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공유수면 매립공사 용역과 부가가치세 과세대상 여부

창원지방법원 2019구합52551
판결 요약
공유수면 매립면허를 받은 사업자가 국가에 매립공사 용역을 제공하고, 그 대가로 매립지 소유권을 취득한 경우, 공급된 매립공사 전체는 부가가치세 과세대상인 용역 제공에 해당한다. 대가관계는 법률적·형식적이 아니라 경제적·실질적 시각에서 판단되며, 매립지 원시취득 방식과 상관 없이 과세 여부가 달라지지 않는다.
#공유수면 #매립공사 #부가가치세 #용역 공급 #경제적 대가관계
질의 응답
1. 공유수면 매립공사 용역이 부가가치세 과세대상 용역 공급에 해당하나요?
답변
네, 매립공사 용역과 매립지 소유권 취득 사이에 경제적·실질적 대가관계가 인정되어 부가가치세 과세대상 용역 공급에 해당합니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 사업자가 국가에 매립공사 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 소유권을 취득한 경우, 경제적·실질적 대가관계가 있어 부가가치세가 과세된다고 판시하였습니다.
2. 매립지 소유권이 원시취득(비정산식) 방식이어도 부가가치세가 부과되나요?
답변
네, 매립지 취득 방식과 무관하게 실질적 대가관계가 인정되면 부가가치세 과세대상입니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 매립지의 원시취득 여부, 정산식·비정산식 구분과 상관 없이, 용역 제공과 매립지 취득 사이에 실질적 대가관계가 있으면 과세대상임을 명확히 하였습니다.
3. 매립지 전체를 취득한 경우, 이익의 등가성이 없더라도 과세가 되나요?
답변
네, 등가관계에 관계없이 실질적 대가관계만 있으면 부가가치세가 과세됩니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 사업비와 매립지가액의 등가성 여부와 관계없이 실질적 대가관계가 있으면 과세대상이라고 판시하였습니다.
4. 매립면허를 받은 국공립기관·정부투자기관의 매립공사도 부가가치세가 적용되나요?
답변
네, 매립면허를 받은 기관이 누구이든 대가관계가 있으면 부가가치세가 적용됩니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 매립용역에 대한 부가가치세 과세여부가 기관의 성격이 아닌 실질적 대가관계에 의해 판단된다고 하였습니다.
5. 공유수면매립법 개정 전·후에 따라 부가가치세 과세대상 여부가 달라질 수 있나요?
답변
아니요, 입법 취지는 매립지 범위 축소이지 과세체계 변경이 아니므로, 과세대상 여부에는 차이가 없습니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 1986년 개정법의 목적은 개발이익 환수 등으로, 과세체계를 바꾸려는 것이 아니며, 법 개정 전후로 과세 여부가 달라지지 않음을 명시했습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다.

판결 전문

요지

국가에 매립공사용역을 제공하고 취득한 매립지 소유권과 경제적․실질적 대가관계에 있어 이 사건 매립공사는 부가가치세 과세대상인 용역 공급에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2019구합52551 부가가치세 경정거부처분 취소

원 고

0000 주식회사

피 고

00세무서장

변 론 종 결

2020. 03. 19.

판 결 선 고

2020. 04. 16.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 4. 12. 원고에 대하여 한 2016년 제2기분 부가가치세 1,523,896,000원의

경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

  가. 한국AA공사는 구 정부투자기관 관리법(1983. 12. 31. 법률 제3690호 정부투자

기관 관리기본법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것) 및 구 정부투자기관 관리기본법

(2007. 1. 19. 법률 제8258호 공공기관의 운영에 관한 법률 부칙 제2호로 폐지되기 전

의 것) 적용을 받는 정부투자기관이었고, 현재는 공공기관의 운영에 관한 법률에 정한

시장형 공기업이다. 원고는 전력산업 구조개편 촉진에 관한 법률 제정․시행으로 한국

AA공사의 발전부문을 물적 분할하여 전력자원개발, 발전사업 등을 영위할 목적으로

2001. 4. 2. 설립된 주식회사로, 공공기관의 운영에 관한 법률에 정한 시장형 공기업이

다.

  나. 한국AA공사는 구 전원개발에 관한 특례법(1982. 12. 31. 법률 제3642호로 개정

되기 전의 것, 2003. 12. 30. 법률 제7016호로 법률 제명이 전원개발촉진법으로 변경되

었다) 및 구 공유수면매립법(1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정되기 전의 것, 이하

‘최초 공유수면매립법’)에 따라 1981. 7. 30. 경남 00군 00면 00리 100 지선 공유

수면에 매립목적을 ⁠‘삼천포000000 부산품 회투기장(灰投棄場)’으로 한 매립면허를

받아, 1981. 10. 21.부터 공유수면 매립공사를 하였다(이하 각 ⁠‘이 사건 매립면허’, ⁠‘이

사건 매립공사’).

다. 원고는 2001. 4. 2. 전력산업 구조개편 촉진에 관한 법률 제7조 제2항에 따라 한

국AA공사로부터 이 사건 매립면허를 승계하고, 매립공사를 계속 시행하여 2016. 10.

7. BB지사로부터 준공검사를 받았으며, 2016. 12. 8. 매립지인 00 00군 00

면 00리 000-0 잡종지 230,000㎡에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다(이하 ⁠‘이 사건매립지’).

라. 원고는 2016. 10. 7. 공급받는 자를 BBB도, 이 사건 매립공사 용역의 공급가액 을 15,238,960,000원으로 한 세금계산서를 발행하였고, 2017. 1. 23. 이를 과세표준에

포함하여 2016년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하였다. 원고는 2018. 2. 6. 이 사건

매립공사 용역은 부가가치세 과세대상이 되지 않는다는 사유로 그에 관한 부가가치세

1,523,896,000원을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 4. 12. 이를 거부

하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’).

마. 원고는 2018. 7. 3. 조세심판원에 이 사건 처분 취소를 구하는 심판청구를 하였

으나, 조세심판원은 2019. 4. 10. 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분이 적법한지

  가. 원고 주장

아래와 같은 사정에 비추어 볼 때 이 사건 매립공사 용역은 부가가치세 과세대상인

‘용역의 공급’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분 은 위법하다.

    1) 공유수면 매립용역이 부가가치세 과세대상인지 여부는 공유수면 매립지 소유권

취득 범위와 사업비 정산 방식(거래 구조)에 따라 달리 판단되어야 한다.

   2) 공유수면 매립은 정산방식과 비정산방식으로 대별할 수 있다. ⁠‘정산방식’은 매립

면허자가 국가나 지방자치단체에 매립용역을 제공하고, 그 대가로 매립지 중 총사업비 에 상당하는 일부 토지 소유권을 취득하는 방식이다. 이에 반해 ⁠‘비정산방식’은 국가․

지방자치단체 및 정부투자기관이 자기 사업으로 매립사업을 시행하고 관련 법령에 따

라 스스로 매립지 전체 소유권을 취득하는 방식이다. 정산방식과 달리 비정산방식은

매립용역 제공과 매립지 취득 사이에 대가관계가 없으므로 부가가치세 과세대상이 아

니다.

3) 최초 공유수면매립법에는 ⁠‘사업비’ 개념이 없었다. 동법은 제14조 제1항에서 ⁠“매

립의 면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 준공의 인가를 받은 날에 그 매립지의

소유권을 취득한다.”라고 규정하는 등 비정산방식 공유수면 매립만을 예정하고 있었다.

이에 따라 최초 공유수면매립법 시행 당시에는 매립공사 시행 주체를 묻지 않고 공유

수면 매립용역은 면세로 해석되었다.

이후 1986. 12. 31. 법률 제3901호 공유수면매립법 개정법률 제14조 제1항이 ⁠‘매립

면허를 받은 자는 그 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지 소유권을 취득한다.’

는 취지로 규정함으로써 정산방식을 처음 도입하였다. 한편 위 개정법률은 제29조 제3

항, 제1항에서 국가․지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립공사를 시행한 경우 그

기관은 준공인가를 받은 날에 그 매립지 소유권을 취득한다고 규정하여, 국가․지방자

치단체 또는 정부투자기관이 시행한 공유수면 매립에 관해서는 종전 비정산방식을 유

지하였다.

   4) 한국AA공사는 최초 공유수면매립법에 따라 이 사건 매립면허를 받았고, 원고 는 이를 승계하였다. 한편 위 개정법률 부칙 제3항은 ⁠‘이 법 시행 전에 이미 매립면허 를 받은 자에 대하여는 종전 규정에 의한다.’라는 취지로 규정하였다. 따라서 이 사건

매립공사에는 최초 공유수면매립법이 적용되고, 이는 비정산방식 매립공사로서 부가가

치세 과세대상이 아니다.

  5) 1986. 12. 31. 개정된 공유수면매립법에 따르더라도, 정부투자기관인 한국AA공

사가 매립면허를 받아 시행한 이 사건 매립공사는 비정산방식에 해당한다. 원고 역시

한국AA공사가 정부투자기관 지위에서 받은 이 사건 매립공사 관련 면허와 정부투자

기관 지위를 포괄승계하여 이 사건 매립공사를 하고, 비정산방식으로 이 사건 매립지

전체 소유권을 원시취득하였다. 따라서 이 사건 매립공사는 부가가치세 과세대상이 아

니다.

  6) 원고는 자신의 용역을 자기 사업에 투입하여 매립지 전체 소유권을 취득하였다.

매립지 소유권이 국가에 귀속되었다가 원고에게 이전된 것도 아니다. 이는 사업자가

자신의 용역을 자기 사업을 위하여 대가를 받지 않고 공급하는 ⁠‘용역의 자가공급’에 해

당하므로, 부가가치세법 제12조 제1항에 따라 과세대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다. 그중 공유수면 매립과 관련한 법률의 주요 개정 경과는 다음과

같다.

    1) 최초 공유수면매립법

     공유수면을 매립하고자 하는 자는 건설부장관의 면허를 얻어야 한다(제4조 제1

항). 매립면허를 받은 자는 준공인가를 받은 날에 그 매립지 소유권을 취득하되, 공용 또는 공공용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 예외로 한다(제14조 제1항).

국가 또는 지방자치단체가 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 건설부장관과 협의

하거나 승인을 받아야 하고, 이 경우 제14조는 준용되지 않는다(제29조 제1항, 제3항

참조).

   2) 구 공유수면매립법(1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정되어, 1999. 2. 8. 법률

제5911호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘86년 개정 공유수면매립법’)

공유수면을 매립하고자 하는 자는 건설부장관의 면허를 받아야 한다(제4조 제1

항). 도시계획구역 안 공유수면과 대통령령이 정하는 공유수면 매립은 국가․지방자치

단체 또는 대통령령이 정하는 정부투자기관이 하되, 대통령령이 정하는 경우에는 개인

등이 매립할 수 있다(제4조 제4항). 이 경우 준공인가시, ㉮ 공용 또는 공공용에 사용

하기 위하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체에 귀속하고, ㉯ 매립면허를 받 은 자는 그 나머지 매립지 중 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지 소유권을 취

득하며, ㉰ 그 밖의 잔여매립지 중 대통령령으로 정하는 비율의 매립지는 국가에 귀속

하고, 그 나머지에 관해서는 매립면허를 받은 자가 소유권을 취득한다(제14조 제1항

내지 제3항).

국가․지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 건

설부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 한다. 이 경우 매립공사를 시행한 기관은 준공

인가를 받은 날 공용 또는 공공용에 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지 소유권을

취득한다(제29조 제1항, 제3항).

이 법 시행 전에 이미 매립면허를 받은 자에 대하여는 제29조 제4항(제21조의2를

준용하는 경우를 제외한다)의 개정규정을 제외하고는 종전 규정에 의한다(부칙

12. 31.> 제3항).

  3) 구 공유수면매립법(1999. 2. 8. 법률 제5911호로 전부 개정되어, 2007. 12. 27.

법률 제8820호로 개정되기 전의 것)

    공유수면을 매립하고자 하는 자는 해양수산부장관의 면허를 받아야 한다(제9조

제1항). 도시계획구역 안의 공유수면과 항만법에 정한 지정항만의 항만구역 안 공유수

면 매립은 국가․지방자치단체 또는 대통령령이 정하는 정부투자기관이 하되, 대통령

령이 정하는 경우에는 개인 등이 매립할 수 있다(제9조 제4항). 이 경우 준공인가를 받 은 날에 국가․지방자치단체 또는 매립면허취득자는 대체로 아래 공유수면 관리 및 매

립에 관한 법률(이하 ⁠‘공유수면법’) 제46조 제1항과 같은 구분에 따라 매립지 소유권을

취득한다(제26조 제1항).

     국가․지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 해

양수산부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 한다. 이 경우 매립공사를 시행한 기관은

준공인가를 받은 날에 공용 또는 공공용에 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지 소

유권을 취득한다(제38조 제1항, 제4항).

  4) 구 공유수면매립법(2007. 12. 27. 법률 제8820호로 개정되어 2010. 4. 15. 법률

제10272호 공유수면법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

      공유수면을 매립하고자 하는 자는 해양수산부장관 또는 시․도지사의 면허를 받

아야 한다(제9조 제1항). 대통령령으로 정하는 경우 외에는 도시지역과 관리지역 안의

공유수면과 지정항만구역 및 국가어항구역 안의 공유수면은 국가 또는 지방자치단체가

매립하고, 산업단지를 조성하기 위한 경우에는 한국토지공사가 매립할 수 있다(제9조

제7항). 이 경우 매립지 소유권 취득은 위 3)항과 같다(제26조 제1항).

      국가․지방자치단체가 공유수면을 매립하려는 경우 또는 한국토지공사가 산업단

지개발사업을 위하여 공유수면을 매립하려는 경우에는 미리 면허관청과 협의하거나 승

인을 받아야 한다. 이 경우 매립공사를 시행한 기관은 준공검사를 받은 날에 그 매립

지 소유권을 취득한다(제38조 제1항, 제4항).

이 법은 이 법 시행 후 최초로 면허(협의 또는 승인을 받는 경우를 포함한다)를

하는 분부터 적용한다(부칙 제2조).

  5) 공유수면법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 제정)

공유수면을 매립하려는 자는 해양수산부장관 등으로부터 공유수면 매립면허를 받

아야 한다(제28조 제1항). 대통령령으로 정하는 경우 외에는 항만구역과 국가어항구역

공유수면은 국가나 지방자치단체만 매립할 수 있다(제28조 제7항). 매립면허취득자가

준공검사확인증을 받은 경우 ① 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용에 사용하기 위

하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체가(제1호), ② 매립된 바닷가에 상당하는

면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함

된 바닷가 면적 제외)의 매립지는 국가가(제2호), ③ 나머지 매립지 중 해당 매립공사 에 든 총사업비에 상당하는 매립지는 매립면허취득자가(제3호), ④ 위 ①∼③을 제외한

잔여매립지는 국가가 각 소유권을 취득한다(제4호, 제46조 제1항).

    제28조에도 불구하고 국가나 지방자치단체가 공유수면을 매립하려는 경우 또는

한국토지주택공사가 산업단지개발사업을 위하여 공유수면을 매립하려는 경우에는 미리

매립면허관청과 협의하거나 승인을 받아야 한다. 이 경우 협의하거나 승인을 받은 자 는 준공검사를 받은 날에 제46조 제1항 제3호 및 제4호에 해당하는 매립지 소유권을

취득한다(제35조 제1항, 제5항)1).

   2007. 12. 27. 법률 제8820호 공유수면매립법 일부개정법률 시행 당시 종전 법(법

률 제8820호 시행 전 공유수면매립법, 이하 이 항에서 같다) 제9조 제6항에 따른 정부

1) 구 공유수면법(2017. 3. 21. 법률 제14726호로 개정되기 전의 것) 제35조 제4항은 ⁠“제1항에 따라 협의하거나 승인을 받은 자는 제3항에 따른 준공검사를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다.”라고 규정하였다.

투자기관으로서 종전 법에 따라 매립면허를 받은 정부투자기관(매립면허를 받은 것으 로 의제받은 경우를 포함한다)이 시행하는 매립에 대하여는 종전 법 제38조를 적용한

다(부칙 제11조).

다. 판단

  1) 관련 법리

     원칙적으로 사업자가 대가를 받지 않고 타인에게 용역을 공급하는 것은 부가가치

세 과세대상인 용역 공급으로 보지 않는다(부가가치세법 제12조 제2항). 여기서 대가관

계는 법률적․형식적 관점이 아니라 경제적․실질적 관점에서 판단하여야 한다.

    사업자가 구 공유수면매립법(2010. 4. 15. 법률 제10272호 공유수면법 부칙 제2

조로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 또는 공유수면법에 따라 매립면허를 받아 매립지

조성공사를 시행하여 준공인가(검사)를 받은 후 관련 법령에 따라 매립으로 조성된 토

지 전부 또는 일부에 관한 소유권을 취득하였다면, 그 사업자는 국가에 매립공사 용역 을 제공하고 그 대가로 매립지 소유권을 취득한 것으로서 사업자의 용역 제공과 매립

지 소유권 취득 사이에는 경제적․실질적 대가관계가 있다. 따라서 전체 매립지 조성

공사는 부가가치세 과세대상이 되는 용역 공급에 해당한다(1996. 3. 12. 선고 95누

15308 판결, 대법원 2002. 10. 25. 선고 2002두172 판결, 대법원 2003. 9. 5. 선고

2002두4051 판결 등 참조).

   2) 구체적 판단

    이러한 법리와 아래와 같은 사정을 종합하면, 원고는 국가에 이 사건 매립공사

용역을 제공하였고, 이는 원고가 취득한 이 사건 매립지 소유권과 경제적․실질적 대

가관계에 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 매립공사는 부가가치세 과세대상인

용역 공급에 해당하고, 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 모두 이유 없다. 원고의 경정

청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

􎳔 최초 공유수면매립법의 입법목적은 공유수면을 매립하여 효율적으로 이용하게

함으로써 공공의 이익을 증진하고 국민경제 발전에 기여하는 것이다(제1조). 그리고 공

유수면이란 하천, 바다, 호소, 그 밖에 공공용에 사용되는 수면 또는 수류로서 국가 소

유인 것 등을 말한다(구 공유수면매립법 제2조 참조). 공유수면을 매립하고자 하는 자 는 건설부장관 등의 면허를 받거나 협의․승인 절차를 거쳐야 하고, 매립면허를 받은

자 등은 매립공사를 준공하고 준공인가를 받음으로써 비로소 매립지 전부 또는 일부

소유권을 취득한다(구 공유수면매립법 제14조, 제29조).

     여기에 위와 같은 공익적 목적을 배제한다면, 국가가 정부투자기관을 포함하여

특정 개인이나 기업에 실질적으로 국유인 공유수면 처분에 다름 아닌 매립면허를 내어

줄 이유가 없다는 점을 더하여 보면, 구 공유수면매립법에 따른 매립공사는 기본적으 로 국유인 공유수면에서 국가 또는 국가로부터 면허나 승인을 받은 자가 행하는 것으

로서 국토 확장 등 공익에 기여하는 공공사업으로 볼 수 있다. 공유수면 매립공사의

이와 같은 특성은 86년 개정 공유수면매립법이 건설부장관으로 하여금 공유수면을 국

토의 전체적인 기능과 용도에 맞도록 종합적으로 이용․관리하기 위하여 매 10년마다

공유수면 매립기본계획을 수립하도록 하고(제3조의2 제1항), 매립기본계획에 적합한 범

위 안에서 매립면허를 하도록 한 점이나(제4조 제3항), 2007. 12. 27. 법률 제8820호

공유수면매립법 개정법률이 그 입법목적에 관하여 ⁠“공유수면을 지속적인 이용이 가능

하도록 환경친화적으로 보전․매립하고 매립지를 효율적으로 이용하게 함으로써 공공

의 이익을 증진하고 국민생활의 향상에 이바지함을 목적으로 한다.”라고 규정한 점(제1

조) 등에 비추어 보면 더욱 분명하게 드러난다.

    따라서 원고와 같이 매립면허를 받아 매립공사를 시행한 자는 위와 같은 공공사

업에 공사 용역을 제공하고, 그 대가로 준공인가시 매립지 전부 또는 일부 소유권을

취득하는 것으로 보는 것이 옳다. 그와 같은 매립공사를 매립면허를 받은 자가 매립지

취득이라는 자기 사업을 위해 제공한 용역 자가공급에 해당한다고 볼 수 없다.

    􎳕 이처럼 구 공유수면매립법은 공익적 목적을 달성하기 위하여 매립면허를 받은

자로 하여금 그의 비용으로 공유수면을 매립하도록 하는 대신, 그 대가로 매립면허를

받은 자가 매립지 전부 또는 일부 소유권을 취득할 수 있도록 규정하고 있다. 따라서

원고가 국가에 공급한 이 사건 매립공사 용역과 원고의 이 사건 매립지 취득 사이에

경제적․실질적 대가관계를 인정할 수 있다.

      한편 위와 같은 대가관계는 법률적․형식적 관점이 아니라 경제적․실질적인 관

점에서 판단하여야 한다. 따라서 이 사건 매립지 소유권이 국가에 귀속되었다가 원고 에게 승계된 것이 아니라, 위와 같은 법률 규정에 따라 원고가 이를 원시취득했다고

하여 대가관계를 부정할 것은 아니다.

    􎳖 원고가 공급한 매립용역과 취득한 매립지 사이에 경제적․실질적 대가관계가

인정되는 이상, 원고의 매립용역 공급은 부가가치세 과세대상에 해당한다. 원고가 용역

제공에 들인 사업비와 원고가 취득한 매립지 가액 사이에 등가관계가 성립하지 않는다 는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다. 따라서 원고가 이 사건 매립지 전체를 취득하였

는지 일부만 취득하였는지, 이 사건 매립공사가 원고가 주장하는 이른바 정산식인지

비정산식인지 여부에 따라 부가가치세 과세 여부가 달라진다고 볼 수 없다.

   􎳗 원고는 86년 개정 공유수면매립법 시행으로 정산식 매립공사가 도입됨으로써

비로소 매립용역이 부가가치세 과세대상이 되었고, 위 법 개정에도 불구하고 비정산식

매립공사는 여전히 부가가치세 과세대상이 아닌 상태로 남아있다고 주장한다.

    그러나 86년 개정 공유수면매립법 제14조 제1항이 매립지 취득 범위를 제한한

이유는 ⁠‘종전에 공유수면 매립면허를 받은 자는 공공용지를 제외하고는 사업비에 관계

없이 매립지 전부를 취득할 수 있도록 되어 있었으나, 앞으로는 당해 매립에 관한 공

사 사업비 상당만을 취득하게 하고 나머지는 개발이익으로 국가에서 환수하도록 하여

투기를 방지하려는 것’이다. 즉 위 개정법률은 개발이익 환수나 투기 방지 등을 위하여

최초 공유수면매립법이 매립용역 제공 대가로 인정한 매립지 범위를 축소하고자 한 것

이지 기존에 존재하지 않던 대가관계나 새로운 매립공사 유형을 창설한 것이 아니다.

그 범위에 있어서는 차이가 있지만, 조성한 매립지를 원시취득한다는 점에서도 최초

공유수면매립법과 86년 개정 공유수면매립법 사이에 아무런 차이가 없다. 달리 86년

개정 공유수면매립법 시행 전후로 매립공사 용역의 실질이나 법적 성격 및 그에 대한

부가가치세 과세 여부를 달리 볼 법률적 근거가 없다.

   􎳘 원고는 최초 공유수면매립법 시행 당시에는 매립공사 시행 주체를 묻지 않고

공유수면 매립용역은 면세로 해석되었다고도 주장한다. 그러나 앞서 본 대법원 1996.

3. 12. 선고 95누15308 판결 사안이 최초 공유수면매립법 시행 당시인 1985. 4. 3. 매

립면허를 받은 회사(원고)가 매립용역에 대한 부가가치세 부과처분 취소를 구하는 것

이었던 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장도 받아들이기 어렵다. 또 앞서 본 여러

사정에 비추어 보면, 최초 공유수면매립법에 따라 매립면허를 받은 개인이나 기업(위

법 시행 당시에는 국가․지방자치단체와 달리 정부투자기관도 공유수면을 매립하기 위

해서는 매립면허를 받아야 했다)에 매립용역 공급에 대한 부가가치세를 과세하지 않을

특별한 이유도 찾을 수 없다.

   􎳙 원고는 86년 개정 공유수면매립법 제4조 제4항, 제14조 제1항, 제29조 제1항,

제3항 등을 들어 위 법률에 따르더라도 국가․지방자치단체 및 원고 등 대통령령에 정

한 정부투자기관이 시행한 매립공사는 비정산식에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아

니라고 주장한다. 그러나 86년 개정 공유수면매립법 제4조 제4항은 도시계획구역 안의

공유수면과 대통령령이 정하는 공유수면을 매립하는 경우에만 적용되는 규정인데, 이

사건 매립공사 대상인 공유수면이 그에 해당함을 인정할 아무런 증거가 없다. 나아가

공유수면매립법 부칙 제3항에 따르면 최초 공유수면매립법에 따라

매립면허를 받은 원고에게는 위 각 규정이 적용되지도 않는다.

   􎳚 법원은 특별한 사정이 없는 한 법령을 해석함에 있어 국세청 예규나 과세해석

등에 구속되지 않는다. 또 앞서 본 대법원 1996. 3. 12. 선고 95누15308 판결 사안 등 에 비추어 보더라도, 종래 공유수면 매립용역에 대한 부가가치세 과세 여부에 관하여

구체적 타당성을 고려한 서로 상반되는 해석과 지침들이 있었던 것으로 보일 뿐, 확립

된 관행이나 해석이 있었던 것으로 보이지 않는다(원고 스스로도 이 사건 매립공사 사

업비와 관련해 부담한 부가가치세액을 매입세액으로 공제받아온 것으로 보인다).

3. 결론

원고 청구는 이유 없으므로 기각한다.

출처 : 창원지방법원 2020. 04. 16. 선고 창원지방법원 2019구합52551 판결 | 국세법령정보시스템

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공유수면 매립공사 용역과 부가가치세 과세대상 여부

창원지방법원 2019구합52551
판결 요약
공유수면 매립면허를 받은 사업자가 국가에 매립공사 용역을 제공하고, 그 대가로 매립지 소유권을 취득한 경우, 공급된 매립공사 전체는 부가가치세 과세대상인 용역 제공에 해당한다. 대가관계는 법률적·형식적이 아니라 경제적·실질적 시각에서 판단되며, 매립지 원시취득 방식과 상관 없이 과세 여부가 달라지지 않는다.
#공유수면 #매립공사 #부가가치세 #용역 공급 #경제적 대가관계
질의 응답
1. 공유수면 매립공사 용역이 부가가치세 과세대상 용역 공급에 해당하나요?
답변
네, 매립공사 용역과 매립지 소유권 취득 사이에 경제적·실질적 대가관계가 인정되어 부가가치세 과세대상 용역 공급에 해당합니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 사업자가 국가에 매립공사 용역을 제공하고 그 대가로 매립지 소유권을 취득한 경우, 경제적·실질적 대가관계가 있어 부가가치세가 과세된다고 판시하였습니다.
2. 매립지 소유권이 원시취득(비정산식) 방식이어도 부가가치세가 부과되나요?
답변
네, 매립지 취득 방식과 무관하게 실질적 대가관계가 인정되면 부가가치세 과세대상입니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 매립지의 원시취득 여부, 정산식·비정산식 구분과 상관 없이, 용역 제공과 매립지 취득 사이에 실질적 대가관계가 있으면 과세대상임을 명확히 하였습니다.
3. 매립지 전체를 취득한 경우, 이익의 등가성이 없더라도 과세가 되나요?
답변
네, 등가관계에 관계없이 실질적 대가관계만 있으면 부가가치세가 과세됩니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 사업비와 매립지가액의 등가성 여부와 관계없이 실질적 대가관계가 있으면 과세대상이라고 판시하였습니다.
4. 매립면허를 받은 국공립기관·정부투자기관의 매립공사도 부가가치세가 적용되나요?
답변
네, 매립면허를 받은 기관이 누구이든 대가관계가 있으면 부가가치세가 적용됩니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 매립용역에 대한 부가가치세 과세여부가 기관의 성격이 아닌 실질적 대가관계에 의해 판단된다고 하였습니다.
5. 공유수면매립법 개정 전·후에 따라 부가가치세 과세대상 여부가 달라질 수 있나요?
답변
아니요, 입법 취지는 매립지 범위 축소이지 과세체계 변경이 아니므로, 과세대상 여부에는 차이가 없습니다.
근거
창원지방법원-2019-구합-52551 판결은 1986년 개정법의 목적은 개발이익 환수 등으로, 과세체계를 바꾸려는 것이 아니며, 법 개정 전후로 과세 여부가 달라지지 않음을 명시했습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과합니다.

판결 전문

요지

국가에 매립공사용역을 제공하고 취득한 매립지 소유권과 경제적․실질적 대가관계에 있어 이 사건 매립공사는 부가가치세 과세대상인 용역 공급에 해당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2019구합52551 부가가치세 경정거부처분 취소

원 고

0000 주식회사

피 고

00세무서장

변 론 종 결

2020. 03. 19.

판 결 선 고

2020. 04. 16.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 4. 12. 원고에 대하여 한 2016년 제2기분 부가가치세 1,523,896,000원의

경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분 경위

  가. 한국AA공사는 구 정부투자기관 관리법(1983. 12. 31. 법률 제3690호 정부투자

기관 관리기본법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것) 및 구 정부투자기관 관리기본법

(2007. 1. 19. 법률 제8258호 공공기관의 운영에 관한 법률 부칙 제2호로 폐지되기 전

의 것) 적용을 받는 정부투자기관이었고, 현재는 공공기관의 운영에 관한 법률에 정한

시장형 공기업이다. 원고는 전력산업 구조개편 촉진에 관한 법률 제정․시행으로 한국

AA공사의 발전부문을 물적 분할하여 전력자원개발, 발전사업 등을 영위할 목적으로

2001. 4. 2. 설립된 주식회사로, 공공기관의 운영에 관한 법률에 정한 시장형 공기업이

다.

  나. 한국AA공사는 구 전원개발에 관한 특례법(1982. 12. 31. 법률 제3642호로 개정

되기 전의 것, 2003. 12. 30. 법률 제7016호로 법률 제명이 전원개발촉진법으로 변경되

었다) 및 구 공유수면매립법(1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정되기 전의 것, 이하

‘최초 공유수면매립법’)에 따라 1981. 7. 30. 경남 00군 00면 00리 100 지선 공유

수면에 매립목적을 ⁠‘삼천포000000 부산품 회투기장(灰投棄場)’으로 한 매립면허를

받아, 1981. 10. 21.부터 공유수면 매립공사를 하였다(이하 각 ⁠‘이 사건 매립면허’, ⁠‘이

사건 매립공사’).

다. 원고는 2001. 4. 2. 전력산업 구조개편 촉진에 관한 법률 제7조 제2항에 따라 한

국AA공사로부터 이 사건 매립면허를 승계하고, 매립공사를 계속 시행하여 2016. 10.

7. BB지사로부터 준공검사를 받았으며, 2016. 12. 8. 매립지인 00 00군 00

면 00리 000-0 잡종지 230,000㎡에 관하여 소유권보존등기를 마쳤다(이하 ⁠‘이 사건매립지’).

라. 원고는 2016. 10. 7. 공급받는 자를 BBB도, 이 사건 매립공사 용역의 공급가액 을 15,238,960,000원으로 한 세금계산서를 발행하였고, 2017. 1. 23. 이를 과세표준에

포함하여 2016년 제2기분 부가가치세 확정신고를 하였다. 원고는 2018. 2. 6. 이 사건

매립공사 용역은 부가가치세 과세대상이 되지 않는다는 사유로 그에 관한 부가가치세

1,523,896,000원을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2018. 4. 12. 이를 거부

하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’).

마. 원고는 2018. 7. 3. 조세심판원에 이 사건 처분 취소를 구하는 심판청구를 하였

으나, 조세심판원은 2019. 4. 10. 심판청구를 기각하였다.

2. 이 사건 처분이 적법한지

  가. 원고 주장

아래와 같은 사정에 비추어 볼 때 이 사건 매립공사 용역은 부가가치세 과세대상인

‘용역의 공급’에 해당한다고 볼 수 없으므로, 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분 은 위법하다.

    1) 공유수면 매립용역이 부가가치세 과세대상인지 여부는 공유수면 매립지 소유권

취득 범위와 사업비 정산 방식(거래 구조)에 따라 달리 판단되어야 한다.

   2) 공유수면 매립은 정산방식과 비정산방식으로 대별할 수 있다. ⁠‘정산방식’은 매립

면허자가 국가나 지방자치단체에 매립용역을 제공하고, 그 대가로 매립지 중 총사업비 에 상당하는 일부 토지 소유권을 취득하는 방식이다. 이에 반해 ⁠‘비정산방식’은 국가․

지방자치단체 및 정부투자기관이 자기 사업으로 매립사업을 시행하고 관련 법령에 따

라 스스로 매립지 전체 소유권을 취득하는 방식이다. 정산방식과 달리 비정산방식은

매립용역 제공과 매립지 취득 사이에 대가관계가 없으므로 부가가치세 과세대상이 아

니다.

3) 최초 공유수면매립법에는 ⁠‘사업비’ 개념이 없었다. 동법은 제14조 제1항에서 ⁠“매

립의 면허를 받은 자는 제12조의 규정에 의한 준공의 인가를 받은 날에 그 매립지의

소유권을 취득한다.”라고 규정하는 등 비정산방식 공유수면 매립만을 예정하고 있었다.

이에 따라 최초 공유수면매립법 시행 당시에는 매립공사 시행 주체를 묻지 않고 공유

수면 매립용역은 면세로 해석되었다.

이후 1986. 12. 31. 법률 제3901호 공유수면매립법 개정법률 제14조 제1항이 ⁠‘매립

면허를 받은 자는 그 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지 소유권을 취득한다.’

는 취지로 규정함으로써 정산방식을 처음 도입하였다. 한편 위 개정법률은 제29조 제3

항, 제1항에서 국가․지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립공사를 시행한 경우 그

기관은 준공인가를 받은 날에 그 매립지 소유권을 취득한다고 규정하여, 국가․지방자

치단체 또는 정부투자기관이 시행한 공유수면 매립에 관해서는 종전 비정산방식을 유

지하였다.

   4) 한국AA공사는 최초 공유수면매립법에 따라 이 사건 매립면허를 받았고, 원고 는 이를 승계하였다. 한편 위 개정법률 부칙 제3항은 ⁠‘이 법 시행 전에 이미 매립면허 를 받은 자에 대하여는 종전 규정에 의한다.’라는 취지로 규정하였다. 따라서 이 사건

매립공사에는 최초 공유수면매립법이 적용되고, 이는 비정산방식 매립공사로서 부가가

치세 과세대상이 아니다.

  5) 1986. 12. 31. 개정된 공유수면매립법에 따르더라도, 정부투자기관인 한국AA공

사가 매립면허를 받아 시행한 이 사건 매립공사는 비정산방식에 해당한다. 원고 역시

한국AA공사가 정부투자기관 지위에서 받은 이 사건 매립공사 관련 면허와 정부투자

기관 지위를 포괄승계하여 이 사건 매립공사를 하고, 비정산방식으로 이 사건 매립지

전체 소유권을 원시취득하였다. 따라서 이 사건 매립공사는 부가가치세 과세대상이 아

니다.

  6) 원고는 자신의 용역을 자기 사업에 투입하여 매립지 전체 소유권을 취득하였다.

매립지 소유권이 국가에 귀속되었다가 원고에게 이전된 것도 아니다. 이는 사업자가

자신의 용역을 자기 사업을 위하여 대가를 받지 않고 공급하는 ⁠‘용역의 자가공급’에 해

당하므로, 부가가치세법 제12조 제1항에 따라 과세대상이 아니다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다. 그중 공유수면 매립과 관련한 법률의 주요 개정 경과는 다음과

같다.

    1) 최초 공유수면매립법

     공유수면을 매립하고자 하는 자는 건설부장관의 면허를 얻어야 한다(제4조 제1

항). 매립면허를 받은 자는 준공인가를 받은 날에 그 매립지 소유권을 취득하되, 공용 또는 공공용에 사용하기 위하여 필요한 매립지는 예외로 한다(제14조 제1항).

국가 또는 지방자치단체가 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 건설부장관과 협의

하거나 승인을 받아야 하고, 이 경우 제14조는 준용되지 않는다(제29조 제1항, 제3항

참조).

   2) 구 공유수면매립법(1986. 12. 31. 법률 제3901호로 개정되어, 1999. 2. 8. 법률

제5911호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘86년 개정 공유수면매립법’)

공유수면을 매립하고자 하는 자는 건설부장관의 면허를 받아야 한다(제4조 제1

항). 도시계획구역 안 공유수면과 대통령령이 정하는 공유수면 매립은 국가․지방자치

단체 또는 대통령령이 정하는 정부투자기관이 하되, 대통령령이 정하는 경우에는 개인

등이 매립할 수 있다(제4조 제4항). 이 경우 준공인가시, ㉮ 공용 또는 공공용에 사용

하기 위하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체에 귀속하고, ㉯ 매립면허를 받 은 자는 그 나머지 매립지 중 매립에 소요되는 사업비에 상당하는 매립지 소유권을 취

득하며, ㉰ 그 밖의 잔여매립지 중 대통령령으로 정하는 비율의 매립지는 국가에 귀속

하고, 그 나머지에 관해서는 매립면허를 받은 자가 소유권을 취득한다(제14조 제1항

내지 제3항).

국가․지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 건

설부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 한다. 이 경우 매립공사를 시행한 기관은 준공

인가를 받은 날 공용 또는 공공용에 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지 소유권을

취득한다(제29조 제1항, 제3항).

이 법 시행 전에 이미 매립면허를 받은 자에 대하여는 제29조 제4항(제21조의2를

준용하는 경우를 제외한다)의 개정규정을 제외하고는 종전 규정에 의한다(부칙

12. 31.> 제3항).

  3) 구 공유수면매립법(1999. 2. 8. 법률 제5911호로 전부 개정되어, 2007. 12. 27.

법률 제8820호로 개정되기 전의 것)

    공유수면을 매립하고자 하는 자는 해양수산부장관의 면허를 받아야 한다(제9조

제1항). 도시계획구역 안의 공유수면과 항만법에 정한 지정항만의 항만구역 안 공유수

면 매립은 국가․지방자치단체 또는 대통령령이 정하는 정부투자기관이 하되, 대통령

령이 정하는 경우에는 개인 등이 매립할 수 있다(제9조 제4항). 이 경우 준공인가를 받 은 날에 국가․지방자치단체 또는 매립면허취득자는 대체로 아래 공유수면 관리 및 매

립에 관한 법률(이하 ⁠‘공유수면법’) 제46조 제1항과 같은 구분에 따라 매립지 소유권을

취득한다(제26조 제1항).

     국가․지방자치단체 또는 정부투자기관이 매립을 하고자 하는 경우에는 미리 해

양수산부장관과 협의하거나 승인을 얻어야 한다. 이 경우 매립공사를 시행한 기관은

준공인가를 받은 날에 공용 또는 공공용에 필요한 매립지를 제외한 나머지 매립지 소

유권을 취득한다(제38조 제1항, 제4항).

  4) 구 공유수면매립법(2007. 12. 27. 법률 제8820호로 개정되어 2010. 4. 15. 법률

제10272호 공유수면법 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것)

      공유수면을 매립하고자 하는 자는 해양수산부장관 또는 시․도지사의 면허를 받

아야 한다(제9조 제1항). 대통령령으로 정하는 경우 외에는 도시지역과 관리지역 안의

공유수면과 지정항만구역 및 국가어항구역 안의 공유수면은 국가 또는 지방자치단체가

매립하고, 산업단지를 조성하기 위한 경우에는 한국토지공사가 매립할 수 있다(제9조

제7항). 이 경우 매립지 소유권 취득은 위 3)항과 같다(제26조 제1항).

      국가․지방자치단체가 공유수면을 매립하려는 경우 또는 한국토지공사가 산업단

지개발사업을 위하여 공유수면을 매립하려는 경우에는 미리 면허관청과 협의하거나 승

인을 받아야 한다. 이 경우 매립공사를 시행한 기관은 준공검사를 받은 날에 그 매립

지 소유권을 취득한다(제38조 제1항, 제4항).

이 법은 이 법 시행 후 최초로 면허(협의 또는 승인을 받는 경우를 포함한다)를

하는 분부터 적용한다(부칙 제2조).

  5) 공유수면법(2010. 4. 15. 법률 제10272호로 제정)

공유수면을 매립하려는 자는 해양수산부장관 등으로부터 공유수면 매립면허를 받

아야 한다(제28조 제1항). 대통령령으로 정하는 경우 외에는 항만구역과 국가어항구역

공유수면은 국가나 지방자치단체만 매립할 수 있다(제28조 제7항). 매립면허취득자가

준공검사확인증을 받은 경우 ① 대통령령으로 정하는 공용 또는 공공용에 사용하기 위

하여 필요한 매립지는 국가 또는 지방자치단체가(제1호), ② 매립된 바닷가에 상당하는

면적(매립된 바닷가 중 매립공사로 새로 설치된 공용시설 또는 공공시설 용지에 포함

된 바닷가 면적 제외)의 매립지는 국가가(제2호), ③ 나머지 매립지 중 해당 매립공사 에 든 총사업비에 상당하는 매립지는 매립면허취득자가(제3호), ④ 위 ①∼③을 제외한

잔여매립지는 국가가 각 소유권을 취득한다(제4호, 제46조 제1항).

    제28조에도 불구하고 국가나 지방자치단체가 공유수면을 매립하려는 경우 또는

한국토지주택공사가 산업단지개발사업을 위하여 공유수면을 매립하려는 경우에는 미리

매립면허관청과 협의하거나 승인을 받아야 한다. 이 경우 협의하거나 승인을 받은 자 는 준공검사를 받은 날에 제46조 제1항 제3호 및 제4호에 해당하는 매립지 소유권을

취득한다(제35조 제1항, 제5항)1).

   2007. 12. 27. 법률 제8820호 공유수면매립법 일부개정법률 시행 당시 종전 법(법

률 제8820호 시행 전 공유수면매립법, 이하 이 항에서 같다) 제9조 제6항에 따른 정부

1) 구 공유수면법(2017. 3. 21. 법률 제14726호로 개정되기 전의 것) 제35조 제4항은 ⁠“제1항에 따라 협의하거나 승인을 받은 자는 제3항에 따른 준공검사를 받은 날에 그 매립지의 소유권을 취득한다.”라고 규정하였다.

투자기관으로서 종전 법에 따라 매립면허를 받은 정부투자기관(매립면허를 받은 것으 로 의제받은 경우를 포함한다)이 시행하는 매립에 대하여는 종전 법 제38조를 적용한

다(부칙 제11조).

다. 판단

  1) 관련 법리

     원칙적으로 사업자가 대가를 받지 않고 타인에게 용역을 공급하는 것은 부가가치

세 과세대상인 용역 공급으로 보지 않는다(부가가치세법 제12조 제2항). 여기서 대가관

계는 법률적․형식적 관점이 아니라 경제적․실질적 관점에서 판단하여야 한다.

    사업자가 구 공유수면매립법(2010. 4. 15. 법률 제10272호 공유수면법 부칙 제2

조로 폐지되기 전의 것, 이하 같다) 또는 공유수면법에 따라 매립면허를 받아 매립지

조성공사를 시행하여 준공인가(검사)를 받은 후 관련 법령에 따라 매립으로 조성된 토

지 전부 또는 일부에 관한 소유권을 취득하였다면, 그 사업자는 국가에 매립공사 용역 을 제공하고 그 대가로 매립지 소유권을 취득한 것으로서 사업자의 용역 제공과 매립

지 소유권 취득 사이에는 경제적․실질적 대가관계가 있다. 따라서 전체 매립지 조성

공사는 부가가치세 과세대상이 되는 용역 공급에 해당한다(1996. 3. 12. 선고 95누

15308 판결, 대법원 2002. 10. 25. 선고 2002두172 판결, 대법원 2003. 9. 5. 선고

2002두4051 판결 등 참조).

   2) 구체적 판단

    이러한 법리와 아래와 같은 사정을 종합하면, 원고는 국가에 이 사건 매립공사

용역을 제공하였고, 이는 원고가 취득한 이 사건 매립지 소유권과 경제적․실질적 대

가관계에 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 매립공사는 부가가치세 과세대상인

용역 공급에 해당하고, 이와 다른 전제에 선 원고 주장은 모두 이유 없다. 원고의 경정

청구를 거부한 이 사건 처분은 적법하다.

􎳔 최초 공유수면매립법의 입법목적은 공유수면을 매립하여 효율적으로 이용하게

함으로써 공공의 이익을 증진하고 국민경제 발전에 기여하는 것이다(제1조). 그리고 공

유수면이란 하천, 바다, 호소, 그 밖에 공공용에 사용되는 수면 또는 수류로서 국가 소

유인 것 등을 말한다(구 공유수면매립법 제2조 참조). 공유수면을 매립하고자 하는 자 는 건설부장관 등의 면허를 받거나 협의․승인 절차를 거쳐야 하고, 매립면허를 받은

자 등은 매립공사를 준공하고 준공인가를 받음으로써 비로소 매립지 전부 또는 일부

소유권을 취득한다(구 공유수면매립법 제14조, 제29조).

     여기에 위와 같은 공익적 목적을 배제한다면, 국가가 정부투자기관을 포함하여

특정 개인이나 기업에 실질적으로 국유인 공유수면 처분에 다름 아닌 매립면허를 내어

줄 이유가 없다는 점을 더하여 보면, 구 공유수면매립법에 따른 매립공사는 기본적으 로 국유인 공유수면에서 국가 또는 국가로부터 면허나 승인을 받은 자가 행하는 것으

로서 국토 확장 등 공익에 기여하는 공공사업으로 볼 수 있다. 공유수면 매립공사의

이와 같은 특성은 86년 개정 공유수면매립법이 건설부장관으로 하여금 공유수면을 국

토의 전체적인 기능과 용도에 맞도록 종합적으로 이용․관리하기 위하여 매 10년마다

공유수면 매립기본계획을 수립하도록 하고(제3조의2 제1항), 매립기본계획에 적합한 범

위 안에서 매립면허를 하도록 한 점이나(제4조 제3항), 2007. 12. 27. 법률 제8820호

공유수면매립법 개정법률이 그 입법목적에 관하여 ⁠“공유수면을 지속적인 이용이 가능

하도록 환경친화적으로 보전․매립하고 매립지를 효율적으로 이용하게 함으로써 공공

의 이익을 증진하고 국민생활의 향상에 이바지함을 목적으로 한다.”라고 규정한 점(제1

조) 등에 비추어 보면 더욱 분명하게 드러난다.

    따라서 원고와 같이 매립면허를 받아 매립공사를 시행한 자는 위와 같은 공공사

업에 공사 용역을 제공하고, 그 대가로 준공인가시 매립지 전부 또는 일부 소유권을

취득하는 것으로 보는 것이 옳다. 그와 같은 매립공사를 매립면허를 받은 자가 매립지

취득이라는 자기 사업을 위해 제공한 용역 자가공급에 해당한다고 볼 수 없다.

    􎳕 이처럼 구 공유수면매립법은 공익적 목적을 달성하기 위하여 매립면허를 받은

자로 하여금 그의 비용으로 공유수면을 매립하도록 하는 대신, 그 대가로 매립면허를

받은 자가 매립지 전부 또는 일부 소유권을 취득할 수 있도록 규정하고 있다. 따라서

원고가 국가에 공급한 이 사건 매립공사 용역과 원고의 이 사건 매립지 취득 사이에

경제적․실질적 대가관계를 인정할 수 있다.

      한편 위와 같은 대가관계는 법률적․형식적 관점이 아니라 경제적․실질적인 관

점에서 판단하여야 한다. 따라서 이 사건 매립지 소유권이 국가에 귀속되었다가 원고 에게 승계된 것이 아니라, 위와 같은 법률 규정에 따라 원고가 이를 원시취득했다고

하여 대가관계를 부정할 것은 아니다.

    􎳖 원고가 공급한 매립용역과 취득한 매립지 사이에 경제적․실질적 대가관계가

인정되는 이상, 원고의 매립용역 공급은 부가가치세 과세대상에 해당한다. 원고가 용역

제공에 들인 사업비와 원고가 취득한 매립지 가액 사이에 등가관계가 성립하지 않는다 는 사정만으로 달리 볼 것은 아니다. 따라서 원고가 이 사건 매립지 전체를 취득하였

는지 일부만 취득하였는지, 이 사건 매립공사가 원고가 주장하는 이른바 정산식인지

비정산식인지 여부에 따라 부가가치세 과세 여부가 달라진다고 볼 수 없다.

   􎳗 원고는 86년 개정 공유수면매립법 시행으로 정산식 매립공사가 도입됨으로써

비로소 매립용역이 부가가치세 과세대상이 되었고, 위 법 개정에도 불구하고 비정산식

매립공사는 여전히 부가가치세 과세대상이 아닌 상태로 남아있다고 주장한다.

    그러나 86년 개정 공유수면매립법 제14조 제1항이 매립지 취득 범위를 제한한

이유는 ⁠‘종전에 공유수면 매립면허를 받은 자는 공공용지를 제외하고는 사업비에 관계

없이 매립지 전부를 취득할 수 있도록 되어 있었으나, 앞으로는 당해 매립에 관한 공

사 사업비 상당만을 취득하게 하고 나머지는 개발이익으로 국가에서 환수하도록 하여

투기를 방지하려는 것’이다. 즉 위 개정법률은 개발이익 환수나 투기 방지 등을 위하여

최초 공유수면매립법이 매립용역 제공 대가로 인정한 매립지 범위를 축소하고자 한 것

이지 기존에 존재하지 않던 대가관계나 새로운 매립공사 유형을 창설한 것이 아니다.

그 범위에 있어서는 차이가 있지만, 조성한 매립지를 원시취득한다는 점에서도 최초

공유수면매립법과 86년 개정 공유수면매립법 사이에 아무런 차이가 없다. 달리 86년

개정 공유수면매립법 시행 전후로 매립공사 용역의 실질이나 법적 성격 및 그에 대한

부가가치세 과세 여부를 달리 볼 법률적 근거가 없다.

   􎳘 원고는 최초 공유수면매립법 시행 당시에는 매립공사 시행 주체를 묻지 않고

공유수면 매립용역은 면세로 해석되었다고도 주장한다. 그러나 앞서 본 대법원 1996.

3. 12. 선고 95누15308 판결 사안이 최초 공유수면매립법 시행 당시인 1985. 4. 3. 매

립면허를 받은 회사(원고)가 매립용역에 대한 부가가치세 부과처분 취소를 구하는 것

이었던 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장도 받아들이기 어렵다. 또 앞서 본 여러

사정에 비추어 보면, 최초 공유수면매립법에 따라 매립면허를 받은 개인이나 기업(위

법 시행 당시에는 국가․지방자치단체와 달리 정부투자기관도 공유수면을 매립하기 위

해서는 매립면허를 받아야 했다)에 매립용역 공급에 대한 부가가치세를 과세하지 않을

특별한 이유도 찾을 수 없다.

   􎳙 원고는 86년 개정 공유수면매립법 제4조 제4항, 제14조 제1항, 제29조 제1항,

제3항 등을 들어 위 법률에 따르더라도 국가․지방자치단체 및 원고 등 대통령령에 정

한 정부투자기관이 시행한 매립공사는 비정산식에 해당하여 부가가치세 과세대상이 아

니라고 주장한다. 그러나 86년 개정 공유수면매립법 제4조 제4항은 도시계획구역 안의

공유수면과 대통령령이 정하는 공유수면을 매립하는 경우에만 적용되는 규정인데, 이

사건 매립공사 대상인 공유수면이 그에 해당함을 인정할 아무런 증거가 없다. 나아가

공유수면매립법 부칙 제3항에 따르면 최초 공유수면매립법에 따라

매립면허를 받은 원고에게는 위 각 규정이 적용되지도 않는다.

   􎳚 법원은 특별한 사정이 없는 한 법령을 해석함에 있어 국세청 예규나 과세해석

등에 구속되지 않는다. 또 앞서 본 대법원 1996. 3. 12. 선고 95누15308 판결 사안 등 에 비추어 보더라도, 종래 공유수면 매립용역에 대한 부가가치세 과세 여부에 관하여

구체적 타당성을 고려한 서로 상반되는 해석과 지침들이 있었던 것으로 보일 뿐, 확립

된 관행이나 해석이 있었던 것으로 보이지 않는다(원고 스스로도 이 사건 매립공사 사

업비와 관련해 부담한 부가가치세액을 매입세액으로 공제받아온 것으로 보인다).

3. 결론

원고 청구는 이유 없으므로 기각한다.

출처 : 창원지방법원 2020. 04. 16. 선고 창원지방법원 2019구합52551 판결 | 국세법령정보시스템