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세무조사 후 재조사 처분의 적법성 및 수출알선수수료 손금 산입 인정 여부

부산지방법원 2022구합23587
판결 요약
심판원의 재조사 결정에 따라 세무서가 매출누락 오류를 검증·시정해 처분을 재산정한 것은 기속력에 위반되지 않아 적법하며, 원고가 주장한 수출알선수수료 역시 손금으로 인정받을 입증 부족 등으로 비용처리가 부정되었습니다.
#세무조사 #재조사 결정 #과세처분 #매출누락 #N매출대장
질의 응답
1. 세무서가 심판원의 재조사 결정 후 오류 검증·시정하여 한 세금 부과처분이 기속력 위반인가요?
답변
심판원의 재조사 결정 취지에 따라 오류를 검증하고 시정하여 매출누락금액을 재산정한 처분은 기속력 위반이 아니므로 적법합니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 재조사 결정은 '근거자료 산정오류의 시정' 취지일 뿐, N매출대장 이외 자료 사용을 명한 것은 아니고, 세무서가 오류를 재조사해 시정했으므로 기속력 위반이 아니라고 판시하였습니다.
2. 매출누락 산정 근거인 N매출대장이 일부 오류 있으면 전체 과세 근거로 삼는 게 위법한가요?
답변
N매출대장극히 일부 오류만이 확인되었고, 그 오류는 처분 과정에서 시정되었습니다. 전체 과세 근거로 삼는 것이 위법하다고 보기 어렵습니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 N매출대장이 실질적 매출장부로 기능하였고, 확인된 오류는 일부에 불과하며, 오류 역시 시정되었으므로 과세 자료로 사용할 수 있다고 밝혔습니다.
3. 수출알선수수료는 손금산입이 가능한가요?
답변
수출알선수수료에 대해 지급 사실·금액·자산감소 입증 부족과도한 액수, 비정상적 지급방식 등으로 손금산입이 인정되지 않았습니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 원고가 수출알선수수료의 지급·액수를 입증하지 못했고, 업계 관행에 비해 과도하며, 현금 등 불명확한 방식으로 지급해 손금산입을 부인한다고 판시했습니다.
4. 세무조사 근거장부에 일부 오류가 있더라도 세무서가 과세자료로 사용할 수 있나요?
답변
예, 주요 거래 내역과 자금 흐름 등이 체계적으로 기재되어 있고 근거로 객관적 신빙성 있다면 일부 오류만으로 사용을 배제할 수 없습니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 장부 전체의 신빙성이 인정되고 일부 오류는 시정됐다면 근거과세의 원칙에 어긋나지 않는다고 보았습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

심판 재조사 결정 이후 재조사를 통해 오류를 검증하였고 , 그 오류를 시정하여 매출누락금액을 재산정하여 한 이 사건 처분은 재조사 결정 기속력에 반하여 위법하다고 볼 수 없음

판결내용

재조사 결정 기속력에 반한 위법한 처분으로 볼 수 없고, 원고가 선주 등에게 지급한 수출아런수수료는 손금으로 볼 수 없음

상세내용

주 문

1. 원고의 주위적 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 주위적으로, 가. ○○세무서장이, 2018. 11. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세583,219,988원(가산세 포함) 부과처분, 2014 사업연도 법인세 754,167,635원(가산세 포함) 부과처분, 2017 사업연도 법인세 628,763,127원(가산세 포함) 부과처분, 2021. 2. 9. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 1,311,630,212원(가산세 포함) 부과처분을 취소하고, 나. 피고가 2023. 9. 18. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 824,308,220원(가산세 포함)을 취소한다.

2. 예비적으로, 가. ○○세무서장이, 2018. 11. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 부과처분 중 226,417,348원(가산세 포함), 2014 사업연도 법인세 부과처분 중 528,832,105원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 부과처분 중 628,763,125원(가산세 포함), 2021. 2. 9. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 부과처분 중 656,486,101원(가산세 포함)을 취소하고, 나. 피고가 2023. 9. 18. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 824,308,220원(가산세 포함)을 취소한다.[원고는 당초 ○○세무서장을 상대로 법인세등 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, ○○세무서장은 2022. 10. 20. 위 처분과 관계되는 권한의 승계에 따른 피고경정신청을 하였고, 이 법원은 2022. 11. 3. 피고를 ■■세무서장으로 경정함을 허가하였다. 원고는 2024. 1. 31. 청구취지를 위와 같이 변경하였다]

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1986. 1. 11. 선박용품제조업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. ○○세무서장은 2018. 3. 26.부터 2018. 9. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2018. 11. 1. 원고에 대하여 2013 사업연도 법인세 636,791,243원(가산세 포함, 이하 같음), 2014 사업연도 법인세 1,090,377,197원, 2015 사업연도 법인세 1,750,614,690원, 2016 사업연도 법인세 1,697,027,203원, 2017 사업연도 법인세 1,047,061,327원을 각 부과하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 당초 처분’이라 함)을 하였고, 이후 ⁠[별지1] ⁠‘2013 내지 2017 사업연도 법인세 결정·경정 내역 요약 표’ 기재와 같이 ➀ 2021. 2. 9. 2015 사업연도 법인세 증액 경정([별지1] 표 제2차, 이하 ⁠‘제1차 경정’이라 함), ➁ 2021. 7. 28. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제3차, 이하 ⁠‘제2차 경정’이라 함), ③ 2021. 9. 2. 2015 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제4차, 이하 ⁠‘제3차 경정’이라 함), ④ 2021. 10. 14. 2016 사업연도 법인세 증액 경정([별지1] 표 제5차, 이하 ⁠‘제4차 경정’이라함)을 각 하였다.

다. 이 사건 당초 처분의 처분사유는 ➀ 주식회사 A 관련 가공거래를 통해 지출된 업무무관경비, ➁ 원고 대표이사의 아내의 감사업무 관련 허위 급여 및 접대비 지출, ③ 원고 대표이사 B에게 지급한 부당 직무발명보상금 지급, ④ 매출누락이었다.

라. 원고는 조세심판원에 이 사건 당초 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 3. 위 ④ 처분사유(매출누락)에 대하여는 재조사를 통하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 재조사결정(이하 ⁠‘이 사건 재조사 결정’이라 함)을 하고, 원고의 나머지 심판청구에 대해서는 기각결정을 하였다.

마. 한편, 피고는 ⑤ 2022. 10. 25. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제6차, 이하 ⁠‘제5차 경정’이라 함), ⑥ 2023. 2. 17. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제7차, 이하 ⁠‘제6차 경정’이라 함), ⑦ 2023. 9. 18. 2016 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제8차, 이하 ⁠‘제7차 경정’이라 함)을 각 하였다.

바. ○○세무서장은 이 사건 재조사 결정에 따라 2021. 6. 14.부터 2021. 7. 23.까지 매출누락금액에 대한 재조사를 실시하였고, 2021. 7. 28. 2013 내지 2017 사업연도 법인세감액 경정(제2차 경정)을 하여 2021. 7. 29. 원고에게 그 결과를 고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 함)하였다.

사. 원고는 2021. 10. 26. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2022. 7. 18. 원고의 청구 중 ➀ 원고가 수출알선수수료로 지출한 합계 13,645,091,659원은 익금에서 제외되거나 손금에 산입하여야 한다는 청구에 대하여는 각하, ➁ 이 사건 처분은 위법하여 취소하여야 한다는 청구에 대하여는 기각 결정을 하였다. 피고는 위 조세심판결과에 따라 2022. 10. 25. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정(제5차 경정)을 하였다.

아. 한편, 원고는 이 사건 당초 처분 중 처분사유 ➀ 내지 ③에 따른 부분에 대하여 별도의 소를 제기(이하 ⁠‘별건 관련 소송’이라 함)하여 다투었고, 피고는 별건 관련 소송의 결과(부산지방법원 2022. 4. 29. 선고 2021구합●●● 판결, 부산고등법원 2023. 1. 18. 선고 2022누△△△ 판결)에 따라 제5차 내지 제7차 경정 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제5호증, 을제1호증 내지 을제5호증, 을제13호증 내지 을제18호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 이 사건 처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다(제1 주장).

(2) 원고의 N매출대장은 업무편의를 위해 작성된 업무 보조용 전산자료에 불과하고 명백한 오류가 존재함에도 불구하고, 이에 기초하여 원고의 매출누락액을 산정한 이 사건 처분은 ⁠‘근거과세의 원칙’에 위배되어 위법하다(제2 주장).

(3) 설령 원고가 일부 매출을 누락하였다 하더라도 원고가 아래와 같이 선주 등에게 수출알선수수료로 지급한 합계 13,645,091,659원은 손금에 산입되어야 함에도 불구하고 이를 반영하지 않은 이 사건 처분은 위법하다(제3 주장).

(4) 위와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하므로, 주위적으로는 그 전체의 취소를 구하고(다만 이 사건 당초 처분 이후 ○○세무서장 및 피고가 감액 경정만을 한 2013, 2014, 2017 사업연도 법인세 부과 처분에 대하여는 이 사건 당초 처분을 취소의 대상으로, 감액 경정과 증액 경정이 함께 이루어진 2015, 2016 사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 그 증액 경정이 된 처분을 취소의 대상으로 하고), 예비적으로는 원고의 주장 중 수출알선수수료 금액이 손금에 산입되어야 한다는 주장만 받아들여지는 경우 계산되는 ⁠[별지2] ⁠‘2013내지 2017 사업연도 법인세 결정·경정 세부내역 표’의 ⁠‘정당세액’란 중 각 ⁠‘차감고지세액’란 기재 세액의 취소를 구한다.

나. 관계 법령

[별지3] 기재와 같다.

다. 판단

(1) 제1 주장에 대한 판단

(가) 인정사실

갑제3호증, 갑제4호증, 을제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실이 인정된다.

➀ 이 사건 재조사 결정의 구체적인 내용은 다음과 같다.

➁ ○○세무서장은 원고에 대한 재조사 후 이 사건 처분을 하면서, ㉠ 출고일기재가 없는 내역 191건(624,690,000원) 중 120건(380,427,000원)은 출고일이 확인되지 않아 매출누락 대상에서 제외하고 나머지 출고사실이 확인되는 71건(244,263,000원)은 처분을 유지하였고, ㉡ 원고가 조사대상연도 외인 2012 사업연도귀속분이라고 주장한 26건(253,737,000원)은 2013년에 출고된 것으로 확인하여 처분을 유지하되, 2017 사업연도 귀속분 중 53건(136,823,000원)이 2018년에 출고된 것을 확인하여 경정하였고, ㉢ 외화 표시 오류 3건(253,737,000원)은 오류임을 확인하여 매출누락분에서 감액하였다.

③ 원고는 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판을 청구하면서 ⁠‘○○세무서장은 N매출대장이 아닌 다른 과세근거에 근거하여 매출누락 사실을 확인하라는 취지의 이 사건 재조사 결정의 취지에 반하여 N매출대장의 일부 오류만을 형식적으로 반영한 채 재조사를 종결하여 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다’는 주장을 하였고, 조세심판원은 2022. 7. 18. 원고의 주장에 대하여 다음과 같이 판단하였다.

(나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 인정된 사실 및 이에 비추어 알 수 있는 다음의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 처분이 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

➀ 이 사건 재조사 결정문의 기재를 통해서 드러난 재조사 결정의 취지는 ⁠‘N매출대장을 근거로 하여 산정한 매출누락금액 산정에 오류가 있어 이를 합리적으로 산정하였다고 보기 어려우므로 재조사를 통해 매출누락금액을 재산정하라’는 것이지, 원고의 주장과 같이 ⁠‘N매출대장이 아닌 다른 과세근거에 근거하여 매출누락금액을 재산정하고’, 만약 다른 과세근거가 없을 경우에는 N매출대장에 근거하여 처분을 해서는 안 된다는 것으로는 해석되지 않는다.

➁ ○○세무서장이 이 사건 재조사 결정 이후 재조사를 통해 경정한 내역을 보면, ○○세무서장은 이 사건 재조사 결정에서 지적된 오류에 관하여 재조사를 통해 오류를 검증하였고, 그 오류를 시정하여 매출누락금액을 재산정하여 이 사건 처분을 한 것으로 보인다.

③ 달리 기록상 원고의 주장과 같이 ○○세무서장이 이 사건 재조사 결정의 내용에 반하여 이 사건 처분을 한 것이라고 볼 만한 사정은 보이지 않는다.

(2) 제2 주장에 대한 판단

(가) 관련 법리

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접 사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결 등).

(나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 법리에 다툼 없는 사실, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 비추어 보면, N매출대장에 근거하여 매출누락분을 산정한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

국세기본법 제16조 제1항은 ⁠‘납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다’고 하여 근거과세의 원칙을 정하고 있고, 법인세법 제66조 제3항은 ⁠‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수있다’고 정하고 있다.

➁ 원고의 N매출대장에는 ㉠ ⁠‘출고현황’과 ⁠‘미결건’이 구분되어 있고, ㉡ ⁠‘출고현황’에는 출고일, 세금계산서발급일, 상호, 원화 공급가액(원화), 부가가치세(원화), 합계(원화), 청구금액(외화), 결제예정일, 결제일, 결제통화, 선번/선명, 품목, 품명, 비고, 발주번호, 면장번호, 면장수취여부, 발송번호가 기록되어 있으며, ㉢ ⁠‘미결건’에는 영문으로 선박소유자, 주문번호, 선박명, 송장번호, 날짜, 외화금액, 지급일, 품목, 면장금액(한글), 비고가 기록되어 있다.

③ 위와 같이 원고의 N매출대장에는 원고의 사업에 따른 현금의 흐름에 대하여 자세한 사항들이 기록되는 점, 원고가 N매출대장을 오랜 기간 동안 기록하여 온 것으로 보이는 점, 원고는 N매출대장 외에 국세기본법 제16조 제1항에서 정하고 있는 ⁠‘세법에 따른 장부’를 별도로 갖추고 있지 않은 것으로 보이는 점 등을 종합하면, N매출대장은 원고의 주장과 같이 단순한 업무 보조장부가 아닌 원고의 실질적인 매출장부라고 봄이 상당하다. N가 국세기본법 제16조 제1항이 정하는 ⁠‘세법에 따른 장부’에는 해당하지 않는다고 하더라도, 이는 과세관청이 원고에 대한 법인세 과세요건을 합리적으로 추정할 수 있는 사실관계가 충분히 나타나 있는 근거로서 법인세법 제66조 제3항이 정하는 ⁠‘그 밖의 증명서류’로 볼 수 있다.

④ 원고의 주장과 같이 N매출대장의 기재 내용에 이 사건 재조사 결정에서 지적된 오류들이 존재하였던 것은 사실이나, 발견된 오류는 조사된 내용 중 극히 일부에 지나지 않는 것으로 보이고, 또한 그 오류는 이 사건 처분 과정에서 경정되었다. 일반적으로 납세의무자가 국세기본법 제16조 제1항에서 정하고 있는 ⁠‘세법에 따른 장부’를 갖추고 있는 경우에도 그 기재 내용에 오류가 있을 가능성은 배제할 수 없어 위와 같은오류의 존재만으로 N매출대장을 과세처분의 근거로 삼을 수 없다고 보기 어렵다.

⑤ 원고는 원고의 매출금액을 계산할 때 원고에게 매출대금을 송금하여 주는 중계은행에 원고가 지급하는 송금수수료를 차감하지 않고 N매출대장에 기재된 매출액 전액을 원고의 실제 매출액이라고 보아 매출누락액을 산정한 것을 N매출대장이 가진 오류의 예시로 들고 있다. 그러나 N매출대장에 기재되지 않은 송금수수료가 존재하는데 신고에서 누락되었다면 이러한 손금에 산입될 비용에 관하여는 손금산입을 주장하는 원고의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가리면 되는 것이지(대법원1999. 11. 12. 선고 99두4556 판결 참조), N매출대장에 기재되지 않은 송금수수료가 존재한다는 사실이 N매출대장에 오류가 있다는 근거가 될 수는 없다. 을제4호증의 기재에 의하면 원고는 해외 송금수수료 및 전신료로 지급한 비용을 회계상 비용으로 계상하여 손금으로 인정받은 것으로 보인다.

⑥ 이와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 처분이 근거과세의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

(3) 제3 주장에 대한 판단

(가) 관련 법리

➀ 매출납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도 비용은 없다고 할 수 있다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99두4556 판결 등).

➁ 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면, 그 비용은 구 법인세법(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 것) 제18조의2에서 말하는 접대비라고 할 것이나, 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면, 이는 같은 법 제9조 제3항, 같은법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제12조 제2항 제2호에서 손비로 인정하는 판매부대비용에 해당한다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두6559 판결).

(나) 인정사실

다음의 사실은 다툼이 없거나, 갑제7호증 내지 갑제80호증, 을제4호증 내지 을제11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

➀ 원고에 대한 법인사업자 조사종결보고서(을제5호증)의 기재에 의하면, 원고는 세무조사에서 ⁠‘대표이사는 외환위기 당시 거래처의 요구로 거래와 무관하게 원화를 송금받고 국내에서 거래처에 외환을 불법환전해 주면서 많은 돈을 벌었으며, 당시 벌어들인 돈을 양성화하지 못해 현금 보관 중이던 자금으로 알선수수료를 지급하였다’, ⁠‘선주사 감독관이 사전에 원고 대표이사와 수수료 약정한 후 국내 방문하여 원화로 현금 수령하였고, 선주사 감독관의 현금 요구로 법인계좌나 대표이사 개인계좌에서 원화현금 인출하여 지급하였다’고 주장하였다.

➁ 위 조사종결보고서의 기재에 의하면, 세무조사 당시 원고가 제출한 자료를 통해 아래 표 기재와 같이 원고가 지급한 연도별 수출알선수수료와 원고의 대표이사 B가 자신의 계좌에서 현금으로 출금한 금액이 확인된다.

③ 원고와 B 사이의 계좌이체 내역(갑제74호증, 갑제75호증)에 의하면, 원고는 다음 표 기재와 같이 2013년부터 2018년까지 B의 개인 계좌로 합계 11,655,145달러 및 94,181유로를 이체하였다.

④ 위 조사종결보고서의 기재에 의하면, 원고는 2008년부터 2017년까지 선주에게 지급한 선주혜택(5%)과 알선수수료(3%)를 비용 명목으로 계상해 왔고, 그 합계액 17억 8,400만 원은 모두 손금으로 인정되었다.

⑤ 위 조사종결보고서의 기재에 의하면, 조선업계의 수출알선수수료 지급규모는 판매금액 대비 3%~5%로 조사되었고, 을제10호증, 을제11호증의 각 기재에 의하면, 관련 사건에서 업체들이 비용으로 계상하여 손금이 인정된 수출알선수수료는 매출액 대비 2~3%이다. 반면 조사대상 사업연도 기간인 2013년부터 2017년까지 원고가 선주에게 지급하였다고 주장하는 수출알선료는 같은 기간 동안 원고의 매출액(매출누락액 포함)의 13.29%, 2017년의 경우 24.3%에 해당한다.

⑥ 원고가 제출한 ○○에 있는 판매대리점 ⁠‘T’사와 ⁠‘독점적인 대리 및 계약’에 관한 약정서(갑제44호증)의 기재에 의하면, 원고는 2016. 1. 12. ⁠‘T’사와 ⁠‘독점적인 대리 및 계약(Exclusive Agency and Contract)’에 관한 약정을 체결하였는데, 그 내용은 ⁠‘T’사가 원고가 ○○ 해군성에 해군 함정 ○○척에 원고 제품을 납품할 수 있도록 해 주고(추정 계약가 47,500,000달러), 그 대가로 원고는 ⁠‘T’사에 2016. 3. 4., 2016. 4. 4., 2016. 5. 4., 2016. 6. 4., 2016. 7. 4. 각 50만 달러씩 합계 250만 달러를 사전에 지급하기로 하는 것이다.

(다) 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 법리에 앞서 인정된 사실 및 이를 통해 알 수 있는 다음의 사정들을 비추어 보면, 북부산세무서장이 원고가 주장하는 수출알선수수료를 손금에 산입하지 않고 이 사건 처분을 한 것은 정당하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

➀ 원고가 선주들에게 지급하였다는 수출알선수수료는 당초 원고의 법인세 신고에서 누락되어 있었는바, 손금 항목에 해당하는 수출알선수수료는 각 사업연도 소득금액 및 과세표준액을 낮추는 것이므로 원고가 이를 신고하지 않을 이유가 전혀 없고, 원고에게 신고하지 못할 정당한 사유가 있었다고 보이지도 않는다. 더구나 원고는 수출알선수수료의 신고 누락 사실이 적발된 이후 비로소 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있으므로, 수출알선수수료가 손금에 해당하는지 여부, 수출알선수수료가 선주들에게 지급되었는지 여부, 그 액수는 원고가 입증하여야 한다.

법인세법 제19조 제1항은 ⁠‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다’고 정하고 있다. 원고의 주장에 의하면, 수출알선수수료의 지급을 위해 원고가 B에게 수출알선수수료 상당의 외화를 이체하고 B는 해당 외화 상당의 수출알선수수료를 보유하고 있던 원화 현금으로 지급하였다는 것이다. 그러나 ㉠ 앞서 본 바와 같이 B가 자신의 계좌에서 인출한 현금은 원고가 주장하는 수출알선료 합계액의 일부에 지나지 않는 점, ㉡ B가 개인적으로 보관하고 있었다는 현금의 존재는 밝혀지지 않은 점, ㉢ 갑제74호증의 기재에 의하더라도 원고가 ⁠‘T’ 사에 수출알선료 지급 약정을 하고 그 지급을 하기로 한 기간 동안 원고가 B에게 외화를 이체한 내역이 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 B에게 이체한 외화들이 원고의 선주에 대한 수출알선료로 지급되었다고 인정하기 어렵다. 따라서 선주들에게 수출알선료가 지급된 것이 사실이라 하더라도, 이것이 ⁠‘법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용’으로서 원고의 손금이라고 인정할 만한 사실이 입증되었다고 보기 어렵다.

③ 원고가 주장하는 수출알선수수료가 선주들에게 지급되었는지에 대하여 살피건대, ㉠ 회사 사이에 약정에 따라 수출알선수수료를 지급하면서 계좌를 통한 송금 방식이 아닌 현금 지급 방식을 취하고, 그것도 외국 회사에게 한국에서 원화로 지급하는 것은 지극히 이례적인 점, ㉡ 원고가 제출한 원고가 선주 등과 수출알선수수료 지급을 약정하였다는 이메일들은 이를 출력한 사본이고 원곤느 그 이메일 원본들이 서버에서 삭제되어 원본의 내용을 확인할 수 없다고 주장하는 점, ㉢ 선주 등이 수출알선수수료를 지급받았다고 기재하고 서명한 영수증들도 모두 사본인데, 실제로 영수증에 서명한 사람이 영수증을 작성하였다는 사실 또는 영수증에 서명한 사람이 수출알선수수료를 지급받은 시점에 국내에 있었다는 사실 등을 확인할 자료는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주장하는 바와 같이 선주들에게 수출알선료를 지급하였다고 인정하기 어렵다.

④ 원고가 들고 있는 부산고등법원 2016. 1. 15. 선고 2015누22035 판결, 같은 법원 2015. 1. 15. 선고 2015누22448 판결 등에 의하면, 조선업계에서 부품 제조사가 선주에게 수출알선수수료를 지급하는 것이 조선업계의 상관행인 점은 인정된다. 그러나 위 사안들에서는 공급사가 선주와의 선주혜택계약서에 따라 약정한 선주수수료(본건에서의 수출알선수수료와 유사한 성격의 수수료)를 계좌로 송금하고 수수료 계정에 계상 하였는데 과세관청이 이를 손금에 산입하지 않고 이를 접대성 경비에 해당한다고 보아 접대비 한도 초과액을 손금 불산입한 것이 문제되었던 것인 반면, 본건에서는 원고가 주장하는 수출알선수수료의 지출경위(원고가 계상하여 온 선주혜택과 알선수수료 외에 별도의 수출알선수수료를 약정), 지출방법(원고가 직접 지급한 것이 아니라 자금의 흐름을 파악할 수 없도록 대표가 보유한 현금으로 지급), 액수(조선업계의 관행에 비해 과도한 액수) 등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 그것이 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되기 어렵다고 보이므로, 위 판례들의 결론을 본건에 그대로 적용할 수 없다.

(4) 소결

사정이 이와 같다면, 이 사건 처분이 위법하여 취소되어야 한다는 원고의 주위적 주장은 모두 이유 없고, 원고가 선주 등에게 지급한 수출알선수수료를 손금으로 볼 수 없는 이상 이와 다른 전제에 선 예비적 청구도 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 이 사건 주위적 청구와 예비적 청구는 각 이유 없으므로 모두 기각하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2024. 04. 25. 선고 부산지방법원 2022구합23587 판결 | 국세법령정보시스템

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세무조사 후 재조사 처분의 적법성 및 수출알선수수료 손금 산입 인정 여부

부산지방법원 2022구합23587
판결 요약
심판원의 재조사 결정에 따라 세무서가 매출누락 오류를 검증·시정해 처분을 재산정한 것은 기속력에 위반되지 않아 적법하며, 원고가 주장한 수출알선수수료 역시 손금으로 인정받을 입증 부족 등으로 비용처리가 부정되었습니다.
#세무조사 #재조사 결정 #과세처분 #매출누락 #N매출대장
질의 응답
1. 세무서가 심판원의 재조사 결정 후 오류 검증·시정하여 한 세금 부과처분이 기속력 위반인가요?
답변
심판원의 재조사 결정 취지에 따라 오류를 검증하고 시정하여 매출누락금액을 재산정한 처분은 기속력 위반이 아니므로 적법합니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 재조사 결정은 '근거자료 산정오류의 시정' 취지일 뿐, N매출대장 이외 자료 사용을 명한 것은 아니고, 세무서가 오류를 재조사해 시정했으므로 기속력 위반이 아니라고 판시하였습니다.
2. 매출누락 산정 근거인 N매출대장이 일부 오류 있으면 전체 과세 근거로 삼는 게 위법한가요?
답변
N매출대장극히 일부 오류만이 확인되었고, 그 오류는 처분 과정에서 시정되었습니다. 전체 과세 근거로 삼는 것이 위법하다고 보기 어렵습니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 N매출대장이 실질적 매출장부로 기능하였고, 확인된 오류는 일부에 불과하며, 오류 역시 시정되었으므로 과세 자료로 사용할 수 있다고 밝혔습니다.
3. 수출알선수수료는 손금산입이 가능한가요?
답변
수출알선수수료에 대해 지급 사실·금액·자산감소 입증 부족과도한 액수, 비정상적 지급방식 등으로 손금산입이 인정되지 않았습니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 원고가 수출알선수수료의 지급·액수를 입증하지 못했고, 업계 관행에 비해 과도하며, 현금 등 불명확한 방식으로 지급해 손금산입을 부인한다고 판시했습니다.
4. 세무조사 근거장부에 일부 오류가 있더라도 세무서가 과세자료로 사용할 수 있나요?
답변
예, 주요 거래 내역과 자금 흐름 등이 체계적으로 기재되어 있고 근거로 객관적 신빙성 있다면 일부 오류만으로 사용을 배제할 수 없습니다.
근거
부산지방법원-2022-구합-23587 판결은 장부 전체의 신빙성이 인정되고 일부 오류는 시정됐다면 근거과세의 원칙에 어긋나지 않는다고 보았습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

심판 재조사 결정 이후 재조사를 통해 오류를 검증하였고 , 그 오류를 시정하여 매출누락금액을 재산정하여 한 이 사건 처분은 재조사 결정 기속력에 반하여 위법하다고 볼 수 없음

판결내용

재조사 결정 기속력에 반한 위법한 처분으로 볼 수 없고, 원고가 선주 등에게 지급한 수출아런수수료는 손금으로 볼 수 없음

상세내용

주 문

1. 원고의 주위적 및 예비적 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 주위적으로, 가. ○○세무서장이, 2018. 11. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세583,219,988원(가산세 포함) 부과처분, 2014 사업연도 법인세 754,167,635원(가산세 포함) 부과처분, 2017 사업연도 법인세 628,763,127원(가산세 포함) 부과처분, 2021. 2. 9. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 1,311,630,212원(가산세 포함) 부과처분을 취소하고, 나. 피고가 2023. 9. 18. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 824,308,220원(가산세 포함)을 취소한다.

2. 예비적으로, 가. ○○세무서장이, 2018. 11. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 부과처분 중 226,417,348원(가산세 포함), 2014 사업연도 법인세 부과처분 중 528,832,105원(가산세 포함), 2017 사업연도 법인세 부과처분 중 628,763,125원(가산세 포함), 2021. 2. 9. 원고에 대하여 한 2015 사업연도 법인세 부과처분 중 656,486,101원(가산세 포함)을 취소하고, 나. 피고가 2023. 9. 18. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 부과처분 중 824,308,220원(가산세 포함)을 취소한다.[원고는 당초 ○○세무서장을 상대로 법인세등 부과처분의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, ○○세무서장은 2022. 10. 20. 위 처분과 관계되는 권한의 승계에 따른 피고경정신청을 하였고, 이 법원은 2022. 11. 3. 피고를 ■■세무서장으로 경정함을 허가하였다. 원고는 2024. 1. 31. 청구취지를 위와 같이 변경하였다]

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 1986. 1. 11. 선박용품제조업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. ○○세무서장은 2018. 3. 26.부터 2018. 9. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후 2018. 11. 1. 원고에 대하여 2013 사업연도 법인세 636,791,243원(가산세 포함, 이하 같음), 2014 사업연도 법인세 1,090,377,197원, 2015 사업연도 법인세 1,750,614,690원, 2016 사업연도 법인세 1,697,027,203원, 2017 사업연도 법인세 1,047,061,327원을 각 부과하는 처분(이하 ⁠‘이 사건 당초 처분’이라 함)을 하였고, 이후 ⁠[별지1] ⁠‘2013 내지 2017 사업연도 법인세 결정·경정 내역 요약 표’ 기재와 같이 ➀ 2021. 2. 9. 2015 사업연도 법인세 증액 경정([별지1] 표 제2차, 이하 ⁠‘제1차 경정’이라 함), ➁ 2021. 7. 28. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제3차, 이하 ⁠‘제2차 경정’이라 함), ③ 2021. 9. 2. 2015 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제4차, 이하 ⁠‘제3차 경정’이라 함), ④ 2021. 10. 14. 2016 사업연도 법인세 증액 경정([별지1] 표 제5차, 이하 ⁠‘제4차 경정’이라함)을 각 하였다.

다. 이 사건 당초 처분의 처분사유는 ➀ 주식회사 A 관련 가공거래를 통해 지출된 업무무관경비, ➁ 원고 대표이사의 아내의 감사업무 관련 허위 급여 및 접대비 지출, ③ 원고 대표이사 B에게 지급한 부당 직무발명보상금 지급, ④ 매출누락이었다.

라. 원고는 조세심판원에 이 사건 당초 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 3. 위 ④ 처분사유(매출누락)에 대하여는 재조사를 통하여 과세표준과 세액을 경정하라는 취지의 재조사결정(이하 ⁠‘이 사건 재조사 결정’이라 함)을 하고, 원고의 나머지 심판청구에 대해서는 기각결정을 하였다.

마. 한편, 피고는 ⑤ 2022. 10. 25. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제6차, 이하 ⁠‘제5차 경정’이라 함), ⑥ 2023. 2. 17. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제7차, 이하 ⁠‘제6차 경정’이라 함), ⑦ 2023. 9. 18. 2016 사업연도 법인세 감액 경정([별지1] 표 제8차, 이하 ⁠‘제7차 경정’이라 함)을 각 하였다.

바. ○○세무서장은 이 사건 재조사 결정에 따라 2021. 6. 14.부터 2021. 7. 23.까지 매출누락금액에 대한 재조사를 실시하였고, 2021. 7. 28. 2013 내지 2017 사업연도 법인세감액 경정(제2차 경정)을 하여 2021. 7. 29. 원고에게 그 결과를 고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 함)하였다.

사. 원고는 2021. 10. 26. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2022. 7. 18. 원고의 청구 중 ➀ 원고가 수출알선수수료로 지출한 합계 13,645,091,659원은 익금에서 제외되거나 손금에 산입하여야 한다는 청구에 대하여는 각하, ➁ 이 사건 처분은 위법하여 취소하여야 한다는 청구에 대하여는 기각 결정을 하였다. 피고는 위 조세심판결과에 따라 2022. 10. 25. 2013 내지 2017 사업연도 법인세 감액 경정(제5차 경정)을 하였다.

아. 한편, 원고는 이 사건 당초 처분 중 처분사유 ➀ 내지 ③에 따른 부분에 대하여 별도의 소를 제기(이하 ⁠‘별건 관련 소송’이라 함)하여 다투었고, 피고는 별건 관련 소송의 결과(부산지방법원 2022. 4. 29. 선고 2021구합●●● 판결, 부산고등법원 2023. 1. 18. 선고 2022누△△△ 판결)에 따라 제5차 내지 제7차 경정 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증 내지 갑제5호증, 을제1호증 내지 을제5호증, 을제13호증 내지 을제18호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

(1) 이 사건 처분은 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다(제1 주장).

(2) 원고의 N매출대장은 업무편의를 위해 작성된 업무 보조용 전산자료에 불과하고 명백한 오류가 존재함에도 불구하고, 이에 기초하여 원고의 매출누락액을 산정한 이 사건 처분은 ⁠‘근거과세의 원칙’에 위배되어 위법하다(제2 주장).

(3) 설령 원고가 일부 매출을 누락하였다 하더라도 원고가 아래와 같이 선주 등에게 수출알선수수료로 지급한 합계 13,645,091,659원은 손금에 산입되어야 함에도 불구하고 이를 반영하지 않은 이 사건 처분은 위법하다(제3 주장).

(4) 위와 같은 이유로 이 사건 처분이 위법하므로, 주위적으로는 그 전체의 취소를 구하고(다만 이 사건 당초 처분 이후 ○○세무서장 및 피고가 감액 경정만을 한 2013, 2014, 2017 사업연도 법인세 부과 처분에 대하여는 이 사건 당초 처분을 취소의 대상으로, 감액 경정과 증액 경정이 함께 이루어진 2015, 2016 사업연도 법인세 부과처분에 대하여는 그 증액 경정이 된 처분을 취소의 대상으로 하고), 예비적으로는 원고의 주장 중 수출알선수수료 금액이 손금에 산입되어야 한다는 주장만 받아들여지는 경우 계산되는 ⁠[별지2] ⁠‘2013내지 2017 사업연도 법인세 결정·경정 세부내역 표’의 ⁠‘정당세액’란 중 각 ⁠‘차감고지세액’란 기재 세액의 취소를 구한다.

나. 관계 법령

[별지3] 기재와 같다.

다. 판단

(1) 제1 주장에 대한 판단

(가) 인정사실

갑제3호증, 갑제4호증, 을제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면 다음의 사실이 인정된다.

➀ 이 사건 재조사 결정의 구체적인 내용은 다음과 같다.

➁ ○○세무서장은 원고에 대한 재조사 후 이 사건 처분을 하면서, ㉠ 출고일기재가 없는 내역 191건(624,690,000원) 중 120건(380,427,000원)은 출고일이 확인되지 않아 매출누락 대상에서 제외하고 나머지 출고사실이 확인되는 71건(244,263,000원)은 처분을 유지하였고, ㉡ 원고가 조사대상연도 외인 2012 사업연도귀속분이라고 주장한 26건(253,737,000원)은 2013년에 출고된 것으로 확인하여 처분을 유지하되, 2017 사업연도 귀속분 중 53건(136,823,000원)이 2018년에 출고된 것을 확인하여 경정하였고, ㉢ 외화 표시 오류 3건(253,737,000원)은 오류임을 확인하여 매출누락분에서 감액하였다.

③ 원고는 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판을 청구하면서 ⁠‘○○세무서장은 N매출대장이 아닌 다른 과세근거에 근거하여 매출누락 사실을 확인하라는 취지의 이 사건 재조사 결정의 취지에 반하여 N매출대장의 일부 오류만을 형식적으로 반영한 채 재조사를 종결하여 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분은 위법하다’는 주장을 하였고, 조세심판원은 2022. 7. 18. 원고의 주장에 대하여 다음과 같이 판단하였다.

(나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 인정된 사실 및 이에 비추어 알 수 있는 다음의 사정들에 비추어 보면, 이 사건 처분이 이 사건 재조사 결정의 기속력에 반하여 위법하다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

➀ 이 사건 재조사 결정문의 기재를 통해서 드러난 재조사 결정의 취지는 ⁠‘N매출대장을 근거로 하여 산정한 매출누락금액 산정에 오류가 있어 이를 합리적으로 산정하였다고 보기 어려우므로 재조사를 통해 매출누락금액을 재산정하라’는 것이지, 원고의 주장과 같이 ⁠‘N매출대장이 아닌 다른 과세근거에 근거하여 매출누락금액을 재산정하고’, 만약 다른 과세근거가 없을 경우에는 N매출대장에 근거하여 처분을 해서는 안 된다는 것으로는 해석되지 않는다.

➁ ○○세무서장이 이 사건 재조사 결정 이후 재조사를 통해 경정한 내역을 보면, ○○세무서장은 이 사건 재조사 결정에서 지적된 오류에 관하여 재조사를 통해 오류를 검증하였고, 그 오류를 시정하여 매출누락금액을 재산정하여 이 사건 처분을 한 것으로 보인다.

③ 달리 기록상 원고의 주장과 같이 ○○세무서장이 이 사건 재조사 결정의 내용에 반하여 이 사건 처분을 한 것이라고 볼 만한 사정은 보이지 않는다.

(2) 제2 주장에 대한 판단

(가) 관련 법리

일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 과세요건사실에 관한 직접적인 증거가 없는 경우라도 간접적인 사실관계 등에 의거하여 경험칙상 가장 합리적인 설명이 가능한 추론에 의하여 과세요건사실의 존재를 추정할 수 있는 경우에는 그 증명이 있다고 하여야 할 것이며, 따라서 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실을 인정할 수 있는 간접 사실이 밝혀진 이상, 세금부과처분의 상대방이 당해 사실은 경험칙의 적용대상이 되지 못한다거나 당해 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점을 증명하지 않는 한, 당해 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없다(대법원 2002. 11. 13. 선고 2002두6392 판결, 대법원 2006. 9. 22. 선고 2006두6383 판결 등).

(나) 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 법리에 다툼 없는 사실, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음의 사실 및 사정들을 비추어 보면, N매출대장에 근거하여 매출누락분을 산정한 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

국세기본법 제16조 제1항은 ⁠‘납세의무자가 세법에 따라 장부를 갖추어 기록하고 있는 경우에는 해당 국세 과세표준의 조사와 결정은 그 장부와 이와 관계되는 증거자료에 의하여야 한다’고 하여 근거과세의 원칙을 정하고 있고, 법인세법 제66조 제3항은 ⁠‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 법인세의과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부나 그 밖의 증명서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령으로 정하는 사유로 장부나 그 밖의 증명서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 추계(推計)할 수있다’고 정하고 있다.

➁ 원고의 N매출대장에는 ㉠ ⁠‘출고현황’과 ⁠‘미결건’이 구분되어 있고, ㉡ ⁠‘출고현황’에는 출고일, 세금계산서발급일, 상호, 원화 공급가액(원화), 부가가치세(원화), 합계(원화), 청구금액(외화), 결제예정일, 결제일, 결제통화, 선번/선명, 품목, 품명, 비고, 발주번호, 면장번호, 면장수취여부, 발송번호가 기록되어 있으며, ㉢ ⁠‘미결건’에는 영문으로 선박소유자, 주문번호, 선박명, 송장번호, 날짜, 외화금액, 지급일, 품목, 면장금액(한글), 비고가 기록되어 있다.

③ 위와 같이 원고의 N매출대장에는 원고의 사업에 따른 현금의 흐름에 대하여 자세한 사항들이 기록되는 점, 원고가 N매출대장을 오랜 기간 동안 기록하여 온 것으로 보이는 점, 원고는 N매출대장 외에 국세기본법 제16조 제1항에서 정하고 있는 ⁠‘세법에 따른 장부’를 별도로 갖추고 있지 않은 것으로 보이는 점 등을 종합하면, N매출대장은 원고의 주장과 같이 단순한 업무 보조장부가 아닌 원고의 실질적인 매출장부라고 봄이 상당하다. N가 국세기본법 제16조 제1항이 정하는 ⁠‘세법에 따른 장부’에는 해당하지 않는다고 하더라도, 이는 과세관청이 원고에 대한 법인세 과세요건을 합리적으로 추정할 수 있는 사실관계가 충분히 나타나 있는 근거로서 법인세법 제66조 제3항이 정하는 ⁠‘그 밖의 증명서류’로 볼 수 있다.

④ 원고의 주장과 같이 N매출대장의 기재 내용에 이 사건 재조사 결정에서 지적된 오류들이 존재하였던 것은 사실이나, 발견된 오류는 조사된 내용 중 극히 일부에 지나지 않는 것으로 보이고, 또한 그 오류는 이 사건 처분 과정에서 경정되었다. 일반적으로 납세의무자가 국세기본법 제16조 제1항에서 정하고 있는 ⁠‘세법에 따른 장부’를 갖추고 있는 경우에도 그 기재 내용에 오류가 있을 가능성은 배제할 수 없어 위와 같은오류의 존재만으로 N매출대장을 과세처분의 근거로 삼을 수 없다고 보기 어렵다.

⑤ 원고는 원고의 매출금액을 계산할 때 원고에게 매출대금을 송금하여 주는 중계은행에 원고가 지급하는 송금수수료를 차감하지 않고 N매출대장에 기재된 매출액 전액을 원고의 실제 매출액이라고 보아 매출누락액을 산정한 것을 N매출대장이 가진 오류의 예시로 들고 있다. 그러나 N매출대장에 기재되지 않은 송금수수료가 존재하는데 신고에서 누락되었다면 이러한 손금에 산입될 비용에 관하여는 손금산입을 주장하는 원고의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가리면 되는 것이지(대법원1999. 11. 12. 선고 99두4556 판결 참조), N매출대장에 기재되지 않은 송금수수료가 존재한다는 사실이 N매출대장에 오류가 있다는 근거가 될 수는 없다. 을제4호증의 기재에 의하면 원고는 해외 송금수수료 및 전신료로 지급한 비용을 회계상 비용으로 계상하여 손금으로 인정받은 것으로 보인다.

⑥ 이와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 처분이 근거과세의 원칙에 위배된다고 볼 수 없다.

(3) 제3 주장에 대한 판단

(가) 관련 법리

➀ 매출납세의무자가 법인세의 과세표준 등 신고에 있어 신고누락한 매출액 등의 수입이 발견되면 과세청으로서는 그 누락된 수입을 익금에 산입할 수 있고 만약 납세의무자가 과세표준 등 신고에 있어 익금에 산입될 수입의 신고만을 누락한 것이 아니라 손금에 산입될 비용에 관하여도 신고를 누락한 사실이 있는 경우에는 그와 같이 비용을 신고누락하였다는 사실에 관하여는 그 비용의 손금산입을 주장하는 자의 입증에 의해 비용의 존재와 비용액을 가려야 할 것이며, 그와 같은 입증이 없는 이상 사실상 그와 같은 별도 비용은 없다고 할 수 있다(대법원 1999. 11. 12. 선고 99두4556 판결 등).

➁ 법인이 사업을 위하여 지출한 비용 가운데 상대방이 사업에 관련 있는 자들이고 지출의 목적이 접대 등의 행위에 의하여 사업관계자들과의 사이에 친목을 두텁게 하여 거래관계의 원활한 진행을 도모하는 데 있는 것이라면, 그 비용은 구 법인세법(1993. 12. 31. 법률 제4664호로 개정되기 전의 것) 제18조의2에서 말하는 접대비라고 할 것이나, 그 지출경위나 성질, 액수 등을 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되는 것이라면, 이는 같은 법 제9조 제3항, 같은법 시행령(1998. 12. 31. 대통령령 제15970호로 전문 개정되기 전의 것) 제12조 제2항 제2호에서 손비로 인정하는 판매부대비용에 해당한다(대법원 2003. 12. 12. 선고 2003두6559 판결).

(나) 인정사실

다음의 사실은 다툼이 없거나, 갑제7호증 내지 갑제80호증, 을제4호증 내지 을제11호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

➀ 원고에 대한 법인사업자 조사종결보고서(을제5호증)의 기재에 의하면, 원고는 세무조사에서 ⁠‘대표이사는 외환위기 당시 거래처의 요구로 거래와 무관하게 원화를 송금받고 국내에서 거래처에 외환을 불법환전해 주면서 많은 돈을 벌었으며, 당시 벌어들인 돈을 양성화하지 못해 현금 보관 중이던 자금으로 알선수수료를 지급하였다’, ⁠‘선주사 감독관이 사전에 원고 대표이사와 수수료 약정한 후 국내 방문하여 원화로 현금 수령하였고, 선주사 감독관의 현금 요구로 법인계좌나 대표이사 개인계좌에서 원화현금 인출하여 지급하였다’고 주장하였다.

➁ 위 조사종결보고서의 기재에 의하면, 세무조사 당시 원고가 제출한 자료를 통해 아래 표 기재와 같이 원고가 지급한 연도별 수출알선수수료와 원고의 대표이사 B가 자신의 계좌에서 현금으로 출금한 금액이 확인된다.

③ 원고와 B 사이의 계좌이체 내역(갑제74호증, 갑제75호증)에 의하면, 원고는 다음 표 기재와 같이 2013년부터 2018년까지 B의 개인 계좌로 합계 11,655,145달러 및 94,181유로를 이체하였다.

④ 위 조사종결보고서의 기재에 의하면, 원고는 2008년부터 2017년까지 선주에게 지급한 선주혜택(5%)과 알선수수료(3%)를 비용 명목으로 계상해 왔고, 그 합계액 17억 8,400만 원은 모두 손금으로 인정되었다.

⑤ 위 조사종결보고서의 기재에 의하면, 조선업계의 수출알선수수료 지급규모는 판매금액 대비 3%~5%로 조사되었고, 을제10호증, 을제11호증의 각 기재에 의하면, 관련 사건에서 업체들이 비용으로 계상하여 손금이 인정된 수출알선수수료는 매출액 대비 2~3%이다. 반면 조사대상 사업연도 기간인 2013년부터 2017년까지 원고가 선주에게 지급하였다고 주장하는 수출알선료는 같은 기간 동안 원고의 매출액(매출누락액 포함)의 13.29%, 2017년의 경우 24.3%에 해당한다.

⑥ 원고가 제출한 ○○에 있는 판매대리점 ⁠‘T’사와 ⁠‘독점적인 대리 및 계약’에 관한 약정서(갑제44호증)의 기재에 의하면, 원고는 2016. 1. 12. ⁠‘T’사와 ⁠‘독점적인 대리 및 계약(Exclusive Agency and Contract)’에 관한 약정을 체결하였는데, 그 내용은 ⁠‘T’사가 원고가 ○○ 해군성에 해군 함정 ○○척에 원고 제품을 납품할 수 있도록 해 주고(추정 계약가 47,500,000달러), 그 대가로 원고는 ⁠‘T’사에 2016. 3. 4., 2016. 4. 4., 2016. 5. 4., 2016. 6. 4., 2016. 7. 4. 각 50만 달러씩 합계 250만 달러를 사전에 지급하기로 하는 것이다.

(다) 구체적 판단

살피건대, 앞서 본 법리에 앞서 인정된 사실 및 이를 통해 알 수 있는 다음의 사정들을 비추어 보면, 북부산세무서장이 원고가 주장하는 수출알선수수료를 손금에 산입하지 않고 이 사건 처분을 한 것은 정당하다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

➀ 원고가 선주들에게 지급하였다는 수출알선수수료는 당초 원고의 법인세 신고에서 누락되어 있었는바, 손금 항목에 해당하는 수출알선수수료는 각 사업연도 소득금액 및 과세표준액을 낮추는 것이므로 원고가 이를 신고하지 않을 이유가 전혀 없고, 원고에게 신고하지 못할 정당한 사유가 있었다고 보이지도 않는다. 더구나 원고는 수출알선수수료의 신고 누락 사실이 적발된 이후 비로소 이를 손금에 산입하여야 한다고 주장하고 있으므로, 수출알선수수료가 손금에 해당하는지 여부, 수출알선수수료가 선주들에게 지급되었는지 여부, 그 액수는 원고가 입증하여야 한다.

법인세법 제19조 제1항은 ⁠‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용의 금액으로 한다’고 정하고 있다. 원고의 주장에 의하면, 수출알선수수료의 지급을 위해 원고가 B에게 수출알선수수료 상당의 외화를 이체하고 B는 해당 외화 상당의 수출알선수수료를 보유하고 있던 원화 현금으로 지급하였다는 것이다. 그러나 ㉠ 앞서 본 바와 같이 B가 자신의 계좌에서 인출한 현금은 원고가 주장하는 수출알선료 합계액의 일부에 지나지 않는 점, ㉡ B가 개인적으로 보관하고 있었다는 현금의 존재는 밝혀지지 않은 점, ㉢ 갑제74호증의 기재에 의하더라도 원고가 ⁠‘T’ 사에 수출알선료 지급 약정을 하고 그 지급을 하기로 한 기간 동안 원고가 B에게 외화를 이체한 내역이 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 B에게 이체한 외화들이 원고의 선주에 대한 수출알선료로 지급되었다고 인정하기 어렵다. 따라서 선주들에게 수출알선료가 지급된 것이 사실이라 하더라도, 이것이 ⁠‘법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용’으로서 원고의 손금이라고 인정할 만한 사실이 입증되었다고 보기 어렵다.

③ 원고가 주장하는 수출알선수수료가 선주들에게 지급되었는지에 대하여 살피건대, ㉠ 회사 사이에 약정에 따라 수출알선수수료를 지급하면서 계좌를 통한 송금 방식이 아닌 현금 지급 방식을 취하고, 그것도 외국 회사에게 한국에서 원화로 지급하는 것은 지극히 이례적인 점, ㉡ 원고가 제출한 원고가 선주 등과 수출알선수수료 지급을 약정하였다는 이메일들은 이를 출력한 사본이고 원곤느 그 이메일 원본들이 서버에서 삭제되어 원본의 내용을 확인할 수 없다고 주장하는 점, ㉢ 선주 등이 수출알선수수료를 지급받았다고 기재하고 서명한 영수증들도 모두 사본인데, 실제로 영수증에 서명한 사람이 영수증을 작성하였다는 사실 또는 영수증에 서명한 사람이 수출알선수수료를 지급받은 시점에 국내에 있었다는 사실 등을 확인할 자료는 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 주장하는 바와 같이 선주들에게 수출알선료를 지급하였다고 인정하기 어렵다.

④ 원고가 들고 있는 부산고등법원 2016. 1. 15. 선고 2015누22035 판결, 같은 법원 2015. 1. 15. 선고 2015누22448 판결 등에 의하면, 조선업계에서 부품 제조사가 선주에게 수출알선수수료를 지급하는 것이 조선업계의 상관행인 점은 인정된다. 그러나 위 사안들에서는 공급사가 선주와의 선주혜택계약서에 따라 약정한 선주수수료(본건에서의 수출알선수수료와 유사한 성격의 수수료)를 계좌로 송금하고 수수료 계정에 계상 하였는데 과세관청이 이를 손금에 산입하지 않고 이를 접대성 경비에 해당한다고 보아 접대비 한도 초과액을 손금 불산입한 것이 문제되었던 것인 반면, 본건에서는 원고가 주장하는 수출알선수수료의 지출경위(원고가 계상하여 온 선주혜택과 알선수수료 외에 별도의 수출알선수수료를 약정), 지출방법(원고가 직접 지급한 것이 아니라 자금의 흐름을 파악할 수 없도록 대표가 보유한 현금으로 지급), 액수(조선업계의 관행에 비해 과도한 액수) 등이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 볼 때 그것이 상품 또는 제품의 판매에 직접 관련하여 정상적으로 소요되는 비용으로 인정되기 어렵다고 보이므로, 위 판례들의 결론을 본건에 그대로 적용할 수 없다.

(4) 소결

사정이 이와 같다면, 이 사건 처분이 위법하여 취소되어야 한다는 원고의 주위적 주장은 모두 이유 없고, 원고가 선주 등에게 지급한 수출알선수수료를 손금으로 볼 수 없는 이상 이와 다른 전제에 선 예비적 청구도 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 이 사건 주위적 청구와 예비적 청구는 각 이유 없으므로 모두 기각하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2024. 04. 25. 선고 부산지방법원 2022구합23587 판결 | 국세법령정보시스템