요지

종합부동산세에서 공제되는 재산세액 산정에 관한 시행령 규정은 모법에서 위임한 범위를 벗어나 규정된 것으로 이에 근거하여 이루어진 이 사건 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 이 사건 소 중 주위적 청구를 각하한다.

2. 피고가 2019. 2. 22. 원고에게 한 2016년 귀속 종합부동산세 96,241,009원과 농어촌특별세 19,248,201원의 경정청구 거부처분을 각 취소한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 2017. 10. 12. 원고에게 한 2016년 귀속 종합부동산세 96,241,009원과 농어촌특별세 19,248,201원의 경정청구 거부처분을 각 취소한다. 예비적으로, 주문 제2항과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 피고는 2016. 11. 17. 원고에게 2016년 귀속 종합부동산세 766,277,057원 및 농어촌특별세 153,255,411원을 부과하였고, 원고는 그 무렵 위 각 세금을 납부하였다(종합부동산세와 농어촌특별세를 합하여 이하 ⁠‘종부세등’이라 한다).

나. 원고는 2016년 귀속 종부세 등에 있어 재산세액 공제방식이 잘못되었음을 주장하며 2017. 9. 28. 피고에게 2016년 종합부동산세 96,241,009원, 농어촌특별세 19,248,201원의 감액경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2016년 귀속종부세등 결정처분이 있음을 안 날로부터 90일이 지난 이후 제기되었다는 이유로 2017. 10. 12. 이 사건 경정청구를 각하한다는 통지를 하였다(이하 ⁠‘종전처분’이라 한다).

다. 원고는 종전처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2018. 3. 19. 이를 기각하였고, 원고는 2018. 6. 12. 이 사건 소를 제기하였다.

라. 한편 이 법원은 2019. 2. 7. 피고의 종전처분은 ⁠‘과세관청이 정당한 세액을 특정 할 수 있도록 구 종합부동산세법 제8조 제3항에서 정한 법정신고기한까지 합산배제신고서를 제출한 납세의무자는 합산배제신고를 하지 않고 종합부동산세가 부과된 이후 합산배제 대상주택을 반영하여 종합부동산세를 신고납부한 납세의무자와 마찬가지로 구 국세기본법 제45조의2 제1항 본문에 따른 통상의 경정청구를 할 수 있다’고 판시한 대법원 2017두73068 판결에 반하는 것으로 적절한 처분사유가 없는 것으로 보인다는 점을 이유로 들어 ⁠‘피고는 종전처분을 취소하고, 원고는 이 사건 소를 취하한다’는 내용으로 조정권고를 하였다.

마. 그런데 피고가 2019. 2. 22. 원고에게 이 사건 경정청구에 대하여 ⁠‘종합부동산세법 시행령 제4조의2 및 제5조의3 규정에 따른 2016년 귀속분 종합부동산세 부과처분은 적법하므로 이 사건 경정청구를 기각한다’는 내용의 재처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 다시 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2020. 9. 3. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 5, 갑 제3호증의 5, 갑 제4, 7, 8호증, 을 제1호증의 5, 을 제8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

종합부동산세와 재산세는 모두 보유세로서 동일한 부동산에 대하여 부과되는 것으로 이중과세가 문제된다. 종합부동산세법은 이러한 이중과세의 문제를 조정하기 위하여 기 납부한 재산세를 공제하는 규정을 두고 있다. 이와 같이 공제되는 재산세액을 계산하기 위한 규정을 문언 그대로 해석하면 종합부동산세의 과세대상이 되는 부분에 대하여 부과된 재산세액에 다시 공정시장가액비율을 곱하여 산출된 세액만을 공제하고 나머지 세액을 공제하지 않게 된다.

이러한 해석은 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하고자 하는 모법인 종합부동산세법의 위임범위를 벗어난 것으로 이중과세금지의 원칙에 반하여 위법하다.

따라서 주위적으로 종전처분이 취소되어야 하고, 예비적으로 이 사건 처분이 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 주위적 청구에 관한 판단

직권으로 주위적 청구의 적법 여부에 관하여 본다.

가. 관련법리

1) 행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않으며, 존재하지 않은 행정처분을 대상으로 한 취소소송은 소의 이익이 없어 부적법하다(대법원 2006. 9. 28. 선고 2004두5317 판결 등 참조).

2) 뿐만 아니라, 행정행위를 한 행정청은 비록 그 처분 당시에 별다른 하자가 없었고 또 그 처분 후에 이를 취소할 별도의 법적 근거가 없다 하더라도 원래의 처분을속시킬 필요가 없게 된 사정변경이 생겼거나 또는 중대한 공익상의 필요가 발생한 경우에는 그 효력을 상실케 하는 별개의 행정행위로서 이를 취소할 수 있다고 할 것이다(대법원 1995. 6. 9. 선고 95누1194 판결 등 참조).

나. 판단

1) 살피건대, 피고가 이 사건 소송의 진행 도중 이 법원의 조정권고에 따라 경정청구 기간도과로 인하여 이 사건 신청을 거부한다는 내용의 2017. 10. 12.자 종전처분을 종합부동산세법 시행령 규정에 따른 종합부동산세 부과처분이 적법하므로 이 사건 신청을 거부한다는 내용의 이 사건 처분으로 정정한다는 통지를 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 처분은 조정권고에 따라 종전처분을 취소한 뒤 이루어진 새로운 처분으로 보이므로, 결국 주위적 청구 부분은 이미 취소되어 더 이상 존재하지 않는 종전처분을 대상으로 한 것이다. 따라서 종전처분의 취소를 구하는 이 사건 소 중 주위적 청구 부분은 소의 이익이 없어 부적법하다.

2) 원고가 이 사건 처분은 과세관청이 당초 종전처분에서 내세웠던 거부처분사유 이외의 사유를 새로이 주장하는 공격방어방법에 불과하다고 주장하며 드는 대법원 2006두13497 판결은 경정거부처분 취소소송에서 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것으로서 당사자는 사실심 변론종결시까지 객관적인 조세채무액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고 이러한 자료에 의하여 정당한 세액이 산출되는 때에는 감액을 구하는 세액 중 당초 신고한 세액에서 정당한 세액을 차감한 부분만 취소하여야 할 것이고 전체를 취소할 것이 아니라고 판단한 사건으로, 이 사건과는 그 사안을 달리하여 원용할 수 없다.

5. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 규정의 개정 경과 등

1) 종합부동산세법의 제정 배경 및 취지

우리 세법은 2005년 1월경 종합부동산세가 도입되기 이전까지 부동산 보유세로서 지방세제 내에 재산세와 종합토지세를 두고 있었다. 종합토지세는 부동산 투기와 과다한 토지 보유를 억제하여 지가 안정과 토지 소유의 저변 확대를 목적으로 1990년부터 시행되었다.

1997년 외환위기의 영향으로 하락했던 부동산 가격이 2000년대 초반 국제통화기금(IMF)의 관리 체제에서 벗어나면서 수도권 아파트를 중심으로 급등하자 종래 부동산 보유세제로는 투기 억제에 한계가 있다고 보아 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 종합부동산세법을 제정하여 종합부동산세를 도입하게 되었다.

종합부동산세법은 고액의 부동산 보유자에 대하여 부동산보유세를 과세함에 있어서 지방세의 경우보다 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세하여 부동산 보유에 대한 조세부담의 형평성을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모함으로써 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전을 기하려는 데 그 취지가 있다.

2) 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 산정 방법에 관한 규정

가) 이중과세의 조정 필요성

종합부동산세는 종합부동산세법상 과세기준일인 매년 6월 1일 현재 일정한 가액을 초과하는 주택과 토지 등 부동산을 보유하는 자에 대하여 그 부동산 가액을 과세표준으로 삼아 과세하는 세금으로서 일정한 재산의 소유라는 사실에 담세력을 인정하여 부과하는 재산보유세의 일종으로, 실질적으로는 토지 및 주택분 재산세 납세의무의 연장선상에 있다고 할 수 있다. 이에 따라 과세기준금액 이하 구간은 재산세만 부과되지만, 과세기준금액 초과 구간은 재산세뿐만 아니라 재산세보다 고율의 세율을 적용한 종합부동산세도 함께 부과되므로, 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 부분이 필연적으로 발생하게 된다.

종합부동산세법에서는 이러한 이중과세의 문제를 조정하기 위하여 재산세액

공제제도를 도입하였고, 그에 관한 규정은 아래와 같이 변천되었다.

나) 종합부동산세법상 재산세액 공제제도의 변천 경과

(1) 2005. 1. 5. 법률 제7328호 제정된 종합부동산세법

○ 주택에 대한 종합부동산세는 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 하되, 납세의무자별로 주택분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 199만 원을 초과하는 금액은 주택분 종합부동산세액에서 이를 공제한다(제9조).

○ 종합합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 하되, 납세의무자별로 당해 과세대상 토지에 대하여 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중 125만 원을 초과하는 금액은 토지분 종합합산세액에서 이를 공제한다(제14조 제1항).

○ 별도합산과세대상인 토지에 대한 종합부동산세의 세액은 과세표준에 다음의 세율을 적용하여 계산한 금액으로 하되, 납세의무자별로 당해 과세대상 토지에 대하여 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액 중에서 680만 원을 초과하는 금액은 토지분 별도합산세액에서 이를 공제한다(제14조 제2항).

(2) 2005. 12. 31. 법률 제7836호로 개정된 종합부동산세법 및 대통령령 제

19253호로 개정된 종합부동산세법 시행령

과세대상별로 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 실제 재산세로 부과된 세액을 종합부동산세액에서 차감하여 보유세를 현실화하고 차감하는 재산세액의 계산방법을 명확히 하고자 개정되었다.

주택분, 종합합산과세대상 토지분, 별도합산과세대상 토지분의 과세기준금액을 초과하는 금액에 대하여 당해 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액은 종합부동산세액에서 이를 공제하도록 하였다(종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항).

(3) 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령

(4) 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령(이하‘이 사건 쟁점 규정’이라 하고 쟁점규정에 규정된 산식을 ⁠‘이 사건 산식’이라고 한다).과세관청은 위 2009년 개정 시행령에서 규정하고 있는 공제되는 재산세액의 계산식 중 분자부분인 ⁠‘주택 등 과세표준에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’을 구 종합부동산세법 시행규칙(2009. 9. 23. 기획재정부령 제102호로 개정된 것) 제5조 제2항 관련 ⁠[별지 제3호 서식] 부표(2) 중 작성요령에 근거하여 ⁠‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 재산세율’로 해석하였다.

이에 대하여 대법원 2015. 6. 24. 선고 2012두7073 판결 등에서는 위 2009년 개정 시행령 규정에 의하여 공제되는 재산세액은 ⁠‘과세기준초과금액 × ⁠(재산세와종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율’의 산식에 따라 산정되어야 한다고 판단하였다.

이후 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 산정에 관한 규정은 이 사건쟁점규정과 같이 개정되었고, 이 사건 쟁점규정에서는 이 사건 산식에 관하여 규정하고 있다.

나. 공제규정 및 위임규정

구 종합부동산세법(2018. 12. 31. 법률 제16109호로 개정되기 전의 것. 이하 ⁠‘이사건 법률’이라 한다)은 종합부동산세액에서 ⁠‘주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 규정(법 제9조 제3항 및 제14조 제3항, 제6항. 이하 ⁠‘이 사건 공제규정’이라 한다)하면서, 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 위임하고 있는데(법 제9조 제4항 및 제14조 제7항. 이하 ⁠‘이 사건 위임규정’이라 한다), 이 사건 쟁점규정(2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3)은 종합부동산세에서 공제되는 재산세액의 계산과 관련하여 이 사건 산식을 규정하고 있다.

다. 이중과세의 발생

2005. 1. 5. 부동산 보유세제 개편에 따라 도입된 종합부동산세의 취지는 과세대상 재산을 보유하는 자에게 먼저 낮은 세율로 지방세인 재산세를 부과하고 다시 국내에 있는 모든 과세대상을 합산하여 일정한 과세기준금액을 초과하여 부동산을 보유하는 자에게 높은 세율로 국세인 종합부동산세를 과세함으로써 부동산보유에 대한 조세부담의 형평을 제고하고 부동산의 가격안정을 도모하고자 하는 데에 있다. 이와 같이 재산세와 종합부동산세는 과세대상 재산의 보유라는 동일한 담세력을 바탕으로 한 조세이기 때문에 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 하였다.

그런데 이 사건 쟁점규정 및 산식은, 과세대상이 중첩되는 부분, 즉 과세기준초과 금액(= 공시가격 - 과세기준금액)에 대하여 부과된 재산세액 전부를 공제하는 것이 아니라 종합부동산세의 과세표준(과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율)에 수액상 상응하는 재산세액 부분만을 공제하도록 하고 있는바, 이중과세인지 여부는 과세물건 즉 과세대상을 기준으로 판단하는 것이지 과세표준을 기준으로 판단할 것은 아니므로, 같은 과세대상에 대하여 재산세와 종합부동산세를 부과하고 재산세로 부과된 세액의 일부만을 공제하여 준다면 공제되지 않은 나머지 부분은 이중과세의 문제가 해소되지 않은 채 남아 있게 된다고 할 것이다.

라. 이 사건 쟁점규정의 효력

위와 같이 이 사건 쟁점규정 및 산식에 의할 경우 이중과세된 부분이 여전히 남아있게 된다면, 그 다음으로는 이 사건 법률이 과연 이중과세 영역을 일부 남길 수 있도록 하였는지, 즉 일부 공제를 허용하고 있는지가 쟁점이 되는바, 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 1. 17. 선고 2007두11139 판결 등 참조).

이 사건 공제규정은 위에서 살펴본 바와 같이 공제될 재산세액을 산정하는 산식 등 구체적인 계산방법을 규정하지는 않은 채 이 사건 위임규정을 통해 공제될 세액의 계산에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다.

그러나 그 입법취지 등 아래와 같은 이유에서 볼 때, 이 사건 공제규정과 이 사건 위임규정은 공제대상 전부를 공제하도록 하되, 다만 이를 산정하는 방법 등 기술적이고 세부적인 사항만을 위임한 것이지 재산세액의 공제범위를 정할 수 있는 권한까지 위임한 것은 아니라고 보아야 한다.

(1) 이 사건 공제규정은 ⁠‘주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액’을 공제하도록 하고 있는바, 통상적으로 어떤 대상을 지칭함에 있어 특별히 그 범위 등을 한정하여 수식하지 않는 한 그 지칭된 대상 전부를 의미하는 것으로 보아야 하고, 따라서 이 사건 공제규정도 ⁠‘해당 과세대상의 재산세로 부과된 세액 전부’를 공제하도록 규정한 것으로 보아야 할 것이지, 법이 ⁠‘전부’ 공제하여야 한다고 명시적으로 규정하지 않았다고 하여 ⁠‘일부’ 공제 여부 및 그 범위에 관한 권한을 대통령령에 위임하였다고 볼 수는 없다. 더구나 이미 부과된 재산세액의 공제범위를 어떻게 정할 것인지는 세율이나 과세표준과 마찬가지로 최종 결정세액의 다과에 직접적인 영향을 주는 점을 고려하면 그 결정권한의 위임 여부는 매우 제한적으로 해석하여야 할 것이다.

(2) 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 종합부동산세에 대하여 적용되는 공정시장 가액비율 제도를 도입하였고, 이와 함께 종합부동산세의 과세표준은 종전의 ⁠‘과세기준 초과금액’에서 ⁠‘과세기준초과금액 × 종합부동산세 공정시장가액비율’로 축소되었으나, 종전의 연도별 적용비율은 폐지되었다.

그런데 위와 같은 종합부동산세법의 개정으로 과세표준이 축소되었다고 하여이에 수반하여 재산세 과다공제의 문제가 발생하는 것은 아니다.아래 그림으로 설명하면, 개정 전 종합부동산세 과세표준은 ⁠(D ＋ B ＋ C)로 크지만 연도별 적용비율 때문에 D 부분에 대하여는 원래부터 재산세와 종합부동산세가 모두 부과되지 않았고, 종합부동산세 과세표준에 대하여 재산세가 중복 부과되는 부분은 ⁠(B ＋ C)이었다. 개정 후에 종합부동산세 과세표준(B ＋ C)이 종전보다 축소된 것은 맞지만 종합부동산세 과세표준에 대하여 재산세가 중복 부과되는 부분은 여전히 ⁠(B ＋ C)로서 개정 전과 동일하다. D 부분은 애초부터 종합부동산세는 물론 재산세도 부과되지 않는 영역이기 때문이다.

(3) 2008. 12. 26. 개정 전후의 종합부동산세 과세표준에 관한 규정(법 제8조)를 비교하면 아래와 같다.

그런데 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법의 취지는 기존의 연도별 적용비율이 적정 세부담을 꾀하기 위한 조정계수였으나 1년에 10%씩 단계적으로 인상하는 것으로 확정되어 있어 전 세계적인 금융위기와 같은 돌발상황이 벌어졌을 때 적정 세부담이 되도록 탄력적으로 대처하는데 어려움이 있었고, 이 때문에 부동산 시장의 동향과 재정여건 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 공정시장가액비율이라는 조정기제로 변경하게 된 것이다. 따라서 연도별 적용비율과 공정시장가액비율은적정 세부담이 되도록 세액을 조정하는 조정기제 역할을 한다는 점에서 동일한 기능을 하는 것이고, 개정 전에서는 과세표준 산정 후 조정기제인 연도별 적용비율을 곱하던 것을 개정 후에는 과세표준 산정 단계에서 조정기제인 공정시장가액비율을 곱하고 대신 연도별 적용비율은 적용하지 않음으로써 조정기제를 적용하되 과세표준 산정 후에 할 것인지 과세표준 산정 단계에서 할 것인지의 차이가 있을 뿐이다.

이러한 종합부동산세법의 개정경위와 취지 등에 비추어 보면, 과세기준금액을 초과하는 부분에 대하여 종합부동산세와 중복 부과되는 재산세액을 공제하려는 기본취지에는 변화가 없다고 할 것이다(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 참조).

(4) 이 사건과 같이 동일한 시점에, 동일한 납세의무자에 대하여, 동일한 과세대상에 대하여 과세함으로써 이중과세에 해당함이 분명함에도 불구하고 공제의 범위를 제한하여 이중과세의 일부만을 해소하는 것은, 위헌 여부까지는 논외로 하더라도 그 입법과정이나 해당 조항의 해석에 있어 논쟁의 여지가 다분한 만큼 그 규정의 의미나 공제되는 재산세액에 관한 입법자의 의사 변경 유무 등 개정의 취지가 명확하지 않다면 신중하고도 합목적적인 해석이 불가피하다고 할 것인바, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 종합부동산세법을 개정할 당시 국회에서 재산세액 공제범위의 축소에 관하여 논의가 있었다거나 그 개정의 취지가 공제되는 재산세액의 범위를 축소·변경하려는 것이 었다고 볼 만한 사정이 없다(이 사건 공제규정의 개정은, 제18대 국회에서, 과세방식을 종전 세대별 합산에서 개인별 합산으로 변경하고, 종합부동산세 과세기준금액을 주택의 경우 6억 원으로 유지하되 1세대 1주택자에 대해서는 3억 원을 기초공제하며, 토지의 과세기준금액을 상향조정하고, 세율을 하향조정하는 등 종합부동산세법 전반에 걸친 감세와 함께 이루어졌다).

(5) 따라서 종합부동산세법이 과세표준을 축소하는 것으로 개정되었다고 하여 종전에는 재산세액 전부를 공제하던 것을 일부만 공제하고자 하는 취지에서 이 사건 공제규정의 개정이 이루어졌다고 할 수는 없고, 그렇다면 이 사건 쟁점규정과 같이 종전보다 공제액을 축소하는 것은 입법자의 의사에 반한다고 할 것이다.

마. 소결론

그렇다면 이 사건 쟁점규정은 법률에 의한 위임의 범위를 넘어 규정된 것으로서 위법하여 효력이 없다고 할 것이고, 이에 근거하여 이루어진 이 사건 처분도 위법하므로 전부 취소하여야 할 것이다.

6. 결론

그렇다면 이 사건 소 중 주위적 청구는 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 예비적 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.

출처 : 대구지방법원 2021. 11. 04. 선고 대구지방법원 2018구합22199 판결 | 국세법령정보시스템