요지

이 사건 쟁점 주식의 소유권은 유상감자의 대가로 원고에게 이전된 것으로 봄이 상당하고, 이와 달리 이 사건 쟁점 주식에 관한 양도계약이 체결되었다거나 양도계약에 따라 위 주식의 소유권이 이전된 것으로 볼 것은 아니다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고 **세무서장이 2019. 5. 2. 원고에 대하여 한, 2017년 귀속 법인(원천)세 *,*35,697,660원(가산세 포함)의 징수처분 및 2017년 귀속 지급명세서제출불성실가산세 **,000,000원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 피고 서초구청장이 2019. 7. 11. 원고에 대하여 한 2017년 귀속 법인(원천)세에 대한 지방소득세(특별징수분) **,499,480원(가산세 포함)의 징수처분을 취소한다.

3. 소송비용 중 원고와 피고 **세무서장 사이에 생긴 부분은 피고 **세무서장이, 원고와 피고 서초구청장 사이에 생긴 부분은 피고 서초구청장이 각 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 19**. 4. 18.경 설립되어 원격검침시스템(AMI) 등 통신소프트웨어를 기반으로 무선통신 솔루션사업을 영위하고 있는 내국법인이고, 주식회사 ***톤(이하 ⁠‘주식회사’ 명칭은 생략하고 상호로만 특정한다. 이하 같다)은 인터넷 전화(IP폰) 및 VoIP(Voice over Internet Protocol) 통신솔루션의 설계, 개발, 제조 및 판매업을 영위하는 내국법인이다.

  나. ***톤의 발행 주식 402,549주(이하 ⁠‘이 사건 쟁점 주식’이라 한다)는 캐나다 토론토 주식시장 벤처거래소(TSX-Venture)에 상장된A*** Systems Inc.(이하 ⁠‘이 사건A*** 회사‘라 한다, 법인등록번호: *********)에서 전부 보유하고 있었다.

  다. 원고는 2016. 12. 22. 캐나다에 특수목적회사(SPC) ’1101324 B.C. LTD‘(법인등록번호: *********, 이하 ’SPC 회사‘라 한다)를 설립하고, 2017. 6.경까지 유상증자를 통해 자본금을 24,680,100캐나다달러(이하 ’달러‘라 한다)를 출자하였다. SPC 회사는 위와 같이 출자받은 금원을 재원으로 하여 2017. 5. 2.부터 2017. 8. 15.까지 공개시장인 캐나다 토론토 주식회사 벤처거래소 등에서 이 사건A*** 회사의 발행 주식 54,934,536주 전부를 24,599,379.9달러에 취득하였다.

  라. SPC 회사와 이 사건A*** 회사는 2017. 8. 26. 합병을 하여, 같은 날 합병 후 신설법인인A*** Systems Inc.(이하 ’이 사건 신설법인‘이라 한다, 법인등록번호: *********)이 설립되었다.

  마. 이 사건 신설법인은 위와 같은 신설합병 직후 신설법인의 발행주식 23,590,100주 중에서 1주를 제외한 나머지 주식(총 발행주식의 99.99%)에 대한 감자(이하 ’이 사건 유상감자‘라 한다) 절차를 진행하는 한편, 원고에게 이 사건 쟁점 주식 전부를 이전하였다.

  바. 서울지방국세청장은 2018. 9. 11.부터 2019. 3. 9.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시한 결과, 외국법인인 이 사건 신설법인이 원고에게 내국법인인 ***톤의 지분을 양도하여 얻은 국내원천 유가증권양도소득에 대해 원고가 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 법인세법‘이라 한다) 제98조에 따른 원천징수 하여야 하고, 같은 법 제120조의2에 따른 지급명세서를 제출하여야 함에도 이를 이행하지 않았다고 보아, 피고 **세무서장에게 과세자료를 통보하였다.

  사. 이에 피고 **세무서장은 2019. 5. 2. 원고에게 이 사건 쟁점 주식에 대한 양도소득의 지급시 누락한 2017년 귀속 법인(원천)세 *,*35,697,660원(가산세 포함)을 징수하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 법인세 징수처분’이라 한다)을 하는 한편, 지급명세서제출불성실가산세 **,000,000원을 부과하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 지급명세서제출불성실가산세 처분’이라 한다)을 하였고, 피고 서초구청장은 2019. 7. 11. 원고에게 2017년 귀속 법인(원천)세에 대한 지방소득세(특별징수분) *67,499,480원(가산세 포함)을 징수하는 처분(이하 ’이 사건 지방세 징수처분‘이라 한다)을 하였다.

  아. 한편 이 사건 신설법인은 2017. 11. 20. 양도대금을 **,142,706,000원으로 하여 이 사건 쟁점 주식을 원고에게 양도하였음을 전제로 피고 **세무서장에게 증권거래세 *10,713,530원을 신고하였다.

  자. 원고는 이 사건 법인세 징수처분 및 이 사건 지급명세서제출불성실가산세 처분, 이 사건 지방세 징수처분(이하 위 각 처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다)에 대하여 모두 불복하여 2019. 7. 29. 조세심판원에 위 각 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 4. 13. ’원고가 내국법인인 ***톤 주식을 100% 소유하고 있는 이 사건 신설법인으로부터 이 사건 쟁점 주식 402,549주를 22,142,706,000원에 양수하였고, 양수대금을 지급하는 방법으로 대금 지급의 한 방법인 신설법인 주식의 유상감자 대가와 상계한 것이다‘라는 등의 이유로 원고의 심판청구를 모두 기각하는 결정을 하였다.

  [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2 내지 4, 7, 8, 9, 12, 13, 15, 17 내지 22호증, 을가 제2 내지 6호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 피고 서초구청장의 본안전 항변

  가. 주장의 요지

    법인세법상 법인세 납부의무자는 법인세에 대한 지방소득세를 납부할 의무가 발생하고, 지방소득세의 과세표준은 법인세의 과세표준과 동일하여 납세의무자로서는 세무서장을 상대로 한 법인세 부과처분의 취소판결을 받으면 충분하므로, 별도로 법인지방소득세 부과처분의 취소를 구할 소의 이익이 존재하지 아니한다.

  나. 판단

    1) 법인지방소득세는 법인세법의 규정에 의하여 부과되는 법인세액을 과세표준으로 하여 당해 시·군 내에서 법인세의 납세의무가 있는 법인이 납세의무를 지는 것이어서 법인세의 납세의무의 존재를 전제로 하고 있는 것이나, 법인세법에 의하여 부과되는 법인세액은 법인지방소득세의 과세표준에 지나지 아니하므로 원천징수분 법인세 처분에 대한 불복과는 별개로 과세표준이 되는 당해 법인세액의 결정이 위법하다는 이유로 그 취소를 구함과 동시에 별도로 그 위법을 이유로 법인지방소득세 부과처분의 취소를 구할 수 있다. 그리고 이러한 법리는 법인지방소득세를 원천징수·특별징수하는 처분의 취소를 구하는 경우에도 마찬가지로 적용된다(대법원 2013. 5. 24. 선고 2013두659 판결 등 참조).

    2) 위와 같은 법리에 비추어 볼 때, 원고는 이 사건 법인세 부과처분에 대한 불복과는 별개로 지방소득세(특별징수분)의 과세표준이 되는 당해 법인세액의 결정이 위법하다는 이유로 이 사건 지방세 징수처분의 취소를 구할 수 있다고 봄이 상당하다.

    3) 따라서 피고 서초구청장의 본안전 항변은 받아들이지 아니한다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 당사자들의 주장

    1) 원고의 주장

      가) 이 사건 거래의 실질은 이 사건A*** 회사의 주주들이 이 사건 쟁점 주식을 원고에게 양도한 것으로써, 원고가 이 사건 쟁점 주식을 취득하기 위해 지급한 24,599,379.9달러는 실질적으로 이 사건A*** 회사의 주주들에게 귀속되었다. 따라서 이 사건 쟁점 주식의 양도인 또는 양도대금의 귀속자가 이 사건 신설법인임을 전제로 한 이 사건 각 처분을 모두 위법하다.

    2) 가사 피고들이 일관되게 주장하는 바와 같이 원고가 이 사건 쟁점 주식을 이 사건 신설법인으로부터 취득한 것으로 보더라도, 이 사건 신설법인이 자본의 환급 절차에 따라 ’감자‘를 결의하고, 이 사건 신설법인의 주식 100%를 보유한 원고에게 ’현물‘인 이 사건 쟁점 주식을 감자에 대한 대가로 이전한 것에 불과하다. ’감자‘는 자본거래에 해당하여 감자에 따라 자산이 이전된 경우에는 양도소득이 있다고 볼 수 없으므로, 이 사건 각 처분은 모두 위법하다.

    3) 설령 원고가 이 사건 신설법인으로부터 이 사건 쟁점 주식을 주식양수도계약에 따라 양수한 것이라고 하더라도, 이 사건 신설법인의 이 사건 쟁점 주식 취득가액과 이 사건 쟁점 주식의 양도대금이 동일하므로 과세대상인 주식양도소득이 발생하지 아니하였다. 그럼에도 이 사건 쟁점 주식의 양도로 ’국내원천 유가증권양도소득‘이 발생하였음을 전제로 한 이 사건 각 처분 중 이 사건 법인세 징수처분과 이 사건 지방세 징수처분은 위법하다.

    2) 피고들의 주장

      가) 이 사건A*** 회사의 주주들은 원고에게 이 사건 쟁점 주식이 아니라 SPC 회사에게 이 사건A*** 회사의 주식을 양도한 것이고, 이 사건 쟁점 주식에 관한 거래 당사자는 원고와 이 사건 신설법인이다.

      나) 원고는 이 사건 신설법인과 사이에 체결한 양도계약 내지 매매계약에 의하여 이 사건 쟁점 주식의 소유권을 이전받은 것일 뿐, 이 사건 신설법인이 이 사건 유상감자 절차를 진행하면서 원고에게 그 대가로 이 사건 쟁점 주식의 소유권을 이전한 것으로 볼 수 없다.

       다) 이 사건 쟁점 주식의 양도차익을 향유하고 있는 주체가 이 사건A*** 회사라 하더라도 이 사건A*** 회사는 합병 후 이 사건 신설법인에 흡수된 모습으로 존재하는 것이므로 이 사건 신설법인이 양도차익에 대한 납세의무자가 되는 것이 실질과세의 원칙에 부합한다.

  나. 관계 법령

    [별지] ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

  다. 판단

    1) 이 사건 쟁점 주식을 이 사건A*** 회사의 주주들로부터 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부

      가) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계에 따라 조세가 부과되어야 한다. 법인 또는 개인이 다른 법인 소유의 주식을 취득하고자 하는 경우 이를 위한 거래의 법적 형식은, 당해 주식을 매매에 의하여 직접 취득하는 방식과 그 주식을 소유하는 법인 자체에 대한 지배권을 취득할 수 있는 주식을 양수하는 방식으로 나눌 수 있는바, 당사자가 법인 소유의 주식을 매수․매도하기 위하여 어느 방식을 취할 것인가의 문제는, 그 목적 달성의 효율성, 조세 등 관련비용의 부담 정도 등을 고려하여 스스로 선택할 사항이라고 할 것이며, 그들이 어느 한 가지 방식을 선택하여 법률관계를 형성하였다면, 그로 인한 조세의 내용이나 범위는 그 법률관계에 맞추어 개별적으로 결정된다 할 것이고, 서로 다른 거래의 궁극적 목적이 다른 법인 소유의 주식의 매매에 있다 하여 그 법적 형식의 차이에도 불구하고 그 실질이 같다고 하거나 조세법상 동일한 취급을 받는 것이라고 할 수는 없다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등 참조).

      나) 앞서 본 증거들에 의하여 드러나는 다음과 같은 사정들을 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 원고가 이 사건A*** 회사의 주주들로부터 이 사건 쟁점 주식을 양수하였다고 보거나 이 사건 쟁점 주식의 양도에 따른 양도소득이 이 사건A*** 회사의 주주들에게 귀속된다고 볼 수는 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

        ① 이 사건A*** 회사 주주들은 애당초 이 사건 쟁점 주식을 소유한 적이 없고, 다만 이 사건A*** 회사가 이 사건 쟁점 주식을 소유하고 있었을 뿐이므로, 앞서 본 법리에 따르면 위 주주들은 원칙적으로 이 사건A*** 회사가 발행한 주식의 양도로 인하여 발생한 소득의 귀속자가 될 수 있을 뿐, 이 사건 쟁점 주식의 양도로 인하여 발생한 소득의 귀속자가 될 수 없다.

        ② 이 사건A*** 회사 주주들이 SPC 회사에 이 사건A*** 회사가 발행한 주식을 양도함으로써 양도소득이 발생하였을 것임에도, 이 사건 쟁점 주식의 양도에 따른 소득이 또 다시 위 주주들에게 귀속된다고 보게 되면, 이 사건A*** 회사 주주들은 이중(二重)의 세 부담을 지게 된다. 그러나 원고는 이 사건A*** 회사가 발행한 주식이 양도됨에 따라 발생하는 소득이 위 주주들에게 귀속될 수 없고 이 사건 쟁점 주식의 양도에 따른 소득만이 위 주주들에게 귀속될 수 있다는 특별한 사정에 대하여 아무런 주장·증명을 하지 않고 있다.

       ③ 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 쟁점 주식을 보유하고 있던 이 사건A*** 회사로부터 직접 이 사건 쟁점 주식을 취득하는 것이 가능하지 아니하였고, 이에 따라 원고는 앞서 본 바와 같이 ⁠‘SPC 회사의 설립’, ⁠‘이 사건A*** 회사 주식의 양수’, ⁠‘SPC 회사와 이 사건A*** 회사의 신설합병을 통한 이 사건 신설법인의 설립’ 등의 여러 절차를 거쳐 이 사건 쟁점 주식을 취득하였는바, 위와 같은 이 사건 쟁점 주식의 취득 경위 등에 비추어 보면, 원고에게도 이 사건A*** 회사의 주주들로부터 이 사건 쟁점 주식을 이전받는다는 의사는 없었던 것으로 보인다.

    2) 원고가 양도거래 내지 자산거래에 의하여 이 사건 쟁점 주식을 취득한 것으로 볼 수 있는지 여부

      가) 쟁점

        합병 이후 이 사건 신설법인이 그 발행 주식 중 99.99%(발행주식 중 1주를 제외한 나머지 주식)를 유상감자를 하였다는 점에 대하여는 당사자 사이에 다툼이 없고, 따라서 이 사건 신설법인이 이 사건 유상감자에 따른 반대급부를 원고에게 지급하여야 하는 것은 분명하다.

        쟁점은, 유상감자의 반대급부로 원고에게 지급된 대가가 금전채권인지 아니면 이 사건 쟁점 주식¹⁾인지 여부이다. 원고 주장의 요지는, 이 사건 신설법인이 유상감자의 대가로 원고에게 이 사건 쟁점 주식의 소유권을 이전하였고 이는 자본거래에 해당하므로, 자산거래를 전제로 한 양도소득은 발생할 수 없다는 것이다. 이에 반하여 피고들 주장의 요지는, 이 사건 신설법인이 양도계약 내지 매매계약에 의하여 원고에게 이 사건 쟁점 주식의 소유권을 이전한 것이고, 다만 위 양도계약에 따른 이 사건 신설법인의 원고에 대한 매매대금채권과 이 사건 유상감자에 따른 원고의 이 사건 신설법인에 대한 금전채권이 상계되었다는 것이다.

      나) 인정사실

          갑 제2 내지 7, 15호증, 을가 제2, 5, 6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

        (1)

SPC 회사는 2017. 8. 24. ⁠‘합병승인 및 감자 승인의 건’을 부의 안건으로 하여 이사회를 개최하였는데, 당시 작성된 이사회의사록의 주요 내용은 다음과 같다.

        (2) 이 사건A*** 회사 또한 2017. 8. 24. ⁠‘지분구조 및 지배구조 변경의 건’을 부의 안건으로 하여 이사회를 개최하였는데, 당시 작성된 이사회의사록의 주된 내용은 다음과 같

다.

      (3) 한편 원고와 이 사건 신설법인은 2017. 8. 24. 양수도대금을 24,600,000달러로 정하여 양도한다는 내용의 주식양수도계약서를 작성하였는데, 그 주된 내용은 다음과 같다.

        (4) 원고는 2017. 8. 25. 한국거래소에 주요사항보고서를 제출하였는데, 위 보고서의 주된 내용은 다음과 같다.

        (5) 원고와 이 사건 신설법인 사이에는 2017. 8.경 ⁠‘이 사건 신설법인은 다음과 같이 자본분배금액의 지급 및 자본 환급의 대가로서 당해 주주인 원고에게 이 사건 쟁점 주식을 분배, 이전 및 할당하며, 당해 주주인 원고는 다음과 같이 자본분배금의 지급 및 자본 환급의 대가로서 이 사건 쟁점 주식을 분배, 이전, 할당 받는 데 동의한다’는 내용의 분배계약서(이하 ⁠‘이 사건 분배계약서’라 한다)가 작성되었다.

        (6) 원고가 2017. 6. 13. 캐나다 컨설팅회사인 KPMG를 통하여 검토한 자료(원고 & 이 사건A*** 회사 기업구조개편)에는, 이 사건A*** 회사의 모든 지분 가치는 이 사건 쟁점주식의 주식 가치와 동일하다고 기재되어 있다. 한편 이 사건A*** 회사나 이 사건 신설법인은 이 사건 쟁점 주식을 소유하고 있는 것 이외에는 별다른 자산 또는 현금성 자산을 가지고 있지 아니하였다.

      다) 구체적 판단

        위 인정사실에 의하면, 원고와 이 사건 신설법인과 사이에 이 사건 쟁점 주식에 관한 양도계약서가 작성된 점은 드러나나, 위 인정사실과 앞서 본 증거들에 의하여 알 수 있는 이 사건 유상감자 결의일과 이 사건 양도계약서의 작성일, 이 사건 유상감자에 의하여 감소되는 자본금과 양도계약서상의 양도대금, 이 사건 신설법인의 현금보유 현황 및 이 사건 분배계약서의 내용 등을 종합적으로 고려하면, 이 사건 쟁점 주식의 소유권은 유상감자의 대가로 원고에게 이전된 것으로 봄이 상당하고, 이와 달리 이 사건 쟁점 주식에 관한 양도계약이 체결되었다거나 양도계약에 따라 위 주식의 소유권이 이전된 것으로 볼 것은 아니다.

        (1) 이 사건 유상감자 결의는 2017. 8. 24. 이루어졌고, 이 사건 쟁점 주식에 관한 양도계약서도 같은 날인 2017. 8. 24. 작성되었는바, 유상감자 결의와 양도계약서의 작성은 거의 동시에 이루어진 것으로 보인다.

        (2) 이 사건 유상감자로 인하여 감소되는 자본금은 24,679,961달러(= $1.0462 × 23,590,099주)이고, 위 양도계약서에 기재된 이 사건 쟁점 주식에 관한 양도대금은 24,600,000달러로서 그 차액은 불과 79,961달러에 불과하다.

       (3) 이 사건 양도계약서 제3조에 따르면, ⁠‘원고는 계약 체결 즉시 양수도대금을 상호간 채권·채무를 선 정산 후 나머지 금액은 현금으로 지급한다’는 것으로, 위 계약서의 내용에 따르더라도 양도대금의 현실적인 교부는 애당초 예정되어 있지 않았다.

       (4) 이 사건 신설법인이 이 사건 쟁점 주식을 보유하고 있는 외에는 다른 자산 내지 현금성 자산을 소유하고 있지 않은 점에 비추어 보면, 이 사건 신설법인에게는 애당초 유상감자의 대가로 원고에게 출자대금을 현금으로 반환할 의사나 능력이 없었다. 이 사건 신설법인이 원고에게 출자대금을 반환하는데 필요한 현금을 마련할 수 있는 유일한 방법은 이 사건 쟁점 주식을 제3자에게 매각하는 것인데, 앞서 본 합병 과정 및 이 사건 신설법인의 설립 경위 등에 비추어 보면, 이 사건 신설법인의 지배주주인 원고에게는 당초 이를 제3자에게 매각할 의사가 없었던 것임은 분명하다.

       (5) 원고가 2017. 8. 25. 한국거래소에 제출한 주요사항보고서에는, 이 사건 쟁점 주식에 관한 양도대금과 이 사건 유상감자에 따른 대금이 상계처리 되는 것은 캐나다 상법상 자본의 환급(Return of Paid up capital)에 해당한다고 기재되어 있다.

       (6) 원고는 일관되게, 코스닥 상장법인인 원고가 이 사건 쟁점 주식을 취득하는 것은 공시의 대상이었고, 한국거래소에서 자본의 환급으로 이 사건 쟁점 주식을 취득하였다는 취지로 공시할 수 없다는 실무적 견해를 밝힘에 따라 부득이 유상감자에 따른 감자대금과 쟁점 주식에 관한 양도대금을 상계하는 취지로 공시하였으며, 그에 필요한 계약서 등이 작성되었다는 취지로 주장하고 있다. 이 사건 양도계약서의 내용과 이 사건 분배계약서은 내용상으로 양립할 수 없는데, 앞서 본 이 사건 신설법인의 설립 경위, 원고가 이 사건 쟁점 주식을 취득하게 된 과정 등을 고려하면, 이 사건 분배계약서의 내용이 당사자의 의사나 거래의 실질에 부합한다.

      라) 소결론

        이 사건 쟁점 주식이 자산거래가 아닌 자본거래에 의하여 원고에게 그 소유권이 이전된 것인 이상, 이 사건 쟁점 주식의 소유권이 이전됨으로써 이 사건 신설법인에게 구 법인세법 제93조 제9호에서 정한 ⁠‘유가증권을 양도함으로써 발생하는 소득’이 있다고 볼 수는 없다. 결국 이 사건 신설법인이 원고에게 이 사건 쟁점 주식을 ⁠‘양도’하였음을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

    3) 이 사건 쟁점 주식의 취득가액에 대한 판단(원고의 예비적 주장에 대한 판단)

      가) 관련 법리

        1) 원천징수의무는 원천징수의무자가 원천납세의무자로부터 현실적으로 원천징수 대상인 조세를 징수하였는지의 여부나 징수가 가능한지의 여부를 불문하고 국가에 대해 부담하는 의무이기는 하나, 원천징수의무는 원천납세의무의 성립을 전제로 하는 것이므로 원천납세의무가 성립하지 않는 경우에는 원천징수의무도 성립할 수 없다(대법원 1986. 10. 28. 선고 86누323 판결, 대법원 1989. 3. 14. 선고 85누451 판결 등 참조).

        2) 구 법인세법 제93조 제9호 가목은 법인세 과세대상인 외국법인의 국내원천소득의 하나로 ⁠‘내국법인이 발행한 주식의 양도로 인하여 발생하는 소득’을 규정하고 있다. 외국법인 사이의 합병에 따라 소멸하는 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인 발행주식을 합병 후 존속하는 합병법인에 이전하는 것이 구 법인세법 제93조 제9호 가목의 ⁠‘주식의 양도’에 해당하는지의 여부는 구 법인세법의 해석상 합병에 따른 위 주식의 이전을 계기로 위 주식에 내재된 가치증가분이 양도차익으로 실현되었다고 보아 이를 과세대상 소득으로 삼을 수 있는지에 따라 판단하여야 하는바, 외국법인의 경우 구 법인세법 제93조 제9호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하고 있는 점 등에 비추어 보면, 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유가 없으므로, 이는 ⁠‘주식의 양도’에 해당한다고 봄이 상당하다(대법원 2017. 12. 13. 선고 2015두1984 판결 등 참조).

        3) 한편 과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비 등에 관한 증명책임도 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 5. 14. 선고 2008두17134 판결 등 참조).

      나) 구체적 판단

        가사 피고가 주장하는 바와 같이 이 사건 쟁점 주식이 양도계약에 따라 원고에게 이전된 것이라고 하더라도, 앞서 본 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 이 사건A*** 회사가 그 보유의 이 사건 쟁점 주식을 합병에 따라 합병 후 존속법인인 이 사건 신설법인에게 이전한 것은 구 법인세법에서 정한 주식의 ⁠‘양도’에 해당하는 점, ② 이 사건 신설법인은 이 사건A*** 회사로부터 이 사건 쟁점 주식을 취득한 즉시 원고에게 위 주식의 소유권을 이전하였으므로, 이 사건A*** 회사가 이 사건 신설법인에게 이 사건 쟁점 주식을 양도한 가액과 이 사건 신설법인이 원고에게 이 사건 쟁점 주식을 양도한 가액은 동일하게 평가되어야 하고, 따라서 이 사건 신설법인에게는 양도차익이 발생할 여지가 없는 점, ③ 피고들은 이 사건A*** 회사가 합병을 통하여 이 사건 신설법인에 존재하고 있는 것이므로, 이 사건 쟁점 주식의 양도차익 역시 이 사건 신설법인에 존재하는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 이러한 피고들의 주장은 결국 외국법인 사이의 합병에 따른 주식의 이전이 양도차익이 실현되는 주식의 양도에 해당하지 아니하는 취지의 주장과 일맥상통하는 것으로서 앞서 본 법리에 어긋나는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 신설법인이 이 사건 쟁점 주식을 원고에게 양도함으로써 ⁠‘국내원천 유가증권 양도소득’이 발생하였다고 점이 증명되었다고 보기 어렵다.

      다) 소결론

        가사 이 사건 신설법인이 원고에게 이 사건 쟁점 주식을 ⁠‘양도’한 것이라고 하더라도, 위와 같은 양도로 인하여 이 사건 신설법인에게 양도소득이 발생하였다는 점이 증명되었다고 볼 수 없으므로, 이러한 점에서도 이 사건 각 처분 중 이 사건 법인세 원천징수처분과 지방소득세 원천징수처분은 위법하다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 소각되는 주식은 이 사건 쟁점 주식이 아니라 이 사건 신설법인이 발행한 주식이므로, ⁠‘이 사건 쟁점 주식의 이전’이 주식의 소각 내지 자본의 환급을 위한 소유권 이전에 해당하는지의 문제는 발생하지 않는다.

출처 : 서울행정법원 2021. 08. 13. 선고 서울행정법원 2020구합59307 판결 | 국세법령정보시스템