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지식·노하우 사용대가 국내원천소득 해당 여부 및 특허권 등록 필요성

수원지방법원 2018구합65768
판결 요약
외국법인과 신약개발 관련 계약으로 한국 기업이 지급하는 특허 유지비·마일스톤비는, 국내외 특허 등록 여부와 무관하게 산업상·과학상 지식·노하우의 사용료로 국내원천소득에 해당합니다. 단순 특허권 사용대가가 아닌 포괄적 기술이전 계약으로 보며, 신약개발 등 사용 단계에서도 사용대가로 인정돼, 과세기준이 됩니다.
#국내원천소득 #기술이전계약 #특허권 등록 #산업상 지식 #노하우 사용료
질의 응답
1. 국외에만 등록된 특허권이나 출원 중인 기술에 대한 사용료도 국내원천소득이 되나요?
답변
국외 등록 특허권·출원 중 기술이라도 해당 권리나 정보를 신약개발 등 국내에서 사용하면 그 대가(사용료)는 국내원천소득으로 과세될 수 있습니다.
근거
수원지방법원 2018구합65768 판결은 이 사건 권리 등이 등록 여부와 무관하게 지식·정보·노하우의 사용대가로 국내원천소득임을 인정하였습니다.
2. 신약 개발 등 개발 단계에서도 사용료 과세 대상인가요?
답변
예, 완제품 제조·판매 전 주요 기술정보·노하우를 활용해 개발 단계에 있는 경우에도 사용료 대가로서 국내원천소득에 해당합니다.
근거
2018구합65768 판결에서 정보나 노하우 사용대가는 장차 사용할 권리 포함으로 보아 개발 단계에서 지급한 수수료·마일스톤비도 과세 대상으로 보았습니다.
3. 특허 유지보수비나 마일스톤 비용 지급이 모두 사용료로 과세되나요?
답변
특허 유지보수비, 마일스톤 지불 등 명목과 관계없이 실제로는 기술·정보·노하우를 사용하는 대가면 모두 사용료로 원천징수 과세 대상이 됩니다.
근거
2018구합65768 판결은 특허 유지보수비·마일스톤비 등 명목 불문 사용대가 포함된다고 밝혔습니다.
4. 특허권이 아니어도 정보·노하우 기술이전만으로 원천징수 의무가 생기나요?
답변
권리가 등록된 특허가 아니라도 정보, 노하우 등 산업상·과학상 지식에 해당하면 그 사용권 부여 대가는 원천징수 대상입니다.
근거
동 판결은 지적재산권의 형식적 등록 및 유효여부와 관계없이 실질이 산업·상업상 정보·노하우이면 과세된다고 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

이 사건 계약은 이ㅇㅇㅇ가 동물약품 사업부를 분사하여 원고를 설립하면서 그 기능을 유지하기 위하여 필요한 지적재산권 일체를 이전하기 위한 것으로 보이는바, 이 사건 권리등에 국외에 등록된 특허권이 포함되어 있음을 인정하기 어렵다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2018구합65768 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 플ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ

피 고

○○세무서장 

변 론 종 결

2023. 11. 9.

판 결 선 고

2024. 2. 8.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 8. 1. 원고에 대하여 한 원천징수분 법인세 2015년 7월 귀속 9,319,200원, 2015년 12월 귀속 48,514,120원 합계 57,833,320원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2014. 1. 2. 동물의약품 및 동물의약품 원료의 연구개발, 임상컨설팅, 제조, 매매 및 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

  나. 미합중국(이하 ⁠‘미국’이라 한다) 법인인 Ixxxxx Pharmaceuticals. Inc(이하 ⁠‘이ㅇㅇㅇ’라 한다)는 Vxx xxxxxx Health. Inc(이하 ⁠‘브ㅁㅁㅁㅁ’라 한다)와 사이에 20xx. x. xx. 아래와 같은 내용을 포함한 라이센스 계약을 체결하였다(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다).

라이센스 계약서(LICENSE AGREEMENT)

이ㅇㅇㅇ는 이곳에 정의된 특정 특허권을 소유 및/또는 통제한다.

브ㅁㅁㅁㅁ는 지적 재산권을 이용하기 위해 특허권에 대한 권한을 청구하며, 이ㅇㅇㅇ는 브ㅁㅁㅁㅁ에 대한 특허권의 독점적인 권한의 효과가 발휘되도록 한다. 그리고 이ㅇㅇㅇ와 브ㅁㅁㅁㅁ는 라이센스를 본 계약으로 대체하고자 한다.

1. 정의

  1.2 베xx 라이센스 제품(들)(Bxxxxx Licensed Product(s))은 베xx 특허권의 범위 내에 속하는 무관한 제3자에 대해 브ㅁㅁㅁㅁ 및/또는 브ㅁㅁㅁㅁ의 하위 권리자들(sublicensees)에 의해 만들어지거나, 사용되거나, 수출되거나, 판매되거나 판매를 위해 제안된 것들을 의미한다.

  1.3 베xx 특허권(Baylor Patent Rights)은 별첨 2(별지 2 기재와 같다)에 나열된 미국 특허 및 특허 출원에 의해 나타나거나 발행한 권리[참조된 모든 청구항(claims) 포함]를 의미하며, 별첨 2는 이ㅇㅇㅇ 및 브ㅁㅁㅁㅁ가 공동 면허 소지자로써, 각 경우, 모든 계속출원, 부분계속출원, 분할출원, 가출원, 대체신청서 및 그로부터 발행되는 모든 특허 및 모든 재발행, 재심사, 그에 기인한 갱신 및/또는 연장(모든 보충특허증명서를 포함하는) 및 모든 확인특허 또는 등록 특허 또는 그러한 특허에 기인한 추가특허 및 전술한 사항에 대한 모든 해외 대응을 포함한다.

  1.7 개발계획은 이ㅇㅇㅇ 특허권의 실제 적용에 대한 브ㅁㅁㅁㅁ의 약속을 입증하는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 개발 및/또는 마케팅을 위해 수시로 수정될 수 있는 계획을 의미한다. 최초 개발계획은 발효일로부터 90일 이내에 별첨 5에 첨부한다.

  1.8 장치 개선(Device Improvements)은 장치 특허권(Device Patent Rights)의 대상인 발명을 포함하거나 또는 확장하는 브ㅁㅁㅁㅁ에 의해 실행되도록 고안되었거나 최초로 축소된 특허 신청이, 최종적으로 출원이 가능하든 그렇지 않든, 출원 또는 제출될 수 있는 모든 발명을 의미한다.

  1.9 장치 특허권(Device Patent Rights)은 각 경우, 모든 계속출원, 부분계속출원, 분할출원, 가출원, 대체 신청서, 및 그로부터 발행되는 모든 특허 및 모든 재발행, 재심사, 그에 기인한 갱신 및/또는 연장(모든 보충 특허 증명서를 포함하는) 및 모든 확인 특허 또는 등록 특허 또는 그러한 특허에 기인한 추가 특허 및 전술한 사항에 대한 모든 해외 대응을 포함하여, 별첨3(별지 3 기재와 같다)에 나열된 특허 및 특허 출원에 의해 나타나는 권리에 대한 이ㅇㅇㅇ의 모든 지분을 의미한다.

  1.10 장치 촉진 제품(Device Facilitated Product)은 특허를 받은 장치(Patented Devices)를 사용하여 동물에게 전달되거나, 동물에게 전달할 목적으로 만들어진 모든 제품을 의미한다.

  1.13 INAD 신청(INAD Application)은 동물 의약품을 투여하기 전에 미국 식품의약청에 제출한 실험용 신규 동물 의약품 신청서(Investigational New Animal Drug Application)를

의미한다.

  1.14 지적재산권(Intellectual Property)은 출원이 가능하든 그렇지 않든, 특허권, 특허출원서, 저작권, 상표권, 영업비밀 및 노하우를 포함하되, 이에 국한되지 않고 모든 발명, 개선 또는 발견을 보호하는 모든 법적 권리를 의미한다.

  1.15 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품(들)(Inovio Licensed Product(s))은 이ㅇㅇㅇ 특허권의 범위내에 속하는 무관한 제3자에 대해 브ㅁㅁㅁㅁ 및/또는 브ㅁㅁㅁㅁ의 하위 권리자들(sublicensees)에 의해 만들어지거나, 사용되거나, 수출되거나, 판매되거나 판매를 위해 제안된 것들을 의미한다.

  1.16 이ㅇㅇㅇ 특허권(Inovio Patent Rights)은 각 경우, 모든 계속출원, 부분계속출원, 분할출원, 가출원, 대체신청서 및 그로부터 발행되는 모든 특허 및 모든 재발행, 재심사, 그에 기인한 갱신 및/또는 연장(모든 보충 특허 증명서를 포함하는) 및 모든 확인 특허 또는 등록 특허 또는 그러한 특허에 기인한 추가 특허 및 전술한 사항에 대한 모든 해외 대응을 포함하여, 별첨 1(별지 1 기재와 같다)에 나열된 미국 특허 및 특허 출원에 의해 나타나거나 발행한 권리(참조된 모든 청구항 포함)에 대한 이ㅇㅇㅇ의 모든 지분을 의미한다.

  1.17. NADA는 의약품을 동물에게 판매하기 전에 미국 식품의약청 또는 이와 동등한 외국

의 기관에 제출하는 동물 의약품 신청을 의미한다.

  1.23 브ㅁㅁㅁㅁ 지적재산권(Vxxxxx Ixxxxxxx Property)은 장치 특허권(Device Patent Rights)에 포함하거나 확장하지 않은 것으로서 브ㅁㅁㅁㅁ가 단독으로 고안하거나 사용을 제한한 지적 재산권을 의미한다.

2. 자격 부여(License Grant)

  2.1 이ㅇㅇㅇ는 이ㅇㅇㅇ 특허권에 의거하여 브ㅁㅁㅁㅁ에게 동의한 기간 동안 부여된 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 정해진 사용범위 내에서 제3자에게 하위 권리를 여러 단계에 걸쳐 부여할 수 있는 권한을 포함하여, 사용, 제작, 수입, 수출, 홍보, 유통, 판매제안, 그리고 판매할 수 있는, 독점적이며 전세계적인 로열티 보유 권리 및 자격을 부여한다.

  2.2. 이ㅇㅇㅇ는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 사용을 가능하게 하기 위해 브ㅁㅁㅁㅁ에 필요한 범위 내에서 장치 특허권에 따라 제한된 권리를 브ㅁㅁㅁㅁ에 제공하는 것에 동의하고 해당 계약서는 2007. 8. 15. 양 당사자간 체결한 비독점적 장치 계약서에 첨부되어 있으며, 이는 별첨 3으로써 본 계약서 전체에 통합되어 있다.

3. 계약기간

  3.1 기간. 본 계약서는, 이곳에 명시된 것보다 먼저 종료되지 않는 한, 이하의 기간에 종료된다.

  (i) 이ㅇㅇㅇ 특허권의 구성요소인 마지막 특허의 만료 또는 폐기시; 또는

  (ii) 발효일로부터 25년 후.

  3.2 종료. 당사자들은 다음의 조건 하에서 본 계약을 해지할 수 있다.

  3.2.2 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 판매 또는 기타 사용이 기술적으로 또는 상업적으로 불가능해진 경우, 브ㅁㅁㅁㅁ는 이ㅇㅇㅇ에 서면통지 후 30일 후에 해지할 수 있다.

  3.2.4 본 계약이 종료될 때, 브ㅁㅁㅁㅁ 및 모든 하위 라이센스 사용자는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 추가 제조, 판매, 마케팅, 수입 및/또는 배포를 지양해야 한다.

  3.2.5 본 계약이 종료될 때, 각 수취 당사자는 다른 쪽 공개 당사자의 요청에 따라 상대 당사자의 모든 기밀정보(보관 목적으로 사본 한 부 제외)를 반환해야 한다.

4. 수수료 및 로열티

  4.1 라이센스 개시 수수료 및 로열티

  4.1.1 로열티

  브ㅁㅁㅁㅁ에 부여된 권리묶음에 대한 보수(consideration)의 일부로서, 브ㅁㅁㅁㅁ는 분기별로 이ㅇㅇㅇ에 지불해야 한다.

  (a) 독립 계약자 또는 대리점에서 판매한 것을 포함하여, 브ㅁㅁㅁㅁ에서 판매하는 각 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 순매출액의 5%의 사용료, 그리고

  (b) 이ㅇㅇㅇ 특허권의 하위 라이센스 사용자가 브ㅁㅁㅁㅁ에 지불한 로열티의 5%

  4.1.2 판매된 제품이 장치 촉진 제품이자 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품인 경우, 브ㅁㅁㅁㅁ가 이ㅇㅇㅇ에 지불하는 로열티 지불액은 해당 제품의 각 판매 건에 대해 단 하나의 5% 로열티 의무를 포함한다.

  4.1.3 판매된 제품이 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품과 베xx 라이센스 제품으로 구성된 제품인 경우, 브ㅁㅁㅁㅁ가 이ㅇㅇㅇ에 지불하는 로열티 지불액은 해당 제품의 각 판매 건에 대해 3%의 로열티가 된다.

  4.2 성실이행 및 마일스톤1) 비용

  4.2.1 브ㅁㅁㅁㅁ는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 판매 목적 개발 및 시장진입을 위해 개발계획에 일치하는 방식에 따라 상업적으로 합당한 노력을 기울인다.

  4.2.2 본 계약기간 동안, 브ㅁㅁㅁㅁ는 이ㅇㅇㅇ가 매 1월 30일에 합리적으로 요청할 수 있는, 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 개발, 평가, 시험 및 상용화의 진행 상황과 같은 세부사항에 대한 보고서를 작성하여 이ㅇㅇㅇ에게 제공한다.

  4.2.3 발효일 이후에 발생한 이하의 모든 건은 해당 마일스톤 건 달성 후 60일 이내에 브ㅁㅁㅁㅁ가 이ㅇㅇㅇ에 지불한다. 앞서 언급한 바에 불구하고, 브ㅁㅁㅁㅁ는 총 자본금이 5,000,000달러가 될 때까지 이ㅇㅇㅇ에 마일스톤 지불금을 송금할 의무가 없다. 총 자본금 5,000,000달러를 모금하기 전에 발생하는 마일스톤 지불의무는 기준에 도달하거나 초과할 때 즉시 지급한다. 마일스톤 지불은 각 동물 종에 대해 각 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품별로 이루어진다.

금액($)

INAD 신청서의 접수(Filing)

250,000

3상 또는 pivotal trial의 개시

500,000

지역 A(미국) 내 첫 번째 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품에 대한 NADA 승인서 수령

1,000,000

지역 B(유럽 연합) 내 첫 번째 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품에 대한 NADA 승인서 수령

1,000,000

지역 C(그 외 국가) 내 첫 번째 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품에 대한 NADA 승인서 수령

1,000,000

7. 특허 유지 보수 및 환급

  7.1 이ㅇㅇㅇ는 본 계약 기간 동안 이ㅇㅇㅇ 특허권과 베xx 특허권을 단독으로 통제(control), 기소(prosecute) 및 유지(maintain)한다.

  7.2 브ㅁㅁㅁㅁ는 본 계약의 각 주년에 이ㅇㅇㅇ에 특허 유지 보수비를 송금한다. 특허유지 보수비는 50,000달러이다.

9. 비밀정보, 간행, 명칭의 사용

  9.1 비밀정보. 본 계약상 ⁠“비밀정보”라는 표현은 본 계약의 당사자 일방(이하 ⁠‘공개당사자’) 이 본 계약의 상대방 당사자(이하 ⁠‘수령당사자’)에게 공개한 모든 비밀정보를 포함한다. 비밀정보는 구두, 서면, 그림, 물리적 또는 전자적 형식으로 전달된 본 계약의 조항, 영업 및 기술 정보와 데이터뿐만 아니라, 본 계약상 논의의 결과 생성되거나 파생된 정보 또는 데이터를 포함하되 이에 국한되지 않는다.

  공개당사자가 구두로 공개한 비밀정보는 본 계약 조항의 적용을 받기 위하여 구두 공개 이후 60일 이내에 "비밀" 또는 "영업 비밀"로 표시하여 서면으로 작성한 후 수령당사자에게 전달하여야 한다.

  비밀정보 공개일 또는 본 계약 해지일 중 늦은 날로부터 7년간, 당사자들은 본 계약에 기재된 모든 권리, 약속 및 의무에 동의한다. 수령당사자는 수령당사자에게 제공된 공개당

사자의 모든 비밀정보를 비밀로 처리할 것에 동의한다. 수령당사자는 서면 합의 결과와 상

관 없이 비밀정보를 관련 목적 이외의 사유로 공개하거나 사용하지 않는다.

  다. 원고는 이 사건 계약이 체결된 당일인 2014. 5. 27. 브ㅁㅁㅁㅁ와 사이에 브ㅁㅁㅁㅁ의 자산 전부를 인수하기로 하는 계약을 체결하였고(이하 ⁠‘이 사건 자산인수계약’이라 한다), 이에 따라 이 사건 계약에 따른 브ㅁㅁㅁㅁ의 지위 역시 인수하였다.

  라. 원고는 이ㅇㅇㅇ에게 2015. 7. 8. 이 사건 계약 7.2에 따른 특허 유지보수비로 미화 50,000달러, 2015. 12. 23. 이 사건 계약 4.2.3 표 중 ⁠“INAD 신청서의 접수(Filing)”에 따른 마일스톤 비용으로 미화 250,000달러 합계 300,000달러(이하 통틀어‘이 사건 소득’이라 한다)를 각 송금하였다.

  마. 피고는, 이 사건 소득은 이 사건 계약에서 원고에게 사용하도록 한 별첨 1, 2, 3 기재 발명·기술 등에 관한 권리(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 권리 등’이라 하고, 별첨목록 별로 ⁠‘이 사건 별첨 1 권리 등’으로 칭한다)의 사용료로 지급된 것으로서 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득(사용료소득)에 해당한다고 보아, 대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 한미조세협약‘이라 한다)상 사용료 소득의 제한세율인 15%를 적용하여 20xx. x. x. 원천징수의무자인 원고에게 원천징수분 법인세 20xx년 x월 귀속 9,319,200원, 20xx년 x월 귀속48,514,120원 합계 57,833,320원을 결정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

  바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 10. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2018. 3. 16. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자 주장의 요지

  가. 원고의 주장

   1) 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국제조세조정법‘이라 한다) 제28조, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 따르면 외국 법인이 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 않은 특허권과 관련하여 지급 받는 소득은 국내의 사용에 대한 대가가 될 수 없으므로, 이를 국내 원천소득으로 볼 수 없다. 이 사건 별첨 3 권리등에 관하여는 무상으로 통상실시권이 부여되었고, 유상으로 실시가 허락된 이 사건 별첨 1, 2 권리등 중에는 대한민국 내 등록된 특허권이 없다. 아직 출원 중이거나 소멸된 특허 등도 역시 국내에 등록된 특허가 아니므로 그 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 별첨 1, 2 권리등에 대한 대가로 지급된 이 사건 소득은 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득에 해당하지 않아 이 사건 처분은 위법하다.

   2) 원고가 설립된 해인 2014사업연도부터 2016사업연도까지 원고의 법인세 과세표준 및 세액신고서상 수입금원이 0원인바, 원고는 동물약품을 연구·개발하는 단계에 있었기에 국내에서 이 사건 권리등을 제조·판매 등에 사용하지 않았다. 따라서 이 사건 권리등이 국내에서 사용된 것으로 볼 수 없는 이상, 이 사건 소득은 이 사건 권리등의 사용료라고 할 수 없다.

  나. 피고의 주장

   1) 원고는 이ㅇㅇㅇ의 동물DNA백신 사업부가 분사하여 설립된 회사이고, 이ㅇㅇㅇ는 원고의 주식 20%를 보유한 최대주주이며, 브ㅁㅁㅁㅁ도 이ㅇㅇㅇ의 자회사인 점, 이 사건 계약의 체결 당일 이 사건 자산인수계약이 체결된 점에 비추어, 원고는 이ㅇㅇㅇ로부터 독립하면서 이ㅇㅇㅇ 및 그 자회사인 브ㅁㅁㅁㅁ로부터 일체의 유무형 자산을 양도받은 것이어서 이 사건 계약을 단순히 특허사용의 허여라고 보기 어렵다. 이 사건 계약이 마일스톤 방식으로 체결되었고, 제품상용화가 이루어진 후에 매출액 중 일정 비율의 로열티를 지급하게 되어 있으며, 로열티와 별도로 특허 유지보수비를 지급하도록 정하고 있는 점, 이 사건 별첨 2 권리등은 이ㅇㅇㅇ와 브ㅁㅁㅁㅁ가 공동으로 지닌 권리이므로 원고가 이 사건 별첨 2 권리등에 사용료를 지급하였다면 자신이 소유한 권리에 사용료를 지급한 것이 되는 점, 이 사건 권리등 중에는 출원 또는 가출원된 상태의 발명으로서 특허등록되지 않은 것이 다수 포함된 점, 원고가 이ㅇㅇㅇ에게 지급한 사용료가 국내에는 등록되지 않았지만, 국외에 유효하게 등록을 마친 특허

권인지 명확하지 않은 점, 계약이 종료되는 시점에 원고가 취득한 비밀정보를 이ㅇㅇㅇ에게 반환하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 계약은 특허권 실시계약이 아니라 신약개발을 위한 포괄적인 기술이전 계약이다. 따라서 이 사건 소득은 특허권 사용료가 아니라 지식, 경험, 기술 내지 이와 유사한 재산 또는 권리의 사용에 대한 대가로서 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되어 2016. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호 나목의 정보 또는 노하우의 사용대가에 해당하여 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득으로 보아야 한다.

   2) 이 사건 권리등이 특허권에 해당하여 이 사건 소득의 성격을 특허권의 사용료로 보더라도, 한미조세협약 체결⋅비준 당시 대한민국과 미국은 한미조세협약 제14조에 따른 사용료의 원천지를 사용지국이 아닌 지급지국으로 해석하였다. 따라서 대한민국에서 지급된 이 사건 소득은 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득에 해당한다.

   3) 한미조세협약은 ’사용’의 의미에 관하여서는 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한미조세협약 제2조 제2항에 따라 ⁠‘사용’의 의미를 국내법에 따라 판단하여야 한다. 그런데 한미조세조약보다 더 신법인 구 법인세법이 제93조 제8호 단서 후문에서 ⁠“해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정한 점, 구 국제조세조정법 제28조는 ⁠‘국내원천소득의 구분’에 관하여만 한미조세조약을 구 법인세법에 우선하여 적용한다는 것으로서 한미조세조약에 따라 이 사건 소득이 사용료로 구분된 후 그 사용료를 국내원천소득으로 볼 것인지는 구 법인세법에 의하여야 하는 점, 사용료 소득이 국내원천소득인지 여부는 그 소득이 발생한 원인인 사법상의 계약에 따라야 하고 특허권의 속지주의 법리가 개입될 수 없는 점 등에 비추어 미국 또는 제3국에 등록된 특허권이라 하더라도 국내에서 제조⋅판매에 사용된 경우 그 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다. 또한 제3국에 등록된 특허권의 사용료소득은 그 사용지를 한미조세협약만으로 결정할 수 없고, 구 법인세법 제93조 제8호 본문에 따라 그 사용료를 국내에서 지급하는 경우 국내원천소득에 해당한다.

   4) 이 사건 권리등에는 출원 중 권리, 소멸한 특허권이 포함되어 있다. 이와 같이 출원 중이거나 권리관계가 불확실한 발명, 기술 등은 등록된 특허권과 구분되는 무형자산에 해당하므로 그와 관련하여 지급된 사용료는 구 법인세법 제93조 제8호 나목, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따라 국내원천소득에 해당한다.

   5) 대법원 판례에 따르면 원고는 국내 미등록 특허권의 사용이 불가능하고 그 사용을 관념할 수조차 없으므로, 이 사건 권리등에 국내 미등록 특허권이 있다면 그 대가 부분은 한미조세협약에서 정한 ’사용료소득‘으로 볼 수 없다. 그런데 한미조세협약에서는 기타소득에 관한 조항을 두고 있지 않아 국내 미등록 특허권에 대한 소득유형의 구분이 불가능하므로, 구 법인세법 제93조에 따라 소득유형을 구분하여야 하고, 이 사건 소득 중 과거의 특허권 침해로 인한 부분은 특허권 침해에 대한 손해배상액으로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 손해배상금에 해당하고, 이 사건 소득 중 현재 또는 미래의 특허권 침해로 인한 분쟁의 종결 내지 분쟁 재발 방지에 대한 대가로 인한 부분은 구 법인세법 제93조 제10호 차목의 기타소득으로 분류되며, 피고는 위 각 규정을 이 사건 처분사유로 추가한다. 이와 같은 기타소득에는 원천징수세율 20%가 적용되어야 하는바, 원천징수세율 15%를 기준으로 부과한 이 사건 처분은 적법한 납부세액의 범위 내에 있어 적법하다.

3. 관계 법령

  별지 4 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 관련 법리

   구 법인세법 제93조 제8호 나목은 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 국내에서 사용하는 대가를 국내원천소득으로 정한다. 이는 지식재산권의 대상이 될 수 있는지 여부와 관계없이 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 정보를 사용하는 대가를 말한다. 그리고 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따르면 저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산이나 권리, 지식, 경험, 기능 등의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료가 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 따라서 국내회사가 미국법인과 체결한 계약상 사용료 지급대상에 포함된 무형자산 중 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보를 국내에서 사용하고 미국법인에 그 대가를 지급하였다면, 그와 관련한 미국법인의 사용료소득은 원천징수대상이 되는 국내원천소득에 해당한다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결).

  나. 이 사건 권리등의 성격

   제1항의 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 계약은 이ㅇㅇㅇ가 등록된 특허권인지 여부와 관계없이 원고의 신약 개발에 필요한 발명, 기술, 제조방법 등으로서 이ㅇㅇㅇ가 그 권리 또는 지분을 보유한 이 사건 권리등의 사용권 및 로열티 수취권을 원고에게 부여하고, 원고가 이ㅇㅇㅇ에게 그 대가로 이 사건 권리등을 이용한 제품의 매출액 중 일정 비율의 로열티, 해당 제품의 개발 단계에 따른 마일스톤 비용, 이 사건 권리등의 유지보수비 등을 지급하기로 한 것으로 보인다. 따라서 이 사건 권리등은 구 법인세법 제93조 제8호 나목의 ⁠‘산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우’ 및 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에서 정한 ⁠‘저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술) 등의 사용 또는 사용권’에 해당하는 것으로 봄이 상당하다.

   ① 이 사건 계약은 지적재산권에 대하여 ⁠‘출원이 가능하든 그렇지 않든, 특허권, 특허출원서, 저작권, 상표권, 영업비밀 및 노하우를 포함하되, 이에 국한되지 않고 모든 발명, 개선 또는 발견을 보호하는 모든 법적 권리’라고 정의하고 있다(1.14항). 이 사건 계약 서문에 의하면, 브ㅁㅁㅁㅁ는 이러한 지적재산권을 이용하기 위해 이 사건 계약에 정의된 특허권(이 사건 권리등을 뜻한다)에 대한 권한을 받은 것인바, 이 사건 계약의 대상은 이 사건 권리등을 포함하여 위와 같이 정의된 지적재산권이라고 보인다.

   ② 원고는 이ㅇㅇㅇ의 DNA백신 기반 약품 중 동물약품 사업부가 분사하여 설립된 회사이고 이ㅇㅇㅇ가 원고의 주식 20%를 보유한 최대주주인 사실, 브ㅁㅁㅁㅁ도 이ㅇㅇㅇ의 자회사이고, 이 사건 자산인수계약을 통해 원고가 브ㅁㅁㅁㅁ의 자산을 100% 인수한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 원고와 이ㅇㅇㅇ, 브ㅁㅁㅁㅁ가 이 사건 계약 및 이 사건 자산인수계약을 같은 날에 체결하였을 때에는 위 각 계약을 통하여 이ㅇㅇㅇ의 기존 동물약품 사업부가 지니고 있던 기능을 원고가 이어받는 데 대한 합의가 있었다고 보인다. 원고가 이ㅇㅇㅇ의 기존 동물약품 사업부의 기능을 이어 받기 위해서는 위 사업부가 사용할 수 있었던 이ㅇㅇㅇ의 위와 같은 지적재산권 일체를 승계할 필요가 있었을 것인데, 이러한 필요에 따라 이 사건 계약 및 이 사건 자산 인수계약이 체결되었다고 보인다.

   ③ 이 사건 계약에 의하면 원고는 이ㅇㅇㅇ에 이 사건 권리등의 그 객관적 가치에 따라 각 권리마다 개별적으로 정해진 사용료를 지급하는 것이 아니라, 이 사건 권리등 일체의 묶음(bundle)에 대한 사용권 및 로열티 수취권 등을 부여받는 대가로, 이 사건 별첨 1 권리등, 이 사건 별첨 2 권리등이 적용된 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품이나 베xx 라이센스 제품을 개발·제조·판매하여 그 제품들의 순매출액 중 일정 비율의 로열티를 지급하여야 한다. 이ㅇㅇㅇ가 원고에게 이 사건 권리등에 관하여 부여한 자격은 이 사건 권리등을 사용하여 이 사건 권리등이 적용된 제품을 제작, 수입, 수출, 홍보, 유통, 판매제안, 판매하고, 이를 위해 이 사건 권리등에 관하여 제3자에 대한 여러 단계의 하위 권리 설정을 할 수 있는 권한인바(이 사건 계약 2.1항), 이 역시 원고로 하여금 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 개발·제조·판매하여 그 순매출액을 일으키기 위한 것으로 보인다.

   ④ 이러한 순매출액을 일으키기 위하여, 원고와 이ㅇㅇㅇ는 이 사건 권리등을 실제로 적용하여 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 개발하고 마케팅하기 위하여 개발계획을 수립하고(이 사건 계약 1.7항), 원고는 이러한 개발계획에 따라 판매 목적의 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 개발하고 위 제품을 시장에 진입시키기 위하여 노력하여야 할 의무를 부담하기도 한다(이 사건 계약 4.2.1항).

   ⑤ 이 사건 계약은 원고가 개발할 신약의 개발단계별 성취에 따라 일정한 수수료를 지불하도록 정하고 있는바(이 사건 계약 4.2.3항), 이는 이ㅇㅇㅇ가 원고로 하여금 이 사건 권리등에 기초하여 신약을 개발하게 함으로써 이윤을 창출하는 것을 이 사건 계약의 목적으로 삼았기 때문으로 보이는바, 이러한 목적을 달성하기 위하여 유효한 특허권뿐만 아니라 이ㅇㅇㅇ가 보유한 지적재산권 일체, 즉 저작권, 영업비밀 및 노하우, 기타 모든 발명, 개선 또는 발견을 보호하는 모든 법적 권리를 부여한 것으로 보인다.

   ⑥ 이 사건 계약이 ⁠‘특허 유지보수비’ 명목의 금원을 지급하도록 정하였기는 하나, 이ㅇㅇㅇ는 이 사건 계약 별첨 목록 자체에 의하더라도 등록되지 않은 권리들의 유지보수의무 역시 부담하므로, 이러한 유지보수비는 등록된 특허권의 유지보수를 위해서만 지급되는 것이라고 볼 수 없다.

   ⑦ 이 사건 계약은 그 종료시에 ⁠‘각 수취 당사자는 다른 쪽 공개 당사자의 요청에 따라 상대 당사자의 모든 기밀정보(보관 목적으로 사본 한 부 제외)를 반환해야 한다.’고 정하고 있고(3.2.5항), 비밀정보를 수령한 당사자는 그 정보를 비밀로 처리하여야 한다(9.1.항)고 정하고 있다.

   ⑧ 아래에서 보는 바와 같이, 이 사건 권리등에 국내 또는 국외에 등록된 특허권이 포함되어 있음을 인정하기 어렵다.

  다. 이 사건 권리등이 미국 또는 제3국 등록 특허권인지에 관한 판단

   구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 않은 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정한다. 그러나 구 국제조세조정법 제28조는 ⁠“비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”라고 정한다. 따라서 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야한다. 이 문제에 대한 한미조세협약에 관한 판례는 다음과 같다. 한미조세조약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입하거나 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 상정할 수 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 않은 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결).

   따라서 이 사건 권리등이 특허권으로서 국외에 등록하였을 뿐 국내에 등록되지 않은 경우에는 국내원천소득이 아니므로, 이 사건 권리등이 국외에 등록된 특허권인지 여부에 관하여 본다.

   갑 제2호증의 기재에 의하면, 이 사건 계약의 별첨 목록은 각 권리별로 등록 국가(Country), 상태(Status), 특허권 번호(Patent No.)를 기재하여 구별하고 있고, 이 사건 권리등 중에는 위 상태란에 ⁠‘Granted’가, 특허권 번호란에 일정한 번호가 기재된 것들이 있는 사실을 인정할 수 있으며, 이 사건 계약 서문에서는 이ㅇㅇㅇ가 이 사건 계약에서 정의된(as defined herein) 특정한 특허권(certain Patent Rights)을 소유하고 통제한다고 정하고 있고, 이 사건 계약에서 이 사건 권리등을 표현함에 있어 ⁠‘patent’ 또는 ⁠‘patent right’, 베xx 특허권(Baylor Patent Rights, 이 사건 별첨 2 권리등), 장치특허권(Device Patent Rights, 이 사건 별첨 3 권리등), 이ㅇㅇㅇ 특허권(Inovio Patent Rights, 이 사건 별첨 1 권리등)과 같이 특허권을 의미하는 용어를 사용하고 있다.

   그러나 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 위에서 본 사정들만으로 이 사건 권리등에 국외에 등록된 특허권이 포함되어 있음을 인정하기 어렵다.

   ① 이 사건 계약은 별첨 목록에서 각 권리별로 등록 국가(Country), 상태(Status), 특허권 번호(Patent No.)를 기재하여 구별하고 있는데, 위 상태란에는 ⁠‘Granted’,‘Published’, ⁠‘Reportable’, ⁠‘Expired’, ⁠‘Pending’, ⁠‘Allowed’ 등의 기재가 있다. 원고는 위 상태 란에 ⁠“Granted”, 특허권 번호란에 번호가 기재된 권리는 해당 국가에서 특허권으로 등록되었다고 주장하나, 이 사건 계약서인 갑 제2호증을 제외하고는 위와 같은 권리가 등록된 특허권으로서 이 사건 계약 체결시 또는 이 사건 소득 지급시에 유효한 상태였음을 인정할 만한 아무런 자료가 없고, 갑 제2호증만으로는 이를 인정하기에 부족하다.

   ② 이 사건 계약 별첨 3 목록에는 아래 표 기재와 같이 대한민국에 등록된 것으로 기재된 권리가 2건 있다.

Inovio Ref

Country

Status

Serial Number

Filing Date

Patent No.

Issue Date

Gxx-5xxx

KR

Granted

1999xxxxxxx

x/x/19xx

4xxxxx

x/x/20xx

Gxx-1xxx

KR

Granted

10-1xxx-7xxxxxx

x/xx/19xx

7xxxxx

x/xx/20xx

   이 법원의 특허청장에 대한 사실조회결과에 의하면, 이 사건 소득이 마지막으로 지급된 2015. 12. 23.을 기준으로 이ㅇㅇㅇ가 국내에 등록한 특허권은 아래 2건이 있다.

등록번호

등록일자

발명의명칭

특허권자

10-1xxxxxx-00-00

20xx. x. xx.

aaaaaaaaaaa

이ㅇㅇㅇ

10-1xxxxxx-00-00

20xx. x. xx.

bbbbbbbbbbb

이ㅇㅇㅇ

   그런데 이 사건 별첨 3 권리등 중 위 Gxx-5xxx의 발명의 명칭은 ⁠‘xxxxxxxx’이고, 위 Gxx-1xxx의 발명의 명칭은 ⁠‘xxxxxxxxx’ 로 보이는바, 위 명칭과 이ㅇㅇㅇ의 위 국내 등록 특허권의 명칭이 다르고, 특허등록번호도 다르다. 이러한 사정에 의하면, 이 사건 계약 별첨 목록에서 그 상태가 ⁠‘Granted’라고 기재되고 특허권 번호가 기재되었더라도 이러한 권리가 해당 국가에서 등록된 유효한 특허라고 보기 어렵다.

   ③ 앞서 본 바와 같이 이 사건 계약은 이ㅇㅇㅇ가 동물약품 사업부를 분사하여 원고를 설립하면서 그 기능을 유지하기 위하여 필요한 지적재산권 일체를 이전하기 위한 것으로 보인다.

  라. 이 사건 소득이 국내원천소득에 해당하는지 여부

   1) 위 나항에서 본 바와 같이 이 사건 권리등은 구 법인세법 제93조 제8호 나목의‘산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우’ 및 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에서 정한 ⁠‘저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술) 등의 사용 또는 사용권’에 해당하고, 이 사건 소득은 특허 유지보수비(2015. 7. 8. 송금된 50,000달러), INAD 신청서 접수에 따른 마일스톤비용(2015. 12. 23. 송금된 250,000달러)으로서 이 사건 계약에 따라 이 사건 권리등을 사용하는 대가로 지급된 것이므로, 이 사건 소득은 위 구 법인세법 조항 및 한미조세 협약 제6조 제3항에 따라 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득에 해당한다.

   2) 이에 대하여 원고는 신약을 개발하는 단계에 있어 이 사건 권리등을 동물약품의 제조⸱판매 등에 사용하지 않았고, 따라서 이 사건 소득이 이 사건 권리등의 사용대가로 지급된 것이라고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 원고 주장에 의하더라도, 원고는 신약을 개발하는 단계에서 이 사건 권리등을 사용하고 있는 것으로 보이고, 구 법인세법 제93조 제8호 나목에서 ⁠‘정보 또는 노하우를 사용하는 대가’란 이미 사용하였거나 사용하고 있는 대가만을 의미하는 것이 아니라 장차 사용할 권리에 대한 대가도 포함하는 것으로 정보 또는 노하우의 사용을 허여하는 계약에 의하여 지급하는 명목 여하를 불문한 모든 형태의 지급금을 포함한다고 할 것이므로, 신약을 개발하는 단계에 있어 제조·판매에 이르지 않았다고 하여 이 사건 소득이 정보 또는 노하우의 대가가 아니라고 볼 수 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

  마. 소결

   이 사건 소득을 미국법인인 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득으로 보아 원고에게 한 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2024. 02. 08. 선고 수원지방법원 2018구합65768 판결 | 국세법령정보시스템

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지식·노하우 사용대가 국내원천소득 해당 여부 및 특허권 등록 필요성

수원지방법원 2018구합65768
판결 요약
외국법인과 신약개발 관련 계약으로 한국 기업이 지급하는 특허 유지비·마일스톤비는, 국내외 특허 등록 여부와 무관하게 산업상·과학상 지식·노하우의 사용료로 국내원천소득에 해당합니다. 단순 특허권 사용대가가 아닌 포괄적 기술이전 계약으로 보며, 신약개발 등 사용 단계에서도 사용대가로 인정돼, 과세기준이 됩니다.
#국내원천소득 #기술이전계약 #특허권 등록 #산업상 지식 #노하우 사용료
질의 응답
1. 국외에만 등록된 특허권이나 출원 중인 기술에 대한 사용료도 국내원천소득이 되나요?
답변
국외 등록 특허권·출원 중 기술이라도 해당 권리나 정보를 신약개발 등 국내에서 사용하면 그 대가(사용료)는 국내원천소득으로 과세될 수 있습니다.
근거
수원지방법원 2018구합65768 판결은 이 사건 권리 등이 등록 여부와 무관하게 지식·정보·노하우의 사용대가로 국내원천소득임을 인정하였습니다.
2. 신약 개발 등 개발 단계에서도 사용료 과세 대상인가요?
답변
예, 완제품 제조·판매 전 주요 기술정보·노하우를 활용해 개발 단계에 있는 경우에도 사용료 대가로서 국내원천소득에 해당합니다.
근거
2018구합65768 판결에서 정보나 노하우 사용대가는 장차 사용할 권리 포함으로 보아 개발 단계에서 지급한 수수료·마일스톤비도 과세 대상으로 보았습니다.
3. 특허 유지보수비나 마일스톤 비용 지급이 모두 사용료로 과세되나요?
답변
특허 유지보수비, 마일스톤 지불 등 명목과 관계없이 실제로는 기술·정보·노하우를 사용하는 대가면 모두 사용료로 원천징수 과세 대상이 됩니다.
근거
2018구합65768 판결은 특허 유지보수비·마일스톤비 등 명목 불문 사용대가 포함된다고 밝혔습니다.
4. 특허권이 아니어도 정보·노하우 기술이전만으로 원천징수 의무가 생기나요?
답변
권리가 등록된 특허가 아니라도 정보, 노하우 등 산업상·과학상 지식에 해당하면 그 사용권 부여 대가는 원천징수 대상입니다.
근거
동 판결은 지적재산권의 형식적 등록 및 유효여부와 관계없이 실질이 산업·상업상 정보·노하우이면 과세된다고 판시하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

이 사건 계약은 이ㅇㅇㅇ가 동물약품 사업부를 분사하여 원고를 설립하면서 그 기능을 유지하기 위하여 필요한 지적재산권 일체를 이전하기 위한 것으로 보이는바, 이 사건 권리등에 국외에 등록된 특허권이 포함되어 있음을 인정하기 어렵다.

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건

2018구합65768 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 플ㅇㅇㅇㅇㅇㅇㅇ

피 고

○○세무서장 

변 론 종 결

2023. 11. 9.

판 결 선 고

2024. 2. 8.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 8. 1. 원고에 대하여 한 원천징수분 법인세 2015년 7월 귀속 9,319,200원, 2015년 12월 귀속 48,514,120원 합계 57,833,320원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 2014. 1. 2. 동물의약품 및 동물의약품 원료의 연구개발, 임상컨설팅, 제조, 매매 및 도소매업 등을 목적으로 설립된 회사이다.

  나. 미합중국(이하 ⁠‘미국’이라 한다) 법인인 Ixxxxx Pharmaceuticals. Inc(이하 ⁠‘이ㅇㅇㅇ’라 한다)는 Vxx xxxxxx Health. Inc(이하 ⁠‘브ㅁㅁㅁㅁ’라 한다)와 사이에 20xx. x. xx. 아래와 같은 내용을 포함한 라이센스 계약을 체결하였다(이하 ⁠‘이 사건 계약’이라 한다).

라이센스 계약서(LICENSE AGREEMENT)

이ㅇㅇㅇ는 이곳에 정의된 특정 특허권을 소유 및/또는 통제한다.

브ㅁㅁㅁㅁ는 지적 재산권을 이용하기 위해 특허권에 대한 권한을 청구하며, 이ㅇㅇㅇ는 브ㅁㅁㅁㅁ에 대한 특허권의 독점적인 권한의 효과가 발휘되도록 한다. 그리고 이ㅇㅇㅇ와 브ㅁㅁㅁㅁ는 라이센스를 본 계약으로 대체하고자 한다.

1. 정의

  1.2 베xx 라이센스 제품(들)(Bxxxxx Licensed Product(s))은 베xx 특허권의 범위 내에 속하는 무관한 제3자에 대해 브ㅁㅁㅁㅁ 및/또는 브ㅁㅁㅁㅁ의 하위 권리자들(sublicensees)에 의해 만들어지거나, 사용되거나, 수출되거나, 판매되거나 판매를 위해 제안된 것들을 의미한다.

  1.3 베xx 특허권(Baylor Patent Rights)은 별첨 2(별지 2 기재와 같다)에 나열된 미국 특허 및 특허 출원에 의해 나타나거나 발행한 권리[참조된 모든 청구항(claims) 포함]를 의미하며, 별첨 2는 이ㅇㅇㅇ 및 브ㅁㅁㅁㅁ가 공동 면허 소지자로써, 각 경우, 모든 계속출원, 부분계속출원, 분할출원, 가출원, 대체신청서 및 그로부터 발행되는 모든 특허 및 모든 재발행, 재심사, 그에 기인한 갱신 및/또는 연장(모든 보충특허증명서를 포함하는) 및 모든 확인특허 또는 등록 특허 또는 그러한 특허에 기인한 추가특허 및 전술한 사항에 대한 모든 해외 대응을 포함한다.

  1.7 개발계획은 이ㅇㅇㅇ 특허권의 실제 적용에 대한 브ㅁㅁㅁㅁ의 약속을 입증하는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 개발 및/또는 마케팅을 위해 수시로 수정될 수 있는 계획을 의미한다. 최초 개발계획은 발효일로부터 90일 이내에 별첨 5에 첨부한다.

  1.8 장치 개선(Device Improvements)은 장치 특허권(Device Patent Rights)의 대상인 발명을 포함하거나 또는 확장하는 브ㅁㅁㅁㅁ에 의해 실행되도록 고안되었거나 최초로 축소된 특허 신청이, 최종적으로 출원이 가능하든 그렇지 않든, 출원 또는 제출될 수 있는 모든 발명을 의미한다.

  1.9 장치 특허권(Device Patent Rights)은 각 경우, 모든 계속출원, 부분계속출원, 분할출원, 가출원, 대체 신청서, 및 그로부터 발행되는 모든 특허 및 모든 재발행, 재심사, 그에 기인한 갱신 및/또는 연장(모든 보충 특허 증명서를 포함하는) 및 모든 확인 특허 또는 등록 특허 또는 그러한 특허에 기인한 추가 특허 및 전술한 사항에 대한 모든 해외 대응을 포함하여, 별첨3(별지 3 기재와 같다)에 나열된 특허 및 특허 출원에 의해 나타나는 권리에 대한 이ㅇㅇㅇ의 모든 지분을 의미한다.

  1.10 장치 촉진 제품(Device Facilitated Product)은 특허를 받은 장치(Patented Devices)를 사용하여 동물에게 전달되거나, 동물에게 전달할 목적으로 만들어진 모든 제품을 의미한다.

  1.13 INAD 신청(INAD Application)은 동물 의약품을 투여하기 전에 미국 식품의약청에 제출한 실험용 신규 동물 의약품 신청서(Investigational New Animal Drug Application)를

의미한다.

  1.14 지적재산권(Intellectual Property)은 출원이 가능하든 그렇지 않든, 특허권, 특허출원서, 저작권, 상표권, 영업비밀 및 노하우를 포함하되, 이에 국한되지 않고 모든 발명, 개선 또는 발견을 보호하는 모든 법적 권리를 의미한다.

  1.15 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품(들)(Inovio Licensed Product(s))은 이ㅇㅇㅇ 특허권의 범위내에 속하는 무관한 제3자에 대해 브ㅁㅁㅁㅁ 및/또는 브ㅁㅁㅁㅁ의 하위 권리자들(sublicensees)에 의해 만들어지거나, 사용되거나, 수출되거나, 판매되거나 판매를 위해 제안된 것들을 의미한다.

  1.16 이ㅇㅇㅇ 특허권(Inovio Patent Rights)은 각 경우, 모든 계속출원, 부분계속출원, 분할출원, 가출원, 대체신청서 및 그로부터 발행되는 모든 특허 및 모든 재발행, 재심사, 그에 기인한 갱신 및/또는 연장(모든 보충 특허 증명서를 포함하는) 및 모든 확인 특허 또는 등록 특허 또는 그러한 특허에 기인한 추가 특허 및 전술한 사항에 대한 모든 해외 대응을 포함하여, 별첨 1(별지 1 기재와 같다)에 나열된 미국 특허 및 특허 출원에 의해 나타나거나 발행한 권리(참조된 모든 청구항 포함)에 대한 이ㅇㅇㅇ의 모든 지분을 의미한다.

  1.17. NADA는 의약품을 동물에게 판매하기 전에 미국 식품의약청 또는 이와 동등한 외국

의 기관에 제출하는 동물 의약품 신청을 의미한다.

  1.23 브ㅁㅁㅁㅁ 지적재산권(Vxxxxx Ixxxxxxx Property)은 장치 특허권(Device Patent Rights)에 포함하거나 확장하지 않은 것으로서 브ㅁㅁㅁㅁ가 단독으로 고안하거나 사용을 제한한 지적 재산권을 의미한다.

2. 자격 부여(License Grant)

  2.1 이ㅇㅇㅇ는 이ㅇㅇㅇ 특허권에 의거하여 브ㅁㅁㅁㅁ에게 동의한 기간 동안 부여된 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 정해진 사용범위 내에서 제3자에게 하위 권리를 여러 단계에 걸쳐 부여할 수 있는 권한을 포함하여, 사용, 제작, 수입, 수출, 홍보, 유통, 판매제안, 그리고 판매할 수 있는, 독점적이며 전세계적인 로열티 보유 권리 및 자격을 부여한다.

  2.2. 이ㅇㅇㅇ는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 사용을 가능하게 하기 위해 브ㅁㅁㅁㅁ에 필요한 범위 내에서 장치 특허권에 따라 제한된 권리를 브ㅁㅁㅁㅁ에 제공하는 것에 동의하고 해당 계약서는 2007. 8. 15. 양 당사자간 체결한 비독점적 장치 계약서에 첨부되어 있으며, 이는 별첨 3으로써 본 계약서 전체에 통합되어 있다.

3. 계약기간

  3.1 기간. 본 계약서는, 이곳에 명시된 것보다 먼저 종료되지 않는 한, 이하의 기간에 종료된다.

  (i) 이ㅇㅇㅇ 특허권의 구성요소인 마지막 특허의 만료 또는 폐기시; 또는

  (ii) 발효일로부터 25년 후.

  3.2 종료. 당사자들은 다음의 조건 하에서 본 계약을 해지할 수 있다.

  3.2.2 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 판매 또는 기타 사용이 기술적으로 또는 상업적으로 불가능해진 경우, 브ㅁㅁㅁㅁ는 이ㅇㅇㅇ에 서면통지 후 30일 후에 해지할 수 있다.

  3.2.4 본 계약이 종료될 때, 브ㅁㅁㅁㅁ 및 모든 하위 라이센스 사용자는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 추가 제조, 판매, 마케팅, 수입 및/또는 배포를 지양해야 한다.

  3.2.5 본 계약이 종료될 때, 각 수취 당사자는 다른 쪽 공개 당사자의 요청에 따라 상대 당사자의 모든 기밀정보(보관 목적으로 사본 한 부 제외)를 반환해야 한다.

4. 수수료 및 로열티

  4.1 라이센스 개시 수수료 및 로열티

  4.1.1 로열티

  브ㅁㅁㅁㅁ에 부여된 권리묶음에 대한 보수(consideration)의 일부로서, 브ㅁㅁㅁㅁ는 분기별로 이ㅇㅇㅇ에 지불해야 한다.

  (a) 독립 계약자 또는 대리점에서 판매한 것을 포함하여, 브ㅁㅁㅁㅁ에서 판매하는 각 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 순매출액의 5%의 사용료, 그리고

  (b) 이ㅇㅇㅇ 특허권의 하위 라이센스 사용자가 브ㅁㅁㅁㅁ에 지불한 로열티의 5%

  4.1.2 판매된 제품이 장치 촉진 제품이자 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품인 경우, 브ㅁㅁㅁㅁ가 이ㅇㅇㅇ에 지불하는 로열티 지불액은 해당 제품의 각 판매 건에 대해 단 하나의 5% 로열티 의무를 포함한다.

  4.1.3 판매된 제품이 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품과 베xx 라이센스 제품으로 구성된 제품인 경우, 브ㅁㅁㅁㅁ가 이ㅇㅇㅇ에 지불하는 로열티 지불액은 해당 제품의 각 판매 건에 대해 3%의 로열티가 된다.

  4.2 성실이행 및 마일스톤1) 비용

  4.2.1 브ㅁㅁㅁㅁ는 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 판매 목적 개발 및 시장진입을 위해 개발계획에 일치하는 방식에 따라 상업적으로 합당한 노력을 기울인다.

  4.2.2 본 계약기간 동안, 브ㅁㅁㅁㅁ는 이ㅇㅇㅇ가 매 1월 30일에 합리적으로 요청할 수 있는, 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품의 개발, 평가, 시험 및 상용화의 진행 상황과 같은 세부사항에 대한 보고서를 작성하여 이ㅇㅇㅇ에게 제공한다.

  4.2.3 발효일 이후에 발생한 이하의 모든 건은 해당 마일스톤 건 달성 후 60일 이내에 브ㅁㅁㅁㅁ가 이ㅇㅇㅇ에 지불한다. 앞서 언급한 바에 불구하고, 브ㅁㅁㅁㅁ는 총 자본금이 5,000,000달러가 될 때까지 이ㅇㅇㅇ에 마일스톤 지불금을 송금할 의무가 없다. 총 자본금 5,000,000달러를 모금하기 전에 발생하는 마일스톤 지불의무는 기준에 도달하거나 초과할 때 즉시 지급한다. 마일스톤 지불은 각 동물 종에 대해 각 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품별로 이루어진다.

금액($)

INAD 신청서의 접수(Filing)

250,000

3상 또는 pivotal trial의 개시

500,000

지역 A(미국) 내 첫 번째 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품에 대한 NADA 승인서 수령

1,000,000

지역 B(유럽 연합) 내 첫 번째 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품에 대한 NADA 승인서 수령

1,000,000

지역 C(그 외 국가) 내 첫 번째 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품에 대한 NADA 승인서 수령

1,000,000

7. 특허 유지 보수 및 환급

  7.1 이ㅇㅇㅇ는 본 계약 기간 동안 이ㅇㅇㅇ 특허권과 베xx 특허권을 단독으로 통제(control), 기소(prosecute) 및 유지(maintain)한다.

  7.2 브ㅁㅁㅁㅁ는 본 계약의 각 주년에 이ㅇㅇㅇ에 특허 유지 보수비를 송금한다. 특허유지 보수비는 50,000달러이다.

9. 비밀정보, 간행, 명칭의 사용

  9.1 비밀정보. 본 계약상 ⁠“비밀정보”라는 표현은 본 계약의 당사자 일방(이하 ⁠‘공개당사자’) 이 본 계약의 상대방 당사자(이하 ⁠‘수령당사자’)에게 공개한 모든 비밀정보를 포함한다. 비밀정보는 구두, 서면, 그림, 물리적 또는 전자적 형식으로 전달된 본 계약의 조항, 영업 및 기술 정보와 데이터뿐만 아니라, 본 계약상 논의의 결과 생성되거나 파생된 정보 또는 데이터를 포함하되 이에 국한되지 않는다.

  공개당사자가 구두로 공개한 비밀정보는 본 계약 조항의 적용을 받기 위하여 구두 공개 이후 60일 이내에 "비밀" 또는 "영업 비밀"로 표시하여 서면으로 작성한 후 수령당사자에게 전달하여야 한다.

  비밀정보 공개일 또는 본 계약 해지일 중 늦은 날로부터 7년간, 당사자들은 본 계약에 기재된 모든 권리, 약속 및 의무에 동의한다. 수령당사자는 수령당사자에게 제공된 공개당

사자의 모든 비밀정보를 비밀로 처리할 것에 동의한다. 수령당사자는 서면 합의 결과와 상

관 없이 비밀정보를 관련 목적 이외의 사유로 공개하거나 사용하지 않는다.

  다. 원고는 이 사건 계약이 체결된 당일인 2014. 5. 27. 브ㅁㅁㅁㅁ와 사이에 브ㅁㅁㅁㅁ의 자산 전부를 인수하기로 하는 계약을 체결하였고(이하 ⁠‘이 사건 자산인수계약’이라 한다), 이에 따라 이 사건 계약에 따른 브ㅁㅁㅁㅁ의 지위 역시 인수하였다.

  라. 원고는 이ㅇㅇㅇ에게 2015. 7. 8. 이 사건 계약 7.2에 따른 특허 유지보수비로 미화 50,000달러, 2015. 12. 23. 이 사건 계약 4.2.3 표 중 ⁠“INAD 신청서의 접수(Filing)”에 따른 마일스톤 비용으로 미화 250,000달러 합계 300,000달러(이하 통틀어‘이 사건 소득’이라 한다)를 각 송금하였다.

  마. 피고는, 이 사건 소득은 이 사건 계약에서 원고에게 사용하도록 한 별첨 1, 2, 3 기재 발명·기술 등에 관한 권리(이하 통틀어 ⁠‘이 사건 권리 등’이라 하고, 별첨목록 별로 ⁠‘이 사건 별첨 1 권리 등’으로 칭한다)의 사용료로 지급된 것으로서 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득(사용료소득)에 해당한다고 보아, 대한민국과 미합중국 간의 소득에 관한 조세의 이중과세 회피와 탈세방지 및 국제무역과 투자의 증진을 위한 협약(이하 한미조세협약‘이라 한다)상 사용료 소득의 제한세율인 15%를 적용하여 20xx. x. x. 원천징수의무자인 원고에게 원천징수분 법인세 20xx년 x월 귀속 9,319,200원, 20xx년 x월 귀속48,514,120원 합계 57,833,320원을 결정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

  바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2017. 10. 26. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2018. 3. 16. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 당사자 주장의 요지

  가. 원고의 주장

   1) 구 국제조세조정에 관한 법률(2018. 12. 31. 법률 제16099호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국제조세조정법‘이라 한다) 제28조, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항에 따르면 외국 법인이 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 않은 특허권과 관련하여 지급 받는 소득은 국내의 사용에 대한 대가가 될 수 없으므로, 이를 국내 원천소득으로 볼 수 없다. 이 사건 별첨 3 권리등에 관하여는 무상으로 통상실시권이 부여되었고, 유상으로 실시가 허락된 이 사건 별첨 1, 2 권리등 중에는 대한민국 내 등록된 특허권이 없다. 아직 출원 중이거나 소멸된 특허 등도 역시 국내에 등록된 특허가 아니므로 그 사용료는 국내원천소득에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 별첨 1, 2 권리등에 대한 대가로 지급된 이 사건 소득은 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득에 해당하지 않아 이 사건 처분은 위법하다.

   2) 원고가 설립된 해인 2014사업연도부터 2016사업연도까지 원고의 법인세 과세표준 및 세액신고서상 수입금원이 0원인바, 원고는 동물약품을 연구·개발하는 단계에 있었기에 국내에서 이 사건 권리등을 제조·판매 등에 사용하지 않았다. 따라서 이 사건 권리등이 국내에서 사용된 것으로 볼 수 없는 이상, 이 사건 소득은 이 사건 권리등의 사용료라고 할 수 없다.

  나. 피고의 주장

   1) 원고는 이ㅇㅇㅇ의 동물DNA백신 사업부가 분사하여 설립된 회사이고, 이ㅇㅇㅇ는 원고의 주식 20%를 보유한 최대주주이며, 브ㅁㅁㅁㅁ도 이ㅇㅇㅇ의 자회사인 점, 이 사건 계약의 체결 당일 이 사건 자산인수계약이 체결된 점에 비추어, 원고는 이ㅇㅇㅇ로부터 독립하면서 이ㅇㅇㅇ 및 그 자회사인 브ㅁㅁㅁㅁ로부터 일체의 유무형 자산을 양도받은 것이어서 이 사건 계약을 단순히 특허사용의 허여라고 보기 어렵다. 이 사건 계약이 마일스톤 방식으로 체결되었고, 제품상용화가 이루어진 후에 매출액 중 일정 비율의 로열티를 지급하게 되어 있으며, 로열티와 별도로 특허 유지보수비를 지급하도록 정하고 있는 점, 이 사건 별첨 2 권리등은 이ㅇㅇㅇ와 브ㅁㅁㅁㅁ가 공동으로 지닌 권리이므로 원고가 이 사건 별첨 2 권리등에 사용료를 지급하였다면 자신이 소유한 권리에 사용료를 지급한 것이 되는 점, 이 사건 권리등 중에는 출원 또는 가출원된 상태의 발명으로서 특허등록되지 않은 것이 다수 포함된 점, 원고가 이ㅇㅇㅇ에게 지급한 사용료가 국내에는 등록되지 않았지만, 국외에 유효하게 등록을 마친 특허

권인지 명확하지 않은 점, 계약이 종료되는 시점에 원고가 취득한 비밀정보를 이ㅇㅇㅇ에게 반환하도록 정하고 있는 점 등에 비추어 이 사건 계약은 특허권 실시계약이 아니라 신약개발을 위한 포괄적인 기술이전 계약이다. 따라서 이 사건 소득은 특허권 사용료가 아니라 지식, 경험, 기술 내지 이와 유사한 재산 또는 권리의 사용에 대한 대가로서 구 법인세법(2015. 12. 15. 법률 제13555호로 개정되어 2016. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제93조 제8호 나목의 정보 또는 노하우의 사용대가에 해당하여 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득으로 보아야 한다.

   2) 이 사건 권리등이 특허권에 해당하여 이 사건 소득의 성격을 특허권의 사용료로 보더라도, 한미조세협약 체결⋅비준 당시 대한민국과 미국은 한미조세협약 제14조에 따른 사용료의 원천지를 사용지국이 아닌 지급지국으로 해석하였다. 따라서 대한민국에서 지급된 이 사건 소득은 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득에 해당한다.

   3) 한미조세협약은 ’사용’의 의미에 관하여서는 특별히 규정하고 있지 않으므로, 한미조세협약 제2조 제2항에 따라 ⁠‘사용’의 의미를 국내법에 따라 판단하여야 한다. 그런데 한미조세조약보다 더 신법인 구 법인세법이 제93조 제8호 단서 후문에서 ⁠“해당 특허권 등이 국외에서 등록되었고 국내에서 제조․판매 등에 사용된 경우에는 국내 등록 여부에 관계없이 국내에서 사용된 것으로 본다.”라고 규정한 점, 구 국제조세조정법 제28조는 ⁠‘국내원천소득의 구분’에 관하여만 한미조세조약을 구 법인세법에 우선하여 적용한다는 것으로서 한미조세조약에 따라 이 사건 소득이 사용료로 구분된 후 그 사용료를 국내원천소득으로 볼 것인지는 구 법인세법에 의하여야 하는 점, 사용료 소득이 국내원천소득인지 여부는 그 소득이 발생한 원인인 사법상의 계약에 따라야 하고 특허권의 속지주의 법리가 개입될 수 없는 점 등에 비추어 미국 또는 제3국에 등록된 특허권이라 하더라도 국내에서 제조⋅판매에 사용된 경우 그 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다. 또한 제3국에 등록된 특허권의 사용료소득은 그 사용지를 한미조세협약만으로 결정할 수 없고, 구 법인세법 제93조 제8호 본문에 따라 그 사용료를 국내에서 지급하는 경우 국내원천소득에 해당한다.

   4) 이 사건 권리등에는 출원 중 권리, 소멸한 특허권이 포함되어 있다. 이와 같이 출원 중이거나 권리관계가 불확실한 발명, 기술 등은 등록된 특허권과 구분되는 무형자산에 해당하므로 그와 관련하여 지급된 사용료는 구 법인세법 제93조 제8호 나목, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따라 국내원천소득에 해당한다.

   5) 대법원 판례에 따르면 원고는 국내 미등록 특허권의 사용이 불가능하고 그 사용을 관념할 수조차 없으므로, 이 사건 권리등에 국내 미등록 특허권이 있다면 그 대가 부분은 한미조세협약에서 정한 ’사용료소득‘으로 볼 수 없다. 그런데 한미조세협약에서는 기타소득에 관한 조항을 두고 있지 않아 국내 미등록 특허권에 대한 소득유형의 구분이 불가능하므로, 구 법인세법 제93조에 따라 소득유형을 구분하여야 하고, 이 사건 소득 중 과거의 특허권 침해로 인한 부분은 특허권 침해에 대한 손해배상액으로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 손해배상금에 해당하고, 이 사건 소득 중 현재 또는 미래의 특허권 침해로 인한 분쟁의 종결 내지 분쟁 재발 방지에 대한 대가로 인한 부분은 구 법인세법 제93조 제10호 차목의 기타소득으로 분류되며, 피고는 위 각 규정을 이 사건 처분사유로 추가한다. 이와 같은 기타소득에는 원천징수세율 20%가 적용되어야 하는바, 원천징수세율 15%를 기준으로 부과한 이 사건 처분은 적법한 납부세액의 범위 내에 있어 적법하다.

3. 관계 법령

  별지 4 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

  가. 관련 법리

   구 법인세법 제93조 제8호 나목은 산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우를 국내에서 사용하는 대가를 국내원천소득으로 정한다. 이는 지식재산권의 대상이 될 수 있는지 여부와 관계없이 발명, 기술, 제조방법, 경영방법 등에 관한 비공개 정보를 사용하는 대가를 말한다. 그리고 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항 제a호에 따르면 저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산이나 권리, 지식, 경험, 기능 등의 사용 또는 사용할 권리에 대한 사용료가 어느 체약국 내의 동 재산의 사용 또는 사용할 권리에 대하여 지급되는 경우 동 체약국 내에 원천을 둔 소득으로 취급된다. 따라서 국내회사가 미국법인과 체결한 계약상 사용료 지급대상에 포함된 무형자산 중 발명, 기술 등에 관한 비공개 정보를 국내에서 사용하고 미국법인에 그 대가를 지급하였다면, 그와 관련한 미국법인의 사용료소득은 원천징수대상이 되는 국내원천소득에 해당한다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결).

  나. 이 사건 권리등의 성격

   제1항의 인정사실에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 계약은 이ㅇㅇㅇ가 등록된 특허권인지 여부와 관계없이 원고의 신약 개발에 필요한 발명, 기술, 제조방법 등으로서 이ㅇㅇㅇ가 그 권리 또는 지분을 보유한 이 사건 권리등의 사용권 및 로열티 수취권을 원고에게 부여하고, 원고가 이ㅇㅇㅇ에게 그 대가로 이 사건 권리등을 이용한 제품의 매출액 중 일정 비율의 로열티, 해당 제품의 개발 단계에 따른 마일스톤 비용, 이 사건 권리등의 유지보수비 등을 지급하기로 한 것으로 보인다. 따라서 이 사건 권리등은 구 법인세법 제93조 제8호 나목의 ⁠‘산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우’ 및 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에서 정한 ⁠‘저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술) 등의 사용 또는 사용권’에 해당하는 것으로 봄이 상당하다.

   ① 이 사건 계약은 지적재산권에 대하여 ⁠‘출원이 가능하든 그렇지 않든, 특허권, 특허출원서, 저작권, 상표권, 영업비밀 및 노하우를 포함하되, 이에 국한되지 않고 모든 발명, 개선 또는 발견을 보호하는 모든 법적 권리’라고 정의하고 있다(1.14항). 이 사건 계약 서문에 의하면, 브ㅁㅁㅁㅁ는 이러한 지적재산권을 이용하기 위해 이 사건 계약에 정의된 특허권(이 사건 권리등을 뜻한다)에 대한 권한을 받은 것인바, 이 사건 계약의 대상은 이 사건 권리등을 포함하여 위와 같이 정의된 지적재산권이라고 보인다.

   ② 원고는 이ㅇㅇㅇ의 DNA백신 기반 약품 중 동물약품 사업부가 분사하여 설립된 회사이고 이ㅇㅇㅇ가 원고의 주식 20%를 보유한 최대주주인 사실, 브ㅁㅁㅁㅁ도 이ㅇㅇㅇ의 자회사이고, 이 사건 자산인수계약을 통해 원고가 브ㅁㅁㅁㅁ의 자산을 100% 인수한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다. 따라서 원고와 이ㅇㅇㅇ, 브ㅁㅁㅁㅁ가 이 사건 계약 및 이 사건 자산인수계약을 같은 날에 체결하였을 때에는 위 각 계약을 통하여 이ㅇㅇㅇ의 기존 동물약품 사업부가 지니고 있던 기능을 원고가 이어받는 데 대한 합의가 있었다고 보인다. 원고가 이ㅇㅇㅇ의 기존 동물약품 사업부의 기능을 이어 받기 위해서는 위 사업부가 사용할 수 있었던 이ㅇㅇㅇ의 위와 같은 지적재산권 일체를 승계할 필요가 있었을 것인데, 이러한 필요에 따라 이 사건 계약 및 이 사건 자산 인수계약이 체결되었다고 보인다.

   ③ 이 사건 계약에 의하면 원고는 이ㅇㅇㅇ에 이 사건 권리등의 그 객관적 가치에 따라 각 권리마다 개별적으로 정해진 사용료를 지급하는 것이 아니라, 이 사건 권리등 일체의 묶음(bundle)에 대한 사용권 및 로열티 수취권 등을 부여받는 대가로, 이 사건 별첨 1 권리등, 이 사건 별첨 2 권리등이 적용된 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품이나 베xx 라이센스 제품을 개발·제조·판매하여 그 제품들의 순매출액 중 일정 비율의 로열티를 지급하여야 한다. 이ㅇㅇㅇ가 원고에게 이 사건 권리등에 관하여 부여한 자격은 이 사건 권리등을 사용하여 이 사건 권리등이 적용된 제품을 제작, 수입, 수출, 홍보, 유통, 판매제안, 판매하고, 이를 위해 이 사건 권리등에 관하여 제3자에 대한 여러 단계의 하위 권리 설정을 할 수 있는 권한인바(이 사건 계약 2.1항), 이 역시 원고로 하여금 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 개발·제조·판매하여 그 순매출액을 일으키기 위한 것으로 보인다.

   ④ 이러한 순매출액을 일으키기 위하여, 원고와 이ㅇㅇㅇ는 이 사건 권리등을 실제로 적용하여 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 개발하고 마케팅하기 위하여 개발계획을 수립하고(이 사건 계약 1.7항), 원고는 이러한 개발계획에 따라 판매 목적의 이ㅇㅇㅇ 라이센스 제품을 개발하고 위 제품을 시장에 진입시키기 위하여 노력하여야 할 의무를 부담하기도 한다(이 사건 계약 4.2.1항).

   ⑤ 이 사건 계약은 원고가 개발할 신약의 개발단계별 성취에 따라 일정한 수수료를 지불하도록 정하고 있는바(이 사건 계약 4.2.3항), 이는 이ㅇㅇㅇ가 원고로 하여금 이 사건 권리등에 기초하여 신약을 개발하게 함으로써 이윤을 창출하는 것을 이 사건 계약의 목적으로 삼았기 때문으로 보이는바, 이러한 목적을 달성하기 위하여 유효한 특허권뿐만 아니라 이ㅇㅇㅇ가 보유한 지적재산권 일체, 즉 저작권, 영업비밀 및 노하우, 기타 모든 발명, 개선 또는 발견을 보호하는 모든 법적 권리를 부여한 것으로 보인다.

   ⑥ 이 사건 계약이 ⁠‘특허 유지보수비’ 명목의 금원을 지급하도록 정하였기는 하나, 이ㅇㅇㅇ는 이 사건 계약 별첨 목록 자체에 의하더라도 등록되지 않은 권리들의 유지보수의무 역시 부담하므로, 이러한 유지보수비는 등록된 특허권의 유지보수를 위해서만 지급되는 것이라고 볼 수 없다.

   ⑦ 이 사건 계약은 그 종료시에 ⁠‘각 수취 당사자는 다른 쪽 공개 당사자의 요청에 따라 상대 당사자의 모든 기밀정보(보관 목적으로 사본 한 부 제외)를 반환해야 한다.’고 정하고 있고(3.2.5항), 비밀정보를 수령한 당사자는 그 정보를 비밀로 처리하여야 한다(9.1.항)고 정하고 있다.

   ⑧ 아래에서 보는 바와 같이, 이 사건 권리등에 국내 또는 국외에 등록된 특허권이 포함되어 있음을 인정하기 어렵다.

  다. 이 사건 권리등이 미국 또는 제3국 등록 특허권인지에 관한 판단

   구 법인세법 제93조 제8호 단서 후문은 외국법인이 특허권 등을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에서 등록하지 않은 경우라도 그 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 때에는 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 보도록 정한다. 그러나 구 국제조세조정법 제28조는 ⁠“비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득의 구분에 관하여는 소득세법 제119조 법인세법 제93조에도 불구하고 조세조약이 우선하여 적용된다.”라고 정한다. 따라서 국외에서 등록되었을 뿐 국내에는 등록되지 않은 미국법인의 특허권 등이 국내에서 제조·판매 등에 사용된 경우 미국법인이 그 사용의 대가로 지급받는 소득을 국내원천소득으로 볼 것인지는 한미조세협약에 따라 판단해야한다. 이 문제에 대한 한미조세협약에 관한 판례는 다음과 같다. 한미조세조약의 문맥과 그 문언의 통상적 의미를 고려할 때, 한미조세협약 제6조 제3항, 제14조 제4항은 특허권의 속지주의 원칙상 특허권자가 특허물건을 독점적으로 생산, 사용, 양도, 대여, 수입하거나 전시하는 등의 특허실시에 관한 권리는 특허권이 등록된 국가의 영역에서만 그 효력이 미친다고 보아 미국법인이 국내에 특허권을 등록하여 국내에서 특허실시권을 가지는 경우에 특허실시권의 사용대가로 지급받는 소득만을 국내원천소득으로 정하였을 뿐이고, 특허권이 등록된 국가 외에서는 특허권의 침해가 발생할 수 없어 이를 사용하거나 그 사용의 대가를 지급한다는 것을 상정할 수 없다. 따라서 미국법인이 특허권을 국외에서 등록하였을 뿐 국내에는 등록하지 않은 경우에는 미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다(대법원 2022. 2. 10. 선고 2018두36592 판결).

   따라서 이 사건 권리등이 특허권으로서 국외에 등록하였을 뿐 국내에 등록되지 않은 경우에는 국내원천소득이 아니므로, 이 사건 권리등이 국외에 등록된 특허권인지 여부에 관하여 본다.

   갑 제2호증의 기재에 의하면, 이 사건 계약의 별첨 목록은 각 권리별로 등록 국가(Country), 상태(Status), 특허권 번호(Patent No.)를 기재하여 구별하고 있고, 이 사건 권리등 중에는 위 상태란에 ⁠‘Granted’가, 특허권 번호란에 일정한 번호가 기재된 것들이 있는 사실을 인정할 수 있으며, 이 사건 계약 서문에서는 이ㅇㅇㅇ가 이 사건 계약에서 정의된(as defined herein) 특정한 특허권(certain Patent Rights)을 소유하고 통제한다고 정하고 있고, 이 사건 계약에서 이 사건 권리등을 표현함에 있어 ⁠‘patent’ 또는 ⁠‘patent right’, 베xx 특허권(Baylor Patent Rights, 이 사건 별첨 2 권리등), 장치특허권(Device Patent Rights, 이 사건 별첨 3 권리등), 이ㅇㅇㅇ 특허권(Inovio Patent Rights, 이 사건 별첨 1 권리등)과 같이 특허권을 의미하는 용어를 사용하고 있다.

   그러나 다툼 없는 사실, 갑 제2호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 위에서 본 사정들만으로 이 사건 권리등에 국외에 등록된 특허권이 포함되어 있음을 인정하기 어렵다.

   ① 이 사건 계약은 별첨 목록에서 각 권리별로 등록 국가(Country), 상태(Status), 특허권 번호(Patent No.)를 기재하여 구별하고 있는데, 위 상태란에는 ⁠‘Granted’,‘Published’, ⁠‘Reportable’, ⁠‘Expired’, ⁠‘Pending’, ⁠‘Allowed’ 등의 기재가 있다. 원고는 위 상태 란에 ⁠“Granted”, 특허권 번호란에 번호가 기재된 권리는 해당 국가에서 특허권으로 등록되었다고 주장하나, 이 사건 계약서인 갑 제2호증을 제외하고는 위와 같은 권리가 등록된 특허권으로서 이 사건 계약 체결시 또는 이 사건 소득 지급시에 유효한 상태였음을 인정할 만한 아무런 자료가 없고, 갑 제2호증만으로는 이를 인정하기에 부족하다.

   ② 이 사건 계약 별첨 3 목록에는 아래 표 기재와 같이 대한민국에 등록된 것으로 기재된 권리가 2건 있다.

Inovio Ref

Country

Status

Serial Number

Filing Date

Patent No.

Issue Date

Gxx-5xxx

KR

Granted

1999xxxxxxx

x/x/19xx

4xxxxx

x/x/20xx

Gxx-1xxx

KR

Granted

10-1xxx-7xxxxxx

x/xx/19xx

7xxxxx

x/xx/20xx

   이 법원의 특허청장에 대한 사실조회결과에 의하면, 이 사건 소득이 마지막으로 지급된 2015. 12. 23.을 기준으로 이ㅇㅇㅇ가 국내에 등록한 특허권은 아래 2건이 있다.

등록번호

등록일자

발명의명칭

특허권자

10-1xxxxxx-00-00

20xx. x. xx.

aaaaaaaaaaa

이ㅇㅇㅇ

10-1xxxxxx-00-00

20xx. x. xx.

bbbbbbbbbbb

이ㅇㅇㅇ

   그런데 이 사건 별첨 3 권리등 중 위 Gxx-5xxx의 발명의 명칭은 ⁠‘xxxxxxxx’이고, 위 Gxx-1xxx의 발명의 명칭은 ⁠‘xxxxxxxxx’ 로 보이는바, 위 명칭과 이ㅇㅇㅇ의 위 국내 등록 특허권의 명칭이 다르고, 특허등록번호도 다르다. 이러한 사정에 의하면, 이 사건 계약 별첨 목록에서 그 상태가 ⁠‘Granted’라고 기재되고 특허권 번호가 기재되었더라도 이러한 권리가 해당 국가에서 등록된 유효한 특허라고 보기 어렵다.

   ③ 앞서 본 바와 같이 이 사건 계약은 이ㅇㅇㅇ가 동물약품 사업부를 분사하여 원고를 설립하면서 그 기능을 유지하기 위하여 필요한 지적재산권 일체를 이전하기 위한 것으로 보인다.

  라. 이 사건 소득이 국내원천소득에 해당하는지 여부

   1) 위 나항에서 본 바와 같이 이 사건 권리등은 구 법인세법 제93조 제8호 나목의‘산업상·상업상·과학상의 지식·경험에 관한 정보 또는 노하우’ 및 한미조세협약 제14조 제4항 제a호에서 정한 ⁠‘저작권, 비밀공정, 비밀공식 또는 기타 이와 유사한 재산 또는 권리, 지식, 경험, 기능(기술) 등의 사용 또는 사용권’에 해당하고, 이 사건 소득은 특허 유지보수비(2015. 7. 8. 송금된 50,000달러), INAD 신청서 접수에 따른 마일스톤비용(2015. 12. 23. 송금된 250,000달러)으로서 이 사건 계약에 따라 이 사건 권리등을 사용하는 대가로 지급된 것이므로, 이 사건 소득은 위 구 법인세법 조항 및 한미조세 협약 제6조 제3항에 따라 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득에 해당한다.

   2) 이에 대하여 원고는 신약을 개발하는 단계에 있어 이 사건 권리등을 동물약품의 제조⸱판매 등에 사용하지 않았고, 따라서 이 사건 소득이 이 사건 권리등의 사용대가로 지급된 것이라고 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 원고 주장에 의하더라도, 원고는 신약을 개발하는 단계에서 이 사건 권리등을 사용하고 있는 것으로 보이고, 구 법인세법 제93조 제8호 나목에서 ⁠‘정보 또는 노하우를 사용하는 대가’란 이미 사용하였거나 사용하고 있는 대가만을 의미하는 것이 아니라 장차 사용할 권리에 대한 대가도 포함하는 것으로 정보 또는 노하우의 사용을 허여하는 계약에 의하여 지급하는 명목 여하를 불문한 모든 형태의 지급금을 포함한다고 할 것이므로, 신약을 개발하는 단계에 있어 제조·판매에 이르지 않았다고 하여 이 사건 소득이 정보 또는 노하우의 대가가 아니라고 볼 수 없다. 원고의 위 주장은 이유 없다.

  마. 소결

   이 사건 소득을 미국법인인 이ㅇㅇㅇ의 국내원천소득으로 보아 원고에게 한 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

  그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2024. 02. 08. 선고 수원지방법원 2018구합65768 판결 | 국세법령정보시스템