요지

감사지적에 따라 감면에 대한 신고내용의 검증을 위하여 관련 자료만을 중심으로 이루어 졌음에도 불구하고 재조사가 금지되는 중복된 세무조사임 해외법인에 대하여 매출채권 회수를 지연시킨 것에 정당한 사유가 있음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심 판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 별표 ⁠‘부과처분 및 불복세액’ 중 ⁠‘이 사건처분’란 기재 2010 사업연도 내지 2014 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 별표 ⁠‘부과처분 및 불복세액’ 중 ⁠‘이 사건 처분’란 기재 2010 사업연도 내지 2014 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘원고 주장정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소부분을 취소한다. 피고가 2015. 7. 1. 원고에 대하여 한 별표 ⁠‘부과처분 및 불복세액’ 중 ⁠‘이 사건 처분’란 기재 2010 사업연도 내지 2012 사업연도 귀속 각 법인세 부과처분 중 ⁠‘원고 주장 정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분(각 가산세 포함)을 모두 취소한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고, 위 취소부분에 해당하는 원고의 청구를

기각한다. 

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 제1심 판결의 해당 이유 부분을 아래와 같이 고치는 것 외에 제1심 판결의 제1항 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제4쪽 제17행의 ⁠‘피고는’부터 제21행까지를 아래와 같이 고침

피고는 이에 따라 2015. 7. 1. 원고에 대하여 2010년 귀속 법인세로 333,693,770원 을, 2011년 귀속 법인세로 480,720,130원을, 2012년 귀속 법인세로 1,717,646,440원을 추가로 납부할 것을 고지함으로써, 기존의 이 사건 1차 부과처분의 각 해당 금액에 위 각 금액을 더한 금원으로 2010 ~ 2012년 법인세를 각 증액경정처분하고(이하 위 각 증액경정처분을 통틀어 ⁠‘이 사건 증액경정처분’이라 한다), 2013년 귀속 법인세 7,013,793,870원, 2014년 귀속 법인세 13,336,768,030원을 각 부과처분하였다(이하 위 2013년, 2014년 각 법인세부과처분을 ⁠‘이 사건 2013, 2014년 각 부과처분’이라 하고,

위 증액경정처분과 통틀어 ⁠‘이 사건 증액경정처분 등’이라 한다).

○ 제5쪽 제1행, 제6행, 제8, 9행의 각 ⁠‘이 사건 증액경정처분’을 ⁠‘이 사건 증액경정처분 등’으로 고침

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지 이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 월 15일 이상 해외에 체류한 임직원(이하 ⁠‘장기해외출장직원’이라 한다)과 재입사자도 이전본사 근무인원에 해당하고, 피고가 이전본사 근무인원의 판단기준으로 입사자도 이전본사 근무인원에 해당하고, 피고가 이전본사 근무인원의 판단기준으로 제시한 ⁠‘월 15일 이상 해외체류 여부’는 법적근거 없는 자의적 기준으로 위법하다.

2) 피고는 2010 ~ 2012년 귀속 각 법인세에 관하여 중복하여 세무조사를 하고 그 결과를 토대로 이 사건 처분을 하였으므로 구 국세기본법(2015. 12. 15. 법률 제13552 호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국세기본법’이라 한다) 제81조의4 제2항을 위반한 것 이다. 따라서 이 사건 처분 중 2010 ~ 2012년 귀속 각 법인세의 경우 적어도 이 사건 1차 부과처분을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3) 원고의 BBB법인에 대한 매출채권 지연회수는 BBB법인의 재정상태 악화에 따라 불가피하게 이루어진 것이다. 이를 재화거래와 구분된 별도의 자금대여행위로 보 아 정상가격 조정을 할 수 없다. 또한 원고가 BBB법인에 대한 매출채권을 지연하여 회수한 것이 업무무관 가지급금으로 볼 수 없으므로, 위 매출채권 관련 차입금의 지급 이자는 손금불산입 대상이 될 수 없다.

나. 관계법령

별지 ⁠‘관계법령’ 기재와 같다.

다. 이전본사 근무인원에 장기해외출장직원과 재입사자도 포함되는지 여부(이 사건 1차 부과처분 및 이 사건 증액경정처분 등 관련)

1) 관련 법리

구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 제2호, 제2항 제2호, 제3항에 의하면, 법인 이 본사를 대통령령이 정하는 수도권생활지역 외의 지역으로 대통령령이 정하는 바에 적으로 다투지는 아니하나, 이 사건 증액경정처분 등에서 ⁠‘월 15일 이상 해외 체류 임직원’의 이전본사 근무인원 제외의 위법 성을 다투고 있고, ⁠‘월 15일 이상 해외 체류 임직원’에는 ⁠‘월 20일 이상 해외 체류 임직원’이 포함되므로, 원고는 이 사건 1차 부과처분의 ⁠‘월 20일 이상 해외 체류 임직원의 이전본사 근무인원 제외’의 위법성도 함께 다투는 것으로 선해한다. 따라 2014년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나, 수도권 밖에 2017년 12월 31일까지 공장 또는 본사를 신축하여 사업을 개시하는 경우에는 ⁠‘당해 과세연도의 과 세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액’에 ⁠‘당해 과세연도 이전본사 근무 인원의 연간급여총액이 법인 전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율’과 ⁠‘당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권생활지역 안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원 의 합계인원에서 차지하는 비율’을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대하여, 이 전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 6년 이내에 종료하는 과세 연도에 있어서는 법인세 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 50/100에 상당하는 세액을 감면하도록 규정하면서, 여기서 ⁠‘이전본사 근무인 원’이라 함은 수도권생활지역 외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연 평균인원에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권생활지역 외의 지역 에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하 며, ⁠‘수도권생활지역 안의 본사 근무인원’이라 함은 본사의 이전 후 수도권생활지역 안 에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에 의한 법인세 감면의 요건에 관한 증명책임은 그 감면사유를 주장하는 납 세의무자에게 있다고 할 것이고, 한편 ⁠‘수도권생활지역 외의 지역에서 본사업무에 종사 하는 상시근무인원’에 해당하는지 여부는 구체적인 사건에서 당해 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등 제반 사정을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2008두7830 판결 등 참조).

2) 판단

앞서 본 인정사실 및 증거들, 을 제1, 2호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더 하여 인정되는 다음과 같은 사정을 모두 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로 는 구 조세특례제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따른 감면비율 계산 시 장기해외출장 직원과 재입사자를 ⁠‘이전본사 근무인원’에 포함시켜야 한다고 보기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이 사건 1차 부과처분을 포함해 이 사건 증액 경정처분 등에서 장기해외출장직원들과 재입사자들을 이전본사 근무인원에서 제외하여 해당 각 법인세를 계산한 피고의 행위는 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부 분 주장은 이유 없다.

 가) 원고는 장기해외출장직원과 재입사자가 이전본사 근무인원에 해당한다는 점 에 관하여 이를 직접적으로 인정할만한 증거를 제출한 바 없다.

 나) 원고는 이 사건 1차 조사 당시 피고에게 해외파견직원 현황표.해외출장직원 현황표, 해외출장직원의 출장명령서.출장보고서.출장비에 대한 회계전표 등을 제출하 였고, 원고의 직원 김한상과 대전지방국세청 세무공무원간에 해외파견직원의 업무 등 에 관한 문답이 이루어진 것으로 보인다. 그러나 원고 직원들의 근무장소, 근무형태, 업무내용 및 업무의 지시 복명 관계 등에 관한 제반사정을 종합하여 이전본사 근무인 원에 해당하는지 여부를 판단하기 위해서는 위 자료 외에도 원고 소속 장기해외출장직 원들과 해외파견직원을 구분하는 사규 등의 객관적 기준, 장기해외출장직원과 해외파 견직원의 업무내용 및 근무형태를 파악할 수 있는 자료 등이 필요할 것으로 보이나 원 고는 이를 인정할 수 있는 객관적인 자료를 제출하지 못하고 있다. 이에 따라 장기해 외출장직원들과 재입사자들이 구 조세특례제한법 제63조의2 제3항 소정의 ⁠‘본사 업무’ 에 종사하는지 등 가장 기본적인 사항조차 확인할 수 없다.

 다) 더욱이 피고가 이 사건 세무조사 당시 원고로부터 확보한 원고의 해외현지 법인 인원.소속변경시 감면율과 관련된 엑셀자료 출력물(을 제1호증), 해외현지법인 인 원조정 관련 Memo 출력물(을 제2호증)의 내용에 의하면, 원고가 장기해외출장직원, 해 외파견직원, 재입사자의 업무를 업무상 필요에 의해서 구분한 것이 아니라 법인세를 최대한 감면시키는 방법으로 인위적인 소속변경을 한 것으로 보이는 사정도 엿보인다.

라. 중복 세무조사금지 원칙 위배 여부(이 사건 증액경정처분 관련)

 1) 관련 법리

 세무조사는 국가의 과세권을 실현하기 위한 행정조사의 일종으로서 국세의 과세 표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하고 장부·서류 그 밖의 물건을 검 사·조사하거나 그 제출을 명하는 일체의 행위를 말하며, 부과처분을 위한 과세관청의 질문조사권이 행하여지는 세무조사의 경우 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인 정되는 자 등(이하 ⁠‘납세자 등’이라 한다)은 세무공무원의 과세자료 수집을 위한 질문 에 대답하고 검사를 수인하여야 할 법적 의무를 부담한다. 한편 같은 세목 및 과세기 간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성 등을 심각하게 침 해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지될 필요가 있다. 이러한 세무조사의 성질과 효과, 중복세무조사를 금지하는 취지 등에 비추어 볼 때, 세무공무원의 조사행 위가 실질적으로 납세자 등으로 하여금 질문에 대답하고 검사를 수인하도록 함으로써 납세자의 영업의 자유 등에 영향을 미치는 경우에는 국세청 훈령인 구 조사사무처리규 정(2015. 6. 30. 국세청훈령 제2105호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조사사무처리규정’ 이라 한다)에서 정한 ⁠‘현지확인’의 절차에 따른 것이라고 하더라도 그것은 재조사가 금 지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 보아야 한다. 그러나 과세자료의 수집 또는 신고내용 의 정확성 검증 등을 위한 과세관청의 모든 조사행위가 재조사가 금지되는 세무조사에 해당한다고 볼 경우에는 과세관청으로서는 단순한 사실관계의 확인만으로 충분한 사안 에서 언제나 정식의 세무조사에 착수할 수밖에 없고 납세자 등으로서도 불필요하게 정 식의 세무조사에 응하여야 하므로, 납세자 등이 대답하거나 수인할 의무가 없고 납세 자의 영업의 자유 등을 침해하거나 세무조사권이 남용될 염려가 없는 조사행위까지 재 조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당한다고 볼 것은 아니다. 그리고 세무공무원의 조사 행위가 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’에 해당하는지 여부는 조사의 목적과 실시경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단할 수밖에 없을 것인데, 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사 실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한 질문조 사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’로 보기 어렵지만, 그 조사행위가 실질적으로 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위한 것으로서 납세자 등의 사무실·사업장·공장 또는 주소지 등에서 납세자 등을 직접 접촉하여 상당한 시일에 걸쳐 질문하거나 일정한 기간 동안의 장부·서류·물 건 등을 검사·조사하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 재조사가 금지되는 ⁠‘세무조사’ 로 보아야 할 것이다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조)

 2) 인정사실

 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 본 인정사실 및 증거들에 변론 전체의 취지 를 더하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

 가) 이 사건 1차 조사는 피고가 2013년 대전지방국세청 정기감사 시 원고에 대 한 현장확인을 지시받아 원고의 본사 지방이전 감면의 적정 여부 및 해외현지법인 인 건비의 적정 여부를 확인하기 위한 목적으로 2013. 12. 23.부터 2014. 1. 10.까지 이루 어졌다.

 나) 피고 소속 직원들은 이 사건 1차 조사기간 중 원고의 사업장을 방문하여 고 용보험 취득자 조회내역, 근로소득 원천징수영수증, 해외파견직원의 이메일 보고 내용, 해외파견명령 임직원현황표, 해외출장직원 현황표, 출장명령서, 출장보고서 및 출장비 관련 회계전표 등의 자료를 제출받았고, 원고 소속 직원에 대하여 해외현지법인에서의 원고 소속 직원들의 근무내용, 근무일수 등에 관한 문답을 실시하기도 하였다. 위 자료 들은 원고 소속 해외출장직원들의 이전본사에서의 근무일수와 근무내용에 관한 자료, 해외파견직원들 중 파견명령 취소 후에도 해외에서 장기체류하며 근무한 임직원들에 관한 자료, 해외파견직원들이 해외현지법인에서 수행한 업무내용, 해외현지법인의 조직 구조 및 근무인원, 해외파견직원들에 대한 원고의 급여 지급액, 원고와 해외현지법인 사이의 금전거래내용, 해외현지법인의 연도별 수입금액 및 당기순이익 등을 파악하기 위한 것에 해당한다.

 다) 이 사건 1차 조사는 ⁠‘원고의 이전본사 근무인원을 재계산하고, 원고의 해외 현지법인에 파견된 직원의 급여를 원고가 지급한 것은 부당행위계산부인 대상에 해당 되므로 손금불산입되어야 한다.’고 결정된 후 종결되었다.

 라) 피고는 2014. 2. 28. 원고에게 이 사건 1차 부과처분을 위한 과세예고통지를 하면서 ⁠‘과세예고 종류’란에 ⁠‘실지조사에 따른 파생자료, 단순자료처리’라고 기재하였다. 마) 그 후 대전지방국세청은 원고가 2010년부터 2013년까지 신고한 내용에 대 한 성실도를 분석한 결과 불성실혐의가 있다고 인정하여 신고의 적정성을 검증하기 위 해 국세기본법 제81조의6 제1항에 의하여 원고를 세무조사 대상자로 선정하였고, 이 사건 세무조사는 2015. 1. 20.부터 2015. 3. 31.까지 이루어졌다.

 바) 대전지방국세청은 이 사건 세무조사 기간 중 원고가 구 조세특례제한법에 따라 법인세를 최대한 감면받기 위하여 대안 1 내지 4를 마련하여 해외현지법인에 파 견된 직원들을 해외현지법인으로 소속을 변경하는 방안을 강구하였던 자료(을 제2호 증)를 획득하였다.

 사) 대전지방국세청은 위 자료를 토대로 2010 사업연도부터 2014 사업연도까지 원고의 장기해외출장직원과 재입사자를 이전본사 근무인원에서 제외하여 구 조세특례 제한법 제63조의2 제2항 제2호에 따른 감면비율을 재계산하였다.

 3) 판단

 가) 구 조사사무처리규정 제3조 제1호는 ⁠‘세무조사’에 대하여 ⁠‘각 세법에 규정하 는 질문조사권 또는 질문검사권 및 ⁠「조세범 처벌법」,「조세범 처벌절차법」에 따라 조사공무원이 납세자의 국세에 관한 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위 하여 납세자 또는 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 질문하고, 장부·서 류·물건 등을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 행위로서 조사계획에 의해 실시하는 것을 말하며, 일반세무조사와 조세범칙조사로 구분한다.’고, 제3조 제2호는 ⁠‘현장확인’에 대하여 ⁠‘세원관리, 단순 과세자료 처리 또는 세무조사 증거자료 수집 등 다음 각 목의 어느 하나에서 예시하는 업무 등을 처리하기 위하여 납세자 또는 그 납세자와 거래가 있다고 인정되는 자 등을 상대로 현장확인 계획에 따라 현장출장하여 사실관계를 확인 하는 행위를 말한다.’고 각 규정하면서, 제3조 제2호의 각 목으로 ⁠‘가. 자료상혐의자료, 위장가공자료, 조세범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인 만으로 처리할 수 있는 업무, 나. 위장가맹점 확인 및 신용카드 고액매출자료 등 변칙 거래 혐의 자료의 처리를 위한 현장출장·확인업무, 다. 세무조사 과정에서 실시하는 납 세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 거래사실 등 사실관계 여부 확인업무, 라. 민원 처리 등을 위한 현장출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무, 마. 사업자에 대한 사업장현황 확인이나 기장확인 업무, 바. 거래사실 확인 등을 위한 계좌 등 금융거래 확인업무’를 두고 있다.

나) 앞서 본 법리와 위 관련 규정의 내용, 취지 등에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 앞서 본 인정사실 및 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같 은 사정을 모두 종합해 보면, 이 사건 1차 조사는 실질적으로 재조사가 금지되는 ⁠‘세무 조사’에 해당하는 것으로 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 증액경정처분은 위법한 재조 사에 해당하는 이 사건 세무조사에 기초하여 부과된 것이므로, 이 사건 증액경정처분 의 각 세액 중 이 사건 1차 부과처분의 각 해당 세액을 초과하는 부분은 위법하다.

 (1) 이 사건 1차 조사가 개시된 경위는 피고가 2013년 대전지방국세청 정기감 사 시 원고의 본사 지방이전 감면의 적정 여부 및 해외현지법인 인건비의 적정 여부에 대한 현장확인을 지시받았기 때문이다(다만, 여기서 조사의 개시가 국세청 내부의 감사 에 따른 것인지, 조사명목이 현장확인인지 여부 등은 그 조사가 세무조사에 해당하는 지 여부와는 직접적인 관계가 없다.). 그런데 본사 지방이전에 따른 법인세 감면에 대 한 적정성 여부 등을 판단하도록 한 취지는 단순히 사실관계의 확인에 그치는 것이 아 니라, 해당 연도 법인세의 정확한 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하도록 하는 것에 있다고 보이고, 피고는 실제로 이 사건 1차 조사 이후인 2014. 3. 3. 원고에 대한 2008 년 ~ 2012년 각 귀속 법인세를 경정하였다.

 (2) 구 조사사무처리규정 제3조 제22호에 따르면 ⁠‘실지조사’란 ⁠‘납세자의 사무 실·사업장·공장 또는 주소지 등에 출장하여 직접 해당 납세자 또는 관련인을 상대로 실시하는 세무조사를 말한다.’라고 규정하여, ⁠‘실지조사’를 ⁠‘현장확인’과 구분되는 세무 조사의 한 방법으로 규정하고 있다. 그런데 피고는 2014. 2. 28. 원고에게 이 사건 1차 부과처분을 위한 과세예고통지(갑 제7호증의 1)를 하면서 ⁠‘과세예고 종류’란에 ⁠‘실지조 사에 따른 파생자료, 단순자료처리’라고 기재하였다.

 (3) 피고 소속 직원들은 2013. 12. 23. ~ 2014. 1. 10.까지 19일 동안 원고의 사업장을 방문하여 원고의 직원들과 직접 접촉하면서 본사 지방이전에 따른 법인세 감 면의 적정 여부 등의 판단과 관련이 있거나 그러한 관련성이 있을 것으로 의심되는 장 부·서류·물건 등을 제출받아 검사·조사하였고, 원고 소속 직원에게 그에 대한 질문을 하였다. 위와 같은 조사기간, 조사장소, 조사자의 행위 태양 등을 종합하여 보면, 이 사 건 1차 조사는 실질적으로 세무조사와 다를 바가 없다고 판단된다.

 (4) 이 사건 세무조사는 이 사건 제1차 조사의 대상 과세기간인 2010 ~ 2012 각 사업연도와 조사대상기간이 동일하고, 해당 세목도 이 사건 제1차 조사의 조사대상 세목과 동일한 위 각 사업연도의 법인세이며, 한편, 이 사건 제1차 조사나 이 사건 세 무조사 모두 위 각 사업연도의 ⁠‘해외출장직원의 이전본사 근무인원 해당 여부’를 공통 된 조사내용으로 하였다.

 (5) 이에 대하여 피고는 ⁠‘이 사건 1차 조사가 세무조사에 해당한다고 하더라도 이는 감사지시에 따른 부분조사로서 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무 리였으므로 예외적으로 재조사가 허용된다.’고 주장한다. 보건대, 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리 였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우 예외적으로 구 국세기본법 제81조의4 제2항에 서 금지하는 재조사에 해당하지 아니할 수 있는데, 다만 이 경우는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것으로 국한된다 ⁠(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 참조). 그런데 앞서 본 바와 같이 이 사 건 1차 조사가 이루어진 경위는 대전지방국세청 정기감사 시 원고의 본사 지방이전 감 면의 적정 여부 및 해외현지법인 인건비의 적정 여부에 대한 현장확인을 지시받았기 때문이고, 이에 따라 피고는 이 사건 1차 조사에서 원고의 본사 지방이전 감면의 적정 여부 등을 조사하였다. 그럼에도 피고는 또 다시 이 사건 세무조사에서 원고의 ⁠‘본사 지방이전 감면의 적정 여부’와 관련한 동일한 항목을 조사함으로써, 위와 같이 예외적으로 허용되는 재조사의 한계를 넘어서게 되었다. 따라서 피고의 이 부분 주장은 이유 없다. ⁠(6) 또한 피고는, ⁠‘이 사건 세무조사는 예외적으로 재조사가 허용되는 구 국세 기본법 제81조의4 제2항 제1호 소정의 ⁠“조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우”에 근거하여 이루어진 것이므로 적법하다.’라고 주장한다. 그러나 구 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호에서 재조사가 예외적으로 허 용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’는 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상 당한 정도로 인정되는 경우로 한정되어야 하고(대법원 2016. 7. 7. 선고 2016두34387 판결 참조), 한편, 위법한 세무조사를 금지하고 세무조사권의 남용을 방지하고자 하는 구 국세기본법 제81조의4의 규정 취지에 비추어 보면, 재조사의 예외적인 허용사유는 재조사 개시 당시에 구비되어야 하는바(대법원 2017. 4. 27. 선고 2014두6562 판결 참 조), ① 피고가 ⁠‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료’라고 주장하는 을 제2호 증은 이 사건 세무조사를 통해 비로소 발견된 것이고, 달리 이 사건에서 위 세무조사 가 개시되기 이전에 예외적으로 중복조사가 허용된다고 볼만한 사유가 엿보이지 않는 점, ② 을 제2호증은 원고의 의뢰를 받고 삼일회계법인이 원고의 절세에 도움이 되는 방향으로 직원들의 소속변경 등 조직개편 추진 여부를 검토한 컨설팅자료로, 그 자체 로는 어떠한 위법사유가 명백히 존재한다고 보기 어려워 이를 ⁠‘조세탈루 혐의를 인정 할 만한 명백한 자료’라고 평가하기도 어려운 점 등에 비추어, 피고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다. 마. BBB법인에 대한 매출채권 지연회수와 관련한 원고 주장의 당부(이 사건 2013, 2014년 각 부과처분 관련)

1) 인정사실 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 본 인정사실 및 증거들, 갑 제8 내지 10호 증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, 다음과 같은 사실이 인정 된다.

가) AAAA 주식회사(이하 ⁠‘AAAA’이라 한다)는 BBB CCCC 주정부와 체결한 협약에 따라 CCCC주에 풍력발전단지를 개발.건설하는 사업(이하 ⁠‘이 사건 풍력발전단지 개발사업’이라 한다)을 추진하기로 하였다. 원고는 위 사업과 관련하여 2010. 11. 12. AAAA과 사이에 CCCC주 내에 풍력타워 생산을 위한 BBB법인을 설립하여 풍력타워 생산공장을 건립하고 AAAA BBB법인에 풍력타워를 공급하기 로 하는 내용의 ⁠‘풍력타워 공장설립 및 생산협약’을 체결하였다.

 나) 원고는 BBB법인과 제반 관리업무용역의 제공과 관련하여 판매지원계약, 경영기술지원용역계약을 체결하여 수수료를 수취하였고, BBB법인의 제품제조에 필 요한 원부자재를 공급하는 내용의 자재공급계약을 체결하였다.

 다) 그러나 AAAA의 이 사건 풍력발전단지 개발사업 지연으로 인하여 BBB 법인은 설립된 이후부터 정상적인 사업 영위가 어려운 상황에 놓이게 되었고, 삼성물 산과 원고는 2012. 3. 8. 위 사업계획을 축소변경하기로 합의하면서 AAAA이 원고에 게 최대 6,390,000 BBB달러를 지원하는 등 AAAA의 사업지연으로 인한 원고의 경영애로를 지원한다는 내용의 ⁠‘경영애로 지원 합의’를 하였다. 라) 위 경영애로 지원 합의에 의하여 AAAA이 예상한 사업일정은 아래 표 기 재와 같고, 원고는 2012. 11. 30. BBB법인에 최초로 원부자재 매출을 발생시키고 이 를 매출채권으로 계상하였다. 원고의 위 최초 매출채권이 회수된 일자는 2013. 5. 2.이 고, 원고가 2014. 12. 31.까지 BBB법인에 원부자재를 공급하여 발생한 매출채권 중 2014. 10. 31.까지 발생한 매출채권 대부분은 매출채권 발생일로부터 45일이 경과된 이후 회수되었다. 마) 한편, BBB법인의 연도별 재무상태 및 경영성과는 아래 표 기재와 같다. 바) BBB법인이 AAAA BBB법인으로부터 이 사건 풍력발전단지 개발사업 지연으로 인하여 수령하게 된 보상금은 아래 표 기재와 같다.

 사) 원고가 BBB법인에 대한 매출채권을 지연회수한 부분과 관련하여 피고가 회수가 지체된 기간(매출채권 발생일로부터 45일이 경과된 이후의 기간)의 정상이자를 익금산입하고, 관련 지급이자를 손금불산입한 내역은 아래 표 기재와 같다.

 2) 매출채권 지연회수로 인한 정상가격 조정의 적법 여부

 가) 국제조세조정에 관한 법률(이하 ⁠‘국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제 10호는 ⁠‘정상가격이란 거주자, 내국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자 와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말한다.’고, 제4조 제1항 본문은 ⁠‘과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에 서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자(내 국법인과 국내사업장을 포함한다. 이하 이 장에서 같다)의 과세표준 및 세액을 결정하 거나 경정할 수 있다.’고 각 규정하고 있다. 또한, 국제조세조정에 관한 법률 시행령(이 하 ⁠‘국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제6조 제7항은 ⁠‘거주자와 국외특수관계인의 국 제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자율은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이 자율로 한다. 이 경우 거주자와 국외특수관계인의 자금거래는 통상적인 회수기간 및 지급기간이 지난 채권의 회수 및 채무의 지급 등 사실상의 자금거래를 포함한다.’라고 규정하여, 거주자와 국외특수관계인 사이의 통상적인 회수기간 및 지급기간을 넘어서 는 채권 회수의 경우를 정상가격조정 대상거래로 보고 있다. 한편, 국제조세조정법 제5조 제1항 본문은 ⁠‘정상가격은 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 재화 또는 용역의 특성 ㆍ기능 및 경제환경 등 거래조건을 고려하여 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방 법으로 계산한 가격으로 한다.’고, 같은 조 제2항은 ⁠‘제1항에 따른 정상가격 산출방법에 관한 구체적인 사항은 대통령령으로 정한다.’고 각 규정하고 있고, 국제조세조정법 시 행령 제5조 제1항은 ⁠‘법 제5조 제1항에 따라 정상가격을 산출할 때에는 다음 각 호의 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다.’고 규정하면서, 1호부터 5호 까지 ⁠‘특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비 교가능성이 높을 것’ 등 나름의 기준을 두고 있다.

나) 앞서 본 인정사실 및 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 모두 종합하여 보면, 원고가 BBB법인으로부터 통상적인 채권회수 기간 보다 지연하여 회수한 것이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결 여하였다고 보기 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 2013, 2014년 각 부과처분을 함에 있 어 원고의 매출채권 지연회수와 관련하여 정상이자를 익금산입한 것은 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

 (1) 원고가 BBB법인을 설립한 목적은 AAAA과의 협약에 따라 이 사건 풍력발전단지 개발사업에 공급하게 될 풍력타워를 공급하기 위한 것이었으므로, 캐나 다법인의 매출은 AAAA이 추진하는 이 사건 풍력발전단지 개발사업의 진행 정도에 따라 영향을 받을 수밖에 없었다.

 (2) 원고는 2012. 3. 8. AAAA과 합의하여 BBB법인이 이 사건 풍력발전 단지 개발사업 지연으로 인한 피해를 보상받기로 하였고, 2013년 사업연도부터 BBB 법인의 당기순이익이 발생하기 시작하였으나, BBB법인의 2013년, 2014년 각 사업연 도 당기순이익과 BBB법인이 2013년, 2014년 각 AAAA BBB법인으로부터 수령 한 사업지연으로 인한 보상금이 당장의 BBB법인의 누적적자를 만회할 정도에 이르 는 금액은 아니었던 것으로 보인다.

 (3) 원고가 통상적인 약정 지급기한인 매출채권 발생일로부터 45일 이상의 기 간이 경과된 이후 매출채권을 회수하였다고 하더라도, 원고는 최초 발생 매출채권부터 지속적으로 채권을 회수하여 왔고, 결국 2014. 11. 30.부터는 채권 회수가 지연됨이 없 이 모두 회수가 된 점, 해당 사업의 성격 및 제반 사정에 비추어 원고가 해외사업에 새롭게 진출한 상황에서 초기에 일부 손실이 발생하더라도 적극적인 투자를 계속할 수 밖에 없었던 것으로 보이는 점 등을 종합해 보면, 원고의 매출채권 회수가 부당하게 지연되어 자국의 과세권이 침해되었다거나 국제적인 조세회피의 결과가 발생하였다고 볼 정도에 이르렀다고 보기 어렵다(따라서 ⁠‘원고가 기존에 BBB법인의 해외사업이 계 속 적자 상태여서 매출채권의 지연회수가 충분히 예상됨에도 BBB법인에 매출채권을 발생시킨 것은 원고의 불가피한 사정이라고 보기 어렵다.’는 피고의 주장은 받아들이지 아니한다.). 오히려 원고가 BBB법인으로부터 매출채권을 즉시 회수하는 것보다 이 사건 풍력발전단지 개발사업의 지연으로 인하여 자본잠식 상태에 빠지게 된 BBB법 인의 정상화를 통하여 원고의 이익을 안정적.지속적으로 창출하고자 한 것이 보다 경 제적으로 합리성이 있는 행위였다고 보인다.

 (4) 이에 대하여 피고는 ⁠‘국제조세조정법에 의하면, 정상이자 익금산입과 관련 하여 행위의 부당성이나 조세회피의 목적은 요구되지 않으므로, 경제적 합리성 여부로 원고의 매출채권 지연회수 등의 당부를 판단하는 것은 부적절하다.’는 취지로 주장한 다. 그러나 ① 국제조세조정법 제2조 제1항 제10호에서 정상가격을 ⁠‘거주자, 내 국법인 또는 국내사업장이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거 나 적용될 것으로 판단되는 가격’으로, 국제조세조정법 시행령 제6조 제7항 제1호는 ⁠‘통상적인 회수기간 및 지급기간이 지난 채권회수 등에서의 정상이자율’을 ⁠‘통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율’로 각 규정하고 있는 점, ② 여기서 ⁠‘통상적인 거래’, ⁠‘통상적인 회수기간 및 지급기간이 지난 채권회수 등에서의 정 상이자율’, ⁠‘통상적인 자금거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 이자율’ 등의 문언 자체에 부당행위계산부인에서의 합리적 결여성의 의미가 내포되어 있다고 볼 수 있는 점, ③ 한편, 국제조세조정법 제5조 제1항은 정상가격 산출방법과 관련하여 ⁠‘정상 가격은 다음 각 호의 방법 중 가장 합리적인 방법으로 계산한 가격으로 한다.’고 규정 하고 있는데, 여기서도 정상가격 해당 여부를 판단하기 위해 경제적 합리성 유무를 판 단기준으로 제시하고 점, ④ 국제조세조정법 시행령 제6조 제9항은 ⁠‘법 제5조 제1항에 따라 정상가격 산출방법을 적용할 때 경제적 여건이나 사업전략 등의 영향이 여러 해 에 걸쳐 발생함으로써 해당 사업연도의 자료만으로 가격ㆍ이윤 또는 거래순이익을 산 출하는 것이 합리적이지 아니할 경우에는 여러 사업연도의 자료를 사용할 수 있다.’고 규정하고 있는데, 여기서 ⁠‘사업전략’이란 국제조세조정에 관한 법률 시행규칙 제2조 제 1항 제7호에 의하면 ⁠‘시장침투, 기술혁신 및 신제품 개발, 사업 다각화, 위험 회피 등 기업의 전략’을 의미하므로, 기업이 특수관계인과의 거래에서 통상적인 거래에 적용되 는 가격보다 적은 대가를 받는 등의 행위를 하더라도 그것이 경제적 합리성을 갖춘 전 략적 판단에 따른 것이라면 정상가격에 해당한다고 볼 수 있는 점 등에 비추어, 원고 의 매출채권 지연회수에 따른 정상이자의 익금산입 여부를 판단함에 있어서는 경제적 합리성 여부도 함께 고려되어야 할 것이어서, 피고의 위 주장은 이유 없다.

 3) 매출채권 지연회수로 인한 지급이자의 손금불산입 적법 여부

 가) 법인이 특수관계자로부터 지급받아야 할 매매대금의 회수를 정당한 사유 없 이 지연시키는 것은 실질적으로 매매대금이 계약상의 의무이행기한 내에 전부 회수된 후 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 매매대금 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목이 규정하는 ⁠‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 아니한다(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두15541 판결 등 참조).

 나) 앞서 본 인정사실 및 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 BBB법인에 대하여 매출채권 회수를 지연시킨 것에 정당한 사유가 결여되었다고 단정할 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 2013, 2014 년 각 부과처분을 함에 있어 원고가 정당한 이유 없이 BBB법인에 대한 매출채권의 회수를 지연하였다고 보아 그에 상당하는 차입금의 지급이자를 손금불산입한 것은 위 법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

 (1) 원고가 애초에 BBB법인의 변제자력이 없었음에도 BBB법인에 원부자 재를 공급하였던 이유는 이 사건 풍력발전단지 개발사업이 축소되기는 하였으나 그 진 행이 중단되었던 것은 아니었고, AAAA과 체결한 합의에 따라 BBB법인의 풍력타 워 공급은 변함없이 진행되어야 했으며, BBB법인이 AAAA BBB법인에 차질 없 이 풍력타워를 공급하는 것이 결국 이 사건 풍력발전단지 개발사업을 순조롭게 진행시 킬 수 있는 방법이었기 때문이다.

 (2) 만약 원고가 자회사인 BBB법인의 변제자력이 없다는 이유로 원부자재 를 공급하지 아니하거나 원부자재 매출채권에 대한 채권회수 절차를 진행하였다면, 원 고는 오히려 이 사건 풍력발전단지 개발사업에 차질을 빚어 종국적으로는 BBB법인 을 설립한 원고의 이익을 침해하게 되었을 것이다.

 (3) 결국 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 풍력발전단지 개발사업이 신속히 진행되도록 하여 BBB법인이 AAAA BBB법인에 풍력타워를 납품하여 당기순이 익을 증가시켜 부채를 상환하는 것이 변제자력이 없는 BBB법인으로부터 매출채권을 조기에 회수하는 것보다 경제적 합리성이 있는 행위였던 것으로 보이므로, 원고가 캐 나다법인으로부터 회수를 지연한 매출채권 상당액은 법인세법 제28조 제1항 제4호 나 목이 규정하는 ⁠‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당한다고 보기 어렵다. 바. 정당한 세액 먼저 이 사건 처분 중 2010 ~ 2012년 각 사업연도의 부과처분과 관련하여, 장기해 외출장직원과 재입사자를 이전본사 근무인원에서 제외하고 그에 따라 법인세가 부과된 부분은 적법하나(이 사건 1차 부과처분에서 20일 이상의 장기해외출장직원을 이전본사 근무인원에서 제외한 것도 마찬가지이다.), 이 사건 세무조사에 따라 법인세가 새로이 각 추가된 부분은 위법하므로 이 부분은 취소되어야 하고, 그에 따라 정당세액을 계산 해 보면 별표 중 2010 ~ 2012년 각 사업연도의 ⁠‘정당세액’란 기재 각 금액과 같다. 다음으로 이 사건 처분 중 2013, 2014년 각 사업연도의 부과처분과 관련하여, 장 기해외출장직원과 재입사자를 이전본사 근무인원에서 제외하고 그에 따라 법인세가 부 과된 부분은 적법하나, BBB법인에 대한 매출채권 지연회수에서 정상이자를 익금에 산입하고 관련 지급이자를 손금불산입하여 법인세가 부과된 부분은 위법하므로 이 부 분은 취소되어야 하는바, 그에 대한 정당세액은 별표 중 2013, 2014 각 사업연도의 ⁠‘정 당세액’란 기재 각 금액과 같다(을 제6호증의 1, 2 각 참조). 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 각 정당세액을 초과하는 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론 을 일부 달리하여 부당하므로, 원고와 피고의 각 항소를 일부씩 받아들여 제1심 판결 을 주문과 같이 변경한다.

출처 : 대전고등법원 2018. 01. 18. 선고 대전고등법원 2017누12931 판결 | 국세법령정보시스템