요지

고유목적사업준비금 손금산입한도액의 전제가 되는 수익사업에서 발생한 소득의 계산에 관한 법 제24조 제2항에 따른 기부금은 법정기부금의 손금산입한도액이 아니라 비영리내국법인이 법정기부금으로 지출한 금액을 의미함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송 총비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

 피고가 2015. 12. 1. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 450,814,070원(가산세포함)의 부과처분 중 41,147,843원(가산세 포함)을 초과하는 부분, 2013 사업연도 법인세 428,763,970원(가산세 포함)의 부과처분 중 15,324,456원을 초과하는 부분 및 2014 사업연도 법인세 407,501,670원(가산세 포함)의 부과처분 중 10,854,796원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

 주문과 같다.

이 유

1. 환송 후 이 법원의 심판범위

  가. 원고는, 피고가 아래와 같은 원고의 주장과 달리 관련 법령을 해석하여 2015. 12. 1. 원고에게 2012 사업연도 법인세 450,814,070원(가산세 포함), 2013 사업연도 법인세 428,763,970원(가산세 포함), 2014 사업연도 법인세 407,501,670원(가산세 포함)을 각 경정․부과한 처분(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)은 위법하다며 이 사건 처분 중 청구취지 기재 금원을 초과하는 부분의 취소를 구하였다.

   ① 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다)

제29조 제1항은 ⁠“비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다”고 규정(이하 ⁠‘고유목적사업준비금 손금산입한도액’이라 한다)하면서 제4호에서 ⁠“제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 원칙적으로 100분의 50을 곱하여 산출한 금액”을 합산하도록 정하고 있다. 또한 같은 조 제8항은 ⁠“수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항”을 대통령령으로 정하도록 위임하였다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 이전의 것, 이하 같다) 제56조 제3항은 구 법인세법 제29조 제1항 제4호에서 ⁠“수익사업에서 발생한 소득”이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금을 손금에 산입하기 전의소득금액을 말한다)에서 구 법인세법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 구 법인세법 제13조 제1호에 따른 결손금과 ⁠“구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금(이하 ’법정기부금‘이라 한다)”을 뺀 금액을 말한다고 규정하고 있다. 그런데 구 법인세법 시행령 제56조 제3항의 괄호 밖의 부분에 규정된 ⁠“구 법인세법 제24조제2항 단서에 따른 기부금”은 ⁠“구 법인세법 제24조 제2항 단서에 의한 법정기부금 손금산입한도액”을 의미한다(이하 ⁠‘원고의 ① 주장’이라 한다).

   ② 구 법인세법 제24조 제2항 단서는 ⁠“법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조, 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 법정기부금과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액)에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액(이하 ⁠‘법정기부금의 손금산입한도액’이라 한다)을 초과하는 경우 그 초과금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다”고 규정하고 있다. 그런데 위 규정에 따라 해당 사업연도의 소득금액을 산정함에 있어 고유목적사업준비금의 성격 등에 비추어 법정기부금과 지정기부금 이외에 고유목적사업준비금도 또한 손금에 산입하기 전의 소득금액을 의미하는 것으로 보아야 한다(이하 ⁠‘원고의 ② 주장’이라 한다).

  나. 그런데 제1심법원은 원고의 ① 주장을 받아들이고 원고의 ② 주장은 배척하여 원고 일부 승소 판결을 선고하였고, 원고와 피고 모두 이에 불복하여 항소하였으나 항소기각 판결이 선고되었다. 원고와 피고는 모두 이에 불복하여 상고하였는데 대법원은피고의 상고를 받아들여 환송전 판결 중 원고의 ① 주장을 받아들인 부분은 파기하여 환송하고, 원고의 ② 주장을 배척한 부분은 정당하다며 원고의 상고를 기각하였다.

  다. 따라서 원고의 이 사건 청구 중 위 파기 부분을 제외한 나머지 부분은 환송판결에 의하여 확정되었으므로, 환송판결에서 파기된 부분, 즉 원고의 ① 주장에 해당하는 부분만 이 법원의 심판대상이 된다.

2. 처분의 경위

  이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 제1심 판결문 제2면 제14행의 ⁠“(2015. 12. 15.법률 제13555호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”, 제3면 제3행의 ⁠“(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)”, 제3면 제6행의 ⁠“(이하 ⁠‘법정기부금’이라 한다)”, 제4면 제17행(도표는 행수에서 제외한다)의 ⁠“(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)”를 각 삭제하는 이외에는 제1심 판결문의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

3. 주장 및 판단

  가. 원고의 주장

   1) 비영리법인의 고유목적사업준비금 손금산입한도액을 계산함에 있어 구 법인세법시행령 제56조 제3항의 괄호 밖의 부분에 규정된 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액에서 공제할 ⁠“구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금”은 구 법인세법 제24조 제2항 단서에 따른 ⁠“법정기부금 손금산입한도액”으로 해석하여야 한다. 그럼에도 피고가 이와 달리 ⁠“구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금”을 실제 법정기부금으로 지출한 금액으로 해석하여 부과한 이 사건 처분은 위법하므로 위와 관련된 부분은 취소되어야 한다.

   2) 설령 원고의 위 주장이 받아들여지지 않는다고 하더라도, ⁠‘법인세법 집행기준(29-56-3)’과 ⁠‘2016년 법인세 신고안내‘ 등에 구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금을 법정기부금 손금산입액으로 기재하고 있는 등 고유목적사업준비금 손금산입한도액 계산과 관련하여 세법해석상의 견해 대립 등으로 원고는 신고․납세의무의 범위를 잘못 파악한 것이므로, 원고가 그에 관하여 신고․납세를 제대로 이행하지 못한 데에는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부과 부분은 위법하여 취소되어

야 한다.

  나. 관계 법령

   이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 제1심 판결문의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

  다. 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 중 괄호 밖의 부분에 규정된 ⁠“구 법인세법 제24조 제2항에 따른 기부금”의 의미에 관한 판단

   1) 구 법인세법 제29조 제1항은 ⁠“비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업이나 지정기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 범위에서 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입한다”고 규정하면서, 제4호에서 ⁠“제1호부터 제3호까지에 규정된 것 외의 수익사업에서 발생한 소득에 원칙적으로 100분의 50을 곱하여 산출한 금액”을 합산하도록 정하고 있다. 또한 같은 조 제8항은 ⁠“수익사업에서 발생한 소득의 계산 등에 관하여 필요한 사항”을 대통령령으로 정하도록 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제56조 제3항은 ⁠“법 제29조 제1항 제4호에서 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’이란 해당 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득금액(고유목적사업준비금과 ⁠‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다)에서 법 제29조 제1항 제1호부터 제3호까지의 규정에 따른 금액 및 법 제13조 제1호에 따른 결손금과 ⁠‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’을 뺀 금액을 말한다.”라고 규정하고 있다.

   한편 구 법인세법 제24조 제1항은 ⁠“내국법인이 각 사업연도에 지출한 기부금 중 사회복지ㆍ문화ㆍ예술ㆍ교육ㆍ종교ㆍ자선ㆍ학술 등 공익성을 고려하여 대통령령으로 정하는 기부금(이하 ’지정기부금‘이라고 한다) 중 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액에 100분의 10을 곱하여 산출한 금액(이하 이 조에서 ’손금산입한도액‘이라고 한다)을 초과하는 금액“을 해당 사업연도의 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있다. 같은 항은 제1호에서 ⁠“해당 사업연도의 소득금액(제44조, 제46조 및 제46조의5에 따른 양도손익은 제외하고 ⁠‘제2항에 따른 기부금’과 지정기부금을 손금에 산입하기 전의 소득금액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)”을, 제2호에서 ⁠“‘제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금’과 제13조 제1호에 따른 결손금의 합계액”을 각 규정하고 있다. 또한 같은 조 제2항은 본문에서 다음 각 호에 따라 지출하는 기부금을 ⁠‘법정기부금’이라고 정의하면서, 단서에서 ⁠“법정기부금을 합한 금액이 해당 사업연도의 소득금액에서 제13조 제1호의 결손금을 뺀 후의 금액에 100분의 50을 곱하여 산출한 금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액은 그 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 아니한다.“라고 규정하고 있다.

   2) 이들 규정의 문언 내용과 체계, 구 법인세법 제24조 제1항 제1호와 제2호에서‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’과 ⁠‘법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금’을 구분하고 있는 점 및 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세 감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야하는 점(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 참조) 등을 종합하면, 고유목적사업준비금 손금산입한도액의 전제가 되는 ⁠‘수익사업에서 발생한 소득’의 계산에 관한 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 괄호 밖의 부분에서 말하는 ⁠‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’은 구 법인세법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금인 ⁠‘법정기부금의 손금산입한도액’이 아니라 ⁠‘비영리내국법인이 법정기부금으로 지출한 금액’을 의미하는 것으로 보아야 한다. 따라서 이를 전제로 한 이 사건 처분은 적법하다.

  라. 가산세 주장에 대한 판단

   1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세 등의 각종 의무를 위반한 경우에 개별 세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시 할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할수 없다(대법원 1996. 2. 9. 선고 95누3596 판결 참조). 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고․납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의․과실은 고려하지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2002. 4. 12. 선고 2000두5944 판결참조).

   2) 그런데 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 제29조 제1항, 제8항 및 구 법인세법 시행령 제56조 제3항에 따라 고유목적사업준비금의 손금산입한도액을 산정함에 있어 구 법인세법 시행령 제56조 제3항 괄호 밖의 부분에서 말하는 ⁠‘법 제24조 제2항에 따른 기부금’은 규정의 문언 내용과 체계, 조세법률주의 원칙 등에 비추어 ⁠‘비영리내국법인이 실제 법정기부금으로 지출한 금액’을 의미하는 것으로 해석되어야 한다. 따라서 원고가 이와 달리 ⁠‘법인세법 집행기준(29-56-3)’과 ⁠‘2016년 법인세 신고안내‘ 기재를 신뢰하여 구 법인세법 제24조 제2항에 따라 손금에 산입되는 기부금인 ⁠‘법정기부금의 손금산입한도액으로 해석하였다고 하더라도, 법인세법 집행기준은 일반적인 기본통칙으로 과세관청 내부에 있어서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 효력이 없고 관련 법령의 해석의 최종적인 권한은 사법부에 있다고 할 것이므로, 앞서 본 규정의 문언 내용과 체계, 조세법률주의 원칙 등을 자세히 살펴봄이 없이 원고에게 유리하게 기재된 법인세법 집행기준 등을 토대로만 해석하는 것에 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보이지 않는다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부과처분 부분도 적법하다.

4. 결론

  원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

출처 : 서울고등법원 2020. 07. 17. 선고 서울고등법원 2020누30353 판결 | 국세법령정보시스템