요지

이 사건 비교 대상 부동산의 각 임대사례가액은 원고의 이 사건 부동산 및 이 사건 토지 임대차계약 거래와 유사한 상황에서 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하는 것으로 봄이 상당하다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2018. 1. 2. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)의 부과처분 중 000원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 별지 ⁠[표] ⁠‘부과세액’란 기재 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘원고 주장 정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 자동차 판매 및 알선, 중고자동차 매매 및 알선 등을 목적으로 하는 법인으로 1996년부터 차량을 수입하는 CCCCCCCC 주식회사로부터 차량을 매입하여 국내소비자에게 판매하고 있다.

  나. 원고는, 2001년부터 대표이사인 QQQ과 그 형제자매들(WWW, QQA, QQB, QQC, 이하 ⁠‘WWW 외 3인’이라 한다) 및 친척들(WWA, WWB, WWC, WWD, WWE, 이하 ⁠‘WWA 외 4인’이라 한다)이 공유하고 있는 PP Y구 RR동3가 7-275(2,095.7㎡), 7-288(4,122㎡), 7-321(1,071.7㎡), 7-324(1,290.1㎡), 7-342(361.7㎡), 7-355(17.4㎡), 7-356(78.1㎡), 7-360(82.5㎡), 7-361(14.6㎡), 7-362(12.1㎡) 각 토지(이하 위 각 토지를 합하여 ⁠‘이 사건 RR동 토지’라 하고, 위 각 토지와 그 지상건물을 합하여 ⁠‘이 사건 RR동 부동산’이라 하며, 이 사건 RR동 토지에 대한 QQQ 등의 지분별 보유면적은 아래 ⁠[표 1] 및 ⁠[표 2] 기재와 같은데, 그 중 QQQ과 WWW 외 3인이 보유한 아래 ⁠[표 1] 기재 각 토지 면적 합계 2,609.5㎡ 부분을 ⁠‘쟁점1 토지 부분’, 아래 ⁠[표 2] 기재 각 토지 중 QQQ과 WWW이 보유한 지분에 해당하는 면적 합계 912.5㎡ 부분을 ⁠‘쟁점2 토지 부분’, 아래 ⁠[표 2] 기재 각 토지 중 WWA 외 4인이 보유한 지분에 해당하는 면적 합계 4,155.6㎡ 부분을 ⁠‘쟁점 3 토지 부분’이라 한다)를 임차하여 PP서비스센터 및 중고차 매장 부지 등의 용도로 사용하고 있고, 2008. 3. 20. QQQ으로부터 SS시 GGG구 HH동 825-10 토지(이하 ⁠‘이 사건 HH동 토지’라 한다)를 임차하여 GG서비스센터 부지 등으로 사용하고 있다.

[표 1]

(단위: ㎡)

[표 2]

(단위: ㎡)

  다. □□지방국세청장은 2016. 1. 13.부터 2016. 4. 4.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과, 원고가 특수관계자로부터 아래 ⁠[표 1] 기재와 같이 이 사건 RR동 부동산, 이 사건 HH동 토지 및 PP ZZ구 NN동 556-2, 556-3, 556-6, 556-7 각 토지(이하 위 각 토지를 합하여 ⁠‘이 사건 NN동 토지’라 한다)를 고가로 임차하여¹⁾ 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인대상에 해당하는 것으로 보아 아래 ⁠[표 1] ⁠‘비교방법’란 기재 각 방법에 따라 산정한 시가를 초과하는 임차료에 대하여 손금불산입 후 기타사외유출로 소득처분하여, 2016. 3. 28. 원고에게 2010 사업연도 법인세 000원(가산세 포함, 이하 같다)을 결정․고지하고, 2016. 5. 9. 원고에게 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지 각 법인세 합계 000원이 부과될 예정이라는 세무조사결과를 통보하였다. 한편, 피고는 이 사건 RR동 부동산과 관련하여 2010 사업연도부터 2012 사업연도까지는 아래 ⁠[표 2] 기재 PP Y구 RR동3가 7-320, 7-341, 7-354, 7-358 각 토지 및 그 지상 건물(이하 ⁠‘이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1’이라 한다)의 임대차 계약을, 2013 사업연도 및 2014 사업연도에 대해서는 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1 및 아래 ⁠[표 2] 기재 PP Y구 RR동3가 39-2, 39-3, 39-4, 39-20 각 토지(이하 ⁠‘이 사건 RR동 비교 대상 부동산 2’라 한다)의 임대차 계약을 각 임대사례로 보아 산정한 시가를 기준으로 고가임차 여부를 판단하고, 고가임차금액을 산정하였다.

[표 1]

[표 2]

  라. 원고는 2016. 5. 9. 국세청장에게 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지 각 법인세 세무조사결과통지에 대하여 과세전적부심사를 청구하였는데, 국세청장은 ⁠‘이 사건 NN동 토지의 고가임차금액은 PP ZZ구 NN동 556-2, 556-7 각 토지의 감정평가액을 시가로 보아 산정하고, 이 사건 HH동 토지의 고가임차금액은 SS시 GGG구 HH동 825-8 토지(이하 ⁠‘이 사건 HH동 비교 대상 부동산’이라 한다)의 임대사례가액을 시가로 보아 산정하는 것으로 법인세 과세표준과 세액을 재계산하고, 원고의 나머지 심판청구는 기각한다‘고 결정하였다.

  마. 이에 따라 피고는 2016. 10. 11 원고에게 아래 표 기재와 같이 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지 각 법인세 합계 000원 결정․고지하였다[한편, 위 법인세 고지세액은 원고의 차량판매대금 중 영업사원할인액(영업사원이 대납한 가액)이 부가가치세 과세표준에 포함되는 것으로 보아 2011년 제2기부터 2014년 제2기까지 각 부가가치세 합계 000원의 부과처분(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’이라 한다)을 하면서, 부가가치세 예수금에 대한 법인세 손금산입이 함께 이루어져 산정된 것이다].

  바. 원고는 2016. 6. 27. 조세심판원에 피고의 위 2010 사업연도 법인세 000원의 부과처분에 대하여 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2017. 10. 27. ⁠‘이 사건 NN동 토지의 고가임차금액은 PP ZZ구 NN동 556-2, 556-7 각 토지의 감정평가액을 시가로 보아 산정하고, 이 사건 HH동 토지의 고가임차금액은 이 사건 HH동 비교 대상 부동산의 임대사례가액을 시가로 보아 산정하는 것으로 법인세 과세표준과 세액을 재계산하고, 원고의 나머지 청구는 기각한다’고 결정하였고, 이에 따라 피고는 2017. 11. 13. 원고에 대한 2010 사업연도 법인세 중 000원을 감액경정 하였다(위와 같이 감액경정 된 후 남은 세액은 000원이다).

  사. 원고는 2016. 12. 30. 조세심판원에 피고의 위 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지 각 법인세 부과처분에 대하여 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2017. 12. 13. ⁠‘2013 사업연도 및 2014 사업연도 각 법인세 중 PP Y구 RR동3가 7-275, 7-288, 7-324, 7-356, 7-360 각 토지 4,155.71㎡(쟁점3 토지 부분)에 대한 임차료는 부당행위계산부인 대상에 해당하지 아니하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 원고의 나머지 청구는 기각한다’고 결정하였다.

  아. 한편, 원고는 이 사건 부가가치세 부과처분에 불복하여 2016. 12. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2017. 12. 11. 영업사원할인액(영업사원입금액)은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 것으로 보아 원고의 위 심판청구를 인용하는 결정을 하였다.

  자. 이에 따라 피고는 이 사건 부가가치세 부과처분을 취소하면서 위 부과처분 당시 손금산입 하였던 부가가치세 예수금에 대하여도 손금산입을 취소하게 되었고, 2018. 1. 2. 아래 표 기재와 같이 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지 법인세를 증액경정 하였다(이하 위와 같이 증액경정이 이루어진 별지 ⁠[표] 기재 2011 사업연도부터 2014 사업연도까지 각 법인세 부과처분 및 위 바.항 기재와 같이 감액경정이 이루어진 별지 ⁠[표] 기재 2010 사업연도 법인세 부과처분을 합하여 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

(단위 : 원)

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 7호증, 을 제2 내지 7, 19호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    1) 원고는 2010년 이전부터 이 사건 RR동 토지 전부를 PP서비스센터 및 중고차 전시장 부지 등으로 사용하여 왔고, QQQ은 원고에게 이 사건 쟁점2 토지 부분 912.56㎡를 임대하면서 이 사건 쟁점3 토지 부분을 WWA 외 4인으로부터 임차하여 이를 쟁점2 토지 부분과 함께 원고에게 임대하였는바, 2010 사업연도부터 2012 사업연도까지에 해당하는 기간 동안 원고와 QQQ 사이에 체결된 쟁점2 토지 부분 관련 임대차계약의 목적물에는 쟁점2 토지 부분 외에 쟁점3 토지 부분도 포함된 것으로 보아야 하고, 쟁점2 토지 부분 면적 912.56㎡가 아닌 쟁점2, 3 각 토지 부분 면적 합계 5,068.1㎡¹⁾(쟁점2 토지 부분 면적 912.5㎡ + 쟁점3 토지 부분 면적 4,155.6㎡)를 기준으로 할 경우 부당행위계산부인의 대상이 되는 고가임차에 해당하지 않는다.

    2) 부동산의 경우에는 토지의 면적, 형상, 위치, 계약기간 등에 따라 임차료가 크게 달라질 수 있는바, 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1 및 이 사건 HH동 비교 대상 부동산의 임대사례가액은 이 사건 RR동 부동산 및 이 사건 HH동 토지의 고가임차 여부 및 고가임차금액 산정의 기준이 되는 시가로 보기 어렵고, 이 사건 RR동 토지 및 이 사건 HH동 토지의 감정평가금액을 기준으로 고가임차 여부 및 고가임차금액을 산정하여야 한다.

    3) 피고가 2018. 1. 2. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 000원의 증액경정은 그 부과제척기간 5년을 도과하여 이루어졌다.

    4) 이에 따라 원고의 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 각 법인세 정당세액을 산정하면 별지 ⁠[표] ⁠‘원고 주장 정당세액’란 기재와 같으므로, 이 사건 각 처분 중 이를 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

  나. 관계 법령

  별지 기재와 같다.

  다. 인정사실

    1) 이 사건 RR동 토지와 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1 및 이 사건 HH동 토지와 이 사건 HH동 비교 대상 부동산의 위치와 형상은 아래 도면과 같다.

[이 사건 RR동 토지 및 비교 대상 부동산 1]

[이 사건 HH동 토지 및 비교 대상 부동산]

    2) 이 사건 RR동 부동산에 관한 원고의 임대차계약 체결 내역은 아래 표 기재와 같고, 위 부동산은 현재까지 원고의 PP서비스센터 및 중고차 전시장과 그 관련 부지 등으로 사용되고 있다.

    3) 이 사건 HH동 토지에 관한 원고의 임대차계약 체결 내역은 아래와 같고, 이 사건 HH동 토지는 현재까지 원고의 GG서비스센터 및 그 관련 부지로 사용되고 있다.

    4) PP Y구 RR동3가 7-324 지상 PP서비스센터 건물 바로 위쪽에 ⁠‘기아오토큐 동서자동차 정비센터‘ 부지로 이용 중인 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1이 위치하고 있는데, 그 임대차계약 체결 내역은 아래와 같다.

5) 이 사건 HH동 토지 아래 길 건너로 ⁠‘**** EE점’ 부지로 이용 중인 이 사건 HH동 비교 대상 부동산이 위치하고 있는데, 그 임대차계약 체결 내역은 아래와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제7, 18호증, 을 제8, 10 내지 14, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

  라. 판단

    1) 이 사건 제2임대차계약의 목적물 관련

    살피건대, 위 인정사실에 갑 제3호증, 을 제8, 11, 13, 14, 16, 17호증 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 제2임대차계약의 목적물은 쟁점2 토지 부분 912.5㎡에 그치는 것으로 봄이 상당하고, 원고가 주장하는 사정 및 제출한 증거만으로는, 이를 초과하여 위 임대차계약의 목적물에 쟁점3 토지 부분 4,155.6㎡까지 포함된다고 할 수는 없다. 따라서 이 사건 제2임대차계약의 목적물이 쟁점2 토지 부분 912.55㎡ 및 그 지상 건물임을 전제로 하여 이루어진 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

       ① 처분문서의 진정성립이 인정되는 이상 법원은 반증이 없는 한 그 문서의 기재내용에 따른 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하는데, 원고와 QQQ이 2008. 7. 30. 이 사건 제2임대차계약을 체결하면서 작성한 임대차계약서에는 목적물이 RR동 7-275 내 2층 건물 101평 및 대지 199평으로 명시되어 있다. 또한 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 받은 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다고 할 것인데, 원고에 대한 피고의 세무조사 과정에서 원고의 전무 이**는 PP Y구 RR동3가 7-275 토지와 관련한 임대차계약의 목적물 면적이 토지 912.5㎡, 건물 244.8㎡라는 내용의 확인서를 피고에게 제출하였다.

      ② QQQ이 2006. 6. WWA 외 4인으로부터 PP Y구 RR동3가 7-275 및 7-324 토지에 대한 대지사용승낙서를 받았으나, 위 대지사용승낙서에도 사용대지의 평수가 이 사건 제2임대차계약서상의 목적물인 대지 199평에 해당하는 657㎡로 기재되어 있을 뿐이고, 사용승낙의 원인 또한 ⁠‘건축허가 동의’로 명시되어 있어서 QQQ이 위 대지사용승낙서에 기해 쟁점3 토지 부분의 사용권을 취득한 것으로 볼 수 없다.

      ③ 원고는, QQQ이 쟁점3 토지 부분은 WWA 외 4인으로부터 임차한 뒤 이를 원고에게 임대하였다고 주장하나, 임대차계약서나 차임 지급내역 등 CMM와 WWA 외 4인 사이에 쟁점3 토지 부분에 대한 임대차계약이 체결되었다거나 WWA 외 4인이 CMM로부터 차임 등을 지급받았다고 볼 객관적인 자료가 존재하지 않고, WWA 외 4인이 쟁점3 토지 부분의 임대수익과 관련하여 부가가치세 및 종합소득세를 신고한 사실도 없는 것으로 보인다.

      ④ 또한 원고는 2012. 9. 26. WWA 외 4인과 쟁점3 토지 부분에 관하여 별도로 이 사건 제3임대차계약을 체결하였는바, 원고의 주장과 같이 이 사건 제2임대차계약의 목적물에 쟁점2 토지 부분 외에 쟁점3 토지 부분이 포함되어 있다고 볼 경우 2013년 이후에는 쟁점3 토지 부분 4,155.6㎡에 대한 별도의 이 사건 제3임대차계약이 체결되어 이 사건 제2임대차계약의 목적물 면적이 그 이전의 5,068.1㎡의 18% 수준인 912.5㎡로 감소하게 되었음에도 임대차보증금과 차임은 이전과 동일하게 유지된 것이 되어 거래의 관행 등에 부합하지 않게 된다.

      ⑤ 원고는 2011. 9. 16. WWA 외 4인으로부터 PP Y구 RR동3가 7-275 토지에 관하여 사용면적을 2,178.2㎡로 하는 대지사용승낙서 및 PP Y구 RR동3가 7-288 토지에 관하여 사용면적을 4,136.6㎡로 하는 대지사용승낙서를 받아 건물의 증축 및 인테리어 공사를 한 뒤 2014. 2. 21. 사용승인을 받은 것으로 보이고, 설령 원고가 그 이전부터 쟁점2, 3 각 토지 부분 전체를 사용하였다고 하더라도, 이러한 사정만으로 당연히 이 사건 제2임대차계약의 목적물에 쟁점3 토지 부분이 포함된다고 볼 수는 없다.

      ⑥ 원고는, 이 사건 제2임대차계약의 목적물에 쟁점3 토지 부분이 포함되어 있다는 점에 관한 증거로 ⁠‘WWD은 쟁점3 토지 부분을 QQQ에게 임대하고, 임대료를 수령하였으며, QQQ은 쟁점3 토지 부분을 원고에게 다시 임대하여 원고가 PP서비스센터 부지로 사용한 것으로 알고 있고, 이후 WWD 및 그 가족들이 원고와 쟁점3 토지 부분에 대해서 별도로 임대차계약을 체결하고 원고로부터 직접 임대료를 수령하였다‘는 내용이 기재된 WWD의 2018. 7. 10.자 사실확인서(갑 제5호증)를 제출하고 있으나, 위 사실확인서는 위에서 인정한 사정 및 원고 내지 원고의 대표이사와 WWD의 관계 등에 비추어 그대로 믿기 어렵다.

    2) 감정평가액을 시가로 보아야 하는지 여부 관련

      가) 법인세법 시행령 제89조는 부당행위계산부인의 판단기준이 되는 시가의 범위와 관련하여, 제1항에서는 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 따른다고 규정하고 있고, 제2항 제1호에서는 시가가 불분명한 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액을 적용하여 계산한 금액으로 한다고 규정하고 있다.

      나) 살피건대, 위 인정사실에 을 제15호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1 및 이 사건 HH동 비교 대상 부동산의 각 임대사례가액은 원고의 이 사건 RR동 부동산 및 이 사건 HH동 토지 임대차계약 거래와 유사한 상황에서 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 해당하는 것으로 봄이 상당하다. 따라서 피고가 위 각 비교 대상 부동산의 임대사례가액을 기준으로 고가임차 여부 및 고가임차금액을 산정하여 이 사건 각 처분을 한 것은 적법하다고 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

        ① 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1은 이 사건 RR동 토지와 바로 인접해 있을 뿐만 아니라, 위 비교 대상 부동산은 이 사건 RR동 토지와 마찬가지로 자동차 정비센터 부지 등으로 이용되고 있고, 이 사건 HH동 비교 대상 부동산 또한 이 사건 HH동 토지와 왕복 5차선 도로를 경계로 하여 바로 맞은편에 위치하고 있을 뿐만 아니라 모두 주거지역이 없어 차량 이동이 전제되는 등 상업용지로서의 접근성도 유사하므로, 위 각 비교 대상 부동산에 대한 임대사례가액은 원고의 이 사건 RR동 부동산 및 이 사건 HH동 토지의 임대차 거래와 유사한 상황에서 제3자간에 일반적으로 거래된 가격에 해당한다고 할 것이다.

        ② 또한 원고는, 피고의 세무조사 당시에 스스로 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1의 임대사례가액이 시가에 부합함을 이유로 위 가액을 시가로 인정하여 고가임차금액을 산정하여 줄 것을 요청하였던 것으로 보이고, 또한 피고가 법인세법 시행령 제89조 제4항 제1호에 따른 보충적 평가방법에 기해 이 사건 HH동 토지의 고가임차금액을 산정하여 과세예고통지를 하자, 위와 같은 방법에 의한 고가임차금액의 산정이 위법하다고 주장하면서 이 사건 HH동 비교 대상 부동산의 임대사례가액을 기준으로 고가임차금액을 산정하여야 한다는 취지의 과세전적부심사를 청구하였고, 국세청장은 위와 같은 원고의 주장을 받아들여 보충적 평가방법이 아닌 이 사건 HH동 비교 대상 부동산의 임대사례가액을 기준으로 고가임차금액을 산정하여야 한다고 결정하였고, 피고도 위 결정에 따라 이 사건 HH동 비교 대상 부동산의 임대사례가액을 기준으로 이 사건 HH동 토지의 고가임차금액을 산정하여 이 사건 각 처분을 하였다.

        ③ 원고는, 이 사건 RR동 비교 대상 부동산 1은 그 임대차기간이 36개월인데 비해 이 사건 제1임대차계약의 임대차기간은 60개월, 이 사건 제2임대차계약의 임대차기간은 10년으로, 그 임대차기간에 현저한 차이가 있어 위 비교 대상 부동산의 임대사례를 기준으로 이 사건 RR동 부동산의 고가임차 여부와 금액을 결정하는 것이 타당하지 않다고 주장하나, 피고는 해당 과세기간 위 비교 대상 부동산의 임대차 계약 내용을 기준으로 하여 고가임차금액 등을 판단한 것으로 보일 뿐만 아니라, 통상 임대차기간이 장기일수록 임대료는 낮게 책정되므로, 이 사건 RR동 토지의 임대차기간이 위 비교 대상 부동산의 임대차기간에 비해 장기라고 하더라도, 위 비교 대상 부동산의 임대사례를 제3자간에 일반적으로 거래된 가격으로 보아 이 사건 RR동 부동산의 고가임차금액 등을 판단하는 것이 불합리하다고 할 수 없으므로, 원고의 위와 같은 주장은 받아들이기 어렵다.

    3) 2011 사업연도 법인세 증액경정 처분의 부과제척기간의 도과 여부 관련

      가) 부과제척기간의 도과 여부

      국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제3호, 제5항, 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 의하면, 과세표준과 세액을 신고하는 국세는 납세자가 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급‧공제받은 경우 및 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에 해당하지 아니하면 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음 날부터 5년이 만료된 날 후에는 부과할 수 없고, 위 부과제척기간이 만료되면 과세권자로서는 새로운 결정이나 증액경정결정은 물론 감액경정결정 등 어떠한 처분도 할 수 없다(대법원 2002. 9. 24. 선고 2000두6657 판결 등 참조). 한편, 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되기 전의 것) 제60조 제1항에 의하면, 납세의무 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

      이 사건에 관하여 보건대, 원고의 2011 사업연도 법인세의 부과제척기간은 신고기한의 다음 날인 2012. 4. 1.부터 2017. 3. 31.까지 5년간인데, 위 인정사실에 의하면, 피고는 2017. 3. 31.이 도과하였음이 역수상 명백한 2018. 1. 2.에 이르러서야 이 사건 부가가치세 부과처분을 취소하면서 위 부과처분 당시 손금산입 하였던 부가가치세 예수금에 대한 손금산입을 할 수 없게 되었음을 이유로 원고에 대하여 2011 사업연도 법인세 13,675,180원을 증액경정 하였는바, 이는 부과제척기간이 경과한 후에 이루어진 것으로서 위법하다.

      나) 피고의 주장에 대한 판단

        ⑴ 피고의 주장

        원고의 차량판매대금 중 영업사원할인액(영업사원이 대납한 가액)이 부가가치세 과세표준에 포함하는 것으로 보아 이 사건 부가가치세 부과처분을 하면서 직원 입금 부가가치세 예수금을 각 사업연도 손금에 산입하여 법인세 부과처분을 하였으나, 원고가 위 부가가치세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원이 2017. 12. 11. 영업사원할인액(영업사원입금액)은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 것으로 보아 원고의 위 심판청구를 인용하는 결정을 하였으므로, 피고는 이에 대응하여 위 부가가치세 예수금을 손금에 산입할 수 없게 되었다. 따라서 2011 사업연도 법인세 증액경정 처분은 조세심판원의 위 결정에 따라 원고에 대한 당초의 2011 사업연도 법인세 부과처분의 잘못을 바로잡은 데 불과하고, 원고로서도 이 사건 부가가치세 부과처분이 취소될 경우 위 증액경정 처분이 있을 것임을 충분히 예상할 수 있었으므로, 위 증액경정 처분은 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호가 규정한 ⁠‘필요한 처분’에 해당하고, 피고는 조세심판원의 위 결정 확정일로부터 1년 이내에 위 증액경정 처분을 하였으므로, 이는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간 내에 이루어진 적법한 처분에 해당한다.

        ⑵ 판단

        국세기본법 제26조의2는 제1항에서 국세부과의 제척기간을 규정한 다음, 제2항에서 국세의 부과에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 해당 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 이와 같이 제척기간에 대한 특례를 정한 국세기본법 제26조의2 제2항의 당초 입법 취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었다. 또한 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구된다. 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으므로 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 특례규정상의 ⁠‘해당 결정·판결’에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 참조).

       이 사건에 관하여 보건대, 조세심판원은 2017. 12. 11. 이 사건 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 심판청구에 대하여 원고의 차량판매대금 중 영업사원할인액(영업사원이 대납한 가액)이 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 함을 이유로 위 부가가치세 부과처분을 취소하는 결정을 하였고, 조세심판원의 이러한 판단은 원고의 2011 사업연도 법인세 소득금액 산정과 관련이 있으나, 2011 사업연도 법인세에 대한 증액경정 처분은 위 조세심판 결정의 심판대상인 이 사건 부가가치세 부과처분과는 그 세목이나 과세단위를 달리하는 것이어서 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 조세심판원의 위 결정이 위 법인세 증액경정 처분의 근거가 되는 특례제척기간 규정상의 결정에 해당한다고 볼 수 없으므로, 피고는 국세기본법 제26조의2 제2항 제1호에 따른 특례제척기간을 적용하여 위 법인세 증액경정 처분을 할 수는 없다. 따라서 위 법인세 증액경정 처분은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

    4) 정당한 세액의 계산

    위에서 본 바와 같이 피고가 부과제척기간을 도과하여 원고에 대하여 증액경정한 2011 사업연도 법인세 000원 부분은 위법하므로, 결국 피고가 2018. 1. 2. 원고에 대하여 한 2011 사업연도 법인세 000원의 부과처분 중 정당한 세액에 해당하는 000원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2019. 01. 10. 선고 서울행정법원 2018구합52655 판결 | 국세법령정보시스템