요지

원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 위탁개발비가 조특법 에서 정한 요건을 충족하여 세액공제 대상이 되는 연구·인력개발비에 해당한다고 보기 어려움

판결내용

이 사건 위탁용역은 공동주택, 도시형 생활주택 등의 설계도면 작성 및 인·허가 관련 행정업무로서, 이미 존재하는 설계방식을 다소 변용하거나 제반 사정에 부합하는 범위 내에서 사업성 등을 도모하기 위해 변형한 사정만으로 이 사건 위탁개발비가 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 것이라고 볼 수 없음
만일 이와 달리 본다면, 공동주택 등의 경우 사업대상지의 위치, 입지조건 등에 따라 그 설계도면에 차이가 있을 수 밖에 없으므로, 설계용역에 지출된 비용 대부분 세액공제 대상에 해당되는 결과가 되는 바, 이는 고부가가치 산업의 발달 및 경쟁력 제고라는 연구·인력개발비 세액공제 규정의 취지에 부합하지 않음

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지 

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주택건설업 및 부동산개발업 등을 영위하고 있는 법인이다.

나. 원고는 2015 내지 2020 사업연도의 기간 동안 지출한 건축설계 위탁개발비 합계****원(이하 ⁠‘이 사건 위탁개발비’이라 한다)이 조세특례제한법에서 세액공제 대상으로 정한 연구․인력개발비에 해당한다는 이유로 아래 ⁠[표] 기재와 같이 2015사업연도부터 2020 사업연도까지의 법인세 합계 6,383,663,651원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.

    [표] 경정청구 내역 참조

다. 피고는 2021. 7. 9. 및 2021. 12. 28.에 이 사건 위탁개발비가 세액공제 대상인 연구․인력개발비에 해당하지 않는다고 보아 별지 1 기재와 같이 경정청구를 모두 거부하는 처분(이하 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 2021. 10. 5. 및 2022. 3. 29. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2022. 10. 18. 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호가 있는 경우 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

  구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16385호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법’이라 한다) 제10조 제1항에서는 법인세액 공제 대상인 연구․인력개발비의 범위를 대통령령에 위임하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘구 조특법 시행령’이라 한다) 제8조 제1항 관련 ⁠[별표 6]에서는 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 중 하나로 ⁠‘고유디자인의 개발을 위한 비용’을 명시하고 있다. 이는 국내 상품 등의 해외경쟁력 제고 등을 위하여 연구․인력개발비 세액공제의 범위에 디자인의 개발에 소요된 비용을 포함시킨 것으로서, 관계 법령의 입법형식, 연혁, 취지를 고려할 때 해당 비용이 연구․인력개발비로서 세액공제 대상에 해당하기 위해서는 구 조특법 시행령 제8조 제1항 관련 ⁠[별표6]에서 열거한 항목에 해당하면 충분하고, 구 조특법 제9조 제5항의 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이라는 요건까지 충족해야 할 필요는 없다.

  또한 구 조세특례제한법(2021. 1. 5. 법률 제17883호로 개정되기 전의 것, 이하‘개정 조특법’이라 한다) 제10조 제1항, 구 조세특례제한법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31444호로 개정되기 전의 것, 이하 ⁠‘개정 조특법 시행령’이라 한다) 제9조 제1항 관련 ⁠[별표 6] 제1호 ⁠(나)목의 1) 차)에서는, ⁠‘산업디자인진흥법 제4조 제2항 각호에 해당하는 기관에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용을 연구․인력개발비 세액공제 대상으로 규정하고 있으므로, 2020 사업연도부터 위와 같은 비용을 지출하였다면 연구․인력개발비로서 세액공제 대상에 해당하고 구 조특법 제9조 제5항의 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이라는 요건까지 충족해야 할 필요는 없다.

  원고는 2015 사업연도부터 2020 사업연도 사이에 다수의 부동산 개발사업을 진행하는 과정에서 건축사무소 및 디자인 전문회사에게 건축디자인 개발을 위탁하여 이 사건 위탁개발비를 지출하였고, 그로 인하여 사업 대상지의 위치, 입지조건, 관련 도시계획현황, 관련 계획 및 법규에 따른 제한 등 제반 사정에 부합하면서 원고의 개발 컨셉을 가장 잘 구현하는 디자인을 개발할 수 있었다. 따라서 이 사건 위탁개발비 중 2015 사업연도부터 2018 사업연도까지 지출된 부분은 구 조특법 제10조 제1항, 구 조특법 시행령 제8조 제1항 관련 ⁠[별표 6] 제1호 ⁠(사)목에 따라, 2019 사업연도에 지출된 부분은 구 조특법 제10조 제1항, 구 조특법 시행령 ⁠[별표 6의 3] 제1호 ⁠(바)목에 따라, 2020 사업연도에 지출된 부분은 개정 조특법 제10조 제1항, 개정 조특법 시행령 제9조 제1항 ⁠[별표 6] 제1호 ⁠(나)목 1) 차)에 따라 세액공제 대상인 연구․인력개발비에 해당한다. 그럼에도 이와 다른 전제에서 이 사건 경정청구를 거부한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령

  별지 2 기재와 같다

다. 판단

1) 관련 규정 및 법리

가) 구 조특법 제9조 제1항(2015 ~ 2019 사업연도에서 문제되는 조세특례제한법 제9조 제5항, 제10조 제1항, 같은 법 시행령 제8조 제1항이 수차례 개정되었으나 이 사건과 관련된 실질적인 내용은 변경되지 않았으므로, 이하에서는 위 조항에 따른다.)은 ⁠‘내국인이 연구․인력개발에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구․인력개발준비금을 적립한 경우 일정한 범위 내에서 해당 금액을 손금에 산입한다’고 규정하고, 같은 조 제2항에서 ⁠‘손금에 산입한 연구․인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다’고 규정하면서, 그 제1호에서 ⁠‘연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용’(이하 ⁠‘연구․인력개발비’라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금의 익금 산입에 대하여 규정하고 있으며, 같은 조 제5항은‘제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다’고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 조특법 시행령 제8조 제1항은‘연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용이란 구 조특법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 ⁠[별표 6]을 말한다’고 규정하고 있으며, ⁠[별표 6]의 제1호 ⁠(사)목에서 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 중 하나로 ⁠‘고유디자인의 개발을 위한 비용’을 들고 있고, 반면 구 조특법 시행령 제8조 제2항은 연구개발에 포함되지 않는 활동으로 ⁠‘① 일반적인 관리 및 지원활동, ② 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험, ③ 반복적인 정보수집 활동, ④ 경영이나 사업의 효율성을 조사․분석하는 활동, ⑤ 특허권의 신청․보호 등 법률 및 행정 업무, ⑥ 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사․탐사하는 활동, ⑦ 위탁받아 수행하는 연구활동’을 들고 있다. 그리고 구 조세특례제한법 제10조 제1항은 ⁠‘내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하면서, 그 각 호에서 세액공제액의 계산방법에 대하여 규정하고 있다.

나) 개정 조특법 제10조 제1항 역시 ⁠‘내국인이 각 과세연도에 연구개발 및 인력개발에 지출한 금액 중 대통령령으로 정하는 비용이 있는 경우 이를 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다’고 규정하면서 연구․인력개발비의 범위를 대통령령에 위임하고 있고, 그에 따라 개정 조특법 시행령 제9조 제1항은 ⁠“법 제10조 제1항 각 호 외의 부분 전단에서 ⁠‘대통령령이 정하는 비용’이란 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.”고 규정하고 있으며, ⁠[별표 6] 제1호 ⁠(나)목 1) 차)에서 연구․인력개발비 세액공제를 적용받는 비용 중 하나로 ’산업디자인진흥법 제4조 제2항 각 호에 해당하는 기관‘에 과학기술 및 산업디자인 분야의 연구개발용역을 위탁함에 따른 비용을 들고 있다.

다) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

  앞서 든 증거들과 갑 제5, 10, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 위탁개발비가 구 조특법 제10조 제1항 및 개정 조특법 제10조 제1항에서 정한 요건을 충족하여 세액공제 대상이 되는 연구․인력개발비에 해당한다고 보기 어려우므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

가) 이 사건 위탁개발비는 원고의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생한 비용으로서 법인세법상 손금에 해당하므로, 원고는 일단 이 사건 위탁개발비를 손금에 산입하여 세액감소 효과를 누릴 수 있다. 그런데 세액공제란 그러한 통상의 손금 산입에서 더 나아가 해당 비용 중 일정 비율을 세액에서 직접 공제하여 주는 것으로서, 어떠한 영업활동에 대하여 세액공제라는 적극적인 조세감면 혜택을 부여할지 여부는 정책적․합목적적으로 결정되어야 할 문제이다. 구 조특법 제10조 제1항이 연구․인력개발비에 대한 세액공제를 인정하는 취지는, 연구개발의 속성상 그 비용이 기업의 수익발생과 곧바로 이어지지 않는 경우가 많고, 적지 않은 시행착오나 실패의 위험이 따른다는 측면에서, 연구개발에 투자하는 기업이 감내해야 하는 비효율 내지 위험에 대하여 세액 감면이라는 안전장치 내지 보상책을 마련함으로써 연구개발에 대한 기업의 투자를 독려하고 국민경제의 건전한 발전에 이바지하기 위한 것이다(대법원 2014. 3. 13.선고 2013두22147 판결 참조).

  구 조특법 제9조 제2항 제1호는 연구․인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용을 연구․인력개발비로 인정한다고 규정하고 같은 조 제5항은 ⁠‘연구개발’이란 ⁠‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’을 의미한다고 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 제정된 구 조특법 시행령 제8조 제1항 역시 세액공제를 적용받는 연구․인력개발비가 구 조특법 제9조 제5항의 요건을 충족하여야 함을 명시하고 있고, 개정 조특법 제2조 제1항 제11호, 제10조 제1항 및 개정 조특법 시행령 제9조 제1항 역시 마찬가지이다. 따라서 이 사건 위탁개발비가 세액공제 대상인 연구개발비에 해당하기 위해서는 ’과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동‘을 위한 비용에 해당한다는 요건 역시 충족하여야 한다. 그와 달리 시행령에서 열거한 비용에 해당하면 구 조특법 제9조 제5항의 요건을 일응 충족한 것으로 보아야 한다는 원고의 주장은 관계 법령의 문언과 취지에 반하는 것으로 받아들이기 어렵다.

나) 원고가 건축사무소 및 디자인 전문회사에게 위탁한 용역은 공동주택, 도시형생활주택 등의 설계도면 작성 및 인허가 관련 행정 업무이다. 공동주택 등의 건축물은 건축관계 법령에 따라 건축조건이 이미 결정되어 있는 부분이 많고 각 세대전용면적은 법령상 인정되는 세제상 혜택이나 그 당시 유행하는 선호 평형이 있어 건축이 가능한 각 세대별 전용면적의 선택에서는 제약이 따를 수밖에 없어 그 결과 설계에 있어서 서로 유사점이 많고 일부 차이가 있다 하더라도 이미 존재하는 설계방식을 다소 변용한 것이거나 사업 대상지의 위치, 입지조건, 관련 도시계획현황, 관련 계획 및 법규에 따른 제한 등 제반 사정에 부합하는 범위 내에서 사업성 등을 도모하기 위한 상업적․기능적 변형에 불과하여 그러한 사정만으로 이 사건 위탁개발비가 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 것이라고 볼 수 없다. 만일 이와 달리 본다면, 공동주택 등의 경우 사업대상지의 위치, 입지조건 등에 따라 그 설계도면에 차이가 있을 수밖에 없으므로, 설계용역에 지출된 비용이 대부분 세액공제 대상에 해당하게 되는 결과가 되는바, 이는 고부가가치 산업의 발달 및 경쟁력 제고라는 연구․인력개발비 세액공제 규정의 취지와 부합하지 않는다.

다) 일례로 이 사건 위탁개발비 중 원고가 고양삼송지구△△ 업무시설 신축공사와 관련하여 주식회사 BB종합건축사사무소(이하 ’BB‘이라 한다)에 위탁한 부분을 살펴보면, 원고와 BB 사이에 작성된 설계용역계약서(갑 제10호증의 8)에는 용역의 범위가 ’건축법 및 관련 법령에서 정하는 기준에 의하여 건축물의 건축을 위한 설계도서를 작성하는 업무와 인허가 및 대관행정업무‘로 기재되어 있고(제3조), 설계도서의 기술상 또는 제반법규의 하자로 인하여 발생하는 문제를 BB의 책임과 비용으로 해결하여야 하는 ’설계하자‘로 되어 있으며(제8조), BB은 위 계약과 관련하여 작성한 모든 설계도서 및 자료의 저작권을 가지게 된다(제12조 제1항). 위 용역계약은 건축법 및 관련 법령에서 정하는 기준에 따라 설계도면을 작성․제공할 것을 내용으로 하는 것으로 통상적인 설계용역을 위탁한 것으로 보일 뿐 건축디자인의 개발 자체를 위탁하거나 이를 목적으로 하는 내용의 계약으로 보이지 않고, 납품되는 설계도면의 기술상 또는 제반법규의 하자 외에 ’과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 고유디자인의 개발‘까지 계약의 내용으로 포섭한 것으로 보이지 않는다.

라) 실제 원고의 설계용역 위탁에 따라 BB이 작성한 고양삼송지구△△ 업무시설 신축공사 건축도면(갑 제11호증의 3)과 주식회사 종합건축사무소CC이 작성한 화성시 동탄○○ 공동주택 개발사업 건축도면(갑 제11호증의 4)을 비교해 보더라도, 실제 건물 평면과 건물 내 주거시설의 설계가 유사한 형태로 구획․배치되어 있음이 확인될 뿐 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 고유디자인의 개발이라고 볼 만한 설계상의 차이가 있다고 보이지 않는다.

마) 또한 앞서 살펴본 바와 같이 원고가 건축사무소 및 디자인 전문회사에 위탁한 용역에는 설계도면 작성 외의 업무도 포함되어 있으므로, 이 사건 위탁개발비 전체가 연구․인력개발비로서 세액공제 대상이라고 볼 수도 없다. 원고와 BB 사이에 작성한 위 설계용역계약서를 보더라도 용역업무의 범위에 시방서, 물량산출서, 내역서 작성, 계산서(굴토, 흙막이 및 차배수 설계, 건축․토목 구조, 기계설비, 전기설비, 소방, 에너지, 정화조 계산서) 작성 업무, 지구단위계획변경 및 교통영향평가 업무지원, 지질조사 용역업무 및 흙막이 설계 보고서(지질조사보고서, 현황측량 업무 포함), 각종 인증관련 업무지원, 구조안전심의 업무 등 건축디자인과 무관한 내용이 상당 부분 포함되어 있어, 이 사건 위탁개발비 전부가 실질적으로 의미 있는 과학적․기술적 진전을 이루기 위한 활동과 직접 관련되었다고 보기 어렵고, 달리 해당 비용을 가려낼 만한 마땅한 방법도 없다.

  한편 원고는 이 사건 위탁개발비에 연구․인력개발비에 해당하는 비용이 포함되어 있더라도 피고에게 정당한 과세표준 및 세액을 조사․확인할 의무가 있으므로 피고가 이 사건 경정청구 전부를 거부한 것은 위법하다고 주장한다. 그러나 이 사건 연구․인력개발비 세액공제의 경우 과세소득 자체에 부수되는 것이 아닐 뿐만 아니라 법인세 과세가액 결정에 예외적으로 영향을 미치는 특별한 사유에 속하므로 그 존재사실, 즉 이 사건 위탁개발비가 세액공제 대상이 되는 연구․인력개발비에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 납세의무자인 원고에 있으므로, 원고 주장과 같이 이 사건 위탁개발비에 연구․인력개발비에 해당하는 비용이 일부 혼재되어 있다면 이 사건 위탁개발비 중에서 세액공제 대상에 해당하는 비용의 존재 및 범위는 원고가 주장․증명해야 할 것이다. 원고가 위 주장의 근거로 들고 있는 서울고등법원 2019. 8. 21. 선고 2018누37498 판결은 과세요건의 증명책임에 관한 것으로, 비과세․감면․공제 요건에 관한 이 사건에 원용하기 적절하지 않다.

3. 결론

 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

출처 : 서울행정법원 2024. 03. 21. 선고 서울행정법원 2023구합51557 판결 | 국세법령정보시스템