‘취득가액’(제1호)에 관하여 가목에서 ⁠‘자산 취득에 든 실지거래가액’을, 나목에서 ⁠‘취득 당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액’을 각 규정하고 있다.

  한편 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목의 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제163조 제12항은 구 소득세법 제97조 제1항 제1호 나목에서 규정한 ⁠“대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액”의 의미에 대하여 ⁠‘제176조의2 제2항부터 제4항까지의 규정에 따른 가액을 말한다.’고 규정하고 있고, 구 소득세법 시행령 제176조의2 제3항 본문은 ⁠‘취득가액을 추계결정 또는 경정하는 경우에는 다음 각 호의 방법을 순차로 적용하여 산정한 가액에 의한다.’고 규정하면서 제1호에서 ⁠‘양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산과 동일성 또는 유사성이 있는 자산의 매매사례가 있는 경우 그 가액’을, 제2호에서 ⁠‘양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내에 해당 자산에 대하여 둘 이상의 감정평가업자가 평가한 것으로서 신빙성이 있는 것으로 인정되는 감정가액(감정평가기준일이 양도일 또는 취득일 전후 각 3개월 이내인 것에 한한다)이 있는 경우에는 그 감정가액의 평균액’을, 제3호에서 ⁠‘제2항의 규정에 의하여 환산한 취득가액’을, 제4호에서 ⁠‘기준시가’를 각 규정하고 있다.

  나) 양도소득세 과세처분 취소소송에서 과세근거로 되는 과세표준에 대한 입증책임은 과세관청에 있는 것이고, 양도소득세 과세표준 산정을 위한 양도차익은 양도가액에서 취득가액, 기타 필요경비 등을 공제한 것이므로 양도가액뿐만 아니라 취득가액, 기타 필요경비 등의 입증책임도 원칙적으로 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에 부합한다(대법원 2007. 10. 26. 선고 2006두16137 판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등의 취지 참조).

한편 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 하는 경우에 있어서도 헌법상의 실질적 조세법률주의 또는 과잉금지의 원칙상 그에 기초하여 산출한 세액이 실지거래가액에 의한 양도차익의 범위를 넘을 수는 없고, 이 경우 기준시가에 의한 양도차익에 기초하여 산정한 세액이 그 실지 양도차익의 범위를 넘는다는 과세장해사유는 납세의무자가 입증하여야 한다(대법원 1998. 9. 22. 선고 98두8827 판결 등 참조).

2) 구체적인 판단

 가) 원고는 애초에 이 사건 부동산 양도에 관한 양도소득세 신고 당시 취득가액을 실지거래가액이 아닌 환산가액으로 신고하고도, 2019. 10. 1. 서울지방국세청장에게 이의신청을 할 때부터 이 사건에 이르기까지 실제 취득가액(실지거래가액) 및 공사비용 등을 반영하여 양도차익을 산정해야 한다는 취지로 주장하고 있다.

 나) 먼저 갑 제3호증을 비롯하여 원고가 제출한 증거들만으로는, 원고가 실제로 332-17 토지 및 이 사건 주택을 대금 2억 5,000만 원에, 332-18 토지를 대금 2,000만 원에, 332-11 토지를 대금 2억 5,000만 원에 취득하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다(원고 스스로 2022. 9. 6.자 준비서면 제2면에서 ⁠‘원고가 이 사건 부동산을 매수한 때로부터 시간이 많이 경과하였고, 구 주택의 붕괴로 인하여 관련 서류 일체가 소실되어 불가피하게 매매대금 지급내역과 공사비 지출 내역에 관한 서류를 제출할 수 없는 상황입니다.’라고 주장한 바 있다). 따라서 이 사건 부동산의 경우 취득 당시의 실지거래가액이 객관적으로 확인되지 않고, 그 외 매매사례가액, 감정가액의 존재에 대해서도 아무런 자료가 없으므로, 필요경비 중 취득가액을 환산가액으로 산정한 것은 위 관련 법령에 따른 것으로서 적법하다.

다) 한편 실지거래가액을 자산의 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하면서 양도가액에서 공제하는 필요경비 중의 하나인 취득가액을 자산의 취득 당시의 환산가액 등에 의하는 경우에는 납세의무자가 구 소득세법 제97조 제1항 제2호, 제3호에서 정한 자본적 지출액이나 양도비 등의 비용을 실제로 지출하였다고 하더라도 원칙적으로 개산공제액 외에 이를 필요경비로 공제할 수 없다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 등 참조).

이 사건으로 돌아와 살피건대, 갑 제9 내지 12호증을 비롯하여 원고가 제출한 증거들만으로는, 애초에 원고가 이 사건 부동산 취득을 위한 필요경비로서 이 사건 주택 철거 및 신축 비용, 기타 도시가스 설치, 상하수도 설치, 담장 설치 등 비용으로 총 2억 8,000만 원을 지출하였다는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 뿐만 아니라 원고가 실제로 필요경비로서 위 2억 8,000만 원 중 일부라도 지출한 사실이 있다고 가정하더라도, 구 소득세법 제163조 제6항에 의한 개산공제액 외에 실제로 지출된 필요경비로 공제할 수는 없으므로, 그 금액을 필요경비로 공제하지 않았다고 하여 이 사건 부과처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다.

3) 소결

 따라서 원고의 제1예비적 주장도 받아들이지 않는다.

마. 제2예비적 주장에 대한 판단

1) 관련 법리

가) 개별공시지가결정에 위법이 있는 경우에는 그 자체를 행정소송의 대상이 되는 행정처분으로 보아 그 위법 여부를 다툴 수 있음은 물론 이를 기초로 한 과세처분 등 행정처분의 취소를 구하는 행정소송에서도 선행처분인 개별공시지가결정의 위법을 독립된 위법사유로 주장할 수 있다고 해석함이 타당하다(대법원 1994. 1. 25. 선고 93누8542 판결 등 참조).

나) 과세처분취소소송에서 그 과세표준 산정의 기초가 된 개별토지가격 결정의 적법 여부가 다투어지는 경우 그 개별토지가격 결정이 적법하다는 입증책임은 과세관청에게 있으나, 과세관청으로서는 그 가격 결정시 비교표준지의 선정이나 토지특성의 조사․비고, 가격 조정률의 가감적용 등에 고나하여 관련 법규가 정한 절차 및 기준에 따라 이루어진 것임을 입증하는 정도로 족하고, 이러한 절차 및 기준에 따라 결정되었다고 하더라도 개별토지가격이 인근 토지의 개별토지가격 등에 비하여 현저하게 불합리하다는 점에 대하여는 그 개별토지가격을 다투는 측에서 입증의 필요가 있다(대법원 1996. 7. 30. 선고 93누17133 판결 참조).

2) 구체적인 판단

가) 위에서 본 바와 같이, 피고는 이 사건 부과처분 당시 332-11 토지에 관하여 1997년에 고시된 개별공시지가 60,000원을 적용하여 위 토지의 환산취득가액을 산정하였다. 그런데 332-11 토지의 개별공시지가는 1995년에 318,000원이었다가 1996년에 58,500원으로 급격히 하락하였는바, 그와 같은 개별공시지가의 급격한 하락은 같은 기간 바로 인접한 332-17 토지나 332-18 토지의 개별공시지가 추세와는 사뭇 다르다. 조세심판원은 그와 같은 급격한 하락을 고려할 때 332-11 토지의 개별공시지가가 1996년 및 1997년에 특별히 과소하게 산정된 것으로 보이는 측면이 있다고 판단하여 피고로 하여금 332-11 토지의 1997년 개별공시지가가 적정한지 여부를 관련 지방자치단체에 의뢰하는 등의 방법으로 재조사한 후 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하도록 하는 내용의 재조사결정(조심 2020서1665호)을 한 것으로 보인다.

나) 그러나 피고가 2021. 4. 9. **구청장(부동산 가격공시에 관한 법률 제10조에 따라 관할 구역 내에 개별공시지가를 결정․공시할 권한이 있음)에게 위 조세심판원의 결정 취지를 설명하여 332-11 토지의 1997년 개별공시지가에 오류를 정정한 후 그 결과를 회신해 달라고 요청한데 대하여, **구청장은 2021. 4. 15. ⁠‘피고의 정정 요청에 대하여 조사하였으나, 개별공시지가 조사․산정 과정에 있어, 토지특성, 비교표준지 선정, 지가산정 등에 정정 사유가 발견되지 않았음을 알려드리니 업무에 참고하시기 바랍니다.’라는 내용으로 회신한 점, 332-15 토지를 비롯한 이 사건 토지 인근의 토지들에서 1992년부터 1997년 사이에 개별공시지가가 급격히 하락한 사례들이 여럿 확인되므로 그와 같은 개별공시지가 하락이 332-11 토지에만 국한된 특별히 이례적인 상황이라고 볼 수는 없는 점 등에 비추어 보면, 332-11 토지의 1997년 개별공시지가는 그 가격 결정 시 토지특성, 비교표준지 선정, 지가산정 등에 관하여 관련 법령이 정한 절차 및 기준에 따라 이루어진 것으로 판단되고, 달리 위 회신 내용을 뒤집고 개별공시지가 산정에 있어 오류가 있었다고 볼 만한 별다른 사정을 찾아볼 수 없다.

다) 또한 원고가 제출한 증거들만으로는, 332-11 토지의 1997년 개별공시지가가 인근 토지의 개별토지가격 등에 비하여 현저하게 불합리하다는 점이 증명되었다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

3) 소결

 따라서 원고의 제2예비적 주장도 받아들이지 않는다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 12. 15. 선고 서울행정법원 2021구단6884 판결 | 국세법령정보시스템