요지

원고가 이장비로 7천만 원이 지출된 사실 외에 제출한 증거자료들만으로는 그 외 필요경비를 인정하기에 부족하고 자경사실도 인정되지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2016. 6. 13. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 1,398,603,326원의 부과처분 중 1,350,237,875원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송 총비용 중 19/20는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위 이 부분에 관하여는 제1심판결 이유의 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 제1심판결의 이유 중 해당 부분을 인용한다.

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 사유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 이 사건 토지를 취득한 이후 개량비로 지출된 농지전용부담금 82,996,130원, 복토(밭 조성) 노무비 21,577,410원은 소득세법 제97조 제1항 제2호의 ⁠‘자본적지출액 등’에 해당하고, 이 사건 토지를 양도하면서 발생한 분묘 7기(연고분 4기, 무연고분 3기)에 관한 분묘이장비 1억 원은 같은 법 제97조 제1항 제3호의 ⁠‘양도비 등’에 해당하므로, 위 각 비용의 합계액을 필요경비로 인정하여 양도가액에서 공제하여야 한다.

2) 이 사건 토지 중 임야를 제외한 토지에 대하여는 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26070호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘같은 법 시행령’이라고 한다) 제66조 제13항에 따른 8년 이상 자경농지에 해당하므로 양도소득세가 감면되어야 하나, 이 사건 처분의 경우 감면되지 아니하였다.

나. 관련 법령

별지 관련 법령의 기재와 같다.

다. 필요공비 공제 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

소득세법 제97조 제1항에서는 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할할 필요경비의 하나로 ⁠‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제2호), 양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것(제3호)’을 규정하고 있는데, ① ⁠‘자본적지출액 등으로서 대통령령으로 정하는 것’에 관하여 소득세법 시행령 제163조 제3항에서는, 소득세법 시행령 제67조 제2항의 규정을 준용하여 계산한 자본적 지출액, 양도자산의 용도변경․개량또는 이용편의를 위하여 지출한 비용, 개발이익환수에 관한 법률에 따른 개발부담금, 재건축초과이익 환수에 관한 법률에 따른 재건축부담금, 이에 준하는 비용으로서 기획재정부령이 정하는 것을 규정하고 있고, ③‘양도비 등으로서 대통령령으로 정하는 것’에 관하여 소득세법 시행령 제163조 제5항에서는, 당해 자산을 양도하기 위하여 직접 지출한 비용으로서 증권거래세․양도소득세과세표준 신고서 작성비용 및 계약서 작성비용․공증비용․인지대 및 소개비, 토지를 취득함에 있어서 매입한 국민주택채권과 토지개발채권을 만기 전에 양도함으로써 발생하는 매각차손을 규정하고 있다.

2) 농지전용부담금 82,996,130원 부분

앞서 본 각 증거에 제1심법원의 ○○시장에 대한 사실조회결과와 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고가 이 사건 처분의 경위와 같이 피고가 이미 감액 경정에 반영한 농지전용부담금과 농지조성비 합계액 35,359,780원을 지출한 사실은 인정되나, 달리 원고가 추가로 이 사건 토지와 관련하여 납부한 농지전용부담금이나 농지조성비를 지출하였음을 인정할만한 아무런 자료가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3) 복토(밭 조성) 노무비 21,577,410원 부분

원고는 갑 제8호증의 2(농지조성비자진납부서에 첨부된 일용노무비지급명세서․크레인사용확인서․자급지출요청서․지급품의서 등)의 기재를 근거로 위 복토(밭 조성)노무비로 21,577,410원을 지출하였으므로 위 비용이 ⁠‘자본적 지출액 등’에 해당하여 필요경비로서 양도가액에서 공제되어야 한다고 주장하나, 위 갑 제8호증의 2의 기재에 의하더라도 위 각 서류의 형식과 내용, 특히 지출명목(○○리연수원조경공사․가로수식재사업 등으로 기재되어 있음)․작성자란(임DD이 작성한 것으로 기재되어 있음)․결재란(전무 성명 불상자의 서명이 있음)․크레인 사용처(사용회사명란에 ⁠‘CCC’이라고기재되어 있음) 등의 기재를 보면 이는 원고가 운영하고 있는 다른 어떠한 사업체의 필요경비로 처리하는 과정에서 작성된 문서로 보일 뿐, 위 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 토지의 복토(밭 조성) 노무비로 지출하였다거나 나아가 소득세법 제97조 제1항 제2호의 ⁠‘자본적지출액 등’에 부합하는 비용에 해당한다고 인정하기에는 부족하고, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 분묘이장비 1억 원 부분

가) 과세근거로 되는 과세표준의 증명책임은 과세관청에 있는 것이고, 과세표준은 수입으로부터 필요경비를 공제한 것이므로 수입 및 필요경비의 증명책임은 과세관청에 있다 할 것이나, 필요경비는 납세의무자에게 유리한 것이고 그 필요경비를 발생시키는 사실관계의 대부분은 납세의무자가 지배하는 영역 안에 있는 것이어서 그가 입증하는 것이 손쉽다는 점을 감안해 보면, 납세의무자가 입증활동을 하지 않고 있는 필요경비에 대해서는 부존재의 추정을 용인하여 납세의무자에게 입증의 필요성을 인정하는 것이 공평의 관념에도 부합한다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조). 한편, 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제한 필요경비의 하나인 양도비 등에 해당하려면 사회통념상 자산을 양도하기 위하여 불가피하게 직접 지출한 비용이어야 하고(대법원 1996. 11. 22. 선고 92누12088 판 결 참조), 현행 세법상 양도비의 지급 한도가 특별히 규정되어 있지 아니한 이상, 그 실제 지출비용이 사회통념에 비추어 상당한 대가관계를 월등히 초과하였다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 실제 지출비용을 필요경비로 인정하여야 할 것이다(대법원 1991. 1. 25. 선고 90누6439 판결, 대법원 1991. 7. 12. 91누2250 판결, 대법원 1990. 11. 27. 선고 90누4808 판결 등 참조).

나) 갑 제6, 7, 12, 15호증, 을 제6호증(각 가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 제1심 증인 이EE의 증언, 제1심법원의 사단법인 FF협회에 대한 사실조회 회신 결과 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있다.

① 원고와 사단법인 FF협회 사이에 2011. 12. 21.경 작성된 이 사건 토지에 관한 매매계약서에는 특약사항으로 ⁠“위 부동산에 소재한 묘지4기(무연분묘포함)에 대하여 잔금지급과 동시 이장하여야 한다(단, 이장동의서를 제출하고 2012년 한식일까지는 유예할 수 있다).”, ⁠“총 매매대금 중 이억 오천만 원은 묘지연고자에게 묘지이장 비용으로 지급한다(묘지기수 4개).” 등이 기재되어 있고, 위 매매계약서에는 매도인으로 원고, 매수인으로 사단법인 FF협회 이외에 보증인으로 이EE의 인장이 날인되어 있고, 매매계약서의 내용을 보면 이EE이 계약이행의 연대보증인이 된다고 기재되어 있다.

② VV은행 ○○지점장이 발행한 2012. 2. 20.자 액면 1,000만 원짜리 자기앞수표 5장(바가10074061, 바가10074062, 바가10074073, 바가10074074, 바가10074075) 중 앞 2장(지급일자 2012. 4. 6.)은 이EE이 배서하였고, 그 다음의 2장(지급일자 2012. 3. 6.)은 에이엠시스템 주식회사가 배서하였으며, 나머지 1장(지급일자 2012. 4. 6.)에는 배서인이 기재되어 있지 않다.

③ 이EE은 2012. 7. 20.경 원고에게 ⁠‘1억 원을 이천시 ○○면 ○○리 112-13내 묘지(7기) 이장비용(묘지연고자 보상비 및 이장비용)으로 영수하여 위 금액 외 증감에 대하여는 차후 일체 재청구하지 않을 것을 확약’한다는 내용이 기재된 영수증을 작성 및 교부하였고, 같은 날 이EE 명의의 NNN 예금계좌에 원고로부터 5,000만 원이 입금된 후 대체출금되었다.

④ 사단법인 FF협회의 자금관리 담당자인 김UU은 2012. 7. 21.경 원고에게 ⁠“매매계약서에 명시된 분묘 이장 예상비용 2.5억 원은 분묘 이장이 완료되면, 매수인이 매도인을 대신해 비용을 지급한 후, 매매대금에서 이를 차감하기로 되어 있던 것”이나, 사정이 생겨 ⁠“본인이 이장업무를 관장할 수밖에 없었고, 이장비용도 본인이 매도자로부터 받아 이장 책임자에게 지급할 수밖에 없었으며”, ⁠“분묘 이장 책임자 이EE에서 선수금으로 지급할 금액 자기앞수표 5천만 원을 2012. 2. 20. 직접 매도자 원고로부터 건네받아 원고의 입회하에 이EE에게 지급하였고, 분묘 이장이 완료된 이후엔 매도자 원고로 하여금 직접 이EE에게 5천만 원을 지급하도록 하였다”는 내용이 기재된 사실확인서를 작성․교부하였고, 사실확인서에 첨부된 2012. 5. 2.자 확인서에는 이 사건 토지에 관한 매매대금 중 잔금 6억 원이 2012. 5. 2.자로 사단법인 FF협회에 지급된 것으로 기재되어 있다.

⑤ 제1심법원의 사실조회에 대하여 사단법인 FF협회는 ⁠‘묘지 이장 건은 계약서상 보증인 이EE이 책임지고 진행하였으며 계약서상 묘지 이장비는 2억 5,000만 원이었으나, 이EE이 1억 원 정도면 묘지 이장이 가능하다고 하여 자금관리 담당 직원인 김UU이 묘지 이장비용으로 2012. 12. 20. 매도자 원고로부터 자기앞수표 5,000만 원을 건네받아 원고의 입회하에 이EE에게 전달하였고, 나머지 5,000만 원도 원고가 이EE에게 직접 지급하도록 하였으므로, 묘지 이장비용의 지급에 관한 아무런 증빙서류가 없다’는 취지로 회신한 바 있다.

⑥ 제1심 증인 이EE은 제1심 법정에서 ⁠‘원고로부터 묘지 이장비 명목으로 5,000만 원을 통장(계좌)으로, 김UU으로부터 액면가 1,000만 원짜리 자기앞수표 2장으로 2,000만 원을 더 지급받아서 합계 7,000만 원을 지급받았다(나머지 3,000만 원의 경우 김UU이 자기앞수표로 소지하고 다니다가 직접 분묘 이장비용으로 지출하였다)’, ⁠‘이 사건 토지에는 분묘가 총 7기 있었는데, 그중 수원에 있는 분묘 2기의 경우 묘지연고자가 TT상회라는 쌀가게를 하고 있었는데 협의가 잘 되지 않아 30번도 더 찾아가 해결을 하였으며, 위 수원에 있는 분묘 2기의 묘지 이장비로 4,700만 원을 지출하였고, 나머지 5기의 분묘 이장비로 1,750만 원을 지출하였으며 관련하여 영수증이 있는 것으로 알고 있고, 나머지는 증인이 경비로 사용하였는데 이에 관한 영수증은 현재 가지고 있지는 않다’, ⁠‘분묘 7기 중 연고 분묘는 4기이고, 나머지 3기는 무연고 분묘였는데, 무연고 분묘의 경우 이천시로부터 개장공고허가를 받아서 해결하였다’, ⁠‘사단법인 FF협회 측에 소유권이전등기가 경료될 때 아직 이장되지 않은 묘지는 위 4,700만 원을 준 수원에 있는 분묘 2기가 있었고, 나머지 묘지 5기는 이미 이장된 상태였다’, ⁠‘나중에 원고로부터 증인 계좌에 입금된 5,000만 원 중 4,700만 원은 다시 사단법인 FF협회 쪽으로 들어가 위 수원에 있는 분묘 2기의 이장을 위한 4,700만 원지출에 사용되었고, 나머지 300만 원은 증인의 경비로 사용되었다’ 등의 취지로 증언하였다.

⑦ 한편, 이 사건 토지에 존재하던 무연고 분묘 3기에 대하여 2012. 3. 7.경과 2012. 4. 9.경 두 차례에 걸쳐 분묘개장공고가 이루어진 바 있다.

다) 위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 보면 알 수 있는 다음과 같은 사정에 의하면, 이 사건 토지를 양도하기 위하여 불가피하게 직접 지출한 양도비 등 또는 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위한 자본적 지출액 등으로서 분묘 이장비용으로 실제 지출된 비용은 7,000만 원이라고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 그를 초과하는 비용이 지출되었다는 점을 인정하기에는 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있고, 소득세법 제97조 제1항에 따라 위 7,000만 원이 이 사건 토지의 양도가액에서 필요경비로 서 공제되어야 한다.

○ 매도인인 원고와 매수인인 사단법인 FF협회는 매매계약 체결 당시부터 이 사건 토지 내에 이장이 필요한 분묘가 있음을 인식하고 분묘 이장비용으로 2억 5,000만 원을 예상하여 매매계약서를 작성하였고, 실제 이 사건 토지에 존재하는 무연고 분묘 3기에 대하여 분묘개장공고가 이루어진 사실이 인정되며, 이는 이 사건 토지내 분묘 이장의 책임자였던 제1심 증인 이EE의 증언과도 부합하므로, 이 사건 토지내에 존재하는 분묘의 개수가 다소 명확하지 않은 측면이 있더라도 이 사건 토지 내에 이장이 필요한 분묘가 있었음은 명확하고, 이 사건 토지를 양도하기 위하여 불가피하게 분묘 이장비용이 지출되어야 하는 상황이었다고 할 것이다.

○ 원고가 김UU을 통해 이EE에게 분묘 이장비용 지출 목적으로 교부하였다는 액면금 1,000만 원짜리 자기앞수표 5장 중 2장에만 이EE의 배서가 되어 있고, 이는 제1심 증인 이EE이 원고로부터 2,000만 원을 수표로 받아 소지하고 다니다가 분묘 이장비용 등으로 지출하였다는 취지의 증언과도 부합하므로 이EE이 이 사건 토지에 존재하였던 분묘들의 이장비용으로 2,000만 원(위 자기앞수표 2장)을 실제로 지출하였다고 봄이 타당하나, 나머지 3,000만 원(나머지 자기앞수표 3장)의 경우 이EE이 배서인으로 기재되어 있지 않아 그 수취인이 이EE이라고 단정하기 어려우며, 갑 제12호증의 기재나 제1심법원의 사단법인 FF협회에 대한 사실조회회신 결과만으로는 위 3,000만 원(자기앞수표 3장)을 이 사건 토지 내의 분묘 이장비용으로 지출하였음을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할만한 객관적인 자료도 존재하지 아니한다.

○ 한편, 이EE이 그 명의의 계좌로 원고로부터 입금받은 5,000만 원의 경우, 이EE이 위 금원을 원고로부터 지급받았다가 같은 날 대체출금되었다는 사실이 객관적인 금융자료에 의하여 확인되고 있고, 이는 위 금원이 수원에 있는 연고 분묘 2기의 이장비용과 경비 등으로 바로 지출되었다는 취지의 제1심 증인 이EE의 증언과 부합할 뿐만 아니라, 나아가 원고가 제출한 갑 제12호증의 기재나 제1심법원의 사단법인 FF협회에 대한 사실조회 회신 결과의 기재와도 일치하므로, 위 5,000만 원의 경우 실제 이 사건 토지에 존재하는 분묘의 이장비용으로 지출된 것으로 보인다.

○ 설령 위와 같이 이EE이 분묘 이장비용으로 지출한 것으로 인정할 수 있는 7,000만 원이 사회통념상 자산을 양도하기 위하여 불가피하게 직접 지출한 비용으로서 ⁠‘양도비 등’에 해당되지 아니한다고 하더라도, 위와 같은 분묘 이전비용은 분묘 이장을 함으로써 이 사건 토지상에 존재하는 제3자의 분묘기지권을 소멸시켜 이 사건 토지의 자산가치를 현실적으로 증가시키는 것으로서, 양도자산의 용도변경․개량 또는 이용편의를 위한 비용으로서 자본적지출액 등에 해당한다고 할 것이므로 소득세법 제97조 제1항 제2호, 구 소득세법 시행령 제163조 제3항 제3호에 따라 필요경비로서 공제되어야 할 것이다.

5) 소결론

따라서 이 사건 토지의 양도가액에서 필요경비 등으로 공제되어야 할 부분은 분묘 이장비용으로 지출된 7,000만 원이라고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서만 이유 있다.

라. 8년 자경농지로서 감면대상 여부에 관한 판단

구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 같은 법 시행령 제66조 제13항에 의하면, 양도소득세 감면대상인 8년 자경농지에 해당하려면 ⁠“거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작”하여야만 한다.

을 제2~4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 1999. 11. 2 .부터 2011. 4. 19.까지 CCC전자(미용기구 제조), 2002. 3. 14.부터 2010. 12. 31.까지 주식회사 CCC(헤어드라이기 제조), 2003. 1. 13.부터 2005. 3. 31.까지 SSS(부동산임대), 2005. 5. 26.부터 2010. 12. 31.까지 CCC전자 주식회사(미용기구 제조), 2005. 8. 1.부터 2008. 8. 1.까지 주식회사 CCC무역창전(무역), 2005. 11. 7.부터 2010. 10. 11.까지 주식회사 CCC무역(화장품도매), 2012. 10. 12.부터 현재까지 주식회사 CCC(헤어드라이기 제조)을 각 운영하면서 2000년도에 수입금액 약 13억 7,000만 원, 2001년도에 수입금액 약 20억 7,000만 원, 2002년도에 수입금액 약 10억 1,900만 원, 2003년도에 수입금액 약 4억 원, 2004년도에 수입금액 약 1억 원, 2005년도에 수입금액 약 2억 6,000만 원, 2006년도에 수입금액 약 1억 6,000만 원, 2007년도에 수입금액 약 1억 4,000만 원, 2008년도에 수입금액 약 4억 1,000만 원, 2009년도에 수입금액 약 6억 4,000만 원, 2010년도에 수입금액 약 4억 2,000만 원, 2011년도에 수입금액 약 2,000만 원의 실적을 낸 사실, 원고는 2000년도에 25회 출국(기간 100일), 2001년도에 13회 출국(기간 49일), 2002년도에 13회 출국(기간 64일), 2003년도에 9회 출국(기간69일), 2004년도에 20회 출국(기간 113일), 2005년도에 19회 출국(기간 107일), 2006년도에 9회 출국(기간 43일), 2007년도에 5회 출국(기간 27일), 2008년도에 10회 출국(기간 34일), 2009년도에 9회 출국(기간 35일), 2010년도에 16회 출국(기간 95일), 2011년도에 7회 출국(기간 40일), 2012년도에 6회 출국(기간 39일)한 기록이 있는 사실 등을 인정할 수 있다.

위 인정사실에 의하면, 원고는 이 사건 토지를 보유하고 있었던 기간 동안 상당한 수입금액을 얻는 다른 사업을 영위하였던 것으로 보이고, 상당한 출국기록이 나타나고 있으며, 원고도 스스로 전업 농업인이 아니라 사업과 농작물 경작을 병행하였음을 자인하고 있으므로, 구 조세특례제한법 제69조 제1항 본문, 같은 법 시행령 제66조 제13항에 의하여 ⁠“거주자가 그 소유농지에서 농작물의 경작에 상시 종사하거나 농작업의 1/2 이상을 자기의 노동력에 의하여 경작”하는 경우로 양도소득세의 감면대상이 아니라고 할 것이고, 원고가 제출한 갑 제10, 11, 13호증의 기재만으로는 위 감면대상에 해당된다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 정당한 세액의 계산 이 사건 토지의 양도가액에서 앞서 본 바와 같이 필요경비로 인정되는 분묘 이장비용 7,000만 원을 추가로 공제하여 이 사건 토지의 양도차익을 산정하면 아래 표 기재와 같이 합계 2,313,429,080원이 되고, 위 양도차익을 기초로 정당세액을 계산하면, 아래 표 기재와 같이 1,350,237,875원이 산정되므로, 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분 중 1,350,237,875원을 초과하는 부분은 취소되어야 할 것인바, 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다. 제1심판결은 일부 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결 중 위에서 취소하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2018. 09. 06. 선고 서울고등법원 2018누39050 판결 | 국세법령정보시스템