요지

후발적 경정청구제도 및 세무조사의 정의, 그에 관한 관련 법령과 판례의 취지를 모두 종합하여 보면, 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호가 정한 ⁠‘과세표준 및 세액의 계산의 근거가 되는 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’에 해당한다고 보아야 한다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2017. 9. 29. 원고에게 한 종합소득세 경정청구 거부처분 중 2005년 귀속 종합소득세 부분, 2006년 귀속 종합소득세 중 9,140,260원을 초과하는 부분, 2007년귀속 종합소득세 중 11,237,774원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 원고에 대하여 한 2017. 9. 26.자 종합소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 지위

원고는 2005. 4. 16.부터 ○○시 ○면 ○○리 ○○○-○에서 ⁠‘DDD유통’이라는 상호로 ○제품 도매업체를 운영하면서 고객들에게 ○제품을 판매하였다.

나. 원고에 대한 제1차 조사

1) CC세무서 소속 세무공무원은 원고가 현금매출을 누락하는 등으로 세금을 탈루한다는 제보를 받고, 2008. 12. 18.부터 2008. 12. 26.까지 탈세제보에 관한 현지확인을 하되 탈세사실이 확인되면 그 즉시 세무조사로 전환하기로 하는 내용의 현지확인 계획을 세워 CC세무서장으로부터 결재를 받았다.

2) CC세무서 소속 세무공무원 5명은 2008. 12. 18. ⁠‘총 매출금액 누락 여부 확인’이라는 확인 목적이 기재된 ⁠‘현지확인출장증’을 소지하고 원고의 사업장을 방문하여 원고의 직원들로부터 컴퓨터 하드디스크를 임의로 제출받고 노트와 메모를 점검하여 차명계좌로 의심되는 계좌에 관한 정보 등을 얻거나 2008. 12. 26. 원고로부터 일별판매전표 및 지로판매에 의한 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 매출금액에 관한 확인서를 작성받는 등의 현장조사(이하 ⁠‘이 사건 1차 조사’라 한다)를 하였다.

다. 원고에 대한 제2차 조사

CC세무서장은 원고가 타인 명의의 계좌로 ○제품 판매대금을 송금받는 방법으로매출을 누락하였다고 보아 조사대상기간: 2005. 4. 16. ~ 2008. 6. 30., 조사기간: 2009. 2. 2. ~ 2009. 2. 13.으로 한 부가가치세 및 종합소득세 통합조사(이하 ⁠‘이 사건 2차 조사’라 한다)에 착수하였다가 금융거래확인을 위하여 조사기간을 2009. 3. 27.까지로 연장한 뒤 조사유형을 조세범칙조사로 전환하였고, 2009. 6. 1. 원고에게 2005년 제1기부터 2008년 제1기까지의 부가가치세를 부과하는 내용의 처분(이하 ⁠‘이 사건 부가가치세부과처분’이라 한다)을 하였다.

라. 종합소득세 경정․고지

1) CC세무서장은 원고에 대하여 실시한 세무조사 내용을 주소지 관할 세무서장인 피고에게 통보하였고, 피고는 이를 토대로 2009. 6. 1. 원고에게 2005년 내지 2007년 귀속 종합소득세를 경정․고지하였다.

2) 이에 대해 원고는 2009. 9. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원의결정에 따라 재조사가 실시되어 2011. 2. 14. 세액이 감액경정되었다(이하 감액경정되고 남은 1)항의 종합소득세 부과처분을 ⁠‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다).

3) 2005년 내지 2008년 귀속 종합소득세에 관한 원고의 신고내역 및 피고의 경정

내역은 다음과 같다.

마. 관련 소송의 경과

1) 원고는 2011. 5. 12. CC지방법원 2011구합○○○호로 CC세무서장 및 피고를 상대로 이 사건 부가가치세 부과처분 및 종합소득세 부과처분에 관한 취소소송을 제기하였다가 2013. 4. 22. 위 소 중 이 사건 종합소득세 부과처분에 관한 청구 부분을 취하하였다.

2) 이 사건 부가가치세 부과처분에 관한 소송의 경과는 다음과 같다(이하 ⁠‘이 사건 관련 소송’이라 한다).

바. 원고의 경정청구

원고는 2017. 8. 25. 피고에게 이 사건 종합소득세 부과처분 및 원고가 자진신고한2008년 귀속 종합소득세에 대하여 후발적 경정청구사유가 발생하였다는 이유로 경정청구(이하 ⁠‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였는데, 피고는 2017. 9. 26. 원고의 이 사건 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 거부처분’이라 한다).

사. 이의신청 및 심판청구

원고는 2017. 10. 10. 피고에게 이의신청을 하였으나 기각되어 2017. 11. 28. 심판청구를 하였는데, 조세심판원은 2008년 귀속 종합소득세에 관한 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 각하하고, 이 사건 종합소득세 부과처분에 관한 경정청구 거부처분에 대한 심판청구는 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증, 을 1, 2호증의 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

3. 원고 주장의 요지 이 사건 부가가치세 부과처분은 관련 소송의 판결에 의하여 그 기초가 되는 세무조사가 위법한 것으로 평가되어 직권 취소되었으므로, 이 사건 부가가치세 부과처분과 동일한 거래행위에 기초한 이 사건 종합소득세 부과처분 역시 위법하고, 원고가 한2008년 귀속 종합소득세 신고·납부 부분 또한 후발적 경정청구의 사유가 발생하였다.

이에 원고는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 사유가 발생하였음을 이유로 이 사건 경정청구를 하였으나 피고가 이를 거부하였으므로, 이 사건 거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 2008년 귀속 종합소득세 경정청구 거부처분 부분에 관한 판단

가. 소의 적법 여부

1) 피고의 본안 전 항변

원고는 2008년 귀속 종합소득세 10,444,314원을 신고.납부하였고, 피고는 2009. 6. 1. 원고에게 2005년 내지 2007년 귀속 종합소득세를 경정.고지하였을 뿐 2008년 귀속 종합소득세에 관하여는 경정.고지하는 등의 부과처분을 한 바 없다.

따라서 2008년 귀속 종합소득세에 관하여 구 국세기본법 제45조의2 제1항에 따라 법정신고기한인 2009. 5. 31.을 기준으로 3년 이내에 경정청구를 하여야 함에도 그 기간이 도과되어 제기된 원고의 이 부분 경정청구는 부적법하고, 조세심판원이 경정청구기간을 준수하지 아니하였다는 이유로 이에 관한 심판청구를 각하한 이상 전심절차를 거치지 아니한 것이어서 부적법하다.

2) 판단

가) 후발적 경정청구는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다.

따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다고 하더라도 그 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다면 비록 구 국세기본법 제45조의2 제1항에서 정한 통상의 경정청구 기간을 도과하였다고 하더라도 후발적 경정청구에 의하여 납세자를 구제하여야 한다.

한편 후발적 경정청구를 인정하기 위해서 반드시 과세관청의 부과처분을 요건으로 하지 않고 있는 이상 과세관청의 부과처분 전에 납세자가 조세를 신고·납부하였다고 하더라도 후발적 경정청구 사유가 발생하였다면 납세자는 통상의 경정청구 기간 도과 이후에는 후발적 경정청구를 할 수 있다. 그렇지 않으면 조세를 신고·납부한 납세자에 대해서는 단지 과세관청의 부과처분이 없었다는 이유만으로 후발적 경정청구사유가 발생하더라도 이를 구제할 방법이 없게 되어 불합리하다.

나) 원고는 관련 소송에서 동일한 거래를 과세 대상으로 하는 2008년 귀속 부가가치세 부과처분이 취소됨에 따라 원고가 신고.납부한 2008년 귀속 종합소득세에 관하여 구 국세기본법 제45조의2 제2항이 정한 후발적 경정사유가 발생하였음을 사유로 경정청구를 제기한 것이다.

위와 같이 원고가 통상의 경정청구가 아닌 후발적 경정청구를 하고 있는 이상 그 주장사유가 후발적 경정사유에 해당하는 지 여부와는 별개로 통상 경정청구임을 전제로 한 경정청구 기간은 문제되지 않고, 다만 후발적 경정청구 기간을 준수하였는지만 문제될 뿐이다. 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 경정청구가 그 청구기간을 준수한 것으로 보는 이상 2008년 귀속 종합소득세 경정청구가 청구기간을 준수하지 아니하였다는 이유로 한 조세심판원의 각하재결은 위법하므로, 이 부분에 관하여 적법한 전심절차를 거치지 아니하였다고 볼 수도 없다.

다) 따라서 이와 다른 전제에 선 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

나. 처분의 적법 여부

1) 원고는 이 사건 관련 소송에서 2008년 귀속 부가가치세에 관한 판단이 이루어졌으므로, 원고가 신고한 2008년 귀속 종합소득세에 관하여도 후발적 경정사유가 발생하였다고 주장한다.

2) 이 사건 관련 소송에서는 이 사건 2차 조사가 위법한 중복세무조사에 해당함을이유로 이 사건 부가가치세 부과처분은 위법하다고 판단되었다. 그런데 2008년 귀속 종합소득세는 이 사건 2차 조사에 근거한 이 사건 부가가치세 부과처분에 기하여 부과된 것이 아니라 원고가 신고·납부한 것이다. 그렇다면 2008년 귀속 종합소득세가 이 사건 부가가치세 부과처분을 기초로 부과된 것임을 인정할 증거가 없는 이상 이 부분에 대해서는 과세표준 및 세액의 계산 근거가 되는 거래 또는 행위 등이 관련 소송에서 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

5. 이 사건 종합소득세 경정청구 거부처분에 관한 판단

가. 소의 적법 여부

1) 피고의 항변 이 사건 경정청구는 원고가 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월이 경과한 후에 제기된 것이어서 부적법하다.

2) 판단

가) 국세기본법 제45조의2 제2항은 후발적 경정청구의 경우 각 호의 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 청구할 수 있다고 규정하고 있다. 한편 위 항 제1호는 그 사유로서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때를 정하여 놓고 있으므로, 원고로서는 판결에 의하여 과세표준 및 세액의 계산 근거가 다른 것으로 확정되었다는 사실을 안 날부터 3개월 이내에 후발적 경정청구를 할 수 있다.

나) 앞서 본 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고는 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 이 사건 경정청구를 하였다고 봄이 상당하므로, 피고의 본안 전 항변은 이유 없다.

① 2017. 3. 16. 이 사건 2차 조사가 금지되는 재조사에 해당한다는 내용의 대법원 판결이 선고되기는 하였다. 그러나 위 대법원 판결은 위와 같은 법리를 선언하며 원심판결 중 원고 패소 부분을 파기하고 다시 원심법원에 환송한다는 내용일 뿐이고, 위 판결로 이 사건 1, 2차 조사에 기초한 원고의 납세의무가 명확하게 된 것은 아니다.

② 위 대법원 판결에 따라 CC세무서장은 2017. 8. 8. 부가가치세 부과처분중 일부를 직권 취소하였고, 1차 파기환송심인 서울고등법원 CC재판부는 2017. 8. 21. 이 사건 1차 조사에 의하여 확보한 자료에 근거한 부가가치세 부과처분은 유지하고, 잔존 본세액 초과 부분은 과세관청이 직권 취소하였다는 이유로 각하하며, 나머지 청구는 기각하는 내용의 판결을 선고하였다.

③ 피고의 이 사건 거부처분에 관한 처분서인 ⁠‘경정청구 처리 결과 통지’를 보더라도, 그 처리사유에 ⁠‘○○고등법원 2017누○○○ 법원 판결에 따라 2017. 8. 25. 접수한 경정청구는 종합소득세 처분에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 없어 기각합니다’라고 기재되어 있으므로, 피고 또한 1차 파기환송심인 ○○고등법원 CC재판부의 2017. 8. 21. 판결을 후발적 경정청구의 사유로 파악하였던 것으로 보인다.

④ 비록 원고가 위 1차 파기환송심 판결에 대하여도 재차 상고하기는 하였으나, 대법원의 판결에 따라 동일한 거래에 관하여 동일한 세무조사에 근거하여 이루어진 부가가치세 부과처분 중 일부에 대해서는 과세관청이 직권으로 취소하고, 나머지 부과처분에 대해서는 원심법원인 1차 파기환송심이 세액을 정하여 판결을 선고하였다면, 이는 위 판결로 인하여 과세표준 및 세액의 계산 근거가 다른 것으로 확정된 것이므로, 원고는 위 대법원 판결에 따른 CC세무서장의 직권 취소 및 위 1차 파기환송심 판결이 선고되었음을 사유로 하여 이 사건 경정청구를 할 수 있다고 봄이 상당하다.

⑤ 그렇다면 이 사건 경정청구는 위 1차 파기환송심 판결이 선고된 후로부터 3개월이 도과하기 전인 2017. 8. 25. 이루어진 것으로서 적법하고, 이는 위와 같은 내용의 1차 파기환송심 판결이 이후 위법한 재조사에 기한 이 사건 부가가치세 부과처분이 모두 위법하다는 이유로 재차 파기되어 과세관청이 잔존 부가가치세 부과처분 모두를 직권취소하였다고 하여 달리 볼 것은 아니다.

나. 처분의 적법 여부(후발적 경정청구 사유 해당 여부)

1) 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우에, 납세자에게 그사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는데 있다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조).

2) 실질적 조세법률주의의 정신에 비추어 보거나 납세자주권의 관점에서 볼 때 조세채무가 확정되어 납세자가 세액을 납부하였다 하더라도 후발적 사유의 발생으로 과세의 기초가 해소되거나 감축되었다면 결과적으로 조세채무의 전부 또는 일부가 실체적으로 존재하지 않는 것으로 되고 이미 납부된 세액은 아무런 근거가 없는 것이 되므로 국가는 그 납부세액을 납세자에게 반환할 의무가 있고 납세자는 그 납부세액의 반환을 청구할 권리가 있으며, 이러한 후발적 사유에 의한 경정청구권은 법률상 명문의 규정이 있는지의 여부에 따라 좌우되는 것이 아니라 조세법률주의 및 재산권을 보장하고 있는 헌법의 정신에 비추어 볼 때 조리상 당연히 인정되는 것이다[헌법재판소2000. 2. 24. 선고 97헌마13,245(병합) 전원재판부 결정].

3) 그런데 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 국세기본법 제81조의4 제1항은 ⁠“세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다”라고 규정하면서, 제2항에서 세무공무원은 예외적인 경우가 아닌 한 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다고 규정하고 있는데, 위 규정의 취지는 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적안정성 등을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있기 때문이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조). 한편 과세처분이 위법한 재조사에 기초하여 이루어졌다면 그 과세처분은 위법하다고 보아야 한다(대법원2017. 12. 13. 선고 2015두3804 판결 등 참조).

4) 위와 같은 후발적 경정청구제도 및 세무조사의 정의, 그에 관한 관련 법령과 판례의 취지를 모두 종합하여 보면, 관련 소송의 판결에 의하여 과세관청의 세무조사가 위법한 것으로 확정이 되면 과세표준 및 세액의 계산근거가 되는 과세관청의 자료수집, 조사 등 일련의 행위가 위법한 것이 되어 이를 근거로 한 과세처분 역시 그 자체로 위법하게 되므로, 이는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호가 정한 ⁠‘과세표준 및 세액의 계산의 근거가 되는 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’에 해당한다고 보아야 한다.

5) 피고는 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 ⁠‘판결’은 원칙적으로 과세표준 및세액 계산의 기초가 된 사실, 즉 사법상 거래행위의 대상이 되는 과세 물건을 소송대상으로 하는 민사판결만을 의미하고, 이 사건 관련 소송 판결은 위 ⁠‘판결’에 해당하지 아니한다고 주장한다. 그러나 위 ⁠‘판결’은 과세의 기초가 된 기존의 법률관계를 공권적으로 다르게 확인하는 경우를 의미하는데, 세무조사의 위법성에 대한 ⁠‘공권적 확인’이 뒤늦게 발생한 경우 역시 후발적 사유의 발생으로 과세의 기초가 해소되어 결과적으로 조세채무가 실체적으로 존재하지 않는 것으로 보아야 한다. 과세관청의 위법한 세무조사로 조세채무가 확정되는 경우 납세자는 그 세무조사의 위법성을 확인받기 전까지는 세액을 납부하여야 할 의무가 발생하게 되는데, 만일 후발적으로 그 세무조사의 위법성에 관한 공권적인 확인을 받았다면 통상의 경정청구로 이를 다툴 제소기간이 도과하였더라도 위법한 세무조사에 기초한 과세처분으로 세액을 납부한 납세자의 권리를 뒤늦게나마 구제할 필요성이 있고, 이 경우 후발적 경정청구의 길을 열어주어 납부세액의 반환을 청구하도록 하는 것이 헌법이 정한 조세법률주의 및 재산권 보장 등의 원칙귀속연도 신고내역에도 부합한다.

6) 그런데 이 사건 관련 소송에서 대법원은 이 사건 1차 조사가 현지 확인이 아니라 그 실질에 있어 세무조사에 해당하고, 이 사건 2차 조사는 금지되는 재조사에 해당하므로 위법한 세무조사에 해당하며, 이와 같이 금지된 재조사인 이 사건 2차 조사에 기하여 과세처분을 하는 것은 단순히 당초 과세처분의 오류를 경정하는 경우에 불과하다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하다고 판시하였고, 이에 따라 제2차 파기환송심에서 과세관청은 이 사건 부가가치세 부과처분을 모두 직권 취소한 바 있다.

7) 따라서 이 사건 부가가치세 부과처분과 같이 금지된 재조사인 이 사건 2차 조사에 기하여 이루어진 이 사건 종합소득세 부과처분 역시 그 과세표준 및 세액의 계산의 근거가 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 것으로 보아야 하고, 이는 후발적 경정청구의 사유에 해당한다.

다. 경정의 범위

1) 앞서 인정한 사실 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 청구 중 원고가 이 사건 경정청구로 피고에게 청구가능한 정당세액 및 원고의 과다청구세액은 다음과 같다.

2) 따라서 피고가 2017. 9. 29. 원고에게 한 이 사건 거부처분 중 2005년 귀속 종합소득세 부분 및 2006년 귀속 종합소득세 중 9,140,260원을 초과하는 부분, 2007년귀속 종합소득세 중 11,237,774원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

6. 결론

원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

재판장 판사 조미연

판사 한현희

판사 박영순

출처 : 서울행정법원 2019. 08. 23. 선고 서울행정법원 2018구합66302 판결 | 국세법령정보시스템