요지

부당행위계산부인 대상에 해당하는 기준이 되는 시가는 법인세법 제52조에서 열거한 방법에 의하여야 하고 이에 대한 증명은 주장하는 측에서 입증하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2017. 3. 13. 원고에게 한 2015 사업연도 법인세 3,201,316,270원(가산세 함) 및 농어촌특별세 16,732,250원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 △△공사법에 따라 설립되어 도시가스의 제조·공급, 그 부산물의정제·판매,천연가스의 인수기지 및 공급망의 건설·운영, 천연가스 및 액화석유가스의 개발 및 수출업을 영위하고 있는 회사이고, △△기술공사(이하 ⁠‘기술공사’라 한다)는 원고가 100% 출자한 자회사이다.

나. 원고는 1993.경 기술공사와 사이에 원고 가스시설의 유지보수 및 관리를 위하여 천연가스 생산·공급설비 경상정비공사(이하 ’이 사건 용역‘이라 한다)에 관한 용역계약을 체결하고, 현재까지 기술공사로부터 이 사건 용역을 제공받고 있다.

다. 원고는 이 사건 용역에 대한 대가 중 큰 비중을 차지하는 노무비를 ⁠‘공량(노무량)×단위당 가격’으로 산정하여 왔다. 원고는 위 대가 산정에 변화된 작업환경이 반영될 필요가 있다고 판단하여 2009.경 사단법인 감△△ 경영회계연구원(이하 ⁠‘감△△’라 한다)과 사이에 이 사건 용역의 표준공량을 산정하기 위하여 ⁠‘천연가스 설비 경상정비공사 표준품셈1) 개정’(이하 ⁠‘관련 용역’이라 한다)에 관한 용역계약을 체결하였다.

라. 관련 용역 계약에 따라 감△△는 ⁠(가) 이 사건 용역의 리얼 타임(Real Time), ⁠(나) 원고가 보유한 전산자료에 따른 실적(실제)작업시간, ⁠(다) 기술공사가 보유한 전산자료와 작업일지에 따른 실적작업시간 등을 분석하여, 그 중 ⁠(다)의 작업일지에 따른 실적작업시간(이하 ⁠‘이 사건 실적작업시간’이라 한다)에 표준여유율과 레이팅(Rating) 계수를 적용하여 이 사건 용역과 관련된 표준공량(이하 ⁠‘이 사건 표준공량’이라 한다)과 표준품셈(이하 ⁠‘이 사건 표준품셈’이라 한다)을 산정하였다. 원고는 이 사건 표준품셈을 적용하여 2010년부터 2015년까지 기술공사에 이 사건 용역에 대한 대가를 지급하였다.

마. 피고는 ⁠‘원고가 2010 사업연도에 기술공사에 지급한 이 사건 용역의 대가는 시가를 초과하였으므로 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조의 부당행위계산 부인 규정이 적용되어야 한다’는 이유로, 2016. 3. 29.원고의 2010 사업연도 법인세의 과세표준 중 4,541,207,049원을 손금불산입하여 증액하고, 이를 기타 사외유출로 처리하였다.

바. 한편 00지방국세청장은 2015. 12. 10.부터 2016. 5. 12.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 위 마.항과 마찬가지로 ⁠‘원고가 노무비를 과다계상하는 방법으로 이 사건 용역을 시가보다 높은 가격에 제공받았으므로 매출원가 대비 일반관리비(5%) 및 이윤(15%)의 합계액으로 새롭게 산정한 시가를 기준으로 부당행위계산 부인규정을 적용하여야 한다’고 판단하고, 이러한 세무조사결과와 과세자료를 원고 및 피고에게 통보하였다.

사. 이에 원고는 ##지방국세청장에게 이의신청 및 과세전적부심사를 청구하였고, ##지방국세청장은 2016. 8. 26. ⁠‘합리적인 방법으로 시가를 재조사하여 부당행위계산 부인이 적용되어야 한다’는 이유로 재조사결정을 하였다. 위 재조사결정에 따라 00지방국세청장은 2016. 9. 26.부터 2017. 2. 23.까지 재조사를 실시하면서, 주식회사 @@협회컨설팅(이하 ⁠‘@@협회’라 한다)에 이 사건 표준품셈의 대한 검증을 의뢰하였다.

아. @@협회는 ⁠“이 사건 표준공량 산정의 기초가 된 이 사건 실적작업시간은실제 모든 작업시간이 기록된 것으로서 이미 여유시간과 작업자의 숙련도(레이팅 계수의 평가척도)가 반영되어 있음에도 불구하고 감△△는 여기에 별도로 ⁠‘여유율’과 ⁠‘레이팅계수’를 추가적용하였으므로, 결국 이 사건 표준공량은 ⁠‘여유율’과 ⁠‘레이팅 계수’가 중복으로 반영됨으로써 과다산정되었다.”라고 판단하였다.

자. 이에 00지방국세청장은 이 사건 표준공량 중 위 여유율과 레이팅 계수만을 소거하는 방식으로 표준공량을 재계산한 후 이를 기초로 산정한 가액(이하 ⁠‘이 사건 기준가액’이라 한다)을 시가로 보아 이 사건 표준품셈에 따라 원고가 지급한 이 사건 용역의 대가와 이 사건 기준가액의 차액을 부당행위계산 부인 대상으로 확정하였다.

차. 이러한 과세자료와 이 사건 기준가액을 기초로 피고는 ⁠‘원고가 이 사건 용역을시가보다 높게 제공받아 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 해당한다’는 이유로 원고의 2010 내지 2015 사업연도 법인세의 과세표준을 최종적으로아래 ⁠[표]와 같이 계산·증액한 후, 2017. 3. 16. 원고에게 2015 사업연도 법인세3,201,316,270원(가산세 포함) 및 농어촌특별세 16,732,250원(가산세 포함)을 부과하는처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

카. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 6. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2018. 8. 29. 그 심판청구가 기각되었다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제9호증(가지번호 있는 것은 각

가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1) 원고의 주장

원고는 공신력 있는 원가계산 용역기관인 감△△에 이 사건 용역의 대가 산정을 의뢰하였고, 감△△는 원고나 기술공사의 주관적인 이해를 반영하지 아니하고 객관적이고 합리적인 방법으로 이 사건 표준품셈을 산정하였다. 그러므로 원고가 기술공사에 이 사건 표준품셈에 따라 산정된 이 사건 용역의 대가를 지급한 것은 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 거래에 해당한다고 볼 수 없다.

또한 피고가 부당행위계산 부인의 적용기준으로 삼은 이 사건 기준가액은 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조에서 정한 ⁠‘시가’, 즉 제3자와의 거래사례가격, 감정가격, 보충적 평가가격 어디에도 해당하지 아니할 뿐만 아니라 객관적이고 합리적인 방법으로 평가한 가액이라고 볼 수도 없다.

특히 기술공사가 이 사건 용역 계약과 유사하게 포스코 광양 엘엔지(LNG) 기지에 제공한 경상정비 용역의 대가(평균 수익률 51.9%)와 이 사건 용역의 대가(수익률33.2%)를 비교하면, 이 사건 용역의 대가는 합리적으로 산정되었다고 보아야 한다.

따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고의 주장

(1) 원고는 기술공사의 지분 100%를 보유한 모회사인 점, ⁠(2) 원고의 자체감사 결과, 이 사건 표준품셈 및 표준공량은 불합리하게 산정되었다는 지적을 받은 점, ⁠(3) 감우회의 연구보고서에는 3~4년마다 표준품셈을 개정할 필요가 있다고 권고하였으나, 원고는 2009년에 산정된 이 사건 표준품셈을 2015년까지 사용한 점, ⁠(4) 감△△는 실적법에 따라 이 사건 실적작업시간을 기준으로 표준공량을 분석하였으므로, 여기에 시간연구법을 병행하여 추가적인 여유율 및 레이팅 계수를 중복반영하여서는 아니 되는 점, ⁠(5) 이 사건 표준품셈에는 위 ⁠(4)항의 오류 외에도 여러 오류가 존재하지만, 피고는 이사건 표준품셈 중 명백히 입증가능한 여유율과 레이팅 계수의 추가반영 오류만을 정정하여 이 사건 기준가액을 산정한 점, ⁠(6) 이 사건 기준가액은 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 평가한 가액으로서 법인세법 제52조에서 정한 ⁠‘시가’에 해당하고, 위 ⁠‘시가’는 반드시 법인세법 시행령 제89조에서 정한 방법에 따라 산정하여야 하는 것은 아닌 점 등에 비추어 보면, 이 사건 표준품셈에 따라 원고가 지급한 이 사건 용역의 대가는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격이라 볼 수 없으므로 부당행위계산 부인의 대상이 되어야 한다.

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2, 9, 12 내지 21호증, 을 제1,4, 5, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다.

1) 감△△는 관련 용역 계약의 체결 당시인 2009.경 사단법인 한국원가관리협회에 적격업체로 등록된 원가계산 용역기관으로서 공인회계사, 원가분석사, 감정평가사등으로 구성된 단체이다. 감△△가 관련 용역에서 이 사건 표준품셈의 기초가 된 표준공량을 산정한 과정 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같이 요약할 수 있다.

2) 이 사건 표준품셈 산정 업무를 담당한 감△△ 소속 김AA는 이 사건 실적작업시간을 표준여유율과 레이팅 계수로 보정한 이유에 대하여 다음과 같이 설명하였다.

3) 그러나 @@협회는 감△△의 위와 같은 표준공량 산정방식에 다음과 같은 논리적 오류가 있다고 판단하였다.

4) 일반적인 교과서[현대작업관리(정병용 저), 갑 16호증, 을 제10호증]는 표준시간, 레이팅 계수 및 여유율을 다음과 같이 설명하고 있다.

라. 판단

1) 관계 규정의 내용 및 관련 법리

가) 법인세법 제52조에 정한 부당행위계산 부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에 있어 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 같은 법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 한다(대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결 등참조).

나) 법인세법 제52조 제1항은 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 ⁠‘특수관계인’이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ⁠‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다고 규정하고, 제2항은 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ⁠‘시가’라 한다)을 기준으로 한다고 규정하고 있으며, 제4항은 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있다.

한편 법인세법의 위임을 받은 법인세법 시행령 제88조 제1항 제7호는 법인세법 제52조 제1항의 ⁠‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우’의 하나로 ⁠‘금전 기타 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ㆍ요율이나 임차료로 차용하거나제공받은 경우’를 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제89조는 법인이 특수관계에 있는 자에게 시가보다 높은 대가를 지급하고 용역을 제공받은 경우에 해당하는지 여부의 기준이 되는 용역의 '시가'는 ⁠(1) 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 의하고(제1항), ⁠(2) 위와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 법인세법 시행령 제89조 제2항 각 호에서 정한 방법에 의하여 산정할 수 있으며(제2항), ⁠(3) 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액(직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 ⁠‘원가’라 한다)과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계자 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도록 규정하고 있다(제4항 제2호).

다) 한편 ⁠‘시가’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인교환가치를 말하는 것이지만, 그와 같은 시가를 확인하기 어려울 때에는 객관적이고합리적인 방법으로 평가한 가액도 시가로 볼 수 있으나, 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 시가에 관한 입증책임은 부당행위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다(대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판결 등 참조).

2) 구체적인 판단

살피건대 위 인정사실과 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거만으로는 피고가 산정한 이 사건 기준가액이 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ⁠‘시가’에 해당한다고 보기 어려우므로 이 사건 기준가액이 위 ⁠‘시가’에 해당함을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다 할 것이다.

가) 피고가 이 사건 기준가액을 산정한 방법은 원고가 감△△를 통하여 산정한이 사건 표준품셈 중 표준공량에서 표준여유율과 레이팅 계수를 임의로 소거하여 금액을 계산한 것으로 법인세법 시행령 제89조에서 정한 ⁠‘시가’의 산정 방법에 해당하지 아니하고 피고도 이를 다투고 있지 아니하다.

나) 한편 피고는 이 사건 기준가액을 산정한 방법이 법인세법 시행령 제89조에서 정한 ⁠‘시가’의 산정 방법에 해당하지 아니한다 하더라도 위 시행령에서 정한 시가의 산정 방법은 예시적인 규정에 불과하고 과세관청은 객관적이고 합리적인 방법으로 법인세법 제52조에서 정한 시가, 즉 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 산정할수 있다고 주장한다.

그러나 다음과 같은 사정에 비추어 보면 피고가 이 사건 기준가액을 산정한 방법이 객관적이고 합리적인 방법으로 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을산정한 것이라 보기도 어렵다.

(1) 감△△는 현장에서 실적작업시간을 관측한 결과 이 사건 실적작업시간 중 여유시간은 실제보다 과소하게 기재되어 있으며, 이 사건 용역은 고온·고압기기 접근작업을 포함하고 부분적으로 높거나 협소한 장소에서 작업이 이루어지는 등 설비의특성과 업무의 난이도를 반영할 필요가 있다고 판단하였다. 이에 따라 감△△는 이 사건 실적작업시간의 여유율 5.2%를 표준여유율 30%로 대체하는 방법으로 표준공량을산정하여 위 특수성을 반영한 것으로 보이는바, 단순히 이 사건 실적작업시간에 여유시간이 이미 포함되어 있다는 사정만으로는 원고가 위와 같은 방법으로 이 사건 표준공량을 산정한 것에 오류가 있다고 보기 어렵다.

(2) 감△△는 이 사건 실적작업시간은 이미 10여 년 이상 이 사건 용역을 수행한 숙련된 작업자들의 실적작업시간이 기재된 것이므로, 이를 보통 정도의 숙련도를 가진 표준작업시간으로 환산하기 위해서는 레이팅 계수를 적용할 필요가 있다고 판단한 것으로 보인다.

한편 ⁠(가) 표준공량의 측정 기준이 되는 표준작업시간은 ⁠‘보통 숙련도’를 가진 작업자가 ⁠‘보통 속도’로 작업할 경우 소요되는 시간으로 정의되고 있으므로 현장에서 관측되거나 기록된 실적작업시간은 레이팅 계수를 적용하여 표준적인 작업시간으로 조정될 필요가 있는 점, ⁠(나) 원고의 시설이나 사업 내용의 희소성 및 기술공사가 이 사건 용역을 제공해 온 기간 등에 비추어 볼 때 이 사건 용역은 상당한 숙련도를 가진 작업자들에 의해 수행되었을 것이라 봄이 타당하므로, 그러한 숙련도가 반영된 이 사건 실적작업시간은 1보다 큰 레이팅 계수를 통해 표준작업시간으로 조정·상향될 필요가 있는 점, ⁠(다) 이를 통하여 상당한 숙련도를 가진 작업자들이 그 숙련도에 상응하는 이익을 얻을 수 있게 되는 점 등에 비추어 보면, 감△△가 이 사건 실적작업시간에 숙련도에 따른 레이팅 계수를 보정하여 표준공량을 산정한 것에 어떠한 오류가 있다고보기 어렵다.

(3) 설령 감△△의 이와 같은 산정방법에 오류가 있다 하더라도 피고가 그 오류를 시정하기 위하여 사용한 방법(이 사건 표준품셈의 계산 방식에서 표준여유율과 레이팅 계수만을 소거하는 방법)으로 이 사건 기준가액을 산정한 것은 객관적이고 합리적인 방법에 의하여 시가를 산정한 것이라고 보기도 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대구지방법원 2020. 01. 08. 선고 대구지방법원 2018구합25242 판결 | 국세법령정보시스템