요지

2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정된 조특법 제13조는 조문정리 차원에서 개정한 것에 불과하고 개정 후에도 개정 전과 같이 주식 양도 당시 신기술사업금융업자의 지위에 있어야 비과세 적용

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2019. 12. 8. 원고에게 한 2016 사업연도 법인세 119,238,090원 및 2018 사업 연도 법인세 3,716,122,910원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 신기술사업자에 대한 투자 및 융자 등을 영위할 목적으로 2000. 2. 14. 주식회사 형태로 설립되었다가, 약 한 달 후인 2000. 3. 10. 여신전문금융업법 제3조에 따라 금융감독위원회에 신기술사업금융업자로 등록하였다. 이후 원고는 2012. 6. 1. 목적 사업을 경영자문 및 컨설팅 등으로 변경하고, 2018. 11. 27. 유한회사로 조직변경을 하였다.

나. 원고는 의약품 등 연구ㆍ제조기업인 AAAA 주식회사(2000. 5. 29. 설립, 이하 ⁠‘AAAA’라 한다)의 유상증자에 참여하여 2000. 6. 13. 납입금 5억 원에 5,380주, 2001. 5. 24. 납입금 5억 원에 9,203주를 각 취득하였다. 이를 비롯하여 2000. 6. ~

2006. 12. 원고가 보유한 AAAA 주식의 증감 내용은 아래 기재와 같다.

다. 금융위원회는 원고의 신청에 따라 2012. 5. 11. 원고에 대한 신기술사업금융업 등록을 말소하였다.

라. 원고는 앞서 본 기재와 같이 2016. 8. 29. AAAA 보유주식 10만 주를 양도하고, 2018. 7. 12. 이후 나머지 34만 주를 양도하였다(위 양도주식 합계 44만 주를 이하 ⁠‘이 사건 주식’이라 한다). 위 주식 양도로 인한 차익은 합계 22,842,143,935원(= 2016 사업연도 2,980,952,381원 + 2018 사업연도 19,861,161,554원, 이하 ⁠‘이 사건 주식 양도차익’이라 한다)이다.

마. 원고는 2016, 2018 각 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하면서 이 사건 주식 양도 차익을 각 사업연도 소득금액에 반영하였다가, 2019. 10. 8. 피고에게 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법’이라 한다) 제13조 제1항 제2호를 적용하여 이 사건 주식 양도차익이 비과세 적용 대상이라고 주장하며, 2016 사업연도 법인세 119,238,090원, 2018 사업연도 법인3,716,122,910원의 각 환급을 구하는 경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였다.

바. 이 사건 경정청구를 한 뒤 2개월이 경과할 때까지 피고가 아무런 통지를 하지 않아 국세기본법 제45조의2 제3항 단서에 따라 2개월이 경과된 2019. 12. 9. 이 사건 경정청구를 거부한 것으로 간주되었다(이하 간주 경정거부처분을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다). 이에 원고는 2019. 12. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 8. 4. 기각 되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 ~ 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고가 이 사건 주식 취득 당시 신기술사업금융업자의 지위에 있었던 이상, 이를 양도할 당시 신기술사업금융업자의 지위에 있지 않았다고 할지라도, 이 사건 주식의 양도차익에 대하여는 구 조특법 제13조 제1항 제2호가 적용되어 그에 관한 법인세는 비 과세되어야 하는바, 이와 다른 전제에서 이 사건 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령 등

[별지] ⁠‘관계 법령 등’ 기재와 같다.

다. 판단

        조세특례제한법 제13조 제1항의 개정 연혁과 경위, 입법 목적, 각 규정의 문언 내 용과 취지 및 체계 등을 비롯하여 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 인정 되는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 주식 양도차익은 같은 법 제13조 제1 항 제2호가 정한 비과세 대상에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

① 이 사건 주식 양도차익에 적용되는 조세특례제한법 조항

        중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세 특례를 규정한 조세 특례제한법 제13조 제1항은 1984. 4. 9. 구 조세감면규제법(1985. 12. 23. 법률 제3796 호로 개정되기 전의 것) 제18조의2(신기술사업투자회사의 주식양도차익 익금불산입)의 신설로 처음 입법화되었다. 이러한 비과세 특례는 이후 조문의 위치 변동, 법명의 변경 등을 거쳐 1998. 12. 28. 전부 개정된 조세특례제한법 제13조로 입법화된 이래 출자 시한의 도래, 적용 대상의 확대, 조문의 구조 변경 및 자구 수정, 타법 개정 등을 이유로 수차례 개정되었으나, 그 주요 내용과 취지는 실질적으로 큰 변함이 없었다.

        한편 각 개정법 부칙에서는 위 특례의 적용 대상 및 시기와 관련하여, ⁠‘시행 후주식을 취득하는 경우’, ⁠‘시행 후 양도하는 경우’, ⁠‘시행 후 출자 및 양도하는 경우’, ⁠‘시행 후 출자하는 경우’ 등으로 특별한 제한을 둔 경우도 있었으나 아무런 제한을 정하지 않는 경우도 있었고, 일반적 적용례로 ⁠‘이 법 중 법인세에 관한 개정규정은 법 시행 후 개시하는 과세연도 분부터 적용한다’고 규정하기도 하였다. 그런데 위와 같이 부칙 조항에서 적용 시기로 ⁠‘시행 후 출자 또는 취득’을 명시하는 경우는 그 적용 대상(기금 운용법인, 코넥스상장기업, 창업기획자)을 확대하거나 출자의 내용을 구체화하는 개정 시에만 이루어졌을 뿐이다. 그 외의 경우에는 일반적으로 행위시법 및 신법 우선 원칙 에 따라 ⁠‘시행 후 양도’로 그 적용시기를 규정하고 있으므로, 적용 대상의 확대로 인한 개정과 무관하고 부칙의 적용례나 경과조치 규정에서 특별한 제한을 두고 있지 아니한 경우에는 ⁠‘시행일 이후 출자 여부’는 특별히 고려할 필요가 없다.

        위 특례의 적용 대상은 주식 등의 양도차익으로서, 비과세요건의 충족 여부는 그 적용 대상 행위가 최종 완성된 때, 즉 취득한 주식 등을 양도하였을 당시 시행 중인 유효한 법령의 규정에 의함이 원칙이다. 이는 과세요건이 충족되어 납세의무가 성립할 당시 유효한 법령의 규정에 따라 세금 부과 여부를 판단하는 것과 같다. 특히 세법의 개정이 있을 경우에도 부칙에서 적용 대상과 시기 등에 대해 특별한 정함을 두지 않는 한, 신법 우선의 원칙에 따라 개정 전후의 법령 중에서 비과세요건의 대상 행위를 할 당시 시행 중인 신법을 적용하여야 한다. 이는 조세특례제한법과 같이 조세정책적으로 존속 시한(이른바 일몰조항)을 두고 있는 경우에는 더욱 그러하다.

        그러므로 이 사건에서는 취득 시한에 특별한 제한이 없고 본문 규정의 취득 시 한을 충족하는 이상, 양도일을 기준으로 적용법령을 확정하여야 한다. 앞서 본 재 원고의 2016. 8. 29.자 양도에 대해서는 해당 양도행위가 속한 법인세 과세기간이끝나는 때 적용되는 법령으로서 신법 우선의 원칙에 따라, 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제13조 제1항 제2호가 적용된다. 그리고 2018. 7.12. 등 양도에 대해서는 해당 양도행위가 속한 법인세 과세기간이 끝나는 때 적용되는 법령으로서, 2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 조세특례제한법 제13조 제1항 제2호가 적용된다고 봄이 타당하다(개정 전후 해당 호의 내용이 아무런 변함이 없는 경우에는 비록 적용 결과에 있어 아무런 차이가 없다고 할지라도, 해당 호가 속한 항의 개정 여부를 기준으로 시행 중인 적용법령에 해당하는지를 확정함이 합리적이고 간명하다. 또한, 이 사건 주식 양도차익에 대하여 적용되는 위 각 규정은 출자 시한 에 차이가 있을 뿐, 그 실질적 내용은 동일하다. 이하 통틀어 ⁠‘이 사건 규정’으로 하되, 그중 이 사건 처분에 관련된 신기술사업금융업자의 벤처기업 주식 취득 및 양도로 한 정하여 판단하기로 한다).

        결국, 이 사건 규정은 ⁠‘신기술사업금융업자가 벤처기업 등에 2017. 12. 31.까지 또는 2020. 12. 31.까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생 하는 양도차익에 대해서는 법인세를 부과하지 아니한다’는 취지로서, 이에 관한 비과세 요건은 크게 취득요건과 양도요건으로 구분하여 판단할 수 있다.

② 취득요건의 충족 여부

다음으로, 취득요건을 충족하였는지 살펴본다. 이 사건 규정의 비과세요건 중 취득요 건은 ⁠‘신기술사업금융업자가 2017. 12. 31. 또는 2020. 12. 31.까지 출자하여 벤처기업 주식을 취득하여야 한다’는 것인바, 원고는 이 사건 주식 양도차익에 관한 비과세요건 중 취득요건을 충족한다. 그 이유는 아래와 같다.

        이 사건 주식은 원고가 2016. 8. 29. 양도한 10만 주 및 2018. 7. 12. 이후 양도한 34만 주 등 합계 44만주(= 10만 주 + 34만 주)이다. 이는 앞서 본 기재와 같이 2006. 4. 21. AAAA 주식의 액면분할에 따라 원고가 추가로 취득한 567,000주와 그 당시 잔여 보유주식 63,000주를 합한 63만 주(= 567,000주 + 63,000주)에서 2006. 12. 20. 양도한 19만 주를 차감한 나머지 주식 44만 주(= 63만 주 – 19만 주)와 같다. 결국, 조세특례제한법 시행령 제12조 제1항 제1호가 정한 이른바 선입선출법에 의하면, 이 사건 주식은 원고가 2006. 4. 21. AAAA 액면분할 당시 취득한 주식의 일부로서, 이는 실질적으로 2000. 8. 25. 무상증자, 2001. 5. 24. 유상증자, 2001. 5. 28. 무상증자로 취득한 주식들과 다름없다고 평가할 수 있다(액면분할은 당초 주식이 동일성을 유지한 채 보다 작은 액면금 단위로 세분되는 것에 불과한바, 주주의 입장에서는 원칙적으로 그가 가진 주식 수만 증가할 뿐이고 보유하는 총 주식의 자본금에 대한 비율이나 실질적인 재산적 가치, 회사의 순자산과 자본금에는 아무런 변동이 없기 때문이다).

        원고가 위와 같이 이 사건 주식을 취득할 당시 AAAA는 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업에 해당한다. 그리고 조세특례제한법 제13조 제2항 제2호, 제3호에 따라 AAAA 설립 후 7년 내 원고가 유상증자와 무상증자를 통하여 주식을 취득한 것은 출자에 해당하므로, 이 사건 주식 양도차익에 대한 이 사 건 규정의 비과세요건 중 취득요건은 충족한다.

③ 양도요건의 충족 여부

끝으로, 양도요건을 충족하였는지 살펴본다. 이 사건 규정의 비과세요건 중 양도요건 은 ⁠‘신기술사업금융업자가 벤처기업 주식을 양도하여야 한다’는 것으로 해석함이 타당 한바, 원고는 이 사건 주식 양도차익에 관한 비과세요건 중 양도요건을 충족한다고 보기 어렵다. 그 이유는 아래와 같다.

        이 사건 규정이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전에는 본문에서 ⁠‘여신 전문금융업법에 의한 신기술사업금융업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니 한다’고 규정하면서, 제2호로 ⁠‘신기술사업금융업자가 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분’을 규정하고 있었다. 위 규정의 비과세요건 중 양도 주체에 관하여 ⁠‘주식양도 당시 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 하는 것’으로 해석ㆍ적용되어 왔고, 그와 같은 과세실무 태도에 별다른 이견이 없었던 것으로 보인다.

그런데 이 사건 규정이 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 전부개정되면서, 본문에서 ⁠‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여는 법인세를 부과하지 아니한다’고 규정하는 한편, 제2호로 ⁠‘여신전문 금융업법에 따른 신기술사업금융업자가 벤처기업에 2009년 12월 31일까지 출자함으로 써 취득한 주식 또는 출자지분’을 규정하게 되었다. 이처럼 2008. 12. 26. 개정으로 이 사건 규정의 형식적인 구성 방식이 변경된 사정(행위 주체를 중심으로 조문 구조 변경)이 인정되기는 한다(제4호의 추가로 적용 대상에 기금운용법인이 포함된 측면도 있으나, 이 사건과의 실질적 관련성이 있다고 볼 수 없다). 그러나 국세청 2008. 12. 26. 개정세법 해설 자료에서 밝히고 있듯이 위와 같은 개정은 벤처기업 등 육성과 관련하여 조문 정리 차원에서 법인의 주식양도차익 비과세 규정을 일률적으로 규정하기 위한 것에 불과한바, 객관적으로 실질적인 내용의 변경이 있었다고 평가하기 어렵고, 입법자의 의도 또한 그러한 것으로 추단된다. 나아가, 조문의 제목 역시 1986. 12. 26. 개정된 조세감면규제법 제18조의2, 1993. 12. 31. 개정된 조세감면규제법 제12조를 거쳐 1998. 12. 28. 개정된 조세특례제한법 제13조 이후 현재에 이르기까지 ⁠“중소기업창업투 자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세”로서 동일하다. 이는 ⁠‘중소기업창업투자회사 등이 주식 또는 출자지분을 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대하여 비과세한다’ 는 취지로 이해함이 문언의 통상적인 의미와 부합하고, 그 양도 주체를 중소기업창업투자회사 등으로 한정하고 있다고 봄이 자연스러운 해석이다. 결국, 2008. 12. 26. 개정 후 이 사건 규정의 해석ㆍ적용에 있어 벤처기업 주식의 취득 시점 외에도 그 양도 당시에도 신기술사업금융업자의 지위 요건을 충족할 것을 요한다고 해석함이 타당하다. 이와 달리 ⁠‘위 개정으로 양도주체에 관한 제한이 삭제되어 주식 취득 당시에만 신기술사업금융업자의 지위 요건을 충족하면 되는 것으로 해석되어야 한다’는 취지의 원고 주장은 이를 뒷받침할 만한 객관적인 근거가 부족하여 받아들이기 어렵다.

        이 사건 규정의 주식양도차익 계산방법과 관련하여 2000. 12. 29. 개정된 조세특례제한법 시행령 제11조의2가 신설되었다. 위 규정은 몇 차례 개정을 거쳐 2014. 2. 21. 제12조로 이동하여 현재까지 실질적 변경 없이 그대로 유지되고 있다. 이 사건에 관련된 제12조 제1항 제1호는 ⁠‘법 제13조 제1항 각 호의 방법으로 취득한 주식 등과 다른 방법으로 취득한 주식 등을 함께 보유하고 있는 중소기업창업투자회사 또는 신기술사업금융업자가 보유주식 등의 일부를 양도하는 경우에는 먼저 취득한 주식 등을 먼저 양도한 것으로 본다’는 내용이다. 즉, 위 시행령 규정 역시 벤처기업 주식을 양도할 당시 신기술사업금융업자의 지위를 유지하여야 함을 전제하고 있음이 문언해석상 명백하다.

  신기술사업금융업자 등의 주식양도차익에 대한 비과세 특례를 명시한 이 사건 규정은 신기술사업금융업자에게 세제 혜택을 부여함으로써 신기술사업금융업자의 투자 활성화를 통한 벤처기업 등의 육성과 지원을 촉진ㆍ도모함에 그 입법 취지가 인정된다. 이는 벤처기업 투자자에 대한 주식양도 단계에서의 세제지원에 해당하는바, 신기술사업금융업자가 그 지위를 유지한 상태에서 주식을 양도하는 경우 해당 양도차익을 비 과세하는 것이라고 해석함이 합리적이고 입법 취지에도 더욱 부합한다(원고가 원용하 는 대법원 2014. 2. 13. 선고 2012두20540 판결의 사안은 이 사건의 기본적 사실관계 및 대상 법률의 주요 내용ㆍ체계 등을 달리하여 그대로 원용하기에 적절하지 않다).

        결국, 이 사건 규정은 신기술사업금융업자의 지위에서 벤처기업 주식을 취득하고 그 지위를 계속 유지한 상태에서 이를 양도한 경우 그 주식 양도차익에 대하여 비과세 하는 것으로 해석ㆍ적용함이 타당하다. 그런데 원고는 이 사건 주식을 양도할 당시 신기술사업금융업자의 지위에 있지 않았으므로, 이 사건 규정의 양도요건을 충족하였다 고 볼 수 없다.

        따라서 이 사건 주식 양도차익이 비과세 대상에 해당하지 않는다고 본 피고의 이 사건 처분은 적법하고, 이를 다투는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한 다.

출처 : 서울행정법원 2021. 12. 16. 선고 서울행정법원 2020구합83218 판결 | 국세법령정보시스템