요지

원고가 제공한 재화의 공급은 실제 부가가치세가 부과되었는지 여부와 무관하게 영세율을 적용하는 것이나, 용역의 공급은 ⁠‘보관 및 창고업’에 해당하여 영세율 적용대상이 아님

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 1. 8. 원고에게 한 2012년 제2기 부가가치세 404,349,680원(가산세 포함)의 부과처분 중 253,501,643원을 초과하는 부분, 2018. 7. 4. 원고에게 한 2013년 제1기 부가가치세 340,608,820원(가산세 포함)의 부과처분 중 273,109,361원을 초과하는 부분, 2013년 제2기 부가가치세 359,847,600원(가산세 포함)의 부과처분 중 290,015,004원을 초과하는 부분, 2014년 제1기 부가가치세 189,376,030원(가산세 포함)의 부과처분 중 141,256,235원을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 5/6는 원고가, 나머지 1/6은 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. 1. 8. 및 2018. 7. 4. 원고에게 한 ⁠[별지 1] 기재와 같은 부가가치세 부과처분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 네덜란드에 본점을 두고 있는 CCC BV의 완전자회사로 1997. 1. 7. 설립된 내국법인이다.

나. 원고는 원고와 국외특수관계에 있는 외국(싱가포르)법인인 AAA스페셜티 솔류션스그룹 피티이 엘티지(이하 ’DDD‘라 한다)의 신약 임상시험에 필요한 대조약1) 용도로 사용할 국내 시판 의약품 및 소모품 등(이하 ⁠‘이 사건 의약품’이라 한다)을 DDD가 지정하는 국내 임상시험 실시기관에 인도하는 방법으로 DDD에게 공급하고 DDD로부터 그 대금을 외국환은행에서 원화로 수취하였다.

다. 원고는 DDD와 사이에 체결된 2014. 1. 1.자 ⁠‘임상시험용 의약품 관리 서비스 계약’(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다)에 따라 DDD에게 국내에서의 임상시험용 의약품의 보관, 관리, 배송, 수거 및 폐기, 관련문서 보관 등 용역(이하 ⁠‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공하고 DDD로부터 그 대금을 외국환은행에서 원화로 수취하였다.

라. 원고는 이 사건 의약품 및 이 사건 용역을 부가가치세법상 영세율 적용대상으로 보고 2012년 제2기부터 2017년 제1기까지의 과세기간에 대한 부가가치세를 신고․납부하였으나, 서울지방국세청장은 2017. 10.경 원고에 대한 2012 내지 2016 사업연도 법인사업자 통합조사를 실시한 결과, ① 이 사건 의약품의 공급 중 2014. 3. 16. 이전에 계약을 체결하여 임상시험 실시기관에 공급한 매출 부분은 ⁠‘국내사업자(임상시험 실시기관)의 면세사업(임상시험용역)에 사용되는 재화여서 영세율 적용대상에 해당하지 않고, ② 이 사건 용역의 공급은 ⁠‘사업지원 서비스업’이 아닌 ⁠‘보관 및 창고업’에 해당하는 용역을 공급한 것이어서 영세율 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 피고에게 이를 정정하여 부가가치세를 부과할 것을 통보하였다.

마. 이에 피고는 원고에게 쟁점 매출액에 대하여 영세율 적용을 배제하여 2018. 1. 8. 및 2018. 7. 4. ⁠[별지 1] 기재와 같은 부가가치세(각 가산세 포함,이하 같다)를 각 경정․고지하였다(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 2018. 3. 28. 및 2018. 7. 17. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 11. 26. 원고의 위 청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

원고는 ⁠‘창고 및 보관업’에 해당하는 ⁠‘일반의약품 보관업무’를 담당하는 부서인 물류사업부(이하 ⁠‘물류팀’이라 한다)와는 완전히 독립된 전문화된 인력 및 시설로 구성된 임상시험용 의약품 물류사업부(이하 ⁠‘임상팀’이라 한다)를 별도로 설치하여 ⁠‘임상시험용의약품 관리 서비스 업무’를 전담하도록 하였는바, 원고는 위 임상팀을 통하여 DDD에게 과세사업인 임상시험용역에 사용되는 이 사건 의약품을 공급하고, 또한 창고업이 아닌 서비스업으로서 이 사건 용역을 제공한 것이다.

나아가 아래와 같은 이유로 이 사건 의약품은 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부개정되기 전의 것, 대통령령 2013. 3. 23. 24441호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 ⁠‘구 부가가치세법 시행령’이라 한다) 제26조 제1항 제1호가목 및 구 부가가치세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26071호로 개정되기 전의 것, 2016. 2. 17. 대통령령 제26983호로 개정되기 전의 것, 2017. 2. 7. 대통령령 제27838호로 개정되기 전의 것, 2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 통틀어 ⁠‘부가가치세법 시행령’이라 한다) 제33조 제2항 제1호 가목(이하 편의상 모두 ⁠‘이 사건 시행령 가목’이라 하고, 각 같은 호 나목은 ⁠‘이 사건 시행령 나목’이라 하며, 각 같은 호 아목은 ⁠‘이 사건 시행령 아목’이라 한다)에 따른 ⁠“외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 해당 사업자의 과세사업에 사용되는 재화”에 해당하고, 이 사건 용역은 이 사건 시행령 나목에 따른 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’ 또는 이 사건 시행령 아목에 따른 ⁠‘사업지원 서비스업’에 해당하는바, 이에 대한 공급은 모두 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조 제1항 제4호, 부가가치세법 제24조 제1항 제3호에 의하여 영세율이 적용되어야 한다.

따라서 이와 다른 전제에서 이 사건 의약품 및 용역에 대하여 영세율의 적용을 배제한 피고의 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 의약품

국내 임상시험 실시기관이 수행하는 임상시험용역은 부가가치세법 시행령 제35조의 면세 의료보건 용역에 포함되지 아니하여 원고가 위 임상시험 실시기관에 인도한 이 사건 의약품은 ⁠‘국내사업자의 과세사업에 사용되는 재화’에 해당한다.

임상시험 실시기관이 이 사건 의약품을 사용하여 수행하는 임상시험용역을 면세사업으로 볼 아무런 법령상 근거가 없음에도, 피고는 법원성이 없어 법원을 기속할 수 없는 기획재정부의 유권해석에 근거하여 위 유권해석이 있었던 2014. 3. 17.을 기준으로 그 이후에 공급된 임상시험용역만이 과세대상이라는 주장을 하고 있는바, 이는 ⁠‘과세사업에 사용되는 재화’라는 요건을 정하고 있을 뿐이지 ⁠‘실제로 과세권의 행사가 이루어진 사업에 사용되는 재화’라는 요건을 정하고 있지 아니한 이 사건 시행령 가목의 규정에 반하여 위법하다.

2) 이 사건 용역

원고는 이 사건 용역을 통해 ① 임상시험용 의약품에 대하여 국내 반입 이후부터 사용 또는 폐기될 때까지의 전 과정에 대한 관리 서비스를 제공하였고, ② 이 사건계약에 따라 임상시험 수탁기관이 요청하는 대조약을 납품하기도 하였으며, ③ 통상 3년 이상의 장기간이 소요되는 임상시험 기간 동안 필요한 관련 기록을 보관하고 데이터베이스화하는 통합적인 서비스를 수행하였다. 특히 원고는 􎛱의약품 등의 안전에 관한 규칙􎛲 제30조 제1항 ⁠[별표 4] 􎛱의약품 임상시험 관리기준􎛲(이하 ⁠‘임상시험 관리기준’이라 한다)4) 및 임상시험 의뢰자(이하 ⁠‘의뢰자’라 한다) 등의 요청에 따라 위탁받은 업무의 계획 수립 및 이행 과정에서 '프로젝트 업무지시서(DPI)'를 포함한 각종 문서를 임상시험 번호별로 개별 기록․관리하고, 위 의뢰자 등을 위하여 관련 문서를 상당 기간 데이터베이스화하여 보존하기까지 하였을 뿐만 아니라, 대조약 등을 단순히 인도하는 데에 그치지 않고 의뢰자 등의 요청에 따라 라벨링 작업, 눈가림 작업, 무작위 배정등의 별도 작업을 수행한 후에 임상시험 실시기관에 제공하였는바, 원고가 DDD에게 제공한 이 사건 용역은 기존의 의약품 도매, 운송 및 창고업과는 차별화된 고도의 품질관리 업무체계를 갖추고 있었다는 점에서 ⁠‘창고업’과는 그 성격이 명백히 다르다.

  이 사건 용역은 ① ⁠‘프로젝트 업무지시서(DPI)’ 작성, ② 임상시험용 의약품 입고, ③ 임상시험용 의약품 라벨링 및 눈가림 작업, ④ 대조약 및 소모품 구매, ⑤ 임상시험용 의약품의 보존 및 관리, ⑥ 임상시험용 의약품의 전달, 회수 및 폐기, ⑦ 관련문서의 보존 및 데이터베이스 관리, ⑧ 그 밖에 계약상 열거되지 아니한 업무로 구성되어 있는데, 이 가운데 상법상 창고업자의 의무에 해당한다고 볼 수 있는 것은 한 가지(②)에 불과한바, 이러한 점에서도 이 사건 용역을 ⁠‘창고업’으로 분류함은 타당하다고 볼 수 없다.

한국표준산업분류에 따라 이 사건 용역을 분류하더라도, ① 임상팀의 일인당 처리 물량이 물류팀의 비해 19%에 불과한 점, ② 임상팀의 직원이 매년 임상시험 관련 교육을 일정 시간 이수받고 있는 점, ③ 임상팀의 업무 수행 시간 중 단순 물류 업무가 차지하는 비율이 45%에 불과하고, 임상팀 중 가장 많은 인원인 7명이 배정된 업무내용은 의뢰자와 수탁 업무를 협의하는 것인 점, ④ 임상팀이 수행하는 임상시험 지원서비스업에 투입된 원가 중 창고업과 관련된 보관 및 운송 비용(물류비)은 19%에 불과하고, 임상팀이 수행한 업무에 대한 용역 제공의 대가도 물류팀이 수행한 창고업의 대가보다 7배 가까이 높은 점 등에 비추어, 이 사건 용역이 ⁠‘창고업’에 해당한다고 봄은 타당하다고 볼 수 없고, 이와 같이 이 사건 용역에 투입된 인력 또는 원가를 비교해보면, 이 사건 용역은 그 주된 산업활동인 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’ 또는 ⁠‘사업지원 서비스업’에 해당한다고 보아야 한다.

한편 한국표준산업분류 및 판례에 따르면, 수수료 또는 계약에 의하여 활동을 수행하는 단위는 자기 계정과 자기책임 하에서 생산하는 단위와 동일한 항목에 분류하여야 하는데, 원고는 수수료를 받고 임상시험 수탁기관의 업무를 위탁받아 이 사건 용역을 수행한 것이므로, 그 산업분류는 임상시험 수탁기관의 것(73909, 그 외 기타 분류안된 전문, 과학 및 기술서비스업)과 동일하게 이루어져야 한다.

따라서 이 사건 용역은 한국산업표준분류상 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’ 또는 ⁠‘사업지원 서비스업’에 해당하여 이 사건 시행령 나목 및 아목에 따라 영세율 적용대상이고, 이와 달리 피고가 만연히 이 사건 용역이 ⁠‘창고업’에 해당한다고 보아 이 사건 처분을 한 것은 위법․부당하다.

나. 피고 주장의 요지

1) 이 사건 의약품

2014. 3. 16. 이전에는 임상시험용역을 면세사업으로 보는 과세관행이 존재하였고, 국세기본법 제18조 제3항은 이와 같은 조세법령의 해석관행을 정당한 것으로 규정하고 있으므로, 위 2014. 3. 16. 이전에 체결된 임상시험용역을 면세사업으로 보아 원고의 이 사건 의약품 거래를 영세율 적용대상에서 제외한 것은 정당하다.

관련 법령의 문언에 의하더라도, 이 사건 의약품이 과세사업, 즉 ⁠‘부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업’에 인도되어 사용되는 경우이어야 영세율 적용이 가능한데, 2014. 3. 16. 이전에 체결된 임상시험용역에 대하여는 단 한 차례도 부가가치세가 과세된 사실이 없으므로, 임상시험용역을 ⁠“부가가치세가 과세되는 용역”으로 해석할 여지가 존재하지 않는다.

원고와 DDD 사이의 거래 형태와 같이, 원고가 외국법인에 대하여 재화를 수출하는 것이지만 실제 그 소비(사용)가 국내에서 이루어진다면 그 소비(사용)에 대하여 부가가치세가 과세되는 경우에 한하여 영세율을 적용하는 것이 소비지국 과세원칙에 부합하는바, 2014. 3. 16. 이전에는 면세사업으로 인지되어 단 한 차례도 부가가치세가 과세되지 아니하였던 임상시험용역에 사용되는 이 사건 의약품에 대하여 영세율을 적용할 경우, 어떠한 단계에서도 부가가치세를 과세할 수 없게 되는 부당한 결과가 되어 영세율 제도의 취지에 어긋나게 된다.

원고의 주장에 따라 이 사건 의약품의 공급에 영세율이 적용되면 임상시험용역이 면세사업임을 신뢰하여 관련 의약품 거래에 영세율 적용을 배제하고 부가가치세 과세표준을 성실하게 신고하여 온 사업자와의 형평의 문제가 발생한다.

2) 이 사건 용역

  이 사건 용역의 주된 목적은 보관 및 운송으로 이 사건 계약을 통해 명확히 특정되어 있다. 이 사건 계약과 ⁠‘창고 프로젝트 지시서(DPI)’는 원고가 제공하여야 할 업무를 입고 및 보관, 배송 등의 서비스로 특정하되, 위 서비스를 적절히 이행하기 위해 합리적으로 부수되는 일들을 의무사항으로 정하고 DDD가 원할 경우 추가적인 서비스 제공에 관하여 성실히 협의해야 하는 것으로 정하고 있는바, 특별한 사정이 없는 한, 이 사건 용역의 성격은 입고 및 보관, 배송 서비스에 한정되는 것으로 보아야 한다. 원고가 수행하는 이 사건 용역의 가장 주된 산업활동은 ⁠‘운송 및 보관업’이다.

나아가 원고가 이 사건 용역을 수행한 태양, 즉 ① 원고의 라벨링 작업량은 전체 입고수량의 9.12%의 비율에 불과하고, 키트를 만드는 수량은 그보다도 훨씬 낮은 비율로 수행되고 있는 점, ② 눈가림 작업은 단지 약품명이 식별되지 않도록 가려주는 단순 작업에 불과한 점, ③ 회수 및 폐기작업량 역시 전체 입고 수량의 1%도 채 안 되는 정도에 불과한 점 등에 비추어 보더라도 이 사건 용역의 주된 목적이 보관 및 운송업에 있음이 명확한바, 이 사건 용역은 한국산업표준분류상 ⁠‘운수 및 창고업(5210. 보관 및 창고업)’으로 볼 수밖에 없다. 또한 원고가 스스로 창고업으로 분류하고 있는 ⁠‘일반의약품 물류사업’과 이 사건 용역은 부수적 서비스 제공 여부, 원가 대비 직접물류비 비율, 시설의 종류와 규모 등에 큰 차이가 없는바, 이 사건 용역 역시 창고업으로 분류함이 타당하다.

원고는 사업자등록증에 그 업종을 ⁠‘사업지원 서비스업’으로 신고한 사실이 없이 ⁠‘일반창고업’ 또는 ⁠‘냉장창고업’으로만 신고하였는바, 원고 스스로 이 사건 용역의 성격을 창고업으로 이해하고 있었다고 할 것이다.

따라서 이 사건 용역이 ⁠‘운수 및 창고업’ 또는 ⁠‘보관 및 창고업’에 해당하는 것으로 보아야 할 것인바, 이 사건 용역에 영세율을 적용한 원고의 부가가치세 신고를 배척한 피고의 이 사건 처분에는 위법이 없다.

나. 관계 법령

[별지 2] 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고의 법인등기부(갑 제4호증)에 기재되어 있는 사업목적 및 그 추가일은 아래표 기재와 같고, 원고의 사업자등록(을 제4호증)에는 업종이 ⁠‘일반창고업’, ⁠‘냉장창고업’,‘재포장업’ 등으로 신고되어 있으며, 원고의 정관(갑 제38호증)이 2013. 10. 29. 개정되면서 ⁠‘임상시험업’이 원고의 사업목적으로 추가되었다(제2조 제9호). 원고의 2016 회계연도 감사보고서 주석사항 제1항은 ⁠“원고는 1997. 1. 15. 설립되어, 의약품 및 의료용구의 창고업, 의약품 판매업을 영위하고 있으며 당기말 현재 전국에 걸쳐 6개의 창고를 운영하고 있다.”고 기재하고 있다.

2) 원고의 2015. 12. 기준 전체 직원 수는 279명으로 영업부 166명, 물류팀 94명, 기타 부서(회계, 인사 등) 19명으로 구성되어 있는데, 물류팀 내에 임상팀 18명이 별도로 조직되어 있고, 2018. 8. 기준 임상팀의 인원 명부에는 총원 22명 중 11명이 보관및 운송 관련 업무를, 2명이 품질관리 및 일반사무 업무를, 나머지 9명이 고객관리 및영업관리 등 업무를 수행하는 것으로 기재되어 있다.

3) 원고와 DDD가 2014. 1. 1. 이 사건 용역과 관련하여 체결한 이 사건 계약 중 이 사건 처분과 관련된 부분은 아래 기재와 같다(생략).

4) 기획재정부는 2014. 3. 17.자 질의회신(갑 제6호증의 1)을 통하여 ⁠‘의료기관 등의 임상시험용역 부가가치세 과세 질의 회신’라는 제목으로 ⁠“임상시험용역은 부가가치세가 면제되는 의료보건 용역 및 학술연구용역, 기술연구용역에 해당하지 않는다.”라는요지의 유권해석(기획재정부 부가가치세제과-236)을 하였고, 2014. 5. 13.자 질의회신(갑 제6호증의 2)을 통하여 ⁠“임상시험용역 부가가치세 과세관련 유권해석의 적용시기’라는 제목으로 ⁠‘위 2014. 3. 17.자 질의회신은 그 회신일 이후 최초로 임상시험용역계약을 체결하여 공급하는 분부터 적용하는 것이다.”라는 요지의 유권해석(기획재정부 부가가치세제과-341)을 하였다.

5) 통계청은 2017. 12. 4. 원고의 민원(질의)에 대하여는 ⁠“각종 물품의 보관설비를 운영하는 것이 주된 산업활동인 경우(물품 보관과 관련하여 분류, 선별 등 물류업무가 부수될 수 있음) ⁠‘5210 보관 및 창고업’으로 분류한다.”, ⁠“포괄적 계약에 의하여 타인사업 지원을 위한 특정되지 않은 각종 서비스를 제공하는 것이 주된 산업활동인 경우‘75999 그 외 기타 분류 안된 사업 지원 서비스업’으로 분류한다.”라고 처리결과(답변)를 회신(갑 제8호증)하였고, 2017. 12. 11. 서울지방국세청장의 질의에 대하여는 ⁠“수수료 또는 계약에 의하여 임상시험과 관련된 의약품 보관 및 배송이 주된 산업활동인 경우 ⁠‘H 운수 및 창고업’으로 분류한다.”라고 회신(을 제1호증)하였다.

6) 조세심판원이 2018. 8. 10. 화성시 경기동로 220-17에 위치한 임상팀의 창고를 현장확인하였는데, 당시 일반의약품 보관창고와 임상시험용 의약품의 보관창고는 물리적으로 격리되어 있었고, 일반의약품과 임상시험용 의약품의 보관 간에는 보관의 형태, 입출고시 검수작업의 경중 등에 있어 차이가 있는 것으로 확인되었다.

7) 원고의 직원으로 2015. 4.경부터 2017. 3.경까지 임상팀에서 근무하였던 BBB는 2017. 10. 24.경 서울지방국세청장의 원고에 대한 세무조사에 임하여 아래와 같은 취지로 진술하였다.(생략)

8) 2013년 입사하여 2017년부터 임상팀 팀장직에 있는 EEE는 이 법원에서 출석하여 아래와 같은 취지로 진술하였다.

[인정 근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제3, 4, 5, 6, 8, 19, 20, 22, 24, 38호증, 을 제1

내지 4호증의 각 기재, 증인 EEE의 일부 증언, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 관련 법리

부가가치세법에 의하면 부가가치세의 세율은 10%이나, 부가가치세법 제24조 제1항은 ⁠“제21조부터 제23조까지의 규정에 따른 재화 또는 용역의 공급 외에 외화를 획득하기 위한 재화 또는 용역의 공급으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 제30조에도 불구하고 영세율을 적용한다.”고 규정하면서 국내에서 공급하는 용역 중 일정한 요건을 갖추는 경우 영세율을 적용하도록 하고 있다. 이에 구 부가가치세법 제11조 제1항 제4호 및 부가가치세법 제24조 제1항 제3호의 위임을 받은 이 사건 시행령 가목, 나목, 아목은, ⁠‘국내에서 국내사업장이 없는 외국법인에 각 목의 어느 하나에 해당하는 사업에 관한 용역을 제공하고, 그 용역대금을 외국환은행에서 원화로 받거나 기획재정부령이 정하는 방법으로 받는 경우’ 영세율을 적용하도록 하면서, 이에 해당하는 재화 또는 사업을, ⁠“외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 해당 사업자의 과세사업에 사용되는 재화”, ⁠“전문, 과학 및 기술 서비스업(수의업, 제조업 회사본부 및 기타 산업 회사본부는 제외한다)”, ⁠“사업시설관리 및 사업지원 서비스업(조경 관리 및 유지 서비스업, 여행사 및 기타 여행보조 서비스업은 제외한다)”으로 정하고 있다.

구 부가가치세법 시행령 제1조 제3항 및 부가가치세법 시행령 제4조 제1항은 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 시행령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다고 규정하고 있다. 그리고 주된 산업활동과 부차적, 보조적 활동이 결합되어 복합적으로 이루어지는 산업활동에 있어서는 생산단위가 수행하는 주된 산업활동의 종류에 따라 분류되어야 한다. 또한 여러 개의 용역을 하나의 공급단위로 하는 거래에서 어느 것이 주된 용역이고 어느 것이 부수된 용역인지는 구체적인 거래의 형태에 비추어 당사자 사이의 공급의 목적과 의도가 어디에 있는지에 따라 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 11. 선고 2015두37549 판결).

한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결 등 참조). 이 사건 의약품 및 이 사건 용역이 영세율 적용대상인지를 판단하기 위한 이 사건에서도 관련 규정을 문언에 충실하게 엄격 해석하여야 한다.

2) 이 사건 의약품의 이 사건 시행령 가목 해당 여부

가) 부가가치세법 제4조 제1호는 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급을 포괄적으로 부가가치세 과세대상으로 정하고 있는바, 별도의 비과세 또는 면세 조항이 존재하지 아니하는 한 사업자가 공급하는 재화 또는 용역은 모두 과세사업인 것이 원칙이다. 부가가치세법 제26조(재화 또는 용역의 공급에 대한 면세), 제27조(재화의 수입에 대한 면세) 및 제28조(면세의 포기)는 예외적으로 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 면세대상 사업에 대하여 규정하고 있는데, 임상시험 실시기관이 수행하는 임상시험용역은 재화의 수입이나 면세의 포기와는 관련이 없고, 부가가치세법 제26조, 부가가치세법 시행령 제35조의 ⁠‘면세하는 의료보건 용역’의 범위에도 포함되지 아니하며, 그 밖에 면세하는 규정이 존재하지 않는다.

따라서 임상시험용역은 과세사업에 해당하는바, 결국 DDD가 지정하는 임상시험 실시기관이 수행하는 임상시험용역에 사용된 이 사건 의약품은7) 이 사건 시행령 가목의 ⁠“외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 재화로서 해당 사업자의 과세사업에 사용되는 재화”로서 영세율 적용대상에 해당하고, 이와 달리 이 사건 의약품이 면세 또는 비과세사업에 사용되었음을 전제로 이 사건 의약품에 대해 영세율 적용을 배제한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나) 이에 대하여 피고는 기획재정부의 유권해석 및 2014. 3. 16. 이전에 계약이 체결된 임상시험용역을 면세사업으로 보아 비과세하던 과세관행에 비추어, 임상시험용역에 사용된 이 사건 의약품 역시 ⁠‘과세사업에 사용되는 재화’로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 앞서 본 부가가치세법령의 문언과 내용 및 그 취지 등을 통해 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 시행령 가목이 ⁠‘외국법인이 지정하는 국내사업자에게 인도되는 과세사업에 사용되는 재화’에 영세율을 적용한다고 규정한 의미는 세법의 해석 또는 국세행정의 관행에 따라 실제 부가가치세가 부과되었는지 여부와 무관하게 국내사업자의 사업이 부가가치세의 과세대상에 해당하는 경우라면 그 사업에 사용된 재화에 영세율을 적용한다는 것으로 해석함이 타당하다. 피고의 위 주장은 이유 없다.

(1) 앞서 본 바와 같이 부가가치세법이 사업자가 공급하는 용역은 원칙적으로 과세사업에 해당하는 것으로 규정하고 있는바, 해당 사업이 과세사업인지 면세사업인지 여부는 부가가치세법 등 관련 법령의 규정에 따라 판단함이 타당하고, 법원이 기획재정부의 유권해석에 구속되는 것은 아니므로(대법원 1986. 10. 28. 선고 85누808 판결 등 참조), 임상시험용역에 대한 면세 관행을 인정한 기획재정부의 유권해석을 근거로 임상시험용역의 공급이 면세사업에 해당한다고 볼 수는 없다. 기획재정부의 유권해석일(2014. 3. 17.) 이후부터 임상시험용역을 과세하기로 기준을 변경한 것은 의료기관이 과거에 임상시험용역을 지속적으로 면세로 신고해 왔고, 과세관청에서도 과세한 사례가 없는 점을 고려하여 변경된 방식의 과세기준을 정한 것일 뿐, 그 이전에 이루어진 의료기관의 임상시험용역을 부가가치세법상 면세사업으로 간주하는 효과가 있는 것으로 볼 수는 없다.

(2) 국세기본법 제18조 제3항은 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에 과세관청이 이와 다른 새로운 해석 또는 관행을 내세워 소급과세하는 것을 금지함으로써 납세자의 신뢰를 보호하려는 규정이고, 과세관청이 되풀이해온 위법한 세법의 해석이나 국세행정에 따른 부적법한 과세처분을 구제하기 위한 규정이 아니므로(대법원 1984. 6. 12. 선고 83누664 판결 참조), 임상시험용 역을 영위하는 사업자의 신뢰를 보호하기 위하여 과세관청이 기획재정부의 유권해석일 이전에 이루어진 임상시험용역에 대하여 면세하기로 하였더라도, 이로 인하여 임상시험용역에 사용되는 재화를 부가가치세법령에 반하여 과세사업에 사용되는 재화에 해당하지 않는 것으로 해석함이 허용된다고 볼 수는 없다.

(3) 부가가치세제에서 영세율 적용은 이중과세를 방지하기 위하여 원칙적으로 수출의 경우에만 인정되고, 국내의 공급소비에 대하여는 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에 법령이 정하는 바에 따라 예외적․제한적으로 인정된다(대법원 2011. 5. 26. 선고 2011두2774 판결 등 참조). 이 사건 의약품의 공급과 같이 외국법인이 지정하는 국내사업자인 임상시험 실시기관에 재화를 공급하고 그 대금을 외국환은행에서 원화로 지급받을 경우 외화획득이라는 결과는 임상시험용역이 비과세인지, 과세인지 여부에 따라 달라지지 아니하는바, 이 사건 의약품을 국내사업자의 비과세사업에 사용되는 재화로 해석하여야만 영세율 제도의 취지에 부합한다는 피고의 주장은 받아들이기 어렵다.

(4) 피고의 주장처럼 이 사건 시행령 가목의 의미를, 과세관청이 과세권을 실제로 행사하였을 경우에만 적용되는 것으로 해석한다면, 부과제척기간의 도과 등으로 과세권 행사가 불가한 경우의 사업자에게 재화를 공급한 경우에도 영세율 적용대상에서 제외될 수밖에 없는바, 이 사건 시행령 가목에 따른 영세율 적용 여부를 과세관청의 과세권 행사 여부에 따라 달리 판단하게 되는 부당한 결론에 이르게 된다. 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(5) 피고는 당초 임상시험용역의 면세 여부를 확인하고 이에 대한 매출에 영세율 적용을 배제하고 과세표준을 성실히 신고한 다른 사업자와의 형평성에 비추어 원고에게만 영세율 적용을 허용함은 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 법규에 따라 정확하게 세무처리를 한 납세자에게 다른 납세자와의 형평성을 이유로 영세율 적용을 배제함은 타당하다고 보기 어렵다. 또한 피고는 이 사건 의약품의 공급에 영세율을 적용할 경우 임상시험 실시기관의 임상시험용역을 포함한 어느 단계에서도 부가가치세를 부과하지 못하게 되는 부당한 결과에 이르게 된다고 주장하나, 이와 같은 결과는 원래 과세사업이었던 임상시험용역에 대해 세법 해석을 잘못함에 따른 비과세관행이 받아들여진 때문인바, 이에 대한 불이익을 임상시험용역의 해석과 무관한 원고에게 부과함은 타당하다고 볼 수 없다. 그 밖에 이 사건의 의약품의 공급에 대해 영세율을 적용함으로써 부가가치세 거래징수 질서가 깨진다고 볼 근거를 찾을 수 없는바, 피고의 위 주장도 받아들이기 어렵다.

3) 이 사건 용역의 이 사건 시행령 나목 및 아목 해당 여부

가) 구 부가가치세법 시행령 제1조 제3항 및 부가가치세법 시행령 제4조 제1항은, 재화나 용역을 공급하는 사업의 구분은 원칙적으로 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 의하도록 규정하고 있는데, 한국표준산업분류에서 산업활동이란 각 생산단위가 노동, 자본, 원료 등 자원을 투입하여 재화 또는 서비스를 생산 또는 제공하는 일련의 활동 과정이라고 정의된다. 또한 한국표준산업분류는 생산단위가 주로 수행하고 있는 산업활동을 그 유사성에 따라 유형화 한 것으로, ⁠‘산출물(생산된 재화 또는 제공되는 서비스)의 특성’, ⁠‘투입물의 특성’, ⁠‘생산활동의 일반적인 결합 형태’에 따른 분류기준이 적용되고, 주된 산업활동은 산출물에 대한 부가가치(액)의 크기에 따라 결정되어야 하나, 부가가치(액)의 측정이 어려운 경우에는 산출액에 의하여 결정하며, 이러한 원칙에 따라 결정하는 것이 적합하지 않을 경우에는 그 해당 활동의 종업원 수 및 노동시간, 임금 및 급여액 또는 설비의 정도에 의하여 결정한다.

나) 앞서 본 법리와 한국표준산업분류의 개념정의 등에 따라 살피건대, 앞서 든 각 증거들과 갑 제10 내지 16, 24, 26, 29, 30, 32, 34, 42, 43호증의 각 기재 내지 영상 및 변론 전체의 취지를 통하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 용역은 한국표준산업분류상 ⁠‘보관 및 창고업’에 해당하고, 이 사건 시행령 나목의 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’ 또는 이 사건 시행령 아목의 ⁠‘사업지원 서비스업’에 해당한다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 이 사건 용역 관련 주장은 이유 없다.

(1) 한국표준산업분류는 ⁠‘보관 및 창고업’을 ⁠“수수료 또는 계약에 의하여, 타인또는 타 사업체의 가구, 자동차, 목재, 가스 및 석유, 화학물질, 섬유, 곡물, 냉동물, 식품 및 농산물 등 각종 물품의 보관설비를 운영하는 산업활동을 말한다. 물품보관과 관련된 분류, 선별 등 물류업무를 수행할 수도 있다.”라고 정의하고 있다.

  이 사건 계약은 임상시험용 의약품이라는 보관 목적물의 특수성이 반영되어 있기는 하나, 제공되는 서비스(용역)의 내용 대부분이 재화의 통관, 보관, 운송, 입고, 폐기 및 이와 관련한 문서(회수요청서, 배송요청서, 폐기요청서, 배송차량, 입고요청서)의 작성 등이라고 규정하고 있어 전형적인 임치계약 내지 운송계약과 크게 다르지 않다.

비록 원고가 전형적인 창고업자와 달리 보관 물품인 임상시험용 의약품에 대하여 라벨링 작업이나, 눈가림 작업 등을 실시하고, 사후 임상시험 적합성 판단을 위한 문서를 일부 작성한 사실은 인정된다. 그러나 보관 및 창고업의 산업활동을 하는 사업자는 통상 물품보관과 관련된 분류, 선별 등 물류업무를 수행할 수 있을 뿐만 아니라, 원고의 위와 같은 작업은 ⁠“본 항에 서술된 항목을 적절히 이행하기 위하여 합리적으로 부수되는 일들을 한다.”고 규정한 이 사건 계약 2.1.10.항에 따른 것으로 볼 수 밖에 없다. 그리고 이 사건 계약은 원고가 이 사건 용역에 대한 대가로 DDD로부터 지급받을 수수료에 대하여 물류비(고정 물류비, 변동 물류비)와 관리비로 정하고 있을 뿐이고, 위와 같은 특수 작업에 대한 별도 수수료를 책정한 바도 없는바, 결국 원고의 위 라벨링 작업, 눈가림 작업, 문서 작성 작업 등은 주된 용역인 운송 및 보관 등 용역에 부수된 용역으로 보는 것이 타당하다.

(2) 창고 프로젝트 지시서(DPI)는 그 명칭9)에서 알 수 있는 바와 같이, 의뢰자가 이 사건 의약품을 Import(통관), Inventory(재고), Storage(보관), Shipment(선적) 등을 통해 원고의 창고에 보관하는 방법과 조건에 대해 원고에게 지시하는 것을 그 주된내용으로 하면서 눈가림 작업 여부(Blinded/Unblinded), 라벨링 작업(Labelling), 운송, 보관, 창고의 상태와 온도(Storage Conditions, Shipping Conditions), 출하 시기와 방법, 보고내용, 회수와 폐기 방법, 취급시 주의사항 등 여러 보관 및 운송 조건에 대한 지시사항을 담고 있다[위와 같은 창고 프로젝트 지시서(DPI)의 구체적인 내용에 비추어 보면, 창고 프로젝트 지시서(DPI)와 임상시험 자체 또는 그 심사의 품질을 보증하기 위한 표준작업지침서는 그 목적 및 내용에 있어 명백히 구별된다고 할 것인바, ⁠‘창고 프로젝트 지시서(DPI)가 표준작업지침서에 해당한다’는 증인 EEE의 일부 증언은 믿지 아니한다].

9) Depot이 프랑스어로 ⁠‘위탁’을 의미한다는 원고의 주장은 이를 인정할 아무런 증거가 없을 뿐만 아니라, 영문으로 작성된 창고프로젝트 지시서(DPI)의 기재 내용 등에 비추어 받아들이지 않는다.

또한 창고 프로젝트 지시서(DPI)의 작성 주체는 어디까지나 원고가 아닌 DDD 또는 임상시험 수탁기관 내지 의뢰자라 할 것이고, 원고의 임상팀 직원이 창고프로젝트 지시서(DPI) 작성을 위해 협의하였다는 구체적인 내역(갑 제11호증)은 라벨링 작업이나 온도계 선정 등 주로 보관 방법에 관한 것이거나, 출하 및 회수 등 운송에 관한 것이며, 이 사건 계약에 창고 프로젝트 지시서(DPI) 작성에 대한 수수료를 별도로 산정하고 있지도 아니하다[(창고 프로젝트 지시서(DPI) 작성에 대한 수수료를 별도 책정한다는 증인 EEE의 일부 증언은 이 사건 계약의 내용에 비추어 그대로 믿기 어렵다].

따라서 원고가 임상팀 직원을 통하여 창고 프로젝트 지시서(DPI)를 작성하는 것이라고 볼 수는 없고, 다만 이 사건 의약품을 운송 및 임치하는 자의 지위에서 그 지시사항에 대한 구체적인 내역을 의뢰자 등에게 건의하거나 협의하는 방법으로 DDD에게 부수적인 용역을 제공하는 것에 그친다고 봄이 타당하다. 원고가 창고 프로젝트 지시서(DPI)를 작성․관리한 것이 이 사건 용역을 창고업이 아닌 사업지원 서비스업으로 보아야 하는 중요한 근거라는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(3) 임상시험이란 임상시험용 의약품의 안전성과 유효성을 증명할 목적으로 사람을 대상으로 실시하는 시험 또는 연구를 말하는데(임상시험 관리기준 제1호 가목), 원고가 DDD에게 이 사건 용역을 통해 직접적으로 임상시험용 의약품의 안전성과 유효성을 증명하기 위한 용역을 제공하였음을 인정할 자료는 없다. 또한 의뢰자란 임상시험의 계획․관리․재정 등에 관련된 책임을 갖고 있는 개인, 회사, 실시기관 및 단체를 말하는데(임상시험 관리기준 제1호 보목), 원고가 임상시험의 임상시험의 계획․관리․재정등에 관련된 업무를 직접 수행할 만한 약사나 의료인 등 전문적 인력을 가지고 있다는 점을 인정할 자료도 존재하지 않는다.

한국임상시험본부에서 작성한 한국임상시험산업정보통계집(을 제13호증)에 의하면 임상시험 수탁기관이 제공하는 서비스는 ① 환자모집 및 모니터링(49.64%), ②프로젝트 매니지먼트(15.07%), ③ 자료처리 및 검증(6.29%), ④ 메디컬 라이팅(8.46%), ⑤ 통계분석(2.71%), ⑥ 품질보증컨설팅(2%), ⑦ 인허가 대행(8.5%), ⑧ 약물안전성 정보수집(1.36%), ⑨ 기타 컨설팅(3.285%), ⑩ 경제분석(0.57%), ⑪ 임상시험용 의약품 포장․운송 등(0.07%), ⑫ 기타(2.07%)로 구성되어 있는데, 이 가운데 원고가 이 사건 용역을 통하여 DDD에 제공하였다고 볼 수 있는 것은 원고의 주장에 의하더라도, 기타 컨설팅 3.285%, 포장․운송 등 0.07%, 기타 2.07%로서 합계 5.425%에 불과하다. 이 사건 계약에도 임상시험용 의약품의 보관과 관련하여 그 효능과 적정한 공급을 담보하기 위한 보관․운송 방법 및 이에 부수하는 문서작성 등 업무에 관한 사항이 포함되어 있을 뿐, 임상시험의 계획과 관리에 직접 관련되는 내용은 전혀 포함되어 있지 아니하다.

임상팀의 팀장 EEE 역시 임상시험 수탁기관에 대한 자문 내용은 주로 라벨링 작업이나 포장 등에 관련된 것이고, 원고가 임상시험용 의약품을 관리하는 것도 요청된 업무의 한도 내에서 이루어졌다고 진술하였다.

단지 원고의 임상팀 직원 일부가 임상시험용 의약품의 보관과 관련한 교육을 소정시간 이수한 사정과 원고의 임상팀 직원 중 일부가 다른 임상시험 수탁기관으로 이직한 적이 있다는 사정 및 원고의 정관 등에 임상시험업이 사업목적으로 포함되어 있다는 사정만으로 원고가 임상시험 수탁기관으로서의 역량과 기능을 보유한 기관이라고 보기는 어렵다.

따라서 원고는 이 사건 용역을 통해 DDD에게, 임상시험 수탁기관이 의뢰자로부터 위탁받은 임상시험용역 중 극히 일부를 이루는 것에 불과한 포장․운송 등 업무만을 주로 제공하였다고 할 것이고, 이와 달리 원고가 임상시험 모니터링 등 일부를 제외하고는 임상시험 수탁기관이나 DDD와 동일한 용역을 하는 자에 해당한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다(위와 같은 이유로 ⁠‘원고가 임상시험 수탁기관의 역할을 수행할 수 있는 역량을 갖춘 기관이고, 원고의 업무 범위가 DDD의 업무 범위와 동일하다’는 증인 EEE의 일부 증언도 믿지 아니한다).

(4) 한국표준산업분류의 산업분류 적용원칙에 의하면, 자기가 직접 실질적인 생산활동을 하지 않고 다른 계약업자에 의뢰하여 재화 또는 서비스를 자기계정으로 생산하게 하고 이를 자기명의로 자기책임 하에서 판매할 경우 이를 재화나 서비스 자체를 직접 생산하는 단위와 동일한 산업으로 분류하도록 규정하고 있기는 하다.

  그러나 위 산업분류 적용원칙은 위탁자와 수탁자의 실질적인 생산활동 범위가 동일함을 전제로 한 것으로 단지 위탁자의 사업 중 극히 일부를 대행하는 것에 불과한 수탁자의 산업을 위탁자의 산업과 무조건 동일하게 분류하도록 하는 취지라 보기는 어렵다.

위에서 본 바와 같이 원고가 임상시험 수탁기관이나 DDD와 동일한 용역을 하는 자에 해당한다거나 DDD의 임상시험용역 대부분을 수행하였다고 볼 수 없는 이상, DDD가 직접 실질적인 생산활동을 하지 않고 다른 계약자인 원고에게 의뢰하여 서비스(임상시험용역)를 생산하게 한 것으로 볼 수 없는바, DDD의 임상시험용역 이 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’에 해당하는지는 별론으로 하고, 한국표준산업분류의 위 산업분류 적용원칙을 근거로 원고의 이 사건 용역이 DDD의 임상시험용역과 마찬가지로 ⁠‘전문, 과학 및 기술 서비스업’으로 분류되어 영세율이 적용되어야 한다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(5) 원고는 이 사건 용역의 내용에 대조약의 구매가 포함되는 것을 전제로 이사건 용역의 부가가치, 인건비, 원가 등을 산정한 다음, 이를 포함한 부가가치 발생 비율 등에 근거하여 이 사건 용역이 창고업에 해당할 수 없다고 주장한다.

  그러나 ① 이 사건 용역을 위해 원고가 DDD와 체결한 이 사건 계약에 대조약의 구매를 위한 내용이 명시적으로 포함되어 있지 아니하고, 대조약의 구입 비용및 그 수익이 수수료 가격 항목에도 포함되어 있지 아니한 점, ② 원고가 이 사건 용역에 따라 DDD로부터 지급받은 수수료율은 이 사건 계약의 별첨 1.이 정한 바와 같이 5.5%와 8%인 반면, 원고가 대조약 구매를 통해 지급받은 수수료는 이와 별도로 도매 마진의 7% 또는 보험수가의 이익을 가산한 금액(그 산정근거는 제시된 바 없다)을 지급받고 있는 점, ③ 원고 스스로 대조약의 구매와 이 사건 용역을 구분하여 신고함으로써 외국법인인 DDD가 지정하는 국내 임상시험 실시기관에 대조약을 제공한 경우에는 이에 대하여 영세율을 적용받고 있는 점, ④ 이 사건 용역에 대조약의 구매가 반드시 수반된다고 보이지 않고, 임상시험용 의약품의 보관, 운송, 관리가 중심이 되는 이 사건 용역과 임상시험 실시기관에 필요한 대조약을 구입(도매)하여 제공하는 대조약 구매 용역은 그 용역의 내용과 공급시기 등에 차이가 있어 동일한 용역으로 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 용역에 대조약 구매 용역이 포함되어 있다고 볼 수는 없다.

따라서 이 사건 용역에 대조약의 구매 용역이 포함된다는 원고의 주장은 받아들일 수 없고(이 사건 처분 중 이 사건 용역으로 인해 발생한 부분에 대조약 구매로 인한 용역 비용이 구체적으로 포함되어 있다고 볼 자료도 제출된 바 없다), 이 사건 용역의 부가가치 비중 등에 근거한 원고의 산업분류 주장도 그대로 받아들일 수 없다.

(6) 원고가 이 사건 용역에 투입한 부가가치, 인건비, 원가 산정 비율 중 위와같이 이 사건 용역에 포함되어 있다고 볼 수 없는 대조약 구매로 인한 부분을 제외하여 100분위 비율을 다시 산정하면 아래 각 표 기재와 같다.

위 각 표에서 볼 수 있는 바와 같이, 원고의 부가가치 발생 비율과 인건비 산정 비율 및 원가 산정 비율 모두 ⁠‘보관’과 ⁠‘운송’ 항목의 비중이 합계 약 40%로 가장 크고, 이에 부수되는 용역으로 볼 수 있는 라벨링 작업, 키트제작, 회수, 폐기, 소각 등으로 인한 비용까지 모두 포함하면, 원고의 주된 산업활동은 산출물에 대한 부가가치등의 크기가 가장 큰 부분을 차지하는 ⁠‘보관’ 또는 ⁠‘운송’ 항목을 포함할 수 있는 운수업(대분류) 중 ⁠‘보관 및 창고업’(중분류 및 세분류)에 해당한다고 봄이 타당하다.

(7) 원고는 이 사건 용역에 따른 임상시험용 의약품 보관이 임상시험의 실시기관에 따라 탄력적으로 정하여졌다거나, 불특정 다수의 임치인이 아닌 오로지 DDD만을 위한 관리 용역이 제공되었고, 창고증권이 발행되거나 민법 또는 상법상의 임치계약이 체결된 바도 없어 원고를 상법상 창고업자에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 용역을 창고업으로 분류함은 타당하지 아니하다고 주장한다.

  그러나 재화나 용역을 공급하는 사업은 부가가치세법 시행령 제4조 제1항에 따라 한국표준산업분류에 따라 구분함이 타당함은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 용역을 상법에 따라 분류하여야 한다고 볼 수는 없을 뿐만 아니라, ① 이 사건 계약에도 입고요청서, 배송요청서, 회수요청서 등 창고증권을 대체할 수 있는 문서를 생성하도록 예정하고 있고, 이를 통해 임상시험용 의약품 등의 입고 및 배송 등이 간주되는 조항(3.4항, 3.7항, 5.1항, 4.3.4항 등)을 두고 있는 점, ② 이 사건 계약은 운송 및 보관 대상 의약품이 소실될 경우 경비, 비용, 소실 등에 대한 DDD의 책임을 원고가 부담하도록 하여(11.1항 등) 원고가 임치 목적물에 대한 관리책임도 부담하고 있는 것으로 볼 수 있는 점, ③ 특정인만을 위한 임치 또는 불특정 기간의 임치가 민법이나 상법상 허용되지 아니한다고 볼 근거는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 상법상 창고업자에 해당하지 아니하므로 이 사건 용역이 창고업에 해당하지 아니한다는 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

4) 정당한 세액의 계산

  이 사건 처분 중 이 사건 의약품의 공급이 영세율 적용대상이 아님을 전제로 한 부분이 위법함은 앞서 본 바와 같고, 2012년 제2기 내지 2014년 제4기에 해당하는 이 사건 처분 중 이 사건 의약품 매출로 인한 부분인 2012년 제2기 150,848,037원, 2013년 제1기 67,499,459원, 2013년 제2기 69,832,596원, 2014년 제1기 48,119,795원을 제외한 정당세액은 2012년 제2기 부가가치세 253,501,643원, 2013년 제1기 부가가치세 273,109,361원, 2013년 제2기 부가가치세 290,015,004원, 2014년 제1기 부가가치세 141,256,235원이므로(피고의 2020. 4. 14.자 참고서면 참조), 2012년 제2기 내지 2014년 제1기에 해당하는 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 박양준

판사 김병주

판사 추진석

출처 : 서울행정법원 2020. 04. 16. 선고 서울행정법원 2019구합56746 판결 | 국세법령정보시스템