지연 발행된 세금계산서의 매입세액 공제 인정 여부

요지

세금계산서의 작성연월일을 과세기간이 경과한 후 실제의 공급시기로 소급하여 기재한 세금계산서를 발행받은 것이 원고의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2012. 12. 20. 원고에 대하여 한 2011년 2기분 부가가치세 ○○○○원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

 가. 원고는 ⁠‘BB보강토’라는 상호로 보강토 공사업을 하여 오던 중 2011. 11. 15. CC건설 주식회사로부터 도급받은 DDDD골프장 조성공사 중 보강토공사의 일부 공사(이하 ⁠‘이 사건 공사’라 한다)를 EE글로벌 주식회사(이하 ⁠‘EE글로벌’이라 한다)에 공사대금 ○○○○원으로 정하여 하도급하였고, EE글로벌은 2011. 12. 31. 위 공사를 완료하였다.

 나. EE글로벌은 2012. 1. 27. 원고에게 위 공사에 관하여 매입자 원고, 매출자 EE글로벌, 공급가액 ○○○○원, 공급시기 2011. 12. 31.로 하는 전자세금계산서(이하 ⁠‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급하여 주었다.

 다. 원고는 2011년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 위 ○○○○원을 부가가치세 확정신고서에 매입세액으로 기재한 후 이를 매출세액에서 공제하여 신고하였다.

 라. 피고는 2012. 12. 20. 원고에게, 다음과 같은 이유로 2011년 제2기 부가가치세 ○○○○원을 증액경정하는 부과처분을 하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

 1) 이 사건 세금계산서는 그 공급시기인 EE글로벌이 이 사건 공사를 완료한 2011. 12. 31. 이후인 2012. 1. 27. 발급되었고, 매입자인 원고는 위 세금계산서를 지연하여 수취한 것이다.

 2)　이와 같이 과세기간이 경과한 후에 실제의 공급시기로 소급하여 작성된 세금계산서는 그 필요적 기재사항의 일부인 ⁠‘작성연월일’이 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다.

 3) 이러한 세금계산서의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 않는다는 내용의 구 부가가치세법(2011. 12. 31. 법률 제11129호로 개정되기 전의 것, 이하 구 부가가치세법이라 한다) 제17조 제2항 제2호에 의하여, 아래 표에서 보는 바와 같이 이 사건 세금계산서의 ○○○○원을 매입세액에서 공제하지 아니하고, 과소신고 및 납부불성실 가산세 ○○○○원을 가산한다.

[표] 생략

 마. 원고는 2013. 1. 30. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 내용의 심판청구를 제기하였으나 2013. 5. 2. 기각결정을 받았다.

【인정 근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 위법이 있으므로 이는 취소되어야 한다.

 1) 원고는 이 사건 세금계산서의 발행인이 아닌 수취인에 불과하여 발행인인 EE글로벌이 실제 공급시기인 2011. 12. 31.이 아닌 2012. 1. 27. 위 세금계산서를 지연하여 발행하였는지 여부를 알 수 없었고, EE글로벌이 지연 발행한 세금계산서를 수취한 것에 불과한 원고는 이에 대한 책임이 없다. 원고는 그린글로벌이 세금계산서를 아예 발행하지 않은 경우가 아니라 지연 발행한 것에 불과하여 조세특례제한법 제한법 제126조의4에서 정한 매입자발행세금계산서를 발행할 수도 없었다. 이와 같이 납세의무자인 원고의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정이 있는 경우에는 조세의 형평이나 실질과세의 원칙에 비추어 세금계산서상 작성연월일을 과세기간이 경과한 후 실제의 공급시기로 소급하여 작성하였다고 하더라도 예외적으로 매입세액의 공제가 허용되어야 한다고 보아야 함에도 이를 공제하지 않은 이 사건 처분은 위법하다.

 2) EE글로벌이 이 사건 공사를 완료한 2011. 12. 31.경 위 공사에 관한 종이세금계산서를 발행하여 원고가 그 무렵 수취하였는데, 2011년부터 전자세금계산서제도가 시행됨에 따라 EE글로벌이 전자세금계산서를 다시 발행하겠다고 하였다. 원고는 2012. 1. 20.경 ○○세무서와 ○○세무서의 담당 공무원에게 문의하여 전자세금계산서를 뒤늦게 발행하더라도 지연 발행에 따른 가산세를 부담하기만 하면 되고 별다른 문제가 없다는 답변을 들었다. 원고는 위와 같이 과세관청 담당 공무원의 공적인 견해표명을 신뢰하여 2012. 1. 27. EE글로벌로부터 이 사건 세금계산서를 발행받은 후 이를 매입세액으로 공제한 것인바, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙 및 신의성실원칙에 반하여 위법하다.

 나. 관계 법령 이 사건과 관련된 법령은 별지와 같다.

 다. 판단

 1) 원고의 가. 1)항 주장에 대하여(매입세액의 공제가 허용되는지 여부: 부정)

부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2(= 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호 본문의 해석상 매입세액의 공제가 ) 부인되는 "세금계산서의 필요적 기재사항의 일부인 '작성연월일'이 사실과 다르게 기재된 경우"라 함은 세금계산서의 실제작성일이거래사실과 다른 경우를 의미하고, 그러한 경우에도 시행령 제60조 제2항 제2호에 의하여 그 세금계산서의 나머지 기재대로 거래사실이 확인된다면 위 거래사실에 대한 매입세액은 공제되어야 하지만, 이는 어디까지나 세금계산서의 실제작성일이 속하는 과세기간과 사실상의 거래시기가 속하는 과세기간이 동일한 경우(이러한 경우이면 세금계산서상의 '작성연월일'이 실제작성일로 기재되든, 사실상의 거래시기 또는 어느 특정시기로 소급하여 기재되든 묻지 아니한다)에 한한다고 보아야 할 것인바, 그 이유는, 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하기 위한 것이기도 하지만, 나아가 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 법 체계에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있으며, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적이기 때문이다. 따라서 과세기간이 경과한 후에 작성한 세금계산서는 작성일자를 실제의 공급시기로 소급하여 작성하였다 하더라도 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2(= 구 부가가치세법 제17조 제2항 제2호) 본문 소정의 '필요적 기재사항의 일부가 사실과 다르게 기재된' 세금계산서에 해당하므로 이 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제되어서는 안 된다(대법원 2004. 11. 18. 선고 2002두5771 전원합의체 판결 등 참조).

 위와 같은 법리에 비추어 이 사건을 보면, 다음과 같은 이유에서 원고가 EE글로벌로부터 세금계산서의 작성연월일을 과세기간이 경과한 후 실제의 공급시기로 소급하여 기재한 이 사건 세금계산서를 발행받은 것이 납세의무자인 원고의 탓으로 돌리기 어려운 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 다른 전제에서 하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

 가) 세금계산서의 지연 발행 사실을 알지 못했다는 원고의 주장에 따르더라도 원고는 그린글로벌로부터 세금계산서가 발급되었는지 확인하지도 않고(단순히 EE글로벌이 과세기간 내에 세금계산서를 발급할 것으로 믿고) 2011년도 제2기 부가가치세 확정신고서에 이 사건 공사의 공급가액을 매입세액으로 기재했다는 것인데 이러한 원고의 행위가 불가피했다고 보기는 어렵다.

 나) 앞서 본 바와 같이 세금계산서가 부가가치세액을 정하기 위한 증빙서류로서 그것을 거래시기에 발행·교부하게 하는 것은 그 증빙서류의 진실을 담보하고 나아가 전단계(前段階) 세액공제법을 채택하고 있는 현행 법 체계에서 세금계산서 제도 는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있는 점, 세액의 산정 및 상호검증이 과세기간별로 행하여지는 부가가치세의 특성상 위와 같은 상호검증 기능이 제대로 작동하기 위해서는 세금계산서의 작성 및 교부가 그 거래시기가 속하는 과세기간 내에 정상적으로 이루어지는 것이 필수적인 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 EE글로벌이 과세기간이 경과한 후인 2012. 1. 27. 작성연월일을 2011. 12. 31.로 기재하여 발행한 이 사건 세금계산서를 수취하여 이를 매입세액으로 공제한 것에 책임이 없다고 볼 수 없다.

 다) 원고로서는 EE글로벌이 세금계산서를 아예 발행하지 않은 경우가 아니라 지연 발행한 것에 불과하여 구 조세특례제한법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것, 이하 구 조세특례제한법이라 한다) 제126조의4에서 정한 매입자발행세금계산서를 발행할 수 없었다고 주장한다. 구 조세특례제한법 제126조의4 제1항에 의하면, 납세의무자인 사업자가 재화 또는 용역을 공급하고 구 부가가치세법 제16조에 따른 세금계산서 교부시기에 세금계산서를 발급하지 아니한 경우 그 재화 또는 용역을 공급받은 자는 관할 세무서장의 확인을 받아 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있다. EE글로벌이 구 부가가치세법 제9조에 따른 거래시기로서 이 사건 공사 완료일인 2011. 12. 31.[또는 늦어도 구 부가가치세법 시행령(2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것) 제54조에서 정한 용역의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지인 2012. 1. 10.]까지 위 공사에 관한 세금계산서를 발행하지 않았음은 앞서 본 바와 같은 바, 과세기간이 경과된 후 작성연월일을 실제의 공급시기로 소급하여 발행한 세금계산서의 경우 매입세액을 공제하는 것은 불가능하다. 따라서 원고로서는 이 사건 공사대금을 매입세액으로 공제받기 위해서 위 규정에 따라 매입자발행세금계산서를 발행할 수 있다고 보아야 하고, EE글로벌이 2012. 1. 27. 이 사건 세금계산서를 발행하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다.

 2) 원고의 가. 2)항 주장에 대하여(신뢰보호원칙 등에 위반하는지 여부: 부정)

일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, 첫째 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 둘째 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 셋째 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 넷째 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임 있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(대법원 1995. 6. 16. 선고 94누12159 판결 등 참조).

 원고가 2012. 1. 20.경 ○○세무서와 ○○세무서의 담당 공무원에게 문의하여 전자세금계산서를 뒤늦게 발행하더라도 지연 발행에 따른 가산세를 부담하기만 하면 되고 별다른 문제가 없다는 답변을 들었는지 여부에 관하여 보건대, 증인 위○○의 증언만으로는 이를 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는바, 이 사건의 경우 과세관청이 납세자인 원고에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하였다고 인정할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없다.

 3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 춘천지방법원 2014. 05. 30. 선고 춘천지방법원 2013구합1995 판결 | 국세법령정보시스템