요지

청구인이 당초 신고한 취득가액을 실지거래가액으로 보기는 어려우므로, 처분청이 청구인의 실지취득가액을 금융증빙 등에 의하여 재조사하여 그 결과에 따라 경정하는 것이 타당함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2013. 4. 1. 원고에 대하여 한 2002년 귀속 양도소득세 292,421,125원의 부과처

분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2002. 10. 5. 서울 ○○동 937-25 대 161.3㎡ 및 그 지상에 있는 5층 숙박

시설(이하 ⁠‘이 사건 부동산’이라 한다)을 서○○에게 양도한 후, 양도가액 250,000,000원,

취득가액 230,000,000원으로 정하여 양도소득세를 신고하였다.

나. ○○세무서장은 2012. 5. 3. 서○○에 대한 양도소득세 실지조사를 실시하여, 서

○○가 이 사건 부동산을 750,000,000원에 취득하여 800,000,000원에 양도한 사실을

확인하고, 피고에게 원고가 양도소득세를 과소신고하였다는 내용을 통보하였다.

다. 피고는 2013. 4. 1. 이 사건 부동산의 양도가액을 750,000,000원, 취득가액을

230,000,000원으로 정하여 원고에게 2002년 귀속 양도소득세를 521,292,634원으로 경

정한 후 기결정 양도소득세 192,090원을 제외한 521,100,542원을 납부·고지하였다.

라. 원고가 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하여 2014. 4. 29. 재조사결

정이 나자, 피고는 재조사를 실시하여 2002년 귀속 양도소득세를 292,421,125원(신고

불성실 가산세 및 납부불성실 가산세 포함)으로 감액·경정하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이

라 한다).

[인정근거] 갑 제1, 2호증, 갑 제4, 6호증의 각 1, 2, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 변

론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고는 이 사건 부동산을 680,000,000원에 취득하였으나 그 취득가액을 입증할

만한 매매계약서 및 금융증빙 등을 보관하고 있지 않는바, 이러한 경우 피고로서는 취

득가액이 불분명한 것으로 보아 환산취득가액으로 양도소득세를 산정하여야 함에도 이 와 다른 전제에서 양도소득세를 산정한 것은 위법하다.

2) 원고는 2002. 10. 22. 양도소득세를 신고·납부하였는데, 피고는 그로부터 10년이

훨씬 지난 2013. 4. 1.에야 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 국세부과의 제척

기간을 도과하였고, 국세징수권의 소멸시효가 완성되었으므로 위법하다.

나. 관계법령

별지 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고는 2002. 1. 31. 박○○으로부터 이 사건 부동산을 매수하였음을 이유로 하

여 2002. 2. 27. 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

2) 이 사건 부동산에 관하여 2002. 2. 27. 채무자 원고, 근저당권자 주식회사 우리

은행, 채권최고액 546,000,000원의 근저당권설정등기가 마쳐졌고, 같은 날 이 사건 부

동산 중 숙박시설에 2002. 2. 15.자로 설정된 전세금 150,000,000원의 전세권설정등기 가 말소되었다.

3) 원고는 자신의 소유이던 서울 ○○구 ○○동 672 ○○○○○아파트 제101동 제

2107호에 관하여 2002. 2. 25. 채무자 원고, 근저당권자 주식회사 하나은행, 채권최고

액 42,000,000원의 근저당권설정등기를 마쳤다.

4) 원고는 2002. 2. 25. 하나은행으로부터 34,940,000원을 대출받은 후 35,000,000

원을 대체 지급하였고, 2002. 2. 27. 우리은행으로부터 455,000,000원을 대출받은 후

417,416,000원을 대체 지급하였다.

[인정근거] 갑 제6호증의 1, 2, 을 제2 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

라. 판단

1) 취득가액 산정방법의 위법성

가) 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제97조 제1항

제1호에 의하면 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 필요경비로서 취

득가액은 해당 자산의 취득에 든 실지거래가액으로 하고, 취득 당시의 실지거래가액을

확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액 을 그 취득가액으로 한다고 규정하고 있다. 또한, 일반적으로 세금부과처분 취소소송에

서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다. 그러나 구체적인 소송과정에서

경험칙에 비추어 과세요건사실을 추단할 수 있는 사실이 밝혀진 경우에는 상대방이 문

제로 된 당해 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증

하지 못하는 한 당해 과세처분을 과세요건이 흠결된 위법한 처분이라고 단정할 수 없

다(대법원 2012. 8. 17. 선고 2010두23378 판결).

나) 위 인정사실에 의하면, 원고가 이 사건 부동산을 양도하고 양도소득세를 신고

함에 있어 그 취득가액을 230,000,000원으로 신고한 사실, 금융자료에 의하여 원고가

박○○에게 지급한 것으로 밝혀진 금액이 452,416,000원인데, 피고는 위 금액을 모두

필요경비로 인정하여 양도소득세를 부과한 사실 등에 비추어 과세요건사실을 추단할

수 있는 사실이 밝혀졌다고 할 것이므로, 원고가 문제가 된 당해 사실이 경험칙을 적용

하기에 적절하지 아니하다는 등의 반대사정을 입증하여야 한다.

살피건대, 위 인정사실에다가 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지에 의하여 인정되 는 다음과 같은 사정 즉, ① 원고에 대한 세무조사 당시 전 소유자인 박○○의 처인 이○○은 박○○이 이 사건 부동산을 550,000,000원에 취득한 후 약 70,000,000원 정 도 손해를 보고 팔았다고 진술하였던 점, ② 환산취득가액으로 취득가액을 산정하기

위해서는 취득 당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부 등 중요한 부분이

미비된 경우에 한한다 할 것인데, 원고의 경우 금융자료에 의하여 실지거래가액의 확

인이 가능한 경우에 해당하는 것으로 보이는 점, ③ 원고 주장의 추계계정에 의한 환

산취득가액으로 산정할 경우 양도차익이 1,000,000원에 불과하여 원고가 계속 주장하

였던 양도차익 70,000,000원과 비교하여 볼 때 실질과세의 원칙에 반하는 것으로 보이 는 점, ④ 원고는 지가상승률이 대략 10%에 불과한 사정을 들어 680,000,000원에 이

사건 부동산을 구입한 것이 타당하다고 주장하나, 그 취득가액을 입증할 자료를 제시

하지 않은 채 지가상승률에 따른 비율적 금액을 취득가액으로 인정해야 한다는 주장은

이를 그대로 받아들일 수 없는 점, ⑤ 원고가 2002. 3. 20. 하나은행으로부터 대출받은

24,960,000원은 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기가 완료된 이후의 대출금으로

이를 매매대금으로 인정하기 어려운 점, ⑥ 원고가 이 사건 부동산의 구입자금으로 주

장하는 전세보증금 100,000,000원, 자신의 보유현금 30,000,000원, 취득에 따른 부대비

용 35,000,000원은 그 지급근거를 제시하지 못하고 있으므로 이를 반영하기 어려운 점,

⑦ 피고는 원고가 이 사건 부동산을 취득할 당시 은행으로부터 대출받은 금액의 지급

처를 제대로 밝히지 못했지만 소유권이전등기를 전후하여 대출받은 금액 중 대체 지급

된 금액은 모두 취득가액에 포함하여 필요경비로 산정하였던 점 등을 종합하면, 원고 가 이 사건 부동산을 취득할 당시의 실지거래가액은 금융자료에 의하여 확인이 가능한

경우에 해당하여 이 사건 부동산의 취득가액을 원고의 주장처럼 취득가액이 불분명한

경우에 해당하여 환산취득가액으로 정할 것이 아니라 피고의 주장처럼 금융자료에 의

하여 뒷받침되는 452,416,000원으로 정함이 상당하다.

2) 부과제척기간 도과 여부

가) 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제26조의2 제1항은 국세는 당해 국세를 부과할 수 있는 날로부터 5년의 기간이 만료

된 날 후에는 부과할 수 없으나, 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하

지 아니하는 경우에는 7년간, 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈한 경

우에는 10년간 국세를 부과할 수 있다고 규정하고 있고, 여기에서 ⁠“사기․기타 부정한

행위”라 함은 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기

타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 납세자가 신고한 가액에 의하여 과세표준이 결정

되는 조세에 있어서 납세자가 신고가액을 과소신고 하면서 허위 신고가액에 신빙성을

부여하고 실제 거래가액을 은닉하기 위하여 매도가격을 과소하게 기재한 허위의 이중

계약서를 작성하여 함께 제출하는 것은 적극적인 기망행위로서 조세의 부과징수를 현

저히 곤란하게 만드는 ⁠“사기․기타 부정한 행위”에 해당한다(대법원 2004. 6. 11. 선고

2004도2391판결, 대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두13115판결 등 참조). 또한, 구 국세

기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항

제1호는 국세를 부과할 수 있는 날은 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당

해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한의 다음날부터로 하

되, 이 경우 중간예납·예정신고 및 수정신고기한은 과세표준신고기한에 포함되지 아니

한다고 규정하고 있다.

나) 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 양도가액을 신고함에

있어 실제 거래가액을 은닉하기 위하여 이 사건 부동산을 매매대금 750,000,000원에

매도하였음에도 매매대금을 250,000,000원으로 기재한 허위의 부동산매매계약서를 제

출하였는바, 원고의 이러한 행위는 적극적인 기망행위로서 조세의 부과징수를 현저히

곤란하게 하는 ⁠“사기 기타 부정한 행위”에 해당되고, 그 결과 이 사건 양도소득세의 부

과제척기간은 10년이라 할 것인데, 이 사건 처분은 이 사건 부동산의 양도에 의한 양

도소득세를 부과할 수 있는 날인 과세표준신고기한의 다음날인 2003. 6. 1.부터 10년의

부과제척기간이 도과하기 전인 2013. 4. 1.에 이루어졌음이 명백하므로, 부과제척기간 을 도과하였다고 볼 수 없다.

3) 국세징수권 소멸시효가 완성 여부

가) 징수권의 소멸시효란 납세의무가 구체적으로 확정되었음을 전제로 과세관청 이 일정 기간 내에 체납 징수를 위한 조치를 취하지 않으면 세금을 징수할 수 없도록

하는 것을 의미하는데, 구 국세기본법 제27조 제1항은 국세의 징수를 목적으로 하는

국가의 권리는 이를 행사할 수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완

성된다고 규정하고 있고, 구 국세기본법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22038호로 개

정되기 전의 것) 제12조의4 제1항 제1호, 제2호는 과세표준과 세액의 신고에 의하여

납세의무가 확정되는 국세에 있어서 신고한 당해 세액에 대하여는 그 법정신고납부기

한의 다음날부터, 과세표준과 세액을 정부가 결정·경정 또는 수시 부과 결정하는 경우 에 고지한 당해 세액에 대하여는 그 납세고지에 의한 납부기한의 다음날부터 각 국세

의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있다고 규정하고 있다.

나) 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 취소를 구하는 이 사건 처분은 징수처분이

아닌 부과처분이고, 소멸시효는 부과처분이 아닌 징수처분에 적용되는 것으로서 징수

처분의 소멸시효가 완성되었다고 하더라도 부과처분이 곧바로 위법하게 되는 것은 아

닐 뿐만 아니라 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 이 사건 부동산의 양도에 따른 양

도소득세를 부과할 수 있는 날인 2003. 6. 1.부터 10년의 부과제척기간이 도과하기 전 에 이루어졌으므로 징수권의 소멸시효는 이 사건 처분에 의한 납부기한의 다음날부터

기산된다고 할 것인데, 이 사건 처분이 있었던 2013. 4. 1.을 기산일로 본다고 하더라 도 징수권의 소멸시효기간인 5년이 경과하지 않았음이 명백하므로, 국세징수권 소멸시

효가 완성되었다고 볼 수 없다.

4) 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

판사 양○○

관계법령

■ 구 소득세법(2005. 12. 31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것)

제97조 ⁠(양도소득의 필요경비계산) ① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제

할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 취득가액

가. 제94조제1항제1호 및 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기

준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득 에 소요된 실지거래가액에 의한다.

나. 제94조제1항제3호 및 제4호의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가

액

다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우

에는 대통령령이 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액

제100조 ⁠(양도차익의 산정) ① 양도차익을 계산함에 있어서 양도가액을 실지거래가액(제96조

제3항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가액이 적용되 는 경우 당해 매매사례가액·감정가액 등을 포함한다)에 의하는 때에는 취득가액도 실지거래가

액(제97조제7항의 규정에 의한 가액 및 제114조제5항의 규정에 의하여 매매사례가액·감정가

액·환산가액이 적용되는 경우 당해 매매사례가액·감정가액·환산가액 등을 포함한다)에 의하고,

양도가액을 기준시가에 의하는 때에는 취득가액도 기준시가에 의한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하 는 경우로서 토지와 건물등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되

토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가등을 감안

하여 대통령령이 정하는 바에 따라 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은

당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다.

제114조 ⁠(양도소득과세표준과 세액의 결정·경정 및 통지) ① 납세지 관할세무서장 또는 지방

국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 하여야 할 자 또는 제110조의 규정에 의하

여 확정신고를 하여야 할 자가 그 신고를 하지 아니한 때에는 당해 거주자의 양도소득과세표

준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제105조의 규정에 의하여 예정신고를 한 자 또 는 제110조의 규정에 의하여 확정신고를 한 자의 신고내용에 탈루 또는 오류가 있는 경우에는

양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

③ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 양도소득과세표준과 세액을 결정 또는 경정한

후 그 결정 또는 경정에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 지방국세청장은 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 양도소득과

세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 제96조 및 제97조의 규정에 의한 가액에 의하

여야 한다. 다만, 거주자가 제96조제1항제6호 및 제97조제1항제1호 가목 단서의 규정에 의하

여 양도소득과세표준 예정신고 또는 확정신고를 한 경우로서 당해 신고가액이 사실과 달라 납

세지 관할세무서장 또는 지방국세청장이 실지거래가액을 확인한 때에는 그 확인된 가액을 양

도가액 또는 취득가액으로 하여 양도소득과세표준과 세액을 경정한다.

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로

서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득

당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 양

도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액·매매사례가액 또는

감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가 등에

의하여 추계조사하여 결정 또는 경정할 수 있다.

■ 구 소득세법 시행령(2005. 12. 31. 대통령령 제19254호로 개정되기 전의 것)

제163조 ⁠(양도자산의 필요경비) ① 법 제97조제1항제1호 가목 단서 및 나목 본문에서 "취득에

소요된 실지거래가액"이라 함은 다음 각 호의 금액을 합한 것을 말한다.

1. 제89조제1항의 규정을 준용하여 계산한 취득원가에 상당하는 가액(제89조제2항제1호의

규정에 의한 현재가치할인차금을 포함하되 부당행위계산에 의한 시가초과액을 제외한다)

2. 취득에 관한 쟁송이 있는 자산에 대하여 그 소유권 등을 확보하기 위하여 직접 소요된

소송비용·화해비용 등의 금액으로서 그 지출한 연도의 각 소득금액의 계산에 있어서 필

요경비에 산입된 것을 제외한 금액

3. 제1호의 규정을 적용함에 있어 당사자 약정에 의한 대금지급방법에 따라 취득원가에 이

자상당액을 가산하여 거래가액을 확정하는 경우 당해 이자상당액은 취득원가에 포함한다.

다만, 당초 약정에 의한 거래가액의 지급기일의 지연으로 인하여 추가로 발생하는 이자상

당액은 취득원가에 포함하지 아니한다.

제176조의2 ⁠(추계결정 및 경정) ① 법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 사유"라 함은 다

음 각 호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. 양도 또는 취득당시의 실지거래가액의 확인을 위하여 필요한 장부·매매계약서·영수증 기

타 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비된 경우

2. 장부·매매계약서·영수증 기타 증빙서류의 내용이 매매사례가액, ⁠「부동산 가격공시 및 감

정평가에 관한 법률」에 의한 감정평가법인(이하 이 조에서 "감정평가법인"이라 한다)이

평가한 감정가액 등에 비추어 허위임이 명백한 경우

② 법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음

각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 법 제94조 제1항 제3호의 규정에 의한 주식 등이나 법 제94조 제1항 제4호의 규정에 의

한 기타자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액

양도당시의 실지거래가액, 제3항 제1호의 매매사례가액 또는 동항 제2호의 감정가액 ×

(취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가)

■ 구 국세기본법(2006. 12. 30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것)

제26조의2(국세부과의 제척기간) ① 국세는 다음 각 호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는

부과할 수 없다. 다만, 조세의 이중과세방지를 위하여 체결한 조약(이하 "조세조약"이라 한다)

의 규정에 의하여 상호합의절차가 진행 중인 경우에는 국제조세조정에관한법률 제25조에서 정

하는 바에 따른다.

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급·공제받는 경우에는 당해 국

세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부

과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5연

간

제27조(국세징수권의 소멸시효) ① 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리는 이를 행사할

수 있는 때로부터 5년간 행사하지 아니하면 소멸시효가 완성한다.

② 제1항의 소멸시효에 관하여는 이 법 또는 세법에 특별한 규정이 있는 것을 제외하고는 민

법에 의한다.

③ 제1항의 규정에 의한 국세의 징수를 목적으로 하는 국가의 권리를 행사할 수 있는 때는

대통령령으로 정한다.

■ 구 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호로 개정되기 전의 것)

제12조의3 ⁠(국세부과제척기간의 기산일) ① 법 제26조의2제4항의

출처 : 수원지방법원 2015. 05. 13. 선고 수원지방법원 2014구단1998 판결 | 국세법령정보시스템