요지

세법에서 이월결손금의 공제를 한정하는 것은 현저히 불합리하거나 헌법상 조세평등주의 내지 평등의 원칙에 반한다고 볼 수 없으며, 재고자산을 취득하기 위한 금융비용은 당해 사업연도에 손금에 산입될 뿐 건설자금이자 자본화 대상에 포함될 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고 OO세무서장이 2019. 12. 12. 원고에게 한 2018 사업연도 법인세 3,406,382,054원의 감액경정청구 거부처분, 피고 OO시 OO구청장(이하 ⁠‘피고 OO구청장’이라고만 한다)이 2020. 7. 6. 원고에게 한 2018 사업연도 법인지방소득세 338,720,139원의 감액경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위 등

가. 당사자 지위

원고는 2005. 12. 8. 유동화전문회사 등 투자회사에 대한 소득공제를 규정한 구 법인

세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제51조의2 제1항 제6호 및 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것) 제86조의2에 근거하여 설립된 명목회사로서 임대주택분양업을 주된 영업으로 하는 프로젝트금융투자회사(Project Financing Vehicle, PFV)이다. 즉, 특수목적회사(SPC)로서 OO OO구 OO동 00 외 23필지 일원의 ⁠‘OO동 OO대 이전부지’(이하 ⁠‘이 사건 사업부지’라 한다)를 개발하여 ⁠‘BBBB’ 아파트, 상가 및 그 부속시설(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 아파트’라 한다)을 건설 및 분양하고 그 수익을 주주에게 분배하는 단일 사업을 목적으로, 위 사업목적이 종료되면 청산을 예정하고 있다.

나. 임대주택건설사업의 진행

1) 사업부지 등의 매입

가) 원고는 2006. 6. 9. 차주 겸 시행사로서 아래 대주들 및 대표주관회사 등 당사자들 사이에 495,000,000,000원의 ⁠‘OO동 OO대부지 개발사업 프로젝트금융’ 수정대출약정서를 작성하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다(이하 ⁠‘이 사건 수정대출약정’이라 한다).

나) 원고는 2006. 7.경 OO대학과 사이에 다음과 같이 ⁠‘OO OO구 OO동 00 학교용지 72,260㎡’ 외 15필지 토지 및 그 지상 3층 교사(校舍) 등 6개의 건물을 매매대금합계 331,800,000,000원에 매입하는 내용의 매매계약서를 작성하였다.

다) 원고는 2006. 7. 26. 이 사건 수정대출약정에 따라 대리금융기관인 bb종금에게 부지매매대금 및 수수료 등 명목의 약정대출금을 인출 요청하여 아래와 같이 계좌이체 요청한 각각의 계좌로 합계 405,952,111,655원의 약정대출금(이하 ⁠‘특정차입금’이라고도 한다)을 이체 받아 수령하였다.

예금인출요청 및 계좌이체요청내역 ⁠(단위 : 원)

라) 한편, 원고는 같은 날인 2006. 7. 26. OO대학으로부터 2006. 7. 25.자 매매를

원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳤다.¹⁾

2) 주택건설사업의 경과

가) 원고는 2007. 8.경 피고 OO구청장에게 ⁠‘OO동 OO대 이전부지 개발사업’(이하‘이 사건 개발사업’이라 한다)을 통해 신축된 아파트를 ⁠‘일반분양’하는 것으로 주택건설 사업계획승인 신청을 하였다가 절차요건 미비 등을 이유로 반려되었다. 원고는 2007. 9.경 분양가 상한제가 시행된 이후 주택건설사업의 내용을 ⁠‘임대 후 분양’으로 사업방식을 변경하여 다시 사업계획승인신청을 하였다.

나) 원고는 2008. 5. 29. 피고 OO구청장으로부터 구 주택법 제16조 및 같은 법 시행규칙 제9조 제8항에 따라 이 사건 사업부지 24필지 지상 ⁠“대지면적 : 111,511.5㎡(부

지면적: 134,536.83㎡, 기부채납: 23,025.33㎡)”, ⁠“건축규모 : 지하2층/지상3층~지상12층 연면적 209,628.14㎡, 32개동 600세대 및 부대시설”(착공예정일 : 2008. 6. 30., 사용검사예정일 : 2010. 7. 31.)을 건설하는 내용의 임대주택건설 사업계획승인인가를 받았다

다) 원고는 2018. 9. 22. 사업계획승인을 받은 이 사건 아파트의 설계·공사 등 건설사업에 착공하여 2008. 9. 25. 피고 OO구청장에게 그 착공신고를 마치고 착공신고필증을 교부받았다.

라) 원고는 착공 이후 이 사건 아파트의 건설과정에서 발생한 특정차입금에 관하여 2009 사업연도에 발생한 이자비용 중 7,717,477,914원을 건설자금이자로 보아 손금불산입(유보) 세무조정을 하였다가, 다시 2010 사업연도 귀속 법인세 신고 시 위 금액을 임의로 손금산입(△유보)한 사실이 있다. 이에 대하여 피고는 2013. 1. 9.부터 2013. 3.9.까지 원고에 대한 세무조사(조사대상기간 2009. 1. 1.~2011. 12. 31.)를 실시한 결과, 원고가 ① 위와 같이 2010 사업연도에 전기(前期) 발생 건설자금이자 7,717,477,914원을 손금산입(△유보)하여 추인한 잘못이 있고, ② 2010 사업연도 당기 발생 이자비용 중 8,249,520,262원을 건설자금이자로 보아 손금불산입(유보) 세무조정 하였어야 함에도 이를 누락한 잘못이 있다고 보아 합계 15,966,998,176원의 손금불산입(유보) 처분을 하였는바, 원고는 이러한 세무조사 결과에 대하여 불복하지 아니하였다.

3) 주택임대 및 분양사업으로의 전환

가) 원고는 2011. 1. 7.경 이 사건 아파트의 사용검사 승인을 받아 준공완료 후 주택임대사업을 개시하였다.

나) 원고에게는 2011. 1.부터 구 임대주택법(2015. 1. 6. 법률 제12985호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제16조 제1항 제4호, 구 임대주택법 시행령(2013. 12. 4. 대통령령 제24911호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항에 따라 임대개시 후 5년의 임대의무기간이 적용되었고, 2014. 4.부터 구 임대주택법 시행령 제13조 제2항 제3호에 따라 임차인과의 합의에 의해 일부 분양전환이 개시되었으며, 2016. 1.경 매각이 완료되었다.

다. 법인세 및 법인지방소득세의 신고·납부

1) 원고는 2005년부터 이 사건 아파트의 부지매입과 사업승인, 건설 공사, 임대 및 분양 등 목적 사업을 진행하였는데, 2005~2015 사업연도에 총 502,345,800,764원의 결

손금이 발생하였다.

2) 원고는 피고 OO세무서장에게, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1호에 따라, 2016~2018 사업연도 각 법인세 과세표준 산정 시 아래 와 같이 2009~2015 사업연도의 결손금 합계 390,590,960,325원²⁾을 공제한 후, 2016 및 2017 사업연도 법인세액을 각 ⁠‘0원’으로 신고하고, 2018 사업연도 법인세 및 가산세 합계액 ⁠‘3,702,216,932원’을 신고·납부하였다. 즉, 원고는 2005~2008 사업연도 발생 결손금 합계 111,754,832,439원(이하 ⁠‘이 사건 미공제 이월결손금’이라 한다)의 경우에는 2016 사업연도 법인세 신고 당시 이미 5년이 경과되어 공제받지 못하였다(아래 참조).

원고의 결손금 발생·공제 내역 ⁠(단위 : 원)

3) 원고는 피고 OO구청장에게, 구 지방세법(2019. 12. 31. 법률 제16855호로 개정되기 전의 것) 제103조의19, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1호에 따라 2016~2018 사업연도 각 법인지방소득세 과세표준 산정시 2008~2015 사업연도의 결손금 합계 390,590,962,325원을 공제함으로써, 2016 및2017 사업연도의 경우 각 법인지방소득세액을 ⁠‘0원’으로 신고하고, 2018 사업연도 법인 지방소득세 및 가산세 합계 ⁠‘338,720,139원’을 각 신고·납부하였다.

라. 원고의 경정청구에 대한 거부처분 및 전심절차의 이행

1) 원고는 2019. 9. 3. 피고 OO세무서장에게 2005~2008 사업연도에 발생한 이 사건 미공제 이월결손금 111,754,832,439원도 이월결손금 공제대상으로 반영하여 2018사업연도 법인세액 중 3,702,216,932원의 감액경정을 구한다는 취지의 경정청구(이하‘이 사건 법인세 경정청구’라 한다)를 하였는데, 피고 OO세무서장은 2019. 12. 12. 이 사건 미공제 이월결손금은 2018 사업연도 법인세의 공제대상이 아니라는 취지로 원고의 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다.

2) 원고는 2020. 5. 15. 피고 OO구청장에게, 2005~2008 사업연도에 발생한 이 사건 미공제 이월결손금을 반영하여 2018 사업연도 법인지방소득세액 중 338,720,139원의 감액경정을 구한다는 취지의 경정청구를 하였는바(이하 ⁠‘이 사건 지방소득세 경정청구’ 라 한다), 피고 OO구청장은 2020. 7. 6. 이 사건 미공제 이월결손금은 2018 사업연도 법인지방소득세의 공제대상이 아니라는 취지로 위 경정청구를 거부하는 처분을 하였다 ⁠(이하 이 사건 법인세 및 법인지방소득세 경정청구 거부처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

3) 원고는 2019. 12. 26. 조세심판원에 피고 OO세무서장을 상대방으로 하는 심판청구를 하였으나, 2020. 6. 30. 기각 결정을 받았다.

4) 이 사건 소 제기 이후, 원고의 피고 OO세무서장에 대한 기부금 한도 산정과 관련한 별도의 2018 사업연도 법인세 경정청구가 받아들여져 2018 사업연도 법인세액이 종전 3,702,216,932원에서 3,406,382,054원(가산세 264,932,720원 포함)으로 감액경정 되었고, 그 차액인 295,834,878원이 원고에게 환급되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 8, 9, 10, 16, 17, 26, 27호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다), 을가 제2, 4 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고 OO구청장의 본안 전 항변에 대한 판단

가. 본안 전 항변

원고가 피고 OO구청장을 상대로 이 사건 지방소득세 경정청구 거부처분의 취소를 구함에 대하여, 피고 OO구청장은 원고가 피고 OO세무서장을 상대로 이 사건 법인세 경정청구 거부처분의 취소 판결을 받으면 충분하므로, 별도로 피고 OO구청장을 상대로 이 사건 지방소득세 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 소를 제기하는 것은 소의 이익이 없어 부적법하다고 본안 전 항변을 한다.

나. 판단

1) 구 지방세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것) 제94조 제1항 본문은 ⁠‘지방소득세 소득분의 계산방법’에 관하여 ⁠‘소득세법과 법인세법에 따라 신고하거나결정·경정된 소득세 및 법인세로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조제1항의 세율을 적용하여 계산한다’고 규정하고 있었는데, 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되면서 제103조의19로 ⁠‘법인지방소득세의 과세표준은 법인세법 제13조에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하게 되었다. 위 법 개정시 ⁠‘법인세법 제13조에 따라 신고하거나 결정‧경정된 과세표준’이라고 규정하지 않고 ⁠‘법인세법 제13조에 따라 계산한 금액’이라고 규정한 것을 고려하면, 그 문언의 뜻은 과세표준 계산방법을 법인세법에 따르라는 뜻, 즉 법인세법에 따라 계산한 독자적인 과세표준을 갖게 되는 것으로 해석함이 타당하다. 법인지방소득세는 법인세의 과세표준을 전제로 하고 있기는 하나, 법인세법에 의하여 계산된 과세표준이 위법하다는 이유로 법인세의 취소를 구함과 동시에 별도로 그 법인지방소득세의 위법을 다툴 수 있다고 할 것이다(대법원 2020. 1. 16. 선고 2016두35854, 35861, 35878, 35885, 35892, 35908 판결 취지 등 참조).

2) 이러한 법리에 비추어 보면, 납세지 관할 지방국세청장의 법인세 과세표준에 대한 경정 결정이 없더라도 법인지방소득세의 과세표준이 되는 금액의 산정이 위법한 경우, 처분청을 달리할 뿐만 아니라 그 자체로 별개의 조세를 성립시키는 독립된 처분에 해당하는 법인지방소득세 부과처분은 위법하여 취소되어야 하므로, 이에 대하여 별도의 항고소송을 제기할 소의 이익이 없다고 볼 수 없다.

[한편, 대법원 2016. 12. 29. 선고 2014두205 판결의 경우, ⁠‘관련 납세의무자로서는 세무서장을 상대로 한 항고소송에서 소득세 부과처분의 취소판결을 받으면 족하고 이와 별도로 지방소득세 소득세분 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기할 필요는 없다’고 설시하고 있는바, 해당 문언의 전·후 맥락과 사전적 의미 등에 비추어 볼 때, 피고OO구청장의 주장과 같이 ⁠‘소를 제기할 필요는 없다’는 문구의 의미를 ⁠‘소의 이익이 없어 부적법하다’는 뜻으로 단정하기는 곤란하다.]

3) 따라서 피고 OO구청장의 본안 전 항변은 이유 없다.

3. 본안에 대한 판단

가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같이 위법하므로 취소를 구한다.

1) 제1주장 : 금융비용의 자본화 이 사건 특정차입금의 이자비용은 원고의 목적사업을 영위하는데 회피 불가능한 비용이므로, 그 손금의 인식 또한 수익인 분양매출이 발생하는 시점에 대응하여 이 사건 아파트의 준공완료일인 2010 사업연도까지 금융비용으로 자본화하고, 이후 발생되는 분양매출에 맞추어 관련 비용을 인식하였어야 하며, 이는 이 사건 사업부지 및 아파트를 재고자산 혹은 사업용 고정자산으로 보는지와 무관하게 세법상의 실현주의, 수익비용 대응의 원칙 및 기업회계기준에 부합한다. 즉, 원고는 2006년부터 2010년까지 사이에 아래와 같은 금융비용(이자 및 금융수수료) 합계 208,119,030,081원을 비용으로 처리하였는데, 이를 자본화할 경우 2015년부터 위 금액만큼 매출원가는 증액되어야 하 고, 결과적으로 원고가 납부할 2018 사업연도 법인세액은 0원이 된다.

2) 제2주장 : 이월결손금 공제

원고는 그 사업의 특성상 2005년 법인설립 후 사업 준비기간 5년(관련 인허가 2년, 공사기간 3년), 임대기간 5년을 합한 최소 10년간은 막대한 금융비용이 발생한 반면, 구조적이고 외부적인 요인으로 말미암아 상당기간 이익을 내는 것이 불가능하였다. 이러한 경우 분양매출이 발생한 2016 사업연도부터 이월결손금 공제기간이 기산되도록 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 5년의 이월결손금 공제기간의 기산점을 ⁠‘수익발생 가능시점’으로 해석함으로써 2005~2008 사업연도 사이에 발생한 이 사건 미지급 이월결손금도 2018 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 예외적으로 공제받는 것을 허용하여야 한다. 단지 오래 전에 발생한 결손금이라는 사유만으로 공제의 기회를 박탈하는 것은 합리적인 이유를 찾을 수 없어 과세형평에 반하고 조세평등의 원칙 및 국세기본법 제18조 제1항을 위반한 것에 해당하는 점, 법 문언에 얽매이지 않고 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법취지 및 목적 등을 고려한 합헌적·합목적적 법률해석이 허용되는 점, 이월결손금 공제를 받지 못하게 된 것에 원고의 귀책사유가 없으므로 정의나 형평의 관점에서 세법상 ⁠‘정당한 사유’가 있다고 볼 것인 점 등 을 고려하면, 원고에 대하여 위와 같은 예외적인 공제를 인정하지 아니하는 것은 헌법및 세법상 기본 원리에도 반한다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 제1주장(금융비용 자본화)에 대한 판단

가) 관련 법 규정 등의 해석

(1) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제14조 제1항은 ⁠‘내국법인의 각 사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하는 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하는 손금의 총액을 뺀 금액으로 한다’고 규정하고, 제19조 제1항은 ⁠‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하고 있는 것은 제외하고 해

당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다’고 규정하며, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기전의 것, 이하 같다) 제19조 제7호는 손비의 하나로 ⁠‘차입금이자’를 규정하고 있다. 또

한 법인세법 제40조 제1항은 ⁠‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다’고 규정하고 있다. 위 규정들을 종합하면, 차입금이자는 그 지출이 확정된 사업연도의 손금에 산입하는 것이 원

칙이다.

(2) 다만, 구 법인세법 제28조 제1항 제3호는 ⁠‘대통령령으로 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자’(이하 ⁠‘건설자금이자’라 한다)는 내국법인의 각 사업연도 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않는 것으로 규정하고, 구 법인세법 시행령 제52조 제1항은 ⁠“법 제28조 제1항 제3호에서 ⁠‘대통령령으로 정하는 건설자금이자’란 그 명목 여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설에 소요되는 차입금(‘특정차입금’)

에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다”고 규정하며, 제2항은 ⁠“특정차입금에 대한 지급이자 등은 건설 등이 준공된 날까지 이를 자본적 지출로 하여 그 원본에 가산한다”면서, 제5항 본문은 ⁠“특정차입금 중 해당 건설 등이 준공된 후에 남은 차입금에 대한 이자는 각 사업연도의 손금으로 한다”고 규정하고 있는바, 사업용 고정자산의 건설 등에 소요된 차입금의 이자 등은 당해 사업용 고정자산의 취득원가를 구성하고, 각 사업연도 소득금액 계산에 있어 손금에 산입되지 않는다. 그렇다면, 사업용 고정자산이 아닌 재고자산 취득을 위한 차입금이자 등은 원칙으로 돌아가 취득원가에 가산되지 않고 기간비용으로서 발생한 당해 사업연도의 손금에 산입되어야 한다.

(3) 한편, 구 법인세법 시행령 제52조 제6항은 ⁠‘준공된 날’에 대하여 정하면서, 그 제1호에서 ⁠“토지를 매입하는 경우에는 그 대금을 청산한 날, 다만 그 대금을 청산하기 전에 당해 토지를 사업에 사용하는 경우에는 그 사업에 사용되기 시작한 날”이라고 정하고, 제2호 및 제3호에서 ⁠“건축물의 경우에는 소득세법 시행령 제162조의 규정에 의한 취득일 또는 당해 건설의 목적물이 그 목적에 실제로 사용되기 시작한 날(이하 ⁠‘사용개시일’이라 한다)중 빠른 날”, ⁠“기타 사업용 고정자산의 경우에는 사용개시일”이라고규정하고 있다. 건설자금이자 손금불산입의 이론적 근거 및 위 시행령 규정의 개정취지 등을 종합하여 볼 때, 토지매입의 경우 건설자금이자 취득원가 산입의 종기는 그 대금을 완불한날로 보되, 대금을 완불하기 전에 당해 토지를 사업에 직접 제공한 때에는 사업에 직접 제공한 날로 보아야 하고, 여기에서 당해 토지를 사업에 직접 제공한 날이라 함은 건축물 또는 구축물의 부지로 사용하기 위한 토지매입의 경우에 있어서는 '당해 건축물 또는 구축물이 준공되어 그 목적에 실제로 사용되는 날'을 말한다고 보아야 할 것 이다(대법원 1995. 8. 11. 선고 95누3121 판결, 대법원 2001. 10. 30. 선고 99두4310 판결 등 참조). 법인세법상 손금불산입 대상인 건설자금이자는 특정차입금의 차입일부터 해당 자산의 취득일 등까지 발생한 이자에서 특정차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자를 차감하는 방법으로 산정하여야 한다(대법원 2013. 9. 12. 선고 2013두5517판결 등 참조).

나) 구체적인 판단

앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고는 부지매매대금으로 소요된 차입금에 대한 지급이자를 2006. 7. 26. 이후 자본화 할 수 없다고 할 것이고, 이 사건 아파트의 건설에 소요된 차입금에 대한 지급이자는 2013년 세무조정을 통해 건설자금이자로 이미 자본화되어 취득원가에 포함 되었다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고가 2006. 7. 26.경 부지매매대금의 잔금지급을 완료한 사실은 앞서 본 바와

같으므로, 이 사건 사업부지 매입으로 인한 건설자금이자 취득원가 산입의 종기는 대금을 완불한 2006. 7. 26.이라고 할 것이고, 따라서 그 이후의 차입금이자 등은 이 사건 사업부지의 취득원가에는 가산할 수 없고, 손금 산입만이 가능하다고 봄이 타당하다(원고 주장과 같이 이 사건 사업부지 개발 및 매각을 위하여 필요한 기간이 장기간

일 경우 수익비용대응이 어긋나게 되어 원고의 과세부담이 가중될 여지가 있으나, 이는 기본적으로 입법정책의 문제로서 그와 같은 사정만으로는 법인세법 규정과 상이하게 금융비용 자본화 종기를 정할 수는 없다).

(2) 부동산 매매업자의 판매용 토지는 기업의 업무에 사용하지 않는 것으로서 정상적인 영업활동과정에서 판매할 목적으로 보유하거나 생산과정에 있는 자산을 총칭하는 재고자산으로 분류될 뿐이고, 기업의 정상적인 영업순환과정에 사용할 목적으로 취득한 것으로서 장기지속적인 성질을 가진 자산을 총칭하는 고정자산에 해당하지 아니한다(대법원 1997. 7. 25. 선고 95누16950 판결 등). 원고는 당초 이 사건 사업부지를 기업의 업무에 사용할 목적이 아니라 그 지상에 공동주택을 건설한 후 판매할 목적으로 취득한 것이므로, 이 사건 사업부지는 적어도 임대주택건설 사업계획승인을 받은 2008. 5. 29. 이전에는 사업용 고정자산이 아니라 재고자산으로 봄이 타당하다(즉, 이 사건 사업부지가 주택임대사업에 제공되는 기간 동안은 설령 장기지속적인 성질을 가진 사업용 고정자산으로 볼 수 있다고 하더라도, 사업용 고정자산인 토지 매입의 경우에 차입금이자 등 금융비용의 자본화는 앞서 본 바와 같이 ⁠‘준공된 날’에 해당하는 대

금청산일까지 완료되어야 하는 것인데, 원고는 2006. 7. 26.경 부지매매대금의 잔금지

급을 완료하였다). 이처럼 재고자산에 해당하는 이상, 이를 취득하기 위한 차입금의 이자 및 수수료 등 금융비용은 취득원가에 가산되지 않고 당해 사업연도 손금에 산입된

다고 할 것이다.

(3) 원고는 2008. 9. 25.경 이 사건 아파트의 건설에 착공하여 2011. 1. 7.경 준공완료 하였는데, 앞서 본 바와 같이 피고는 2013년경 원고에 대한 세무조사(2009 ~ 2011사업연도)를 거쳐 이 사건 아파트의 건설에 소요된 차입금에 대한 2009년 및 2010년

건설자금이자 159억 원 상당을 손금불산입(유보)하는 세무조정을 통해 취득원가에 산입함으로써 이미 자본화해 준 점, 원고는 이러한 세무조사결과에 대해 불복하지 아니한 채 과세관청이 경정한 건설자금이자를 2014 사업연도 이후의 분양매출원가에 반영하여 법인세를 신고한 점 등에 비추어 보면, 원고 주장대로 과거 이자비용 등으로 손금산입한 금액 중 건설자금이자로 취득원가에 산입되어야 할 금원이 있다고 하더라도이미 2013년도 세무조사를 통해 적법하게 건설자금이자로 계상되었다고 할 것이다.

(4) 원고는 2006년부터 2010년까지 자본화하여야 할 금융비용(이자비용 및 금융수수료)이 208,119,030,081원에 이른다고 주장하나, ① 사업용 고정자산의 건설 등에 소요되었는지 여부가 분명하지 아니한 차입금은 제외됨에도, 원고는 건설 등에 소요된 것이 분명한 차입금의 차입일자 및 금액 등을 전혀 특정하지 아니한 채 막연히 원고가 2007년 이후 차입한 모든 금액은 이 사건 아파트를 건설하여 분양하는 것을 목적으로하여 사용된 특정차입금에 해당한다고 주장하고 있는 점, ② 차입금의 일시예금에서 생기는 수입이자는 원본에 가산하는 자본적 지출금액에서 차감하여야 하는바, 원고가 2008. 11. 30. 수령하였음을 인정하고 있는 수입이자 13,680,463,297원 외에 추가이자가 있을 가능성을 배제하기 어려운 점, ③ 차입한 건설자금의 일부를 운영자금에 전용한 경우에는 그 부분에 상당하는 지급이자는 이를 손금으로 하여야 하는바, 이 사건

수정대출약정에서 대출금이 부지매매대금 외에 원고의 초기사업비 충당에 사용될 수 있음을 예정하고 있는 점 등에 비추어 보면 원고가 제출한 증거만으로는 원고가 지출하였다고 주장하는 위 금융비용이 이 사건 아파트의 건설자금이자에 해당한다는 사실 을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다.

(5) 원고는, ⁠‘기업회계기준과 관행의 적용’에 관한 법인세법 제43조의 규정을 들어 실현주의나 수익비용대응의 원칙, 기업회계기준에 따라 이 사건 사업부지 취득일 이후에도 발생한 차입금이자 등을 건물의 취득부대비용으로서 취득원가에 가산하는 것이 법인세법상 허용된다는 취지로 주장한다. 그러나, 법인세법 제43조는 법인의 익금과 손

금의 귀속 사업연도 등과 관련하여 기업회계기준 또는 관행을 보충적으로 적용할 수 있다는 취지에 불과한 점, 국세기본법 제20조에서도 ⁠‘세무공무원이 국세의 과세표준을조사·결정할 때에는 해당 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는관행으로서 일반적으로 공정ㆍ타당하다고 인정되는 것은 존중하여야 한다’면서 단서에서는 ⁠‘다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다’고 규정하고 있는 점

등에 비추어 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.

2) 제2주장(이월결손금 공제)에 대한 판단

가) 이월결손금 공제 제도의 개정연혁과 입법취지

(1) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1호는각 사업연도의 법인세 과세표준에서 공제할 수 있는 ⁠‘이월결손금’에 관하여 당초 ⁠“각사업연도의 개시일전 5년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액”이라고 규정하고 있었으나, 2008년 개정으로 ⁠“각 사업연도의 개시일전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준계산에 있어서 공제되지 아니한 금액”이라고 규정하여 그 공제기간이 10년으로 연장되었다(이하 ⁠‘개정 후 조항’이라 한다). 위 2008년 개정된 법인세법 부칙에 따르면, 개정 후 조항은 2009. 1. 1. 이후 최초로 개시하는 사업연도에 발생하는 결손금부터 적용하는 것으로 그 적용범위를 한정하고 있다(위 부칙 제3조, 제1조, 이하 ⁠‘이 사건 부칙 조항’이라 한다).

(2) 이월결손금 공제 대상기간의 경우, 1949년 법인세법 제정 시에는 직전 사업연도에서 발생한 결손금의 이월공제를 규정하였고, 1961년 법인세법 개정 시부터 각 사업연도 개시일 전 2년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 이월결손금을 과세표준에서 공제하도록 규정하였다. 이후, 1971년 개정 시 3년, 1988년 개정 시 5년(2008. 12. 31.이전에 개시한 사업연도), 2008년 개정 시 비로소 10년으로 이월결손금 공제 대상기간을 점차 확대하였다. 그에 따라 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기전의 것) 제13조는 내국법인의 각 사업연도 소득에 대한 법인세 과세표준을 산정할 때 각 사업연도의 소득 범위에서 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 발생한 결손금 등을 아무런 공제한도 없이 모두 과세표준에서 공제할 수 있도록 정하고 있었다.

(3) 법인세법상 결손금이란 당해 사업연도에 속하는 손금의 총액이 그 사업연도에 속하는 익금의 총액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 말하고(법인세법 제14조 제2항), 이월결손금이란 당해 사업연도 개시일 전에 발생한 각 사업연도의 결손금으로서그 후의 각 사업연도 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 채 당해 사업연도로 이월된 결손금을 말한다(법인세법 제14조 제3항). 법인세법상 각 사업연도의 소득계산에 있어서는 사업연도 독립의 원칙이 적용되므로, 각 사업연도의 소득계cc 당해 사업연도의 익금과 손금으로 충당하고 이전 사업연도의 결손금을 다음 사업연도에 반영할 수

없음이 원칙이다(법인세법 제14조, 제40조). 다만, 이를 관철하면 결손법인이 자본유지도 하지 못한 채 조세를 부담하는 다소 불합리한 결과를 초래할 수 있다. 이를 방지하

기 위하여 법인세법은 결손금의 이월공제 제도를 마련하여 일정한 기간 내에 발생한 결손금에 한하여 그 후 사업연도의 과세표준에서 공제할 수 있도록 허용하고 있는바, 법인세법상의 이월결손금 공제제도는 조세부담의 형평성과 법인의 자본유지 등의 정책

적 고려에 따라 시행되고 있는 것이다.

나) 구체적 판단

(1) 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인가는 입법자가 국가재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적, 기술적인 판단에 의하여 정하여야 하는 문제이므로, 이는 입법자의 입법형성적 재량에 기초한 정책적, 기술적 판단에 맡겨져 있다고 할 수 있는바, 그 입법목적의 정당성과 수단 내지방법의 적절성이 인정된다면 일응 입법자의 판단을 존중하여 소유권의 과도한 침해를야기하는 사유가 없는 한 위헌이라고 볼 수는 없을 것이다(헌법재판소 2015. 7. 30. 선고 2013헌바207 전원재판부 결정).

(2) 이 사건을 보건대, 앞서 본 이월결손금 공제제도의 입법취지 및 제도적 연혁, 결손법인의 이익이 확대되는 방향으로 개정되어 온 이월결손금 제도의 변천과정과 더불어, 한편으로는 공제대상의 범위를 확대하는 과정에서 법적 안정성의 도모를 위하여 그 대상기간을 제한할 필요성 등을 고려하면, 이 사건 부칙조항은 2008 사업연도까지 발생한 결손금의 경우 확대된 이월결손금 공제 한도를 적용하지 않는 것이 타당하다는 입법자의 합리적인 재량에 입각한 정책적 결단에 의한 것으로서 그 목적과 취지의 정당성이 인정된다.

(3) 나아가 원고는, 이 사건 사업의 특성상 이월결손금 공제기간의 기산점을 ⁠‘수익발생 가능시점’으로 보아야 하고 그렇지 않을 경우 조세형평의 원칙에 반한다는 취지로 주장하나, ⁠‘수익발생 가능시점’의 기준이 모호할 뿐 아니라, 이는 명문의 규정을 넘어선 해석으로 허용될 수 없다고 봄이 타당하다.

(4) 또한 원고는, 원고와 같이 수익을 얻는데 장기간 소요되는 사업의 경우 오래된 이월결손금의 공제를 허용하지 아니함은 과세형평에 반하고 조세평등의 원칙 및 국세기본법 제18조 제1항을 위반한 것이며, 정의나 형평의 관점에서 원고에게 정당한 사유가 있는 것으로 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이월결손금제도는 국가재정정책에 따른 세입․세출의 적정성, 경제여건 및 거래 실태, 성질 등 입법 당시의 여러 구체적인 상황을 종합적으로 고려하여 입법자의 합리적 재량 범위 내의 결단에 의한 것이고, 이러한 제도가 그 입법형성적 재량을 초월한 것이라고 볼만한 사정도 발견되지 아니한다.

(5) 결국 원고가 구하는 이월결손금의 공제를 허용하지 아니하더라도 현저히 불합리하다거나, 국세기본법 제18조 제1항에서 정하는 ⁠‘과세의 형평(衡平)과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다’는 원칙을 위반한 것으로 볼 수 없고, 달리 헌법상 조세평등주의 내지 평등의 원칙 기타 세법상 기본원칙에 반한다고 볼 수도 없다.

다) 소결론

원고의 이월결손금 공제 관련 주장도 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여,

주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 같은 날 주식회사 vv은행에게 신탁을 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다.

2) 그 중 2018 사업연도 법인세 과세표준 산정 시 공제받은 이월결손금액은 157,415,606,961원이다. 이하 법인지방소득세 과세표준 산정에서도 동일하다.

출처 : 서울행정법원 2022. 08. 25. 선고 서울행정법원 2020구합66077 판결 | 국세법령정보시스템