요지

이 사건 매입세금계산서가 ⁠‘실물 거래없이’ 또는 ⁠‘실제 공급자가 아닌 자의 명의로’ 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 이 사건 매출세금계산서가 ⁠‘실제 공급자가 아닌 자의 명의로’ 발급된 위장발급세금계산서에 해당한다고 볼 만한 객관적인 정황이 충분히 인정된다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

1. 원고들의 피고 대한민국에 대한 청구

피고 대한민국은 원고들에게 각 5,000만 원을 지급하라.

2. 원고 주식회사 B(이하 ⁠‘원고 회사’이라고만 한다)의 피고 C세무서장에 대한 청구

가. 주위적 청구

피고 C세무서장이 원고 회사에 대하여,

1) 2018. 2. 1. 한 2014년 제1기 부가가치세 1,325,390,030원(가산세 포함, 이하 같다), 2014년 제2기 부가가치세 82,401,150원, 2015년 제1기 부가가치세 405,921,710원, 2015년 제2기 부가가치세 867,190원, 2016년 제1기 부가가치세 2,839,640원, 2016년 제2기 부가가치세 115,240,560원, 2017년 제1기 부가가치세 153,593,850원(각 가산세포함)의 각 부과처분,

2) 2018. 8. 14. 한 2013년 제1기 부가가치세 4,663,030원, 2013년 제2기 부가가치세 1,060,892,000원의 각 부과처분은 각 무효임을 확인한다.

나. 예비적 청구

피고 C세무서장이 2018. 8. 14. 원고 회사에 대하여 한 2013년 제1기 부가가치세4,663,030원, 2013년 제2기 부가가치세 1,060,892,000원의 각 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 A는 2006. 7. 28. 비철금속화합물 제조업을 목적으로 하는 원고 회사(주식회사 D에서 2012. 3. 7. 현재 상호로 변경됨)를 설립·운영하다가 2018. 12. 31. 폐업하였다. 원고 회사는 서울 **구 **동에 위치한 본사에서 기념주화, 메달 등을 생산하였고, 인천 **구에 있는 공장(이하 ⁠‘인천**공장’이라 한다)에서는 은화합물(청화은, 질산은, 은파우더 등)을 생산하였으며, 김포시 **면에 있는 공장(이하 ⁠‘김포**공장’이라 한다)에서는 지은(地銀, 순도 90%인 은을 뜻함)과 산업용 도금판 등을 생산하였다.

나. E지방국세청장은 2017. 8. 30.부터 2017. 12. 22.까지 원고 회사에 대한 1차 세무조사(대상기간: 2014. 1. 1.부터 2017. 6. 30.까지)를 실시한 결과, ⁠‘원고 회사가 ① 2014년 제1기에 F 주식회사(이하 ⁠‘F’이라 한다)로부터 지은을 실제로 매입한 바 없음에도 공급가액 합계 6,673,330,030원의 각 매입세금계산서를 수취하였고, ② 2014년 제2기 및 2015년 제1기에 주식회사 G(이하 ⁠‘G’라 한다)로부터 지은을 실제로 매입한 바 없음에도 공급가액 합계 2,589,820,000원의 각 매입세금계산서를 수취하였으며, ③ 2016년 제1, 2기 및 2017년 제1기에 사실은 종로 귀금속상가에 있는 무자료 판매처로부터 바로 주식회사 H(이하 ⁠‘H’이라 한다)에 지은이 공급되었음에도, 마치 주식회사 J금속(이하 ⁠‘J’이라 한다), 주식회사 K금속(이하 ⁠‘K’라 한다)이 원고 회사에, 원고 회사는 다시 H에 각 지은을 공급한 것처럼 가장하기 위해, J과 K로부터 공급가액 합계 5,967,211,773원의 각 매입세금계산서(이하 앞서 본 각 매입세금계산서와 함께 ⁠‘이 사건 ① 매입세금계산서’라 한다)를 수취하고, H에 공급가액 합계 7,054,332,098원의 각 매출세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발급하였다.‘는 사실을 적발하고1), 2018. 1. 8. 그 과세자료를 피고 C세무서장에게 통보하였다.

다. 이에 피고 C세무서장은 이 사건 ① 매입세금계산서에 관한 매입세액을 공제하지 않고 이 사건 매출세금계산서의 발급과 관련하여 세금계산서위장발급가산세를 부과하기로 하여, 2018. 2. 1. 원고 회사에 부가가치세 2014년 제1기분 1,325,390,030원, 2014년 제2기분 82,401,150원, 2015년 제1기분 405,921,710원, 2015년 제2기분867,190원, 2016년 제1기분 2,839,640원, 2016년 제2기분 115,240,560원, 2017년 제1기분 153,593,850원을 각 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 제1처분‘이라 한다).

라. 원고 회사는 이 사건 제1처분에 불복하여 2018. 4. 16. 조세심판원에 심판청구를하였으나, 2018. 7. 27. 기각되었다. 원고 회사는 다시 2018. 10. 31. 서울행정법원에이 사건 제1처분의 취소를 구하는 소송(2018구합83932)을 제기하였다가 2019. 7. 17.

이를 취하하였다.

마. 또한 E지방국세청장은 2018. 5. 25.부터 2018. 7. 17.까지 원고 회사에 대한 2차 세무조사(대상기간: 2013. 1. 1.부터 2013. 12. 31.까지)를 실시한 결과, ’원고 회사가 2013년 제1, 2기에 F 및 주식회사 L(이하 ⁠‘L’이라 하고, F, G, J, K와 함께 ⁠‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 지은을 실제로 매입한 바 없음에도 공급가액 합계 5,087,850,000원의 각 매입세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 ② 매입세금계산서’라 하고, 이 사건 ① 매입세금계산서와 함께 ⁠‘이 사건 각 매입세금계산서’라 한다)를 수취하였다.‘는 사실을 적발하고, 2018. 7.경 그 과세자료를 피고 C세무서장에게 통보하였다.

바. 이에 피고 C세무서장은 이 사건 ② 매입세금계산서에 관한 매입세액을 공제하지 않기로 하여 2018. 8. 14. 원고 회사에 부가가치세 2013년 제1기분 4,663,030원, 2013년 제2기분 1,060,892,000원을 각 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 제2처분‘이라 하고, 이 사건 제1처분과 함께 ’이 사건 각 처분‘이라 한다).

사. 원고 회사는 이 사건 제2처분에 불복하여 2018. 10. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 5. 1. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을가 제1, 2호증, 을나 제1 내지 4호증(가

지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 회사의 피고 C세무서장에 대한 청구에 관한 판단

가. 원고 회사의 주장

원고 회사는 이 사건 각 거래처로부터 지은을 정상적으로 매입하면서 이 사건 각 매입세금계산서를 수취하고, J·K로부터 매입한 지은을 H에 공급하면서 이 사건 매출세금계산서를 발급하였다. 그러므로 이 사건 각 매입세금계산서는 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호의 ’사실과 다른 세금계산서‘에 해당하지 않고, 이 사건 매출세금계산서는 같은 법 제60조 제3항 제3호의 ’실제로 재화 등을 공급하는 자가 아닌 자의 명의로 발급된 세금계산서‘에 해당하지 않는다. 그럼에도 피고 C세무서장이 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 처분에는 중대·명백한 하자가 있어 무효이고, 설령 그 하자의 정도가 무효에 이를 정도가 아니라고 하더라도, 이 사건 제2처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 이 사건 제1처분의 무효 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장·증명할 책임이 있다(대법원 2000. 3. 23. 선고 99두11851 판결 등 참조).

또한 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에, 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

을나 제3, 7 내지 32호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 피고 C세무서장이 이 사건 ① 매입세금계산서를 구부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 사실과 다른 세금계산서로 보아 그 매입세액을 공제하지 않은 것과 이 사건 매출세금계산서를 같은 법 제60조 제3항 제3호의 위장발급세금계산서로 보아 관련 가산세를 부과한 것에 중대·명백한 하자가 있다고 볼 수 없다. 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 2014년 제1기에 F으로부터 수취한 매입세금계산서

(1) 이 부분 세금계산서와 관련한 전단계 거래처들의 세금계산서 흐름은 다음 그림과 같다.

(2) F는 지은 등 귀금속 거래를 하는 개인사업자 M이 자신을 배후에 숨기고 법인이 실제 거래자인 것처럼 가장하기 위해 2012. 2. 6. 자신을 대표자로, 지금·지은도소매업을 주업종으로 하여 설립한 회사이다. F은 2012. 11. 27. 사업장을 서울 종로구에서 인천 **구로 이전하면서 대표자가 문○○로 변경되었고, 2013. 10. 24. 대표자가 송○○으로 다시 변경되었으나 여전히 M가 자금 관리, 매출·매입 단가 결정을 하였다. F의 총매출액은 2012년 12억 원, 2013년 29억 원에 불과하였다가 2014년 제1기에 갑자기 135억 원(매출처: 원고 회사, H)으로 급증하였고, M가 교도소에 수감된 2014. 7. 이후로는 전혀 매출이 발생하지 않다가 2015. 11. 24. 관할 세무서에 의해 직권폐업 되었다.

(3) F의 매입처인 주식회사 N, 주식회사 P(이하 위 각 회사를 ’N 등‘이라 한다)은 각각 2013년과 2014년에 실물 거래 없이 F 등에 세금계산서를 발급하였다는 조세범처벌법위반 혐의(이른바 ’자료상‘)로 서울지방국세청에 의하여 고발된 업체들이고, N 등의 매입처인 주식회사 Q과 주식회사 R(이하 위 각 회사를 ’Q 등‘이라 한다) 역시 각각 2014년에 실물 거래 없이 N 등에 세금계산서를 발급하였다는 조세범처벌법위반 혐의로 **지방국세청과 ***세무서에 의하여 고발된 업체들이며, N의 대표자인 김○○는 2016. 2.16. 서울서부지방법원에서 ⁠‘2013. 4. 16.부터 2014. 5. 8.까지 주식회사 T, 주식회사 U(이하 ’U‘이라 한다) 등 4개 업체로부터 지은을 공급받은 사실이 없음에도 공급가액 합계 31,826,020,500원 상당의 허위 세금계산서 268매를 발급받았다.’는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄로 징역 2년 6월에 벌금 32억 원을 선고받았고(2014고합375), 그 판결이 확정되었다. 또한 Q 등의 매입처인 V, 주식회사 W, X은 각 조세범칙조사 결과, 모두 실물 거래 없이 가공의 매출세금계산서만 발급하고 부가가치세를 무신고·무납부한 후곧 폐업한 이른바 ’폭탄업체‘로 확인되었다.

(4) M는 F과 같은 수법으로 주식회사 Y(이하 ’Y‘라 한다)를 실제 거래자인 것처럼 가장하여 범한 아래 범죄사실의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄로 2015. 6. 9. 서울고등법원에서 징역 3년 및 벌금 250억 원을 선고받았고(2015노57), 그 판결이 확정되었다.

M와 최○○, 강○○, 한○○, 강○○(이하 ⁠‘M 등’이라 한다)는 인적사항을 알 수 없는 지은 도매 판매상들과 함께 순차적으로 공모하여 실제 지은 등 귀금속 거래를 하는 M를 배후에 숨기고, 실거래를 가장하기 위해 Y로부터 세금계산서를 발급받은 업체들로부터 공급가액 상당액 및 부가가치세를 계좌로 송금 받아 이를 전액 현금으로 인출하여 M에게 현금으로 지급함으로써 자금의 흐름을 파악할 수 없게 한 후, 단기간 내 Y를 폐업하는 방법으로 M가 실제 공급하는 무자료 지은에 부가가치세가 부과되지 않도록 하고, M는 세금계산서 발급대가를 최○○, 강○○, 한○○, 강○○에게 지급하기로 마음먹었다. 이에 M는 인적사항을 알 수 없는 지은 도매상들로부터 무자료 지은을 수집하는 일을, 최○○은 Y의 명의상 대표를, 강○○은 최○○을 감시하거나 Y의 세금계산서 발급및 수취행위를 관리하는 일을, 한○○은 Y로 송금된 돈이 도난 되지 않도록 감시하는 일을, 강○○는 M가 수집한 무자료 지은이 도난 되지 않도록 감시하는 일을 각각 맡기로 역할을 분담하였다.

1. 2012년 제1, 2기 범행

M 등은 실제 지은의 공급 없이 2012. 5. 30.부터 2012. 12. 28.까지 주식회사 태성금속 등 6개 업체로부터 공급가액 합계 51,607,945,000원 상당의 허위 세금계산서 181매를 발급받고, Z주식회사 등 5개 업체에 공급가액 합계 51,720,735,000원 상당의 허위 세금계산서 175매를 발급하였다.

2. 2013년 제1기 범행

M 등은 실제 지은의 공급 없이 2013. 1. 16.부터 2013. 3. 27.까지 주식회사 AA(이하‘AA’이라 한다)으로부터 공급가액 합계 10,573,200,000원 상당의 허위 세금계산서 29매를 발급받고, L에 공급가액 합계 10,594,400,000원 상당의 허위 세금계산서 31매를 발급하였다.

이로써 M 등은 공모하여 영리의 목적으로 재화 또는 용역을 공급받지 아니하거나 공급하지 아니하고 공급가액 합계 124,496,280,000원 상당의 허위 세금계산서를 발급받거나 발급하였다.

나) 2014년 제2기 및 2015년 제1기에 G로부터 수취한 매입세금계산서

(1) 이 부분 세금계산서와 관련된 전단계 거래처들의 세금계산서 흐름은 다음 각 그

림과 같다.

(2) G는 2009. 3. 12. 고○○을 대표자로, 비철금속 제조업을 주업종으로 하여 설립되었다. G의 총매출은 2014년 제1기까지는 3억 원 정도였으나, 2014년 제2기 101억 원, 2015년 제1기 77억 원으로 갑자기 급증하였다.

(3) G의 매입처인 주식회사 BB, 주식회사 CC(이하 위 각 회사를 ’BB 등‘이라 한다)은 각각 2014년 제2기와 2015년 제1기에 실물 거래 없이 G에 세금계산서를 발급하였다는 조세범처벌법위반 혐의로 고발된 업체들이고, BB등의 매입처인 DD, EE, FF, GG은 각 조세범칙조사 결과, 모두 실물 거래 없이 가공의 매출세금계산서만 발급하고 부가가치세를 무신고·무납부한 후 곧 폐업한 이른바 ’폭탄업체‘로 확인되었다.

(4) G의 대표자인 고○○은 2017. 6. 1. 수원지방법원 성남지원에서 아래 범죄사실과 같은 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄로 징역 2년 6월 및 벌금 15억 원을 선고받았고[2016고합291, 2017고합25(병합)], 그 판결이 확정되었다.

다) 2016년 제1, 2기 및 2017년 제1기에 J, K로부터 수취한 매입세금계산서

(1) 이 부분 세금계산서와 관련된 전후단계 거래처들의 세금계산서 흐름은 다음 그

림과 같다.

(2) J은 정상적인 사업자로부터의 재료 매입을 의미하는 매입세금계산서 수취는 거의 없고, 매입세액 공제의 대부분을 ’재활용폐자원 매입세액공제‘(조세특례제한법 제108조)로 신고하여 왔는바, 조세범칙조사 결과 고은을 매입한 것처럼 가장하고 인적사항 등 개인정보를 불법으로 수집한 후 그 인적사항을 이용해 재활용폐자원 매입세액공제를 받고, 그 후 얼마 지나지 않은 2017. 6. 30. 직권폐업한 것으로 확인되었다. 이 부분 매입세금계산서상 J이 ’공급하는 자‘임에도 J 측 인사인 박○○, 황○○, 안○○은 세금계산서 발급에 관여하지 않았고, 오히려 원고 회사의 전무 우○○과 그 동생 우△△이사가 세금계산서 발급을 주도하였다.

(3) K는 2014. 6. 23. 원고 회사의 전무인 우○○을 대표자로, 냉동수산물 도매업을 주업종으로 하여 설립되었고, 2016. 11. 24. K의 대표자가 남○○(J의 대표자인 안○○의 고향 후배)로, 주업종이 비철금속 도매업으로 각 변경되었다가, 2018. 5.11. 직권폐업되었다. 조세범칙조사 결과 K 역시 J과 마찬가지로 고은을 매입한 것처럼 가장하고 허위 명단을 이용해 재활용폐자원 매입세액공제를 받았으며, 그 과정에 우○○이 관여한 것으로 확인되었다. 이 부분 매입세금계산서 역시 K가 아니라원고 회사의 주도로 발급되었는바, 남○○는 이와 관련하여 2017. 12. 7. 서울지방국세청 조사에서 ’K는 사실상 우○○에 의해 움직이는 법인이었고, 저는 우○○ 전무가 시키는 일만 하였습니다.‘라고 진술한 바 있다.

라) 이 사건 매출세금계산서

J의 대표자 안○○과 K의 대표자 남○○는 원고 회사 우○○의 지시에 따라 지은을 서울 종로에 있는 귀금속상가에서 무자료로 매입한 후 곧바로 H에 공급하였는바, 이와 관련하여 남○○는 서울지방국세청 조사에서 ’원고 회사가 은행 대출문제로 매출이 필요하였던 것으로 알고 있습니다. 그래서 지은 매매를 통해 매출을 확대한 것으로 알고 있고, K에서 현금으로 출금된 금액 중 일부가 우○○을 통해 원고 회사로 들어간 것으로 알고 있습니다.‘라고 진술하였다.

마) 소결

이상과 같은 사정들에 비추어 보면, 일견 이 사건 ① 매입세금계산서가 ⁠‘실물 거래없이’ 또는 ⁠‘실제 공급자가 아닌 자의 명의로’ 발급된 사실과 다른 세금계산서에 해당하고, 이 사건 매출세금계산서가 ⁠‘실제 공급자가 아닌 자의 명의로’ 발급된 위장발급세금계산서에 해당한다고 볼 만한 객관적인 정황이 충분히 인정되는바, 설령 원고 회사의 주장과 같이 위 각 세금계산서에 부합하는 실물 거래가 있었다고 하더라도, 이는 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있으므로, 이 사건 제1처분에 적어도 외관상 명백한 하자가 있다고 보기는 어렵다.

라. 이 사건 제2처분의 적법·유효 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호는 ⁠‘발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.’고 규정하고, 같은 법 제32조 제1항 제1호는 ⁠‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭’을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로, 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2007두15469 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

을나 제33 내지 49호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 ② 매입세금계산서는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호의 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로, 이와 같은 전제에서 한 이 사건 제2처분은 적법하고, 원고 회사의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 2013년 제1, 2기에 F으로부터 수취한 매입세금계산서

(1) 이 부분 세금계산서와 관련된 전단계 거래처들의 세금계산서 흐름은 다음 그림과 같다.

(2) 아래와 같은 사정들은, 이 부분 세금계산서가 실물 거래 없이 발급된 것이 아닌가 하는 의심을 불러일으키기에 충분하다.

(가) 이 부분 세금계산서는 이 사건 제1처분 시 불공제의 대상이 된 F 발급의 2014년 제1기의 매입세금계산서와 비교할 때, 같은 사업자로부터 유사한 시기(그 직전 및 전전 과세기간)에 수취한 세금계산서이다. 또한 앞서 본 바와 같이 F은 M가 자신을 배후에 숨기고 법인이 실제 거래자인 것처럼 가장하기 위해 설립된 회사이고, M는 2012년 제1기부터 2013년 제1기까지 Y 명의로 실물 거래 없이 허위 세금계산서를 수수한 범행으로 유죄의 확정판결을 받기도 하였다.

(나) F의 매입처인 L은 2004. 7. 1. 대표자를 권○○으로, 농수산물 도소매업을주업종으로 하여 설립되었다가, 2004. 12. 31. 대표자가 강○○으로, 2011. 1. 5. 주업종이 금·은·비철금속 도소매업으로 각 변경되었는데, L을 실제 운영한 사람은 강○○의 배우자인 HH이다. HH은 2014. 6. 30. 아래 범죄사실과 같은 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)죄로 공소제기되었고, 서울고등법원은 2015. 6. 12. 매입세금계산서 수취 부분에 대하여는 유죄를 인정하여 징역 2년(집행유예 3년) 및 벌금 53억 원을 선고하고, 매출세금계산서 발급 부분에 대하여는 ⁠‘검사가 제출한 증거들만으로는 해당 부분 공소사실이 합리적 의심의 여지가 없이 충분히 증명되지 않았다.’는 이유로 무죄로 판단하였으며(2015노000), 그 판결은 확정되었다(이하 ⁠‘관련 형사 확정판결’이라 한다).

(다) 원고 회사가 수취한 이 부분 세금계산서의 전단계라고 할 수 있는 L→F의 L 발급 매출세금계산서가 실물 거래 없이 발급된 허위 세금계산서라는 점에 관하여 무죄판결이 선고되기는 하였으나, 이는 여러 의심스러운 정황에도 불구하고 합리적 의심을 배제할 정도의 증명이 이루어지지 않았다는 것에 불과한 반면, L이 2013. 12. 3. YY세무서장으로부터, ⁠‘L 수취 매입세금계산서 및 L 발급 매출세금계산서가 실물 거래 없이 수수된 허위 세금계산서라는 이유로 위 매입세금계산서의 매입세액을 불공제하고, 위 매출세금계산서 발급과 관련하여 가산세를 부과’하는 2012년 제2기 및 2013년 제1기 부가가치세 부과처분을 받고, 2015. 9. 1. 의정부지방법원에 제기한 부과처분 취소소송에서, 위 법원은 2016. 8. 23. L의 청구를 기각하는 판결을 선고하면서 특히, L 발급 매출세금계산서에 대하여 아래와 같이 설시하였고(2015구합1415), 그 판결은 확정되었다(이하 ⁠‘관련 행정 확정판결’이라 한다).

(라) L의 매입처인 JJ은 E지방국세청이 실시한 조세범칙조사 결과, 대표자인 정○○가 사실상 잠적하여 연락이 되지 않았고, 그 2013년 제1, 2기 매입처 중AA, 주식회사 KK, 주식회사 LL(이하 ⁠‘LL’이라 한다) 등은 매입세액을 신고하지 않은 전형적인 폭탄업체로 확인되었으며, MM의 대표는 ⁠‘JJ과 거래를 한 적이 없다.’고 진술하는 등으로 매입자료가 불분명하여, 자료상으로확인되었다.

(마) JJ의 매입처인 주식회사 NN(이하 ⁠‘NN’이라 한다)은 2013. 4. 1. 개업하였다가 2013년 제2기에 JJ에 373,150,000원의 매출 세금계산서를 발급하였고, 부가가치세 신고 시 매입세액을 1,870,473원으로만 신고한 후 그 세금을 납부하지 않은 채 폐업하였는바, 이러한 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고 내역은 전형적인 자료상의 행태이다. 이 부분 세금계산서는 폭탄업체인 NN과 연결되어 발급된 것인데, 위 폭탄업체가 공급한 실물이 존재할 수 없으므로, 결국 이 부분 세금계산서 기재 지은의 원천은 존재하지 않는 것으로 볼 수밖에 없다.

(바) 원고 회사는 이 부분 세금계산서 기재 지은거래가 실재하였다는 점에 관한 증빙자료라고 주장하면서 일일생산일보, 일일 입출고·이동현황, 대금 송금내역 등을 제출하나, 지은거래의 최초 판매자들은 대부분 세금계산서를 발급할 수 없는 사람들이고, 이들로부터 지은을 매수한 사람은 부가가치세법상의 매입세액을 공제받기 위해 이른바 폭탄업체와 도관업체를 내세워 그 업체들로부터 지은을 공급받은 것처럼 가장하면서 폭탄업체와 도관업체를 내세운 허위 거래의 경우에도 실제 거래가 있었던 것처럼 허위의 거래명세서 등을 작성하거나 세금계산서를 발급하며 거래대금을 계좌로 송금하는 외관을 갖추는 경우가 많은 것이 지은거래 업계의 현실인 점에 비추어, 원고 회사가 제출한 관련 증빙 및 금융거래 내역만으로는 이 부분 세금계산서에 기재된 지은의 수량과 가격으로 실제 거래가 있었다고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 만한 뚜렷한 자료가 없다.

(사) 원고 회사가 지적하는 바와 같이 원고 A가 이 부분 세금계산서와 관련된 구 조세범 처벌법(2018. 12. 31. 법률 제16108호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제10조 제3항 제1호 위반에 따른 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)의 고발사건에 관하여 2019. 6. 28. 서울서부지방검찰청으로부터 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분(이하 ⁠‘이 사건 불기소처분’이라 한다)을 받은 사실은 인정된다(갑 제3호증). 그러나 원고 A의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 관하여 합리적 의심의 여지가 없을 정도로 충분한 증명이 없다는 수사기관의 판단이 있었다고 하여 증명의 정도를 달리하는 행정재판이 그러한 불기소처분의 취지에 구속된다고 할 수 없다.

(3) 설령 이 부분 세금계산서가 구 조세범 처벌법 제10조 제3항 제1호를 위반하여

‘실물 거래 없이’ 발급된 세금계산서가 아니라고 할지라도, 적어도 실제 공급하는 사업자(M)와 세금계산서상의 공급자(F)가 서로 다른 사실과 달라 앞서 본 법리에 비추어 볼 때 사실과 다른 세금계산서에 해당함은 분명하다. 이 부분 세금계산서 기재 지은이 실제 원고 회사에 공급되었다고 하더라도 앞서 본 바와 같이 그 지은의 공급자는 명의로만 이용된 F이 아니라 M 개인으로 보아야 하기 때문이다.

물론 그러한 세금계산서라고 하더라도 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없었다는 특별한 사정이 있으면 그 매입세액을 공제받을 수 있다. 그런데 그 특별한 사정에 관하여는 매입세액 공제를 주장하는 자가 주장·증명하여야 할 책임이 있는바, 원고 회사는 그러한 특별한 사정에 관하여 아무런주장을 하지 않고 있으므로 결국 매입세액 공제가 허용될 수 없다[원고 회사의 회장으로서 원고 회사를 실질적으로 지배·관리한 최○○이 E지방국세청 조세범칙조사 시한 진술(‘HH을 통해 M를 소개받아 F과 거래하게 되었다’)이나 HH이 ⁠‘최○○에게 L이 세무조사를 받고 있음을 이야기 했다’고 진술한 점, 원고 회사와 F간 지은거래가 단기간에 집중적으로 이루어진 점 등에 비추어 보면, 원고들이 제출한 증거들만으로는 그러한 특별한 사정을 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없기도 하다].

나) 2013년 제1, 2기에 L으로부터 수취한 매입세금계산서

(1) 이 부분 세금계산서와 관련된 전단계 거래처들의 세금계산서 흐름은 다음 그림 과 같다.

(2) L이 이 부분 세금계산서 발급시기와 일부 중복된 시기(2012년 제2기 및 2013년 제1기)에 다른 업체와 사이에서 실물 거래 없이 허위의 매입·매출세금계산서를 수수하였다는 점은 앞서 본 관련 형사 및 행정 확정판결을 통해 확인된다.

(3) L의 매입처인 N과 JJ이 조세범칙조사 또는 관련 형사재판(위 서울서부지방법원 2014고합000 판결 참조) 결과 허위 세금계산서 수수 혐의로 고발되거나 형사처벌 받았음은 앞서 본 바와 같고, 위 서울서부지방법원 2014고합000 판결을 통해 실물 없이 발급된 세금계산서로 확정된 것 중에는 N의 전단계 사업자인 U이 2013년 제2기 및 2014년 제1기에 N에 발급한 공급가액 합계 7,625,944,000원 상당의 세금계산서가 포함되어 있다. U의 대표자 유○○는 E지방국세청이 실시한 조세범칙조사 시 자신이 이른바 바지사장이고 세금계산서 수수거래가 가공임을 시인하였으며, 이에 허위 세금계산서 수수로 인한 조세범처벌법위반혐의로 고발되었다.

(4) N의 매입처인 LL과 U의 매입처인 PP는 각각 개업 후 공급가액 합계 14,004,864,000원(LL), 7,603,184,000원(PP)에 달하는 거액의매출세금계산서만 발급한 후 매입세액 신고는 전혀 하지 않았고, 관련 부가가치세를 납부하지 않아 개업시점으로부터 얼마 지나지 않아 단기에 직권폐업되었는바, 이러한 세금계산서 발급 및 부가가치세 신고 내역은 전형적인 자료상의 행태이다. 이 부분 세금계산서는 폭탄업체인 LL, PP와 연결되어 발급된 것인데, LL, PP가 N과 U에 공급한 실물이 존재하지 않으므로, 결국 이 부분 세금계산서 기재 지은의 원천도 존재하지 않는 것으로 볼 수밖에 없다.

(5) 원고 회사와 L 간 거래명세표와 물품인수도증명서 중 2013. 10. 18. 이후 거래분에는 인수자의 서명이 누락되어 있고, 2013. 10. 18. 전 거래분에도 일자별로 동일한 인수자의 서명 형태가 서로 달라 보이는 등으로 위 각 서류가 진정하게 작성된 것으로 보이지 않는다. 또한 계량증명서에 기재된 실중량과 물품인수도증명서 등 다른 서류에 기재된 중량이 서로 차이가 있음에도, 그 차이에 해당하는 지은의 대금에 관하여 원고 회사와 L 간 정산에 관한 약정이 있었다거나 정산이 이루어졌다는 근거를 찾을 수 없다. ⁠‘일일입출고, 이동현황’은 그 결재란이 공란으로 되어 있고, L과의 거래의 경우 담당자란에 직원 실명이 아닌 'L 직원'이라는 기재만 있다.

(6) 이 사건 불기소처분의 대상에는 이 부분 세금계산서 수취에 관한 부분도 포함되어 있고, 발급자인 L의 HH도 이 부분 세금계산서 발급에 관하여 2018. 1. 9. 춘천지방검찰청 원주지청으로부터 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 받은 사실은 인정되나, 그러한 수사기관의 판단이 있었다고 하여 증명의 정도를 달리하는 행정재판이 그러한 불기소처분의 취지에 구속된다고 할 수 없음은 앞서 F으로부터 수취한 매입세금계산서에 관한 판단 부분에서 언급한 바와 마찬가지이다.

3. 원고들의 피고 대한민국에 대한 청구에 관한 판단

가. 원고들의 주장

E지방국세청장과 피고 C세무서장이 1, 2차에 걸쳐 세무조사를 하고 이 사건 각 처분을 한 것은 아무런 근거가 없고 원고들이 제출한 여러 소명자료를 무시한 것으로서 불법행위에 해당하므로, 피고 대한민국은 그로 인해 원고들이 입은 손해를 배상하여야 할 책임이 있다.

나. 관련 법리

행정처분과 관련하여 국가나 지방자치단체의 국가배상책임이 성립하려면 그 행정처분을 담당한 공무원에게 직무집행상의 고의 또는 과실이 있어야 하고, 이때 공무원의 과실 유무는 보통 일반의 공무원에게 요구되는 객관적 주의의무를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2000. 5. 12. 선고 99다70600 판결 등 참조).

다. 구체적 판단

원고 회사가 한 지은거래과 관련하여 그 전단계 사업자가 국세청에 의해 자료상으로 확인되어 고발되거나 나아가 조세범처벌법위반죄로 유죄의 확정판결을 받은 반면, 원고들이 세무조사 과정에서 E지방국세청장 또는 피고 C세무서장에 제출한 소명자료는 그 자체로 지은 실물의 존재 또는 해당 세금계산서 기재 공급자로부터의 공급을 뒷받침하기에 충분하지 아니한바, 앞서 본 여러 객관적인 사정에 비추어, 이 사건 제1처분에 중대·명백한 하자가 있다고 볼 수 없고, 이 사건 제2처분 역시 위법사유가 되는 하자가 있다고 볼 수 없다. 그렇다면 서울지방국체청장이 원고 회사에 대하여 1, 2차 세무조사를 하고 피고 C세무서장이 이 사건 각 처분을 한 것이 원고들에 대한 관계에서 고의 또는 과실에 의한 불법행위를 구성한다고 보기는 어렵다. 원고들의 주장은 이유 없다.

4. 결론

원고들의 피고들에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2020. 11. 27. 선고 서울행정법원 2019구합74591 판결 | 국세법령정보시스템