요지

과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하여 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니됨

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2018. 4. 20. 원고에게 한 2017년 2기분 부가가치세 OOO원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 자동차부품 제조업을 영위하는 회사로서 20XX. XX. 계열사인 AAA 주식회사(20XX. XX. X. ⁠‘BBB 주식회사’로 상호가 변경되었다. 이하 ⁠‘AAA’이라 한다)로부터 생산장비 및 관련 원자재 등을 수차례 공급받았다.

나. 원고는 20XX. X. XX. AAA으로부터 공급가액 총 OOO원의 전자세금계산서 2장을 발급받아 매출세액에서 위 공급가액을 매입세액으로 공제하여 2017년 2기 부가가치세 확정신고를 하였다.

다. 원고는 20XX. X. X. ⁠‘AAA으로부터 수기로 작성된 공급가액 OOO원(이하 ⁠‘이 사건 공급가액’이라 한다)의 종이로 된 세금계산서 1장(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라고 한다)을 발급받았음에도 2017년 2기 부가가치세 확정신고 당시 매입세액 공제를 받지 못했으므로 이를 공제해야 한다‘고 주장하면서, 피고에게 2017년 2기 부가가치세 101,670,647원의 환급을 구하는 감액경정청구를 하였다.

라. 피고는 20XX. X. XX. ⁠‘이 사건 세금계산서는 2017년 2기 부가가치세 확정과세 기간 및 확정신고기한을 경과하여 발급받은 매입세금계산서로서 매입세액불공제 대상에 해당된다’는 이유로 위 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다.)

마. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 20XX. X. XX. 이의신청을 거쳐 20XX. XX.XX. 조세심판원에 이 사건 거부처분의 취소를 구하는 행정심판을 청구하였으나, 20XX.X. X. 기각재결이 내려졌다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 1, 2, 3, 5, 6, 7호증(가지번호가 있는 것은 이를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 거부처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 원고는 20XX년 XX월경 계열사인 AAA으로부터 생산장비를 이전받으면서 원자재도 함께 이전받았는데, 원자재 이전이 여러 차례에 걸쳐 수시로 이루어졌기 때문에 그 이전이 완료된 후 일괄하여 1장의 세금계산서를 작성하게 되었고, 향후 검수결과에 따라 원자재대금이 변경될 가능성도 있어 수정에 대비하여 종이로 된 세금계산서(이하 ⁠‘종이세금계산서’라고 한다)를 작성하게 된 것이다. 이에 따라 AAA은 20XX.XX. XX. 이 사건 세금계산서를 작성하였는데, 당시 AAA 담당자가 난치병으로 건강이 급속히 악화되어 거의 출근을 못하는 바람에 원고에게 이를 교부하지 못하고 있다가 20XX. X. 초순경에야 이러한 사실을 발견하고 이를 교부하였다. 따라서 이 사건 세금계산서는 2017년 2기 부가가치세 확정과세기간 및 확정신고기간 내인 20XX. XX. XX.실제로 발급된 것으로 보아야 한다.

2) 설령 이 사건 세금계산서가 발급시기를 경과하여 발급되었다 하더라도, 이를 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘법’이라고만 한다) 제39조 제1항 제2호에서 말하는 ⁠‘세금계산서를 발급받지 않은 경우’ 또는 ⁠‘세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 적힌 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

3) 위와 같은 사정들을 종합하면, 원고의 2017년 2기분 부가가치세 산정시 매출세액에서 이 사건 공급가액을 공제하여야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 이 법원의 판단

1) 원고가 이 사건 공급가액 상당의 재화를 공급받았는지

가) 갑 4호증, 을 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 원고는 20XX.XX.경 AAA과 사이에 이 사건 공급가액에 해당하는 거래 외에도 여러 차례 물품을 공급받는 거래가 있었고, 이에 대하여 AAA이 20XX. X. XX. 피고에게 이 사건 공급가액 상당액을 AAA의 2017년 2기분 매출세액으로 추가하는 내용의 부가가치세 증액수정신고를 한 사실이 인정된다.

나) 위 인정사실에 의하면, 원고가 20XX. XX.경 AAA으로부터 이 사건 공급가액 상당액의 물품을 실제로 공급받은 것으로 보이기는 한다.

2) 이 사건 세금계산서가 2017년 2기 부가가치세 과세기간 내에 작성되었는지

가) 세금계산서는 사업자가 재화 또는 용역의 공급시기에 재화 또는 용역을 공급받는 자에게 발급하여야 하는 것이 원칙이나, 거래처별로 1역월(1曆月)의 공급가액을 합하여 해당 달의 말일을 작성 연월일로 하여 세금계산서를 발급하는 경우에는 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일(그 날이 공휴일 또는 토요일인 경우에는 바로 다음 영업일을 말한다)까지 세금계산서를 발급할 수 있다(법 제34조).

나) 갑 3, 4, 6호증, 을 1, 3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 아래와 같은 사실들 및 사정들을 종합하면, 이 사건 세금계산서가 실제로 20XX. XX.XX. 작성되거나, 법 제34조 제3항 제1호에 따른 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일인 20XX. X. XX.까지 작성되는 등 2017년 2기 부가가치세 과세기간 내에 적법하게 작성되었다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

⑴ AAA은 전자세금계산서 제도가 시행된 2011년부터 현재까지 이 사건 세금계산서 이외에는 어느 거래처에게도 종이세금계산서를 발급한 적이 없는데, 전자세금계산서가 아닌 종이세금계산서를 발급할 경우 공급가액의 1% 상당액의 부가가치세가 가산되는 불이익이 있다(법 제60조 제2항 제2호 단서 참조).

⑵ 이 사건 공급가액이 OOO원으로서 원고의 2017년도 2기분 총매입가액 OOO원의 약 OO.OO%에 달하는 많은 금액임에도, 원고는 AAA에게 2017년 2기 부가가치세 과세기간 경과 전에 이 사건 공급가액에 해당하는 세금계산서의 발급을 적극적으로 요구하지 않았다.

⑶ 이 사건 세금계산서가 20XX. XX. XX. 실제로 작성된 것이라면, 원고로서는 20XX. X. XX. 2017년 2기 부가가치세 확정신고를 하기 전에 AAA에게 그 교부를 요구하여 이를 반영한 후 확정신고를 하였을 것으로 보는 것이 합리적이다.

⑷ AAA은 회계업무 담당자인 CCC 부장이 난치병으로 인해 20XX. X.경 퇴사하였으나, 위 담당자의 투병기간이라고 주장하는 20XX. X. XX. 원고에게 공급가액 OOO원의 전자세금계산서와 OOO원의 전자세금계산서를 발급하는 등 다른 세금계산서 발급업무는 정상적으로 이루어졌다.

⑸ AAA은 20XX. X. XX. 위 ⑶항과 같이 발급한 공급가액 OOO원으로 된 전자세금계산서의 공급가액에 이 사건 공급가액을 추가하여 새로이 전자세금 계산서를 작성하였다가 같은 달 XX. 이를 취소한 적도 있다.

3) 이 사건 세금계산서가 기간 경과 후 발급된 경우 공제대상에 해당하는지

가) 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제하는데, 세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 공제하지 아니한다. 다만 전자세금계산서 외의 세금계산서로서 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 발급받았고, 그 거래사실도 확인되는 경우에는 매출세액에서 매입세액을 공제한다(법 제38조, 제39조 제1항 제2호, 같은 법 시행령 제75조 제5호). 법 제39조 제1항 제2호의 매입세액의 공제가 부인되는 ⁠‘세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 작성 연월일이 사실과 다르게 적힌 경우’라 함은, 세금계산서의 실제 작성일이 거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제 작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우에 한한다고 보아야 할 것인바, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행․교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계 세액공제법을 채택하고 있는 현행 부가가치세법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이므로, 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하여 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 아니 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 등 참조).

나) 따라서 위 2)항에서 살펴본 바와 같이 이 사건 세금계산서가 그 거래시기가 속하는 2017년 2기 부가가치세 과세기간 내에 작성되었다는 점을 인정할 수 없는 이상, 이는 법 제39조 제1항 제2호의 ⁠‘세금계산서의 필요적 기재사항이 사실과 다르게 기재된 세금계산서’에 해당하므로, 원고의 2017년 2기분 부가가치세를 산정함에 있어 이 사건 공급가액은 매입세액 공제대상이 될 수 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다.

출처 : 청주지방법원 2020. 05. 14. 선고 청주지방법원 2019구합7343 판결 | 국세법령정보시스템