요지

개정 부가가치세법 시행령 시행일인 2019. 2. 12. 전에 공급받음으로써 발생한 회생채권에 대하여는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호가 적용되지 않음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 원고에게 2021. 4. 19. 한 2019년 제2기 부가가치세 229,679,870원의 부과처분 및 2021. 7. 1. 한 2019년 제2기 부가가치세 35,970,050원의 부과처분을 각 취소한다.

3. 소송총비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는, 제1심판결의 해당부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 관계 법령의 체계

가. 매출세액 및 매입세액에서 대손세액을 공제하도록 하는 부가가치세법 규정

구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법’이라고 한다) 제45조 제1항은 ⁠“사업자가 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하고 외상매출금이나 그 밖의 매출채권(부가가치세를 포함한 것을 말한다)의 전부 또는 일부가 공급을 받은 자의 파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유로 대손되어 회수할 수 없는 경우에는 대손세액(= 대손금액 × 110분의 10)을 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 뺄 수 있다.”라고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서는 ⁠“제1항 및 제2항을 적용할 때 재화 또는 용역을 공급받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액의 전부 또는 일부를 제38조에 따라 매입세액으로 공제받은 경우로서 그 사업자가 폐업하기 전에 재화 또는 용역을 공급하는 자가 제1항에 따른 대손세액 공제를 받은 경우에는 그 재화 또는 용역을 공급받은 사업자는 관련 대손세액에 해당하는 금액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 자신의 매입세액에서 뺀다. 다만, 그 공급을 받은 사업자가 대손세액에 해당하는 금액을 빼지 아니한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업자의 관할 세무서장이 빼야 할 매입세액을 결정 또는 경정하여야 한다.”라고 규정하고 있다.

즉, 대손세액 공제 제도는 재화 또는 용역을 공급한 사업자가 일정한 사유로 매출채권이 대손되어 부가가치세를 거래징수하지 못한 경우 조세 부담을 덜어주기 위한 것으로서(대법원 2008. 4. 24. 선고 2006두13855 판결 참조), 그 대손세액을 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 공급자의 매출세액에서 차감함과 동시에 공급받은 자의 매입세액에서도 차감하여 부가가치세액을 결정 또는 경정하도록 하므로, 결국 공급자가 납부할 부가가치세액은 감소(또는 환급세액이 증가)하고, 공급받은 자가 납부할 부가가치세액은 증가(또는 환급세액이 감소)하게 된다(구 부가가치세법 제37조 제2항에 따른 납부세액은 같은 조 제1항에 따른 매출세액에서 같은 법 제38조에 따른 매입세액 등을 뺀 금액이다).

나. 대손사유의 범위를 규정하는 부가가치세법 시행령

1) 2019. 2. 12. 개정 전 부가가치세법 시행령 규정

대손세액 공제의 범위 및 절차에 관하여 필요한 사항을 대통령령으로 정하도록 하는 구 부가가치세법 제45조 제5항의 위임을 받아 대손세액 공제의 범위를 정한 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 부가가치세법 시행령’이라고 한다) 제87조 제1항은 ⁠“법 제45조 제1항 본문에서 ⁠‘파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유’란 소득세법 시행령 제55조 제2항 및 법인세법 시행령 제19조의2 제1항에 따라 대손금으로 인정되는 사유를 말한다.”고 규정하고 있었는데, 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조의2 제1항은 제5호에서 ⁠‘채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권’을 대손사유 중 하나로 들고 있을 뿐, 회생계획인가 결정에 따른 출자전환이 있는 경우를 대손사유로 들고 있지는 않았다.

2) 2019. 2. 12. 개정 후 부가가치세법 시행령 규정

2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되어 시행된 구 부가가치세법 시행령(이하 ⁠‘개정 부가가치세법 시행령’이라고 한다)은 대손사유로 ⁠‘채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우’를 추가하는 내용의 제87조 제1항 제2호 규정을 신설하였다. 개정 부가가치세법 시행령 부칙 제1조 제1문에 따라 개정 부가가치세법 시행령은 공포일인 2019. 2. 12.부터 시행되었는데, 위 부칙 제2조는 ⁠“이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.”라고 규정하였고, 위 제87조 제1항 제2호에 대한 개별적 적용례는 부칙에 따로 규정되어 있지 않았다.

4. 당사자들의 주장 요지

가. 원고의 주장 요지

1) 개정 부가가치세법 시행령이 아닌 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 의하는 경우, 회생계획안에 따라 출자전환하여 일부 무상감자한 이 사건 회생채권은 회수불능으로 확정된 것이 아니므로 대손사유가 인정되지 않는다.

2) 출자전환을 대손사유로 새로이 규정한 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호는 부칙 제2조의 일반적 적용례에 따라 2019. 2. 12. 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분부터 적용된다. 이 사건 회생채권은 모두 2019. 2. 12. 이전 공급분에 해당하므로, 이 사건 회생채권의 대손사유에 관하여는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호가 적용될 수 없음에도, 이를 적용하여 대손사유를 인정한 이 사건 각 처분은 소급과세금지 원칙에 위반되어 위법하다.

나. 피고의 주장 요지

1) 일반적 적용례가 적용되지 않는다는 주장

개별적 적용례를 두지 않은 개정 규정에 대해 항상 일반적 적용례가 적용되는 것은 아니고, 구체적인 사안에서 일반적 적용례가 적용되는지 여부는 개별적으로 판단하여야 한다. 대손세액 공제 제도의 핵심내용은 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간의 매출세액 또는 매입세액에서 대손세액을 뺄 수 있다는 것으로, 이는 재화나 용역 공급시기와는 무관하므로, 위 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호는 성질상 일반적 적용례가 적용되지 않는 조항으로 보아야 한다. 그렇다면 대손세액 공제에 대하여는 그 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 시행 중인 법령인 위 개정 부가가치세법 시행령 조항이 적용된다고 봄이 타당하므로, 이를 전제로 이루어진 이 사건 각 처분은 적법하다[피고는 이 법원에 이르러서는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호는 기존 예규로 일관되게 인정하여 왔던 대손사유를 법제화한 것으로서, 입법자의 입법의도는 개정 부가가치세법 시행령 시행 이전 대손 확정분까지도 대손사유를

인정하겠다는 것이라고 주장하기도 하여(2024. 6. 13.자 준비서면 제17면), 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 시행중인 법령이 적용되어야 한다는 위 주장과는 다소 상이한 취지의 주장을 하기도 하나, 대손 확정일이 개정 부가가치세법 시행령 시행 이후인 이 사건에 있어서는 두 주장 사이에 실질적 차이가 없으므로, 이를 별도의 주장으로 보지는 않는다].

2) 일반적 적용례에 따르더라도 개정 부가가치세 시행령이 적용된다는 주장

구 부가가치세법 제45조 제1항에 따른 대손세액 공제 및 같은 조 제3항에 따른 부가가치세 결정 또는 경정은 모두 대손이 확정되는 것을 요건으로 하는데, 대손되는 매출채권의 성립시점은 대손세액 공제에서 별다른 의미를 가지지 못하고, 대손사유의 발생에 따라 감액되거나 증액되는 부가가치세는 대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 이루어진 재화 또는 용역의 공급, 재화의 수입을 요건으로 발생하는바, 개정 부가가치세법 시행령 부칙 제2조에 정한 ⁠‘이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분’은 개정 부가가치세법 시행령 시행 후에 성립한 부가가치세 과세대상, 즉 ⁠‘이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 분’을 가리킨다고 봄이 타당하다. 그렇다면 위 부칙 제2조의 일반적 적용례에 따르더라도 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호의 규정은 위 시행령 시행 이후인 2019년 제2기 부가가치세액을 증액경정한 이 사건 각 처분에 적용된다고 봄이 타당하다.

5. 판단

가. 관련 법리

1) 법률을 해석할 때 입법 취지와 목적, 제정·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 사용할 수 있으나, 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 이러한 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결 참조).

2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조).

나. 부칙 ⁠‘일반적 적용례’의 적용 여부

아래와 같은 관계 법령 규정의 내용과 입법취지를 종합하여 보면, 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호의 규정은 위 시행령 부칙 제2조의 일반적 적용례의 적용을 받고, 그에 따라 개정 부가가치세법 시행령 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분에 대하여 적용된다고 봄이 타당하다.

1) 개정 법령의 시행시기만을 정하는 것으로는 구체적으로 어느 대상부터 또는 어느 시기부터 개정 법령이 적용될 것인지 불분명한 경우 이를 입법적으로 해결하기 위하여 법령의 본칙에 부수하여 부칙에 두는 것이 ⁠‘적용례’ 규정들이다. 이는 이 사건의 경우와 같이 새로운 대손사유를 정하는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호 규정이 시행되어 적용된다는 것만으로는, 시행 이후 이루어진 공급 거래에 따른 매출채권에 대손사유가 발생한 때에 개정 규정이 적용되는 것인지, 시행 이전에 이루어진 공급 거래에 따른 매출채권이라도 대손사유가 시행 이후 발생한 때에는 개정 규정이 적용되는 것인지 불명확한 경우가 생기기 때문이다. 이에 개정 부가가치세법 시행령 부칙 제2조는 위 시행령이 2019. 2. 12. 시행됨을 전제로, 개정 시행령 규정을 그 ⁠‘시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분’부터 적용한다는 일반적 적용례를 규정하여 개정 규정의 적용대상을 명확히 하고 있다.

2) 이와 같이 부칙에서 규정하는 적용례는 그 목적이나 기능 자체가 새로 제정되거나 개정된 법령의 적용 관계를 명확히 하려는 것으로서, 이를 해석·적용함에 있어서도 법적 안정성과 예측가능성을 보장할 필요성이 크므로, 위에서 본 조세법률주의, 법률의 해석 방법은 부칙에 관하여도 달리 볼 것이 아니고[대법원 2022. 11. 3.자 2022두49007 판결, 부산고등법원 2022.06.22. 선고 ⁠(울산)2021누10145 판결 참조], 명문의 규정이 없는 한 개정된 법령의 본칙 조항의 적용례는 오로지 그 개정된 법령에서 정한 부칙 조항의 규정에 따라 결정해야 한다(대법원 1985. 10. 22. 선고 85누500 판결 등 참조).1) 따라서 부칙에 개별적 적용례가 규정된 개정 규정에 대하여는 개별적 적용례가 적용되고, 개별적 적용례가 규정되지 않은 개정 규정에 대하여는 모두 일반적 적용례가 그 문언대로 적용된다고 보아야 하며, 특별한 사정이 없는 한 개별적 적용례가 없는 개정 규정에 대하여 함부로 일반적 적용례도 적용되지 않는다고 보아서는 아니된다.

3) 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호 규정에 일반적 적용례를 적용할 경우 법적용의 공백이 생긴다는 등 일반적 적용례를 적용하지 않을 특별한 사정이 있는지 보건대, ⁠‘회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환하는 경우’라는 새로운 대손사유를 추가로 인정하는 위 규정을 대손 인정기간에 관한 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제2항의 규정(공급일로부터 5년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고기한까지 확정되는 대손세액을 공제의 범위로 한다는 규정)과 종합하여 보면, 원고의 입장처럼 시행령 개정 이후 공급분부터 새로운 대손사유를 인정하는 경우와 피고의 입장처럼 시행령 개정 이후 대손 확정분부터 새로운 대손사유를 인정하는 경우의 차이는 개정 시행령 시행일 이전 5년간의 과거 공급분에 대하여 새로운 대손사유를 인정하여 줄 것인지 여부가 달라지는 것에 불과하여, 일반적 적용례를 어느 방향으로 해석·적용하더라도 어느 한쪽 결과가 심히 형평에 반한다거나 불측의 입법적 공백이 생긴다는 등으로 일반적 적용례를 적용하지 않아야 할 특별한 사정이 있다고 보이지는 않는다.

4) 반면, 이 사건에서 일반적 적용례가 적용되지 않는다고 주장하는 피고는 개정 부가가치세법 시행령에서 새로이 인정하는 대손사유 적용에 관하여 구체적인 기준 없이 ⁠“대손이 확정된 날이 속하는 과세기간에 시행 중인 법령이 적용된다.”라고 하여 개정 부가가치세 시행령 시행 이후 대손 확정분에 새로운 대손사유가 적용된다는 취지로 주장하였다가(2022. 11. 3.자 준비서면 제8면), ⁠“개정 시행령 시행 이전 대손 확정분까지도 대손사유를 인정하여 적용하겠다는 의사”라고 주장하기도 하는데(2024. 6. 13.자 준비서면 제17면), 이러한 모습에서 알 수 있듯이 조세 관련 법규와 관련하여 개별적·일반적 적용례가 전혀 없는 상황은 과세관청으로서도 구체적인 적용기준을 찾지 못한 채 자의적 판단을 하게 만들어 조세법률주의가 지향하는 법적안정성과 예측가능성을 해치게 될 위험이 있으므로, 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호에 대하여 부칙 제2조의 일반적 적용례의 적용이 배제된다는 피고의 주장은 더더욱 받아들일 수 없다.

나. 이 사건 회생채권에 대한 개정 부가가치세법 시행령 적용 여부

1) 앞서 본 법리에 아래와 같은 관계 법령의 내용과 체계, 입법취지 등을 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 개정 부가가치세법 시행령 시행일인 2019. 2. 12. 전에 원고가 재화나 용역을 공급받음으로써 발생한 이 사건 회생채권에 대하여는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호가 적용되지 않으므로, 이 사건 회생채권에 대하여 개정 부가가치세법 시행령에서 규정하는 새로운 대손사유가 인정될 수 없음에도, 개정 시행령 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호를 소급적용하여 이루어진 이 사건 각 처분은 소급과세금지 원칙에 위배되어 위법하다.

가) 부가가치세법 제4조는 부가가치세의 과세대상을 ⁠‘사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급’과 ⁠‘재화의 수입’이라는 거래행위로 규정하고 있다. 즉, 부가가치세는 ⁠‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있어 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조).

나) 개정 부가가치세법 시행령 부칙 제2조는 ⁠“이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.”라고 규정하고 있는데, 이는 부가가치세법 제4조에서 규정하는 과세대상과 동일한 내용의 문언으로서, 명확하고 구체적인 개념으로 구성되어 있으므로 다른 해석의 여지없이 실제 그 기간에 이루어진 공급 거래행위 자체에 대하여 시행령 규정을 적용한다는 뜻으로 볼 수밖에 없다.

다) 예를 들어 2016. 2. 17. 대통령령 제26893호로 개정되어 시행된 부가가치세법 시행령을 살펴보면, 위 시행령 부칙 제5조는 매입세액 공제 등에 관한 개정 규정에 대하여 ⁠“2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세기간에 재화나 용역을 공급받는 분부터 적용한다.”라고 적용례를 정하는 반면, 부칙 제6조에서 의제매입세액 계산에 관한 개정 규정에 대하여는 ⁠“2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세기간부터 적용한다.”라고 적용례를 정하고 있다. 실제 해당 과세기간에 이루어지는 개개의 공급 거래행위에 대한 적용을 전제한 규정(위 시행령 부칙 제5조)에서는 ⁠‘재화나 용역을 공급받는 분’이라는 표현을 사용하고, 해당 과세기간 전체의 공제금액의 한도 계산식을 변경하는 규정으로서 개개의 공급 거래행위에 대하여 직접 적용되는 형태가 아닌 규정(위 시행령 부칙 제6조)에서는 ⁠‘재화나 용역을 공급받는 분’이라는 표현을 사용하지 않는다는 점에서, ⁠‘재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분’이라는 표현은 실제 그 기간에 이루어진 공급 거래행위 자체를 의미함을 알 수 있다.

라) 실제적으로도 부가가치세 제도가 세금계산서에 기반하고 거래상대방이 존재하는 속성으로 인해, ⁠“시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.”라는 일반적 적용례를 통해 개별 거래 건별로 개정 법령의 적용시점을 특정할 수 있게 된다.

마) 그렇다면 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호의 새로운 대손사유 역시 부칙 제2조 일반적 적용례의 문언에 따라, 그 시행일인 2019. 2. 12. 이후 실제 이루어진 재화나 용역 공급 거래행위에 따라 발생한 매출채권에 대한 대손세액 공제에 인정되는 것이지, 그 전에 발생한 매출채권의 대손사유로 인정되는 것은 아니라고 보아야 한다.

2) 이에 대하여 피고는 개정 부가가치세법 시행령 부칙 제2조 일반적 적용례의 ⁠‘이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분’은 ⁠‘이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 분’을 가리키고, 위 시행령 시행일인 2019. 2. 12. 전에 발생한 매출채권이라도 2019. 2. 12. 이후 대손이 확정되는 경우 납세의무가 발생하는 시점은 대손이 확정되는 시점이므로 여기에 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호의 새로운 대손사유가 적용된다고 주장하나, 다음과 같은 이유로 피고의 주장은 받아들일 수 없다.

가) 피고는 대손세액 공제를 통하여 ⁠‘납세의무가 성립하는 분’, 즉 해당 과세기간의 부가가치세 과세대상 또는 과세표준에 변화가 생긴다는 전제에서 대손사유의 발생과 부가가치세 과세대상인 재화나 용역의 공급의 발생을 거의 동일시하고 있다. 그러나 부가가치세법 제29조, 제37조에 따르면 부가가치세의 납부세액 계산은 과세표준(해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액)에 세율을 적용하여 계산한 매출세액에서 대손세액과 매입세액 등을 뺀 금액으로 산출되므로, 대손세액 공제는 부가가치세의 과세대상인 해당 과세기간에 이루어진 재화 또는 용역의 공급 거래행위 자체를 부인하거나 변경하는 것이 아니고, 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액인 과세표준 역시 차감하는 형태가 아니다. 구 부가가치세법 제29조 제6항이 대손금액을 과세표준에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있듯이, 대손금액이 아무리 많이 인정되더라도 부가가치세 과세대상이나 과세표준은 전혀 달라지지 않는다. 다만 대손금액을 바탕으로 계산된 대손세액이 최종적인 납부세액 산출 과정에서 증감 요소로 기능하는 것일 뿐이므로, 대손사유의 발생을 부가가치세 과세대상인 재화나 용역의 공급의 발생과 동일시할 수 없다.

나) 피고는 재화나 용역의 공급시점이 대손세액 공제와 본질적으로 아무런 관련이 없고, 대손세액 공제와 관련하여서는 시기적으로는 대손 확정시점만이 유일하게 의미를 가진다고 주장하나, 공급일로부터 5년이 지난 날이 속하는 과세기간에 대한 확정신고 기한까지 확정되는 대손세액을 공제의 범위로 한다는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제2항 규정에 비추어 보면 대손세액 공제 제도에 있어 재화나 용역의 공급시점에 아무런 의미가 없다고 볼 수는 없다.

다) 한편, 2020. 2. 11. 대통령령 제30397호로 개정 시행된 부가가치세법 시행령은 위 제87조 제2항 중 ⁠‘공급일부터 5년’ 부분을 ⁠‘공급일부터 10년’으로 개정하여 대손세액 공제 가능 기간을 늘렸는데, 위 개정 규정에 관한 적용례를 정한 부가가치세법 시행령 부칙 제5조는 ⁠“개정 규정은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 대손이 확정되는 분부터 적용한다.”라고 적용례를 정하였다. 피고는 이 규정을 들어 대손세액 공제에 관한 시행령의 규정이 대손 확정일을 기준으로 적용됨을 명시하고 있다고 주장하나, 오히려 대손 확정일을 기준으로 적용하기 위하여 이러한 개별적 적용례를 따로 규정한 바 있다는 점에서 이 사건의 경우에도 입법자가 개정 부가가치세법 시행령 시행일 이전에 발생한 매출채권에 대하여 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호를 적용할 의사가 명백하였다면, 그에 관한 개별적 적용례를 두어 이를 나타내었어야 할 것으로 보인다. 또한, 2006. 2. 9. 대통령령 제19330호로 개정 시행된 부가가치세법 시행령은 대손사유를 기존의 열거 방식에서 소득세법과 법인세법에서 대손금으로 인정되는 사유를 인용하는 방식으로 개정하여 대손사유가 일부 변경되었는데, 위 시행령 역시 부칙 제5조에서 대손세액 공제의 범위에 관한 적용례를 ⁠“이 영 시행 이후 최초로 대손이 확정되는 분부터 적용한다.”라고 정하고 있어 마찬가지로 개별적 적용례를 따로 규정한 바 있음을 알 수 있다.

라) 대손세액 공제에 관하여 앞서 본 두 개별적 적용례에서는 ⁠‘개정 규정 시행 이후 최초로 대손이 확정되는 분부터 적용한다.’와 ⁠‘개정 규정 시행일이 속하는 과세기간에 대손이 확정되는 분부터 적용한다.’라는 규정 내용의 차이가 확인된다. 이와 같이 대손 확정시점을 기준으로 개정 규정이 적용되는 것으로 정한다 하더라도, 개정 규정의 적용시점에는 세부적 차이가 존재할 수 있는데, 피고는 대손의 확정시점이 납세의무 성립시점이라고 하면서, ⁠‘이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분’은 ⁠‘이 영 시행 이후 납세의무가 성립하는 분’을 가리킨다고 주장한다. 그러나 국세기본법 제21조는 부가가치세의 납세의무 성립시기를 ⁠‘과세기간이 끝나는 때’로 규정하고 있고, 부가가치세법 제5조에 따르면 부가가치세 과세기간은 제1기의 경우 1월 1일부터 6월 30일, 제2기의 경우 7월 1일부터 12월 31일이다. 이와 같이 부가가치세의 납세의무 성립시기가 ⁠‘과세기간이 끝나는 때’이므로, 대손의 확정시점이 납세의무 성립시점이라는 피고의 주장은 전제부터가 타당하지 않아, 이를 대손 확정시점이 포함되는 과세기간이 끝나는 때 납세의무가 성립한다는 주장으로 선해하여 볼 수밖에 없는데, 그러한 경우 피고가 주장하는 개정 부가가치세법 시행령 규정의 적용시점은 납세의무 성립시점이 아니라 대손 확정시점인 2019. 8. 13.부터라는 것인지, 대손 확정 이전이라도 시행일인 2019. 2. 12.부터 대손사유 발생과는 무관하게 적용되고 있었다는 것인지, 대손 확정시점이 포함되는 과세기간이 시작하는 때인 2019. 7. 1. 혹은 끝나는 때인 2019. 12. 31.부터 적용된다는 것인지가 불명확하다. 이러한 사항들이 처분 당시부터 항소심에 이르기까지 불명확하다는 것은 결국 피고의 이러한 주장들이 개정 부가가치세 시행령 부칙 제2조의 문언의 가능한 의미 범위를 벗어난 자의적 해석에 근거한 것임을 방증한다.

마) 피고는 개별소비세법에 관한 대법원 2023. 7. 13. 선고 2020두51341 판결을 들어 ’재화나 용역을 공급하는 분’이라는 법문을 ⁠‘납세의무가 성립하는 분‘으로 보는 것이 타당하다고 주장한다. 위 판결은 개정된 개별소비세법 부칙 제1조가 시행일을 2015. 1. 1.로 정하고, 제2조가 ⁠“이 법 시행 후 담배를 제조장에서 반출하거나 수입신고하는 경우부터 적용한다.”라고 규정하는 것은 개정 후 개별소비세법의 적용대상을 명확히 하기 위하여 일반적 적용례를 규정한 것이므로 위 각 부칙 규정들은 ⁠‘2015. 1. 1. 이후에 개별소비세의 납세의무가 성립하는 담배에 대하여 개정 후 개별소비세법을 적용한다.’는 의미로 해석하여야 한다고 판단한 바 있다. 그러나 이는 개별소비세법 제4조 제1호가 물품에 대한 개별소비세의 납세의무 성립시기를 ⁠‘과세물품을 제조장에서 반출할 때 또는 수입신고를 할 때’로 정하고 있어 부칙이 정한 개정법 적용시점과 납세의무 발생 시기가 일치하기 때문으로 보인다. 그러나 국세기본법 제21조는 부가가치세의 납세의무 성립시기를 ⁠‘과세기간이 끝나는 때’로 규정하고 있고, 부가가치세법 제5조에 따르면 부가가치세 과세기간은 제1기의 경우 1월 1일부터 6월 30일, 제2기의 경우 7월 1일부터 12월 31일이다. 이와 같이 부가가치세는 기간과세 세목으로서 이 사건에서 문제되는 구 부가가치세법 시행령은 납세의무 성립시기와 개정 시행령 적용시점이 일치하지 않기 때문에, 위 대법원 판결은 이 사건과 사안을 달리한다.

다. 구 부가가치세법 시행령에 따른 대손세액 공제 대상 해당 여부2)

1) 앞서 본 바와 같이 이 사건 회생채권에 대하여는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 제2호가 적용될 수 없고, 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항만이 적용된다. 앞서 인정한 사실 및 앞서 든 증거의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 구 부가가치세법 제45조, 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 의하면 신주발행 방식의 출자전환으로 회생채권 중 일부의 변제를 갈음하기로 하되 출자전환에 의하여 발행된 신주를 병합하여 감자하는 경우는 대손사유에 해당하지 않는다.

가) 구 부가가치세법 제45조, 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항, 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호는 채무자회생법에 따른 회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권만을 대손사유로 삼고 있고, 신주발행 방식의 출자전환 이후 발행된 신주를 병합하여 감자하는 경우를 대손사유로 삼은 규정은 존재하지 않는다. 명시적인 규정도 없이 신주발행 후 신주를 병합하여 감자하는 경우를 대손사유로 삼는 것은 기존에 존재하지 않는 규정을 창설하는 것으로 허용될 수 없다.

나) 신주발행 방식의 출자전환으로 기존채권의 변제에 갈음하기로 한 경우에 채권자와 채무자 사이에 출자전환으로 인하여 소멸되는 기존채권의 가액에 관한 약정 내지 합의가 있으면 그에 따르고, 그에 관한 합의가 없는 때에는, 특별한 사정이 없는 한 신주발행의 효력발생일을 기준으로 신주의 가액을 평가하여 그 평가액 상당의 기존채권이 변제된 것으로 보는 것이 타당하다(대법원 2008. 7. 24. 선고 2008다18376 판결 참조). 채무가 변제된 것을 두고 회수가 불가능해진 것과 동일시할 수는 없다.

다) 회생계획안의 경우 회생채권자 조의 3분의 2 이상의 동의, 회생담보권자 조의 4분의 3 또는 5분의 4 이상의 동의라는 가결요건(채무자회생법 제237조)을 얻어 법원의 인가를 받아야 하고, 회생계획안이 인가된 이상 이해관계인들은 그 회생계획에 따라야 하므로, 회생계획에 기재된 사항에 대하여 이해관계인들 사이에 합의가 존재하는 것으로 보아야 한다.

라) 상법 제421조 제1항, 제423조 제1, 2항의 규정에 의하면, 신주발행의 경우 신주인수인은 납입기일에 그 인수한 주식에 대한 인수가액의 전액을 납입할 의무가 있고, 만약 신주인수인이 납입기일에 납입 또는 현물출자의 이행을 하지 아니하면 그 권리를 잃으며, 신주발행의 효력은 발행예정주식 중 납입기일에 납입이 이루어진 주식에 한하여 발생하는바, 이러한 신주발행의 법률관계에 비추어 보면, 채무의 출자전환으로 주식을 발행하는 경우에는 출자전환되는 채무 전부가 주식에 대한 인수가액으로 납입된 것으로 인정되어야만 발행예정주식 전부에 대하여 신주발행의 효력이 발생하는 것이므로, 그 결과로서 나타나는 경제적 측면에서의 효과를 이유로 출자전환되는 채무 중 발행 주식의 시가 초과 부분만을 따로 떼어내어 주식에 대한 납입금으로서의 실질을 부인할 수는 없다(대법원 2012. 11. 22. 선고 2010두17564 전원합의체 판결 참조).

마) 회생계획에서 회생채권 중 일정비율을 출자전환하여 변제에 갈음하는 것으로 정하였음에도 나중에 이를 부인하며 실제로는 주식의 시가에 해당하는 금액만이 변제된 것이고 나머지는 회수불능으로 확정된 채권에 해당한다고 보게 되면, 회생채무자는 회생계획에서 예측하지 못한 채무를 부담하게 되고, 일부 회생채권자들은 회생계획에서 예상하지 않았던 이익을 보게 되어 다른 회생채권자들과의 관계에서 형평에 반하게 되므로 채무자 또는 그 사업의 효율적인 회생을 도모하고자 하는 채무자회생제도의 취지에 반한다.

2) 이에 대하여 피고는 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항은 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 개정되기 전부터 인정된 법리를 명문화한 것에 불과하다고 주장하나, ① 피고가 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항 개정 전부터 인정된 법리에 관한 사례라고 주장하는 대법원 2018. 6. 28. 선고 2017두68295 판결 등은 출자전환에 의하여 발행된 주식을 전부 무상 소각한 사안에 관한 것으로, 출자전환에 의하여 발행된 주식을 병합하는 방법으로 감자한 이 사건과 사안을 달리하는 점, ② 기존 기획재정부 및 국세청의 예규에 따르면 ⁠‘채무자회생법에 의한 법원의 회생계획인가결정에 따라 채권을 출자전환하는 경우 채권의 장부가액과 주식의 시가와의 차액은 부가가치세법 제45조의 대손세액 공제특례 대상에 해당한다’는 취지의 내용을 담고 있기는 하나, 위 예규들은 그 성질상 법원을 구속할 수 없고, 법령 해석에 관한 내부기준에 불과하여 조세법률주의의 근간이 되는 ⁠‘법령’으로는 취급될 수 없는 점 등에 비추어 보면, 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항과 같은 내용의 명문 규정이 없음에도 회생계획에 따라 출자전환된 회생채권의 장부가액과 회생채권자들이 출자전환으로 취득한 주식의 시가 사이의 차액을 대손금으로 보는 법리가 확립되어 있었다고 보기는 어려우므로, 구 부가가치세법 시행령 제87조 제1항이 적용되어야 하는 사안에도 개정 부가가치세법 시행령 제87조 제1항에 따른 경우와 마찬가지로 대손세액 공제 범위를 산정할 수 있다는 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

6. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론이 달라 부당하므로, 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고, 이 사건 각 처분을 취소하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산고등법원 2024. 09. 25. 선고 부산고등법원(창원) 2023누11279 판결 | 국세법령정보시스템