요지

구 법인세법 제98조의6 제4항이 구 국세기본법 제45조의2에 대한 특례규정에 해당하여 2012. 7. 1.부터의 원천징수분에 관하여 구 법인세법에 따른 3년의 경정청구기간만이 적용된다고 할 수는 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고의 원고들에 대한 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

3. 제1심판결 주문 제1항은 이 법원에서의 청구 감축에 따라 다음과 같이 변경되었다.

  피고가 원고 AAAAAA에 대하여 한 별지7 기재 원고 AAAAAA의 2016. 12. 29.자 법인세 4,221,795,374원의 경정청구에 대한 거부처분 중 2,107,542,300원을 초과하는 부분 및 원고 BBBBBB에 대하여 2017. 5. 16. 한 별지8 기재 법인세 4,603,654,345원의 경정거부처분 중 4,586,929,149원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

  주문 제3항 중 청구 감축에 따라 변경된 주문 부분과 같다(제1심에서, 원고 AAAAAA는 피고가 원고 AAAAAA에게 한 2016. 8. 1.자 경정청구, 2016. 8. 31.자 경정청구, 2016. 12. 29.자 경정청구의 각 거부처분의 취소를, 원고 BBBBBB는 피고가 원고 BBBBBB에게 한 2016. 5. 2.자 경정청구, 2016. 6. 29.자 경정청구의 각 거부처분의 취소를 각각 구하였으나, 피고가 제1심판결 선고 이후 원고들에 대하여 주문 제3항에서 취소하는 법인세 부분을 초과하는 부분을 감액경정함에 따라 당심에서 청구취지를 위와 같이 감축하였다).

2. 항소취지

  제1심판결을 취소한다. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 처분의 경위 및 관련 사건의 경과

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 아래 내용을 제1심판결문 해당 부분에 추가하는 것 외에는 제1심판결문 2쪽 10행부터 6쪽 4행까지 부분(”1. 처분의 경위 및 관련 사건의 경과“ 부분, ⁠‘별지1 내지 5’ 부분 포함) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

[추가하는 내용]

○ 4쪽 12행의 ⁠“관련 경정청구” 다음에 ⁠“(이하 원고들의 위 경정청구들을 통틀어 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)”를 추가한다.

○ 6쪽 2행과 3행 사이에 아래 내용을 추가한다.

「차. 피고는 2021. 10. 7. 종전 확정판결의 취지, 즉 원고들이 이 사건 배당 등에 관한 실질귀속자라는 점을 반영하되, 별지1 내지 5 기재 각 ⁠‘원천징수 납부세액’ 중 원고들이 구 법인세법 제98조의6 제4항에 정한 3년의 경정청구기간 내에 경정청구를 한 원천세액(원고 AAAAAA의 경우 2012. 7.분부터 2013. 6.분까지를 제외한 나머지 부분, 원고 BBBBBB는 2012. 8.분을 제외한 나머지 부분)과 이 사건 조세조약상 제한세율을 적용하여 산출한 ⁠‘정당한 원천징수납부세액’의 차액 상당액을 직권으로 감액경정하고, 2021. 10. 8. 그 감액경정된 금액 및 이에 대한 환급가산금을 원고들에게 각 환급하였다. 피고가 직권경정을 하여 원고들에게 환급한 원천세액 내역은 다음과 같다.¹⁾

(표 생략)

2. 피고의 주장²⁾

  구 법인세법 제98조의6 제4항의 경정청구권(이하 ’구 법인세법상 경정청구권‘)은 원천징수에 대한 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호의 경정청구권(이하 ’구 국세기본법상 경정청구권‘)의 특례규정이므로, 구 법인세법 부칙(제11128호, 2011. 12. 31.) 제1조, 제23조에 의해 위 규정이 신설되어 적용되기 시작한 2012. 7. 1.부터의 원천징수분은 구 국세기본법상 경정청구권이 아닌 구 법인세법상 경정청구권만 행사할 수 있다. 그런데 구 법인세법상 경정청구권의 경정청구기간은 3년이므로, 이 사건 소 중 원고들이 3년의 경정청구기간이 도과된 이후에 신청한 부분(원고 AAAAAA의 경우 2012. 7.분부터 2013. 6.분까지, 원고 BBBBBB는 2012. 8.분)에 대한 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3. 관계 법령

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결문 7쪽 17행(’별지6‘ 포함)과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

4. 판단

  가. 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호에 의하면, 원천징수의무자가 구 법인세법 제93조 제1호, 제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내 원천소득이 있는 원천징수대상자에 관하여 구 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 구 법인세법 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우, 그 원천징수의무자 또는 원천징수대상자 등은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 납부하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때에는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있다. 갑 제4 내지 8호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원천징수의무자인 이 사건 보관은행이 원고들을 원천징수대상자로 하여 이 사건 배당 등에 관하여 원천징수한 법인세를 납부하고 지급명세서를 기한까지 제출한 사실이 인정되므로, 원고들은 원천징수대상자로서 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호의 문언상 경정청구권자에 해당한다.

  나. 한편, 원고들은 이 사건 배당 등에 관한 실질귀속자이므로 구 법인세법상 경정청구권자에도 해당하는데, 구 국세기본법 제3조 제1항 제5호에서는 ⁠‘세법에서 국세기본법 제45조의2에 대한 특례규정을 두고 있는 경우에는 그 세법에서 정하는 바에 따른다’는 취지로 규정하고 있는바, 피고가 주장하는 바와 같이 2012. 7. 1. 이후의 원천징수분에 관하여는 구 국세기본법 제3조 제1항 제5호에 따라 구 법인세법상 경정청구권만을 행사할 수 있다고 보아 결국 구 법인세법 제98조의6 제4항에서 정한 ⁠‘3년’의 경정청구기간이 적용되는지 문제된다.

  다. 살피건대, 앞서 본 관련 법령의 규정 내용과 그 취지 등에 비추어 인정되는 다음과 같은 사정들에 의하면, 구 법인세법 제98조의6 제4항이 구 국세기본법 제45조의2에 대한 특례규정에 해당하여 2012. 7. 1.부터의 원천징수분에 관하여 구 법인세법에 따른 3년의 경정청구기간만이 적용된다고 할 수는 없다..

    1) 구 국세기본법상 경정청구권은 원천징수절차로 납세의무가 종결되는 경우에 원천징수대상자와 원천징수의무자 모두에게 경정청구권을 부여함으로써 원천징수제도 운영에 있어 납세자의 권익 보호를 강화하기 위해 도입되었고, 이후 비거주자 및 외국법인에게도 내국인과 동일한 수준의 경정청구권을 부여하기 위해 청구권자의 범위가 확대되었다. 반면 구 법인세법상 경정청구권은 외국법인의 조세조약에 따른 제한세율 적용 신청 절차를 명확히 하고 그러한 절차를 통해 제한세율을 적용 받지 못한 실질귀속자가 직접 경정청구를 할 수 있는 길을 열어주기 위해 마련된 규정인바, 그 입법취지에 비추어 볼 때 구 법인세법상 경정청구권의 신설로 인하여 종래 구 국세기본법상 경정청구권에 기하여 권리구제를 받을 수 있었던 자로 하여금 그 권리구제 가능성을 축소시키는 방향으로 해석할 수는 없다.

    2) 구 국세기본법상 경정청구권자는 원천징수대상자 및 원천징수의무자임에 반하여, 구 법인세법상 경정청구권자는 실질귀속자인 외국법인 또는 원천징수의무자로서, 경정청구권을 행사할 수 있는 자가 다르다. 구 법인세법상 경정청구권은 실질귀속자인 외국법인이 원천징수대상자가 아닌 경우에도 해당 외국법인에 대해 조세조약상 제한세율 적용을 위한 경정청구를 할 수 있게 해준다는 점에서 유의미하다고 보인다. 따라서 이 사건과 같이 원천징수대상자가 동시에 실질귀속자인 외국법인인 경우, 앞서 설명한 바와 같은 구 법인세법상 경정청구권의 취지상 해당 외국법인으로서는 원천징수대상자임을 요건으로 구 국세기본법상 경정청구권을 행사하거나, 혹은 실질귀속자임을 요건으로 구 법인세법상 경정청구권을 행사할 수도 있다고 볼 것이다.

    3) 구 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 및 제4항 제3호의 해석상, 지급명세서와 원천징수영수증에 원천징수대상자로 기재된 소득자는 그가 형식적 귀속자에 불과하더라도 국세기본법 제45조의2 제4항의 규정에 따라 원천징수대상자로서 그 과세표준 및 세액의 경정청구권을 행사할 수 있다[대법원 2017. 7. 11. 선고 2015두55134, 2015두55141(병합) 판결 참조]. 그런데 피고의 주장과 같이 구 법인세법 제98조의6 제4항이 국세기본법 제45조의2에 대한 특례규정에 해당한다고 보게 되면, 국내원천소득의 형식적 귀속자는 5년간 경정청구권을 행사할 수 있음에 반하여 실질귀속자는 구 법인세법에 따라 단지 3년간 경정청구권을 행사할 수 있다고 보게 되는바, 이는 구 법인세법상 경정청구권의 규정 취지에 부합한다고 보기 어렵다.

    4) 구 국세기본법상 경정청구권과 구 법인세상 경정청구권에 관한 주된 규정은 아래와 같은바, 밑에서 다시 살펴보는 바와 같이 그 청구인, 경정청구의 대상이 되는 소득의 범위, 경정청구의 사유, 경정청구권을 행사할 수 있는 요건, 경정청구 절차의 면에서 서로 차이가 있다.

       가) 구 국세기본법상 경정청구권은 원천징수의무자가 법인세를 원천징수하여 이를 납부하고, 지급명세서를 제출기한까지 제출한 경우에 한하여 원천징수대상자로 기재된 소득자가 행사할 수 있는데 반하여, 구 법인세법상 경정청구권은 실질귀속자임에도 불구하고 제한세율을 적용받지 못한 때에는 지급명세서가 제출기한까지 제출되었는지 등과 무관하게 실질귀속자가 이를 행사할 수 있어 그 청구인이 달리 규정되어 있다.

       나) 구 국세기본법상 경정청구권의 대상이 되는 소득은 구 법인세법 제93조 제1호․제2호, 제4호부터 제6호까지 및 제8호부터 제10호까지의 규정에 해당하는 국내원천소득인 반면, 구 법인세법상 경정청구권의 대상이 되는 소득은 구 법인세법 제93조에 따른 국내원천소득 전체인바, 경정청구권의 대상이 소득의 범위가 서로 다르다.

       다) 구 국세기본법상 경정청구권은 원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액 중 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 경정을 청구할 수 있다고 정하고 있는 반면, 구 법인세법상 경정청구권은 국내원천소득의 실질귀속자가 조세조약에서 정한 제한세율을 적용받으려는 경우 경정을 청구할 수 있다고 정하고 있어 경정을 청구할 수 있는 사유 또한 달리 규정되어 있다.

       라) 구 국세기본법상 경정청구권은 원천징수의무자가 구 법인세법 제98조에 따라 원천징수한 법인세를 납부하고 같은 법 제120조 또는 제120조의2에 따라 지급명세서를 제출기한까지 제출할 것을 요건으로 하고 있는 데에 반하여, 구 법인세법상 경정청구권은 제98조의6 제3항에 따라 제한세율을 적용받지 못하였을 것을 요건으로 하고 있어 청구권을 행사할 수 있는 요건이 달리 규정되어 있다.

       마) 구 국세기본법상 경정청구를 하기 위해서는 원천징수세액의 납부기한이 지난 후 5년 이내에 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 제25조의3에서 정한 절차에 따라 관할 세무서장에게 청구하여야 하는 반면, 구 법인세법상 경정청구를 하기 위해서는 세액이 원천징수된 날이 속하는 달의 말일부터 3년 이내에 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것) 제138조의8 제1항에서 정한 절차에 따라 원천징수의무자의 납세지 관할 세무서장에게 청구하여야 하므로, 청구 절차에도 차이가 있다.

    5) 2019. 12. 31. 개정된 현행 국세기본법 제45조의2 제5항에서는 종래 구 국세기본법상 경정청구권을 행사할 수 있는 원천징수대상자에서 ”「소득세법」 제1조의2제1항제2호에 따른 비거주자 및 「법인세법」 제2조제3호에 따른 외국법인은 제외한다“고 새로이 규정하였다. 그리고 같은 날 개정된 현행 법인세법 제98조의6 제4항에는 ⁠‘국세기본법 제45조의2 제2항에서 정한 후발적 경정청구 사유가 발생한 경우 본문(법인세법상 경정청구권)에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다’는 내용의 단서가 추가되었다. 이와 같은 국세기본법과 법인세법의 개정 취지는, 법인세법상 경정청구권이 성립한 경우에도 별도로 국세기본법상 경정청구권이 성립할 수도 있다는 전제에서 외국법인의 경정청구 제도를 법인세법에 기한 청구로 일원화하되, 법인세법상 경정청구권의 청구기간 5년이 도과하더라도 국세기본법상 경정청구권의 발생사유를 안 날로부터 다시 3개월의 경정청구기간을 인정하고 있는 것으로 보인다. 그렇다면 이와 같은 국세기본법과 법인세법 개정 이전에 관하여도, 구 국세기본법상 경정청구권과 구 법인세법상 경정청구권은 양립하여 성립할 수 있다고 해석함이 자연스럽다.

    6) 구 법인세법상 경정청구권은 구 법인세법(2011. 12. 31. 법률 제11128호로 개정된 것) 제98조의6 제4항에서 신설되었는데, 그 당시 경정청구기간은 ⁠‘3년’이었다. 한편, 위 구 법인세법상 경정청구권이 신설될 당시 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항, 제4항에서 정한 경정청구기간 역시 ⁠‘3년’으로, 구 법인세법상 경정청구권의 신설 당시 경정청구기간과 동일하였다. 그런데 2014. 12. 23. 법률 제12848호로 구 국세기본법이 개정되면서 그 경정청구기간이 ⁠‘5년’으로 연장되었음에도, 구 법인세법상 경정청구기간은 그대로 ⁠‘3년’으로 유지되다가, 2016. 12. 20. 법률 제14386호로 구 법인세법이 개정되면서 비로소 그 경정청구기간이 ⁠‘5년’으로 연장되었다. 결국 위와 같은 법 개정으로 인하여, 실질적으로 구 국세기본법상 5년의 경정청구기간이 적용된 2012. 7. 1.경부터의 원천징수분부터 구 법인세법상 경정청구기간도 5년으로 연장되어 적용되기 시작한 2014. 1. 1. 이전의 기간⁴⁾에 관하여만 구 법인세법상 경정청구기간이 구 국세기본법상 경정청구기간보다 짧게 규정되었던 것이다. 비록 구 국세기본법상 경정청구권과 구 법인세법상 경정청구권의 청구기간이 반드시 동일해야 하는 것은 아니지만, 당초 구 법인세법상 경정청구권의 신설 당시 구 국세기본법상 경정청구권과 그 경정청구기간을 동일하게 규정하였고, 현재도 이를 동일하게 규정하고 있는 점에 비추어 특정 기간에 관하여만 구 법인세법상 경정청구기간이 구 국세기본법상 경정청구기간보다 단기간으로 규정되어 있는데, 이를 근거로 원천징수대상자이자 실질귀속자인 외국법인의 권리구제 가능성을 축소하는 방향으로 해석하기는 어렵다.

라. 결국 원고들은 원천징수대상자로서 구 국세기본법상 경정청구권도 행사할 수 있다고 할 것이다. 그리고 갑 제6호증의1, 제8호증의 1의 각 기재에 의하면, 원고들은 이 사건 경정청구를 할 당시 근거조항을 ”국세기본법 제45조의2“라고 명시한 사실을 인정할 수 있다. 따라서 이 사건 경정청구는 구 국세기본법상 경정청구기간인 5년 내에 제기된 것으로 모두 적법하다. 한편, 원고들이 한․룩 조세조약의 제한세율을 적용대상자임에도 이 사건 배당 등에 대해 제한세율을 적용 받지 못한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 거부처분 중 피고의 직권경정 후 남은 부분, 즉 피고가 원고 AAAAAA에 대하여 한 별지7 기재 원고 AAAAAA의 2016. 12. 29.자 법인세 4,221,795,374원의 경정청구에 대한 거부처분 중 2,107,542,300원을 초과하는 부분 및 원고 BBBBBB에 대하여 2017. 5. 16. 한 별지8 기재 법인세 4,603,654,345원의 경정거부처분 중 4,586,929,149원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

5. 결론

  그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 있어 모두 인용한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 피고의 항소는 이유 없어 기각한다. 다만, 제1심판결의 주문 제1항은 원고들이 이 법원에서 청구를 감축함에 따라 주문 제3항과 같이 변경되었다.

1) 이와 같이 피고가 원고들이 이 사건 배당 등에 관한 실질귀속자라는 점을 반영하여 원고들에 대한 법인세를 직권으로 감액경정하였으므로, 피고의 종전 주장 중 원고들이 실질귀속자에 해당하지 않는다는 부분은 따로 판단하지 않는다.

2) 피고는 제1심에서 원고들이 구 법인세법 제98조의6 제4항에 규정된 경정청구권을 행사 요건인 ⁠‘실질귀속자’에 해당하지 않아 경정청구권자가 될 수 없다고 주장하였다. 그러나 앞서 살핀 바와 같이 피고는 원고들이 위 규정에 따른 ⁠‘실질귀속자’에 해당하여 구 법인세법상 경정청구권을 행사할 수 있음을 전제로 직권으로 별지1 내지 5 기재 일부 법인세 원천세액에서 이 사건 조세조약상 제한세율을 적용한 원천세액의 차액 상당액을 감액경정하였는바, 이로써 위 주장은 철회한 것으로 볼 수 있으므로 위 주장에 관한 판단은 하지 않는다.

3) 구 국세기본법상 제45조의2 제4항은 ⁠‘제45조의2 제1항 제1호 중 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액"은 "원천징수영수증에 기재된 과세표준 및 세액"으로 본다’고 정하고 있다.

4) ○ 구 국세기본법 부칙(법률 제12848호, 2014. 12. 23.)

     제1조(시행일) 이 법은 2015년 1월 1일부터 시행한다.

     제7조(경정 등의 청구 기간 연장에 관한 적용례 등)

      ① 제45조의2제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 결정 또는 경정을 청구하는 분부터 적용한다.

      ② 제1항에도 불구하고, 이 법 시행 전에 종전의 제45조의2제1항에 따른 청구기간이 경과한 분에 대해서는 제45조의2제1항의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따른다.

   ○ 구 법인세법 부칙(법률 제14386호, 2016. 12. 20.)

     제1조(시행일) 이 법은 2017년 1월 1일부터 시행한다. ⁠(이하 생략)

     제7조(외국법인에 대한 조세조약상 비과세 또는 면제 등 적용 신청에 관한 적용례) 제98조의4제4항, 제98조의5제2항 및 제98조의6제4항의 개정규정은 이 법 시행 당시 종전의 경정청구기간이 경과되지 아니한 경우에도 적용한다.

출처 : 서울고등법원 2022. 07. 14. 선고 서울고등법원 2021누43745 판결 | 국세법령정보시스템