요지

양도소득세세의 신고·납부의무를 이행하지 못한 것에는 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있고, 이 사건 강제조정이 확정된때에 각 토지에 관한 새로운 매매계약이 체결되었다고 봄이 타당

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 10. 10. 원고 이MM에 대하여 한 양도소득세 가산세 66,714,302원 및농어촌특별세 가산세 3,431,142원의 부과처분, 2018. 10. 18. 원고 이JJ에 대하여한 양도소득세 가산세 25,329,690원 및 농어촌특별세 가산세 1,151,010원의 부과처분을 각 취소한다.

2. 원고들의 각 나머지 청구를 모두 기각한다.3. 소송비용 중 65%는 원고들이, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

주문 제1항 및 피고가 2018. 10. 10. 원고 이MM에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 117,890,622원 및 농어촌특별세 7,364,547원의 부과처분, 2018. 10. 18. 원고 이JJ에 대하여 한 2014년 귀속 양도소득세 44,760,012원 및 농어촌특별세 2,470,509원의부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. KK시의 협의매수 및 원고들의 보상금 수령1) 원고들은 KK시 KK동 372 답 00㎡를 비롯한 아래 ⁠[표 1] 기재 토지 지분(이하 ⁠‘이 사건 각 토지’라 한다)을 소유하고 있었다.

2) 이 사건 각 토지는 당초 개발제한구역과 자연녹지지역에 속하였는데, 중규모취락 우선해제지역으로 선정되어 2005. 5. 30. 00도 공시 제000-00호로 개발제한구역에서 해제되고 제1종 일반주거지역으로 변경된 후, KK시의 ⁠‘GB 우선해제지역 내주차장확충사업(이하 ’이 사건 공익사업‘이라고 한다)’ 지구에 편입되었다.

3) KK시장은 2007. 5.경 이 사건 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 협의를 진행하였는데, 그 보상협의 과정에서 이 사건 각 토지에 대한 개발제한구역해제와 제1종 일반주거지역으로의 변경은 이 사건 공익사업을 직접 목적으로 하여 이루어진 것으로 보아 이를 고려하지 않고, 개발제한구역에서 해제되기 전의 상태를 기준으로 이 사건 각 토지의 가액을 평가한 후, 이러한 보상가 결정 기준을 원고들에게알리고, 그 기준에 따라 이 사건 각 토지에 대하여 산정한 보상금을 제시하였다.

4) 원고들은 KK시장이 제시한 보상금을 수용하고 협의매수에 응하여(이하 ⁠‘이 사건 협의매매계약’이라 한다), 공공용지의 협의취득을 원인으로 한 KK시 명의의 소유권이전등기를 마쳐주었고, 그 보상금을 수령하는 한편, 이에 대한 2008년 귀속 양도소득세를 신고·납부하였다(이하 ⁠‘1차 신고·납부’라 한다).나. KK시에 대한 선행민사소송의 경과1) 원고들을 비롯한 이 사건 공익사업지구 내 일부 토지소유자들(이하 ⁠‘원고 등’이라고 한다)은 2009. 3. 11. KK시를 상대로 착오를 이유로 이 사건 협의매매계약을 취소하면서 주위적으로 가액반환을, 예비적으로 원물반환을 구하는 부당이득금반환청구의 조정을 신청하여 그 조정신청서 부본이 2009. 3. 16. KK시에 송달되었고, 2009. 7.17. 조정이 성립되지 아니하여 소송으로 이행되었다.

그 1심 법원(00지방법원 00지원 000가합000)은 2012. 2. 16. ⁠‘이 사건 공익사업의 시행으로 인한 이 사건 각 토지의 보상금은 개발제한구역에서 해제된 상태를기준으로 산정하여야 함에도 원고들이 KK시장이 제시한 1차 보상금이 정당하게 산정된 것으로 잘못 알고 착오로 협의취득에 응한 것이므로 이를 각 취소하되, 1. 위 .토지 및 원고 이JJ의.93), 94) 토지는 원물반환이 불가능하여 가액반환으로 이미 지급받은 1차 보상금과 정당한 보상금의 차액과 각 이에 대한 2011. 4. 13.부터 다 갚는 날까지 연 20%의 비율로 계산한 돈을 지급하고, 2. 원물반환이 가능한 원고 이JJ의 92) 토지 및 원고 이MM의 87) 내지 89) 토지에 대하여는 원고들로부터 기지급한 보상금을 지급받음과 동시에 말소등기절차를 이행하라’는 취지의 판결을 선고하였다.

2) 원고 등은 이에 대하여 항소하면서, 1. 협의매매계약이 착오를 이유로 취소되었다는 데는 다툼이 없으나, 반환할 가액은 현재의 시가를 기준으로 산정하여야 하고,

2. 1심에서 원물반환을 명한 토지에 대해서는 원물반환이 되더라도 다시 수용될 토지

이므로 이는 무용한 절차의 반복에 불과하여 사회통념상 원물반환이 불가능하다고 주

장하면서, 이 사건 각 토지의 현재의 시가에서 기왕의 보상금을 공제한 금액의 지급을

구하는 것으로 청구취지를 변경하였다.

이에 항소심(서울고등법원 00나00)은 1. 1심에서 가액반환을 명한 토지들에 관하여 항소심 당시의 시가를 감정한 뒤, 위 토지들에 관하여는 항소심 당시의 시가를 기준으로, 2. 1심에서 원물반환을 명한 토지들에 관하여는 협의매매계약일 무렵.의 감정가를 기준으로 조정금액을 산정한 후, 2014. 3. 18. ⁠‘KK시는 원고 이JJ에게 원고

이MM에게 , 그 중 1.기재 금원은 1심판결에 따른 가지급금으로 그 변제에 충당한 것으로 간주하고, 나머지 2.기재 금원은 2회 분할 지급하되, 그 중 50%는.2014. 6. 30.까지, 나머지는 2015. 1. 31.까지 각 지급한다’는 내용의 ⁠‘조정을 갈음하는결정’을 하였고, 2014. 4. 8. 위 결정이 확정되었다(이하 이를 ⁠‘이 사건 강제조정’이라고하고, 위 소송과정을 통틀어 ⁠‘이 사건 선행민사소송’이라고 한다).

다. 추가보상금의 수령과 종전 거부처분 및 환급처분

1) 원고들은 이 사건 선행민사소송의 1심 판결 선고 이후 2012. 2. 24. KK시로부터 가지급금으로 각 1심 인용액을 지급받은 다음, 2012. 3. 5. 1심에서 선임한 변호사에게 착수금과 성공사례금으로 원고 이JJ는 000,000원, 원고 이MM은 000,000원을 각 지급하였다(이하‘이 사건 소송비용’이라 한다).

2) 원고들은 2012. 3. 26. 위 각 1심 인용액을 양도가액에 가산하여 2008년 귀속 각

양도소득세의 수정신고를 하였고(이하 ⁠‘2차 신고’라 한다), 2012. 4. 25. 피고에게 ⁠‘위 양도가액에서 이 사건 소송비용을 필요경비로 공제하고 원고 이JJ에게는 2008년 귀속

양도소득세 중 00원과 농어촌특별세 00원, 원고 이MM에게는 2008년 귀속 양도소득세 중 00원과 농어촌특별세 00원을 환급하여 달라’는 취지의 경정청구를 하였다. 피고는 2012. 6. 25. 이 사건 소송비용이 양도자산의 필요경비에 해당하지 않는다는 이유로 위 각 경정청구를 거부하는 처분(이하 ⁠‘종전 거부처분’이라 한다)을 하였다.

3) 한편, 원고들은 이 사건 선행민사소송의 항소심에서 2014. 4. 8. 확정된 이 사건 강제조정 결과에 따라, 2014. 6. 24. 및 2015. 1. 23. 2회에 걸쳐 KK시로부터 각항소심 추가인용액을 수령하였고,2014. 7. 21. 및 2015. 1. 28. 위 각 금액을 가산하여 2008년 귀속 각 양도소득세의 수정신고·납부를 하였다(이하 ⁠‘3, 4차 신고·납부’라 한다). 그러나 피고는 원고들에게 부과제척기간의 도과를 이유로 원고들이 납부한 위 각 양도소득세를 환급하였다(이하 ⁠‘종전환급처분’이라 한다).

라. 2008년 귀속 양도소득세 관련 종전 거부처분에 대한 1차 행정소송의 경과1) 원고들은 2013. 2. 20. 피고를 상대로 종전 거부처분의 취소를 구하는 소(이하‘1차 행정소송’이라 한다)를 제기하였는데, 그 1심 법원(00지방법원 00구단00)은2016. 4. 29. 이 사건 소송비용이 소득세법상 양도자산의 필요경비에 해당하는 자본적지출액에 해당함을 전제로 원고들의 청구를 전부 인용하여 종전 거부처분을 취소하는판결을 선고하였다.

2) 이에 항소심(00법원 00누00)은 2016. 10. 6. 이 사건 소송비용이 필요경비에 해당하지 않음을 전제로 종전 거부처분이 적법하다고 보아 위 1심판결을 취소하고 원고들의 청구를 기각하는 판결을 선고하였는데, 그 상고심(대법원 00두00)에서는 ⁠‘이 사건 선행민사소송의 항소심에서 이 사건 강제조정에 의하여 조정이 성립하여 종전의 협의매수 보상금이 결과적으로 증액된 것으로 볼 수 있고, 이 사건 소송비용은 자산의 양도를 계기로 실현되는 양도소득을 얻기 위하여 직접 필요한 경비에해당하므로 양도자산의 필요경비에 해당한다’고 판단하여 2017. 4. 7. 원심판결을 파기하고 사건을 서울고등법원에 환송하는 판결을 선고하였다.

3) 파기환송 후 항소심(00법원 00누00)에서 원고들은 2017. 9. 28. 소취하서를 제출하였다[이는 위 대법원 판결에 앞서 피고가 2017. 4. 2.경 원고들에 대하여아래 마.항과 같은 새로운 과세처분을 하였기 때문으로 보인다].

마. 2015년 귀속 양도소득세 과세처분 및 2차 행정소송의 경과

1) 한편, 0000국세청은 2017. 2. 1.부터 2017. 2. 20.까지 양도소득세 조사를실시한 결과 ⁠‘이 사건 선행민사소송의 1심판결로 협의매매계약이 취소되어 기존의 소유권이전등기일을 양도시기로 볼 수 없고, 항소심의 이 사건 강제조정 결과에 따라 원고들이 추가보상금을 최종적으로 지급받은 2015. 1. 23.을 대금청산일로 보아야 한다’

는 이유로, 2017. 4. 2. 원고 이JJ에 대하여 2015년 귀속 양도소득세00원및 농어촌특별세 00원, 원고 이MM에 대하여 2015년 귀속 양도소득세00원 및 농어촌특별세 00원을 경정·고지하였다(이하 ⁠‘종전 과세처분’이0라 한다).

2) 원고들은 이에 불복하여 2017. 11. 28. 피고를 상대로 종전 과세처분의 취소를구하는 소를 제기하였다가(00법원 00구합00, 이하 ⁠‘2차 행정소송’이라 한다), 위 법원의 2018. 6. 14.자 조정권고안을 받아들여 2018. 7. 3. 소를 취하하였는데,그 조정권고안의 내용은 다음과 같다(이하 ⁠‘이 사건 조정권고’라고 한다).바. 관련 선행판결의 확정 및 이 사건 각 과세처분

1) 한편, 원고들의 2차 행정소송에 앞서 이 사건 선행민사소송의 공동원고들이었던 일부 소유자들이 피고를 상대로 2015년 귀속 양도소득세의 과세처분을 다투는 취소소송을 먼저 제기하였는데, 1. 그 1심(00법원 00구단00)에서는 2017. 3.31. ⁠‘이 사건 강제조정을 새로운 매매계약으로 볼 수는 없으나, 이 사건 강제조정을 통해 추가로 지급받은 금원의 합계액을 이 사건 각 토지의 양도소득으로 보아야 하고,다만 귀속연도를 2015년이 아니라 위 각 등기일이 속하는 해당 연도(2005년부터 2008년까지)로 보아야 한다’는 취지에서 피고의 처분을 취소하는 판결이 선고되었다. 2. 그러나 그 항소심(00법원 00누00)에서는 2017. 11. 15. ⁠‘이 사건 강제조정에의하여 새로운 매매계약이 체결되었다고 보아야 하고, 이 사건 각 토지에 관한 KK시명의의 소유권이전등기는 이 사건 강제조정이 확정된 2014. 4. 8.부터 유효한 등기가되었으므로, 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세의 귀속연도는 이들 무효등기가 유효한 등기로 된 날이 속한 2014년이다. 따라서 양도소득세의 귀속연도가 실제와 다르게되어 이 사건 종전 처분은 위법하다’는 취지로 피고의 항소를 기각하는 판결이 선고되었으며, 3. 이에 대한 상고(대법원00두00호)는 2018. 3. 15. 심리불속행으로 기각되어 위 항소심판결이 같은 날 확정되었다(이하 위 항소심판결을 ⁠‘관련 선행판결’이라 한다).

2) 이에 따라 피고는 원고들과 KK시 사이의 민사조정결정 확정일이 속하는2014. 4. 8.을 양도시기로 보고, 양도소득세의 귀속시기를 2014년으로 경정하여 1.2018. 10. 10. 원고 이MM에 대하여 2. 2014년 귀속 양도소득세 00원 및 가산세00원 2. 농어촌특별세 0원 및 가산세 0원, 3. 2018. 10. 18. 원고 이JJ에 대하여 1.2014년 귀속 양도소득세 0원 및 가산세0원 2. 농어촌특별세0원 및 가산세 0원을 각 결정·고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 과세처분’이라 한다).3) 원고들은 이 사건 각 과세처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나,

조세심판원은 2019. 4. 10. 원고들의 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,

이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 사실상 조정의 효력 및 신뢰보호의 원칙 위반

가) 피고는 종전 과세처분에 대한 2차 행정소송에서 2018. 6. 14.자 조정권고안을 수용하였다. 이러한 사실상 조정은 행정소송법 제8조에 따라 준용되는 민사소송법제145조 제1항, 제136조에 의한 화해의 효력이 있고, 그렇지 않더라도 공법상 화해계약으로서 구속력을 갖는다. 그런데 피고는 또다시 종전의 과세처분과 동일한 사실관계를 이유로 이 사건 각 과세처분을 하였는바, 이는 위와 같은 화해 또는 공법상 화해계약에 효력에 반하는 위법한 처분이다.

나) 또한 피고가 2차 행정소송에서 이 사건 조정권고를 수용하여 종전의 과세처분을 취소한 것은 행정청의 공적 견해표명에 해당하고, 원고들이 이러한 견해표명을신뢰하여 소를 취하하였고 이러한 신뢰에 원고들의 귀책사유가 없으므로, 위와 같은견해표명에 반하는 이 사건 각 과세처분은 신뢰보호의 원칙에 위배된다.

2) 양도소득의 귀속시기에 관한 법리오해

가) 원고들이 제기한 1차 행정소송의 대법원 판결에서는 이 사건 선행민사소송의 실질이 보상금증액소송과 동일한 성격을 갖는다고 판시하였고, 이 사건 각 토지에대한 소유권이전등기일은 2008. 5.경 또는 6.경이므로, 이 사건 각 토지의 양도 시기는그 토지가 수용된 때인 협의매수 완료일 또는 2008. 5.경 또는 6.경으로 보아야 한다.

나) 토지보상법상 사업시행자는 협의매수가 완료된 날에 수용 토지의 소유권을취득한다고 보아야 하고, 보상금증액소송의 성격을 갖는 이 사건 선행민사소송에서 보상금액이 증액되었다고 하여 그 이전에 이루어진 KK시 명의의 소유권이전등기가 소급하여 유효로 된다고 볼 수 없다.

다) 피고는 2014년 및 2015년경 이 사건 각 토지의 양도시기가 2008년임을 전제로 부과제척기간이 도과하였다고 보아 원고들이 신고·납부한 양도소득세를 환급하는처분을 하거나, 2차 행정소송에서 양도소득세의 귀속시기를 원고들이 추가보상금을 수령한 2015. 1.경이라고 주장하기도 하였다. 이 사건 각 과세처분은 위와 같은 피고의선행주장과도 모순될 뿐 아니라 이 사건 선행민사소송이 보상금증액소송의 성격을 가진다고 본 1차 행정소송의 대법원 판결과도 배치되어 위법하다.

3) 가산세 부과의 위법 이 사건 각 과세처분 중 가산세를 부과한 부분은 피고의 환급결정 및 2차 행정소송의 경과 등에 비추어 원고들에게 납부의무를 이행하지 않은데 정당한 사유가 있으므로 국세기본법 제48조에 따라 면제되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 사실상 조정의 효력위반 주장에 대한 판단

가) 행정소송법 제8조 제2항은 행정소송에 관하여 이 법에 특별한 규정이 없는사항에 대하여는 민사소송법 등을 준용한다고 정하고 있으나, 행정소송은 권리구제기능뿐만 아니라 행정통제기능도 수행하고 있고, 공익을 위해 특수한 규율을 할 필요가 있으므로 민사소송법상 청구의 인낙, 포기, 화해 등 그 성질상 민사소송법 규정을 그대로준용할 수 없는 경우가 존재한다. 특히 항고소송은 행정청의 권력적인 행정작용으로서처분 등이나 부작위에 대하여 제기하는 소송이므로, 그 공익성에 비추어 민사소송법상

화해에 관한 규정이나 민사조정에 관한 법 규정이 그대로 준용된다고 볼 수 없다.

나) 나아가 앞서 본 증거 및 인정사실 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은사정들을 종합하여 보면, 관련 선행판결의 취지에 따라 그 귀속년도를 2014년으로 경정하여 이루어진 이 사건 각 과세처분이 이 사건 조정권고안의 내용과 배치된다거나모순된다고 보기도 어렵다.

1.2018. 6. 14.자 이 사건 조정권고안의 내용은 이 사건 각 토지의 양도시기가 2015년임을 전제로 이루어진 종전 과세처분을 취소하고 원고들은 이에 대한 취소소송을 취하하는 내용일 뿐, 2014년을 귀속년도로 하는 이 사건 각 과세처분을 하지않겠다는 내용이 포함되어 있지는 않다.

2. 원고들과 피고 사이의 2차 행정소송이 진행되던 중 선고된 관련 선행판결에서 원고들과 KK시 사이에 있었던 선행민사소송과 동일한 사안에 대하여 그 양도소득세의 귀속시기를 이 사건 강제조정이 성립된 2014년으로 보아 피고의 2015년 귀속양도소득세 부과처분을 취소하였고, 이러한 선행판결이 상고기각으로 확정되었다. 이에따라 피고로서는 원고들에 대하여도 양도소득세의 귀속시기가 2015년임을 전제로 했던 종전 과세처분을 직권 취소하고 그 귀속시기를 2014년으로 경정하여 재처분할 필요가 있었다.

3.피고가 종전 과세처분을 직권취소 또는 경정할 경우 원고들이 제기한 2차행정소송은 결국 권리보호의 이익이 없게 될 것이어서 결과적으로 이 사건 조정권고안.을 수용한 것과 어떠한 차이가 발생하였다고 보기 어렵다.

다) 따라서 2차 행정소송에서의 조정권고안의 내용이 이 사건 각 과세처분과배치된다거나 피고가 위 조정권고안을 수용한 것이 더 이상 양도소득세 과세처분을 하지 않겠다는 등의 공적 견해를 표명한 것임을 전제로 하는 원고들의 주장은 더 나아가살필 필요 없이 이유 없다.

2) 양도소득의 귀속시기에 관한 판단

가) 협의매매계약의 효력 및 새로운 매매계약의 성립여부

앞서 본 바와 같이 이 사건 협의매매계약이 원고 등이 KK시를 상대로 제기한 이 사건 선행민사소송에서 착오를 이유로 2009. 3. 16. 적법하게 취소된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 이 사건 각 토지에 관하여 KK시 명의로 경료된 소유권이전등기 역시 소급적으로 무효가 된다고 보아야 한다.한편, 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 각사정을 종합하여 보면, 원고들과 KK시는 이 사건 강제조정을 수용하였고, 그러한 의사에는 이 사건 선행민사소송에서 취소되어 무효가 된 종전 협의매매계약을 추인하면서 다만 이 사건 각 토지들에 관한 매매대금을 증액하기로 하는 새로운 매매계약을 체결하기로 하는 묵시적인 의사의 합치가 포함되어 있다고 볼 수 있다. 민법 제139조 단서에 의하면 당사자가 무효임을 알고 추인한 때에는 새로운 법률행위로 보도록 규정되어 있으므로, 결국 이 사건 강제조정이 확정된 2014. 4. 8. 원고들과 KK시 사이에는이 사건 각 토지에 관한 새로운 매매계약이 체결되었다고 봄이 타당하다(한편 위와 같은 해석이 1차 행정소송에서의 대법원 00두00 판결의 판단과 배치된다고 보기도어렵다).

1.원고 등은 이 사건 선행민사소송을 제기하면서 주위적으로 원물반환이 아닌 가액반환을 구한 점, 1심에서 원물반환의 대상이던 토지 소유자들은 항소심에서 원물반환 되더라도 원래의 용도로 사용할 수 없고 다시 수용되어 무용한 절차의 반복이될 것이므로 사회통념상 원물반환이 불가능한 것으로 보아야 한다고 주장하면서 가액반환을 구한 점, 원고들은 그 1심 판결금을 가지급금으로 지급받은 후 2008년 귀속 양도소득세에 대하여 수정신고를 하였는바, 이와 같이 원고들도 종전 협의매매계약을 취소한 후에도 토지의 양도 자체는 유효하다는 전제에서 행위를 한 점, 이 사건에서도원고들은 위 선행민사소송의 성격이 보상금증감소송의 성격을 가짐을 전제로 주장하고있는 점 등 비추어 원고 등은 토지의 원물반환보다는 토지에 대한 적정한 대금을 지급받는 데에 더 관심이 있었다고 보인다.

2. 원고들이 당초 이 사건 각 토지가 공익사업에 제공되는 것의 당부가 아니.라 보상금의 액수에 대하여만 다투면서도 그 대금의 증액을 구하는 소송형태가 인정되지 아니하자 소송기술상으로 협의매매계약의 취소와 함께 부당이득의 가액반환을 구하는 소송형태를 택한 점, 이 사건 각 토지는 공익사업에 제공되어 원상회복이 현실적으로 어려웠고, 원고 등도 이러한 사정 때문에 위 소송에서 원상회복에 갈음하는 가액반환을 주위적으로 청구하는 등 분쟁의 실질은 원고 등과 KK시 사이에서 이 사건 각토지가 공익사업에 그대로 제공됨을 전제로 그 보상금 산정의 적정성 여부에 있던 것으로 보이는 점도 위 1항의 근거를 뒷받침한다.

3 KK시는 원물반환 가능 여부와 관계없이 모든 토지 소유자들에 대하여

토지의 시가와 기지급금의 차액 상당액을 지급하는 내용의 이 사건 강제조정에 동의하였는바, KK시도 토지의 반환보다는 적정한 대금을 지급하고 토지의 소유권을 취득하 는 것에 대하여 토지 소유자들과 이해를 같이 한 것으로 보인다.

4. 원고들과 KK시의 진정한 의사는, 종전 협의매매계약이 수용절차에서 이

루어졌는데 보상금의 액수에 관한 착오 이외에는 수용절차상 다른 하자는 없었으므로,

더는 소모적인 분쟁을 그치고 그 협의매매계약에 따라 기왕에 이루어진 토지의 소유관

계는 그대로 유지하되 그 대금만 추가보상금만큼 증액하기로 한 것으로 볼 수 있다.

5.이 사건 각 토지가 멸실 등으로 존재하지 아니하게 된 것이 아닌 이상, 당

초 협의매매계약 체결 당사자 사이에서는 다시 토지의 현실적인 점유⋅이용상황을 감

안하여 이 사건 각 토지를 매매의 목적물로 삼을 수 있을 것이므로 이들 토지에 관한

새로운 매매계약도 체결할 수 있다고 보아야 한다.

나) 이 사건 각 토지에 관한 소유권이전등기의 효력

처음부터 무효인 등기가 후에 실체적 유효요건을 충족한 경우 또는 처음에는

유효하던 등기가 후에 실체관계의 소멸로 무효로 된 경우, 이러한 무효 등기의 유용은

그 등기를 유용하기로 하는 합의가 이루어지기 전에 등기상 이해관계가 있는 제3자가

생기지 않은 경우에 한하여 허용되고(대법원 2009. 2. 26. 선고 2006다72802 판결 등

참조), 실체적 유효요건의 흠결이 있어 무효인 등기가 그 후에 등기에 대응하는 실체관계가 존재하게 된 때에는 그 후부터는 유효한 등기가 된다(대법원 1970. 12. 24. 선고70다1630 판결 등 참조).

앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음의 사정, 즉

원고들은 이 사건 선행민사소송을 통하여 대금 액수의 증액을 의도하였을 뿐 이 사건

각 토지의 원상회복을 원한 것은 아닌 점, KK시는 원고들에게 협의매매계약 체결 시이미 보상금을 지급하였고, 이 사건 선행소송의 1심판결 선고 후 가지급금을 지급하는

등으로 대금의 상당 부분을 지급한 점, 원고들은 이 사건 강제조정결정 확정 과정에서

대금이 청산될 때까지 소유권이전을 유보한다는 의사를 달리 표시한 바 없고, 실제로

KK시가 등기명의를 보유하면서 이 사건 각 토지를 계속하여 점유․사용한 점 등에

비추어 보면, 원고들과 KK시가 이 사건 강제조정결정을 수용함으로써 이 사건 각 토

지에 관하여 새로운 매매계약을 체결하고자 한 의사에는 KK시 앞으로 마쳐진 소유권

이전등기에 대하여 무효등기를 유용하기로 하는 묵시적 합의도 당연히 포함되어 있다 고 할 것이다. 따라서 이러한 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 이 사건 각 토지에

관한 KK시 명의의 소유권이전등기는 이 사건 협의매매계약의 취소로 인하여 소급적 으로 무효로 되었으나, 이 사건 강제조정결정이 확정된 2014. 4. 8.부터 유효한 등기가되었다고 보아야 한다.

다) 이 사건 각 토지의 양도시기 및 양도소득의 귀속연도

1.구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제96조

제1항, 제98조, 소득세법 시행령 제162조 제2호에 의하면, 자산의 양도가액은 그 자산

의 양도 당시의 양도자와 양수자 간에 실제로 거래한 가액에 따르고, 자산의 양도차익 을 계산할 때 그 양도시기는 대금을 청산한 날로 하되, 대금을 청산하기 전에 소유권

이전등기를 한 경우에는 등기부에 기재된 등기접수일로 한다.

2. 앞서 본 바와 같이 새로운 매매계약에 따른 대금청산은 2015. 1. 31.경 이

루어졌고, 이 사건 각 토지에 관한 KK시 명의의 소유권이전등기는 2014. 4. 8.부터

유효한 등기가 됨으로써 결과적으로 대금을 청산하기 전에 이루어진 것으로 보아야 하

므로, 이 사건 각 토지의 양도에 따른 양도차익을 계산할 때 양도시기는 2014. 4. 보아야 한다.

3. 따라서 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세의 귀속연도는 대금청산일이

속한 2015년이 아니라 이들 무효등기가 유효한 등기로 된 날이 속한 2014년이 된다.

라) 소결론

따라서 이 사건 각 토지 양도소득의 귀속연도가 2014년임을 전제로 한 이 사

건 처분은 적법하므로 이와 전제를 달리하는 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 가산세 부분에 대한 판단

가) 가산세는 과세권의 행사와 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세

의무자가 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따

라 부과하는 행정적 제재로서, 그 의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있는 때

에는 본세 납세의무가 있더라도 가산세는 부과하지 않는다(국세기본법 제2조 제4호,

제47조, 제48조, 대법원 2018. 11. 29. 선고 2015두56120 판결 등 참조). 따라서 단순

한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등 으로 납세의무자가 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정

당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 의무 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고

하는 사정이 있을 때 등 납세의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는

경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등 참조).

나) 피고가 이 사건 각 과세처분 당시 2018. 10. 10. 원고 이MM에 대하여

양도소득세 가산세 000원) 및 농어촌특별세 가산세00원, 2018. 10. 18. 원고 이JJ에 대하여 양도소득세 가산세 00원 농어촌특별세 가산세 00원(이하 ⁠‘이 사건 각 가산세’라 한다)을 부과한 사실은 앞서 본 바와 같다.

다) 그런데 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음 과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고들이 이 사건 각 토지에 관한 양도소득세 등 본

세의 신고·납부의무를 이행하지 못한 것에는 그 의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사

유가 있다고 봄이 타당하다.

1. 가산세의 종류에 따라서는 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위

반에 대한 제재로서 부과되는 가산세도 있으나, 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정 에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지

과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 무신고·과소

신고·납부불성실 가산세 등은 신고·납부할 본세의 납세의무가 인정되지 아니하는 경우 에 이를 따로 부과할 수 없다(대법원 2018. 11. 29. 선고 2015두56120 판결, 대법원

2019. 2. 14. 선고 2015두52616 판결 등 참조). 이 사건 선행민사소송에서 협의매매계약이 취소되고 가액반환에 따른 추가보상금이 확정되기까지의 과정 등에 비추어 보면,2014. 4. 8.경 이 사건 강제조정결정이 확정되기 전까지는 본세인 양도소득세의 세액이유효하게 확정되어 있었다고 볼 수도 없으므로, 신고 및 납부불성실 가산세에 해당하는 이 사건 각 가산세도 부과할 수 없는 경우에 해당한다.

2. 이 사건 선행민사소송 이후 이 사건 각 토지의 양도시기와 관련하여 ⁠‘이사건 강제조정 성립에 따라 새로운 매매계약의 체결이 인정되고 무효등기의 유용 법리 에 따라 위 강제조정 시점을 기준으로 양도소득의 귀속시기가 확정된다’는 취지의 관련선행판결이 2018. 3.경 심리불속행 상고기각으로 확정되기까지 오랜 시간이 소요되었다.

피고 또한 관련 선행판결의 확정에 따라 2018. 10.경에서야 비로소 2014년을 귀속연도로 하는 이 사건 각 과세처분을 하면서 이 사건 각 가산세를 부과하는 처분을 하였다.

3. 앞서 본 여러 소송의 경과와 같이 관련 선행판결 이전에는 이 사건 선행민사소송과 같은 경우 양도시기에 관한 명확한 판례가 없어 세법의 해석상 견해의 대립이

있었다고 할 수 있고, 피고도 원고들에 대하여 수차례 상이한 처분을 하는 등 이 사건

양도소득세의 귀속시기에 관하여 일관되고 통일된 해석을 하지 못하였다.

4.원고들은 협의매수계약에 따라 이 사건 각 토지에 관하여 수령한 1차 보

상금에 대하여 각 양도소득세의 신고·납부를 하고, 그 후 선행민사소송에 따라 수령한

추가보상금에 대하여도 수차례에 걸쳐 각 양도소득세의 신고·납부를 하는 등 나름대로

납세의무를 다하기 위하여 최선의 노력을 한 것으로 보인다.

5. 원고들은 2014~2015년경 양도소득세를 신고·납부하였다가 부과제척기간이

도과하였다는 이유로 피고로부터 기납부한 세액을 환급받기도 하였는바, 원고들로서는

더 이상 납세의무가 없다고 생각할 수도 있는 충분한 사정에 해당한다.

라) 따라서 이 사건 각 과세처분 중 각 가산세에 해당하는 부분, 즉 원고 이MM에 대한 양도소득세 가산세 000원 및 농어촌특별세 가산세000원, 원고

이JJ에 대한 양도소득세 가산세 000원 및 농어촌특별세 가산세 00원

의 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다. 원고들의 이 부분 주장은 이유 있다.

3. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 위 각 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 각 나

머지 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2020. 08. 13. 선고 수원지방법원 2019구합68610 판결 | 국세법령정보시스템