요지

이 사건 성과보수는 부가가치세법 제39조 제1항 제7호 전단 규정이나 후단 규정 어디에도 속하지 않는바 당초 공통매입세액으로 안분하여 토지관련 환급거부처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2019. 4. 24. 원고에 대하여 한 2018년 2기분 부가가치세 3,283,232,396원 의 환급거부처분 및 그 초과환급신고가산세 328,323,239원의 부과처분을 모두 취소한 다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다¹⁾

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 부동산 개발 및 공급업 등을 영위하는 법인이다.

나. CC 주식회사는 2016. 5. 9. 서울 ○○구 ○○동 ○○번지 소재 ○○ 호텔의 토지 및 건물(이하, ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매도인 주식회사 DD 신탁 및 EE 신탁주 식회사로부터 매입하는 매매계약을 체결하였는데 2016. 6.경 원고가 CC 주식회사의 이 사건 부동산에 대한 매수인 지위 일체를 승계하여(갑 제7호증) 2016. 10. 6. 매입 을 마친 후 이를 재건축하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)을 진행하였다.

다. 원고는 2016. 6.경 주식회사 BB(이하 ⁠‘BB’라 한다)와 이 사건 사업을 위한 자산 관리 위탁계약(이하, ⁠‘이 사건 자산관리위탁계약’이라 한다, 갑 제1호증)을 체결하였다. 이 사건 자산관리위탁계약의 주요내용은 다음과 같다.

라. 원고는 이 사건 사업을 진행하던 중 2018. 10. 8. FF사모부동산투자회사(이하 ⁠‘FF ’라 한다)에 이 사건 부동산을 총 1,156,265,505,854원에 매각하였는데 그에 따라 건 물(건설 중인 자산)의 공급가액을 231,253,101,171원, 부가가치세액을 23,125,310,11 7원으로 한 세금계산서를 발급하고, 토지는 부가가치세 면세대상이므로 부가가치세법 상의 세금계산서 대신에 토지의 공급가액을 925,012,404,683원으로 한 법인세법상의 계산서를 발급하였다.

마. 원고는 이 사건 부동산의 매각에 따라 이 사건 자산관리위탁계약 제15조 ⁠(3)항에

서 정한 성과보수 40,755,119,117원(부가가치세 4,075,511,911원 별도, 이하 ⁠‘이 사건

성과보수’라 한다)을 BB에 지급하고, BB로부터 매입세금계산서를 수취하였다.

바. 원고는 2018년 2기분 부가가치세 예정신고를 하면서 이 사건 성과보수에 대한 20

18년 2기분 매입세액 4,075,511,911원이 공제․환급되어야 한다는 취지로 신고하였다.

그러나 피고는 이 사건 성과보수가 이 사건 부동산에 대한 매입세액이라는 판단을 전

제로, 이 사건 성과보수 중 토지에 대한 부분의 매입세액의 경우 구 부가가치세법(201

9. 12. 31. 법률 제16845호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법’이라 한

다) 제39조 제1항 제7호(이하 ⁠‘이 사건 조항’이라 한다) 전단에 따라 공제하지 아니하 는 ⁠‘면세사업등에 관련된 매입세액(면세사업등을 위한 투자에 관련된 매입세액을 포함

한다)’ 또는 이 사건 조항 후단에 따라 공제하지 아니하는 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지 에 관련된 매입세액’에 해당한다고 보았다. 그에 따라 피고는 2019. 4. 24. 이 사건성

과보수에 대한 2018년 제2기 부가가치세 환급신고세액 4,075,511,911원 중 구 부가가

치세법 제40조에 따라 토지(면세) 매출에 안분한 금액인 3,283,232,396원에 대한 환급 을 거부하고, 그 초과환급신고에 따른 가산세 328,323,239원 또한 환급할 금액에서 뺀다는 취지의 통지를 함으로써, 위 세금계산서 매입세액 상당액의 환급거부처분과 위

가산세액 상당의 가산세 부과처분(이하 위 각 처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다.

이 사건 처분은 위 각 환급거부처분과 위 각 가산세 부과처분이 혼합된 것이다²⁾을 하였다.

사. 원고는 2019. 6. 11. 이 사건 처분에 대하여 이의신청을 하였으나, 피고는 2019.

8. 6. 이를 기각하였다(을 제5호증). 원고는 2019. 9. 23. 조세심판원에 이 사건 처분 의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 2. 3. 위 심판청구를 기

각하였다(갑 제3호증).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 제7호증, 을 제1 내지 3(가지번호 있는

것은 가지번호 모두 포함, 이하 같음), 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법여부

가. 원고의 주장 이 사건 성과보수에 대한 매입세액은 원고의 ⁠‘재고자산’인 이 사건 부동산의 ⁠‘처분’에

대한 것이므로, 재고자산이 아닌 고정자산인 토지에 대하여 적용되는 이 사건 조항 후

단의 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액’에 해당하지 않는다. 한편 이 사건

조항 전단의 ⁠‘면세사업등에 관련된 매입세액’의 경우 면세 대상인 토지에 대한 적용에 있어 토지의 취득원가를 구성하는 매입세액이 아니라면 이를 토지와 관련하여 지출한 것이라 쉽게 단정해서는 아니되는바, 이 사건 성과보수에 대한 매입세액은 토 지 등의 취득과 관련된 것이 아니라 처분과 관련된 것이므로, 이 사건 조항 전단의 면세사업등 에 관련된 매입세액에 해당한다고 볼 수 없다. 그렇다면 이 사건 성과보수에 대한 매

입세액은 공제하지 아니하는 매입세액을 규정한 이 사건 조항의 요건에 해당하지 아니

함에도 피고는 이와 달리 판단하여 이 사건 조항을 적용하여 이 사건 처분을 내렸는바 , 이 사건 처분에는 법리를 잘못 적용한 위법이 있으므로 취소되어야 한다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 성과보수에 대한 매입세액이 이 사건 조항 후단에 해당하는지 여부

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 부동산은 재고자산으로서 이 사건 조항 후단 및 부 가가치세법 시행령 제80조 각호가 정한 ⁠‘대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액’이

아니다. 따라서 피고가 이 사건 조항 후단을 근거로 하여 이 사건 처분을 한 점은 위

법하고, 이를 지적한 원고의 주장은 이유 있다.

가) 이 사건 조항 후단은 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액을 매출세액에서 공 제하지 아니하는 매입세액으로 규정하고 있고, 그 위임에 따른 부가가치세법 시행령 제80조는 ⁠‘이 사건 조항에서 대통령령으로 정하는 토지에 관련된 매입세액이란 토지의

조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당 하는 경우를 말한다.’고 규정하면서, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조 성 등에 관련된 매입세액(제1호), 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하 고 토지만 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 매입세액 ⁠(제2호), 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관 련된 매입세액(제3호)을 각각 들고 있다. 한편 구 부가가치세법 제26조 제1항 제14호 는 ⁠‘토지’를 면세재화의 하나로 정하고 있다.

나) 이러한 관계법령의 내용에 따르면 이 사건 조항 후단의 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제80조 각호가 규정하고 있는 ⁠‘토지의 조성 등을 위한 자본적 지출’이란, 기업 이 경영활동을 위하여 장기간에 걸쳐서 계속적으로 반복사용할 목적으로 소유하는 자

산인 고정자산인 토지에 대하여, 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 지출, 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만 사용

하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거 비용과 관련된 지출, 토지의 가치를 현

실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 지출을 의미하고, 면세 재화인 토지를 공급하는 면세사업자가 재고자산인 토지를 취득하면서 지출한 취득가액

액이나 그 취득부대비용에 대한 매입세액은 이 사건 조항 후단이 아닌 이 사건 조항

전단의 면세사업등에 관련된 매입세액이라고 보아야 한다(대법원 2015. 11. 12. 선고

2012두28056 판결 참조).

다) 원고는 부동산을 개발하여 분양․공급하는 부동산개발업자이고, 이 사건 부동산이

원고의 부동산개발업을 위한 재고자산에 해당하는 점에 대해서는 당사자들 사이에 다

툼이 없는바, 원고의 재고자산인 이 사건 부동산 중 면세재화인 토지와 관련된 매입세

액에 적용될 수 있는 조항은 이 사건 조항 전단이다.

2) 이 사건 성과보수에 대한 매입세액이 이 사건 조항 전단에 해당하는지 여부

앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실과

사정들을 종합하여 보면, 이 사건 성과보수는 이 사건 토지의 취득원가를 구성하는 것 이 아닌 이 사건 토지의 처분을 위한 지출로서 이 사건 조항 전단이 말하는 면세사업 등에 관련된 매입세액에 해당하지 않는다고 판단된다. 따라서 이 사건 조항 전단을 근

거로 하여 내려진 이 사건 처분은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

가) 과세대상인 주택과 면세대상인 토지를 함께 공급하는 사업을 하는 경우에, 주택과

관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액은 과세사업에 관련된 매입세액으로서 매출세액 에서 공제될 수 있는 반면, 재고자산인 토지와 관련하여 지출한 비용에 대한 매입세액 은 면세사업에 관련된 매입세액으로서 이 사건 조항 전단에 따라 매출세액에서 공제될

수 없다. 매출세액에서 공제되지 아니하는 토지에 관한 매입세액은 토지의 취득원가를

구성하여 해당 토지를 양도할 때에 그 취득원가에 산입하는 방법으로 회수되고, 매출

세액에서 공제되는 매입세액의 경우에는 매입세액 공제의 방법으로 회수된다. 따라서

주택재개발정비사업을 시행하는 사업자가 재고자산인 토지와 그 지상의 종전 건축물을

취득하여 종전 건축물을 철거한 후 주택 등의 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용 이 토지의 취득원가를 구성하는 것이 아니라면, 이를 토지와 관련하여 지출한 매입세

액에 해당한다고 쉽게 단정할 것은 아니다(대법원 2016. 2. 18. 선고 2012두22447 판

결 참조).

나) 이 사건 성과보수는 이 사건 자산관리위탁계약 제15조 ⁠(3)항에서 정한 성과보수로

서, 이 사건 사업에 따른 이 사건 부동산의 처분가격이 조성원가를 상회하는 경우 조

성원가를 제한 금액의 30%(부가가치세 별도)에 해당하는 금원인 점은 앞서 인정한 사

실과 같다.

원고가 수행한 이 사건 사업이 이 사건 부동산을 개발하여 분양․공급하는 사업인 점,

원고가 BB에게 이 사건 부동산을 위탁하여 BB가 이 사건 부동산을 관리, 운용, 처분

함에 필요한 제반업무 등을 하는 대가로 매월 3억 원의 관리보수를 따로 지급하였고 ⁠[이 사건 자산관리위탁계약 제15조 ⁠(1)항] 이 사건 성과보수는 그와 별개로 BB가 이 사건 부동산을 조성원가를 상회하는 가격으로 처분한데 대한 대가로 지급한 것인 점을 종합하여 보면, 이 사건 성과보수는 이 사건 부동산 중 면세재화인 토지의 취득원가를 구성하는 것이라 볼 수 없고, 달리 토지와 관련하여 지출한 면세사업 비용이라고도 볼 여지 또한 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 원고는 부가가치세 환급거부처분과 초과환급신고 가산세를 구분하지 않고 단순히 ⁠‘부가가치세 3,611,555,635원의 환급거부처분(가산세 포함)’의 취소를 청구하나, 이를 주문 제1항과 같이 선해한다.

2) 대법원 2001. 10. 26. 선고 2000두7520 판결 참조

출처 : 의정부지방법원 2021. 11. 16. 선고 의정부지방법원 2020구합12075 판결 | 국세법령정보시스템