요지

전체 토지 소유기간 중 69.5%에 상당하는 기간 사업용 토지로 사용한 사실을 인정할 수 있으므로, 구 소득세법 제104조의3 제1항에서 정하는 ⁠‘비사업용 토지’에 해당하지 아니함.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 5. 13. 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 용인시 수지구 풍덕천동 토지의 연혁

용인시 수지구 풍덕천동(이하 ⁠‘풍덕천동’이라고만 한다) 답 2,049㎡(이하 ⁠‘종전토지’라 한다)는 1988. 9. 2. 원고에게 그 소유권이 이전되었다.

나. 구 건물의 신축

1) 원고는 1996. 6. 11. 종전토지 지상에 ⁠‘가동 철근콘크리트조 철골조 슬래브지붕단층 자동차용품판매소 및 주유소 299.86㎡, 나동 경량판넬구조 슬래브지붕 단층 자동차용품판매소 109.20㎡(연면적 409.06㎡, 이하 ⁠‘구 건물’이라 한다)‘을 신축하는 건축허가를 받아 1996. 9. 6. 공사에 착공하여 1997. 12. 12. 사용승인을 받고, 1997. 12. 19.종전토지의 지목을 ⁠‘잡종지’로 변경하였으며(이하 지목 변경된 후의 종전 토지를 일컬어‘이 사건 토지’라 한다), 1998. 12. 10. 구 건물에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다.

2) 원고는 2007. 4. 1.부터 2011. 3. 31.까지 임대기간으로 하여 이 사건 토지 및 구건물을 임대하고 월 000만 원의 차임을 수령하는 등 소득을 얻었다.

다. 구 건물의 철거 및 이 사건 건물의 신축

1) 원고는 2012. 4. 16. MDN 유한회사와 사이에 이 사건 토지 및 아래 이 사건 건물에 관하여 임대기간 10년, 보증금 00억 원, 월임대료 0,000만 원(부가가치세 별도)로 정하여 다음과 같은 임대차계약을 체결하였는바, 그 내용 중 주요 부분은 다음과 같다(이하 ⁠‘이 사건 임대차계약’이라 한다).

2) 원고는 이 사건 임대차계약에 따라, 2012. 5. 7. 구 건물을 철거하고(을 제1호증),2012. 7. 8. 이 사건 토지 지상에 일반철골구조 ⁠(철근)콘크리트지붕 제2종 근린생활시설 1층 329.1㎡, 2층 235.24㎡(연면적 564.34㎡, 이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건토지와 통틀어 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축하는 건축허가를 받아 2012. 7. 28.착공신고를 하고 공사를 진행한 다음 2012. 11. 6. 사용승인을 받았으며, 2012. 12. 18.이 사건 건물에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다. MDN는 원고로부터 임차한 임대목적물에 ⁠‘드라이브 스루(Drive-Thru)’ 방식의 판매시설, 간판 등을 설치한 다음, 이 사건 부동산에서 맥드라이브 스루 서비스를 주된 영업으로 하는 점포를 운영하였다.

라. 재산세 부과현황

1) 한편, 용인시 수지구청(이하 ⁠‘수지구청’이라 한다)은 용인시 시세 감면조례(2005.2. 11. 시행) 제18조 ⁠(사권제한토지에 대한 감면) 규정에 따라, 2005~2012년도에는 이 사건 토지의 전체 면적 중 사권제한 저촉 부분에 해당하는 573.8㎡ 면적에 대하여는 재산세 과세표준액 50% 경감을 적용한 결과, 2,049㎡에서 비과세 대상이 된 283.5㎡를뺀 나머지 1,765.5㎡만을 별도합산과세대상 토지로 보아 재산세 도시지역분을 과세하였다.

2) 그 후 수지구청은 2013년부터 이 사건 토지 면적 2,049㎡ 중 재산세 별도합산대상 토지를 1,316㎡[건축물의 부속토지로서 바닥면적의 4배(일반주거지역)]인 것으로 보고, 나머지 면적 733㎡는 종합합산대상으로 보아 재산세를 부과하였다.

마. 부동산 양도 및 양도소득세 부과처분의 경위

1) 원고는 2016. 12. 20. 이택영에게 이 사건 부동산을 매매대금 00,000만 원(건축물 0억 원 + 토지 00억 0,000만 원)에 매도하고(단, 임차인 MDN의 근저당권은 말소 대상 제외), 2016. 12. 27. LYT으로부터 잔금을 지급받음과 동시에 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

2) 원고는 2017. 2. 28. 실거래가액을 기준으로 이 사건 부동산의 양도가액을 00억0,000만 원으로, 취득가액을 자본적 지출액 등을 포함하여 0,000,000,000원으로 하여양도차익을 산정하고, 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 보아 장기보유특별공제 및 일반세율을 적용하여 산정한 양도소득세 000,000,000원을 예정 신고·납부하였다.

3) 피고는 2019. 1. 21.부터 2019. 3. 21.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건조사’라 한다)를 실시한 결과, ⁠‘원고가 이 사건 토지의 취득가액을 이중 공제하고, 이 사건 건물 취득가액에 구 건물의 철거비용 및 장부가액 등을 과다계상 하였으며, 양도대상 부동산 중 일부가 비사업용 토지로 확인된다’는 조사결과보고서를 작성하였다.

4) 이에 따라 피고는 2019. 5. 13. 원고에게, ① 이 사건 토지 중 이 사건 건물 부속토지의 기준 면적(바닥면적의 4배)인 1,316㎡를 초과하는 733㎡ 부분(이하 ⁠‘쟁점토지’라한다)은 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제104조 제1항 제8호의 ⁠‘비사업용 토지’에 해당하므로 장기보유특별공제 대상이 아니고 중과세율을 적용하여야 하며, ② 구 건물의 취득가액 및 철거비용을 이 사건 건물의 자본적 지출액에 해당하는 필요경비로 볼 수 없다는 이유로, 2016년 귀속 양도소득세 000,000,000원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 전심절차 경유

원고는 2019. 8. 12. SS청에 이의신청을 하였으나 2019. 10. 24. 기각결정을 받았고, 2020. 1. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 6. 3. 위 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 이 법원에 현저한 사실, 갑 제1 내지 9호증(가지번호 있는것은 가지번호 포함), 을 제1 내지 4, 11호증의 각 기재, 이 법원의 수지구 수지구청에대한 사실조회결과, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 이유에서 위법하므로 취소되어야 한다.

가) 쟁점토지는 ① 지방세법상 별도합산과세대상에 해당하거나, ⁠‘사업과 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지’ 또는 ⁠‘법률에 따른 사용 금지나 그 밖에 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 토지’로서 비사업용 토지에서 제외된다. 설령 그렇지 않더라도, ② 이 사건 토지의 취득 당시 현황, 구 건물의 착공일 및 멸실·철거일, 원고가 이 사건 토지를 소유한 기간 등을 고려할 때 이 사건 토지는 비사업용토지의 판단기준에서 기간조건을 충족하지 아니하여 비사업용 토지로 볼 수 없음에도쟁점토지가 ⁠‘비사업용 토지’에 해당함을 전제하여 위법하다.

나) 구 건물의 취득가액 및 철거비용은 ③ 기존 건축물의 장부가액과 철거비용은 새로운 건축물에 대한 자본적 지출로 한다고 유권해석하고 있고, 소득세법령상 자본적지출액으로서 양도가액에서 공제되어야 할 필요경비에 해당한다.

2) 피고의 주장

쟁점토지는 다음과 같이 비사업용 토지의 범위 및 기간기준 요건을 모두 충족한바, 장기보유특별공제 대상에서 제외되고 중과세율이 적용되며, 구 건물의 취득가액 및 철거비용은 신축건물의 자본적 지출로 보아 필요경비에 산입할 수 없는 것이므로, 이 사건 처분은 적법하다.

가) 비사업용 토지의 범위와 관련하여, ① 이 사건 토지 중 건축물과 그 자체로 지붕과 주벽 등이 있는 건물의 부속토지를 제외한 나머지 부분은 별도합산과세대상 토지가된다고 볼 수 없고, ② 구 소득세법 시행령 제168조의11 제1항 제14호는 그 사업목적그 자체를 위해 활용되는 영역에 한정하는 것으로 진입로나 주차장, 그 밖의 토지 영역까지 사업과 직접 관련된 영역으로 볼 수 없으며, ③ 원고는 2010. 7. 30. 지구단위계획 지정 이후 구 건물을 철거하고, 2012. 11. 6. 이 사건 건물을 신축하는 등 개발행위를 제한받은 사실이 없고, 이 사건 토지는 법령에 따라 사용이 가능하였다.

나) 비사업용 토지의 기간기준과 관련하여, 이 사건 토지는 당초 지목이 ⁠‘답’이었고 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호에 따라 ⁠‘건축물을 건설하여 사업용으로 사용하고자 취득한 경우’가 아니므로, ⁠‘취득일로부터 2년간’ 및 ⁠‘착공일 이후 건설이 진행중인 기간’ 비사업용 토지에서 제외될 수 있는 경우에 해당하지 아니한바, 원고 소유의 전체 기간에서 실제 주유소로 사용한 총 4,898일(1998. 12. 10.~2012. 5. 7.)만이 사업용 토지로 사용된 기간이고, 나머지는 비사업용 토지 기간에서 제외되지 않는다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 비사업용 토지 해당 여부

가) 법 규정 및 법리 등

(1) 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제2항, 제104조의3 제1항 제4호, 구 소득세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제168조의6 제1호는 양도로 인한 장기보유특별공제 적용 배제 대상인 ⁠‘비사업용 토지’에 관하여 토지의 소유기간이 5년 이상인 경우에 ① 　양도일 직전 5년 중 2년을 초과하는 기간, ②　 양도일 직전 3년 중 1년을 초과하는 기간, ③ 토지 소유기간 중 100분의 40에 상당하는 기간을 초과하는 기간 모두에해당하는 기간 동안 비사업용으로 사용한 토지여야 원칙적으로 비사업용 토지로 보아장기보유특별공제 적용 대상에서 배제한다. 즉, ① 양도일 ⁠‘직전 5년 중 3년’ 이상의 기간, ② 양도일 ⁠‘직전 3년 중 2년’ 이상의 기간, ③ 토지 ⁠‘소유기간 중 60% 이상’의 기간중 어느 하나의 기간이라도 사업용으로 사용되었다면, 비사업용 토지에 해당하지 아니한다.

(2) 구 소득세법 시행규칙(2013. 2. 23. 기획재정부령 제323호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제83조의5 제1항 제9호는 ⁠‘건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지는 당해건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 2년 동안은 비사업용 토지에 해당하지 않는다’고 규정하고 있는바, 이는 공익 또는 불가피한 사유로 인한 법령상 제한, 토지의 현황·취득사유 또는 이용상황 등을 감안하여 토지소유자가 부득이하게 당해 토지를 사업용으로 사용하지 못하는 경우는 일정기간 비사업용 토지로 보지 아니한다는 취지로 해석된다(대법원 2010. 8. 19. 선고 2010두7291 판결 등 참조).

이처럼 구 소득세법 시행령 제168조의14 제1항 제4호의 위임을 받은 구 소득세법시행규칙 제83조의5 제1항은 ⁠‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준 등’에 관하여 정하면서 ⁠‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제104조의3 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판정한다’고 규정하는바, 제5호는 ⁠“지상에 건축물이 정착되어 있지 아니한 토지를 취득하여 사업용으로 사용하기 위하여 건설에 착공(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다)한 토지 : 당해 토지의 취득일부터 2년 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간(천재지변, 민원의 발생 그 밖의 정당한 사유로 인하여 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간을 포함한다)”을 비사업용 토지에 해당하지 않는 것으로 규정하고 있다.

(3) 일반적으로 과세처분취소소송에 있어 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 장기보유특별공제가 배제되어 양도소득세가 중과되는 비사업용 토지의 요건이 되는 용도별 ⁠‘범위’와 보유기간별 사용 실태에 따른 ⁠‘기간’ 등에 관하여도 과세관청에게 그 증명책임이 있다(대법원 2010. 9. 30. 선고 2010두8423 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 본 사실 및 증거들에 더하여 기록 및 위 법리 등에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 여러 사정들을 종합하여 보면, 쟁점토지의 경우 구 소득세법 시행령 제168조의6제1호에서 정하는 ⁠‘비사업용 토지’의 기간기준에 관한 요건을 모두 충족하였다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(1) 이 사건 토지가 구 건물(409.06㎡)의 부속토지로 사용된 소유권보존등기일(1998. 12. 10.)부터 철거·멸실일(2012. 5. 7.)까지 별도합산대상 또는 비과세 대상 토지로서 비사업용 토지에 해당함은 당사자 사이에 다툼이 없다.

(2) 피고는 이 사건 조사 당시 쟁점토지 733㎡의 경우, ① 양도일 직전 5년 중 1년간 별도합산대상 토지로 사용되어 3년 이상 사업에 사용되지 않았고, ② 양도일 직전3년 중 2년 이상을 사업에 사용하지 않았으며, ③ 토지의 보유기간 10,344일 중 4,898일(보유기간의 47.3%)만 사업에 사용되어 전체 토지 보유기간 중 60% 이상을 사업에 사용하지 않았다고 보아, 재산세 종합합산과세대상으로서 ⁠‘비사업용 토지’ 제외사유가부존재한다고 보았다. 그러나 원고의 기간별·지목별 토지 이용(변동) 현황은 다음과 같고, 원고의 전체 토지보유기간은 1988. 9. 2.부터 2016. 12.27.까지 총 10,344일이며, 그 중 쟁점토지(733㎡)가 비사업용 토지에 해당하는 기간은 합계 3,160일(= 2,195일 + 965일)로서, 약 30.5%(= 3,160/10,344×100%)에 불과하다.

(3) 종전토지는 1997. 12. 19. 이전에는 그 지목이 ⁠‘답’으로서 자경농지에 해당하지 않는 이상 원칙적으로 구 소득세법 제104조의3 제1항 제1호에 따라 ⁠‘비사업용 토지’로 볼 수밖에 없을 것이나, 한편 앞서 본 구 소득세법 시행규칙 제83조의5 제1항 제5호의규정에 따라 ⁠‘종전토지의 취득일부터 2년’(731일) 및 착공일 이후 건설이 진행 중인 기간‘(463일)은 그 지목과 무관하게 ⁠‘부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지’라고 봄이 타당하다(‘취득당시부터 사업용으로 사용할 목적이나 의도가 있어야한다’는 피고의 주장은 문언에 반하여 받아들이기 어렵다).

(4) 앞서 본 바와 같이 구 건물의 사용승인일은 1997. 12. 12.이고, 이후 위 건물이 철거·멸실된 2012. 5. 7.까지 구 건물 및 이 사건 토지의 현황은 동일하였으므로 1997.12. 13.부터 2012. 5. 6.까지 이 사건 토지는 지방세법상 별도합산과세대상으로서 비사업용토지에서 제외되고, 구 건물이 2012. 5. 7. 철거·멸실된 이상, 이 사건 건물이2012. 7. 28. 착공되어 2012. 11. 6. 완공되었다고 하더라도, 앞서 본 법리에 비추어2012. 5. 7.부터 2년간 비사업용 토지에 해당하지 않는다고 할 것이다.

(5) 결국 전체 토지소유기간 10,344일 중 비사업용 토지기간은 이 사건 토지 취득일로부터 2년이 경과한 1990. 9. 3.부터 구 건물 착공일 전날인 1996. 9. 5.까지 총2,195일과 구 건물이 멸실된 후 2년이 경과한 2014. 5. 8.부터 2016. 12. 27.까지 총965일을 더한 합계 3,160일(=2,195 + 965)임이 계산상 명백하다. 이는 원고의 전체 소유기간(10,344일) 중 약 30.5%로서, 원고는 결국 전체 토지 소유기간 중 69.5%에 상당하는 기간 이 사건 토지를 사업용 토지로 사용한 사실을 인정할 수 있으므로, 나머지 기간기준 요건에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 쟁점토지 부분은 구 소득세법 제104조의3 제1항에서 정하는 ⁠‘비사업용 토지’에 해당하지 아니한다.

2) 구 건물의 취득가액 및 철거비용의 필요경비 해당 여부

기존건물을 매수하여 단시일 내에 기존건물을 헐고 신축건물을 지어 이를 양도한 경우 당초부터 건물을 철거하여 토지만을 이용하려는 목적이었음이 명백한 경우에는 철거된 기존건물의 취득가액과 철거비용 등은 양도자산의 필요경비로 산입할 수 있다고 할 것이나, 기존건물을 취득한 후 10년이나 거주하다가 그 사이 건물이 노후하여 이를 철거하고 새 건물을 신축하여 양도한 경우까지 기존건물의 취득가액을 필요경비에 산입할 수는 없다고 할 것이다(대법원 1992. 10. 27. 선고 92누8781 판결 등 참조).

위와 같은 법리에 비추어 보면, 원고는 구 건물을 신축하고 15년 정도 사용하다가 철거한 다음 이 사건 건물을 신축하여 양도하였는바, 구 건물의 장부가액과 철거비용을 이 사건 건물의 필요경비에 산입할 수 없다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 소결론 이 사건 토지 중 쟁점토지 부분이 비사업용 토지임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하므로, 원·피고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이판결한다.

출처 : 서울행정법원 2022. 10. 13. 선고 서울행정법원 2020구합75958 판결 | 국세법령정보시스템