요지

모회사가 자회사 임직원에게 부여한 주식매수선택권 행사비용은 자회사의 인건비에 해당하며, 법인세법 시행령 제19조 제19호의 규정은 기존에도 주식매수선택권 행사비용을 인건비에 포함시켜 손금으로 인정할 수 있었던 비용을 별개의 손금 항목으로 명확히 규정한 것이므로 주식매수선택권 행사비용을 손금에 산입하여 달라는 원고의 경정청구를 거부한 처분은 위법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 피고가 2012. 12. 18. 원고에게 한 2007 사업연도 법인세 000원 및 2008사업연도 법인세 000원의 경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 소속 임직원들은 2002년부터 2005년 사이에 원고 또는 원고의 완전모회사인 주식회사 AA금융지주회사(이하 ⁠‘AA금융지주’라 한다)로부터 주식매수선택권을 부여받았는데, 원고는 원고 소속 임직원들이 2007 및 2008 사업연도 중 위 주식매수선택권 중 일부를 행사함으로써 지출한 금원(이하 ⁠‘이 사건 비용’이라 한다)을 손금에 산입하지 아니하고 2007 및 2008 사업연도 법인세를 신고하였다.

나. 원고는 2010. 11. 16.과 2011. 12. 2. 2회에 걸쳐 피고에게 ⁠‘이 사건 비용은 인건비에 해당하므로 이를 손금에 산입하여 2007 및 2008 사업연도 법인세를 감액 경정하여 달라.’는 취지로 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2012. 12. 18. ⁠‘이 사건 비용은 조세특례제한법 제15조 제1항의 요건에 해당하지 않아 법인세법 제52조의 부당행위계산부인 규정이 적용되어 손금산입할 수 없고, 2009. 2. 4. 개정된 법인세법 시행령 제19조 제19호는 2007 및 2008 사업연도에 소급하여 적용되지 않는다.’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2013. 3. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 12. 10. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 이 사건 비용은 원고가 원고 소속 임직원들의 근로에 대한 대가로 지급한 경제적이익이므로 법인세법 시행령에 규정된 손금항목 중 ⁠‘인건비’ 또는 ⁠‘그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’에 해당한다. 따라서 피고는 이 사건 비용을 손금산입하여 법인세를 경정하여야 하는데 이를 거부하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

아래 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 갑 제2 내지 7, 9 내지 23호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

① 상장법인이던 구 주식회사 AA은행(아래에서 보듯이 2006. 4. 1. 원고에 흡수합병되어 소멸한 법인을 말한다. 이하 ⁠‘구 AA은행’이라 한다)은 2001. 9. 10. AA금융지주를 설립하고 그 완전자회사가 되어 상장이 폐지되었다.

② 상장법인이던 원고(구 상호 : 주식회사 BB은행)도 2004. 6. 22. 주식의 포괄적 교환을 통하여 AA금융지주의 완전자회사가 되었고, 2004. 7. 2. 상장이 폐지되었다.

③ 원고는 2006. 4. 1. 구 AA은행을 흡수합병하고 현재의 상호로 변경하였다(이하 구 AA은행을 흡수합병하기 전의 원고를 ⁠‘구 BB은행’이라 하고, 그 후의 원고만을 ⁠‘원고’라고 한다).

④ AA금융지주는 이사회 결의와 주주총회 특별결의를 거쳐 아래 과 같이 비상장 자회사인 구 AA은행 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하였다. 구 AA은행은 AA금융지주에 향후 구 AA은행 임직원이 위 주식매수선택권을 행사하여 발생하는 비용을 보전하여 주기로 약정하였다.

⑤ 한편 구 BB은행은 이사회 결의와 주주총회 특별결의를 거쳐 아래 와 같이 소속 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하였다. 그 후 2004. 7. 2. 구 BB은행주식이 상장폐지되자, 원고는 향후 소속 임직원들이 주식매수선택권을 행사할 경우 행사 당시의 AA금융지주 주가를 ⁠‘상장폐지 당시 AA금융지주와 구 BB은행 사이의 주식교환비율’을 적용하여 환산한 가액과 행사가격의 차액을 지급하기로 하였다.

⑥ 구 AA은행, 구 BB은행, 원고는 AA금융지주와 구 BB은행이 부여한 각 주식매수선택권(이하 ⁠‘이 사건 주식매수선택권’이라 한다)의 행사에 소요될 비용을 예상하여 주식보상비용과 장기미지급비용으로 회계처리하였으나, 법인세를 신고할 때에는 이를 손금불산입(유보)로 세무조정하였다.

⑦ 원고 소속 임직원들은 원고의 2007 및 2008 사업연도 중 이 사건 주식매수선택권 중 일부를 행사하였다. 원고는 아래 과 같이 주식매수선택권을 행사한임직원들에게 AA금융지주를 대신하여 또는 자신의 채무로서 행사차액을 지급하였다(이 부분이 ⁠‘이 사건 비용’이다). 원고는 이 사건 비용에 관하여 세무상으로는, 종전에 손금불산입(유보) 처리한 금액 중 이 사건 비용만큼을 손금산입(△유보)하면서 동시에 같은 금액을 손금불산입(기타)로 처리하였다.

⑧ 원고는 소속 임직원들에게 지급한 행사차액에 관하여 소속 임직원들로부터 근로소득세를 원천징수하였다.

2) 판단

가) 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘법인세법’이라 한다) 제19조에 따르면 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로서, 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것이라고 규정하면서 그 범위 및 구분에 관하여 필요한 사항은 대통령령에 위임하고 있다. 법인세법 제19조 제3항에 근거한 구 법인세법 시행령 제19조(2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 전 시행령 조항’이라 한다)는 손비의 범위로 제3호에서 ⁠‘인건비’를, 제18호에서 ⁠‘그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액’을 규정하고 있었는데, 2009. 2. 4. 대통령령 제21302호로 개정된 법인세법 시행령 제19조(이하 ⁠‘개정 후 시행령 조항’이라 한다)는 ⁠‘「상법」제542조의3에 따라 임직원이 부여받은 주식매수선택권을 행사하는 경우 해당 주식매수선택권을 부여한 법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액 및 임직원에게 부여된 기획재정부령으로 정하는 해외모법인의 기획재정부령으로 정하는 주식매수선택권이 행사되는 경우 해당 해외모법인에 그 행사비용으로서 보전하는 금액’을 제19호에 추가하였고, 부칙 제6조는 ⁠‘제19조 제19호의 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 행사비용을 보전하는 분부터 적용한다.’고 규정하였다.

나) 앞서 본 인정사실과 관계 법령의 규정을 종합하여 살펴보면, 이 사건 비용은 원고의 인건비에 해당하므로 손금에 산입되어야 한다. 그 이유는 다음과 같다.

① 구 법인세법 제19조, 개정 전 시행령 조항 제3호와 개정 후 시행령 조항 제3호 등에 따르면 ⁠‘인건비’는 원칙적으로 손금에 산입되고, 다만 그 법인의 사업과 관련이 없거나 일반적으로 용인되는 통상적인 범위를 넘어 손금불산입항목으로 규정된경우이거나(법인세법 제26조, 제27조 참조) 혹은 법인세법 제52조에 따른 부당행위 계산의 부인 규정이 적용되는 경우에는 손금에 산입되지 아니한다.

② 개정 전 시행령 조항 제3호의 ⁠‘인건비’란 사용인에게 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 것을 말한다(대법원 1999. 6. 25. 선고 97누14194 판결). 이 사건 주식매수선택권은 이를 부여받은 임직원들에게 장기적인 근로의욕을 불어넣기 위한 목적에서 부여되었고, 이로써 위 임직원들은 주식매수선택권의 행사로 인한 이익을 극대화하려는 경제적 유인을 갖고 업무에 더욱 매진하게 되며 주식매수선택권을 행사할 수 있는 기간 동안은 가급적 퇴사를 하지 않으려 할 것이어서, 그 효과로 원고는 업무의 효율과 연속성을 높여 더 높은 경영성과를 달성할 수 있게 된다. 따라서 이 사건 비용은 소속 임직원들에게 양질의 근로를 제공받은 대가로 지급하는 것이므로 개정 전 시행령 조항 제3호에서 말하는 인건비에 해당하고, 달리 이 사건 비용이 원고의 사업과 관련이 없거나 일반적으로 용인되는 통상적인 범위를 넘었다거나 원고의 법인세를 부당하게 감소시켰다고 볼 만한 자료는 없다.

③ 원고는 AA금융지주가 부여한 주식매수선택권이 행사되자 AA금융지주를 대신하여 소속 임직원들에게 이 사건 비용을 지급하였는데(앞서 보았듯이 구 AA은행은 AA금융지주가 구 AA은행 임직원들에게 부여한 주식매수선택권의 행사에 따른 비용을 보전하여 주기로 약정하였고, 그 후 구 AA은행은 원고에 흡수합병됨으로써 구 AA은행의 권리의무가 원고에게 포괄적으로 승계된 결과이다), 이는 근로기준법에 규정된 보통의 임금 지급 방법과 같고(근로기준법 제43조 제1항 참조), 그러한 점에서 볼 때 원고가 소속 임직원들에게 부여된 주식매수선택권의 행사에 따라 이 사건 비용을 지급한 것과 함께 손금에 산입되는 인건비로 보아야 한다.

④ 개정 후 시행령 조항 제19호는 모회사가 자회사 임직원들에게 부여한 주식매수선택권이 행사될 경우 자회사가 모회사에 보전한 행사비용을 손금 항목으로 규정하고 있다. 위 규정은 모회사가 자회사 임직원들에게 주식매수선택권을 부여하였다고 하더라도 그 중에는 자회사의 손금으로 처리함이 옳은 경우가 있음을 전제하고 있고, 이처럼 모회사 주식매수선택권의 행사비용이 자회사의 손금으로 귀속되는 경우는 위 규정이 신설되기 전이라도 ⁠‘인건비’의 해석으로 가능하다. 따라서 위 규정이 신설되었기 때문에 비로소 자회사가 보전한 행사비용이 손금으로 인정된다기보다는, 위 규정은 기존에도 인건비에 포함시켜 손금으로 인정할 수 있었던 비용을 별개의 손금항목으로 명확히 규정한 것이다(갑 제8호증 참조).

⑤ 만약 이 사건 비용이 원고의 손금으로 볼 수 없는 것이었더라면 원고는 AA금융지주에 대한 행사비용 보전약정을 하지 않았을 것으로 보인다. 또한 AA금융지주가 원고의 임직원들에게 지급한 주식매수선택권 행사비용을 원고가 보전한 경우에 이를 원고의 손금으로 인정한다면, 위와 같은 2단계의 지급과정을 단축하여 원고가 직접 원고의 임직원들에게 행사차액을 지급하였다는 사정만으로 달리 볼 수는 없다.

다) 따라서 이 사건 비용을 손금에 산입하여 달라는 원고의 경정신청을 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 있으므로 인용하고 소송비용은 패소자인 피고가 부담하도록 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2016. 05. 27. 선고 서울행정법원 2014구합53889 판결 | 국세법령정보시스템