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무자료 폐유거래 부가가치세 포함 약정 여부와 법인세 처분의 적법성

부산지방법원 2023구합22222
판결 요약
폐유 무자료 거래에서 부가가치세 미포함을 묵시적으로 약정한 것으로 보아, 세무당국이 부가가치세가 포함된 공급대가라고 본 법인세 부과처분은 위법하다고 판시함. 과세관청이 실제 공급대가에 부가가치세가 포함됐음을 증명해야 하며, 거래 실태상 특별한 사정이 없으면 부가가치세 포함 약정은 인정되기 어렵다고 판시.
#폐유거래 #무자료거래 #부가가치세 #세무조사 #공급대가
질의 응답
1. 무자료 폐유거래에서 부가가치세가 포함된 것으로 간주해 법인세 추가 부과가 가능한가요?
답변
거래 실태상 부가가치세를 지급하지 않기로 한 묵시적 약정이 있다고 인정되면, 부가가치세가 포함된 공급대가로 보아 추가 법인세를 부과하는 것은 위법할 수 있습니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결은 관행적으로 무자료 폐유거래 시 세금 회피 목적에서 부가가치세를 별도로 지급하지 않는다고 보아, 거래금액을 공급대가로 간주한 세무처분을 취소하였습니다.
2. 폐유 무자료 거래시 세무조사에서 공급대가에 부가가치세가 포함됐다는 증명책임은 누구에게 있나요?
답변
과세관청이 실제로 부가가치세가 포함되었음을 입증해야 하며, 납세자가 입증책임을 부담하지 않습니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결에 따르면 법인세 부과처분의 적법성 및 손비 불인정에 관한 증명책임은 과세관청에 있음을 판시하고 있습니다.
3. 세무조사 시 무자료 폐유거래 대금이 부가가치세 포함 공급대가로 판단될 만한 특별한 사정이 없다면 결과는 어떻게 되나요?
답변
거래 실태·관행상 묵시적 부가가치세 미포함이 추정되므로, 과세관청의 증거 부족 시 공급대가로 간주해 세금을 추가 부과한 처분은 위법하게 됩니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결은 특별한 예외사정 없으면 부가가치세 불포함 약정의 신빙성을 인정해야 한다고 밝혔습니다.
4. 무자료 폐유거래 금액을 신고할 때 주의할 점은 무엇인가요?
답변
무자료 거래 금액은 공급가액(부가가치세 미포함)으로 비용 계상해야 하며, 부가가치세 포함이라는 세무 당국의 주장을 뒷받침할 특별한 사정이 없을 때 방어할 수 있습니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결은 부가가치세 불포함 가정 하의 세무신고와 진술 신빙성이 높음을 인정하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

무자료 폐유거래는 당사자들 사이 부가가치세를 지급하지 않기로 한 묵시적 약정이 있었다고 볼 수 있으므로 매입금액이 공급대가임을 전제로 한 처분은 위법함

판결내용

무자료 폐유거래 목적은 세금 회피가 통상적이므로 거래 당사자들 사이 부가가치세를 지급하지 않기로 한 묵시적 약정이 있었다고 볼 수 있으므로 매입금액이 공급대가임을 전제로 한 처분은 위법함

상세내용

주 문

1. 피고가 2021. 11. 1. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 70,260,420원(가산세포함) 부과처분과 2019 사업연도 법인세 67,523,410원(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017. 7. 26. 석유판매업 등을 목적으로 설립된 회사로, 2017. 8. 1.경부터 2021. 5. 18.경까지 폐유/선용품/폐기물 수집․운반업을 영위하였다. A는 2018. 1. 24. 원고의 사내이사로 취임한 사람이다.

나. 원고는 2017 사업연도 내지 2019 사업연도 각 법인세를 신고하면서 유류 매출원가로 합계 6,797,927,886원을 계상하였는데, 그 중 6,323,310,900원(이하 ⁠‘이 사건 매입금액’이라고 한다)이 세금계산서를 수취하지 않은 무자료 매입금액에 해당한다. 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.

(표 생략)

다. ○○지방국세청(이하 ⁠‘조사청’이라고 한다)은 2021. 5. 27.부터 2021. 10. 15.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였다(이하 ⁠‘이 사건 조사’라고 한다). 그에 따라 조사청은 원고와 사내이사 A가 세금계산서 미수취로 인하여 조세범 처벌법 제10조 제2항 제1호를 위반한 것으로 보아 범칙조사 전환 후 원고와 A를 검찰에 고발하는 한편, 이 사건 매입금액이 부가가치세가 포함된 ⁠‘공급대가’에 해당한다고 보아 해당 매출원가에 과다계상된 부가가치세 상당의 매입세액을 손금불산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 이 사건 매입금액 중 부가가치세 상당액 574,846,445원을 손금불산입하고 여기에 증명서류 미수취 가산세 등을 적용하여, 2021. 11. 1. 원고에 대하여 2018 사업연도 법인세 70,260,420원(가산세 포함), 2019 사업연도 법인세67,523,410원(가산세 포함) 합계 137,783,830원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 재결을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 6호증, 을 제1, 2, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ○○항 제○부두에 있는 선원 휴게실에서 성명불상의 폐유공급자들을 만나 그 자리에서 구두로 폐유의 물량 및 단가, 거래 시간과 장소까지 결정한 다음 별도의 연락 없이 현금거래의 방식으로 폐유를 매입한 뒤 이를 정제공장에 판매하였는데, 통상적으로 이러한 무자료 거래를 하는 폐유공급자들은 세금 신고 누락을 목적으로 세금계산서도 발급해주지 않고, 자신의 신상을 알려주지도 않는다. 이러한 거래방식에 비추어 보더라도 원고가 성명불상의 폐유공급자들에게 지급한 이 사건 매입금액은 부가가치세가 포함되어 있지 않은 ⁠‘공급가액’에 해당한다. 따라서 이와 달리 이 사건 매입금액이 부가가치세가 포함된 ⁠‘공급대가’임을 전제로 그 중 부가가치세 상당액을 손금불산입하여 이루어진 한 이 사건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다(이 사건 처분의 과세연도 기간부터 처분일까지 사이에 관계 법령이 수차례 개정되었으나 개정 내용이 이 사건 판단에 영향을 미치지 아니하므로 편의상 현행 법령을 기준으로 살펴본다).

다. 판단

1) 관련 법리

법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 납세의무자가 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정도 원칙적으로 과세관청이 증명해야 한다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결, 대법원 2021. 9. 16. 선고 2017두68813 판결 등 참조).

2) 구체적 판단 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거, 갑 제3, 7 내지 12호증, 을 제3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 매입금액이 부가가치세가 포함된 ⁠‘공급대가’에 해당하여 부가가치세 상당액은 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 매입금액이 ⁠‘공급대가’임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 모두 위법하다.

가) 이 사건과 같이 무자료로 폐유 거래를 하는 목적은, 폐유매수자의 경우 무자료 거래를 통해 정상가보다 싼 가격에 폐유를 구입하는 것에 있고, 폐유공급자들의 경우 폐유 판매로 인한 매출신고를 누락함으로써 그에 대한 부가가치세와 소득세 내지 법인세 부과를 피하는 것에 있는 것이 통상적이다. 이에 비추어 보면 처음부터 원고와 폐유공급자들 사이에 폐유 대금 외에 부가가치세는 지급하지 아니하기로 하는 묵시적인 약정이 있었다는 원고의 주장도 수긍 가는 면이 있는바, 위 주장이 특별히 예외적인 사정을 주장하는 것으로 보이지는 않는다.

나) 원고는 2017 사업연도 내지 2019 사업연도 각 법인세 과세표준 및 세액신고 당시 이 사건 매입금액 전체를 기준금액으로 하여 증명서류 미수취 가산세를 계상하여 신고하였는데(갑 제3호증, 다만 2018 사업연도, 2019 사업연도의 신고 금액은 이 사건 조사 결과 밝혀진 정확한 금액과는 다소 차이가 있다), 이는 이 사건 매입금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않음을 전제로 하는 것이다. 또한 A는 이 사건 조사 및 조사청의 고발에 따른 수사과정에서, ⁠‘거래상대방이 세금계산서를 발행할 수 없기 때문에 무자료 매입 당시 지급한 금액 전체를 그대로 비용에 계상한 것이고, 실제로 부가가치세만큼 금액을 받지 못하였기 때문에 이 사건 매입금액에 부가가치세가 포함되어 있다고 볼 수 없다.’는 취지로 수차례 진술하였다(을 제3호증의 2 제12면, 갑 제7호증 제8면). 위와 같은 신고 내용과 진술 내용은 모두 원고나 A 자신에게 불리한 것(그에 따르면 증명서류 미수취 가산세가 늘어나고, 조세범처벌법위반의 범죄사실에서 미수취 세금계산서의 총액도 늘어나게 된다)이라는 점에서, 그 신빙성을 쉽게 배척하기 어렵다.

다) 이 사건 매입금액에 574,846,445원 상당의 부가가치세가 포함되어있음을 인정하기 위해서는 그 전제로 원고들에게 폐유를 공급한 성명불상의 폐유공급자들이 일반과세자라는 점이 인정되어야 한다. 그러나, ① 원고가 성명불상의 폐유공급자들로부터 매입한 것은 무자료 해상면세유인 이른바 ⁠‘뒷기름’과 같이 폐유로 위장된 석유제품이 아니라 폐유 그 자체인 점, ② 원고가 지급한 매입금액이 회당 평균 6,614,655원(이 사건 매입금액 총 6,323,610,900원/956회, 원 미만 버림) 정도인 점, ③ A는 이 사건 매입금액 중 5,291,219,909원(피고가 주장하는 부가가치세 상당액을 제외한 금액이다) 상당에 관하여 성명불상의 폐유공급자들과 통정하여 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받지 아니하였다는 취지의 주위적 공소사실로 부산지방법원 서부지원2022고단■■■호로 기소되었으나, 위 법원은 2023. 10. 20. 위 폐유공급자들이 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급할 의무가 있다고 보아줄 증거가 없고 오히려 세금계산서 발급의무가 없는 영세 간이과세자였다고 보인다는 이유로 주위적 공소사실에 대하여 무죄 판결을 선고하였던 점(위 법원은 석유및석유대체연료사업법위반의 예비적 공소사실에 대하여도 무죄를 선고하였다) 등에 비추어 보면, 성명불상의 폐유공급자들 중 상당수가 사업자 아닌 개인이거나 간이과세자에 해당할 가능성을 배제하기는 어려운 반면, 이들이 일반과세자에 해당한다는 점을 인정할 만한 증거는 보이지 않는다.

라) 부가가치세법 제29조 제7항(이하 ⁠‘쟁점 조항’이라고 한다)은 ⁠‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하고 있다. 그러나 쟁점 조항은 재화 또는 용역을 공급한 사업자에 대한 부가가치세 과세표준을 산출할 때 적용되는 것이지, 이 사건의 경우와 같이 재화 또는 용역을 공급받은 자에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 손금의 범위를 판단할 때에도 바로 적용된다고 볼 수는 없다. 만약 쟁점 조항이 이러한 경우에도 적용된다고 가정한다면, 당초 규정 취지와는 다르게 법인세 과세표준의 기초가 되는 손금에 관한 증명책임을 사실상 납세의무자에게 전환시키는 결과가 되어 부당하기 때문이다.

마) 피고는 원고의 폐유공급자들에 관하여 묵비하거나 은폐하고 있으므로 원고가 손금에 관한 증명책임을 부담한다는 취지로도 주장하나, 원고가 폐유공급자들에 관하여 잘 알고 있으면서도 이를 묵비 내지 은폐하였다고 볼만한 아무런 증거가 없고, 위와 같은 사정만으로 증명책임이 전환된다고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2024. 01. 18. 선고 부산지방법원 2023구합22222 판결 | 국세법령정보시스템

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무자료 폐유거래 부가가치세 포함 약정 여부와 법인세 처분의 적법성

부산지방법원 2023구합22222
판결 요약
폐유 무자료 거래에서 부가가치세 미포함을 묵시적으로 약정한 것으로 보아, 세무당국이 부가가치세가 포함된 공급대가라고 본 법인세 부과처분은 위법하다고 판시함. 과세관청이 실제 공급대가에 부가가치세가 포함됐음을 증명해야 하며, 거래 실태상 특별한 사정이 없으면 부가가치세 포함 약정은 인정되기 어렵다고 판시.
#폐유거래 #무자료거래 #부가가치세 #세무조사 #공급대가
질의 응답
1. 무자료 폐유거래에서 부가가치세가 포함된 것으로 간주해 법인세 추가 부과가 가능한가요?
답변
거래 실태상 부가가치세를 지급하지 않기로 한 묵시적 약정이 있다고 인정되면, 부가가치세가 포함된 공급대가로 보아 추가 법인세를 부과하는 것은 위법할 수 있습니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결은 관행적으로 무자료 폐유거래 시 세금 회피 목적에서 부가가치세를 별도로 지급하지 않는다고 보아, 거래금액을 공급대가로 간주한 세무처분을 취소하였습니다.
2. 폐유 무자료 거래시 세무조사에서 공급대가에 부가가치세가 포함됐다는 증명책임은 누구에게 있나요?
답변
과세관청이 실제로 부가가치세가 포함되었음을 입증해야 하며, 납세자가 입증책임을 부담하지 않습니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결에 따르면 법인세 부과처분의 적법성 및 손비 불인정에 관한 증명책임은 과세관청에 있음을 판시하고 있습니다.
3. 세무조사 시 무자료 폐유거래 대금이 부가가치세 포함 공급대가로 판단될 만한 특별한 사정이 없다면 결과는 어떻게 되나요?
답변
거래 실태·관행상 묵시적 부가가치세 미포함이 추정되므로, 과세관청의 증거 부족 시 공급대가로 간주해 세금을 추가 부과한 처분은 위법하게 됩니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결은 특별한 예외사정 없으면 부가가치세 불포함 약정의 신빙성을 인정해야 한다고 밝혔습니다.
4. 무자료 폐유거래 금액을 신고할 때 주의할 점은 무엇인가요?
답변
무자료 거래 금액은 공급가액(부가가치세 미포함)으로 비용 계상해야 하며, 부가가치세 포함이라는 세무 당국의 주장을 뒷받침할 특별한 사정이 없을 때 방어할 수 있습니다.
근거
부산지방법원-2023-구합-22222 판결은 부가가치세 불포함 가정 하의 세무신고와 진술 신빙성이 높음을 인정하였습니다.

* 본 법률정보는 대법원 판결문을 바탕으로 한 일반적인 정보 제공에 불과하며, 구체적인 사건에 대한 법률적 판단이나 조언으로 해석될 수 없습니다. 동일해 보이는 상황이라도 사실관계나 시점 등에 따라 결론이 달라질 수 있으므로, 자세한 내용은 변호사와 상담을 권장합니다.

판결 전문

요지

무자료 폐유거래는 당사자들 사이 부가가치세를 지급하지 않기로 한 묵시적 약정이 있었다고 볼 수 있으므로 매입금액이 공급대가임을 전제로 한 처분은 위법함

판결내용

무자료 폐유거래 목적은 세금 회피가 통상적이므로 거래 당사자들 사이 부가가치세를 지급하지 않기로 한 묵시적 약정이 있었다고 볼 수 있으므로 매입금액이 공급대가임을 전제로 한 처분은 위법함

상세내용

주 문

1. 피고가 2021. 11. 1. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 70,260,420원(가산세포함) 부과처분과 2019 사업연도 법인세 67,523,410원(가산세 포함) 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2017. 7. 26. 석유판매업 등을 목적으로 설립된 회사로, 2017. 8. 1.경부터 2021. 5. 18.경까지 폐유/선용품/폐기물 수집․운반업을 영위하였다. A는 2018. 1. 24. 원고의 사내이사로 취임한 사람이다.

나. 원고는 2017 사업연도 내지 2019 사업연도 각 법인세를 신고하면서 유류 매출원가로 합계 6,797,927,886원을 계상하였는데, 그 중 6,323,310,900원(이하 ⁠‘이 사건 매입금액’이라고 한다)이 세금계산서를 수취하지 않은 무자료 매입금액에 해당한다. 그 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다.

(표 생략)

다. ○○지방국세청(이하 ⁠‘조사청’이라고 한다)은 2021. 5. 27.부터 2021. 10. 15.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였다(이하 ⁠‘이 사건 조사’라고 한다). 그에 따라 조사청은 원고와 사내이사 A가 세금계산서 미수취로 인하여 조세범 처벌법 제10조 제2항 제1호를 위반한 것으로 보아 범칙조사 전환 후 원고와 A를 검찰에 고발하는 한편, 이 사건 매입금액이 부가가치세가 포함된 ⁠‘공급대가’에 해당한다고 보아 해당 매출원가에 과다계상된 부가가치세 상당의 매입세액을 손금불산입하여야 한다는 내용의 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 이에 따라 피고는 이 사건 매입금액 중 부가가치세 상당액 574,846,445원을 손금불산입하고 여기에 증명서류 미수취 가산세 등을 적용하여, 2021. 11. 1. 원고에 대하여 2018 사업연도 법인세 70,260,420원(가산세 포함), 2019 사업연도 법인세67,523,410원(가산세 포함) 합계 137,783,830원을 경정․고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. 3. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 재결을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 6호증, 을 제1, 2, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 ○○항 제○부두에 있는 선원 휴게실에서 성명불상의 폐유공급자들을 만나 그 자리에서 구두로 폐유의 물량 및 단가, 거래 시간과 장소까지 결정한 다음 별도의 연락 없이 현금거래의 방식으로 폐유를 매입한 뒤 이를 정제공장에 판매하였는데, 통상적으로 이러한 무자료 거래를 하는 폐유공급자들은 세금 신고 누락을 목적으로 세금계산서도 발급해주지 않고, 자신의 신상을 알려주지도 않는다. 이러한 거래방식에 비추어 보더라도 원고가 성명불상의 폐유공급자들에게 지급한 이 사건 매입금액은 부가가치세가 포함되어 있지 않은 ⁠‘공급가액’에 해당한다. 따라서 이와 달리 이 사건 매입금액이 부가가치세가 포함된 ⁠‘공급대가’임을 전제로 그 중 부가가치세 상당액을 손금불산입하여 이루어진 한 이 사건 처분은 부당하므로 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다(이 사건 처분의 과세연도 기간부터 처분일까지 사이에 관계 법령이 수차례 개정되었으나 개정 내용이 이 사건 판단에 영향을 미치지 아니하므로 편의상 현행 법령을 기준으로 살펴본다).

다. 판단

1) 관련 법리

법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성과 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에 있다. 따라서 납세의무자가 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정도 원칙적으로 과세관청이 증명해야 한다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결, 대법원 2021. 9. 16. 선고 2017두68813 판결 등 참조).

2) 구체적 판단 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 든 증거, 갑 제3, 7 내지 12호증, 을 제3호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들에 비추어 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 매입금액이 부가가치세가 포함된 ⁠‘공급대가’에 해당하여 부가가치세 상당액은 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 점을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 매입금액이 ⁠‘공급대가’임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 모두 위법하다.

가) 이 사건과 같이 무자료로 폐유 거래를 하는 목적은, 폐유매수자의 경우 무자료 거래를 통해 정상가보다 싼 가격에 폐유를 구입하는 것에 있고, 폐유공급자들의 경우 폐유 판매로 인한 매출신고를 누락함으로써 그에 대한 부가가치세와 소득세 내지 법인세 부과를 피하는 것에 있는 것이 통상적이다. 이에 비추어 보면 처음부터 원고와 폐유공급자들 사이에 폐유 대금 외에 부가가치세는 지급하지 아니하기로 하는 묵시적인 약정이 있었다는 원고의 주장도 수긍 가는 면이 있는바, 위 주장이 특별히 예외적인 사정을 주장하는 것으로 보이지는 않는다.

나) 원고는 2017 사업연도 내지 2019 사업연도 각 법인세 과세표준 및 세액신고 당시 이 사건 매입금액 전체를 기준금액으로 하여 증명서류 미수취 가산세를 계상하여 신고하였는데(갑 제3호증, 다만 2018 사업연도, 2019 사업연도의 신고 금액은 이 사건 조사 결과 밝혀진 정확한 금액과는 다소 차이가 있다), 이는 이 사건 매입금액에 부가가치세가 포함되어 있지 않음을 전제로 하는 것이다. 또한 A는 이 사건 조사 및 조사청의 고발에 따른 수사과정에서, ⁠‘거래상대방이 세금계산서를 발행할 수 없기 때문에 무자료 매입 당시 지급한 금액 전체를 그대로 비용에 계상한 것이고, 실제로 부가가치세만큼 금액을 받지 못하였기 때문에 이 사건 매입금액에 부가가치세가 포함되어 있다고 볼 수 없다.’는 취지로 수차례 진술하였다(을 제3호증의 2 제12면, 갑 제7호증 제8면). 위와 같은 신고 내용과 진술 내용은 모두 원고나 A 자신에게 불리한 것(그에 따르면 증명서류 미수취 가산세가 늘어나고, 조세범처벌법위반의 범죄사실에서 미수취 세금계산서의 총액도 늘어나게 된다)이라는 점에서, 그 신빙성을 쉽게 배척하기 어렵다.

다) 이 사건 매입금액에 574,846,445원 상당의 부가가치세가 포함되어있음을 인정하기 위해서는 그 전제로 원고들에게 폐유를 공급한 성명불상의 폐유공급자들이 일반과세자라는 점이 인정되어야 한다. 그러나, ① 원고가 성명불상의 폐유공급자들로부터 매입한 것은 무자료 해상면세유인 이른바 ⁠‘뒷기름’과 같이 폐유로 위장된 석유제품이 아니라 폐유 그 자체인 점, ② 원고가 지급한 매입금액이 회당 평균 6,614,655원(이 사건 매입금액 총 6,323,610,900원/956회, 원 미만 버림) 정도인 점, ③ A는 이 사건 매입금액 중 5,291,219,909원(피고가 주장하는 부가가치세 상당액을 제외한 금액이다) 상당에 관하여 성명불상의 폐유공급자들과 통정하여 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급받지 아니하였다는 취지의 주위적 공소사실로 부산지방법원 서부지원2022고단■■■호로 기소되었으나, 위 법원은 2023. 10. 20. 위 폐유공급자들이 부가가치세법에 따라 세금계산서를 발급할 의무가 있다고 보아줄 증거가 없고 오히려 세금계산서 발급의무가 없는 영세 간이과세자였다고 보인다는 이유로 주위적 공소사실에 대하여 무죄 판결을 선고하였던 점(위 법원은 석유및석유대체연료사업법위반의 예비적 공소사실에 대하여도 무죄를 선고하였다) 등에 비추어 보면, 성명불상의 폐유공급자들 중 상당수가 사업자 아닌 개인이거나 간이과세자에 해당할 가능성을 배제하기는 어려운 반면, 이들이 일반과세자에 해당한다는 점을 인정할 만한 증거는 보이지 않는다.

라) 부가가치세법 제29조 제7항(이하 ⁠‘쟁점 조항’이라고 한다)은 ⁠‘사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 그 대가로 받은 금액에 부가가치세가 포함되어 있는지가 분명하지 아니한 경우에는 그 대가로 받은 금액에 110분의 100을 곱한 금액을 공급가액으로 한다.’고 규정하고 있다. 그러나 쟁점 조항은 재화 또는 용역을 공급한 사업자에 대한 부가가치세 과세표준을 산출할 때 적용되는 것이지, 이 사건의 경우와 같이 재화 또는 용역을 공급받은 자에 대한 법인세 과세표준의 기초가 되는 손금의 범위를 판단할 때에도 바로 적용된다고 볼 수는 없다. 만약 쟁점 조항이 이러한 경우에도 적용된다고 가정한다면, 당초 규정 취지와는 다르게 법인세 과세표준의 기초가 되는 손금에 관한 증명책임을 사실상 납세의무자에게 전환시키는 결과가 되어 부당하기 때문이다.

마) 피고는 원고의 폐유공급자들에 관하여 묵비하거나 은폐하고 있으므로 원고가 손금에 관한 증명책임을 부담한다는 취지로도 주장하나, 원고가 폐유공급자들에 관하여 잘 알고 있으면서도 이를 묵비 내지 은폐하였다고 볼만한 아무런 증거가 없고, 위와 같은 사정만으로 증명책임이 전환된다고 볼 수도 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2024. 01. 18. 선고 부산지방법원 2023구합22222 판결 | 국세법령정보시스템