요지

기획재정부 유권해석은 다주택자에 대한 양도소득세 비과세 적용 요건을 강화하는 방향으로 개정한 취지에 합당한 해석이며, 새로운 세법해석이 종전의 해석과 상이한 경우 새로운 해석이 있는 날 이후에 납세의무가 성립하는 분부터 새로운 해석을 적용하므로 납세의무 성립 전에 변경된 새로운 해석을 따르는 것은 신뢰보호 원칙에 위배되지 아니함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

사 건 2023구합22710 양도소득세경정거부처분취소

원 고 AA

피 고 ○○세무서장

변 론 종 결 2023. 11. 9.

판 결 선 고 2024. 1. 18.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 5. 2., 원고 AA에 대하여 한 31,359,520원(가산세 포함)의 2021년도 귀속 양도소득세 부과처분과 원고 CCC에 대하여 한 33,399,140원(가산세 포함)의2021년도 귀속 양도소득세 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

 1. 처분의 경위

  가. 원고들은 같은 주소에서 생계를 같이 하는 부부로 소득세법상 1세대를 구성한다.

  나. 원고 AA은 2015. 12. 7. ○○ ○○구 ○○동 ○○-○○ ○○○○타운 ○○동 ○○호 아파트(이하 ⁠‘이 사건 ㉠주택’이라고 한다)에 관하여 2015. 10. 17.자매매(거래가액: 345,000,000원)를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 후 이를 보유하다가 2021. 1. 13. 이를 처분하면서 이에 관하여 매수인 BBB 앞으로 2020. 10. 27.자 매매(거래가액 367,000,000원)를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이후 원고 AA은 2021. 1.경 피고에게 위 양도차익에 관한 양도소득세 595,228원을 신고납부하였다.

다. 원고 AA은 2017. 4. 20. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○○○차 ○○동 ○○호 아파트(이하 ⁠‘이 사건 ㉡주택’이라고 한다)에 관하여 2014. 10. 14.자매매(거래가액: 298,500,000원)를 원인으로 한 소유권이전등기를 마친 후 이를 보유해오다가 2019. 4. 26. 원고 CCC에게 그중 1/2 지분을 증여하면서 그 1/2 지분에 관하여 원고 CCC 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다. 이후 원고들은 2021. 11. 26. 이 사건 ㉡주택을 처분하면서 이에 관하여 매수인 DDD 앞으로 2021. 8. 31.자 매매(거래가액 635,000,000원)를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마쳐주었다.

라. 원고들은 2019. 4. 19. ○○ ○○구 ○○동 ○○ ○○○○ ○○동 ○○호 아파트(이하 ⁠‘이 사건 ㉢주택’이라고 한다)를 취득하면서 이에 관하여 2017. 1. 17.자 매매를 원인으로 하는 소유권이전등기를 마친 후 현재까지 이를 보유하고 있다.

  마. 원고들의 이 사건 ㉠, ㉡, ㉢주택(이하 ⁠‘이 사건 각 주택’이라고 한다)의 각 취득　처분시기 등을 요약하면 아래와 같다.

바. 원고들은 이 사건 ㉡주택의 양도가 1세대1주택 양도로 간주되는 일시적 1세대2주택 양도로서 소득세법 시행령에 따른 양도소득세 비과세 대상이라고 보고 2021. 12.경 피고에게 이를 비과세로 신고하였다.

사. 그러나 피고는 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기전의 것) 제154조 제5항 단서에 따라 이 사건 ㉡주택의 보유기간을 이 사건 ㉠주택의 양도일(2021. 1. 13.)로부터 기산하면 이 사건 ㉡주택의 처분일(2021. 11. 26.)까지의 기간이 위 시행령 제154조 제1항이 정하는 비과세를 위한 주택 보유기간 요건인 2년에 미치지 못하므로, 이 사건 ㉡주택의 양도가 양도소득세 비과세 대상에 해당하지 않는다고 판단하였다. 이에 따라 피고는 원고들의 이 사건 ㉡주택 취득가액(298,500,000원)과 양도가액(635,000,000원) 사이의 양도차익에 관하여 2022. 5. 2., 원고 AA에 대하여 2021년도 귀속 양도소득세 31,359,520원(가산세 포함), 원고 CCC에 대하여 2021년도 귀속 양도소득세 33,399,140원(가산세 포함)을 각 부과하는 처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

  아. 원고들이 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은2023. 5. 9. 원고들의 심판청구를 모두 기각하는 결정을 하였다(조세심판원 조심 2022부7224).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 15호증, 을 제1, 2, 3호증(가지번호 포함, 이하같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

 2. 처분의 적법 여부

  가. 원고들의 주장

    1) 처분사유의 부존재(법령해석의 오류)이 사건 ㉡주택의 양도는 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항의 특례 규정이 적용되는 일시적 1세대 2주택 양도로서 1세대 1주택의 양도로 간주된다. 이와 같이 1세대 1주택으로 간주되는 일시적 1세대 2주택자가 그 2주택을 2년 이상 보유한 뒤 양도할 경우 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항에 따라 그 양도소득세를 비과세하여야 하는데, 원고들은 이 사건 ㉡주택을 2017. 4. 20.부터 2021. 11. 26.까지 약 4년 7개월 이상 소유하였으므로 이에 해당한다.그런데 피고는 이와 달리 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항 단서 규정에 따라 원고들의 이 사건 ㉡주택 보유기간을 이 사건 ㉠주택의 양도일인 2021. 1. 13.부터 기산하였다. 피고가 적용한 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기전의 것) 제154조 제5항 단서 규정에는 괄호로 ⁠“제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되”라는 부분이 있다. 앞서 본 바와 같이 이 사건 ㉡주택의 양도는 일시적 1세대2주택의 양도로서 구 소득세법시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항이 적용되므로, 위 괄호 부분 규정에 따라 위 단서 규정이 적용이 배제되어야 한다. 따라서 이와 달리 피고가 위 단서 규정을 적용하여 이 사건 ㉡주택의 보유기간을 이 사건 ㉠주택의 양도일인 2021. 1. 13.부터 기산함으로써 원고들이 구 소득세법시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것) 제154조 제1항의 비과세를 위한 보유기간 요건을 충족하지 못했다고 판단한 것은 위법하므로, 이 사건 각 처분은 모두 취소되어야 한다.

    2) 신뢰보호의 원칙 위반

국세청과 기획재정부는 종래 3주택을 보유하던 1세대가 1주택을 양도한 후 남은 주택이 2주택이 된 상태에서 그 2주택을 양도할 경우에도 일시적 2주택 비과세를 위한 주택 보유기간을 당해 주택의 취득일부터 기산하는 유권해석을 내렸다. 그런데 기획재정부는 2021. 11. 2. 갑자기 종래의 유권해석을 폐기하고 주택 보유기간 기산일을 다르게 보는 새로운 유권해석(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2.)을 공표하였다. 피고는 새로운 유권해석에 따라 이 사건 각 처분을 하였으나, 이는 종래의 유권해석에 대한 원고들의 신뢰보호의 이익을 침해하는 것으로서 위법하다.

  나. 관계 법령과 그 개정의 경과

    1) 관계 법령은 별지 기재와 같다.

    2) 1세대1주택 비과세 및 그 보유기간 계산에 관한 소득세법 시행령의 개정

      가) 소득세법은 1세대가 1주택을 보유하는 경우 그 주택의 양도로 발생하는 소득을 과세하지 아니하는 것으로 규정하면서 그 비과세의 구체적인 요건을 대통령령으로 정하도록 규정한다(소득세법 제89조 제1항 제3호 가목). 이에 따라 소득세법 시행령은 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상일 경우 그 주택의 양도로 발생하는 소득을 비과세하는 것으로 규정해오고 있다(소득세법 시행령 제154조 제1항 본문). 즉, 1세대가 1주택의 양도로 발생하는 소득에 대하여 비과세의 혜택을 받기 위해서는 원칙적으로 해당 1주택을 2년 이상보유하여야 한다는 보유기간의 요건을 충족시켜야 한다.

      나) 위 보유기간을 계산하는 방식에 관하여, 종래 구 소득세법 시행령(2019. 2.

 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항은 ⁠“자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다.”라고 규정한 소득세법 제95조 제4항에 의하도록 규정하고 있었다(이하 ⁠‘이 사건 본문 규정’이라고 한다). 구체적인 내용은 아래와 같다.
구 소득세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위)⑤ 제1항의 규정에 의한 보유기간의 계산은 소득세법 제95조 제4항의 규정에 의하고, 동항의 규정에 의한 거주기간은 주민등록표상의 전입일자부터 전출일까지의 기간에 의한다. 소득세법 제95조(양도소득금액과 장기보유 특별공제액)④ 제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다. 다만,제97조의2제1항의 경우에는 증여한 배우자 또는 직계존비속이 해당 자산을 취득한 날부터 기산하고, 같은 조 제4항 제1호에 따른 가업상속공제가 적용된 비율에 해당하는 자산의 경우에는 피상속인이 해당 자산을 취득한 날부터 기산한다.

다) 그런데 구 소득세법 시행령이 2019. 2. 12. 대통령령 제29523호로 개정되면서, 보유기간 계산에 관한 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제154조 제5항에 ⁠“다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.”라는 단서 규정이 신설되었다(이하 ⁠‘이 사건 단서 규정’이라고 하고, 그중 괄호 안의 ⁠“제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되”부분을 ⁠‘이 사건 단서 제외 규정’이라 한다). 그리고 그 부칙(2019. 2. 21. 대통령령 제29523호) 제1조 단서 제3호는 2021. 1. 1.부터 이 사건 단서 규정을 시행하는 것으로, 제2조 제2항은 시행일(2021. 1. 1.) 이후 양도하는 분부터 이 사건 단서 규정을 적용하는 것으로 각 규정하였다. 구체적인 내용은 아래와 같다.

구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것) 제154조(1세대1주택의 범위)⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 소득세법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.부칙(2019. 2. 21. 대통령령 제29523호)제1조(시행일)이 영은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 다음 각 호의 개정 규정은 각 호의 구분에 따른 날부터 시행한다.

  3. 제154조 제5항의 개정규정: 2021년 1월 1일

제2조(일반적 적용례)① 이 영은 이 영 시행일이 속하는 과세기간에 발생하는 소득분부터 적용한다.② 이 영 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 영 시행 이후 양도하는 분부터 적용한다.

라) 이 사건 단서 규정의 신설 취지에 관하여 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12.대통령령 제29523호)의 개정이유문은 ⁠“주택임대사업자에 대한 1세대 1주택 양도소득세 비과세 특례 요건 중 2년 보유기간 요건을 적용할 때 다주택을 보유한 기간은 보유기간에서 제외하고 최종적으로 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하는 것으로 요건을 강화함”이라고 명시하였다.

      마) 이 사건 단서 규정은 위와 같이 신설된 이후 몇 차례 소폭의 개정을 거쳤으나 그 기본적인 내용을 계속 유지한 채로 지속되어 오다가, 소득세법 시행령이 2022. 5. 31. 대통령령 제32645호로 개정되는 과정에서 삭제되었다. 그 삭제의 취지에 관하여구 소득세법 시행령(2022. 5. 31. 대통령령 제32645호)은 ⁠“종전에는 다주택자가 1주택을 제외한 다른 모든 주택을 처분하여 1주택자가 된 경우에는 일반적인 1세대 1주택자의 경우와는 달리 1주택자가 된 날부터 보유기간을 다시 기산하여 양도소득세 비과세요건의 충족 여부를 판단하도록 하였으나, 앞으로는 일반적인 1세대 1주택자의 경우와 마찬가지로 해당 주택의 취득일부터 보유기간을 기산하도록 하여 납세자의 불편을 해소하고 주택 매물이 동결되는 부작용을 방지함.”이라고 명시하였다.

    3) 일시적 1세대2주택 비과세에 관한 소득세법 시행령의 내용

      가) 한편 소득세법은 1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하는 경우 그 주택의 양도로 발생하는 소득을 과세하지 아니하는 것으로 규정하면서 그 비과세의 구체적인 요건을 대통령령으로 정하도록 규정한다(소득세법 제89조 제1항 제3호 나목). 이에 따라 소득세법 시행령은 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(‘종전의 주택’)을 양도하기 전에 다른 주택(‘신규 주택’)을 취득함으로써 일시적으로 2주택이된 경우 ⁠‘종전의 주택’을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 ⁠‘신규 주택’을 취득하고‘신규 주택’을 취득한 날부터 3년 이내에 ⁠‘종전의 주택’을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 소득세법 시행령 제154조 제1항을 적용하는 것으로 규정해 오고 있다(소득세법 시행령 제155조 제1항). 이와 같이 소득세법 시행령 제155조 제1항이 적용되어 1주택으로 간주되는 2주택을 실무에서는 소위 ⁠‘일시적 1세대2주택’이라고 한다.

      나) 이와 같은 일시적 1세대2주택에 해당되는 경우에도 그 ⁠‘종전의 주택’의 양도로 발생하는 소득이 무조건 비과세가 되는 것은 아니다. ⁠‘종전의 주택’의 양도는 원래 1세대2주택의 양도임에도 불구하고 소득세법 시행령 제155조 제1항에 의하여 1세대1주택의 양도로 간주될 뿐이고, 여기에 대해서는 다시 소득세법 시행령 제154조 제1항이 적용되기 때문에 ⁠‘종전의 주택’의 양도로 발생하는 소득이 비과세가 되기 위해서는 소득세법 시행령 제154조 제1항이 규정하는 주택 보유기간(일반적으로 2년)의 요건까지 충족되어야 한다.

다) 결국 1세대2주택 보유자가 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제154조 제1항등의 적용을 받아 ⁠‘일시적 1세대2주택’의 양도로서 그 양도소득에 대한 비과세의 혜택을 받기 위해서는, 소득세법 시행령 제155조 제1항이 규정하는 ⁠‘일시적 1세대2주택’의요건, 즉 ① 1주택을 소유한 1세대가 ⁠‘종전의 주택’을 양도하기 전에 ⁠‘신규 주택’을 취득함으로써 2주택이 될 것(이하 ⁠‘① 요건’이라고 한다), ② 그 ⁠‘신규 주택’의 취득이 ⁠‘종전의 주택’을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후일 것(이하 ⁠‘② 요건’이라고 한다), ③그 ⁠‘신규 주택’을 취득한 날부터 3년 이내에 ⁠‘종전의 주택’을 양도하는 것일 것(이하 ⁠‘③요건’이라고 한다) 등의 요건이 충족되어야 하고, 이와 더불어 소득세법 시행령 제154조 제1항이 정하는 1세대1주택 양도의 비과세 요건, 즉 ④ 해당 주택(‘종전의 주택’의보유기간이 2년 이상일 것의 요건(이하 ⁠‘④　 요건’이라고 한다)도 충족되어야 한다.

다. 쟁점의 정리

     1) 원고들과 피고는 이 사건 ㉡주택의 양도가 위 ①, ②, ③ 요건을 모두 충족하여구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)제155조 제1항이 규정하는 ⁠‘일시적 1세대2주택’의 양도에 해당한다는 점에 대해서는크게 다투지 않고 있다. 실제 이 사건 각 주택의 양도 시기는 아래와 같은 바, ① 원고들은 이 사건 ㉡주택(‘종전의 주택’)을 양도하기 전에 이 사건 ㉢주택(‘신규 주택’)을 취득하였고, ② 이 사건 ㉢주택(‘신규 주택’)의 취득이 이 사건 ㉡주택(‘종전의 주택’)의취득일부터 1년 이상이 지난 후에 이루어졌으며, ③ 이 사건 ㉢주택(‘신규 주택’)의 취득일부터 3년 이내에 이 사건 ㉡주택(‘종전의 주택’)을 양도하였음이 분명하므로, 이 사건 ㉡주택의 양도는 구 소득세법 시행령 제155조 제1항이 규정하는 ⁠‘일시적 1세대2주택’의 양도에 해당하는 것으로 보인다.

[다만 이 사건 ㉢주택 취득 당시 원고들이 이 사건 ㉠주택도 보유하고 있었으므로, 1주택을 소유한 1세대가 ⁠‘종전의 주택’(이 사건 ㉡주택)을 양도하기 전에 ⁠‘신규 주택’(이사건 ㉢주택)을 취득함으로써 2주택이 된 경우라고 볼 수 없어 ① 요건을 인정하기 어렵다고 볼 여지도 있으나, 소득세법 시행령 등이 정하는 1세대1주택 혹은 1세대2주택에 해당하는지 여부는 특별한 규정이 없는 한 해당 주택을 양도하는 당시를 기준으로판단함이 일반적인 점(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 전원합의체 판결, 대법원1995. 8. 22.선고 95누7383 판결, 대법원 1998. 6. 9. 선고 97누10918 판결, 대법원1998. 7. 10. 선고 97누20816 판결, 대법원 2008. 9. 25.선고 2007두8973 판결, 대법원2017. 9. 7. 선고 2016두35083 판결 등 다수 대법원 판결의 취지), 이와 관련하여 피고도 아래의 이 사건 쟁점에 관한 피고의 반대의견(④의 요건에 관한 의견)과 별개로 소득세법 시행령 제155조 제1항의 적용 여부(①, ②, ③ 요건)에 대한 기존 과세관청의해석에는 변경이 없다는 취지로 답변한 점(피고의 2023. 11. 7.자 준비서면 제8쪽) 등에 비추어 보면, 1세대3주택자가 순차적으로 3주택, 2주택을 처분하는 경우 그 2주택이 일시적 1세대2주택 등에 해당하는지 여부(①, ②, ③ 요건에 해당하는지 여부)는 양도하는 당시를 기준으로 판단함이 타당하므로, 이 사건 ㉢주택 취득 당시에는 원고들이 1세대3주택의 상황에 있었다 하더라도 그와 같은 사정만으로 이 사건 ㉡주택 처분에 대하여 일시적 1세대2주택에 관한 이후 소득세법 시행령 제155조 제1항이 적용을 배제하여야 한다고 볼 것은 아니고, 그 이후 이 사건 ㉡주택의 처분에 앞서 이 사건㉠주택이 먼저 처분됨으로써 1세대3주택 상태가 해소된 이상 이 사건 ㉡주택의 처분당시(2021. 11. 26. 당시) 원고들이 이 사건 ㉡, ㉢주택만을 보유한 1세대2주택자에 해당한다고 볼 수 있으며, 이에 따라 이 사건 ㉡주택과 ㉢주택 사이의 일시적 1세대2주택에 관한 ①, ②, ③ 요건 성립을 충분히 인정할 수 있으므로, 이 사건 ㉡주택의 양도에 관하여 ⁠‘일시적 1세대2주택’에 관한 구 소득세법 시행령 제155조 제1항의 규정을적용할 수 있다고 봄이 타당하다.]

     2) 반면 원고들과 피고는 이 사건 ㉡주택의 양도소득의 비과세를 위한 요건 중 앞서 본 ④　　 요건, 즉 원고들이 이 사건 ㉡주택을 2년 이상 보유하였는지 여부를 판단하기 위한 그 보유기간 계산 방식에 관하여 상반된 주장을 하고 있다. 피고는 이 사건 ㉡주택의 보유기간을 계산함에 있어 이 사건 단서 규정이 적용되어 이 사건 ㉠주택 양도일인 2021. 1. 13.이 그 기산점이 된다고 주장하는 반면, 원고들은 이 사건 단서 제외 규정에 의해 이 사건 단서 규정의 적용이 배제되므로 이 사건 본문 규정에 따라 이 사건㉡주택의 취득일인 2017. 4. 20.이 보유기간의 기산점이 되어야 한다고 주장한다.결국 이 사건의 쟁점의 핵심은, 이 사건 ㉡주택의 보유기간 기산과 관련하여 이사건 단서 제외 규정에 따라 이 사건 단서 규정의 적용이 배제되는지 여부이다.

라. 이 사건의 주된 쟁점에 관한 판단(처분사유의 부존재와 법령해석의 오류 주장에대한 판단)

    1) 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2020. 6. 11. 선고 2017두36953 판결, 대법원 2004. 5. 28. 선고 2003두7392 판결 등 참조).

    2) 살피건대, 앞서 든 증거들, 을 제4, 5호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정들을 위 관계 법령의 내용과 그 개정경과 등에 비추어 종합적으로 살펴보면, 이 사건 ㉡주택의 양도소득에 대한 과세에 관해서는 이 사건 단서 제외 규정에 의하여 이 사건 단서 규정의 적용이 배제된다고 볼수 없고, 이 사건 ㉡주택 양도소득의 비과세를 위한 ④ 요건(해당 주택의 보유기간이 2년 이상일 것) 해당 여부를 판단함에 있어 그 보유기간은, 이 사건 단서 규정에 따라원고들이 이 사건 ㉠주택을 처분하여 이 사건 ㉡, ㉢주택만을 보유하게 된 2021. 1. 13.부터 기산함이 타당하다. 그리고 위 2021. 1. 13.부터 원고들이 이 사건 ㉡주택을 처분한 2021. 11. 26.까지의 기간이 구 소득세법 시행령 제154조 제1항이 정하는 비과세를 위한 보유기간 2년에 달하지 못함이 계산상 명백하므로, 이 사건 ㉡주택의 양도로 발생하는 소득은 소득세법 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령 제154조 제1항이 정하는 비과세 양도소득에 해당한다고 볼 수 없다.

      가) 이 사건 단서 제외 규정은 이 사건 단서 규정에 괄호 형태로 부가되어 있으므로 이를 결합하여 해석함에 있어서는 아래와 같이 그 괄호 형태로 부가된 내용의 위치를 면밀히 살펴 그 법문에 따라 해석하여야 한다. 이 사건 단서 제외 규정을 담은괄호 부분은 이 사건 단서 규정의 말미나 혹은 후반부의 ⁠“양도 후 1주택을” 부분에 부가된 것이 아니라 이 사건 단서 규정 서두의 ⁠“2주택 이상” 부분 다음에 부가되어 있는바, 이에 따라 이 사건 단서 제외 규정과 단서 규정을 종합적으로 결합해석하면, 원고들의 주장과 같이, ⁠“2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하여 최종 1주택의 과세·비과세 여부를 결정한다. 다만 과세·비과세 여부 결정 대상인 주택이 소득세법시행령 제155조 제1항이 적용되어 1주택으로 간주되는 일시적 1세대2주택일 경우 위 보유기간 계산법을 적용하지 않고 이 사건 본문 규정에 따라 해당 주택의 취득일부터 보유기간을 계산한다.”라는 취지로 해석되는 것이 아니라, 피고의 주장과 같이, ⁠“2주택이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산하여 최종 1주택의 과세·비과세 여부를 결정한다. 다만 일시적 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는그 일시적 2주택 처분과 관계없이 최종 1주택의 취득일부터 보유기간을 계산한다.”라는 취지로 해석된다. 즉, 이 사건 단서 제외 규정은, 2주택자가 2주택, 1주택을 순차로 양도할 경우최종 1주택의 양도소득 비과세를 위한 보유기간을 결정함에 있어 원칙적으로 2주택을 처분하여 1주택자가 된 시점부터 기산하되, 다만 그 2주택이 일시적 1세대2주택였던경우 일시적 2주택을 처분한 시점이 아니라 본래 1주택을 취득했던 시점부터 기산한다는 내용으로 ⁠‘최종 1주택’의 과세 여부를 결정함에 있어 적용되는 규정일 뿐, 중간의 ⁠‘2주택’의 과세 여부를 결정함에 있어 적용되는 규정은 아닌 것으로 해석된다. 따라서 이사건 단서 규정과 단서 제외 규정의 내용은 원고들이 주장하는 것과 그 적용 대상이나적용 영역범위 등의 측면에서 큰 차이가 있다.이 사건의 경우 이 사건 단서 제외 규정은 원고들이 추후 이 사건 ㉢주택을 양도할 경우 문제될 뿐 이 사건 ㉡주택의 양도소득에 대한 과세와는 무관한 것으로 보인다. 즉, 원고들이 추후 이 사건 ㉢주택을 양도할 경우 그 양도소득 비과세를 위한 보유기간을 계산함에 있어 이 사건 ㉡주택이 일반 2주택이었을 경우 이 사건 단서 규정에 따라이 사건 ㉡주택의 처분일부터 이 사건 ㉢주택의 보유기간을 기산하지만, 이 사건 ㉡주택이 일시적 2주택이었을 경우 이 사건 단서 제외 규정이 적용되어 이 사건 ㉢주택의본래 취득일부터 기산하게 되는 것일 뿐이고, 그 이전에 이루어진 이 사건 ㉡주택 양도에 대해서는 이 사건 단서 제외 규정이 적용될 여지가 없다.[원고의 주장에 부합하는 규정]① 제1항에 따른 보유기간의 계산은 소득세법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상을보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된날부터 보유기간을 기산한다(제155조에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외한다).[실제 이 사건 단서 규정과 단서 제외 규정]① 제1항에 따른 보유기간의 계산은 소득세법 제95조 제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외한다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 처분한 경우에는 처분 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

     나) 이 사건과 같이 3주택자가 3주택, 2주택, 1주택을 순차로 양도할 경우에도 이사건 단서 제외 규정의 각 적용 여부는 최종 1주택의 양도소득 과세와 관계되어 있을 뿐 중간 2주택의 양도소득 과세와는 무관하다. 중간 2주택 양도소득의 과세 여부에 대해서는 이 사건 단서 규정만 적용될 뿐이다.
원고들은 이와 달리 3주택자가 3주택, 2주택, 1주택을 순차로 양도할 경우 아래와 같이 이 사건 단서 제외 규정의 각 적용 여부가 2주택 양도에 대한 과세 여부에 영향을 미치는 것으로 해석해야 한다는 취지로 주장하나, 위 가)항에서 본 바와 같이 이사건 단서 제외 규정이 이 사건 단서 규정 중 서두의 ⁠“2주택 이상” 부분 다음에 부가되어 있는 점 등에 비추어 원고들이 제시하는 해석은 법문에 명백히 반하고 합리적 이유 없이 이를 확장유추해석하는 것으로서 받아들이기 어렵다.

다) 앞서 본 바와 같이 원고들과 피고는 이 사건 ㉡주택의 양도가 일시적 1세대2주택의 양도로서 구 소득세법 시행령 제155조 제1항이 적용되어 1세대1주택의 양도로 간주된다는 점에 대해서는 별다른 다툼이 없다. 이와 같이 1세대1주택으로 간주되는 일시적 1세대2주택의 양도를 일반적인 1세대1주택의 양도와 비교해 보면, 피고의주장이 원고들의 주장보다 더 합리적이라는 점이 보다 분명하게 드러난다. 예컨대, 이 사건에서 만일 원고들이 이 사건 ㉢주택을 보유하지 않고 이 사건㉠, ㉡주택만을 보유하고 있다가 이를 순차로 양도하였다고 가정할 경우 이 사건 ㉡주택의 양도는 일반적인 1세대1주택의 양도로 이 사건 단서 규정이 적용되므로 그 보유기간은 원고들이 이 사건 ㉠주택을 처분하여 1주택이 된 2021. 1. 13.부터 기산하게 될것이다.

피고의 주장은, 실제 이 사건을 위와 같은 일반적인 1세대1주택의 양도일 경우와 비교할 때, 이 사건 ㉡주택의 양도가 일시적 1세대2주택의 양도로서 구 소득세법시행령 제155조 제1항에 따라 1세대1주택의 양도로 간주되기는 하지만, 그렇다고 하여위 일반적인 1세대1주택의 양도를 넘어서는 비과세의 혜택을 부여하여서는 안 되고 오히려 1세대1주택의 양도로 간주되는 이상 1세대1주택의 양도와 동일하게 주택 보유기간을 기산하여야 한다는 점을 그 밑바탕에 두고 있는바, 충분히 수긍할 수 있다.

반면 원고들의 주장은, 이 사건 ㉡주택의 양도가 1세대2주택의 양도임에도 일시적 1세대2주택으로서 특별히 1세대1주택의 양도로 간주되는 것임에도 불구하고, 그와 같이 특별히 간주된다는 사정을 들어 일반적인 1세대1주택을 양도하는 경우보다 보유기간 산정을 양도자에게 더 유리하게 해석하여야 한다는 것으로 이해할 수 있는바, 그와 같은 주장을 뒷받침할만한 합리적인 사유를 찾기 어려울 뿐만 아니라 1세대1주택의양도로 특별히 간주되는 일시적 1세대2주택의 양도에 대하여 1세대1주택의 양도보다더 유리한 보유기간 완화 내지 비과세의 혜택 등을 부여하는 것은 오히려 불합리한 것으로 판단된다.

라) 주택의 양도소득에 대한 과세·비과세의 문제는 국민의 주거생활의 안정과거주이전의 자유와 직결되는 것으로 그 사회적·경제적 파장이 매우 크다. 원고들이 주장하는 바와 같이 1세대1주택의 양도로 간주되는 일시적 1세대2주택에 해당한다는 사유만으로 일반적인 1세대1주택 양도보다 보유기간 요건을 완화하여 오히려 더 큰 혜택을 부여할 경우, 주택 시장에 큰 왜곡과 혼란을 초래할 수 있다. 이는 원고들이 제출한 이 사건 소장의 참고자료(신문기사 등)에서도 분명하게 드러나는데, 예컨대 2주택, 1주택을 순차로 처분하려는 1세대2주택자가 최종 1주택 처분 이전에 다른 제3의 주택을 취득함으로써 그 최종 1주택을 일시적 1세대2주택으로 변경시킬 경우 원고들의 주장과 같이 이 사건 단서 규정의 보유기간의 제한을 피할 수 있다고 본다면, 위 신문기사 등에서 지적된 바와 같이 순전히 고가의 최종 1주택에 대한양도소득세 과세를 피하기 위한 목적으로 저가의 제3의 주택을 일부러 취득하는 등의탈법적 시도가 충분히 가능해지는바, 그로 인하여 초래될 수 있는 주택 시장의 혼란과주택 수요자들의 피해의 규모가 매우 클 것으로 예상된다.

        마) 소득세법 관계 법령이 본래 1세대2주택임에도 일정한 요건을 충족하는 일시적 1세대2주택의 양도를 1세대1주택의 양도로 보도록 한 것은, 주택이 단순한 재화나 재산이 아니라 거주자의 생활 근거가 되는 특별한 재산으로서 그 자체로 매우 고가이고 단순히 교환가치에 따라 거래가 이루어지는 것도 아니며 통상 그 매매 등의 거래가 원만하게 완료되기까지 비교적 장기간이 소요될 뿐만 아니라 사실적법률적 절차를 거쳐야 한다는 점 등 주택 고유의 특수성을 고려하여, 1주택 보유자가 주거를 이전하기 위하여 대체 취득을 하는 과정에서 일시적으로 2주택을 보유하게 되는 등과 같이 주택의 양도소득만을 주요 목적으로 삼거나 투기를 할 목적이 아니라는 것이 비교적 분명할 경우 1세대1주택의 양도와 동일하게 취급하여 과세 여부를 판단하겠다는 것이다. 이에 따라 통상 일시적 1세대2주택으로 신고하는 납세자들은 일시적 1세대2주택으로 인정받는 것 자체에 목적이 있다기 보다는 1세대1주택으로 간주되어 그 양도소득세의 비과세 혜택을 목적으로 일시적 1세대2주택의 신고를 하는 것이 일반적이고, 일시적 1세대2주택에 관한 사회 일반의 수요는 1세대1주택의 양도에 대해 적용되는 소득세의 비과세 혜택을 주된 목적으로 하여 형성되어 있다고 할 수 있다.그러나 조세법규를 어떤 내용으로 규정할 것인지는 입법자가 국가나 지방자치단체의 재정, 사회경제, 국민소득, 국민생활 등의 실태에 관하여 정확한 자료를 기초로 하여 정책적, 기술적인 판단에 의하여 정할 문제이고 조세우대 혹은 감면의 혜택을 부여하는 입법을 함에 있어서 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 형성의 자유가 존재하는 정책적 문제라 할 것인바, 이 사건의 구 소득세법 시행령 제154조 제1항,제155조 제1항과 같이 ⁠‘일시적 1세대2주택을 1세대1주택으로 간주하기 위한 요건’과‘그와 같은 1세대1주택에 대한 비과세의 요건’을 별도로 정한 것이 불합리하다거나 부당하다고 할 수 없고, ⁠‘일시적 1세대2주택’에 관한 사회 일반의 수요가 1세대1주택의양도소득세의 비과세 혜택을 주된 목적으로 형성되어 있다는 사정만으로 ⁠‘일시적 1세대2주택’에 대하여 무조건 비과세의 혜택을 부여하여야 한다고 볼 것도 아니다.

    3) 결국 피고가 이 사건 ㉡주택의 양도에 대하여 구 소득세법 시행령 제154조 제5항을 적용하여 그 주택의 보유기간이 2년 미만이라고 판단한 것은 정당하고, 이에 따라 이 사건 ㉡주택의 양도소득이 구 소득세법 시행령 제154조 제1항의 비과세 대상에해당하지 않음을 전제로 그 양도소득에 대하여 과세를 한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하다. 이와 다른 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

  마. 신뢰보호의 원칙 위반 여부에 대한 판단

    1) 조세법률관계에 있어서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙 또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법원칙이다. 그러므로 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙 또는 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다. 비록과세관청이 질의회신 등을 통하여 어떤 견해를 표명하였다고 하더라도 그것이 중요한사실관계와 법적인 쟁점을 제대로 드러내지 아니한 채 질의한 데 따른 것이라면 공적인 견해표명에 의하여 정당한 기대를 가지게 할 만한 신뢰가 부여된 경우라고 볼 수없다. 또한 비과세 관행 존중의 원칙도 비과세에 관하여 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 존재하여야 적용될 수 있는 것으로서, 이는 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정 납세자가 아닌 불특정한 일반 납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 의미하고, 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적인 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 그러한 해석 또는 관행이 있다고 볼수는 없으며, 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 그 주장자인 납세자에게 있다(대법원 2004. 7. 22. 선고 2002두11233 판결, 대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 등 참조).

    2) 앞서 든 증거들에 의하면, 기획재정부에서 종래 ⁠“조정지역 내 3주택을 보유한1세대가 2021. 2. 주택을 양도(과세)하고, 1세대 2주택이 된 후, 2021. 3. 일시적 2주택특례로 2주택 중 먼저 취득한 주택을 양도하는 경우 구 소득세법 시행령 제154조 제5항에 따른 보유기간 기산일이 언제인지 여부”라는 질의에 대하여 ⁠“다주택자가 주택을양도하여 남은 주택이 구 소득세법 시행령 제155조 제1항의 일시적 2주택 특례 적용대상인 경우, 종전의 주택을 양도할 때 구 소득세법 시행령 제154조 제1항의 보유기간 기산일은 종전의 주택취득일임”이라는 내용으로 원고들의 주장에 부합하는 듯한 유권해석(기획재정부 법령해석재산과-404, 2021. 4. 12., 기획재정부 재산세제과-194, 2020. 2. 8.)을 내린 사실을 인정할 수 있다.

    3) 그러나 위 종래의 유권해석은 원고들의 질의에 대한 답변이 아니므로 원고들에대한 공적인 견해표명으로 보기 어렵고, 종전 유권해석이 대외적으로 공표되었다고 하더라도 이는 불특정납세자를 상대로 일반적으로 공표한 법령 해석에 관한 견해 표명에불과하므로, 원고들이 그로 인하여 보호가치 있는 개별적인 신뢰를 형성하였다고 볼 수 없으며, 이후 기획재정부가 2021. 11. 2. 종래의 유권해석을 폐기하고 소득세법 시행령 부칙(2019. 2. 21. 대통령령 제29523호) 제1조 단서 제3호와 제2조 제2항이 규정하는 시행·적용일인 2021. 1. 1.을 기준으로 그 이전의 주택 양도에 대해서는 이 사건본문 규정을, 그 이후의 주택 양도에 대해서는 이 사건 본문 규정과 단서 규정을 모두적용하여 보유기간을 기산하여야 한다는 내용으로 유권해석(기획재정부 재산세제과-953, 2021. 11. 2.)을 내리면서 실제 적용은 위 새로운 유권해석의 공표일인 2021.

 11. 2.부터 하겠다는 취지로 명시한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 처분이 신뢰보호의 원칙 등에 위배되어 위법하다고 볼 수 없다.

    4) 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

 3. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2024. 01. 18. 선고 부산지방법원 2023구합22710 판결 | 국세법령정보시스템