요지

모회사가 쟁점주식을 시가보다 높은 가액으로 매입한 것으로 보아 부당행위계산 부인규정을 적용하여 원고들에게 종합소득세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2013. 6. 17. 원고 진○○에 대하여 한 2007년 귀속 종합소득세 ○○억○○○원, 2013. 2. 12. 원고 김○○에 대하여 한 2007년 귀속 종합소득세 ○억○○○원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 진○○은 비상장법인인 ○○○(이하 ⁠‘○○○'라 한다)의 대표이사 겸 주주로서 ○○○ 주식 107,900주를 보유하였던 자이고, 원고 김○○은 원고 진○○의 배

우자로서 ○○○ 발행주식 11,500주를 보유하고 있었다.

나. 코스닥 상장법인인 주식회사 ○○○○(이후 ○○○으로 상호가 변경, 이하 ⁠‘○○○○’라고 한다)는 2006. 5. 26. ○○○와 사이에 주식을 포괄적으로 교환하여 ○○○○를 완전모회사, ○○○를 완전자회사로 하는 내용의 주식교환계약(이하 ⁠‘이 사건 교환계약’이라 한다)을 체결하였다. 위 교환계약을 체결함에 있어 ○○○○와 ○○○는 ○○회계법인에 의뢰하여 ○○○ 발행 주식을 1주당 76,305원으로 평가하고, 코스닥시장의 거래가액을 기초로 ○○○○ 발행 주식 1주당 가치를 6,595원으로 산정한 다음, ○○○ 주식 1주당 ○○○○ 주식 11.57013주의 비율로 교환하는 것으로 약정하였다.

다. ○○○○와 ○○○는 2006. 7. 14. 임시주주총회를 개최하여 이 사건 교환계약에 대한 승인을 얻었고, 이후 2006. 8. 18. 주식교환으로 인하여 ○○○○는 ○○○의 완전모회사가 되었고, ○○○는 ○○○○의 완전자회사가 되었다.

라. 원고들은 2006. 8. 18.자 주식교환으로 원고들이 보유하던 ○○○ 주식 전부가 ○○○○에게 양도된 것으로 보고, 위 양도된 주식과 원고들이 취득하는 ○○○○ 신주의 시가와의 차액을 양도차익으로 하여, 2007. 5.경 양도소득세를 신고·납부하였다.

마. 서울지방국세청장은 2009. 8. 25.부터 2009. 10. 20.까지 ○○○○에 대한 법인세 통합조사를 실시하여, 이 사건 교환계약의 성립일은 주주총회 승인이 이루어진 2006. 7. 14.이고, 원고들을 비롯한 이○○, 정○○ 등 ○○○의 주요개인주주들(이하 ⁠‘주요개인 주주들’이라 한다)은 2006. 7. 14. 현재 ○○○○의 주주인 ○○○의 임원 또는 임원의 배우자로서, 주요개인주주들과 ○○○○가 법인세법상 특수관계자에 해당한다고 보았다.

이에 서울지방국세청장은 2010. 1. 4. ○○○○에게, ○○○○가 주요개인주주들로부터 ○○○ 주식을 시가보다 높은 가격으로 매입하였으므로 구 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조의 부당행위계산부인규정을 적용하여, 시가와 거래가액과의 차액을 ○○○○의 법인세 소득금액 계산시 손금 불산입하는 한편 주요개인주주들에 대하여는 기타소득으로 처분하겠다는 취지의 세무조사 결과를 통지하였다.

바. 이후 ○○○○가 원천징수신고납부의무를 이행하지 아니하고 폐업하자 피고가위 마. 항의 내용과 같은 과세자료를 통보받아 2013. 2. 1. 원고 진○○에게 2007년 귀속 기타소득 금액 ○○억 ○○○원을 소득금액변동통지하였고, 원고 진○○이 종합소득세를 신고하지 아니하자 2013. 6. 17. 원고에게 2007년 귀속 종합소득세 ○○억 ○○○원(가산세 포함)을 결정·고지하였다. 또한 피고는 2012. 4.경 원고 김○○에게 2007년 귀속 기타소득 금액 ○억 ○○○원을 소득금액변동통지하였고, 원고 김○○이 종합소득세 신고를 게을리하자 2013. 2. 12. 원고 김○○에게 2007년 귀속 종합소득세 ○억 ○○○원(가산세 포함)을 결정·고지하였다(이하 원고들에 대한 각 종합소득세 부과처분을 ⁠‘이 사건 각 처분’이라 한다).

사. 원고들은 이에 불복하여 2013. 8.경 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나,2015. 5. 12. 기각되었다.

[인정 근거] 다툼없는 사실, 갑 제1, 4, 5, 6호증, 을 제1, 제2호증의 1 내지 4, 제9, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 피고는 이 사건 교환계약에 대한 주주총회 승인일인 2006. 7. 14.을 기준으로 원고들이 ○○○○의 특수관계자에 해당한다고 보았으나, 특수관계자 해당 여부는 이 사건 교환계약일인 2006. 5. 26.을 기준으로 판단해야 하고 이 사건 교환계약 당시 원고들은 ○○○○의 특수관계자가 아니었다. 따라서 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없다.

2) 이 사건 주식 교환 비율을 정하기 위한 ○○○ 주식의 평가액은 증권거래법령에서 정하는 기준에 따라 정당하게 산정된 것으로서 법인세법 제52조의 ⁠‘시가’에 해당함에도, 피고는 위와 같은 정당한 시가가 아닌 상속세 및 증여세법상 보충적 평가방법을 적용하였으므로 위법하다.

3) 원고들의 ○○○○ 신주 인수가 부당행위계산으로 부인된다고 하더라도, 부인되는 소득금액의 계산은 주식교환일 ○○○○ 주식의 종가인 6,930원이 아니라 주식교환 비율의 기준주가인 6,595원을 기준으로 이루어져야 함에도 피고는 ○○○○ 주식의 종가를 기준으로 기타소득 금액을 산정하였으므로 위법하다.

4) 피고가 원고들에 대한 양도소득세 부과제척기간이 만료되어 불가변력이 발생한상태에서 위 양도소득세 과세대상과 본질적으로 같은 세목에 대해 이 사건 처분을 한 것은 이중과세에 해당한다.

5) 원고들에 대한 2007년 귀속 종합소득세 부과제척기간은 5년으로 보아야 하고,이 사건 처분은 5년의 부과제척기간이 도과한 후에 이루어졌으므로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 특수관계자 해당 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

구 법인세법 제52조 제1항은􋺵납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하‘특수관계자’라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ⁠‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다􋺶라고 규정하고, 위 특수관계자의 범위에 관하여 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항 제3호에서는􋺵법인의임원·사용인 또는 주주등의 사용인(주주등이 영리법인인 경우에는 그 임원을, 비영리법인인 경우에는 그 이사 및 설립자를 말한다)이나 사용인 외의 자로서 법인 또는 주주등의 금전 기타 자산에 의하여 생계를 유지하는 자와 이들과 생계를 함께 하는 친족􋺶을 규정하고 있다.

즉, 법인세법상 부당행위계산부인규정이 적용되기 위해서는 ① 특수관계에 있는자와의 거래일 것, ② 정상적이 아닌 부당한 행위계산일 것, ③ 법인소득에 대한 조세 부담을 감소시켰을 것(결과) 등의 요건을 갖추어야 한다.

특수관계에 있는 자와의 거래인지 여부를 판단하는 시점에 관하여, 구 법인세법 시행령 제87조 제2항은 ⁠‘그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계자간의 거래(특수관계자외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)’라고 하여 판단의 기준시기를 ⁠‘거래 시기’로 명백히 규정하고 있고, 부당행위계산의 부인은 일정한 특수관계자 사이의 거래가 사회통념이나 관습에 비추어 볼 때 합리적인 경제인이 취할 정상적인 거래로 볼 수 없어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 이를 부인하고 법령이 정하는 방법으로 정부가 소득금액을 계산하는 제도이므로 토지나 주식 등의 취득·양도가 정상적인 거래인가의 여부는 그 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단(대법원 2010. 5. 13. 선고 2007두14978 판결, 대법원 1999. 1. 29. 선고 97누15821 판결 등 참조)하여야 하므로, 법인 혹은 거주자와 그 거래 상대방 사이의 특수관계는 원칙적으로 법인과 특수관계자 사이의 거래시에 존재하여야 하며, 특수관계가 성립되기 이전이나 소멸된 이후에 발생된 거래에 대하여는 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 없다.

2) 이 사건의 적용 여부

갑 제2, 6호증, 을 제6, 7, 제8호증의 1, 2, 제12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, ○○○는 이사회 승인을 얻어, 2006. 5. 25. ○○○○의 대주주 ○○○과 사이에 주식 양수도 및 공동경영 계약을 체결하여 ○○○가 ○○○○ 주식 100만주를 2백억 원에 양수하고 ○○○○를 공동으로 경영하기로 하는 내용의 주식 양수도 및 공동 경영계약을 체결한 사실, ○○○는 같은 날 ○○○에게 계약금 20억 원을 지급한 사실, ○○○는 2006. 6. 21. ○○○에게 잔금 180억 원을 지급하여, ○○○○ 총 발행주식의 9.59%에 해당하는 100만주의 주식을 취득한 사실, 이후 ○○○는 2006. 5. 26. ○○○○와 이 사건 교환계약을 체결하고 2006. 7. 14. 개최된 임시주주총회에서 이 사건 교환계약에 대한 승인을 얻은 사실을 각 인정할 수 있고 반증이 없다.

위 인정사실을 앞서 본 법리에 비추어 본다. ○○○가 2006. 5. 26. 이사회의 승인을 얻어 ○○○○와 사이에 이 사건 교환계약을 체결하면서 교환대상인 주식 수와 그 대금 등 거래내용을 확정함으로써 계약은 성립되었다 할 것이고, 이에 대한 주주총희의 승인결의는 이미 성립한 이 사건 교환계약의 효력을 확인하는 요건의 해당할 뿐이어서(특별한 사정이 없는 한 대표기관의 행위는 회사의 행위로 유효하다), 특수관계자 여부 판정의 기준이 되는 ⁠‘행위 당시’는 주주총회 승인일이 아닌 이 사건 교환계약일이라고 보아야 한다. 그런데, ○○○가 ○○○에게 ○○○○ 주식 1백만주에 대한 대금을 납입하여 ○○○가 ○○○○의 주주가 된 날은 이 사건 교환계약일로부터 약 4주 뒤인 2006. 6.21.이고, 이날부터 원고들은 ○○○○의 주주인 ○○○의 임원 또는 그 배우자로서 특수관계자 지위를 갖게 되었다고 보아야 할 것이다. 그러므로, 이 사건 교환계약일 당시 원고들이 ○○○○의 특수관계자에 해당하였다고 볼 수 없다.

따라서 원고들이 이 사건 교환계약 당시 특수관계자임을 전제로 하여 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 없으므로, 이와 다른 전제에서 원고들을 거래 당시 특수관계자로 인정한 이 사건 처분은, 원고들의 나머지 주장을 더 나아가 따져볼 것 없이 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 정당하므로 인용한다.

출처 : 의정부지방법원 2016. 12. 20. 선고 의정부지방법원 2015구합9204 판결 | 국세법령정보시스템