요지

납세자가 지출 비용에 토지 관련 매입세액과 비관련 매입세액이 혼재되어 있는 경우, 어느 비용이 토지 관련 매입세액에 해당하는지는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주            문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

  가. 이 사건 소 중 2012년 1기분 부가가치세 및 가산세 16,530,710원을 초과하는 취소청구 부분, 2012년 2기분 부가가치세 및 가산세 29,372,580원을 초과하는 취소청구 부분, 2013년 2기분 부가가치세 및 가산세 8,998,860원을 초과하는 취소청구 부분은 각 각하한다.

  나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송 총 비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

  피고가 2014. 6. 2. 원고에 대하여 한 2012년 1기분 부가가치세 및 가산세49,537,820원, 2012년 2기분 부가가치세 및 가산세 29,372,580원, 2013년 2기분 부가가치세 및 가산세 8,998,860원의 각 과세처분을 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결을 변경하여 청구취지 기재와 같은 취소판결을 구한다.

나. 피고

  제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

이            유

1. 처분의 경위

   법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장요지

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

나. 관계 법령

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

다. 판 단

(1) 토지 관련 매입세액의 불공제

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를

인용한다.

(2) 이 사건의 경우

(가) 사실인정

  이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 아래에서 수정하는 부분 외에는 제1심 판결의 이유 중 해당 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

▣ 수정하는 부분

제1심 판결의 이유 중 ⁠‘2. 다. ⁠(2) ⁠(가) 5)항’ 부분(제1심 판결문 7쪽 20째줄부터 8쪽 17째줄까지)을 다음과 같이 수정한다.

『5) 그 후 체결한 이 사건 ② 용역계약은 이 사건 지구개발사업의 실시계획을 승인받기 위하여 관할 관청에 제출할 서류의 준비 등에 관한 것으로서, 소외 회사가 원고에게 ⁠‘이 사건 지구개발사업에 관한 실시설계 및 실시계획의 수립과 지구단위계획 및 각종 인허가에 필요한 기술적인 용역’을 제공하고, 원고는 이에 대한 대가로 7억 8,000만 원(부가가치세 별도)을 지급하는 것을 내용으로 한다. 소외 회사가 제공하는 구체적인 용역 및 각 용역에 대한 견적가는 각 다음과 같다(갑 제15호증의 1, 2 참조).

1. 조사비: 합계액 356,000,000원

가. 항공측량: 26,000,000원

나. 토질조사: 32,000,000원

다. 교통영향분석 및 개선대책: 70,000,000원

라. 환경영향평가: 144,000,000원

마. 사전재해영향성 검토: 56,000,000원

바. 문화재지표조사: 28,000,000원

2. 기본 및 실시설계: 합계액 241,000,000원

가. 토목(기본 및 실시설계): 181,000,000원

나. 조경: 23,000,000원

다. 전기 ⁠(가로등): 37,000,000원

3. 지구단위계획 및 인허가: 합계액 185,000,000원

가. 지구단위계획(용도지역변경 포함) 신청 및 인허가 도서 작성(지형도면고시도 작성, 산지 및 농지전용 협의․허가도서 작성): 185,000,000원

4. 견적가의 합계액: 782,000,000원(부가가치세 별도)

(나) 법리의 적용

1) 피고의 전반적인 주장취지는 ⁠“지구개발사업 실시계획 승인을 받으면 토지의 법적 규제가 변경되어 토지의 현실적인 가치가 증대되므로, 위 실시계획 승인을 얻기 위하여 들어간 비용은 전부 토지 관련 매입세액에 해당한다.”라는 것이다.

그러나 앞서 본 바와 같이 기본적으로 원고의 사업은 ⁠‘토지를 취득하여 그 토지 위에 관광휴양시설을 조성하는 것’을 내용으로 하고, 달리 ⁠‘원고가 토지만 개발한 후 이를 타에 처분할 계획’이라고 볼 만한 증거는 없다. 그렇다면 원고가 지출한 비용에는 토지 관련 매입세액 뿐만 아니라 관광휴양시설의 신축 등 토지와 아무런 관련이 없는 매입세액이 혼재되어 있다고 봄이 타당하고, 따라서 어느 비용이 토지 관련 매입세액에 해당하는지는 사업의 내용, 지출의 목적과 경위 등에 비추어 각 비용마다 개별적으로 판단하여야 한다.

위 실시계획 인가를 위한 비용의 경우에도, 위 실시계획 인가로 인해 토지의 법적 규제가 변경되는 측면이 있으나, 그로 인하여 개발행위, 건축허가를 받은 것으로 의제되는 등 관광휴양시설의 조성행위가 허가되는 측면도 크고, 더욱이 위 인가를 받으려는 직접직인 목적이 ⁠‘토지의 현실적인 가치 증대’가 아니라 오히려 ⁠‘관광휴양시설의 조성’이라는 점 등을 고려할 때, 단순히 토지의 법적 규제가 변경된다는 점만을 근거로 위 인가와 관련된 비용 전부를 토지 관련 매입세액, 즉 ⁠‘토지의 현실적인 가치를 증대시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용’으로 단정하기는 어렵다.

따라서 각 비용항목마다 그 비용지출로 인하여 토지의 현실적인 가치가 증대되는지 또는 토지의 현실적인 가치 증대를 직접적인 목적으로 하는지를 살펴 개별적으로 판단함이 타당하다. 이하에서는 이를 전제로 각 용역대금에 대해 살펴본다.

2) 이 사건 ① 용역대금의 경우

앞서 본 사실 및 관련 법령 등을 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 ① 용역대금은 원고가 이 사건 지구개발사업의 시행자로 지정받기 위하여 지출한 비용에 해당할 뿐, 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출로서 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용으로 보기 어렵다.

㉮ 이 사건 ① 용역대금 관련 세금계산서(갑 제4호증의 1)의 품목란에 ⁠‘CC시 DD동 관광지 조성계획을 위한 민간사업자 지정용역’이이라고 기재되어 있는 점에 비추어 보면, 위 ① 용역대금은 이 사건 ① 용역계약에 따라 지급된 용역대금으로 봄이 타당하다[이와 관련하여 피고는 세금계산서 발행시기 및 세금계산서 발행금액 등을 근거로 위 ① 용역대금이 이 사건 ② 용역계약과 관련된 것일 가능성이 있다는 취지로 주장하나, 위 세금계산서 품목란 기재가 허위인 점은 피고가 증명하여야 할 것인데, 실제 용역이 완료된 것으로 볼 수 있는 민간사업자 지정시점(2012. 2. 10.), 원고가 주장하는 ① 용역계약금액 감액경위 등에 비추어 볼 때, 피고가 주장하는 사정만으로는 위 인정을 뒤집기에 부족하다].

㉯ 그런데 이 사건 ① 용역계약의 주된 목적은 구 지역균형개발법 제16조 제1항, 제2항, 제3항에 따라 ⁠‘개발촉진지구 안에서 지역개발사업(지구개발사업)을 시행할 수 있는 지위’, 즉 시행자의 지위를 얻기 위한 것이고, 시행자로 지정된다고 하여 바로 토지 관련 법적 규제가 변경되거나 토지의 현실적인 가치가 증대되지는 않는다.

㉰ 실제로 위 시행자 지정을 받기 위하여 검토되는 사항은 ⁠‘개발계획에 따른 사업 내용 및 규모, 재원의 조달능력, 지역개발사업의 시행능력 및 경험, 다른 지역개발사업과의 연계성 등’ 사업의 타당성, 사업수행능력과 관련된 것일 뿐 토지와 관련된 사항도 아니다.

㉱ 또한 위 ① 용역계약에는 사전환경성 및 경관성 검토, 진입로 검토 등이 포함되어 있으나, 이 역시 위 지구개발사업의 타당성 등에 관련된 것으로 보일 뿐 토지의 법적 규제 변경을 목적으로 하는 것은 아니라고 보인다.

3) 이 사건 ② ~ ⑥ 용역대금의 경우

가) 이 사건 ② ~ ⑥ 용역대금의 경우 이 사건 ② 용역계약의 대금으로서 지급된 것이고, 위 ② 용역계약의 주된 목적은 지구개발사업 실시설계 승인인 것으로 보인다. 그런데 앞서 본 바와 같이 지구개발사업 실시계획 승인으로 인하여 토지의 법적 규제가 변경되는 측면이 있다고 하더라도, 이것만으로 위 실시계획 승인을 위한 비용 전부를 토지 관련 비용이라고 단정할 수는 없으므로, 각 비용항목별로 개별적으로 살펴보면 다음과 같다.

ⅰ) 조성비

○ 항공측량 및 토질조사: 관광휴양시설 조성사업계획 수립, 비용산출, 관련 도서 작성의 기초 자료 확보 등을 위한 사업준비과정으로 보일 뿐, 이를 토지취득비용 또는 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용이라고 보기는 어려움.

○ 교통영향분석 및 개선대책: 관광휴양시설 사업의 시행에 따라 발생하는 교통량, 교통흐름의 변화 및 교통안전에 미치는 영향을 조사․예측․평가하고 그와 관련된 각종 문제점을 최소화할 수 있는 방안을 만드는 것이므로(도시교통정비촉진법 참조), 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용이라고 보기 어려움

○ 환경영향평가: 관광휴양시설 사업이 환경에 미치는 영향을 미리 조사 예측하여 해로운 환경영향을 피하거나 제거 또는 감소시킬 수 있는 방안을 마련하는 것이므로(환경영향평가법 참조), 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용이라고 보기 어려움

○ 사전재해영향성 검토: 관광휴양시설 사업으로 인한 재해유발요인을 예측․분석하고 이에 대한 대책을 마련하는 것이므로(자연재해대책법 참조), 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용이라고 보기 어려움

○ 문화재지표조사: 건설공사 관련 사업계획 수립 시 해당 공사 지역에 대한 유적의 매장과 분포 여부를 확인한 후 필요한 경우 문화재보호에 필요한 조치를 강구하기 위한 것이므로(매장문화재 보호 및 조사에 관한 법률 참조), 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용이라고 보기 어려움.

ⅱ) 기본 및 실시설계

○ 토목설계: 이 사건 ② 용역계약이 건축설계, 건축시설의 부대 조경계획 및 설계, 구역외 기반시설(상수도인입시설, 하수․오수처리시설 등)의 설계를 제외하고 있는 점7)에 비추어 볼 때, 여기서의 토목설계는 건축물 및 시설물의 기초공사에 해당하는 설계라기보다 부지조성공사 설계에 가까울 것으로 판단되므로, 이는 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용에 해당함

○ 조경설계: 조경은 토지와 일체를 이루어 토지의 가치를 증대시키는 것이므로, 조경설계비용 역시 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용에 해당함

○ 전기(가로등)설계: 전기시설, 가로등시설 역시 토지와 일체를 이루어 토지의 이용가치를 증대시키는 것이고, 별도로 독립된 경제적 가치가 있는 것이 아니므로, 전기(가로등) 설계비용 역시 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용에 해당함.

ⅲ) 지구단위계획 및 인허가

○ 지구단위계획(용도지역변경 포함) 신청 및 인허가 도서 작성(지형도면고시도 작성, 산지 및 농지전용 협의․허가도서 작성) 관련 비용: 이 부분 용역은 토지의 법적 규제를 변경시켜 토지의 이용가치를 증대시키는 것이므로, 토지의 가치를 증대시키거나 토지의 가치증대를 목적으로 하는 비용에 해당함.

나) 계산방법

그렇다면 이 사건 ② ~ ⑥ 용역대금에서 토목설계, 조경설계, 전기(가로등)설계, 지구단위계획 신청 및 인허가 도서 작성 각 관련 비용은 토지 관련 매입세액으로서 매입세액 불공제를, 나머지 비용은 매입세액 공제를 하여야 한다. 그런데 위 ② ~ ⑥ 용역대금이 ⁠‘어떤 특정 용역에 대하여 지급된 금액’이 아니라 ⁠‘이 사건 ② 용역계약에 따른 전체 용역대금의 일부’로서 지급된 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 결국 매입세액 불공제할 액수(또는 매입세액 공제할 액수)는 각 용역대금 별로 다음과 같은 산식에 의하여 산정할 수밖에 없다.

○ 매입세액 불공제액(또는 매입세액 공제액):

②~⑥ 각 용역대금 × 매입세액 불공제 대상 비용의 합계액(또는 매입세액 공제 대상 비용의 합계액) / 전체 용역의 견적액 합계 78,200,000원

따라서 위 산식에 따라 피고가 원고에게 부과하였어야 할 정당한 부가가치세 및 가산세를 계산하면 다음과 같다.(표생략)

다) 기타 피고의 주장에 대한 판단

피고는 ⁠“2013. 4. 26. 원고가 실시계획 승인을 받음에 따라 이 사건 ②용역계약에 따른 용역은 위 시점에 모두 완료된 것으로 보아야 하는데, 이 사건 ⑥ 용역대금의 경우 그 세금계산서가 위 용역완료시점의 과세기간(2013년 1기)을 지난 2013. 10. 31.에야 발행되었으므로, 이러한 측면에서 위 용역대금 전액에 대해 매입세액 공제를 받을 수 없다.”라는 취지로 주장한다.

그러나 ㉠ 본래 실시계획 승인을 받으면 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 상의 개발행위 역시 허가받은 것으로 의제되는 점, ㉡ 따라서 이 사건 ② 용역계약체결 당시 원고와 소외 회사도 실시계획 승인을 받으면 당연히 개발행위 허가의 효력까지 발생함을 전제로 하였을 것인 점, ㉢ 그럼에도 ⁠(불상의 이유로) 행정청에서 실시계획 승인과 별도로 개발행위허가를 받으라고 하였고, 이에 소외 회사가 별도로 관련서류를 작성․제출함으로써 2013. 7. 11.에야 별도로 개발행위허가를 받은 점 등에 비추어 보면, 그 용역은 2013. 7. 11.까지 계속되고 있었다고 봄이 타당하다.

따라서 용역의 실제 제공일과 이 사건 ⑥ 용역대금의 세금계산서 발행일이 적어도 같은 과세기간(2013년 2기)에 속하므로, 피고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) 기타 원고의 주장에 대한 판단

원고는 ⁠“EE리조트, FF파크 등의 개발사업과 관련하여 실시계획 승인 관련 용역대금이 전부 매입세액으로 공제되었음에도, 원고만 달리 취급하는 것은 조세평등주의에 반한다.”라는 취지로 주장하나, EE리조트, FF파크의 경우 위 실시계획 승인 관련 용역대금이 매입세액으로 공제되었다고 볼 만한 자료가 없을 뿐만 아니라, 다른 개발사업의 경우 이를 토지 관련 매입세액으로 보아 불공제한 선례도 있는 것으로 보이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(3) 소결론

이를 토대로 피고가 원고에게 부과하였어야 할 각 부가가치세 및 가산세의 정당세액을 계산하면 다음 표와 같다.(표생략)

3. 피고의 직권취소

그런데 피고는 당심의 변론종결일 이후 이 사건 처분 중 위 정당세액을 초과하는 부분에 대하여 직권으로 취소하였는바, 사실심 변론종결일 이후라도 소송요건이 소멸되면 더 이상 본안판결을 할 수 없다고 할 것이므로, 결국 위 직권취소된 부분에 대하여는 더 이상 원고가 그 취소를 구할 이익이 없게 되어 각하하여야 한다.

4. 결 론

그렇다면 이 사건 소 중 위 정당세액을 초과하는 취소청구 부분은 피고의 직권취소에 의하여 각하하여야 하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없어 기각하여야 하는데, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 원고의 항소를 일부 받아들여 이를 위와 같이 변경한다. 이에 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울고등법원 2017. 04. 17. 선고 서울고등법원(춘천) 2015누1057 판결 | 국세법령정보시스템