요지

원고는 2013년 합의서가 2009년 각서의 내용을 단순히 확인한 것에 불과하다고 주장하나, 원고가 양도법인에 지급할 총액이 2009년 각서에는 약 20억 원, 2013년 합의서에는 약 30억 원으로 기재되어 그 각 금액이 일치하지 않으므로 해제시기는 2013년임. 수정세금계산서가 발급되지 않았더라도 관할 세무서장 등은 장부나 그 밖의 증명 자료를 근거로 납부세액 또는 환급세액을 결정할 수 있음.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2017. xx. xx. 원고에 대하여 한 2013년 제2기 부가가

치세 485,229,460원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다는 판결.

이 유

1. 제1심판결의 인용

  이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 판결의 이유는, 아래와 같이 고치거나 추가하고,원고가 이 법원에서 항소이유로 강조하거나 새로이 하는 주장에 대한 판단을 아래 제2항 기재와 같이 추가하는 외에는, 제1심판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

[고치거나 추가하는 부분]

○ 제1심판결문 제13면 제13행의 ⁠‘봄이 타당하다’ 다음에 ⁠‘(이와 달리 원고의 위 주장에 일부 부합하는 듯한 갑 제19, 22, 23호증의 각 일부 기재는 그 각 작성자와 원고, 양도법인과의 관계나 그 기재 내용 등에 비추어 볼 때 이를 선뜻 받아들이기 어렵고, 위 증거자료들을 비롯하여 당심에서 추가로 제출된 증거자료들을 모두 종합하여 보더라도 위와 같은 판단에 장애가 되지 아니한다)’를 추가한다.

○ 제1심판결문 제14면 제20행과 제21행 사이에 아래의 내용을 추가한다.

『(3) 2013. xx. xx.자 합의서 제6조는 ⁠‘본 합의서 작성 시점으로 이 사건 건물에 관한 사용 수익을 종료’한다는 점을 명시하고 있고, 이로써 원고가 이 사건 부동산의 사용․수익을 종료하고 2014. xx. xx. 이 사건 건물에 관한 임대사업 폐업신고를 한 것으로 보인다.

(4) 원고는 2013. xx. xx.자 합의서가 2009. xx. xx.자 각서의 내용을 단순히 확인한 것에 불과하다고 주장하나, ① 2009. xx. xx.자 각서의 기재에 따르면, 원고가 양도법인에 지급한 총액(다만, 위 금액은 계약금을 제외한 나머지 금액이다)은 2,440,279,790원[=㈜DDDD 파산채무 관련 지급액 1,640,279,790원+중도금 300,000,000원+PPPP 대출금변제금 500,000,000원]인 반면에, ② 2013. xx. xx.자 합의서 제3조의 기재에 따르면, 원고가 양도법인에 지급한 총액은 3,726,056,600원[=이 사건 부동산 매매 계약금, 1차 중도금, 보증금의 합계 1,000,000,000원+㈜DDDD 파산채무 관련 지급액 1,640,279,790원+연부연납분할 대금지급액 651,976,810원+부동산 매매계약 이행합의서 지급액 433,800,000원]으로, 그 각 금액이 일치하지 않는다. 』

○ 제1심판결문 제14면 제21행의 ⁠‘(3)’을 ⁠‘(5)’로 고친다.

○ 제1심판결문 제17면 제5행부터 제18면 제14행까지 사이에 기재된 ⁠‘(2) 수정세금계산서 발급이 의무가 아니라는 주장에 관하여’ 부분을 다음과 같은 내용으로 고친다.

『(2) 수정세금계산서 발급이 의무가 아니라는 주장에 관하여

수정세금계산서 발급의 근거가 되는 부가가치세법 제32조 제7항은 ⁠‘세금계산서 등의 기재 사항을 착오로 잘못 적거나 세금계산서 등을 발급한 후 그 기재사항에 관하여 대통령령으로 정하는 사유가 발생하면 대통령령으로 정하는 바에 따라 수정세금계산서 등을 발급할 수 있다.’고 규정하고, 그 위임에 따라 제정된 이 사건 규정은 ⁠‘법 제32조 제7항에 따른 수정세금계산서 등은 다음 각 호의 구분에 따른 사유 및 절차에 따라 발급할 수 있다.’고 규정하고 있다.

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로(대법원 2017. 10. 12. 선고 2016다212722 판결 등 참조), 부가가치세법 및 이 사건 규정에서 ⁠‘발급할 수 있다’고 규정하고 있는 이상, 당초 발행된 세금계산서의 거래 내용이 변경된 경우 거래 당사자들이 이 사건 규정에 따른 수정세금계산서를 반드시 수수하여야 할 세법상의 의무가 있다고 보기는 어렵다(부가가치세법 제32조 제7항 및 이 사건 규정이 강행규정에 해당한다고 볼 수 없다).

  그러나 부가가치세법은 제49조에서 ⁠‘사업자는 각 과세기관에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간이 끝난 후 25일 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다’고 규정하고 있고, 제57조에서 ⁠‘납세지 관할 세무서장 등은, 예정신고 또는 확정신고를 한 내용에 오류가 있거나 세금계산서합계표 등이 사실과 다르게 적혀 있는 경우 등에는, 세금계산서, 수입세금계산서, 장부 또는 그 밖의 증명 자료를 근거로 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사하여 결정 또는 경정할 수 있다’고 규정하고 있는바, 수정세금계산서를 발급하거나 교부받지 못하였다고 하더라도 계약의 해제에 따른 납세의무자의 부가가치세 신고․납부의무가 면제된다고 할 수 없다.

또한 수정세금계산서가 개별적인 재화의 공급에 있어서 탈루나 오류를 수정하는 것으로서 매입세액의 공제 또는 과세자료로서의 기능을 하고 있다고 하더라도, 납부세액 또는 환급세액의 결정 근거가 되는 증명 자료가 수정세금계산서에 한정된다고 할 것은 아니므로, 수정세금계산서가 발급되지 않았더라도 관할 세무서장 등은 장부나 그 밖의 증명 자료를 근거로 납부세액 또는 환급세액을 결정할 수 있다.

따라서 원고에게 수정세금계산서 발급 의무가 없다고 하더라도, 이 사건 매매계약의 해제로 수정세금계산서 발급 사유가 발생하였고 관련 증명자료에 근거하여 그러한 사실이 확인된 이상, 그 사유에 맞게 매입액이 감액됨에 따라 이루어진 이 사건 처분에 어떠한 위법이 있다고 할 수 없다. 』

2. 추가 판단

가. 원고 주장의 요지

  이 사건 매매계약은 2002. xx. xx. 체결되었고, 양도법인은 2003. xx. xx. 매매대금 전액에 대하여 세금계산서를 발행하였으며 원고는 이를 수취하여 관련 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 그 후 달리 수정세금계산서가 발행, 교부된 적이 없으므로, 이 사건 매매계약에 따른 재화의 공급시기는 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제19조, 제9조에 의하여 위 애초의 세금계산서 발급 날짜를 이 사건 매매계약에 따른 재화의 공급 시기로 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분은 2003년 제1기 부가가치세 과세표준의 신고기한 다음날인 2003. xx. xx.부터 부과제척기간인 5년이 지난 이후에 이루어진 것으로서 위법하여 취소하여야 한다.1)

나. 판단

  이 법원이 인용하고 있는 제1심판결이 설시한 관련 규정 및 법리2)에 기초하여 살피건대, ① 수정세금계산서의 발급 사유 및 절차에 관한 부가가치세법 및 구 부가가치세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25196호로 개정되기 전의 것)의 문언 및 규정 취지, ② 조세법률관계의 신속한 확정을 도모하고자 하는 부과제척기간의 규정 취지, ③ 국세기본법은 부과제척기간의 기산점을 ⁠‘국세를 부과할 수 있는 날’로 규정하고 있는데, 당초의 공급가액이 계약 해제와 같은 후발적 사유로 감소한 경우 이에 대한 국세를 추가로 부과할 수 있는 날은 해당 사유가 발생한 날로 보는 것이 타당한 점, ④ 실제로공급가액을 감소시키는 후발적 사유가 발생하였음에도 납세의무자의 수정세금계산서 발행 여부에 따라 과세관청의 부과제척기간이 달리 판단된다고 보는 것은 합리적이지 못한 점(실제로 공급가액을 감소시키는 후발적 사유가 발생하였음에도 납세의무자가 수정세금계산서를 발행하지 않은 경우에는 후발적 사유 발생 이전의 애초의 공급시기를 기준으로 부과제척기간을 판단하도록 하는 것은 부당한 점) 등을 종합하여 보면, 이 사건 매매계약이 2013. xx. xx. 후발적으로 해제되어 매입세액에서 차감되는 금액이 발생한 이상, 위 계약 해제에 따른 부가가치세는 그 계약해제일이 속하는 2013년 제2기에 귀속되고, 그에 대한 부과제척기간은 그 과세표준 신고기한 다음 날인 2014. xx. xx.부터 진행된다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 처분은 그로부터 5년이 경과하지 않았음이 역수상 명백한 2017. xx. xx.에 이루어졌으므로, 부과제척기간이 도과하였다는 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2021. 08. 27. 선고 서울고등법원 2020누59491 판결 | 국세법령정보시스템