요지

조세특례제한법 제106조 제1항 제2호의 면세대상은 학생만 해당되며 교직원은 포함하지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

피고가 2018. 11. 15. 원고에게 한 ⁠[별지1] 목록 기재 각 부가가치세 합계 55,506,630

원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다(피고의 2019. 9. 2.자 답변서 기재에 의하

면, 처분금액 합계액이 55,506,678원으로 되어 있으나, 이는 국고금 관리법 제47조에

의한 10원 미만 단수 조정 차이에 따른 오차 금액에 불과한 것으로 보인다).

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위 등

1) 원고는 2012. 2. 1. 소비자생활협동조합법에 따라 설립되어 그 무렵 XX시 XX구 XX동 소재 AA대학교에서 개업한 조합법인으로 사업구역인 AA대학교 구내에서 매점, 식당 등의 복지후생시설을 운영하고 있다.

2) 원고는 설립 이후 현재까지 AA대학교 내 ◇◇식당, 교직원식당, 학생식당, ○○식당, 생활관 식당 총 5곳의 식당을 직접 운영하여 학생과 교직원에게 음식용역을 공급하고 있다.

나. 부가가치세 부과처분

1) 원고는 위와 같은 음식용역이 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제2호(이하 ⁠‘이 사건 특례규정’이라 한다)에서 부가가치세를 면제하는 대상인 ⁠‘종업원 또는 학생의 복리후생 목적 구내식당 음식용역’에 해당한다면서 관련 부가가치세를 신고․납부하지 않았다.

2) 피고는 2018. 9. 부터 2018. 10. 까지 원고에 대한 법인세 등 일반통합조사를 실시하였다. 그 결과 피고는, AA대학교 구내 소비자생활협동조합인 원고가 학생복지향상을 목적으로 하여 공급하는 구내식당 음식용역은 면세대상이지만, 사립학교 교직원에 대해 공급하는 구내식당 음식용역(이하 ⁠‘이 사건 음식용역’이라 한다)은 이 사건 특례규정에 의한 부가가치세 면제대상에 해당하지 않는다.’고 판단하였다. 이에 따라 피고는 2018. 11. 15. 원고에게 ⁠[별지1] 목록 기재와 같이 2013년 2기분 ~ 2018년 1기분 각 부가가치세 합계 55,506,630원(신고불성실가산세 4,060,192원, 납부불성실가산세 10,844,507원 등 가산세 총 14,904,699원 포함)을 경정․고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

다. 전심절차

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 12. 18. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 2019. 3. 13. 기각결정을 받았고, 2019. 5. 7. 이 사건 소를 제기하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1부터 6호증, 을 제1부터 10호증(각 가지번호 있는것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 음식용역이 부가가치세 면제대상에 해당한다는 주장 이 사건 특례규정은 그 문언이나 입법취지, 규정의 체계 등을 감안할 때 사립학교의 경영자가 학생뿐만 아니라 교직원에게 공급하는 음식용역의 경우에도 부가가치세 면제대상으로 규정하고 있는 것이라고 해석하여야 한다. 만일 학생에게 공급하는 경우로만한정하여 해석하는 것은 사립학교 교직원을 국공립학교의 교직원이나 공장, 광산 등의사업장 종사자에 비하여 합리적 이유 없이 불리하게 차별하는 결과를 초래하여 부당하다. 이와 다른 전제에서 이 사건 음식용역의 공급에 대하여 이루어진 피고의 이 사건처분은 이 사건 특례규정의 적용 범위를 부당하게 축소시킨 것으로 위법하여 전부 취소되어야 한다.

2) 가산세 면제에 관한 정당한 사유가 있다는 주장

설령, 그렇지 않더라도, 원고가 부가가치세 납부의무를 이행하지 않은 것은 이 사건 특례규정의 문언이나 과거 국세청 질의회신 등에 따른 것으로서 정당한 사유가 있으므로, 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부분만큼은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

[별지2] ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 음식용역 공급의 부가가치세 면제대상 여부

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 특히 감면요건 규정 가운데에명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조). 그리고 법령 자체에 그법령에서 사용하는 용어의 정의나 포섭의 구체적인 범위가 명확히 규정되어 있지 아니한 경우 법령상 용어의 해석은 그 법령의 전반적인 체계와 취지ㆍ목적, 당해 조항의 규정 형식과 내용 및 관련 법령을 종합적으로 고려하여 해석하여야 한다(대법원 2005. 2. 18. 선고 2004도7807 판결 등 참조).

나) 이 사건 특례규정의 문언 내용, 입법취지, 연혁, 체계 등 아래에서 보는 여러 사정에 비추어 보면, 이 사건 특례규정에 명시된 ⁠‘종업원’은 ⁠‘공장, 광산, 건설사업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 사업장의 종업원’을 지칭하는 것으로 해석함이 타당하고, 이와 달리 학교 소속 교직원을 포함하는 의미로 해석할 수 없다. 따라서 이를 전제로 이 사건 음식용역이 부가가치세 면제대상에 해당하지 않고 과세대상에 해당한다고 본 피고의 판단은 정당하고, 반면에 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 특례규정의 문언해석

(가) 이 사건 특례조항은 ⁠‘공장, 광산, 건설사업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 사업장과 초ㆍ중등교육법 제2조 및 고등교육법 제2조에 따른 학교(이하이 호에서 ’사업장 등‘이라 한다)의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 해당 사업장 등의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하거나 학교급식법 제4조각 호의 어느 하나에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 같은 법제15조에 따른 위탁급식의 방법으로 해당 학교에 직접 공급하는 음식용역(식사류)의 공급에 대해서는 부가가치세를 면제한다.’고 규정하고 있다. 위 규정의 위임에 따른 구조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것) 제106조 제2항은 ⁠‘법 제106조 제1항 제2호의 대통령령으로 정하는 사업장이란 여객자동차 운수사업법에 의한 노선여객자동차운송사업자의 사업장을 말한다.’고 규정하고 있다.

(나) 이 사건 특례규정의 문언 자체만을 놓고 보면, 위와 같은 학교(이하 위와 다른 유형의 학교를 논할 필요성이 없으면, 단순히 ⁠‘학교’라고만 한다)의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 학교의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역(식사류)에 대해서는 부가가치세를 면제한다고 규정한 것으로 보고, 그 ⁠‘종업원’에 ⁠‘학교의 교직원’이 포함되는 것으로 해석될 여지가 있음은 원고가 지적하는 바와 같다. 그러나 ① 이 사건 특례규정과 그 시행령은 면제의 상대방으로 학교의 경영자 외에 ⁠‘공장, 광산, 건설산업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 사업장인 노선여객자동차운송사업자의 사업장’도 명시하고 있으므로, ⁠‘종업원’은 위와 같은 사업장에 대응하여, ⁠‘학생’은 위와 같은 학교에 대응하여 규정된 것으로 볼 소지가 있다. ② 주로 육체노동과 관련성이 많은 위와 같이 열거된 사업장의 종업원과 학교 소속 교직원은 각 신분상 지위, 근로환경 및 처우 등에서 차이가 많아, 이들을 동일ㆍ유사한 성질로 보아 ⁠‘종업원’이라는 하나의 문언으로 묶는 것은 자연스럽지 못하다. ③ 오히려, 음식용역의 공급 주체를 특정 유형 사업장의 경영자와 학교의 경영자로 하고, 각각의 음식용역 공급의 상대방을 ⁠‘종업원’과 ⁠‘학생’으로 규정한 것으로 해석함이 법의 문언과 아울러 전체적인 문맥상의 흐름에 더 들어맞고 자연스럽다.

(다) 위와 같은 사정을 종합해 보면, 문언해석상 이 사건 특례규정이 정하는 ⁠‘종업원’에 학교의 ⁠‘교직원’이 포함되는 것으로 해석하여야 한다는 원고의 주장은, 조세감면 규정의 엄격해석 원칙에 비추어 받아들이기 어렵다.

(2) 입법취지 및 체계정당성을 고려한 이 사건 특례조항의 해석

(가) 이 사건 특례조항은 결과적으로 음식용역에 대한 부가가치세 면제의 효과가 특정 업종 사업장, 학교의 종업원 또는 학생에게 미치도록 하기 위한 것이어서, 경제적으로 어려운 환경에 있을 수 있는 종업원 또는 학생의 복리후생을 도모하고자 하는 것임을 알 수 있다. 그런데 특정 업종 사업장은 공장, 광산, 건설산업현장과 노선여객자동차운송사업장과 같은 주로 육체노동과 관련성이 많은 업종으로서 그 근로자가 경제적으로 어려운 환경에 있을 가능성이 높은 업종에 한정되어 있다. 학교의 교직원 역시 복리후생을 도모할 필요는 있지만, 위와 같은 특정 업종의 종업원이나 학교의 학생과 동등하거나 유사한 정도나 방법으로 보호가 필요한 경우라고 보기는 어렵다.

(나) 이 사건 특례규정과 같은 취지의 규정이 1982. 12. 21. 조세감면규제법 제74조 제1항 제5호에 최초 신설된 이래로 1993. 12. 31.부터 1998. 12. 28. 개정 전까지 같은 법 제100조에 규정되어 있었다. 조세감면규제법이 1998. 12. 28. 법률 제5584호로 전부 개정되면서 법명이 조세특례제한법으로 변경됨과 아울러 위 규정에 ⁠‘공장, 광산, 건설사업현장 및 이에 준하는 것으로서 대통령령으로 정하는 사업장과 초ㆍ중등교육법제2조 및 고등교육법 제2조에 따른 학교의 경영자가 그 종업원 또는 학생의 복리후생을 목적으로 당해 학교의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역’이 부가가치세 면제대상에 해당하는 것으로 규정되었다. 이후 1999. 4. 30. 법률 제5980호로개정되면서 위 규정에 후단이 신설되어, ’학교급식법 제4조 각 호에 해당하는 학교의장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 학교급식법 제10조의 규정에 의한 위탁급식의 방법으로 해당 학교에 직접 공급하는 음식용역‘에 대한 부가가치세가 면제되는 것으로규정되어, 이 사건 특례규정이 되었다.

(다) 그런데 학교급식법은 1981. 1. 29. 제정 당시부터 현행법에 이르기까지 ’학교급식‘의 의미를 ’학생‘을 대상으로 실시하는 급식으로 규정하고 있으므로, 이 사건 특례규정 후단이 명시한 위탁급식의 방법에 의한 음식용역의 공급대상은 학생으로만 한정된다고 해석하는 것이 관계 법령의 취지와 체계에 더욱 부합한다.

(라) 그러므로, 만일 원고의 주장에 따라 이 사건 특례규정의 ’종업원‘에 사립학교 교직원이 포함된다고 해석할 경우, 위탁급식의 경우에는 학생 대상 음식용역의 공급만 부가가치세 면제대상에 해당되는 반면, 사립학교 경영자가 직접 공급하는 경우에는 학생뿐만 아니라 교직원 대상 음식용역의 공급까지 면제대상이 되어, 조세형평에 어긋날수 있다.

(마) 한편 교육 관련 법령에서 교직원을 종업원으로 지칭하는 용례는 찾아보기 어렵고, 소득세법 제12조 제3호 (어)목, 제5호 ⁠(라)목에서는 교직원과 종업원을 명백히 구별하여 규정하고 있기도 하다.

(바) 위에서 본 이 사건 특례규정의 입법취지, 연혁과 개정 경과, 관계 규정의 체계 등을 종합하면, 이 사건 특례규정은 특정 업종 사업장의 종업원과 위와 같은 학교의 학생의 후생복리를 위하여 그 수혜대상을 구분하여 명시한 면세규정으로서, 여기의 종업원에 위와 같은 학교의 교직원을 포함시켜 해석하는 것은 해당 규정 및 관계 규정의 체계에 반하고, 합리적 이유 없는 확장해석에 해당할 소지가 있다.

(3) 부가가치세법령의 입법연혁 등을 고려한 이 사건 특례조항의 해석

(가) 부가가치세법은 1976년 제정 당시 제12조 제1항 제17호에서 ⁠‘국가ㆍ지방자치단체ㆍ지방자치단체조합 또는 대통령령이 정하는 정부업무를 대행하는 단체가 공급하는재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세를 면제한다.’는 취지로 국가 등의 면세 범위를 폭넓게 규정하고 있었다. 이후 1998. 12. 28. ⁠‘국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역에 대한 부가가치세를 면제한다.’고 개정되었다. 그러다가 2003. 12. 30. ’국가ㆍ지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세는 면제한다.‘고 개정되었다(이하 ’국가 등 면세규정‘이라 한다). 국가 등 면세규정은 2013. 6. 7. 부가가치세법이 전부 개정되면서 내용의 변경 없이 제26조 제1항 제19호 현재 조문의 위치로 이동하였다.

(나) 같은 법 시행령 제46조 제3호 ⁠(나)목의 규정은, 2007. 2. 28. 부가가치세법 시행령 개정 당시 신설된 같은 법 시행령 제38조 제3호 ⁠(나)목의 규정이 내용 변경 없이2013. 6. 28. 같은 법 시행령의 전부개정에 따라 현재의 조문 위치로 이동한 것으로,‘국가, 지방자치단체 또는 지방자치단체조합이 그 소속 직원의 복리후생을 위하여 구내에서 식당을 직접 경영하여 음식을 공급하는 용역’에 대해서는 부가가치세가 면제되는 것으로 규정하고 있다(이하 ⁠‘국가 등 음식용역 면세규정’이라 한다).

(다) 그런데 국가 등 면세규정의 위임에 따른 위 부가가치세법 시행령 제38조는 1976년 제정 시부터 1998. 12. 31. 개정으로 삭제되기 전까지 정부업무대행단체의 범위를 정하였을 뿐, 면세범위를 규율하지는 않았다. 그러다가 2003. 12. 30. 개정 시부터 2006. 2. 9. 개정 전까지는 면세범위를 규정하여, 일정 범위의 용역을 제외한 국가 등의 재화, 용역(음식용역 포함)을 모두 부가가치세 면제대상으로 규정하였다. 그리하여 1982. 12. 21.부터 2006. 2. 9. 개정 전까지 국공립학교 학생에 대한 구내식당 음식용역에 대한 부가가치세 면제는 이 사건 특례규정상 면제와 위와 같은 부가가치세법령상 면제가 병존하게 되었다.

(라) 부가가치세법 시행령은 2006. 2. 9. 개정 시에 국가 등의 음식업 자체를 부가가치세 면제대상에서 제외시켰고, 2007. 2. 28. 개정 시 비로소 현재와 같은 국가 등 음식용역 면세규정으로 개정되었다.

(마) 이러한 개정의 경과를 보면, 2006. 2. 9. 부가가치세법 시행령 개정을 통해 국공립학교 학생에 대한 구내식당 음식용역에 대한 부가가치세 면제규정의 병존은 해소된셈이다. 그리고 국공립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역에 관한 부가가치세는 2006. 2. 9. 개정부터 2007. 2. 28. 개정 사이에 일시적으로 면제대상에서 제외된 외에는 부가가치세법령에 따른 면제가 지속되고 있다.(바) 그런데 이 사건 특례규정의 ⁠‘종업원’에 학교의 교직원이 포함된다고 해석하면, 이 사건 특례규정의 학교는 국공립학교와 사립학교를 모두 포함하는 개념이어서, 국공립학교 교직원 대상 음식용역의 경우, 이 사건 특례규정에 의한 면제와 부가가치세법령상 면제가 병존하게 되어, 관련 법령의 체계상 부조화가 발생하게 된다.

(사) 한편 2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정된 조세특례제한법 제106조 제1항 제2호 가부터 라목은, 이 사건 특례조항의 내용을 세분하여 ⁠‘가. 공장, 광산, 건설사업 현장 및 여객자동차 운수사업법에 따른 노선 여객자동차운송사업장의 경영자가 그 종업원의 복리후생을 목적으로 해당 사업장의 구내에서 식당을 직접 경영하여 공급하는음식용역’, ⁠‘나. 여객자동차 운수사업법 제11조에 따른 공동운수협정을 체결한 노선 여객자동차운송사업자로 구성된 조합이 그 사업자의 종업원에게 제공하기 위하여 대통령령으로 정하는 위탁 계약을 통하여 공급받는 음식용역’, ⁠‘다. 초ㆍ중등교육법 제2조 및고등교육법 제2조에 따른 학교의 경영자가 학생의 복리후생을 목적으로 학교 구내에서식당을 직접 경영하여 공급하는 음식용역’, ⁠‘라. 학교급식법 제4조 각 호의 어느 하나에 해당하는 학교의 장의 위탁을 받은 학교급식공급업자가 같은 법 제15조에 따른 위탁급식의 방법으로 해당 학교에 직접 공급하는 음식용역’으로 각 따로 규정하였다. 이러한 개정은 학교의 음식용역 중 부가가치세 면제대상을 새로 설정한 것이라기보다는 종래의 유권해석을 재확인하고 해석상 논란이 있었던 부분을 명확히 하여 다툼의 여지를 없앤 것으로 볼 수 있다.

(아) 결국 학교의 소속 교직원에 대한 구내식당 음식용역을 부가가치세 면제대상에 포함시켜 해석하는 것은 이러한 부가가치세법령의 입법연혁과 이 사건 특례조항의 개정연혁에도 부합하는 것이 아니다.

(4) 조세평등주의 위반 여부

(가) 입법자는 조세법의 분야에서 광범위한 입법형성의 자유를 가지므로 구체적인조세관계에서 납세자들을 동일하게 대우할 것인지 혹은 달리 대우할 것인지를 재정정책적, 국민경제적, 사회정책적, 조세기술적 제반 요소들에 대한 교량을 통하여 합리적으로 결정할 수 있다(헌법재판소 1996. 8. 29. 선고 95헌바41 결정 참조).

조세 법률에 있어서 그 과세요건과 이에 대한 예외적 규정인 비과세 내지 면세요건을 규정하는 것은 그 규정이 현저히 불합리하지 아니하는 한 입법자의 입법재량에 속하는 것이다(대법원 2001. 5. 29. 선고 99두7265 판결 등 참조)

(나) 살피건대, 앞서 든 증거들과 관계 법령의 문언 및 취지 등을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 특례조항은 입법재량의 한계 내에 있는 규정으로서, 조세 영역에 있어 사립학교 경영자나 그 소속 교직원을 국공립학교 경영자나 그 교직원에 비하여 현저히 불합리하게 차별한 경우에 해당한다거나, 조세평등주의에 위배된다고 볼 수 없다.

① 이 사건 특례규정에 의한 부가가치세 면제대상에 학교의 교직원에 대한 구내식당 음식용역이 포함되지 않는다고 해석할 경우, 부가가치세법령상 국공립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역에 대한 부가가치세 면제와 비교하여, 차별이 발생하게 되는 것은 원고가 지적하는 바와 같다. 그러나 국공립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역에 대한 부가가치세 면제는 국가 등 음식용역 면세규정의 적용에 따른 것으로서, 국가나 지방자치단체 직원의 복리후생을 위한 면세의 혜택범위에 포함된 결과일 뿐, 일반 개인 또는 단체(사립학교의 경영자 포함)나 그 직원을 차별하기 위한 규정이 아니다. ② 국가 등 음식용역 면세규정이 결과적으로 부가가치세 면제대상의 범위에 관하여 국공립학교와 사립학교 두 집단을 달리 취급하게 되었더라도, 국공립학교와 사립학교의 각 설립 및 운영주체, 설립목적과 취지, 운영방식과 형태, 각 소속 교원의 지위, 사립학교 운영의 자율성 보장과 국공립학교 재정지원 등의 사회정책적 필요성, 국가와 지방자치단체의 부가가치세 면제 여부 및 범위는 국고 재산의 현실적인 증감을 가져오지 않는다는 사정, 그 밖에 조세기술적 제반 요소와 같은 합리적인 사유가 고려되어야한다. ③ 부가가치세 납세의무자의 입장에서 사립학교 경영자는 면세사업자와 달리 전단계 매입세액 공제제도를 활용하여 그 세액 부담을 경감할 수 있는 수단이 부여되어 있다. 이 사건 특례조항은 특정 업종 사업장 경영자와 학교 경영자의 구내식당 음식용역에 대한 부가가치세 납세의무 면제를 규정한 것으로서, 부가가치세 납세의무자가 아닌 일반 소비자의 지위에 서게 된 종업원과 학생의 의무 부담을 직접 규율하고 있지는 않다. 그러므로 사립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역의 공급을 과세대상으로 취급한다는 점만으로 사립학교 교직원에 대한 현저히 합리성을 결여한 자의적인 차별조치라고 볼 수는 없다. ④ 피고가 취하는 이 사건 특례규정의 해석과 적용 범위에 따라 이 사건 음식용역의 공급에 대한 부가가치세가 사립학교 교직원들에게 사실상 전가되어 그 반사적 효과로 사립학교 교직원의 조세부담이 증가될 우려가 있다. 그러나 부가가치세와 같은 간접세의 성격을 갖는 조세의 전가 여부나 정도는 납세의무자의 임의적인 의사에 의하여 전적으로 좌우되는 것이 아니라, 시장의 여건과 수요ㆍ공급의 가격탄력성 등에 영향을 받고 납세의무자와 실질적 부담자가 일정 부분 분담하게 되는 것에 불과하므로, 사립학교 교직원이 구내식당 음식용역의 수요자 입장에서 국공립학교 교직원과 비교하여 조세부담에 있어 항상 불리한 위치에 있게 되는 등 역차별을 당할 것이라고 단정할 수 없다. ⑤ 또한 특정 납세자에 대하여만 조세를 감면하는 것이 현저하게 불합리하고 불공정한 조치라고 인정될 때에만 조세감면의 우대조치가 조세평등주의에 반한다고 볼 것인데, 교직원에 대한 음식용역의 부가가치세 면제 유무만으로 국공립학교와 사립학교라는 두 집단의 교육의 공공성과 특수성이라는 본질적 동일성을 훼손할 정도로 입법재량의 한계를 벗어났다거나 현저히 부당하게 차별하는 정도에 이르게 된다고 볼 수 없다.

2) 가산세 면제에 관한 정당한 사유의 존부

가) 세법상 가산세는, 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 사유 없이 법에 규정된 신고ㆍ납세 등 각종 의무를 위반한 경우 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고, 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무의 위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두3107 판결 등 참조). 그런데 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어, 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해, 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결 등 참조).

나) 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 단순한 법률상의 부지나 오해의 범위를 넘어 이 사건 특례규정의해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 이 사건 처분 중 가산세 부분을 면할 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵다. 따라서 이를 다투는원고의 이 부분 주장 또한 이유 없다.

(1) 법령 자체의 문언과 해석

앞서 본 것처럼 부가가치세법 시행령은 국공립학교의 교직원에 대한 구내식당 음식용역에 대해, 2006. 2. 9. 개정 시부터 2007. 2. 28. 개정 전까지 국공립학교의 음식업자체를 부가가치세 면제대상에서 제외시킴으로써 면제를 부정하다가, 2007. 2. 28. 개정 시에 부가가치세 면제대상에 다시 포함시키는 등 법령상 문언의 변동이 있었다. 반면에, 이 사건 특례규정에서는 그 제정 당시부터 2019. 12. 31. 개정 전까지 커다란 법령상 문언의 변동이 없었고, 명시적으로 사립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역의 공급이 부가가치세 면제대상인지가 문언상 명확하지 않았다. 그럼에도 원고는 2012. 2. 1. 설립 이후 나름대로 이 사건 특례규정을 납세자에게 유리하게 해석하여, 이 사건 음식용역이 부가가치세 면제대상에 해당한다고 잘못 판단한 나머지, 관련 부가가치세 신고ㆍ납부의무를 게을리한 것으로서, 이는 단순한 법령해석의 오해에서 비롯된 것으로 보일 뿐이다.

(2) 이 사건 특례규정의 해석에 관한 과세관청의 견해

(가) 과세관청은 2009년경까지 학교법인의 교직원에 대한 구내식당 음식용역의 공급이 부가가치세 면제대상에 해당한다는 취지의 서면질의 회신을 표명하는 등 사립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역의 공급을 면세대상으로 판단하였다. 원고 또는 그 세무대리인도 이러한 과세관청의 견해를 고려하여 세무신고를 해 온 것으로 추측된다.(나) 그러나 2007. 2. 8. 부가가치세법 시행령이 국공립학교 교직원에 대한 구내식당음식용역의 공급을 부가가치세 면제대상으로 특정하였고, 이후 2009. 10. 14. 기획재정부의 새로운 과세방침(2009. 10. 14.자 기획재정부 부가가치세과-689 질의회신)이 공지된 무렵부터, 과세관청은 사립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역의 공급이 과세대상에 해당된다는 견해를 확고하게 정립하여, 그에 대한 과세권을 행사하는 등 과세관청의 실무상 관련 업무처리에 큰 변화가 생겼다. 이러한 사정변경과 더불어 앞서 본 2007. 2. 28. 개정된 부가가치세법 시행령의 취지까지 두루 감안하면, 원고로서는 2012년 설립 후 부가가치세를 신고할 당시 이미 견해 변경을 통해 확고히 정립된 과세관청의 과세방침을 명확히 확인하여 그에 따라 원칙적으로 부가가치세 신고ㆍ납부의무를 이행하였어야 옳았다. 만일 납세의무자 입장에서, 이 사건 특례규정의 해석ㆍ적용에 있어 의문스러운 부분이 존재하여, 그로 인한 견해의 대립이 충분히 상정가능하다고 평가할 여지가 있는 경우였다면, 원칙적으로 조세전문가나 법률전문가 등의 자문을 구하거나 혹은 국세청 법령사무처리규정 제14조, 제16조에 의한 서면질의신청, 세법해석 사전답변신청 등을 통하여 과세관청의 공식적인 입장을 확인한 후 충분히 검토할 필요가 있었다. 그런데도 원고가 이러한 노력을 기울였다고 볼 만한 아무런 객관적인 자료가 없다. 설령 세무대리인을 통하여 세무신고를 해 왔다고 하더라도, 납세자가 스스로 관련 업무의 처리를 맡김으로써, 그 행위영역 확장의 이익을 얻게 되는 세무대리인의 행위는, 원고 본인의 행위로 평가될 뿐만 아니라, 그 효과도 원고 본인에게 귀속되는 이상 달리 볼 것은 아니다.

(다) 또한 납세자에게 이 사건과 같은 특수한 상황하에서 위와 같은 조치를 취할 것을 요구하는 것이, 사회통념상 일반적으로 용인되는 정도를 넘어서는 무리한 납세협력의무를 요구하는 것이라고 볼 수도 없다. 실제 2009년 이후 사립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역의 공급이, 부가가치세 면제대상에 해당하는지 여부에 관한 과세관청의 입장을 확인하기 위한 납세자의 서면질의신청 등이 다수 존재하고, 그 회신 결과에 따라 많은 사립학교 법인의 경우, 소속 교직원에 대한 구내식당 음식용역의 공급에 대해서도 부가가치세 신고ㆍ납부의무를 이행한 것으로 보인다. 나아가, 이 사건 특례규정의 해석상 의문점을 완전히 해소하지 못하였거나 과세관청의 입장에 도저히 납득하지 못한 일부 학교법인의 경우에도, 가산세 부담을 감안하여 일단 관련 부가가치세를 신고ㆍ납부한 이후 경정청구, 감사원 심사청구 및 조세소송 등의 방법을 강구한 것으로 보인다.

(라) 비록 가산세 면제에 관한 정당한 사유의 존부를 평가함에 있어, 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니함이 원칙이나, 원고가 폐기된 과세관청의 과거 의견을 만연히 신뢰한 채 이 사건 특례규정을 납세자에게 유리하게 해석할 수밖에 없었다는 사정만으로, 이 사건 음식용역 공급에 관한 부가가치세 신고ㆍ납부의무의 해태를 탓할 수 없는정당한 사유가 있다고 평가하기 어렵고, 달리 원고에게 행정벌인 가산세의 제재를 과할 만한 의무의 해태가 없었다고 볼 수도 없다.

(3) 원고는 2012년 설립 직후부터 2018년경까지 계속하여 이 사건 음식용역의 공급을 면세매출분으로 신고해 온 것으로 보인다. 피고도 원고의 위 신고내역에 대하여 별다른 시정조치나 소명요구 없이 그대로 받아들였다가, 2018년경 원고에 대한 법인 일반통합조사 당시 원고의 세무신고 내역의 잘못을 발견하고, 그 당시 부과제척기간이 도과한 2012년분을 제외한 채, 일시에 ⁠[별지1] 목록과 같이 2013년 2기분부터 2018년 1기분까지 6년간 과세연도에 속하는 각 부가가치세를 전부 경정함으로써, 원고에게 스스로 이를 경정할 수 있는 기회가 주어지지 않은 사정은 인정된다. 그러나 피고가 그동안 원고의 신고내역이 2009년경 정립된 이 사건 특례규정에 관한 과세관청의 확고한 태도에 배치되는 잘못된 것임을 잘 알면서도, 원고의 신고내역을 그대로 수용ㆍ묵인하였거나 비과세 관행을 형성하는 태도를 취한 것이라고 추단하기 어렵다. 오히려 피고로서는 그간에 이루어진 원고의 부가가치세 면세매출분 신고내역이 소속 학생들에대한 음식용역 공급의 면세매출분에 해당한다고 오인한 것이라고 볼 여지도 있다. 그러므로 원고가 그동안 형성된 피고의 태도, 즉 6년간이나 원고의 부가가치세 신고내역에 대해 아무런 적극적인 조치를 취하지 않은 부작위로 말미암아, 사립학교 교직원에대한 구내식당 음식용역의 공급이 면세대상에 해당한다고 단순히 신뢰하였다는 사정만으로, 원고에게 이 사건 처분 중 가산세 부분을 면할 정당한 사유가 있는 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

(4) 원고가 이 사건 처분에 관한 과세연도 기간에 법률전문가나 과세관청의 입장을 확인하거나 세무공무원의 조언을 구하는 등의 절차를 거쳤음에도, 여전히 그 해석에 관한 의문점을 해소하지 못한 나머지, 이 사건 음식용역의 공급이 과세대상에 해당하는지를 명확히 알기 어려웠다고 볼 사정을 발견할 수 없다. 그리고 이 사건 처분 전까지 이 사건 음식용역의 공급거래에 관한 부가가치세를 스스로 신고ㆍ납부할 것을 기대하기 어려운 사정이 있었다고 볼 자료도 없다. 과세관청도 이 사건 음식용역의 공급거래가 부가가치세의 부과대상인지 여부를 제대로 판단할 수 없었다거나 그에 대한 확실한 견해를 갖지 못하였던 것이라고 볼 수도 없다. 결국 납세의무자인 원고가 이 사건 음식용역의 공급에 관한 부가가치세 신고ㆍ납부의무를 제대로 알지 못하였던 것이 무리가 아니라고 할 수 없어, 그 의무 해태를 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 평가할 수 없다.

(5) 이 사건의 쟁점과 동일한 쟁점을 포함한 관련 소송의 제1심(대전지방법원 2017. 11. 23. 선고 2016구합1181 판결)에서 사립학교 교직원에 대한 구내식당 음식용역의공급이 면세대상으로 판단되었다가, 그 항소심(대전고등법원 2018. 10. 11. 선고 2017누14531 판결)에 이르러, 다시 위 공급거래가 과세대상에 해당하는 것으로 법적 판단이 내려진 사정은 인정된다. 그러나 이는 이 사건 처분의 과세연도 이후 발생한 우연한 사정에 해당할 뿐이어서, 이를 원고에 대한 가산세 면제의 정당한 사유 존부를 판단하는 데 있어 중요한 요소로 고려할 것은 아니다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2021. 03. 18. 선고 서울행정법원 2019구합64174 판결 | 국세법령정보시스템