등기 접수 다음날 등록세 납부 시 가산세 부과 근거

등기서류 접수 이후 다음날 등록세 납부시 가산세 과세대상 여부

 ⁠[대법원 2014. 12. 11. 2014두40913 처분청승소]

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【판결요지】

시행령에서 기한을 등기관서에 접수하는 날까지라고 규정하고 있어 등기접수시까지 등록세를 납부하지 않은 경우 가산세를 면제 또는 경감할 수 없다.

【전문】

【심급】

3심

【세목】

등록면허세

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 원고(선정당사자)가 부담한다.

【이유】

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조에 해당하여 이유 없으므로, 위 법 제5조에 의하여 상고를 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-부산고등법원 2014. 7. 24. 선고 2014누10014 판결】

【주 문】

처분청승소

 
1.  제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고(선정당사자)의 청구를 기각한다.
 
2.  소송총비용 중 보조참가로 인한 부분을 제외한 나머지 부분은 원고(선정당사자)와 선정자들이, 보조참가로 인한 부분은 원고 보조참가인이 각 부담한다.

【이 유】

 
1.  당심의 심판 범위

원고 등은 제1심에서, 청구취지 기재 처분의 취소를 구하였는데, 제1심 법원은 위 처분 중 등록세, 지방교육세의 가산세 중 50%를 감면하여 별지 2 과세내역 표 ⁠‘가산세 취소 부분’란 기재 금액에 해당하는 부분을 취소하고, 나머지 청구는 기각하였다.
이에 대하여 피고만이 자신의 패소 부분에 대하여 항소하였고, 원고 등은 당심 변론종결일까지 항소나 부대항소를 제기하지 아니하였으므로, 당심의 심판 범위는 피고의 패소 부분인 청구취지 기재 처분 중 별지 2 과세내역 표 ⁠‘가산세 취소 부분’란 기재 금액 부분 즉, 위 처분 중 등록세, 지방교육세의 가산세 중 50%를 감면한 부분의 적법 여부에 한정된다.
 
2.  처분의 경위

 
가.  원고 등은 별지 3 등기내역 표 기재와 같이 근저당권설정등기 및 소유권이전등기를 신청하여 위 각 등기가 마쳐졌다. 원고 등은 위 각 등기에 따른 등록세 및 지방교육세(이하 ⁠‘등록세 등’이라고 한다)의 신고·납부를 원고 보조참가인(이하 ⁠‘참가인’이라고 한다)에게 위임하였고, 참가인은 별지 3 등기내역 표 ⁠‘등록세 및 교육세 신고·납부일’ 란 기재 일자에 등록세 등을 신고·납부하였다.
 
나.  피고는 2012. 7.경 자체 세무조사를 하여, 원고 등이 등기접수일 이후에 등록세 등을 신고·납부한 사실을 확인하고, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제121조 제1항 제2호, 제151조 제1호, 제2호, 제260조의4 제1항, 제260조의5 제1호, 제2호, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것) 제86조의2에 따라, 원고 등에게 별지 2 과세내역 표 ⁠‘가산세 부과내역’ 란 기재와 같이 등록세의 신고불성실가산세(등록세액의 20/100)와 납부불성실가산세(1일당 등록세액의 3/10,000), 지방교육세의 신고불성실가산세(지방교육세의 10/100)와 납부불성실가산세(1일당 지방교육세의 3/10,000)를 각 부과하였다(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라고 한다).
 
다.  원고 등은 이 사건 처분에 대하여 2013. 1. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2013. 3. 27. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증의 각 1 내지 4의 각 기재

 
3.  원고 및 참가인의 주장

등록세 가산세와 지방교육세 가산세는 구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제48조 제2항 소정의 ⁠‘세법에 따른 해당 가산세액’에 해당하는데, 원고 등은 신고기한으로부터 1개월 이내에 등록세와 지방교육세의 신고의무를 이행하였으므로, 피고는 그 가산세 중 50%를 감면하여야 한다.
 
4.  관계 법령

별지 4 ⁠‘관계 법령’ 기재와 같다.
 
5.  판단

구 국세기본법 제2조 제2호에 의하면, 구 국세기본법에서 사용하는 ⁠‘세법’이란 국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률과「국세징수법」,「조세특례제한법」,「국제조세조정에 관한 법률」,「조세범 처벌법」및「조세범 처벌절차법」을 말하고, 같은 법 제48조 제2항 제4호에 의하면 ⁠‘세법’에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출 등의 의무를 이행하는 경우에는 위 제출 등의 의무위반에 따른 가산세액의 50/100에 상당하는 금액을 감면한다.
조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세평등의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).
살피건대, 가산세의 감면을 구정하고 있는 구 국세기본법 제48조 제2항 제4호의 ⁠‘세법’은 구 국세기본법 제2조 제2호 소정의 국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률과「국세징수법」,「조세특례제한법」,「국제조세조정에 관한 법률」,「조세범 처벌법」및「조세범 처벌절차법」을 의미하므로, 위 감면규정은 구 국세기본법 제2조 제2호 소정의 각 법률에 의한 가산세에 대해서만 적용되고, 구 지방세법 소정의 등록세 등에는 적용되지 않는다고 할 것이니, 원고 및 참가인의 주장은 더 살필 것 없이 이유 없다.
 
6.  결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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별지 4

【관계법령】

■ 구 지방세법 ⁠(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제82조 ⁠(「국세기본법」등의 준용)

지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 ⁠「국세기본법」과 ⁠「국세징수법」을 준용한다.
제121조 ⁠(부족세액의 추징 및 가산세)

① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
 
2.  제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제150조의2 ⁠(신고 및 납부)

① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.
② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 경우에도 등록세 산출세액을 등기 또는 등록을 하기 전까지(제2항 또는 제3항의 경우에는 해당 항의 규정에 의한 신고기한까지) 납부한 때에는 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고를 하고 납부한 것으로 본다. 이 경우 제151조 제1호의 규정에 의한 신고불성실가산세를 징수하지 아니한다.
제151조 ⁠(부족세액의 추징 및 가산세)

등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
 
1.  제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

 
2.  제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제260조의4 ⁠(신고 및 납부와 부과징수)

① 납세의무자가 이 법에 의하여 등록세, 레저세 또는 담배소비세를 신고하고 납부하는 때에는 그에 대한 지방교육세를 함께 신고하고 납부하여야 한다. 이 경우 담배소비세 납세의무자(제조자 또는 수입판매업자에 한정한다)의 주사무소 소재지를 관할하는 시장·군수가 제233조의10 제1항의 규정에 따라 담보의 제공을 요구하는 경우에는 담배소비세분 지방교육세에 대한 담보의 제공도 함께 요구할 수 있다.
제260조의5 ⁠(부족세액의 추징 및 가산세)

제260조의4 제1항의 규정에 의하여 지방교육세를 신고하고 납부하여야 할 자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제260조의3 제1항의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
 
1.  제260조의4 제1항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 10에 상당하는 신고불성실가산세

 
2.  제260조의4 제1항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

■ 구 지방세법 시행령 ⁠(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것)

제86조의2 ⁠(납부불성실가산세)

법 제121조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 1일 10,000분의 3을 말한다.
제104조의2 ⁠(신고 및 납부기한 등)

① 법 제150조의2 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지"라 함은 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지를 말한다. 다만, 특허권·실용신안권·디자인권 및 상표권의 등록에 대한 등록세의 경우에는 ⁠「특허법」·「실용신안법」·「디자인보호법」및 ⁠「상표법」에 따른 특허료·등록료 및 수수료의 납부기한까지를 말한다.
■ 국세기본법 ⁠(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것)

제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음 각호와 같다.
 
2.  "세법"이라 함은 국세의 종목과 세율을 정하고 있는 법률과 ⁠「국세징수법」·「조세특례제한법」·「국제조세조정에 관한 법률」·「조세범처벌법」및 ⁠「조세범처벌절차법」을 말한다.
제48조 ⁠(가산세의 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다.
 
1.  법정신고기한 경과 후 6개월 이내에 제45조의 규정에 따라 수정신고를 한 경우(제47조의3 및 제47조의4의 규정에 따른 가산세에 한하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우를 제외한다)

 
2.  법정신고기한 경과 후 1개월 이내에 제45조의3의 규정에 따라 기한후신고를 한 경우(제47조의2의 규정에 따른 가산세에 한한다)

 
3.  제81조의12의 규정에 따른 과세전적부심사 결정·통지기간 이내에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정·통지가 지연됨으로써 해당기간에 부과되는 제47조의5의 규정에 따른 가산세에 한한다)

 
4.  세법에 따른 제출·신고·가입·등록·개설(이하 이 호에서 "제출등"이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당세법에 따른 제출등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세에 한한다)

③ 제1항 또는 제2항의 규정에 따른 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다. 끝.
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【하급심-창원지방법원 2013. 12. 3. 선고 2013구합1650 판결】

【주 문】

처분청일부승소

 
1.  피고가 원고(선정당사자) 및 선정자 0000농업협동조합, 000, 000에게 별지 2 과세내역표 ⁠‘가산세 부과내역’란 기재와 같이 한 가산세 부과처분 중 같은 표 ⁠‘가산세 취소 부분’란 기재 금액에 해당하는 부분을 모두 취소한다.
 
2.  원고(선정당사자)의 나머지 청구를 기각한다.
 
3.  소송비용은 보조참가로 인한 부분을 포함하여 1/2은 원고(선정당사자)가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

【이 유】

 
1.  처분의 경위

다음 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제1, 2, 3, 5호증의 각 1 내지 4의 각 기재에 의하여 인정할 수 있다.
 
가.  원고 등은 별지 2 과세내역표··등기신청일··란 기재 각 등기접수일에··부동산 및 등기원인··란 및··등기내역··란 기재와 같이 등기신청을 접수하여 위 각 등기를 경료하고, 그에 대한 등록세 및 교육세의 신고·납부 업무를 원고 보조참가인(이하··참가인··이라 한다)에게 위임하여··등록세 및 교육세 신고·납부일··란 기재일에 위 각 등기에 따른 등록세와 교육세(이하··등록세 등··이라 한다)를 신고·납부하였다.
 
나.  피고는 2012. 7.경 자체 세무조사를 실시한 결과, 원고 등이 위 각 등기접수일 다음날 위 각 등록세 등을 신고·납부한 사실을 확인하고, 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제121조 제1항 제2호, 제151조 제1호, 제2호, 제260조의4 제1항, 제260조의5 제1호, 제2호, 구 지방세법 시행령(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제86조의2에 따라, 원고 등에게 같은 표··부과일··란 기재 부과일에··등록세··란 및··교육세··란 기재와 같이 등록세액의 각 100분의 20에 해당하는 액수의 신고불성실가산세와 1일당 10,000분의 3에 해당하는 납부불성실가산세, 지방교육세의 각 100분의 10에 해당하는 액수의 신고불성실가산세와 1일당 10,000분의 3에 해당하는 납부불성실가산세를 각 부과·고지(이하··이 사건 처분··이라 한다)하였다.
 
다.  원고 등은 이 사건 처분에 불복하여 2013. 1. 11. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2013. 3. 27. 원고 등의 위 각 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  원고 및 참가인의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.
1) 구「지방세법」제150조의2 제1항에서 등록세의 신고·납부기한으로 규정한··등기 또는 등록을 하기 전까지··는 등기관이 접수된 등기신청에 따라 등기를 완료한 시점을 의미한다. 따라서 원고 등이 등기관에 의하여 등기가 완료되기 이전에 등록세 등을신고·납부한 이상, 원고 등은 등록세 등의 신고·납부기한을 준수하였다고 보아야 한다.
2) 원고 등은 등기 신청 다음날에 그에 대한 각 등록세 등을 신고·납부하였는데, 피고는 위와 같이 등기 신청 다음날에 등록세 등의 신고·납부를 한 행위에 대하여 구「지방세법」제150조의2가 제정된 때로부터 약 15년 동안 가산세 부과처분은 물론 경고처분을 비롯한 아무런 조치를 취한 바 없다. 그러므로 위와 같이 등기 신청 다음날에 등록세 등을 신고·납부하는 것에 대하여는 과세를 하지 아니하는 관행이 성립하였다고 보는 것이 타당하다. 그럼에도 피고가 이러한 관행에 반하여 원고 등이 처분 시로부터 약 5년 전에 위와 같이 각 등록세 등 신고·납부기한을 준수하지 아니하였다는 이유를 들어 이 사건 처분을 한 것은 과세권의 남용에 해당한다.
3) 원고 등이 위 등록세 등 신고·납부기한을 위반하였다고 하더라도, 구「지방세법」제82조및 국세기본법 제48조에 따라 신고기한으로부터 1개월 이내에 그 신고의무를 이행하였으므로 가산세의 50%를 감면하여야 한다.
4) 원고 등이 위 등록세 등 신고·납부기한을 위반하게 된 경위와 위반의 정도, 원고 등이 이 사건 처분으로 입는 불이익 등에 비추어 볼 때 이 사건 처분은 비례의 원칙에도 반한다.
 
나.  관계 법령

별지 3 기재와 같다.
 
다.  판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

가) 구「지방세법」제150조의2 제1항에 의하면, 등록세 납부의무자는 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 등록세를 신고하고 납부하여야 한다. 그리고 구「지방세법 시행령」제104조의2 제1항은 위··등기 또는 등록을 하기 전까지··의 의미를··등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지··로 정의하고 있다. 위 각 규정에 의하면, 등록세의 신고·납부기한은 등기신청 시까지로 보는 것이 타당하므로 등기관이 등기를 완료하기 전까지, 원고 등이 등록세 등을 신고·납부한 것만으로는 등록세 등의 신고·납부기한을 준수하였다고 보기 어렵다.
나) 원고 및 참가인은, 구「지방세법」제150조의2 제4항의 취지는 이 사건과 같이 등기신청 시에 등록세 신고·납부를 하지 못한 경우에는 예외적으로 등기관의 등기완료 시까지 이를 납부할 수 있도록 허용한다는 것이므로, 구「지방세법 시행령」제104조의2 제1항은 구「지방세법」제150조의2 제1, 2, 3항에만 적용되고, 제4항에는 적용되지 아니한다고 주장한다.
그러나 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하는바, 구 지방세법 및 시행령 등 관계 법령에서 구「지방세법」제150조의2 제4항의··등기 또는 등록을 하기 전까지··의 의미를 제1항의 경우와 달리··등기완료 시··로 정의하고 있는 별도 규정이 존재하지 아니하는 데다가, 제4항의 위 문언의 의미를 제1항과 달리 해석할 만한 특별한 사정이 보이지 아니하는 점, 구「지방세법」제150조의2 제4항은 등록세 납세의무자가 그 등기 및 등록을 신청한 날을 경과하기 이전에 이를 납부한 경우 결과적으로는 제1항에서 정한 등록세 납부기한 내에 등록세가 납부되어 과세관청으로서도 그 소기의 목적을 달성하였으므로, 비록 납부자가 등기 및 등록신청 시까지 등록세 신고의무를 이행하지 아니하였다고 하더라도 신고의 지체 또는 누락에 따른 신고불성실가산세를 부과하지 아니하겠다는 취지에서 제정된 것으로서, 이를 등록세의 납부기한을 연장하는 취지로까지 확대하여 해석하기는 어려운 점 등을 종합하여 보면, 구「지방세법」제150조의2 제4항의··등기 또는 등록을 하기 전까지··의 의미는 제1항과 마찬가지로··등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지··로 해석하는 것이 타당하다.
다) 따라서 원고와 참가인의 이 부분 주장은 이유 없다.
2) 두 번째 주장에 대하여

국세기본법 제18조 제3항은··세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.··라고 규정하고 있다. 위와 같이 규정된 비과세관행이 성립하려면, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 하지만, 묵시적 표시가 있다고 하려면 단순한 과세누락과는 달리 과세관청이 상당기간의 불과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 사정이 있어야 한다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두7855 판결 등 참조). 또한 그러한 해석 또는 관행의 존재에 대한 증명책임은 납세자에게 있다(대법원 2003. 9. 5. 선고 2001두10837 판결 등 참조).
원고 등이 위 각 등기에 대한 등록세 등을 신고·납부한 때로부터 5년 가량의 기간이 경과한 때에야, 피고가 비로소 등록세 등 신고·납부기한을 준수하지 아니하였다는 이유로 이 사건 처분을 하였음은 앞서 본 바와 같으나, 위 사실만으로 피고가 등기신청일 다음날에 한 등록세 등의 신고·납부에 대하여는 신고 또는 납부불성실가산세를 면제하기로 하는 공적인 의사표시를 하였다거나 그러한 의사표시가 있었다고 볼 만한 사정이 있었다고 보기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 또한 원고 및 참가인의 주장과 같이 구「지방세법」제150조의2가 제정·시행된 이후부터 현재까지 과세관청이 등기신청일 다음날에 등록세 등을 신고·납부한 것에 대하여 가산세를 부과하지 아니한 사실을 인정할 아무런 증거가 없을 뿐만 아니라, 설령 그러한 사실이 있다고 하더라도 그러한 사실만으로 과세관청이 가산세를 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 보기 어렵다. 따라서 원고와 참가인의 이 부분 주장도 이유 없다.
3) 세 번째 주장에 대하여

구 국세기본법(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것) 제48조 제2항 제4호에서는··세법에 따른 제출, 신고, 가입, 등록, 개설의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당 세법에 따른 제출 등의 의무를 이행하는 경우··에는 위 제출 등의 의무위반에 따른 가산세의 100분의 50을 감면한다고 규정하고 있고, 구「지방세법」제82조는 지방세의 부과와 징수에 관하여 구 국세기본법을 준용한다고 규정하고 있다.
원고 등이 등록세 등의 신고기한으로부터 1~3일 경과한 후에 등록세 등을 신고하고 이를 납부한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고 등은 구 지방세법이 정한 신고의무의 기한이 지난 후 1개월 이내에 그 의무를 이행하였음이 명백하다. 그러므로 피고는 구 국세기본법 및 구 지방세법의 규정에 따라 그 신고의무 위반에 따른 가산세를 감면하여 부과하여야 한다. 따라서 위와 같은 가산세 감면을 하지 아니한 이 사건 처분은 위법하므로 이를 지적하는 참가인의 주장은 이유 있다.
4) 네 번째 주장에 대하여 이 사건 부과처분 중 앞서 본 바와 같이 감면되고 남은 부분이 비례의 원칙에 위반되는지 여부에 대하여 보건대, 원고 등이 등록세 등 신고·납부의무를 위반한 기간이 1~3일에 불과하고, 그 위반의 경위 등에 다소 참작할 만한 사정이 있다고 보이나 조세공평 등을 고려할 때 그러한 사정만으로 이 사건 처분이 비례의 원칙에 어긋난다고 보기는 어렵다. 따라서 원고와 참가인의 이 부분 주장은 이유 없다.
5) 소결론

따라서 원고 등의 신고의무 위반에 따른 가산세 부과처분 중 가산세액의 100분의 50에 해당하는 부분을 취소하기로 하며, 그 계산 내역 및 액수는 별지 2 과세내역표··가산세 취소 부분··란 기재와 같다.
 
3.  결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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별지 3

【관계법령】

■ 구 지방세법 ⁠(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제82조 ⁠(「국세기본법」등의 준용)

지방세의 부과와 징수에 관하여 이 법 및 다른 법령에서 규정한 것을 제외하고는 ⁠「국세기본법」과 ⁠「국세징수법」을 준용한다.
제121조 ⁠(부족세액의 추징 및 가산세

① 취득세 납세의무자가 제120조의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제111조 및 제112조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
 
2.  제120조의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 금융기관의 연체이자율을 참작하여 대통령령이 정하는 율(이하 "가산율"이라 한다)과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제150조의2 ⁠(신고 및 납부)

① 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 제130조의 규정에 의한 과세표준액에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다.
② 등록세 과세물건을 등기 또는 등록한 후에 당해 과세물건이 제138조의 규정에 의한 세율의 적용대상이 된 때에는 대통령령이 정하는 날부터 30일 이내에 제138조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 금액을 세액으로 하여 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
③ 이 법 또는 다른 법령에 의하여 등록세를 비과세·과세면제 또는 경감받은 후에 당해 과세물건이 등록세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일부터 30일 이내에 당해 과세표준에 제131조 내지 제146조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액[경감받은 경우에는 이미 납부한 세액(가산세를 제외한다)을 공제한 세액을 말한다]을 납세지를 관할하는 지방자치단체의 장에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 신고하고 납부하여야 한다.
④ 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 경우에도 등록세 산출세액을 등기 또는 등록을 하기 전까지(제2항 또는 제3항의 경우에는 해당 항의 규정에 의한 신고기한까지) 납부한 때에는 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고를 하고 납부한 것으로 본다. 이 경우 제151조 제1호의 규정에 의한 신고불성실가산세를 징수하지 아니한다.
제151조 ⁠(부족세액의 추징 및 가산세)

등록세 납세의무자가 제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의한 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제130조 내지 제143조, 제145조 및 제146조의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
 
1.  제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 20에 상당하는 신고불성실가산세

 
2.  제150조의2 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

제260조의4 ⁠(신고 및 납부와 부과징수)

① 납세의무자가 이 법에 의하여 등록세, 레저세 또는 담배소비세를 신고하고 납부하는 때에는 그에 대한 지방교육세를 함께 신고하고 납부하여야 한다. 이 경우 담배소비세 납세의무자(제조자 또는 수입판매업자에 한정한다)의 주사무소 소재지를 관할하는 시장·군수가 제233조의10 제1항의 규정에 따라 담보의 제공을 요구하는 경우에는 담배소비세분 지방교육세에 대한 담보의 제공도 함께 요구할 수 있다.
제260조의5 ⁠(부족세액의 추징 및 가산세)

제260조의4 제1항의 규정에 의하여 지방교육세를 신고하고 납부하여야 할 자가 신고 또는 납부의무를 다하지 아니한 때에는 제260조의3 제1항의 규정에 의하여 산출한 세액(이하 이 조에서 "산출세액"이라 한다) 또는 그 부족세액에 다음 각호의 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법에 의하여 징수한다.
 
1.  제260조의4 제1항의 규정에 의하여 신고하지 아니하였거나 신고한 세액이 산출세액에 미달하는 때에는 당해 산출세액 또는 부족세액의 100분의 10에 상당하는 신고불성실가산세

 
2.  제260조의4 제1항의 규정에 의하여 납부하지 아니하였거나 산출세액에 미달하게 납부한 때에는 그 납부하지 아니하였거나 부족한 세액에 제121조 제1항 제2호의 규정에 의한 가산율과 납부지연일자를 곱하여 산출한 납부불성실가산세

■ 구 지방세법 시행령 ⁠(2010. 9. 20. 대통령령 제22395호로 전부개정되기 전의 것)

제86조의2 ⁠(납부불성실가산세)

법 제121조 제1항 제2호에서 "대통령령이 정하는 율"이라 함은 1일 10,000분의 3을 말한다.
제104조의2 ⁠(신고 및 납부기한 등)

① 법 제150조의2 제1항에서 "대통령령이 정하는 바에 의하여 등기 또는 등록을 하기 전까지"라 함은 등기 또는 등록의 신청서를 등기소 또는 등록관청에 접수하는 날까지를 말한다. 다만, 특허권·실용신안권·디자인권 및 상표권의 등록에 대한 등록세의 경우에는 ⁠「특허법」·「실용신안법」·「디자인보호법」및 ⁠「상표법」에 따른 특허료·등록료 및 수수료의 납부기한까지를 말한다.
■ 국세기본법 ⁠(2008. 12. 26. 법률 제9263호로 개정되기 전의 것)

제48조 ⁠(가산세의 감면 등)

① 정부는 이 법 또는 세법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제6조 제1항의 규정에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 의무를 불이행한 것에 대하여 정당한 사유가 있는 때에는 해당 가산세를 부과하지 아니한다.
② 정부는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 이 법 또는 세법에 따른 해당 가산세액의 100분의 50에 상당하는 금액을 감면한다.
 
1.  법정신고기한 경과 후 6개월 이내에 제45조의 규정에 따라 수정신고를 한 경우(제47조의3 및 제47조의4의 규정에 따른 가산세에 한하며, 과세표준수정신고서를 제출한 과세표준과 세액에 관하여 경정이 있을 것을 미리 알고 제출한 경우를 제외한다)

 
2.  법정신고기한 경과 후 1개월 이내에 제45조의3의 규정에 따라 기한후신고를 한 경우(제47조의2의 규정에 따른 가산세에 한한다)

 
3.  제81조의12의 규정에 따른 과세전적부심사 결정·통지기간 이내에 그 결과를 통지하지 아니한 경우(결정·통지가 지연됨으로써 해당기간에 부과되는 제47조의5의 규정에 따른 가산세에 한한다)

 
4.  세법에 따른 제출·신고·가입·등록·개설(이하 이 호에서 "제출등"이라 한다)의 기한이 지난 후 1개월 이내에 해당세법에 따른 제출등의 의무를 이행하는 경우(제출등의 의무위반에 대하여 세법에 따라 부과되는 가산세에 한한다)

③ 제1항 또는 제2항의 규정에 따른 가산세의 감면 등을 받으려는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면 등을 신청할 수 있다.
■ 국세기본법

제18조 ⁠(세법 해석의 기준 및 소급과세의 금지)

③ 세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.

출처 : 대법원 2014. 12. 11. 선고 2014두40913 판결 | 사법정보공개포털 판례