요지

이 사건 건물은 구분 없이 1개의 건축물대장과 부동산등기부만이 존재하여 그 일부를 따로 처분할 수도 없는 점 등을 종합하면, 단일한 건물로 봄이 타당하므로 제1건물의 취득가액을 환산가액으로 산정하였다면, 제2건물도 환산가액으로 산정하였어야 하나 실지거래가액으로 산정한 이 사건 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 1. 3. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 양도소득세 176,068,841원의 부과처분 중 149,163,404원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 제1토지와 건물의 취득

○ 부부인 원고와 김AA는 1988. 6. 11. ○○ ○○구 ○○동 22-11 대 359.4㎡(이하 ⁠‘제1토지’라 한다)에 관하여 매매 원인의 소유권이전등기(각 1/2 지분)를 마쳤다.

○ 원고와 김AA는 1992. 7. 20. 제1토지 지상에 지하1층, 지상5층 1,005.39㎡ 규모의 건물(이하 ⁠‘제1건물’이라 한다)을 신축하여 사용승인을 받았다.

나. 제2토지 취득 및 증축

○ 원고와 김AA는 1994. 3. 5. 제1토지와 접한 같은 동 22-10 대 209.1㎡(이하‘제2토지’라 한다)에 관하여 매매 원인의 소유권이전등기(원고 139.4/209.1 지분, 김AA 69.7/209.1 지분)를 마쳤다. 이후 원고가 1997. 2. 14. 김AA에게 제2토지의 원고 지분 중 34.85/209.1 지분에 관하여 증여 원인의 지분이전등기를 마쳐줌으로써 원고와 김AA가 제2토지의 각 1/2 지분을 소유하게 되었다.

○ 원고와 김AA는 제2토지를 제1토지에 합병하여 1997. 2. 21. 합필등기(이하 합병 후의 ○○동 22-11 대 568.5㎡를 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)를 마쳤다.

○ 원고와 김AA는 1997. 3. 5. 이 사건 토지 중 종전 제2토지 해당 부분 지상에 지하1층, 지상7층 895.32㎡ 규모의 건물(이하 ⁠‘제2건물’이라 한다)을 증축한 후, 1997. 4. 10. 제1, 2건물을 합쳐 이 사건 토지를 부지로 하는 ⁠[별지1] 기재 건물(이하 ⁠‘이 사건 건물’이라 한다)에 관하여 소유권보존등기(각 1/2 지분)를 마쳤다. 다. 이 사건 토지와 건물의 양도 및 양도소득세 신고·납부

○ 원고와 김AA는 2017. 9. 1. 이 사건 토지와 건물을 이BB, 고CC에게 매매대금 합계 7,925,000,000원에 양도하고 2017. 11. 20. 소유권이전등기를 마쳐주었다.

○ 원고는 2018. 1. 30. 피고에게 이 사건 토지와 건물 중 원고의 각 지분 양도에 관하여 양도가액은 실지거래가액인 7,925,000,000원, 취득가액은 실지거래가액이 없다는 이유로 환산가액인 1,796,600,378원을 적용하여 계산한 2017년 귀속 양도소득세 790,267,551원을 예정신고·납부하였다.

○ 원고는 2018. 2. 28. 피고에게 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 환산가액으로 하되, 이 사건 건물의 감가상각누계액 등을 반영하여 양도소득세를 다시 산정하고, 기납부세액과의 차액 102,721,339원(가산세 포함)을 추가 신고·납부하였다.

라. 피고의 증액경정 처분

○ 피고는 2019. 1. 3. 이 사건 토지와 건물 중 원고의 각 지분 양도로 인한 양도소득세를 결정하여 원고에게 기납부세액과의 차액 179,671,470원(가산세 포함)을 경정 고지하였다.

○ 피고가 경정고지한 위 양도소득세액은, 원고가 제1, 2토지 취득가액(환산가액)을 신고하면서 기초로 삼은 기준시가가 부당하다고 보아 이를 정정하고, 제1건물의 취득가액은 원고의 신고와 같이 환산가액으로 하되, 제2건물의 취득가액을 448,641,000원(원고의 대차대조표에 기재된 가액을 실지거래가액으로 보아 산정한 금액이다)으로 감액하여 다시 계산한 결과이다.

마. 원고의 심판청구 및 이 사건 처분

○ 원고는 2019. 4. 4. 위 경정고지 처분에 대한 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2019. 10. 22. ⁠‘제2건물 취득가액(실지거래가액)을 470,070,000원으로 정정하여 과세표준과 세액을 다시 산출하라. 원고의 나머지 청구를 기각한다’는 결정을 하였다.

○ 피고는 2019. 11월 조세심판원의 결정에 따라 위 양도소득세 경정고지액 중3,602,629원을 감액경정하였고, 이로써 피고가 2019. 1. 3. 원고에게 경정고지한 양도소득세는 176,068,841원(= 179,671,470원 – 3,602,629원)이 남게 되었다(이하 위와 같이 감액되고 남은 양도소득세 176,068,841원의 부과처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

[별지2] 기재와 같다.

3. 판단

가. 이 사건 처분의 위법 여부

1) 단일한 과세목적물에 대하여 실지조사와 추계조사를 혼합하여 과세표준액을 정하는 것은 법인세법이나 부가가치세법 등 관계 법령이 인정하는 과세방법이라고 할 수 없으므로 일부 누락된 매출액에 관하여는 추계의 방법으로, 신고된 매출액에 관하여는 실지조사의 방법으로 과세표준을 산정하여 합산하는 것은 위법하여 허용될 수 없는데(대법원 2001. 12. 24. 선고 99두9193 판결 등), 위와 같은 법리는 소득세법상 과세표준 결정의 기초가 되는 취득가액의 산정에도 그대로 적용된다고 할 것이다.

2) 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 사정, 즉 ① 원고와 김AA는 제1건물을 신축하여 취득한 후 ⁠‘증축’의 방법으로 제2건물을 취득하였는데, 증축이란 기존 건축물이 있는 대지에서 건축물의 건축면적, 연면적, 층수 또는 높이를 늘리는 것으로(건축법 시행령 제2조 제2호), 기존 건축물과 증축된 부분이 단일한 건축물임을 전제로 하고 있는 점, ② 원고와 김AA는 제2토지를 제1토지에 합병하여 1997. 2. 21. 합필등기를 마친 후 1997. 3. 5. 합병 후의 이 사건 토지를 부지로 하여 이 사건 건물에 관한 소유권보존등기를 마쳤는데, 건축법 시행령 제3조 제1항 제1호에서는 ⁠‘하나의 건축물을 두 필지 이상에 걸쳐 건축하는 경우’에 필지를 합병할 수 있도록 정하고 있는바, 제1, 2토지의 합병은 이 사건 건물이 하나의 건축물임을 전제로 이루어졌다고 보이는 점, ③ 이 사건 건물에 관하여는 제1건물과 제2건물의 구분 없이 1개의 건축물대장과 부동산등기부만이 존재하여 특별한 사정이 없는 한 그 일부를 따로 처분할 수도 없는 점 등을 종합하면, 이 사건 건물은 단일한 건물로 봄이 타당하다.

이와 달리 제1건물과 제2건물을 사회통념상 서로 독립한 별개의 각 건물로 볼만한 사정(위 각 건물의 기능적·구조적 독립성 내지 실제 이용현황 등)이 있는지에 관하여, 피고는 아무런 주장·입증을 하지 않고 있다.

3) 이와 같이 이 사건 건물을 단일한 건물로 보는 이상, 피고가 이 사건 처분을 하면서 이 사건 건물의 일부인 제1건물의 실지거래가액을 확인할 자료가 없어 그 환산가액을 취득가액으로 인정하였음은 앞에서 본 바와 같으므로, 위 1)의 법리에 따라 나머지 일부인 제2건물의 취득가액 또한 환산가액으로 산정하였어야 한다.

4) 따라서 피고가 제2건물의 취득가액을 실지거래가액으로 산정하여 한 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

나. 이 사건 처분 취소의 범위

1) 과세처분 취소소송에서 법원은 제출된 자료에 따라 적법하게 부과할 정당한 세액을 산출할 수 있는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 하나, 그렇지 않은 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 등).

2) 이 사건에서 당사자들이 제출한 증거나 변론 전체의 취지에 의하더라도 환산가액으로 산정한 제2건물의 취득가액이 얼마인지를 알 수 없고, 따라서 그 양도로 인한 정당한 양도소득세액을 계산할 수 없으므로, 결국 원고가 구하는 바에 따라 이 사건 처분 중 149,163,404원을 초과하는 부분을 전부 취소할 수밖에 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 제주지방법원 2021. 05. 25. 선고 제주지방법원 2020구합5014 판결 | 국세법령정보시스템