중소기업 통합 후 신축 건물의 일부 분양 시 취득세 감면 배제 여부

중소기업 통합후 임대용건물 철거후 신축된 건물 일부 분양시 감면배제 여부

 ⁠[대법원 2014. 10. 15. 2014두37931 처분청패소]

본 컨텐츠는 지방세 법령정보시스템에서 수집한 데이터로, 관련 문의는 해당 기관으로 부탁드립니다.

【판결요지】

중소기업의 대형화를 통한 경쟁력 강화 입법취지를 고려시 임대면적이 확대된 경우, 일부를 분양 또는 자가 사용하였다고 하여 사업의 동질성이 유지되지 않은 것으로 보아 감면을 배제할 수 없다.

【전문】

【심급】

3심

【세목】

취득세

【주문】

상고를 기각한다.
상고비용은 피고가 부담한다

이 사건 기록과 원심판결 및 상고이유를 모두 살펴보았으나, 상고인의 상고이유 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호에 정한 사유를 포함하지 아니하거나 이유가 없다고 인정된다. 이에 같은 법 제5조에 의하여 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【이유】

【하급심-서울고등법원 2014. 5. 28. 선고 2013누51147 판결】

【주 문】

처분청패소

 
1.  피고가 한 항소를 기각한다.
 
2.  항소비용은 피고가 부담한다.
 
3.  제1심 판결의 피고 표시 중 " 피고 영등포구청장"을 " 피고 서울특별시 영등포구청장"으로 경정한다.

【이 유】

 
1.  제1심 판결의 인용 이 법원의 판결 이유는 제1심 판결 이유와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 따라 인용한다.
 
2.  결 론

제1심 판결은 정당하다. 피고가 한 항소를 기각한다. 제1심 판결의 피고 표시 부분을 경정한다.
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【하급심-서울행정법원 2013. 11. 1. 선고 2013구합56171 판결】

【주 문】

처분청패소

 
1.  피고가 2012. 9. 7. 원고에 대하여 한 취득세 546,503,640원, 가산세 198,490,110원, 지방교육세 69,034,320원, 농어촌특별세 37,249,670원의 각 부과처분을 취소한다.
 
2.  소송비용은 피고가 부담한다.

【이 유】

 
1.  처분의 경위

 
가.  000은 1983. 1. 7. 사업장 소재지를 ⁠‘00 000구 00동3가 82-25’로 하여 부동산 임대업의 사업자등록을 마쳤고, 원고는 1988. 2. 15. 설립되어 부동산 매매 및 분양업, 임대업 등을 영위하는 법인이다. 000과 원고는 중소기업기본법에서 정한 중소기업자에 해당한다.
 
나.  원고는 2010. 12. 22. 000과, 000이 소유하던 00 000구 00동3가 82-25 대 2,028.8㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물(이하 ⁠‘이 사건 구건물’이라 한다)에 관한 일체의 권리·의무를 현물출자 받기로 하는 등의 중소기업 통합계약을 체결하였다. 이에 따라 원고는 이 사건 토지 및 구건물에 관하여 2011. 1. 21. 원고 명의로 2010. 12. 22. 현물출자를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.
 
다.  원고는 2011. 1. 17.경 피고에게 이 사건 토지 및 구건물의 취득이 ⁠‘중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산’에 해당한다는 이유로 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제120조 제1항 제2호에 따라 취득세에 대한 감면신청을 하여 이를 면제받았다.
 
라.  피고는 0000시의 세무업무지도점검 결과, 원고가 000이 임대사업에 사용하던 이 사건 구건물을 양수한 후 이를 철거하고 건물(이하 ⁠‘이 사건 신건물’이라 한다)을 신축하고 있는데, 신탁계약서 및 분양신고서 등에 의하면 이를 임대하는 것이 아니라 분양하는 등 자가사용하고 있는 것으로 확인되어 중소기업 간 통합 후 사업의 동일성이 유지되지 않으므로 취득세 감면대상에 해당하지 않는다는 이유로 2012. 6. 25. 원고에게 원고가 감면받은 취득세를 추징하겠다는 내용의 지방세 과세예고 통지를 하였다.
 
마.  원고는 이에 불복하여 0000시장에게 과세전적부심사를 청구하였으나, 0000시장은 2012. 8. 14. 불채택 결정을 하였다.
 
바.  피고는 2012. 9. 7. 원고에 대하여 취득세 546,503,640원, 가산세 198,490,110원, 지방교육세 69,034,320원, 농어촌특별세 37,249,670원을 각 부과·고지(이하 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다)하였는데, 납세고지서에는 가산세의 종류나 산출근거가 기재되어 있지 않다.
 
사.  원고는 이에 불복하여 2012. 11. 15. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2013. 4. 25. 기각되었다.
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 7, 8, 9호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
2.  이 사건 처분의 적법 여부

 
가.  원고의 주장

1) 사업의 동일성 유지 주장

원고는 이 사건 구건물을 철거한 후 규모가 더 큰 이 사건 신건물을 신축하여 000이 영위하던 임대사업을 4.5배 이상 확장하여 영위하고 있는 점, 구 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호, 제31조는 그 적용대상을 ⁠‘대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합’으로만 규정하고 있을 뿐 위 중소기업에 관하여 동일 사업을 영위하는 중소기업으로 제한하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 원고와 000의 중소기업 간 통합은 사업의 동일성이 유지되는 경우에 해당한다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.
2) 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙 위반 주장

원고는 2011. 1. 17. 피고에게 취득세 감면신청을 하면서 ⁠‘취득 부동산 사용현황 및 계획서’에 ⁠‘신축사업에 소요되는 사업비 부담 등은 분양 등으로 충당한다’라고 기재함으로써 신축 건물의 건축비를 그 중 일부를 분양하는 방법으로 충당할 계획이라고 보고하였다. 이에 대해 피고의 담당 직원은 원고에게 그러한 경우에도 취득세가 면세된다고 설명하였고, 실제로 피고는 2011. 1. 21. 원고에게 취득세 감면 고지를 함으로써 이 사건 신건물의 분양을 통하여 건축비를 보전하더라도 취득세 면제를 번복하거나 면제된 취득세를 추징하지 않겠다는 취지의 공적 견해를 표명하였다고 할 것이다. 이후 원고는 피고의 공적 견해를 신뢰하여 이 사건 신건물의 일부를 분양하였는바, 이 사건 처분은 신의성실의 원칙 또는 금반언의 원칙에 위반되어 위법하다.
3) 가산세 관련 주장

피고는 원고에 대하여 가산세의 종류와 산출근거 등을 고지하지 않은 채 가산세를 부과하였으므로 가산세 부과처분은 위법하다.
 
나.  관계 법령

별지 기재와 같다.
 
다.  인정사실

1) 000은 2010. 9. 2.경 피고에게 이 사건 토지 위에 지하 3층, 지상 10층 규모로 근린생활시설 및 업무시설 용도의 건물을 신축하겠다는 내용의 건축계획심의신청을 하였다. 0000시 000구 건축위원회는 2010. 9. 9. ⁠「주출입구(필로티)의 폭을 추가 확보하여(5m 이상) 보행 동선을 원활하게 하고, 공개공지와 연결된 건축물의 출입구를 삭제할 것」이라는 내용으로 조건부동의를 하였으며, 피고는 2010. 9. 14. 000에게 건축위원회의 심의 결과를 통지하였다. 000은 2010. 10. 21.경 피고에게 건축허가신청을 하였다.
2) 이후 000은 건축허가신청을 취하하였고, 원고는 2010. 11. 15.경 피고에게 이 사건 토지 위에 건축면적 983.55㎡, 연면적 12,636.73㎡, 건폐율 48.4794%, 용적률 399.3129%, 주용도 업무시설인 건물 1동의 신축을 위한 건축허가신청을 하여 2010. 12. 6. 건축허가를 받았다.
3) 원고는 2010. 12. 22. 000과 중소기업 통합계약을 체결한 후 2011. 1. 17.경 피고에게 이 사건 토지 및 구건물에 관한 취득세 등에 관하여 감면신청을 하면서 ⁠‘취득 부동산 사용현황 및 계획서(갑 제8호증의 2)’를 제출하였는데, 위 계획서에는 이 사건 토지 및 구건물의 사용 용도에 관하여 ⁠‘중소기업 통합에 따른 현물출자로 취득하는 부동산으로서 이를 철거한 후 현대화된 건축물을 신축하고, 신축에 소요되는 사업비 등은 분양 등으로 충당하며, 원고의 사업목적인 임대로 사용하고자 취득함(현 사용현황도 임대를 사용하고 있음)’이라고 기재되어 있다.
4) 원고는 2011. 1. 17. 00건설 주식회사와 공사도급계약을 체결하였고, 2011. 1. 31.경부터 이 사건 구건물을 철거한 후 2011. 3. 21. 착공신고를 하였다.
5) 원고는 2011. 6. 23. 주식회사 00은행(이하 ⁠‘00은행’이라 한다), 주식회사 00신탁(이하 ⁠‘00신탁’이라 한다)과, 이 사건 토지 위에 건물을 신축 또는 증축하여 분양하는 사업에 있어 수탁자인 00은행, 00신탁이 이 사건 토지 및 신축 건물의 소유권을 보전·관리하여 피분양자를 보호하고, 위탁자인 원고가 채무불이행시 이 사건 토지 및 신축 건물을 환가·처분하여 정산하기로 하는 내용의 분양관리신탁계약을 체결하였다.
6) 원고는 2011. 6. 28. 피고에게 ⁠「건축물의 분양에 관한 법률」에 따라 분양대상면적을 이 사건 신건물 전체인 약 13,279㎡, 분양기간을 2011. 7. 13.부터 2012. 8. 30.까지로 하여 분양신고서를 제출하여 2011. 7. 4. 분양신고필증을 교부받았다. 원고는 2012. 10. 12. 이 사건 신건물에 대한 사용승인을 받았고, 이 사건 신건물에 관하여 2012. 10. 29. 소유권보존등기를 마쳤다.
7) 이 사건 토지에 관하여 2011. 6. 24. 00은행, 00신탁 명의로 2011. 6. 23. 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다가 2012. 10. 29. 원고 명의로 2012. 10. 26. 신탁재산의 귀속을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌고, 이 사건 신건물에 관하여 2012. 10. 29. 00은행, 00신탁 명의로 2012. 10. 26. 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다가 2012. 11. 26.경 원고 명의로 신탁재산의 귀속을 원인으로 한 소유권이전등기가 마쳐졌다.
8) 원고는 이 사건 처분 이전에 이 사건 신건물 중 4개 호실(101호, 102호, 103호, 104)을 분양하였고(분양면적 : 합계 513.43㎡, 분양대금 : 합계 3,732,293,000원), 이 사건 처분 이후 이 사건 신건물 중 11개 호실(105호, 106호, 202호, 203호, 204호, 205호, 210호, 301호, 308호, 309호, 1004호)을 분양하였다(분양면적 : 합계 1,805.78㎡, 분양대금 : 합계 6,355,522,500원).
9) 원고는 2013. 6. 현재 이 사건 건물 중 4층부터 9층까지의 호실 전부와 1층 중 3개 호실(105호, 108호, 109호), 2층 중 3개 호실(206호, 207호, 208호), 3층 중 6개 호실(302호부터 207호), 10층 중 7개 호실(1002호, 1003호, 1005호 내지 1009호)을 임대하고 있다(임대면적 : 합계 약 10,306.67㎡).
[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 12, 15, 17호증, 을 제3, 4, 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

 
라.  판단

1) 사업의 동일성 유지 주장에 관하여

가) 구 조세특례제한법 제120조 제1항 제2호, 제31조, 구 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것) 제28조 제1항은 중소기업 간의 통합(소비성서비스업을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 일정한 요건을 갖춘 것)으로 인하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 사업용 재산에 대하여는 취득세를 면제한다고 규정하고 있다.
한편, 법은 원칙적으로 불특정 다수인에 대하여 동일한 구속력을 갖는 사회의 보편타당한 규범이므로 이를 해석함에 있어서는 법의 표준적 의미를 밝혀 객관적 타당성이 있도록 하여야 하고, 가급적 모든 사람이 수긍할 수 있는 일관성을 유지함으로써 법적 안정성이 손상되지 않도록 하여야 한다. 그리고 실정법이란 보편적이고 전형적인 사안을 염두에 두고 규정되기 마련이므로 사회현실에서 일어나는 다양한 사안에서 그 법을 적용함에 있어서는 구체적 사안에 맞는 가장 타당한 해결이 될 수 있도록, 즉 구체적 타당성을 가지도록 해석할 것도 요구된다. 요컨대, 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 앞서 본 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석이 되도록 하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결 참조).
나) 살피건대, 앞서 본 사실관계 및 앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 원고와 000의 중소기업 간 통합은 사업의 동일성이 유지되는 경우로서 취득세 면제대상에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
① 중소기업 간 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 사업용 재산에 대하여 취득세 등을 면제하는 과세특례제도는 조세감면규제법(1998. 12. 28. 조세특례제한법으로 전문개정되었다)이 1976. 12. 22. 법률 제2938호로 개정되면서 제10조 제2항 제23호에서 ⁠‘주무부장관이 인정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업의 합병 또는 통합(개인과 법인간 및 개인과 개인간의 통합을 포함한다)에 의하여 설립된 법인이나 합병 또는 통합 후 존속하는 법인이 양수하는 당해 사업용 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다’라고 규정함으로써 처음 도입되었는데, 그 입법 취지는 중소기업의 대형화를 통하여 경쟁력을 강화하기 위한 것이었고, 그 당시에는 ⁠‘중소기업 간 통합’의 요건에 관하여 별다른 규정을 두지 않았다.
또한, 조세감면규제법은 1977. 12. 19. 법률 제3017호로 개정되면서 제3조의3 제3항을 신설하여 ⁠‘중소기업 간의 통합(개인과 법인간 및 개인과 개인간의 통합을 포함한다)으로 인하여 소멸되는 중소기업이 그 사업용 부동산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다’고 규정하였으나, 여전히 ⁠‘중소기업 간 통합’의 요건에 관하여 별다른 규정을 두지 않았다.
이후 조세감면규제법이 1981. 12. 31. 법률 제3481호로 전부개정되면서 제44조 제1항에서 ⁠‘대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 사업용 부동산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다’고 규정함으로써 ⁠‘중소기업 간의 통합’의 요건에 관하여 시행령에 위임하였고, 제84조 제3호, 제85조 제2호에서도 ⁠‘대통령령으로 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업 간의 합병 또는 통합에 의하여 설립된 법인이나 합병 또는 통합 후 존속하는 법인이 양수하는 당해 사업용 부동산에 대하여는 등록세, 취득세를 면제한다’고 규정하였으며, 조세감면규제법 시행령(1981. 12. 31. 대통령령 제10670호로 전부개정된 것)은 제38조 제2항에서 ⁠‘중소기업 간 통합’의 요건 중 하나로 ⁠‘사업의 동일성 유지’를 규정함으로써 비로소 ⁠‘사업의 동일성 유지’가 ⁠‘중소기업 간 통합’의 요건이 되었다. 그런데 이와 같이 ⁠‘사업의 동일성 유지’가 ⁠‘중소기업 간 통합’의 요건으로 규정된 것은 중소기업 간 통합의 형식만 갖추었을 뿐 실질적으로는 단순한 자산의 양도에 불과한 경우 과세특례규정이 적용되는 문제점을 개선하기 위한 것으로 해석된다.
결국 ⁠‘사업의 동일성 유지’는 이러한 제·개정 연혁과 중소기업의 대형화를 통한 경쟁력 강화라는 입법취지에 부합하게 해석되어야 한다.
② 원고가 이 사건 신건물 중 임대한 면적은 약 10,306.67㎡로서 000이 이 사건 구건물 중 임대한 면적인 2,356.58㎡의 약 4.3배에 달하여[이 사건 신건물 중 아직 임대되지 않았으나 임대 예정인 474.07㎡를 합하면 약 4.5배{= 10,780.74㎡(= 10,306.67㎡ + 474.07㎡) ÷ 2,356.58㎡}에 달한다], 원고와 000의 중소기업 간 통합 이후 임대사업이 대형화되었다.
③ 원고가 이 사건 신건물 중 분양한 면적은 약 17.5%{= 2,319.21㎡(= 513.43㎡ + 1,805.78㎡) ÷ 13,270.73}에 불과할 뿐만 아니라 원고가 이 사건 신건물 중 일부를 분양한 이유는 건축비를 조달하기 위한 것으로 그 이외에 별다른 이유는 없어 보인다.
④ 원고가 이 사건 신건물에 관하여 수탁자인 00은행, 00신탁에게 신탁을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳐주었다가 이후 원고 명의로 신탁재산의 귀속을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤으므로, 이 사건 신건물의 관리·처분 권한이 수탁자에게 위임되어 있다고 보기 어렵다.
⑤ 원고는 분양신고서를 제출할 때 분양대상면적을 이 사건 신건물의 전체로 기재하였지만, 이는 당시 분양이 될 호실을 특정할 수 없었기 때문인 것으로 보인다(실제로 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 신건물 중 일부 호실만을 분양하고, 나머지 대부분의 호실을 임대하였다).
⑥ 피고는 이 사건 처분의 근거 중 하나로 ⁠「조세특례제한법 제31조의 중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등 규정은 중소기업자가 당해 기업의 사업장별로 그 사안에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 경우에 적용되는 것으로, 위 규정을 적용함에 있어 임대사업에 사용하던 부동산을 통합 법인에 양도한 후 통합 법인이 그 부동산을 자가사용 및 일부 임대하는 경우 사업의 동일성이 유지되지 않는다」라는 국세청 예규를 제시하고 있으나, 국세청 예규는 과세관청 내부의 사무처리준칙에 불과하여 법원이나 국민을 기속하는 법규적 효력이 있다고 볼 수 없다.
2) 가산세 관련 주장에 관하여

가) 하나의 납세고지서에 의하여 본세와 가산세를 함께 부과할 때에는 납세고지서에 본세와 가산세 각각의 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재해야 하는 것이고, 또 여러 종류의 가산세를 함께 부과하는 경우에는 그 가산세 상호 간에도 종류별로 세액과 산출근거 등을 구분하여 기재함으로써 납세의무자가 납세고지서 자체로 각 과세처분의 내용을 알 수 있도록 하는 것이 당연한 원칙이므로, 가산세 부과처분이라고 하여 그 종류와 세액의 산출근거 등을 전혀 밝히지 않고 가산세의 합계액만을 기재한 경우에는 그 부과처분은 위법함을 면할 수 없다. 다만, 납세고지에 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락한 하자가 있더라도 과세관청이 과세처분에 앞서 납세의무자에게 보낸 과세예고통지서 등에 납세고지서의 필요적 기재사항이 이미 모두 기재되어 있어 납세의무자가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정 및 불복신청에 전혀 지장을 받지 않은 것이 명백하다면, 이로써 납세고지의 하자는 보완되거나 치유될 수 있다(대법원 2012. 10. 18. 선고 2010두12347 전원합의체 판결 참조).
나) 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고에 대한 납세고지서에는 가산세의 종류나 산출근거가 기재되어 있지 않으므로, 가산세 부과처분의 납세고지는 관계 법령에서 요구하는 기재사항을 누락하는 등의 하자가 있고, 달리 그 하자가 보완되거나 치유되었다고 볼 사정도 없으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 이 점에서도 위법하다.
3) 소결론

따라서 이 사건 처분은 위법하므로 원고의 나머지 주장에 관하여 더 나아가 살필 필요 없이 이 사건 처분은 취소되어야 한다.
 
3.  결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
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【관계법령】

▣ 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것)

제31조(중소기업 간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

① 대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 "사업용고정자산"이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 이 조에서 "통합법인"이라 한다)에 2012년 12월 31일까지 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다.
② 제1항의 적용대상이 되는 중소기업 간 통합의 범위 및 요건에 관하여는 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 이월과세 적용신청을 하여야 한다.
④ 제6조 제1항 및 제2항에 따른 창업중소기업 및 창업벤처중소기업 또는 제64조 제1항에 따라 세액감면을 받는 내국인이 제6조·제64조 또는 제121조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제6조·제64조 또는 제121조를 적용받을 수 있다. 다만, 제121조는 제1항에 따른 통합 전에 취득한 사업용재산에 대해서만 적용한다.
⑤ 제63조에 따른 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하는 중소기업 또는 제68조에 따른 농업회사법인이 제63조 또는 제68조에 따른 감면기간이 지나기 전에 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 남은 감면기간에 대하여 제63조 또는 제68조를 적용받을 수 있다.
⑥ 제144조에 따른 미공제 세액이 있는 내국인이 제1항에 따른 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내국인의 미공제 세액을 승계하여 공제받을 수 있다.
제120조(취득세의 면제 등)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 재산의 취득에 대하여는 취득세를 면제(제9호 및 제17호의 경우에는 100분의 50을 감면)한다. 이 경우「지방세법」제13조제2항 본문 및 제3항의 세율을 적용하지 아니한다.

 
2.  제31조에 따른 중소기업 간의 통합에 의하여 설립되거나 존속하는 법인이 양수하는 해당 사업용 재산

부칙

제7조(취득세의 면제 등에 대한 적용례)

제120조 제1항 및 제4항의 개정규정은 2011년 1월 1일 이후 최초로 취득한 분부터 적용한다.
▣ 조세특례제한법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24368호로 개정되기 전의 것)

제28조(중소기업간의 통합에 대한 양도소득세의 이월과세 등)

① 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합"이란 제29조 제3항에 따른 소비성서비스업(소비성서비스업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 소비성서비스업의 사업별수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 중소기업자(「중소기업기본법」에 의한 중소기업자를 말한다. 이하 이 조에서 같다)가 당해 기업의 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로서 다음 각 호의 요건을 갖춘 것을 말한다. 이 경우 설립 후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(「국세기본법」제39조제2항의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 이를 통합으로 보지 아니한다.
 
1.  통합으로 인하여 소멸되는 사업장의 중소기업자가 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것

 
2.  통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다. 이하 같다)이상일 것

② 법 제31조 제1항에서 "대통령령으로 정하는 사업용고정자산"이란 당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산(1981년 1월 1일 이후에 취득한 부동산으로서 기획재정부령이 정하는 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 판정기준에 해당되는 자산을 제외한다)을 말한다.
③ 법 제31조 제1항의 규정에 의하여 양도소득세의 이월과세를 적용받고자 하는 자는 통합일이 속하는 과세연도의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)시 통합법인과 함께 기획재정부령이 정하는 이월과세적용신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.
④ 법 제31조 제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업 또는 창업벤처중소기업이나 농공단지·개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용재산에 대하여 통합당시의 잔존감면기간 내에 종료하는 각 과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다.
⑤ 법 제31조 제4항의 규정을 적용받고자 하는 법인은 제5조 제9항 또는 제61조 제3항의 규정을 준용하여 감면신청을 하여야 한다.
⑥ 법 제31조 제5항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 관하여 통합당시 잔존감면기간 내에 종료하는 각 과세연도분까지 그 감면을 받을 수 있다.
⑦ 법 제31조 제5항의 규정을 적용받고자 하는 법인의 감면신청에 관하여는 제60조 제5항 또는 제65조의 규정은 이를 준용한다.
⑧ 법 제31조 제6항의 규정에 의하여 미공제세액을 승계한 자는 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업자로부터 승계받은 자산에 대한 미공제세액상당액을 당해 중소기업자의 이월공제잔여기간 내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 공제받을 수 있다.
▣ 조세감면규제법(1976. 12. 22. 법률 제2938호로 개정된 것)

제5조 ⁠(등록세의 면제)

② 다음 각 호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다.
 
22.  주무부장관이 인정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업이 합병 또는 통합(개인과 법인간 및 개인과 개인간의 통합을 포함한다)에 의하여 설립된 법인이나 합병 또는 통합후 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등기

제10조 ⁠(취득세의 면제)

② 다음 각 호의 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다.
 
23.  주무부장관이 인정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업의 합병 또는 통합(개인과 법인간 및 개인과 개인간의 통합을 포함한다)에 의하여 설립된 법인이나 합병 또는 통합후 존속하는 법인이 양수하는 당해 사업용 부동산

▣ 조세감면규제법(1977. 12. 19. 법률 제3017호로 개정된 것)

제3조의3 ⁠(양도소득에 대한 소득세등의 면제)

③ 중소기업간의 통합(개인과 법인간 및 개인과 개인간의 통합을 포함한다)으로 인하여 소멸되는 중소기업이 그 사업용 부동산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 소득세법 제23조의 규정에 의한 양도소득에 대한 소득세 또는 법인세법 제59조의2의 규정에 의한 특별부가세를 면제한다.

▣ 조세감면규제법(1981. 12. 31. 법률 제3481호로 전부개정된 것)

제44조 ⁠(중소기업간의 통합)

① 대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 그 사업용 부동산을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인에게 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.
② 제1항에서 규정하는 통합의 범위와 요건은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항의 규정에 의하여 세액의 면제를 받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 의하여 세액면제신청서를 제출하여야 한다.
제84조 ⁠(등록세의 면제)

다음 각 호의 등기에 대하여는 등록세를 면제한다.
 
3.  대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합후 존속하는 법인이 당해 사업용 재산을 양수함에 따른 등기

제85조 ⁠(취득세의 면제)

다음 각 호의 부동산의 취득에 대하여는 취득세를 면제한다.
 
2.  대통령령이 정하는 합병장려업종을 영위하는 중소기업간의 합병 또는 통합에 의하여 설립된 법인이나 합병 또는 통합후 존속하는 법인이 양수하는 당해 사업용 부동산

▣ 조세감면규제법 시행령(1981. 12. 31. 대통령령 제10670호로 전부개정된 것)

제38조 ⁠(중소기업간의 통합)

① 법 제44조 제1항에서 "대통령령이 정하는 합병장려업종"이라 함은 국가의 산업정책상 생산 또는 경영규모의 적정화를 유도할 필요가 있는 업종으로서 재무부령이 정하는 것을 말한다.
② 법 제44조 제1항에서 "중소기업간의 통합"이라 함은 사업장별로 그 사업에 관한 주된 자산을 모두 승계하여 사업의 동일성이 유지되는 것으로 다음 각 호의 요건을 갖춘 경우를 말한다. 다만, 설립후 1년이 경과되지 아니한 법인이 출자자인 개인(국세기본법 제39조제2호의 규정에 의한 과점주주에 한한다)의 사업을 승계하는 것은 통합으로 보지 아니한다.
 
1.  통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자는 통합후 존속하는 법인 또는 통합으로 인하여 설립되는 법인의 주주 또는 출자자일 것.
 
2.  통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액은 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 1년간 평균 순자산가액(소득세법시행령 제104조의 규정에 의하여 계산한 금액을 말한다. 이하 같다) 이상일 것.
③ 법 제44조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 과세표준신고(거주자인 경우에는 자산양도차익예정신고를 포함한다)와 함께 재무부령이 정하는 세액면제신청서를 제출하여야 한다. 끝.

출처 : 대법원 2014. 10. 15. 선고 2014두37931 판결 | 사법정보공개포털 판례