요지

이 사건 사업과 같은 방식으로 진행된 사업에 대하여 처분청은 상반된 처분을 하였는데, 당초 처분으로 인하여 원고가 회계처리방식을 변경하였고, 이는 원고의 귀책사유로 세법상의 의무를 해태한 것으로 평가하기 어려우므로 이 사건 가산세 처분에는 가산세 감면의 정당한 사유가 있다고 봄이 타당함.

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판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 5. 3. 원고에게 한 별지1 표 ⁠‘전체 부과처분’의 ⁠‘가산세’란 기재 가산세부과처분 중 ⁠‘정당세액’란 기재 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

  이 유

1. 처분의 경위

 가. 정부는 수도권에 있는 공공기관을 단계적으로 지방으로 이전하기 위한 시책을 추진하여야 한다는 등의 내용이 포함된 국가균형발전 특별법이 2004. 1. 16. 제정되었고, 위 공공기관 지방이전 시책 등에 따른 구체적인 사항을 규정한 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(이후 2017. 12. 26. 혁신도시 조성 및 발전에 관한 특별법으로 법제명이 변경되었는데, 이하 구분하지 않고 ⁠‘혁신도시법’이라 한다)이 제정되었다.

 나. 구 혁신도시법(2011. 5. 30. 법률 제10764호로 개정된 것, 이하 같다1)) 제43조 제3항은 국토해양부장관은 일정한 경우 매입공공기관으로 하여금 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지(이하 ⁠‘종전부동산’이라 한다) 처리계획에 따라 종전부동산을 매입하게 할 수 있다고 규정하고 있는데, 원고는 2011. 12. 1. 구 혁신도시법 시행령(2011. 6. 29. 대통령령 제22995호로 개정된 것, 이하 같다) 제36조 제3호에 의하여 한국OOOO공사, 한국OOOO공사와 더불어 매입공공기관으로 추가 지정되었다.

 다. 정부는 농림수산식품부 및 농촌진흥청 산하 8개 기관2)을 지방이전하기로 결정하고, 2012. 9. 14. 제126차 국가정책조정회의에서 수원시, 화성시에 소재한 위 이전공공기관의 종전부동산(합계면적 약 292만㎡, 이하 ⁠‘이 사건 종전부동산’이라 한다)을 원고가 채권발행 등의 방법으로 일괄매입하기로 하였다. 다만 정부는 원고의 재정 및 경영상 부담을 감안하여 아래와 같은 지원대책을 마련하였다.

 라. 원고의 이사회는 2012. 9. 27. 위 국가정책조정회의 결과에 따라 공사채, CP, 은행차입 등을 통해 재원을 조달하여 이 사건 종전부동산을 매입한 후 활용계획에 따라개발 및 매각하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 사업’이라 한다)에 관하여 심의·의결하였고, 2012. 12. 14. 및 2013. 11. 22. 이 사건 종전부동산을 매수하는 내용의 매매계약을 체결하였다.

 마. 원고는 이 사건 사업에 관한 회계처리시 고유사업과 구별하여 별도의 계정(농진청 개발 특별회계)으로 관리하면서, 이 사건 종전 부동산의 매입, 관리, 매각 등 과정에서 발생한 손익을 자산·부채계정3)에 반영하였고, 2013. 3. AAA세무서장에게 이 사건 사업에 따른 손익을 반영하지 않은 채 2012 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

  바. BB지방국세청장은 2013. 11.경 원고에 대한 2008 내지 2012 사업연도 법인세 통합조사 실시결과 원고가 1999년경부터 정부 정책에 따라 OO건설 소유의 KK매립지를 공사채 발행 등으로 매입하고 위 매립지를 개발하여 매각하는 사업(이하 ⁠‘KK매립지 사업’이라 한다)에서 발생한 양도차익은 KK매립지 사업주체인 원고에게 귀속되어야 하므로 익금 산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 통보하였고, 그에 따라 AAA세무서장은 2013. 12. 6. 원고에게 법인세 부과처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 종전 처분’이라 한다).

 사. 원고는 2014. 3.경 AAA세무서장에게 KK매립지 사업의 손익이 원고에게 귀속된다는 전제에서 이루어진 이 사건 종전 처분의 내용대로 이 사건 사업에 관한 손익을 법인세 과세대상에 포함시키는 세무조정을 하여 2012 사업연도 법인세에 관한 경정청구를 하였고, 같은 방법으로 2013 내지 2016 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

 아. AAA세무서장은 2014. 9.경 원고에게 위 경정청구를 받아들여 2012 사업연도 법인세를 환급하였다.

 자. 이후 CC지방국세청장은 2018. 4.경 원고에 대한 법인세 통합조사 실시결과 이 사건 사업에 따른 손익은 국가에게 귀속되므로 원고의 법인세 과세표준에는 이 사건 사업에 따른 손익이 반영되어서는 안 된다는 내용 등을 포함하여 과세자료를 통보하였고, 그에 따라 피고는 2018. 5. 3. 원고에게 별지1 표 중 ⁠‘전체 부과처분’란 기재와 같이 2013 내지 2016 사업연도 법인세를 부과·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 전체 처분’이라 하고, 그중 이 사건 사업과 관련하여 부과된 가산세인 100원 부분)을 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다. 별지1 표 중 ⁠‘정당세액’란 기재 금액은 전체 가산세 중 이 사건 사업과 관련되어 부과된 부분을 제외한 나머지 부분이다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의

각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

   피고는, 원고가 이 사건 전체 처분 중 본세에 관하여만 심판청구를 제기하였을 뿐 가산세 부과 부분인 이 사건 처분에 대해서는 심판청구를 제기하지 않았는바, 이 사건 소는 전심절차를 거치지 않은 채 제기된 것으로 부적법하다고 본안전 항변을 한다.

   살피건대, 을 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2018. 7. 31.조세심판원에 이 사건 전체 처분 중 이 사건 종전부동산과 관련한 2013 내지 2016 사업연도 귀속 익금산입액에 대한 법인세의 취소를 구하는 심판청구를 제기한 사실이 인정된다. 여기에 앞서의 거시증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 사정들을 보태어 보면, 원고가 이 사건 처분에 관하여 적법하게 전심절차를 거쳤음이 인정된다. 따라서 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

   ① 원고는 심판청구서의 청구취지에서 이 사건 종전부동산 관련 익금산입액에 관한 ⁠“법인세”의 취소를 구한다고 명시하였는데 가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 하므로(국세기본법 제47조 제2항), 본세와 가산세 모두를 심판청구대상으로 삼은 것으로 보인다.

   ② 원고가 심판청구서에 불복대상으로 명시한 법인세액이 이 사건 사업과 관련하여 부과된 본세를 상회한다.

   ③ 원고는 심판청구 절차에서 원고가 이 사건 사업의 주체이므로 이 사건 사업 관련 손익도 법인세 과세표준에 포함되어야 하고 그와 다른 전제에서 이루어진 법인세부과처분이 위법하다는 취지로 주장하였다. 본세가 위법하여 취소될 경우 가산세 부과요건 자체가 성립하지 아니하다는 점을 보태어 보면, 피고의 주장처럼 원고가 심판청구 절차에서 이 사건 사업 관련 법인세 ⁠‘본세’에 국한하여 다툰 것으로 제한하여 보기는 어렵다.

3. 본안에 관한 판단

 가. 원고의 주장

   원고는 세법해석상 이 사건 사업 관련 손익이 원고에게 귀속되는지 여부가 불분명한 상황에서 이 사건 사업과 유사한 KK매립지 사업과 관련한 BB지방국세청장의 조사 결과 및 이 사건 종전 처분을 신뢰하여 그에 따라 이 사건 사업 관련 손익이 원고에게 귀속된다는 전제에서 2013 내지 2016 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

   이는 원고에게 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 사업 관련 익금산입액에 관하여 신고불성실, 납부불성실 등 가산세를 부과할 수 없다

나. 관계 법령

별지2 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.

다. 판단

 1) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정적 제재로서, 정당한 사유가 있는 때에는 이를 부과하지 않는다(국세기본법 제48조 제1항). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 등 참조).

 2) 앞서의 인정사실 및 거시증거에 변론 전체의 취지를 보태어 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면, 원고가 2013 내지 2016 사업연도 소득 산출시 이 사건 사업 관련 손익을 배제하여 법인세를 신고·납부하지 않았다고 하더라도 그 세법상의 의무를 게을리 하였다고 비난할 수 없는 정당한 사유가 있다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

   ① 이 사건 사업과 관련된 손익이 원고의 법인세 과세대상에 포함되는지 여부에 관하여 세법해석상 대립이 있을 수 있다. 구 혁신도시법령은 매입공공기관이 종전부동산의 매입 및 매각하는 과정에서 발생하는 손익을 특별회계로 처리하도록 규정하고 있고(구 혁신도시법 제44조, 구 혁신도시법 시행령 제41조 등 참조), 제126차 국가정책조정회의에서도 이 사건 종전부동산의 매입 및 처분에 따른 손익은 특별회계로 전입하고, 그 업무를 담당한 원고에게 성과수수료를 지급하기로 정책결정을 한 점에 비추어 보면, 국세기본법 제14조 제1항, 법인세법 제4조 제2항이 규정하는 실질과세의 원칙상 이 사건 사업과 관련하여 발생한 손익(매입자금 조달에 따른 금융비용, 이 사건 종전부동산 처분에 따른 양도손익 등)은 원고에게 귀속되지 않는다고 해석할 수 있다(이하 ⁠‘제1해석’이라 한다).

   반면, 원고가 자신의 이름과 계산으로 이 사건 종전부동산을 매입 및 처분하였고, 정부와 매입공공기관 사이의 정산은 활용계획에 따라 종전부동산의 최종매각이 완료된 시점에 정산손익에서 원고에게 지급되어야 할 성과수수료를 공제한 금액을 특별회계에 전입시키는 방법으로 이루어지는 것이 원칙인 점(혁신도시법 제44조, 구 혁신도시법 시행령 제41조, 구 종전부동산 매입공공기관 등의 손익산정 및 정산지침9) 제11조, 제15조 등 참조) 등을 고려하면, 그 정산이 이루어지기 이전까지 이 사건 사업과 관련하여 발생한 손익은 원고에게 귀속된다고 해석할 가능성도 있다(이하 ⁠‘제2해석’이라 한다).

   ② 원고는 피고가 이 사건 처분의 근거로 삼은 제1해석에 터 잡아 2012 사업연도 법인세를 신고·납부하였다. 원고는 BB지방국세청장이 KK매립지 사업에 관하여 제2해석에 기초하여 관할세무서장에게 조사결과를 통보하고, 그에 따라 관할 세무서장이 법인세 경정결정을 하자, 이 사건 사업이 KK매립지 사업과 구조가 유사하다고 판단하여 제2해석에 기초하여 2012 사업연도 법인세에 관한 경정청구를 하였고, 관할 세무서장은 위와 같은 원고의 경정청구를 받아들여 원고에게 법인세를 환급하여 주기도 하였다. 원고는 그 이후에도 위 관할세무서장의 공적 견해표명을 신뢰하여 제2해석에따른 방법으로 세무조정을 하여 2013 내지 2016 사업연도 법인세를 신고·납부한 것으로 보인다.

   ③ 원고가 1999년부터 수행하여 온 KK매립지 사업과 이 사건 사업은 ㈎ 부동산의 매입재원은 원고가 사채발행 등의 방법으로 마련하고, ㈏ 원고가 매입한 부동산에 관하여 개발 등을 거쳐 매각하며, ㈐ 부동산 매입, 매각과 관련한 회계를 원고의 고유사업과 분리하여 별도의 계정으로 관리하고, 손익을 국가재정으로 귀속시킨다는 점에서 그 내용이 유사하다. 따라서 원고가 KK매립지 사업에 관하여 그 사업과 관련된 손익을 원고에게 귀속된 것으로 보아야 한다는 BB지방국세청장 및 관할세무서장의 세법 해석을 이 사건 사업에도 적용하여 법인세를 신고·납부한 것을 원고의 귀책사유 로 세법상의 의무를 해태한 것으로 평가하기는 어렵다.

4. 결론

   그렇다면 원고의 청구는 모두 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 광주지방법원 2020. 08. 20. 선고 광주지방법원 2020구합10197 판결 | 국세법령정보시스템