요지

부가가치세법에서는 사업관련성이 있는 매입세액과 대응하는 매출세액에서 해당 매입세액을 공제하는 것으로 정하고 있는데, 신탁재산의 관리·처분에 관하여 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 사업자 및 납세의무자는 수탁자이므로 사업관련성 역시 수탁자를 기준으로 인정하여야 할 것인바, 위탁자인 원고가 사업과 관련하여 지출한 비용이 있다 하더라도 해당 비용이 매입세액 공제의 요건을 갖추었다고 보기어려움

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 11. 28. 원고에 대하여 한 2015년 제2기분 부가가치세 xxx원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 건설업, 부동산매매 및 임대업 등을 영위하는 법인으로, 2014. 3.경부터 2016. 6.경까지 주식회사 aaa신탁, bbb신탁 주식회사, ccc신탁 주식회사, ddd신탁 주식회사, fff신탁 주식회사(이하 ⁠‘이 사건 신탁회사들’이라 한다)와 사이에 수탁자인 이 사건 신탁회사들이 위탁자인 원고로부터 사업부지의 소유권과 인허가명의, 공사도급 계약자 지위 등을 이전받아 그 지상에 오피스텔이나 아파트 등 건물을 신축하여 분양하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 분양사업’이라 한다)의 시행자가 되어 건물을 신축하여 분양하되 사업비 조달은 원고가 하기로 하는 내용의 관리형 토지신탁계약(이하 ⁠‘이 사건 신탁계약’이라 한다)을 체결하였다.

나. 이 사건 신탁회사들은 이 사건 신탁계약에 따라 건물신축사업을 진행하여 2015년 제2기에 신탁재산인 오피스텔, 아파트를 분양하였고, 원고는 이에 따른 부가가치세납세의무자가 위탁자인 원고임을 전제로 이 사건 분양사업 관련 매출세금계산서를 발급하여 이를 매출세액의 과세표준으로 하는 한편, 관련 매입세액을 공제하여 2015년 제2기 부가가치세 xxx원을 신고․납부하였다.

다. 그런데 이후 대법원이 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결(이하 ⁠‘이 사건 전원합의체 판결’이라 한다)을 통하여 신탁재산의 처분 시 부가가치세 납세의무자는 위탁자가 아닌 수탁자라고 판시하자, 원고는 2021. 1. 25. 2015년 제2기 납세의무자는 원고가 아니라 이 사건 신탁회사들이라는 이유로 2015년 제2기 부가가치세와 관련하여 xxx원을 환급해 달라는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 3. 25. 원고의 위 경정청구를 거부하였다.

라. 원고는 이에 불복하여 2021. 6. 17. 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2021.12. 8. ⁠‘이 사건 전원합의체 판결이 선고되기 이전에 신탁재산을 처분한 경우에도 신탁재산의 부가가치세 납세의무자는 수탁자로 보아야 한다.’는 이유로 위 심판청구를 인용하였다.

마. 이에 피고는 2021. 12. 24. 원고에게 xxx원을 환급하는 결정을 하였고, 2022. 11. 24. 원고가 당초 2015년 제2기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받은 xxx원(이하 ⁠‘이 사건 매입세액’이라 한다)을 불공제하여 원고에게 2015년 제2기 부가가치세 xxx원을 경정․고지한다는 과세예고통지를 한 다음 2022. 11. 28. 이를 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 4호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 이 사건 처분은 부과제척기간 5년이 경과한 후에 이루어졌다.

2) 피고는 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에

  이 사건 처분을 하여 원고의 절차적 권리를 침해하였고 이와 같은 절차상 하자는 중대․명백하다.

3) 이 사건 매입세액은 원고가 사업과 관련하여 정당하게 수취한 매입세금계산서에 기한 것으로 매출세액에서 공제되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 부과제척기간 도과 여부

가) 관련 법리

구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항, 제6항에 의하면, 부가가치세는 이를 부과할 수 있는 날로부터 5년이 경과하면 부과할 수 없는 것이 원칙이나, 종전의 과세처분이 위법하다는 이유로 이를 취소하는 결정이나 판결이 확정된 경우에는 그 결정이나 판결이 확정된 날로부터 1년이 경과하기 전까지는 당해 결정이나 판결에 따른 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있는바, 위 규정 내용에 비추어 보면, 종전의 과세처분이 위법하다는 이유로 이를 취소하는 판결이 선고, 확정된 후 1년 내에 과세관청이 그 잘못을 바로잡아 다시 과세처분을 한 경우에는 위 국세기본법 제26조의2 제1항이 정한 제척기간의 적용이 없고, 위 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 판결을 이행하기 위하여만 허용된다고 볼 근거가 없을 뿐만 아니라, 과세관청이 납세자에게 유리한 재처분만 할 수 있을 뿐 납세자에게 불리한 재처분을 할 수 없다는 국세행정 관행이 존재한다고도 인정되지 아니하므로, 납세고지의 위법을 이유로 과세처분이 취소되자, 과세관청이 그 판결 확정일로부터 1년 내에 그 잘못을 바로잡아 다시 과세처분을 하였다면, 이는 국세기본법 제26조의2 제6항이 정하는 당해 판결에 따른 처분으로 제1항이 정하는 제척기간의 적용이 없다(대법원 2002. 7. 23. 선고 2000두6237 판결, 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

구 국세기본법 제26조의2 제1항, 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호, 구부가가치세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제49조 제1항에 의하면 2015년 제2기 부가가치세 부과권의 제척기간은 그 과세표준 확정신고 기한이 종료하는 시점의 다음 날인 2016. 1. 26.부터 진행된다고 할 것이고, 이 사건 처분일인 2022. 11. 28.은 그로부터 5년이 경과된 후임은 역수상 명백하다.

  그러나 구 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호에 따라 행정소송법에 의한 소송에 대한 판결이 있는 경우에는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과되지 전까지는 당해, ⁠‘판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있고 위 규정에서 정하는 경정결정’ 기타 필요한 처분 의 의미는 당해 결정의 주문을 이행하기 위한 처분에 한정되는 것이아니라 결정의 이유에서 밝힌 위법사유를 보완하는 처분까지 포함하는 것으로 해석함이 타당하다 그런데 2021. 12. 8.자 조세심판결정의 주된 이유는 이 사건 분양사업과 관련된 사업자는 위탁자가 아니라 수탁자임을 전제로 피고의 당초 처분에 납세의무자를 위탁자로 잘못 판단한 하자가 있었으므로 이를 취소한다는 것으로서, 그 결정의 이유에서 밝힌 내용과 취지에 비추어 보더라도 납세의무자가 변경됨에 따라 이를 전제로 하는 매출세액과 매입세액의 귀속이 조정․보완되는 것이 예정되어 있고, 그 결정의 취지에 따라 피고가 위 조세심판결정으로부터 1년 내에 이 사건 처분을 하였다. 따라서 이 사건 처분은 구 국세기본법 제26조의2 제1항이 정하는 부과제척기간의 적용을 받지 않으므로, 이와 다른 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 과세전적부심사 청구권 침해 여부

앞서 인정한 사실에 의하면, 이 사건 처분의 과세예고 통지일인 2022. 11. 24. 기준으로 위 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하이므로, 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호가 규정하고 있는 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유가 존재한다(원고는 위 규정에서 말하는 ⁠‘국세부과 제척기간’은 구 국세기본법 제26조의2 제1항의 제척기간만을 의미하고 같은 조 제6항의 제척기간은 포함되지 않는다고 주장하나, 법규의 문언 등에 비추어 볼 때 그와 같이 제한 해석할 아무런 근거가 없다).

나아가 을 제3호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 피고가 이 사건 처분이전인 2022. 3. 8. 원고에게 2015년 제1기 부가가치세 신고 시 매입세액으로 공제받은 돈을 불공제하여 2015년 제1기 부가가치세를 경정․고지한 사실, 조세심판원이 2022. 10. 12. 위 처분에 관한 원고의 심판청구를 기각한 사실을 각 인정할 수 있다.

위 인정사실에 나타난 이 사건 처분의 경위와 이유 등을 고려하면, 피고가 과세전적부심사 청구권을 침해할 의도로 그 검토나 처리를 지연하였다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 매입세액 불공제 위법 여부

가) 구 부가가치세법 제2조 제3호, 제3조 제1호는 ⁠‘영리목적의 유무에 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’인 사업자를 부가가치세 납세의무자로 정하고 있고, 구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호에서는 ’사업자가 자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 또는 용역에 대한 부가가치세액‘을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 규정하여 사업관련성을 매입세액 공제의 요건으로 정하고 있으며, 같은 조 제2항에서는 ’제1항 제1호에 따른 매입세액은 재화 또는 용역을 공급받는 시기가 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제한다.‘고 하여 사업관련성이 있는 매입세액과 대응하는 매출세액에서 위 매입세액을 공제하는 것으로 정하고 있다. 그런데 신탁재산의 관리 ⋅ 처분에 관하여 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 사업자 및 납세의무자는 수탁자이므로(이 사건 전원합의체 판결 참조), 사업관련성 역시 수탁자를 기준으로 인정하여야 할 것인바, 위탁자인 원고가 사업과 관련하여 지출한 비용이 있다 하더라도 위 비용에 관하여 매입세액 공제의 요건을 갖추었다고 보기 어렵다.

나) 또한, 현행 부가가치세법에서 채택하는 전단계세액공제 방식은 종전 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급받아 매입세액을 공제 ⋅ 환급받은 사업자가 다음 거래단계에서 재화 또는 용역을 공급함으로써 매출세액 상당의 부가가치세를 납부하는 것임을 전제하고 있다고 보이므로, 부가가치세법령에서 납세의무자와 매입세액을 공제받을 수 있는 주체가 일치하지 않을 수 있는 경우를 명시하거나 이를 전제하는 내용의 별도의 규정이 없는 이상, 하나의 사업에서 부가가치세 납세의무자와 매입세액을 공제받을 수 있는 주체가 분리될 수 있다고 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 분양사업의 위탁자인 원고가 매입세액을 공제받고 수탁자인 이 사건 신탁회사들이 매출세액을 납부하는 것은, 국고 손실을 야기하지 않는 것과는 무관하게, 전단계세액공제 제도의 본질과 부가가치세법령의 내용 등에 반하는 것이다.

다) 원고는 이 사건 매입세액을 불공제하는 것이 신탁재산의 처분과 관련하여 위탁자의 매입세액 공제를 인정하던 국세청, 기획재정부의 예규와 유권해석에 어긋나는 것이라고 주장하기도 하나, 원고가 들고 있는 국세청, 기획재정부의 예규와 유권해석은 이 사건 전원합의체 판결 선고 전의 것이거나, 부가가치세법이 2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정된 후 2020. 12. 22. 법률 제17653호로 개정되기 전까지 신탁재산의 처분과 관련하여 부가가치세 납세의무자를 위탁자로 보던 시기의 것이다.

라) 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 08. 22. 선고 서울행정법원2023구합85512 판결 | 국세법령정보시스템