요지

원고 거래는 유상사급의 형태를 취하였을 뿐만 아니라 그 실질도 유상사급이므로, 재고 위험은 원칙적으로 상대방 회사가 부담하여야 함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다

청 구 취 지

피고가 2019. 6. 7. 원고에게 한 별지1 표 기재 ⁠‘고지세액’란 부과처분 중 ⁠‘불복제외 금액’란 금액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고 및 해외법인

 1) 원고는 2003. 1. 28. 설립되어 전기, 전자부품 제조 및 판매업, 임가공업, 도소매업 등을 영위하는 회사이다.

 2) 원고는 중국에 연aaaaaaaaaa(이하 ⁠‘연aaaaa’이라 한다), 연bbbbbbbbbbbb(이하 ⁠‘파bbbb’이라 한다)를 설립하고, 베트남에 Pcccccc Vccc(이하 ⁠‘파cccc’라 하고, 위 3개의 법인을 합하여 ⁠‘해외법인’이라 한다)를 설립하였다. 2016년경 원고의 위 해외법인에 대한 법적 소유구조는 다음과 같고, 위 해외법인들은 원고에 대하여 법인세법상 특수관계인이자 국제조세조정에 관한 법률상 국외특수관계인에 해당한다.

 3) 해외법인은 카메라 부품의 제조 및 생산을 담당하였고, 원고는 제품개발‧영업‧ 판매‧생산관리‧경영지원 등을 담당하였다.

 나. 피고의 최초 법인세 및 부가가치세 부과처분

 1) pp지방국세청장(이하 ⁠‘조사청’이라 한다)은 2019. 2. 25.부터 2019. 5. 23.까지 원고에 대하여 2014 내지 2017 사업연도 법인제세 통합조사(이하 ⁠‘이 사건 조사’라 한다)를 실시하여 다음과 같은 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였다.

 2) 이에 따라 피고는 2019. 6. 7. 원고에게 아래와 같이 2014 내지 2017 사업연도 법인세 합계 7,081,830,630원(가산세 포함) 및 2014년 제1기 내지 2017년 제2기 부가가치세 합계 918,407,840원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 최초 부과처분’이라 한다).

 다. 피고의 2020. 6. 15. 국세환급금 통지

 원고는 피고에게 조세특례제한법 제10조에 따라 연구인력개발비 세액공제 경정청구를 하였으나, 피고로부터 경정거부처분을 받았다. 원고는 위 거부처분에 대하여 감사원에 심사청구를 제기하여 감사원으로부터 인용결정을 받았는데, 이에 따라 피고는 2020. 6. 15. 원고에게 아래와 같이 2014 내지 2015 사업연도 법인세를 환급하였다.
라. 이 사건 최초 부과처분에 대한 이의신청 결과에 따른 감액경정결정

 원고는 2019. 8. 30. 이 사건 최초 부과처분에 대하여 이의신청을 제기하여 재조사 결정을 받았다. 이에 따라 피고는 2020. 8. 25. 원고에게 아래와 같이 2015 내지 2017 사업연도 법인세를 환급하였다.

 마. 외국납부세액공제 경정거부처분에 대한 심판청구 결과에 따른 감액경정결정

 원고는 피고에게 외국납부세액공제 경정청구를 하였으나, 피고로부터 경정거부처분을 받았다. 원고는 위 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하여 조세심판원으로부터 2021. 9. 6. 인용결정을 받았는데, 이에 따라 피고는 2021. 9. 16. 원고에게 아래와 같은 내용의 감액경정결정을 하였다.

 바. 이 사건 최초 부과처분에 대한 심판청구 및 그 결과에 따른 법인세 환급 원고는 이 사건 최초 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2021. 12. 28. 이 사건 최초 부과처분 중 처분청의 제1, 3, 4, 5 쟁점에 관한 과세처분은 적법하나, 제2 쟁점에 관한 과세처분은 위법하다는 이유로 ⁠‘이 사건 최초 부과처분에서 이 사건 해외인건비를 원고의 손금으로 보아 그 과세표준과 세액을 경정하고, 원고의 나머지 심판청구는 기각한다’는 결정을 하였다. 이에 따라 피고는 2022. 1. 13. 원고의 2014 내지 2017 사업연도 법인세 감액경정결정을 하였고, 2022. 1. 14. 및 2022. 2. 7. 원고에게 아래와 같이 2014 내지 2017 사업연도 법인세를 환급하였다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장 요지

 1) 원고와 연aaaaa은 TCXO 거래에 관하여 유상사급6)의 형태를 취하였으나, 그 실질은 무상사급에 해당한다. 이 사건 불량품은 무수익자산에 해당하지 않으므로 국제조세조정에 관한 법률(이하 ⁠‘국제조세조정법’이라 한다)에 따른 이전가격 거래로 보아 정상가격인지 여부를 판단하여야 하고, 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여서는 아니 된다. 설령 이 사건 불량품이 무수익자산에 해당한다고 하더라도, 원고가 연aaaaa으로부터 이 사건 불량품을 수입한 후 폐기한 것은 경제적 합리성이 있는 행위이므로 법인세법상 부당행위계산 부인 대상이 되지 아니한다. 따라서 원고가 이 사건 불량품을 수입한 후 폐기한 금액은 손금으로 산입되어야 한다.

 2) 이 사건 재고자산감모손실은 자연적인 마모, 망실된 재고자산에 관한 것으로서 구체적인 증빙이 존재하기 어렵고, 원고의 사업과 관련하여 발생한 사회통념상 타당하다고 인정되는 범위 내의 비용이라고 보아야 하며, 회계법인의 재고실사를 근거로 산정된 비용이므로, 관련 증거서류 없이 폐기하였다는 이유로 이를 손금에 산입하지 아니한 피고의 판단은 위법하다.

 3) 원고가 연aaaaa으로부터 이 사건 불량품을 0원에 매입하였다면 TCXO 정상품의 가격은 불량품의 가격을 감액한 만큼 더 오르게 될 것이므로 전체 TCXO 상품의 매입가격은 변동하지 않는다. 원고가 연태파트론으로부터 이 사건 불량품을 수입한 이 사건 거래는 원고의 사업과 관련이 있는 것이므로, 그에 관한 매입세액은 공제되어야 한다(다만 이 사건 처분의 부가가치세 부과처분 중 2014년 1기 부분은 불량품 수입 후 폐기손실과 관련이 없으므로 불복대상에서 제외하였다).

 4) 위와 같이 이 사건 불량품을 수입한 후 폐기한 금액과 이 사건 재고자산감모손실은 손금으로 산입되어야 하고, 이 사건 거래로 인한 매입세액은 공제되어야 하므로, 피고가 2019. 6. 7. 원고에게 한 별지1 표 기재 ⁠‘고지세액’란 부과처분 중 ⁠‘불복제외 금액’란 금액을 초과하는 부분은 위법하다.

 나. 관계 법령

 별지2 관계 법령 기재와 같다.

 다. 인정 사실

 다음과 같은 사실은 앞서 본 증거, 갑 제7, 8, 11, 13, 15, 16, 17, 19, 24, 25, 26, 29, 32호증, 을 제2 내지 10, 12, 13호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나, 당사자 사이에 다툼이 없다.

 1) TCXO7)는 X-TAL(CRYSTAL, 수정편)만으로는 부족한 발진 기능을 보완하기 위해 크리스탈에 발진회로(Oscillator) 등을 추가하여 더 정확한 기능을 하도록 만든 것이다. TCXO는 IC칩이 내재되어 있어 폐기 시 소량의 금스크랩이 추출된다.

 2) 원고와 연aaaaa은 X-TAL, 안테나, 카메라 등을 무상사급 형태로 거래하여 왔다. 원고와 연aaaaa은 2012년경 이전까지는 TCXO, 관통 콘덴서, 광마우스 등도 무상사급 형태로 거래하여 오다가, 2012년경부터는 위 3개 품목 등을 유상사급 형태로 거래하여 왔다.

 3) 원고의 법인세 신고서(을 제1호증), 재고자산명세서(을 제2호증)에 의하면, X-TAL과 같이 무상사급으로 거래한 완성품은 ⁠‘제품’으로, TCXO와 같이 유상사급으로 거래한 완성품은 ⁠‘상품’으로 분류되어 있다. 4) 원고의 2014년부터 2017년까지의 진료가공 거래 회계처리 내역(갑 제17호증)을 보면, TCXO에 관하여 ⁠‘원재료처분손익’과 ⁠‘진료재료매각이익’을 계상하고 있다.

 5) 원고는 연aaaaa과 유상사급으로 거래하는 상품 중 TCXO는 원고가 그 불량품을 수입한 후 폐기하여 원고의 손금으로 계상한 반면, 관통 콘덴서, 광마우스는 그 불량품을 현지에서 폐기하고 이를 연aaaaa의 비용으로 계상하였다. 2014년부터 2017년까지 원고 및 연aaaaa이 TCXO, 관통 콘덴서, 광마우스를 폐기한 금액은 아래와 같다. 그런데 원고가 2014년경 연aaaaa으로부터 TCXO로 수입하여 폐기한 불량품에는 TCXO 불량품뿐만 아니라 X-TAL 불량품도 포함되어 있었다.

 6) 원고의 물류운영팀에서 작성한 2014. 12. 3. 자 내부품의서(을 제6호증)에는 ⁠‘연aaaaa으로부터의 TCXO 불량품을 원고가 폐기하여 스크랩비용으로 회수할 예정이고, 수량을 맞추기 위해 TCXO에 X-TAL 불량품을 같이 출하(수입)하였다’는 내용이 기재되어 있고, 원고의 판매관리팀에서 작성한 2015. 2. 5. 자 품의서(갑 제29호증)에는 ⁠‘연태파트론 TCXO 불량품을 원고에서 폐기하여 스크랩비용으로 회수할 것을 품의하고 그 사유는 TCXO는 불량률이 20% 수준으로 매달 수책차이가 대량 발생하고 있어 수책조정을 위하여 불량품을 원고에게 출하한 것’이라는 내용이 기재되어 있다.

 7) 원고와 연aaaaa은 2016. 1. 1. 아래와 같은 내용의 임가공 기본계약서를 작성하였다.

 8) mm회계법인이 작성한 원고에 대한 2016년 및 2017년 각 사업연도 통합기업보고서(을 제12호증의1 참조, 이하 ⁠‘이 사건 통합기업보고서’라 한다)에 의하면, 원고와 연aaaaa의 유상사급 거래(해외법인 제조부문)의 재고위험은 ⁠‘원재료 및 완제품에 대한 재고위험 부담’으로 기재되어 있고, 원고와 연태파트론의 무상사급 거래(해외법인 임가공부문)의 재고위험은 ⁠‘제한적인 재고위험 부담(임가공부문은 보유중인 대부분의 원재료 및 생산제품에 대한 소유권을 보유하고 있지 않으므로 재고에 대한 위험부담이 높지 않으나, 임가공을 위한 원재료 및 제품 보관기능을 수행하며, 일부 직접 원재료를 매입하여 가공하고 있음에 따라 재고에 대한 제한적인 위험부담을 부담한다)’으로 기재되어 있다.

 라. 이 사건 불량품을 수입한 후 폐기한 금액의 손금산입 여부

 1) 원고와 연aaaaa 사이의 TCXO 거래 형태

 앞서 본 사실과 증거, 갑 제37호증, 을 제17호증의 각 기재에 변론 전체를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고와 연aaaaa사이의 TCXO 거래는 유상사급의 형태를 취하였을 뿐만 아니라 그 실질도 유상사급에 해당한다고 볼 수 있고, 이에 따라 이 사건 불량품의 재고 위험은 원칙적으로 해외법인인 연aaaaa이 부담하는 것으로 판단된다.

 ① 원고는 TCXO 거래에 관하여 유상사급 방식으로 회계처리를 하였다. 원고는 법인세 신고서, 재고자산명세서 등에 무상사급으로 거래한 X-TAL은 ⁠‘제품’으로, 유상사급으로 거래한 TCXO는 ⁠‘상품’으로 분류하여 기재하였고, TCXO에 관하여 ⁠‘원재료처분손익’ 및 ⁠‘진료재료매각이익’을 계상하는 유상사급 방식으로 회계처리를 한 내역도 있다. 이러한 점에 비추어 보면, 원고는 TCXO의 원재료 매각 대금을 연aaaaa으로부터 총액으로 지급받고 완제품 매수 대금을 총액으로 지급하였다고 보인다.

 ② 이 사건 개별기업보고서에는 원고와 연aaaaa 사이의 TCXO(수정) 거래가 재매입거래(유상사급)라고 명시되어 있다. 이 사건 통합기업보고서에도 유상사급(해외법인 제조부문)과 무상사급(해외법인 임가공부문)을 구분하여 유상사급의 경우 해외법인이 원재료 및 완제품에 대한 재고위험을 부담하는 반면 무상사급의 경우 해외법인이 제한적인 재고위험을 부담한다고 기재되어 있다.

 ③ 원고의 대표이사인 김pp가 작성한 이 사건 확인서에도 TCXO 거래를 진료가공(유상사급)으로 하였고, 그 매수 대금을 현금으로 지급하였다고 기재되어 있다.

 ④ 이에 대하여 원고는, TCXO는 원고가 설계하고 개발한 제품으로 불량률이 높고 그 가격도 원고가 결정한다는 점 등을 고려하면, TCXO 거래의 실질은 무상사급에 해당한다고 주장한다. 그러나 이 사건 개별기업보고서에는 유상사급 및 무상사급 모두신제품 연구개발, 수주, 납품 단가 등 사업의 의사결정 주체는 원고이고 해외법인은 사업 의사결정 기능을 수행하지 않는다고 기재되어 있어 원고가 설계‧개발하였다거나 가격을 결정한다는 사정, 불량률이 높다는 사정이 유상사급과 무상사급을 구분하는 결정적인 요소로 보이지는 않는 점, 유상사급의 형식을 취하더라도 원고가 연태파트론과에 대한 관계에서 가격을 결정할 수 있다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 TCXO 거래의 실질이 무상사급에 해당한다고 보기 어렵다. 나아가 설령 중국 과세관청에서 TCXO 거래를 무상사급으로 취급하여 과세하였다고 하더라도, 그것만으로 TCXO 거래의 실질을 달리 볼 것은 아니다.

 2) 국제조세조정에 관한 법률상 이 사건 거래에 법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용이 배제되는지 여부

 가) 구 국제조세조정에 관한 법률(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제3조 제2항은 ⁠“국제거래에 대해서는 법인세법 제52조 등을 적용하지 아니한다. 다만 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.”라고 규정하고, 그 위임에 따른 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30405호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제3조의2 제2호는 ⁠‘수익이 없는 자산의 매입’을 법인세법 제52조 등을 적용할 수 있는 국제거래 중 하나로 규정하고 있다. 한편 구 국제조세조정법 제4조 이하는 과세관청이 거주자의 국외특수관계인과의 국제거래에 대하여 정상가격에 따른 과세조정을 할 수 있도록 규정하고 있다. 여기서 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령 제3조의2 제3호의 ⁠‘수익이 없는 자산’이라 함은 부당행위계산 부인에 관한 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제2호가 규정한 ⁠‘무수익 자산’, 즉 법인의 수익파생에 공헌하지 못하거나 법인의 수익과 관련이 없는 자산으로서 장래에도 그 자산의 운용으로 수익을 얻을 가망성이 희박한 자산을 말한다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두44084 판결 등 참조). 따라서 이 사건 거래가 구 국제조세조정법 제3조 제2항 단서, 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 제2호의 ⁠‘수익이 없는 자산을 매입한 경우’에 해당한다면 이 사건 거래에 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용할 수 있다.

 나) 앞서 본 사실과 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 이 사건 불량품을 정상품인 것처럼 수입하였으나, 실은 불량품에 불과하여 고객에게 판매할 수 있는 것이 아니었고, 원고가 이를 장래에 운용하여 수익을 얻을 가망성도 희박한 자산이었던 점, ② 실제로 원고는 이 사건 불량품을 연aaaaa으로부터 정상품인 것처럼 수입한 후 이를 다른 용도로 사용하지 아니한 채 그대로 폐기한 점, ③ 이 사건 불량품 폐기 시 발생하는 수익이 구입 시 발생하는 비용보다 적은 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 불량품은 무수익 자산에 해당한다고 봄이 타당하다. 이에 대하여 원고는 구 국제조세조정법 시행령 제6조 제8항, 국제조세조정법 시행규칙 제2조의2 제4항 규정에 비추어 TCXO 정상품과 TCXO 불량품의 거래를 통합하여 수익 여부를 판단하여야 한다고도 주장하나, 위 규정들은 정상가격 산출방법을 적용할 때 개별 거래들을 통합하여 평가할 수 있다는 규정으로서 이 사건 불량품이 무수익 자산에 해당하여 국제조세조정법이 적용되지 아니한다고 보는 이상, 위 규정들에 따라 TCXO 정상품과 TCXO 불량품의 거래를 통합하여 수익 여부를 판단해야 한다고 볼 수 없다. 결국 이 사건 거래는 무수익 자산인 이 사건 불량품을 매입한 경우에 해당한다고 볼 것이므로, 법인세법상 부당행위계산 부인에 관한 규정이 적용될 수 있고, 이와 다른 전제에서 이 사건 거래에 구 국제조세조정법이 적용된다고 보아 정상가격 거래 여부를 판단해야 한다는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

 3) 부당행위계산 부인 규정의 적용 여부

 가) 구 법인세법 제52조에서 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도로서, 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이다. 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결, 대법원 2023. 5. 18. 선고 2018두33005 판결 등 참조). 법인세법 시행령 제88조 제1항 제2호는 ⁠‘법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’ 중 하나로 ⁠‘무수익 자산을 매입 또는 현물출자 받았거나 그 자산에 대한 비용을 부담한 경우’를 들고 있다.

 나) 앞서 본 사실과 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 거래는 원고가 법인세법상 특수관계인인 연aaaaa으로부터 무수익 자산을 매입한 후 이를 폐기하여 비용을 부담한 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 것이라고 판단되므로, 구 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인 대상에 해당한다고 봄이 타당하다.

 ① 앞서 본 것처럼 이 사건 거래는 유상사급에 해당하여 원고로서는 이 사건 불량품에 대한 재고 위험을 원칙적으로 부담하지 않는다고 판단된다. 원고는 실제로 연aaaaa과 유상사급으로 거래한 상품 중 관통 콘덴서와 광마우스 등에 관하여는 그 불량품을 원고가 매입하지 않고 연태파트론이 현지에서 폐기하여 비용으로 산입하도록 하였다. 이 사건 거래와 같은 유상사급에 관하여는 무상사급(임가공)과는 달리 원고와 연aaaaa 사이에 계약서가 작성되지도 않았는바, 원고가 이 사건 불량품에 대하여 재매입의무를 부담한다고 볼 만한 사정도 보이지 않음에도, 원고는 무수익 자산에 불과한 이 사건 불량품을 정상품으로 수입한 후 그대로 폐기하였다.

 ② 원고가 이 사건 불량품을 수입하여 이를 폐기한 것은 원고의 이익이 아닌 특수관계인인 연aaaaa의 이익을 위하여 이루어진 것이라고 보인다. 앞서 본 것처럼 유상사급 방식을 취하는 TCXO 거래에서, 연aaaaa은 수익성이 없는 이 사건 불량품을 원고에게 정상품으로 매각하고 그에 따른 대금을 수령하였다(이에 따라 재고 위험을 부담하지 않는 결과가 되었다). 또한 원고와 연aaaaa은 무상사급(내료가공)이 아닌 유상사급(진료가공) 방식으로 거래하는 경우 중국 과세관청으로부터 관세 및 증치세를 환급받을 수 있다는 것을 고려하여 TCXO 등에 관하여 유상사급 방식을 선택한 것으로 보이는데(을 제17호증 참고), 이에 따르면 원고가 이 사건 불량품을 수입하는 경우 연aaaaa으로는 그에 대응하는 증치세도 환급받을 수 있었다. 나아가 중국의 수책(통관)관리 규정상 불량률이 일정 수준 이상인 경우 연aaaaa이 증치세 면세 등의 혜택을 받을 수 없어 TCXO 불량률을 줄이기 위하여 원고가 연aaaaa으로부터 이 사건 불량품을 수입한 흔적도 발견된다.

 ③ 이에 대하여 원고는 연aaaaa이 증치세 등을 환급받는 경우 연aaaaa의 생산단가를 낮추고 결국 전체 매입단가의 절감으로 귀결되므로 원고에게도 이익이 된다고 주장한다. 그러나 연aaaaa이 이 사건 거래로 인하여 증치세 등을 환급받아 상품의 생산단가 및 매입단가가 낮아진다고 하더라도 이 사건 불량품을 정상품으로 매입하는 원고에게 결과적으로 이익을 가져온다고 단정하기 어렵고, 나아가 원고와 연aaaaa은 독립된 별개 법인으로서 연aaaaa의 손익과 원고의 손익은 분리하여 판단될 필요가 있으므로, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

 4) 소결론

 결국 이 사건 불량품을 수입한 후 폐기한 이 사건 거래로 발생한 비용은 손금에 산입하여서는 아니 된다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

 마. 이 사건 재고자산감모손실의 손금산입 여부

 1) 관련 법리

 가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제42조 제3항은 재고자산으로서 파손, 부패 등의 사유로 정상가격으로 판매할 수 없는 것(제1호)은 대통령령으로 정하는 방법에 따라 감액할 수 있도록 규정하고 있고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2019. 2 . 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제78조 제3항 제1호는 재고자산의 감액사유가 발생한 사업연도에 그 사업연도 종료일 현재 처분 가능한 시가로 평가한 가액으로 감액하고, 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상할 수 있다고 규정하고 있다. 또한 법인세법 기본통칙 42-78···3은 풍수해, 기타 관리상의 부주의 등으로 품질이 저하된 제품 등을 등급전환 또는 폐기처분하는 경우에는 그 사실이 객관적으로 입증될 수 있는 증거를 갖추어 처리하여야 한다고 규정하고 있다.

 나) 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결, 대법원 1992. 11. 13. 선고 92누1438 판결 등 참조).

 2) 판단

 앞서 본 사실과 증거, 을 제20 내지 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 재고자산감모손실을 손금불산입 대상이라고 본 피고의 판단이 위법하다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

 ① 법인세법은 자산의 평가에 있어서 원칙적으로 취득원가주의를 채택함으로써 미실현이익인 자산의 평가차익을 익금에 산입하지 아니하고, 자산의 평가차손에 대하여도 손금산입을 허용하지 아니하고 있으며(이는 미실현손익을 과세하기 위하여는 과세기간말 현재의 자산의 시장가치를 평가하여야 하는데, 과세대상에 해당하는 모든 자산을 통일적으로 평가한다는 것은 실무상 거의 불가능하여 자의적인 과세소득의 조작수단으로 악용될 소지가 있기 때문이다), 다만 예외적으로 재고자산으로서 파손‧부패 등의 사유로 인하여 정상가격으로 판매할 수 없는 것에 대하여는 그 장부가액을 사업연도종료일 현재 처분가능한 시가로 평가한 가액으로 감액하고 그 감액한 금액을 당해 사업연도의 손금으로 계상하는 방법으로 손금산입할 수 있도록 하고 있다(구 법인세법 제42조 제3항 제1호, 구 법인세법 시행령 제78조 제3항 제1호). 이와 같이 예외적으로 재고자산의 감모손실을 손금산입할 수 있도록 하는 법인세법 관련 규정의 체계와 취지에 비추어 볼 때, 재고자산감모손실의 경우 감모사실이 객관적으로 인정되는 경우에 장부상 감모손실로 계상한 금액을 손금할 수 있다고 볼 것이다(대법원 2007. 9. 21. 자 2007두12729 심리불속행 판결, 서울고등법원 2007. 5. 18. 선고 2006누22493 판결의 취지 참조).

 ② 원고의 직원들은 재고자산을 폐기하기 위해서 재고자산 폐기에 관한 품의서를 작성하고 최종적으로 대표이사의 결재를 받아야 하였다. 이와 같이 원고는 재고자산의 폐기에 대하여 증빙 보관, 대표이사의 결재 등 엄격한 절차를 마련하고 있었음에도, 이 사건 재고자산감모손실에 관하여는 객관적인 증빙서류를 갖추어 놓지 않았다

[아래 ⑤항에서 보는 바와 같이 원고가 이 사건 조사 당시 제출하지 못하였다고 주장하면서 이 사건에서 제출한 증빙서류들(갑 제44 내지 50호증)만으로는 해당 부분에 대한 감모사실이 객관적으로 인정된다고 보기 어렵다]. 이에 대하여 원고는 재고자산 폐기손실의 경우에는 증빙 보관, 대표이사의 결재 등의 절차를 거쳐야 하나, 재고자산이 자연적인 마모, 망실되는 감모손실의 경우에는 그 성격상 구체적인 증빙이 존재하기 어렵다고 주장한다. 그러나 자연적인 마모, 망실되는 감모손실의 경우에도 그 마모, 망실의 시기나 사유, 근거 등을 특정할 수 있는 증빙자료를 갖출 수 없다고 단정하기 어렵고, 원고는 매월 재고자산 명세를 확인하기도 하였으므로(을 제10호증), 재고자산의 자연적인 마모, 망실을 적시에 인식하고 이에 관한 증빙을 남길 수도 있었을 것으로 보인다. 이 사건 재고자산감모손실은 약 22억 원에 이르고, 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)을 보면, 단일 품목 기준 4억 원을 상회하는 폐기 내역이 존재하며, 단일 품목 기준 수천만 원을 상회하는 폐기 내역도 수십여 건 확인되는데, 그 금액이 적다고 보기 어려움에도 원고는 이에 대하여 객관적으로 인정할 만한 증빙자료를 갖추지 아니하였고, 이에 대한 손실 내지 손해를 전보하거나 회수 또는 방지 대책을 마련하는 조치를 취하였다고 볼 만한 사정도 보이지 아니한다[해외법인 임가공부문은 임가공을 위한 원재료 및 제품 보관기능을 수행하는 점(이 사건 통합기업보고서 참조), 원고와 연aaaaa 사이의 임가공계약서 제3, 4, 10조 등에 비추어 보면, 원고는 해외법인에서 재고자산 감모가 발생한 경우 이에 대하여 적절한 조치를 취할 수도 있었다고 보인다].

나아가 이 사건 재고자산감모손실은 그 재고자산의 품목과 단가가 다양한데, 원고는 자연적으로 마모나 망실이 이루어진 것이라고 주장하면서도, 유형 또는 품목별 자연 마모나 망실이 이루어지는 비율이나 근거는 구체적으로 밝히고 있지 않다.

 ③ 원고의 대표이사인 김pp도 2019. 5. 8. ⁠‘2014년부터 2017년까지 이 사건 재고자산감모손실의 수액에 상응하는 제품과 상품을 증빙 없이 폐기하였다’는 취지의 확인서를 작성하였다. 이에 대하여 원고는 위 확인서는 재고자산이 폐기된 것에 관한 것이고 재고자산이 망실된 것에 관한 확인서는 아니라는 취지로 주장하나, 김종구는 재고자산의 액수를 특정하여 증빙 없는 폐기가 있었다는 취지에서 위 확인서를 작성하였고 해당 금액이 증빙 없이 손금으로 산입되었다는 알고 있었다고 보이므로, 위 확인서가 재고자산의 폐기가 아닌 망실 등 감모를 내용으로 작성된 것으로 보기는 어렵다.

 ④ 이 사건 불량품 중 2014년에 원고가 연aaaaa으로부터 수입한 불량품 중에는 TCXO 불량품뿐만 아니라 X-TAL 불량품도 포함되어 있었다고 보이는데, 위와 같이 X-TAL 불량품을 TCXO 정상품으로 수입하여 폐기하는 행위로 인하여 원고가 연aaaaa과 무상사급으로 거래하는 X-TAL 재고에 부족이 발생하였다고 추단된다. 여기에 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)에도 2014년에 약 5억 원 이상에 이르는 증빙 없는 X-TAL 폐기 내역이 기재되어 있는 점 등을 더하여 보면, 이 사건 재고자산감모손실에는 원고가 X-TAL 불량품을 TCXO 정상품으로 수입하여 폐기하는 과정에서 발생한 X-TAL 재고부족도 감모손실로 반영되었다고 판단된다. ⑤ 원고는, 이 사건 재고자산감모손실 중 2014 사업연도분에 관하여 이 사건 조사 대응과정에서 제출하지 못한 증빙서류가 있다고 주장하면서 갑 제44호증 내지 제50호증(다만 갑 제50호증은 갑 제44호증 내지 갑 제49호증을 정리한 내용이다)을 추가로 제출하였다. 그러나 아래와 같은 이유로 이 사건에서 원고가 제출한 위 증빙서류들만으로는 해당 부분의 감모사실이 객관적으로 인정된다고 보기 어렵다.

 ㉮ 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)은 2014 사업연도 법인세에 관하여 원고가 손금으로 산입하였던 재고자산 감모내역 중 원고가 제공한 자료를 기초로 그 증빙이 없는 재고자산 내역을 정리한 것이고, 원고의 대표이사인 김pp는 이 사건 재고자산감모손실의 수액에 상응하는 제품과 상품을 증빙 없이 폐기하였다는 취지의 확인서를 작성하기도 하였다.

 ㉯ 2014 사업연도의 X-TAL 5,000,000개에 관한 폐기품의(갑 제44호증의1) 및 그에 첨부된 자료들(갑 제44호증의2, 3, 4)은 연aaaaa X-TAL 불량완제품을 원고에서 폐기하여 스크랩비용으로 회수하는 것을 품의한다는 내용인데, 위 폐기품의서를 보면 회수 내역의 ⁠‘제품군’에는 ⁠‘수정진동자(TCXO)’가, 사유에는 ⁠‘수정진동자는 불량률이 20% 수준으로 매달 수책차이가 대량발생하고 있어 수책조정을 위하여 불량제품을 본사로 출하된 것임’이 기재되어 있는 점 등에 비추어 볼 때, 앞서 본 것처럼 원고가 연aaaaa으로부터 X-TAL 불량품을 TCXO 정상품인 것처럼 수입하여 폐기하는 과정에서 당초 제공받을 X-TAL의 재고에 부족이 발생하였고 이를 해결하기 위하여 부족한 X-TAL을 폐기한 것처럼 증빙을 만든 것에 불과하다고 보인다. 나아가 폐기 사진(갑 제44호증의4)의 영상에 의하면 합계 450만 개의 재고가 확인될 뿐 원고가 제출한 폐기품의(갑 제44호증의1) 내역과 일치하지 아니한다.

 ㉰ 2014년 상반기 폐기품의(갑 제45호증의1) 및 그에 첨부된 자료들(갑 제45호증의 2, 3, 4)에 관하여 본다. 위 폐기품의에 첨부된 재고실사(갑 제45호증의4)에 기재된 각 항목의 품명, 수량, 금액 등은 이 사건 조사 당시 증빙 없이 폐기된 것으로 확인된 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)에 기재된 각 항목의 품목, 수량, 금액과 대부분 일치하지 않을 뿐만 아니라[재고실사(갑 제45호증의4)에 기재된 것 중 1개의 항목(품목코드 AIGTB9062PB, 품목명 LDS-INTENNA:-GTB9062:, 수량 14,700, 금액 7,350,000원)만이 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)에 기재된 동일한 품목의 수량, 금액과 일치한다고 보인다], 위 폐기품의에 첨부된 사진(갑 제45호증의2)을 보더라도, 폐기된 항목과 그 품목, 수량, 금액이 동일한지 여부를 확인할 수 없다.

 ㉱ 2014년 하반기 폐기품의(갑 제46호증의1) 및 그에 첨부된 자료들(갑 제46호증의 2, 3, 4)에 관하여 본다. 위 폐기품의에 첨부된 목록8)에 기재된 각 항목의 품명, 수량, 금액 등 역시 이 사건 조사 당시 증빙 없이 폐기된 것으로 확인된 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)에 기재된 각 항목의 품목, 수량, 금액과 대부분 일치하지 않을 뿐만 아니라[위 목록에 기재된 것 중 2개의 항목(품목명 ANAA902TBPA, 수량 456, 금액 228,000원, 품목명 ACS2450HBACU92, 수량 10,000, 금액 470,000원)만이 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)에 기재된 동일한 품목의 수량, 금액과 일치한다고 보인다], 위 폐기품의에 첨부된 사진은 5장에 불과하고, 폐기대상이 되는 품목, 수량 등 구체적인 내용을 확인할 수 없다. 나아가 위 폐기품의에는 ⁠‘물류창고에 그동안 ERP에 재고가 없는 제품에 대하여 폐기처분하였다’는 내용이 기재되어 있는바, 이미 전산상으로는 존재하지 않는 재고를 폐기한 것으로 보이므로 새로이 손금으로 인정되어야 할 성질의 것이라고 보기도 어렵다.

 ㉲ 안테나 LDS공정 불량품 폐기의 건(일반품의-2015-00619, 갑 제48호증)에 관하여 보면, 위 문서에 포함된 불량품수량급상수통계(갑 제48호증 3면)상 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)과 품목, 수량 등이 일치하는 항목이 없고, 구체적인 폐기 품목, 수량 등을 확인할 수 있는 사진도 없다. 또한 LDS 불량품 파쇄 및 폐기건(일반품의-2015-00267, 갑 제49호증)에 관하여 보면, 품의서상 구체적인 품목, 수량, 금액을 확인할 수 있는 기재가 없을 뿐만 아니라, 첨부된 사진을 보더라도 대상 재고자산의 구체적인 내역을 파악할 수 없다.

 ㉳ 원고가 제출한 증빙자료들(갑 제44호증 내지 50호증)은 앞서 본 것처럼 비정상적인 거래에 의한 것으로 보이거나, 망실 등에 따른 감모내역(갑 제26호증)과 비교하여 폐기대상 품목, 수량, 금액이 객관적으로 확인되지 않는 자료들에 해당하고, 원고의 대표이사가 작성한 확인서(을 제8호증)와도 일치하지 않는다. 원고는 위 증빙자료들을 이 사건 조사에서 미처 제출하지 못하였다고 주장하나, 갑 제44호증 등 일부 자료는 이미 이 사건 조사 당시 제출되어 검토된 것으로 보이고(을 제21, 22호증 참고), 원고가 이 사건 조사 당시 제출하지 못하였다가 이 사건에 이르러서야 제출하게 된 합리적인 사정을 발견하기도 어렵다. ㉴ 한편 원고는 이 사건 조사 당시 재고자산을 폐기하였다고 주장하며 특정 제품에 대한 품의서와 그에 첨부된 사진을 첨부하여 제출하였다가, 위 품의서에 첨부된 사진이 다른 제품의 사진으로 밝혀져 조사관으로부터 이를 지적당하기도 하였다.

 ⑥ 이 사건 재고자산감모손실은 2014 사업연도 1,742,542,537원, 2015 사업연도 413,157,040원, 2016 사업연도 235,317,763원, 2017 사업연도 △ 169,245,314원이고, 매출원가 대비 감모율은 2014년 0.29%, 2015년 0.06%, 2016년 0.03%, 2017년 – 0.02%임은 앞서 본 것과 같다. 또한 이 사건 재고자산감모손실은 그 재고자산의 품목과 단가가 다양하다. 원고는 이 사건 재고자산 감모손실이 자연적인 마모, 망실에 의한 것이라고 주장하고 있으나, 이 사건 재고자산 감모손실과 매출원가 대비 감모율은 연도별로 일관성이 없고 편차가 큰 점, 이 사건 재고자산감모손실은 다양한 품목과 단가의 재고자산에 관한 것임에도 원고는 일률적으로 자연 마모 또는 망실된 것이라고만 주장하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고의 주장과 같이 이 사건 재고자산감모손실이 자연적인 마모나 망실에 의한 것인지 의문이 들고, 사회통념상 정상적인 수준에서 발생한 감모손실이라고 단정하기도 어렵다. 한편 원고는 2014년의 재고자산감모손실과 매출원가 대비 감모율이 다른 해에 비해 높은 것은 2014년 당시 원고가 일부 폐기손실에 대한 증빙자료(갑 제44 내지 50호증)을 제출하지 못하였기 때문이고 2014년의 재고자산감모손실에서 위 증빙으로 확인되는 폐기 내역을 제외하면 2014년의 매출원가 대비 감모율은 0.013%로 정상적인 감모손실 범위 내라는 취지로도 주장하나, 앞서 본 것처럼 원고가 제출한 위 증빙자료들만으로는 추가적인 감모사실이 객관적으로 인정된다고 보기 어려우므로, 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

 ⑦ 조사청은 이 사건 조사 과정에서 원고의 재고자산 폐기 내역과 증빙 내역을 확인하고, 추가로 증빙이 확인되는 재고자산 가액 169,245,314원은 손금으로 추가 산입해주기도 하였다.

 ⑧ 원고는 이 사건 재고자산감모손실이 회계법인의 재고실사를 근거로 산정된 비용이므로 손금으로 산입되어야 한다는 취지로도 주장하나, 그와 같은 사실만으로 이 사건 재고자산감모손실에 포함된 재고자산의 구체적인 감모 시기나 근거, 사유 등에 대하여 명확한 증빙이 이루어졌다고 보기는 어렵다.

 바. 이 사건 거래로 인한 매입세액 공제 여부

 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이러한 구조하에서 구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항 제1호는 ⁠‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용될’ 재화 또는 용역의 공급이나 수입에 대한 세액에 해당하는 이상 그 전부를 공제하도록 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 제39조 제1항 제4호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는 ⁠‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제38조 제1항 제1호, 제39조 제1항 제4호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 7. 26. 선고 2010두12552 판결 등 참조).

 앞서 본 사실과 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 이 사건 거래는 그 형식과 실질이 유상사급에 해당하여 원고가 이 사건 불량품에 대한 재고 위험을 부담한다고 보기 어렵고, 원고에게 이 사건 불량품에 관한 재매입의무가 있었다고 보이지도 아니하는 점, ② 이 사건 불량품은 무수익 자산에 해당하고 원고의 사업이나 이익에 직접적으로 도움이 된다고 보기 어려우며 실제로 원고는 이 사건 불량품을 수입하여 그대로 폐기하였던 점, ③ 이 사건 거래는 원고의 이익을 위하여 이루어졌다기 보다는 국외특수관계인에 해당하는 연태파트론의 이익을 위하여 이루어졌다고 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 거래는 원고의 사업과 직접 관련이 없는 지출에 해당하여 매입세액 불공제 대상이라고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

 3. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 수원지방법원 2024. 01. 25. 선고 수원지방법원 2022구합68511 판결 | 국세법령정보시스템