요지

이 사건 상여금은 원고의 지배주주인에게 원고의 유보된 이익을 특별히 분여한 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하다고 보이므로, 이 사건 상여금은 구 법인세법 시행령 제43조 제1항에 따라 손금에 산입할 수 없다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고 CC세무서장이 2019. 2. 1.1) 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세120,768,293원 부과처분 및 2016 사업연도 법인세 167,205,064원 부과처분을 모두취소한다.

2. 피고 EE국세청장이 2019. 2. 1. 원고에 대하여 한 소득자를 BBB으로 하는2015년 귀속 소득금액 160,000,000원, 소득자를 DDD로 하는 2015년 귀속 소득금액 160,000,000원의 각 소득금액변동통지처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1992. 6. 27. 설립되어 미장방수 공사업 등을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2014년 및 2015년 당시 원고의 대표이사이자 원고의 최대주주인 BBB,BBB의 동생이며 원고의 대표이사인 DDD에게 아래 표 기재와 같이 특별상여금 및퇴직급여를 지급하였고, 이를 모두 원고의 손금에 산입하여 위 각 사업연도의 법인세를 신고․납부하였다.

다. 피고 EE국세청장은 2018. 8. 23.부터 2018. 10. 21.까지 원고에 대한 세무조사(이하 ⁠‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 원고가 2014년 및 2015년 BBB,DDD에게 지급한 특별상여금 합계 8억 원, 2015년 BBB, DDD에게 지급한 퇴직급여 중 임원퇴직급여 한도액을 초과하는 금액, 원고가 일용노무비로서 손금에 산입한 금액 중 계좌이체내역에 나타나지 않는 금액 등이 손금불산입 대상이라고 보아 그 과세자료를 피고 CC세무서장에게 통보하였다.

라. 이에 피고 CC세무서장은 2019. 2. 1. 원고에 대하여, ⁠‘① 원고가 2014년 및 2015년 BBB, DDD에게 지급한 특별상여금 각 4억 원의 합계 8억 원(이하 ⁠‘이 사건 상여금’이라 한다)은 원고가 이익처분에 의하여 지급한 상여금에 해당하고, ② 이에 따라 BBB, DDD의 임원퇴직급여한도액을 재산정한 결과 원고가 2015년 BBB에게 지급한 퇴직급여 중 1억 6,000만 원, DDD에게 지급한 퇴직급여 중 2억 원의 합계 3억 6,000만 원은 임원퇴직급여한도를 초과하여 지급한 것에 해당하며, ③ 일용노무비 339,373,648원(2014 사업연도 151,915,148원, 2015 사업연도 187,458,500원)은 가공경비에 해당한다‘는 등의 이유로 위 각 금액을 2014 사업연도 및 2015 사업연도의 손금에 산입하지 아니하고, 이에 따라 2016 사업연도의 이월결손금도 감액하여 2014 사업연도 법인세 181,085,830원(가산세 포함, 이하 같다), 2015 사업연도 법인세 3,749,170원, 2016 사업연도 법인세 260,635,660원을 각 경정․고지하였다.

마. 이후 피고 CC세무서장은 2019. 3. 18. DDD의 임원퇴직급여한도 초과액 2억원에 대한 계산의 오류를 정정하여 2억 원이 아닌 1억 6,000만 원만 손금에 산입하지아니하도록 하였고, 이에 따라 원고에 대한 2019. 2. 1.자 2016 사업연도 법인세260,635,660원 부과처분을 250,215,860원으로 감액하는 경정․고지를 하였다(이하 2014사업연도 법인세 181,085,830원 부과처분 및 위와 같이 감액되고 남은 2016 사업연도 법인세 250,215,860원 부과처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다).

바. 한편, 피고 EE국세청장은 2019. 2. 1. 원고에 대하여 위 라.항의 ②와 같은이유로, 원고가 2015 사업연도 손금에 산입하지 아니한 BBB, DDD에 대한 임원퇴직급여한도 초과액 3억 6,000만 원 중 1억 6,000만 원은 BBB에게, 2억 원은 DDD에게 각 귀속된 것으로 보아 각 상여처분하여 이에 따른 소득금액변동통지를 하였고, 이후 위 마.항과 같은 이유로 DDD에 대한 소득금액변동통지의 소득금액을 1억6,000만 원으로 감액한다는 통지를 하였다(이하 소득자를 BBB, DDD로 하는 각2015년 귀속 소득금액 1억 6,000만 원의 소득금액변동통지를 통틀어 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 하고, 이 사건 법인세 부과처분과 이 사건 소득금액변동통지를 통틀어‘이 사건 각 처분’이라 한다).

사. 원고는 2019. 4. 24. 조세심판원에 이 사건 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를하였으나, 조세심판원은 2019. 10. 21. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 10호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) BBB, DDD은 원고의 대표이사로서 발주처로부터 공사를 수주하고, 설계 단계에서부터 실제 공사 단계까지 전반적인 관리를 하였으며, 외주 공사로 진행하던 업무를 직영으로 전환하여 원고의 2013년 및 2014년 매출총이익을 크게 증가시켰다. 이에 원고는 BBB, DDD에게 주주총회 및 정관에서 정한 임원상여금 지급규정에 따라 업무성과에 대한 정당한 대가로서 이 사건 상여금을 지급하였다. 그런데도 피고들은 특별한 근거 없이 이 사건 상여금이 실질적으로 원고의 이익처분에 해당한다고 보아 손금에 산입하지 아니하여 이 사건 법인세 부과처분을 하였으므로, 이 사건 법인세부과처분 중 해당 부분은 취소되어야 한다. 또한 이 사건 상여금을 이익처분이 아닌 보수로 보아 임원퇴직급여한도를 계산하면 원고가 BBB, DDD에게 지급한 퇴직급여는 임원퇴직급여한도를 초과하지 않게 되므로, 이 사건 소득금액변동통지도 취소되어야 한다.

2) 원고는 이미 2016. 8.경 CC세무서로부터 BBB에 대한 퇴직급여 계산 근거 및 임원퇴직급여한도 계산 근거에 대한 해명자료 제출요청을 받아 관련 자료를 모두 제출하여 실질적인 세무조사를 받은 바 있으므로, 이와 동일한 세목 및 과세연도에 속하는 사항에 대하여 재차 실시한 이 사건 세무조사는 국세기본법상 금지되는 중복세무조사에 해당하여 위법하고, 이에 터잡은 이 사건 각 처분도 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

다음과 같은 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나 갑 제4 내지 8호증, 을 제7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정된다.

1) BBB은 원고의 최대주주로, BBB과 BBB의 배우자, 자녀들은 아래와 같이 원고가 발행한 보통주식 총수 50,000주 중 45,000주(90%)를 보유하고 있다.

2) BBB은 1992. 6. 27. 원고의 설립 당시부터 현재까지 계속 원고의 대표이사 또는 공동대표이사로 재직하였다. BBB의 동생 DDD은 2005. 11. 21.부터 2017. 1. 2.까지 BBB과 함께 원고의 대표이사로 재직하였고, BBB의 자 황정준은 2017. 1. 2.부터 현재까지 BBB과 함께 원고의 대표이사로 재직하고 있다.

3) 원고의 설립 당시 제정된 원고의 정관(이하 ⁠‘원고의 종전 정관’이라 한다) 제31조는 ⁠‘임원의 보수 또는 퇴직한 임원의 퇴직금은 주주총회의 결의로 정한다’라고 규정하고 있었다.

4) 원고는 2009. 1. 6. 개최한 임시주주총회에서 아래와 같은 ⁠‘임원상여금 지급규정’을 제정하기로 결의하였다[이에 대하여 피고들은, 2009. 1. 6.자 임시주주총회의사록(갑 제5호증)이 이 사건 세무조사 과정에서 제출된 바 없다는 등의 이유로 위 의사록이 이 사건 세무조사 이후 임의로 작성된 것이라고 주장하나, 위 의사록의 기재 형식과 내용, 위 의사록에 2011. 3. 31. 사임한 원고의 사내이사 설종수의 인영이 날인되어 있는 점 등에 비추어 보면, 피고들이 주장하는 바와 같은 사정만으로는 위 의사록의 내용이 허위라고 보기 어렵다].

5) 원고는 2014. 3. 31. 개최된 정기주주총회에서 원고의 대표이사 BBB, DDD에게 특별상여금 각 2억 원을 지급하기로 결의하였다.

6) 원고는 2014. 10. 20. 개최된 임시주주총회에서 원고의 종전 정관을 전부 개정하고, 정관의 별지 1호로 ⁠‘임원보수 지급규정’을, 별지 2호로 ⁠‘임원퇴직금 지급규정’을 각 제정하기로 결의하였다. 위 각 규정 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다(이하 ⁠‘원고의 현행 정관’이라 한다).

7) 원고는 2015. 3. 31. 개최된 정기주주총회에서 BBB에게 퇴직금을 중간정산하여 지급하기로 결의하고, BBB, DDD에게 특별상여금 각 2억 원을 지급하기로 결의하였다.

8) 원고의 2011년부터 2015년까지 재무제표상 매출액 등은 아래와 같다.

8) 원고가 2013년부터 2015년까지 원고의 임원들에게 지급한 급여, 정기상여금 및 특별상여금은 아래와 같다.

9) 원고는 설립 이후 다액의 이익잉여금이 적립되었음에도 주주들에게 배당을 실시하지 아니하다가 2017. 3. 30. 개최된 정기주주총회에서 이익잉여금 중 12억 6,000만원을 불균등 현금배당하기로 의결하면서, 최대주주인 BBB, 지분율 10% 주주인 송환섭에게는 전혀 배당을 하지 아니하고, BBB의 가족인 황정준, 황선기, 최호자에 대하여만 지분비율에 따라 황정준에게 6억 5,250만 원, 황선기에게 5억 4,000만 원, 최호자에게 6,750만 원을 각 배당하기로 결의하였다.

라. 판단

1) 이 사건 상여금이 이익처분에 해당하는지 여부

가) 관련 법리

구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제19조 제1항, 제20조 제1호 본문에 의하면 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 하고 있고, 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 구법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항은 ⁠‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’라고 규정하고 있다.

법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 구 법인세법 시행령 제43조의 입법 취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적․계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할때 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 구 법인세법 시행령제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거와 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 상여금은 원고의 지배주주인 BBB과 그 동생인 DDD에게 원고의 유보된 이익을 특별히 분여한 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하다고 보이므로, 이 사건 상여금은 구 법인세법 시행령 제43조 제1항에 따라 손금에 산입할 수 없다. 나아가 이 사건 상여금을 손금에 산입할 수 없게 된 이상 원고의 현행 정관에 따라 산정한 BBB, DDD의 퇴직금 역시 감액되어야 하므로(현행 정관 별지 2호 임원퇴직금 지급규정 제4조 참조),

이를 초과하여 지급한 퇴직급여는 구 법인세법 시행령 제44조 제4항 제1호에 따라 손금에 산입할 수 없고, 위 금액은 상여처분 및 그에 따른 소득금액변동통지의 대상이 된다. 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.

① 원고는 최대주주 BBB과 그 가족들이 주식의 상당 부분을 보유하며 대표이사 등으로 줄곧 재직해 온 회사인바, 유보된 이익에 대한 배당을 포함한 원고의 주요 의사결정은 BBB과 그 가족들이 주도하였던 것으로 보인다.

② 원고는 BBB, DDD에게 급여, 정기상여금 외에 추가로 이 사건 상여금을 지급하였으나, 같은 시기 다른 임원들에게는 아무런 특별상여금을 지급하지 아니하였다. 원고는 BBB, DDD이 공사 수주․관리 등으로 원고의 2013년, 2014년 매출총이익 증대에 크게 기여하였다고 주장하나, 원고의 2011년부터 2015년까지의 매출액에 비추어 볼 때 2013년, 2014년의 공사 수주액이 다른 연도에 비하여 늘어난 것으로 보이지는 않는다. 다만, 2013년, 2014년에 원고의 외주공사비가 크게 줄어들어 매출원가가 감소하였고, 그에 따라 매출총이익이 늘어난 것은 사실이나, 위와 같은 매출원가 감소에 BBB, DDD이 다른 임원들과 다르게 특별히 기여한 바가 무엇인지 알 수 있는 아무런 증거가 없다. 더욱이, BBB, DDD은 2013년부터 2015년까지 이 사건 상여금을 제외하고도 다른 임원들의 약 4배에 달하는 보수(급여, 정기상여금의 합계)를 지급받고 있었는바, BBB, DDD이 대표이사로서 원고에 기여한 부분에 대하여는 이미 그 대가를 지급받고 있었다고 보이고, 다른 임원들에게 전혀 지급하지 않은 특별상여금을 그 무렵 BBB, DDD에게만 지급할 타당한 근거를 찾기 어렵다.

③ 원고는 1992. 6. 27. 설립된 이후 다액의 이익잉여금이 적립되었음에도 주주들에 대한 배당을 실시하지 아니하다가 2014년, 2015년에 BBB, DDD에게 이 사건 상여금을 지급하였고, BBB과 그 가족들이 원고의 주식 대부분을 보유하게 된 후인 2017. 3.경에서야 주주들에 대한 배당을 실시하였다. 그런데 원고는 이때에는 주주들에 대한 배당을 실시하면서 최대주주인 BBB에게 배당금을 지급하지 아니하였고, 황정준, 황선기, 최호자에게만 그 지분비율에 따라 배당금을 지급하였는바, 사실상 그 이전에 지급된 이 사건 상여금이 실질적으로 이익의 분배에 해당하였던 것이라고 볼여지가 크다.

④ 원고는 BBB, DDD에게 2013년에 각 6억 5,000만 원의 특별상여금을 지급하였고, 2014년, 2015년에 이 사건 상여금을 지급하였다. 원고는 전년도의 매출총이익 증가를 반영하여 이 사건 상여금을 지급하였다고 주장하나, 2012년부터 2014년까지 원고의 영업이익, 매출총이익에 비추어 보더라도 2013년부터 2015년까지 위와 같이 특별상여금을 지급할 만한 영업이익이나 매출총이익의 특별한 증가가 있었던 것으로 보이지 않는다. 따라서 원고가 BBB, DDD에 지급한 특별상여금의 증감 추이가 원고의 영업이익이나 매출총이익의 증가와 밀접한 연관이 있다고 볼 수도 없다.

⑤ 원고의 종전 정관, 2009. 1. 6.자 임시주주총회에서 제정한 ⁠‘임원상여금 지급규정’, 원고의 현행 정관 및 그에 부속된 ⁠‘임원보수 지급규정’은 모두 매출총이익의일정 비율 이내에서 특별상여금을 지급한다고만 규정하고 있을 뿐이어서 특별상여금의산정을 위한 아무런 구체적인 기준을 마련하고 있지 않다. 따라서 원고가 원고의 임원중 누구에게 어떠한 방법으로 특별상여금을 산정하여 지급할지 예상할 수 없고, 이러한 특별상여금이 정기적, 계속적으로 지급될 가능성이 있다고 보기도 어렵다.

2) 이 사건 세무조사가 중복세무조사에 해당하는지 여부

가) 관련 법리

세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 조사사무처리규정에서 정한 ⁠‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다.

그리고 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실․사업장․공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거와 갑 제9호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 원고의 현행 정관에 첨부된 ⁠‘임원퇴직금 지급규정’ 제4조에 따라 BBB의 2011. 12. 31. 이전까지의 평균임금과 그 이후의 평균임금에 지급률과 근속기간을 곱하여 BBB의 퇴직금을 산정하였고, 이에 따라 2015년에 BBB에게 퇴직금 약 57억 7,800만 원을 지급하고 이에 대한 퇴직소득세를 원천징수한 사실, 피고 CC세무서장은 2016. 8.경 원고에게 위 퇴직금과 관련하여 ⁠‘2011. 12. 31.까지의 퇴직금을 계산한 근거’, ⁠‘임원퇴직급여한도 계산 근거’에 관한 자료를 요청하여 원고가 위 자료를 제출한 사실이 인정된다. 위 인정사실에 의하면, 피고 CC세무서장은 원고가 BBB에게 지급한 퇴직급여가 임원퇴직급여한도를 초과하여 지급한 것인지 등을 확인하기 위하여 원고에게 자료제출을 요청한 것으로, 원고는 원고의 현행 정관, BBB의 평균임금에 관한 자료 등을 제출함으로써 비교적 손쉽게 피고 CC세무서장의 요청에 응답할 수 있었을 것으로보인다. 따라서 피고 CC세무서장의 위 자료제출 요청은 퇴직급여 지급과 관련한 단순한 사실관계의 확인에 그치는 것이어서 원고의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없고,원고를 직접 접촉하여 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부․서류․물건 등을 검사․조사한 것도 아니므로, 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 세무조사는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것)제81조의4 제2항에 의하여 금지되는 재조사에 해당하지 않는다. 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 04. 02. 선고 서울행정법원 2020구합282 판결 | 국세법령정보시스템