법인세 손금산입 인정 범위와 증빙책임 판단 기준

요지

청구법인은 당초 처분과 관련하여 부외경비가 있음을 주장하나 소송 진행 중이어서 확정되지 않았거나 객관적인 증빙에 의해 입증되지 않아 당초 처분과 관련한 부외 손금으로 인정할 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2010. 12. 2. 원고에 대하여 한 2006년 귀속 법인세 000원의 부과처분을 취소한다.

  이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 소외 조BB이 그 소재지인 2000. 2. 15.경 천안시 서북구 입장면 0000 종교용지 1.652㎡ 같은 리 0000 묘지 8，067㎡(2000. 2. 29. 묘지 7，082 ㎡를 같은 리 0000로 이기， 나머지 985㎡는 2006. 8. 8. 종교용지로 지목변경， 이하 위 토지 전부를 ’이 사건 토지’라 한다) 위에 설립한 종교단체이다.

나. 원고는 조OOOO의 처 신EE으로부터 이 사건 토지를 증여받아 2000. 10. 11. 그 소유권이전등기를 마쳤고， 이 사건 토지 위에 건축된 별지 목록 기재 건물(이하 ’이 사 건 건물’이라 한다)에 관하여 2006. 7. 28. 소유권보존등기를 마쳤다.

다. 원고는 납골당 분양사업을 위하여 이 사건 토지상에 납골당(천안AAA사 추모원) 신축공사(이하 ’이 사건 공사'라 한다)를 진행하던 중 2006. 8. 10. 대한예수교장로회 OOO장로교회(이하 AAA교회’라 한다)와 사이에 이 사건 토지 및 건물과 납골당 시설(이하 통틀어 ’이 사건 부동산’이라 한다)에 관하여 매매대금 000원(계약금 000원， 잔금 0000원)과 이 사건 공사비 중 철근콘크리트 골조공사 이후에 발생한 추가공사비를 지급받기로 하는 내용의 매매계약(이하 '이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고 2006. 8. 16. 이 사건 부동산에 관하여 BBBB교회 앞으로 소유권이전등기를 마쳐주었다. 추후 원고는 BBBB교회가 매매잔대금을 지급하지 아니하였음을 이유로 BBBB교회를 상대로 소유권이전등기말소소송을 제기하였으나 원고 패소 확정 판결을 받았다.

라. 한편 원고가 이 사건 매매계약에 따른 법인세를 제대로 신고납부하지 않자， 피고 는 원고에 대하여 이 사건 매매계약에 관한 세무조사를 실시하여 이 사건 부동산의 매 매대금 00000원， BBBB교회로부터 수령한 추가공사비 000원， 납골당 분양수입 금액 000원 합계 000원을 2006 사업 연도의 익금으로 산입 하고， 아래 ⁠[표 1] 기재와 같이 이 사건 토지에 설정된 근저당권의 피담보채무액 및 가압류 채권액 등의 합계 00000원에서 대표권 등 인수금액 000원을 차감한 금액인 0000원을 이 사건 토지의 취득가액으로 보고 이를 손금에 산입하는 등으로 법인세를 산정하여， 2010. 12. 2. 원고에 대하여 2006 사업연도 귀속 법인세 0000원(10원 미만 생략， 이하 같다)을 부과처분하였다가， 2010. 12. 29. 그 중 일부인 0000원에 대한 부분을 취소하였고 2011. 4. 4. 다시금 00000원 부분을 추가로 취소하였다(그에 따라 피고의 위 2010. 12. 2.자 법인세 부과처분 중 잔존하는 000000원에 대한 부분을 ’이 사건 처분’이라고 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2011. 6. 21. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나 2012. 2. 7. 기각 되었다.

[인정증거] 다툼 없는 사실， 갑 제3， 32호증 을 제1， 8， 9호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함， 이하 같다)의 각 기재， 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

아래 항목은 원고에 대한 2006년 귀속 법인세 과세표준을 산정함에 있어 손금에 산입되어야 하는바， 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1) 원고는 유CCCC이 조BB으로부터 이 사건 토지와 건물을 비롯한 OOOO사의 재산권 및 사업권을 대금 0000원에 양수하여 새로이 설렵한 단체로서 FFFF종 천안AAA사와는 전혀 별개의 단체이고， 위 양도양수계약은 실질적으로 원고가 FFFF종 천안AAA사로부터 이 사건 토지를 매수하는 부동산매매계약이라고 할 것인바，위 양도 대금 00000원은 원고가 지출한 이 사건 부동산의 취득가액으로 보아 손금에 산입되어야 한다.

2) 원고는 이 사건 공사 진행을 방해하여 오던 인근주민 박OO과 사이에 공사 진행을 방해하지 않는다는 조건으로 000원 및 납골당 시설 200기를 제공하기로 약정하였는바， 위 약정금 000원 및 납골당 200기 상당의 금액 역시 이 사건 토지의 취득가액으로 보아 손금에 산입되어야 한다.

3) 원고는 BBBB교회를 상대로 이 사건 부동산에 관한 소송을 진행하면서 합계 0000원을 소송비용으로 지출하였는바，위 금액 역시 손금에 산입되어야 한다.

4) 원고는 당초 이 사건 공사를 맡았던 DDDD종합건설 주식회사(이하 ’DDDD건설’이라 한다)가 공사를 그만두는 바람에 직영으로 공사를 하면서 00000원을 경비로 지출하였고， 위 금액 역시 손금에 산입되어야 한다.

5) 그 밖에도 디자인수에 대한 공사대금채무 000원， 한국OO석재에 대한 공사대금채무 000원， DDDD건설에 대한 공사대금채무 000원 합계 000원의 납골당 추가공사대금도 공사비용으로 지출하였바， 위 금액 역시 손금에 산입되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 양도양수계약에 따른 양도대금 22억 원의 손금 산업 주장에 대하여 ⁠(가) 인정사실

(1) 신EE은 1998. 5. 1. 이 사건 토지를 매수하여 1998. 5. 21. 소유권이전등기 를 마쳤고， 신EE의 남편 조BB은 이 사건 토지 위에 이 사건 건물을 신축한 뒤 2000. 2. 15. 이를 본거지로 하여 FFFF종천안AAA사를 설립하여 피고로부터 국세기본 법상 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 고유번호(0000)를 부여받았다.

(2) 유CCCC은 2003. 4. 15. 조BB으로부터 이 사건 토지와 건물을 비롯한 FFFF종 천안AAA사의 재산권 및 사업권을 대금 00000원에 양수하기로 하는 내용의 계약(이하 ’이 사건 양도양수계약’이라 한다)을 체결하였는데，계약서 첫 머리에 ’천안AAA사 재산권 및 대표권 양도 양수’함에 있어 위 계약을 체결한다는 내용이 기재되어 있고， 그 계약서 중 제3조와 제6조의 내용은 아래와 같으며，계약서 끝 부분에 매수인으로 유CCCC 의 이름이 표시되어 있고 그 옆에 유CCCC의 도장이 날인되어 있으며，매도인으로 조병 선의 이름이 표시되어 있고 그 옆에 ’천안AAA사 대표’라 기재되어 있으며， 조BB 및 ’천안AAA사’의 도장이 각 날인되어 있다. 제3조 계약 후 상기 부동산의 명의를 유CCCC， 천안AAA사 대표 조BB의 대리인 조OOO 공동명의로 등재하고， 사업권에 대한 총 책임은 유CCCC이 하기로 한다. 제6조 계약 후 사찰의 증·개축 및 분양 등의 사업권은 유CCCC이 가지고， 조BB은 잔금이 완불될 때까지 사찰 및 전 자산의 운영권을 갚기로 한다.

(3) 그 후 유CCCC은 2003. 4. 24. FFFF종천안AAA사의 공동대표로 등재되었고， 2006. 8. 21.까지 조BB에게 양도대금 000원 중 000원을 지급하였다.

(4) FFFF종천안AAA사는 2003. 5. 23. GGGG종천안AAA사로 그 명칭을 변경하고 2003. 5. 27. 정관을 변경하여 FFFF종에서 GGGG종으로 불교종파를 변경하였으며， 조OOO은 2004. 5. 31. GGGG종천안AAA사의 공동대표자에서 사임하였다. 그 후 GGGG종천안 AAA사는 2005. 6. 16. 원고로 그 명칭을 변경하였다.

(5) 한편 GGGG종천안AAA사는 2004. 3. 2. 피고에 대하여 수익사업 개시신고를 하 였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실， 갑 제3， 4호증， 을 제9호증의 각 기재， 변론 전체의 취지

(나) 판단

원고가 주장하는 것처럼 과연 원고와 FFFF종천안AAA사가 별개의 주체이고 이 사건 양도양수계약이 FFFF종천안AAA사와 원고 사이의 매매계약에 해당하는지에 관하여 보건대，① 구 국세기본법(2007. 12. 31. 법률 제8830호로 개정되기 전의 것) 제13조 는 법인격이 없는 사단 · 재단 기타 단체라도 일정한 요건을 갖춘 경우 대표자 등이 관 할세무서장에게 신청하여 승인을 얻으면 세법상 법인으로 보아 세법이 적용된다고 규 정하고 있는바， FFFF종천안AAA사가 2000. 2. 15. 피고로부터 세법상 법인으로 보는 단체로 승인을 받아 고유번호를 부여받은 뒤 그 명칭과 대표자의 변경이 이루어졌을 뿐 원고가 피고로부터 새로이 세법상 법인으로 보는 단체로 승인을 받지는 않은 점，② 원고는 2004. 6.경 별도로 피고에 대하여 구 법인세법 제110조 빛 제111조에 따라 수익사업 개시선고 및 사업자등록을 마쳤다고 주장하지만， 앞서 본 바와 같이 원고가 2004. 3. 2. 수익사업 개시신고를 마친 사실은 인정되나， 갑 제32호증과 을 제8호증의 각 기재에 의하면， 원고가 그 전신인 FFFF종천안AAA사가 부여받은 것 외에 달리 별도 의 고유번호나 사업자등록번호를 부여받은 것으로 보이지는 않는 점，③ 이 사건 양도 양수계약 이후 이 사건 토지나 건물에 관하여 소유권이전등기가 이루어지지 아니하였 고， 단지 그 소유자의 명칭이 변경되거나 대표자가 추가 또는 사임한 것으로 변경등기 가 마쳐졌을 뿐이므로， FFFF종천안AAA사가 그 소유권이전등기 및 소유권보존등기를 마친 후에는 이 사건 토지와 건물에 관하여 소유주의 명칭 변경이나 대표자의 변경 외 에 그에서 한 걸음 더 나아가 소유주 자체의 변동이 있었다고 할 수는 없어， 원고의 주장처럼 원고가 FFFF종천안AAA사로부터 이 사건 부동산을 매수한 것으로 보기는 곤란한 점，④ 이 사건 양도양수계약서의 내용에 비추어 보더라도 조BB이 이 사건 토지 및 건물을 포함한 FFFF종천안AAA사의 재산과 그 운영권을 유CCCC에게 넘겨주는 것 으로 해석할 수 있을 뿐 이를 벗어나 별도의 새로운 법인이 FFFF종천안AAA사로부터 이 사건 토지 및 건물을 매수하는 것으로 보기는 어려운 점 등 원고의 전신인 FFFF종 천안AAA사의 설립배경， 세법상 지위 변동 여부， 그 명칭 및 대표자 변경의 과정 및 이 사건 양도양수계약의 내용과 이 사건 부동산의 소유권자와 관련한 등기명의의 변경 모습 등을 종합하여 보면， 이 사건 양도양수계약에 따라 조BB과 유CCCC 사이에 이 사건 부동산을 포함한 FFFF종천안AAA사의 운영권 승계가 이루어졌다고 볼 수 있음은 별 론으로 하고， 원고가 FFFF종천안AAA사와 별개의 주체로서 자신의 비용을 지출하여 이 사건 부동산을 취득하였다고 보기는 어렵다고 할 것인바， 피고가 원고에 대한 2006 사업연도 법인세 과세표준을 산정함에 있어 이 사건 양도양수계약에 따른 양도대금 0000원을 손금으로 산입하여야 한다고 볼 수는 없다. 이와 다른 견지에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

2) 박HH과 관련한 합의금 000원 및 납골당 200기 상당 금액의 손금 산입 주장에 대하여 살피건대， 갑 제8 내지 14호증의 각 기재에 의하면， 원고는 2005. 7. 13. 납골시설 인근에 거주하면서 납골당 설치 반대의 민원을 제기한 박HH에게 합의금으로 000원 및 납골당 200기를 주기로 하는 내용의 확약서를 작성한 뒤， 박HH에 게 2004. 11. 30. 000원 2005. 7. 13. 000원， 2006. 8. 18. 000원 등 합계 000원을 지급하고 납골당 200기를 제공한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 앞서 본 바와 같이 박HH이 2005. 6. 8. 청구금액 000원으로 하여 이 사건 부동산을 가압류하였고 피고는 그와 같은 박HH의 가압류 청구금액을 손금으로 산입하였는바， 그렇다면 피고는 법인세 과세표준을 산정함에 있어 박HH과 관련한 부분을 이미 손금으로 산입하였다고 할 것이므로， 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 이를 받아들일 수 없다.

3) 소송비용의 손금 산입 주장에 대하여

원고가 BBBB교회를 상대로 이 사건 부동산과 관련한 소유권이전등기말소소송을 진행한 사실은 앞서 본 바와 같고， 갑 제15 내지 22호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면， 원고는 위 소송 외에도 매매대금반환청구소송 등을 진행하면서 2008. 12. 3.부터 2010. 11. 24.까지 사이 에 아래 ⁠[표2] 기재와 같이 소송비 용 합계 0000원을 지출한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 위 비용들은 원고가 BBBB교회에 이 사건 부동산을 매도한 뒤에 매매잔 대금을 지급받지 못하였음을 이유로 그 소유권이전등기의 말소를 구하거나 매매대금의 지급을 구하는 등의 소송을 진행하는 과정에서 지출된 것으로서 성질상 이 사건 토지 및 건물의 취득과정에서 발생한 비용이 아닐 뿐만 아니라 위 비용들은 모두 2008년 이후에 지출되었으므로 2006 사업연도에 손금으로 산입할 수 있는 금액이라고 보기도 어렵다고 할 것이다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4) 원고가 직접 공사한 비용의 손금산입 주장에 대하여

살피건대， 갑 제23， 24호증의 각 기재에 의하면， 원고는 2006. 5. 8.부터 2006. 8. 17.까지 사이에 기업은행 계좌를 통하여 아래 ⁠[표3] 기재와 같이 합계 155，084，230원 을 지출한 사실을 인정할 수 있다. 그러나 한편， 갑 제29호증과 을 제3， 4호증의 각 기재에 의하면， 이 사건 공사를 진행하던 DDDD건설이 공사진행률 31%의 상태에서 부도를 내어 원고가 OOO건설 주식회사로부터 종합건설업면허를 대여받아 직접 공사를 하면서 0000원의 추 가 공사비용이 발생하였고，원고는 이후 BBBB교회 목사 장OO와 사이에 추가 공사비용을 0000원으로 정하기로 합의한 사실을 인정할 수 있고， 피고가 현장직영 비용 000원이 포함된 추가공사금액 0000원을 이미 손금으로 산입하였음은 앞서 본 바와 같은바 그렇다면 피고는 이미 위 비용을 손금으로 산입하였다고 할 것 이므로， 이를 다시 손금에 산입하여야 한다는 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

5) 납골당 추가공사대금채무의 손금 산업 주장에 대하여

원고는 그 지출한 디자인수에 대한 공사대금채무 000원， 한국OO석재에 대한 공사대금채무 00원， DDDD건설에 대한 공사대금채무 000원 합계 000원의 납골당 추가공사대금도 손금에 산입되어야 한다고 주장하나，원고가 제출한 증거만으로는 원고의 위 주장사실을 인정하기에 부족한바， 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여， 주문과 같이 판결한다.

출처 : 대전지방법원 2013. 07. 17. 선고 대전지방법원 2012구합1985 판결 | 국세법령정보시스템