요지

토지 및 건물의 매도가액을 구분하지 않고 일괄매도하는 방식으로 매매계약을 체결하였고, 토지에 관한 감정평가액만 있는 경우 이 사건 양도가액을 토지 및 주택의 기준시가로 비례안분하여 토지의 매도가액을 결정하고 이에 따라 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 한 부과처분은 적법함

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

주위적으로, 피고가 원고에 대하여 2021. 2. 15. 한 2017 사업연도 법인세 157,705,460원(가산세 49,632,493원 포함)의 부과처분 및 2021. 2. 1. 한 소득자를 A, 소득금액을 763,483,337원으로 하는 소득금액변동통지가 각 무효임을 확인하고, 예비적으로, 위 부과처분 및 통지를 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

  가. 원고는 부동산임대업을 영위하는 회사이고, A은 위 원고의 대표이사이자 원고가 발행한 주식 5,000주를 모두 보유하고 있는 사람이다.

  나. 원고는 2017. 5. 19. ○○ ○○구 ○○동 xxx-x 대 70㎡(이하 ⁠‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 2013. 6. 17. 강제경매로 인한 매각을 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤고, 위 매각가격은 32,116,000원이었다.

  다. A은 2014. 1. 10. B로부터 이 사건 토지 위의 단층 무허가주택(이하 ⁠‘이 사건 주택’이라 한다)을 매매대금 10,500,000원에 매수하였다.

  라. 원고와 A은 2017. 2. 14. C건설 주식회사(이하 ⁠‘C건설’이라 한다)와 사이에 이 사건 토지 및 건물을 일괄하여 대금 952,650,000원(이하 ⁠‘이 사건 매매대금’이라 한다)에 매각하는 내용의 매매계약(이하 ⁠‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, C건설은 2017. 6. 9.경까지 원고에게 위 매매대금을 모두 지급하였다. 이후 C건설은 2019. 12. 2. 이 사건 토지에 관하여 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기를 마쳤다.

  마. A은 주식회사 ○○○감정평가법인에 이 사건 토지에 대한 감정평가를 의뢰하였고, 주식회사 ○○○감정평가법인은 2018. 12. 12. 이 사건 토지에 관한 감정평가액을 137,200,000원(기준시점 2017. 6. 12.)으로 평가한 감정평가서를 작성하였다.

  바. 한편, 원고는 이 사건 토지의 양도에 관한 법인세 신고를 하지 않았고, 피고는 2020. 5. 19. 원고에게 과세자료 해명 안내문을 발송하였다. 원고는 2020. 7. 24. 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 부분을 52,650,000원, 이 사건 주택 부분을 900,000,000원으로 기재하여 1차 소명을 하였고, 다시 2020. 8. 31. 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 부분을 137,200,000원, 이 사건 주택 부분을 815,450,000원으로 기재하여 2차 소명을 하면서 2017 사업연도 법인세 기한후신고를 하였다.

  사. 피고는 원고가 특수관계인에 해당하는 대표이사 A에게 이익을 분여할 목적으로 이 사건 토지의 양도가액을 과소하게 신고한 것으로 판단하고, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 등에 따라 아래와 같이 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택의 기준시가 등으로 안분하는 방법으로 이 사건 토지의 양도가액을 900,683,337원으로 정하여 2021. 2. 26. 원고에게 2017 사업연도 법인세 157,705,460원을 결정ㆍ고지하였다(이하 ⁠‘이 사건 법인세부과처분’이라 한다).

  아. 한편, 피고는 같은 날 원고에게 소득자를 A, 소득금액을 763,483,337원으로 하는 2021. 2. 1.자 소득금액변동통지를 발송하였고, 위 통지서는 그 무렵 원고에게 도달하였다(이하 ⁠‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다).

  자. 원고는 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지에 불복하여 2021. 4. 30. 이의신청을 제기하였으나 2021. 6. 17. 기각결정을 받았고, 다시 2021. 9. 15. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나 2022. 3. 17. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하같다), 을 제1 내지 9, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

  가. 원고의 주장

    이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지는 아래와 같은 이유로 위법하고 그 위법의 정도가 중대ㆍ명백하므로, 원고는 주위적으로 그 무효확인을 구하며, 설령 무효가 아니라고 하더라도 예비적으로 그 취소를 구한다.

    1) 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지의 고지 내지 통지에 있어 처분서에 근거법령 등이 기재되지 않아 절차적으로 위법하다.

    2) 원고와 A은 이 사건 매매대금 952,650,000원 중 137,200,000원을 이 사건 토지에, 815,450,000원을 이 사건 주택에 각 귀속시키기로 약정하였으므로, 사적자치의 원칙에 따라 원고에 대한 법인세는 이 사건 토지의 양도가액이 137,200,000원임을 전제로 산정되어야 한다. 그런데 피고는 위와 같은 원고와 A 사이의 약정에 대해 부당행위계산을 부인하여 이 사건 토지의 양도가액이 900,683,337원임을 전제로 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지를 하였는바, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 제1호에 의하면 이 사건 토지의 양도가액은 감정평가액인 137,200,000원으로 인정되어야 하고 기준시가를 기준으로 안분한 것은 그 근거규정이 없이 임의로 이루어진 것으로서 위법하다.

  나. 관계 법령

    별지 관계 법령 기재와 같다.

  다. 절차적 위법 주장에 관한 판단

    갑 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들, 즉 이 사건 법인세부과처분에 관한 고지서는 국세징수법령에 의한 납세고지서 양식에 따른 것으로 필수 기재 항목의 누락이 있다고 보기 어려운 점, 세액의 산출근거나 세액의 계산명세는 위와 같이 기재한 정도로 충분하고, 세액산출의 실질적 근거나 경로, 경위, 근거법령 등을 기재하지 아니하였다고 하여 그 부과처분이 위법하다고 볼 수 없는 점(대법원 2004. 1. 27. 선고 2001두11014 판결 등 참조), 이 사건 소득금액변통통지의 통지서에는 ⁠‘소득세법 시행령 제192조 제1항’이 근거법령으로 명시 되어 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지에 있어 근거법령 등이 기재되지 않아 위법하다고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 만한 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

  라. 실체적 위법 주장에 관한 판단

    1) 관련 법리

      부당행위계산이라 함은 납세자가 정상적인 경제인의 합리적 거래형식에 의하지 아니하고 우회행위, 다단계행위, 그 밖의 이상한 거래형식을 취함으로써 통상의 합리적인 거래형식을 취할 때 생기는 조세의 부담을 경감 내지 배제시키는 행위계산을 말하고, 구 법인세법 제52조에서 부당행위계산 부인 규정을 둔 취지는 법인과 특수관계 있는 자와의 거래가 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 정한 제반 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되어 조세법적인 측면에서 부당한 것이라고 보일 때 과세권자가 객관적으로 타당하다고 인정되는 소득이 있었던 것으로 의제하여 과세함으로써 과세의 공평을 기하고 조세회피행위를 방지하고자 하는 것인바, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항이 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 것으로 인정되는 경우에 관하여 제1호 내지 제8호에서는 개별적ㆍ구체적인 행위유형을 규정하고, 제9호에서는 ⁠‘기타 제1호 내지 제8호에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우’라고 하여 개괄적인 행위유형을 규정하고 있으므로, 제9호의 의미는 제1호 내지 제8호에서 정한 거래행위 이외에 이에 준하는 행위로서 특수관계자에게 이익분여가 인정되는 경우를 의미한다 할 것이고, 경제적 합리성 유무에 대한 판단은 제반 사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하며, 한편 부당행위계산 부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있어야만 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조).

      아래에서는 원고와 A이 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 부분 137,200,000원, 이 사건 주택 부분 815,450,000원으로 나눈 행위가 부당행위계산의 부인에 관한 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호의 요건을 충족하는지 여부에 대하여 살펴본다.

    2) 부당행위계산 부인 규정의 적용 기준이 되는 이 사건 토지의 시가

      가) 구 법인세법 제52조 제2항은 ⁠‘부당행위계산 부인 규정(같은 조 제1항)을 적용할 때에는 건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격, 즉 시가를 기준으로 한다’고 규정하고 있다. 구 법인세법 시행령 제89조는 ⁠‘법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고(제1항), 시가가 불분명한 경우에는「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액에 의하며(제2항 제1호), 위 제1호의 가액이 없는 경우 ⁠「상속세 및 증여세법(이하 ’상증세법‘이라 한다)」 제38조 내지 제39조의3, 제61조 내지 제66조의 규정 및「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액(제2항 제2호)에 의한다’고 규정하고 있다.

        이 사건의 경우, 이 사건 매매대금이 952,650,000원이고 ⁠‘특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래’였다면 위 매매대금 전체를 이 사건 토지 및 주택에 적정한 비율로 안분하는 방법으로 배분하였을 것으로 판단된다. 따라서 이 사건과 같은 일괄매매에 있어 각 목적물의 양도가액을 정하기 위해서는, 이 사건 토지 및 주택의 매매당시의 시가를 평가하여 그 비율을 알아낸 다음 그 비율에 의하여 이 사건 매매대금 중에서 이 사건 토지의 양도가액을 추출하는 등 적정한 비율로 안분하는 것이 가장 합리적이라고 할 것이나(대법원 1988. 4. 25. 선고 86누241 판결 취지 참조), 그 시가를 알 수 없는 경우에는 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우에는 ⁠‘그 감정가액의 비율’로(구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호 참조), 감정한 가액이 없는 경우에는 ⁠‘상증세법 제61조 제1항에 따라 평가한 가액을 이용하여 그 비율’로(같은 항 제2호 참조) 각 안분하는 것이 문언에 부합하는 체계적 해석이다.

      나) 이 사건에 있어 이 사건 토지 및 주택의 매매당시의 시가를 평가할 수 있는

증거는 제출되지 않았고, 이 사건 토지에 대한 2017. 6. 12. 기준의 감정평가서가 존재함은 앞서 본 바와 같으나, 이 사건 주택에 대한 감정평가서는 존재하지 않으므로, 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제1호를 적용할 수 없다.

        그리고 구 법인세법 시행령 제89조 제2항 제2호에 의하더라도, 구 상증세법(2020. 12. 22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제61조 제1항 제1호에 따른 이 사건 토지에 대한 개별공시지가나 같은 항 제4호에 따른 이 사건 주택에 대한 개별주택가격(다만, 부속토지로서 이 사건 토지도 포함한 가격이다)은 존재한다. 그러나 구 상증세법 제61조 제1항 제2호는 ⁠‘제4호에 해당하는 건물은 제외한다’고 명시적으로 규정하고 있고, 구 국세청 건물 기준시가 산정방법 고시(2016. 12. 30. 국세청고시 제2016-21호에 의해 2017. 1. 1.부터 시행된 것) 제3조 제1항도 ⁠‘건물 기준시가 산정방법은 일부 공공업무시설, 교정 및 군사시설을 제외한 모든 용도의 건물(무허가 건물을 포함한다)에 대하여 적용하나, 부동산 가격공시에 관한 법률 제17조(개별주택가격의 결정ㆍ공시 등) 등에 따라 토지와 건물의 가액을 일괄하여 산정ㆍ공시(또는 고시)한 개별주택 등의 경우에는 이를 적용하지 아니한다’고 규정하고 있으므로, 이 사건 주택에 대해 구 상증세법 제61조 제1항 제3호에 따른 국세청장이 산정ㆍ고시하는 가액(이하 ⁠‘고시 기준시가’라 한다)은 존재하지 않는다.

        그런데 이 사건 주택에 관한 개별주택가격은 이 사건 토지를 포함한 가격이고, 이 사건 토지의 개별공시지가는 이 사건 토지에 대한 것이므로, 위 요소들만으로는 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 대해 적정한 비율로 안분계산하는 것이 불가능하다.

      다) 다만, 아래와 같은 관련 상증세법이나 소득세법에서 정하고 있는 규정들의 내용과 안분계산의 현실적 필요성 등을 고려할 때, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제3호, 구 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 경우 과세표준 안분계산방법 고시(2015. 8. 24. 국세청고시 제2015-43호로 시행되었다가 2021. 8. 24. 폐지된 것, 이하 ⁠‘이 사건 고시’라 한다)제2조를 준용 또는 유추적용하여 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 안분하는 것이 가장 합리적인 안분계산방법으로 판단된다.

        ① 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제89조 제2항은 ⁠‘「상증세법」제38조 내지 제39조의3, 제61조 내지 제66조의 규정을 준용하여 평가한 가액’을 적용하여 계산한 금액에 따른다고 규정하고 있고, 구 상증세법 시행령 제49조 제3항은 ⁠‘제1항 각호(법 제60조 제2항에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 시가로 인정되는 것으로 보는 매매거래가액, 감정기관의 감정가액, 수용ㆍ경매 또는 공매에서의 보상가액ㆍ경매가액ㆍ공매가액)의 가액에 2 이상의 재산가액이 포함됨으로써 각각의 재산가액이 구분되지 아니하는 경우에는 각각의 재산을 법 제61조 내지 제65조의 규정에 의하여 평가한 가액에 비례하여 안분계산하되 각각의 재산에 대하여 감정가액(동일감정기관이 동일한 시기에 감정한 각각의 감정가액을 말한다)이 있는 경우에는 감정가액에 비례하여 안분 계산한다. 다만, 토지와 그 토지에 정착된 건물 기타 구축물의 가액이 구분되지 아니하는 경우에는「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있다.

          비록 위 구 상증세법 시행령 제49조 제3항은 구 법인세법 시행령 제89조 제2항이 직접 준용하고 있는 규정은 아니지만, 구 상증세법 제60조와 제61조 내지 제66조의 내용 및 관계, 구 상증세법 시행령 제49조 제3항의 내용 및 입법취지 등에 비추어 보면, 토지, 건물 등 수개의 자산을 일괄거래한 경우로서 그 전체의 실지거래가액은 확인되지만 각각의 실지거래가액에 대한 구분이 불분명한 때에 그 가액의 합리적인 산정방법을 부가가치세법 시행령 제64조에 따르도록 규정한 것이라 보아야 한다.

        ② 한편, 구 소득세법(2017. 12. 19. 법률 제15225호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제100조 제2항은 ⁠‘양도차익을 계산할 때 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 따라 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명할 때에는 취득 또는 양도 당시의 기준시가 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있고, 구 소득세법 제100조 제2항 위임을 받은 소득세법 시행령 제166조 제6항은 ⁠‘토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는「부가가치세법 시행령」제64조에 따라 안분계산한다’고 규정하고 있다.

          그리고 구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가, 나, 라목은 위 제100조에 따른 기준시가에 관하여 정하면서 원칙적으로 토지에 대해서는 개별공시지가를, 건물(주택에 해당하는 건물은 제외)에 대해서는 고시 기준시가를, 주택에 대해서는 개별주택가격 및 공동주택가격을 기준시가로 보도록 규정하고 있으며, 이는 구 상증세법 제61조 제1항 제1호, 제2호, 제4호에서 규정하고 있는 내용과 매우 유사하다.

          한편, 이 사건에 있어, 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 안분하는 문제는, 원고에게는 이 사건 토지의 양도소득 등에 관하여 법인세법이 적용되는 사안이지만, 반대로 A에게는 이 사건 주택의 양도소득 등에 관하여 소득세법이 적용되는 사안이 된다. 따라서 안분계산 방법에 관하여 위와 같이 소득세법령의 규정을 참고하는 것이 불합리하다고 보기도 어렵다.

        ③ 구 상증세법 시행령 제49조 제3항, 소득세법 시행령 제166조 제6항이 준용하고 있는 부가가치세법 시행령 제64조는 ⁠‘❶ 토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가, 즉 토지에 대한 개별공시지가, 건물(주택 제외)에 대한 고시 기준시가, 주택에 대한 개별주택가격 및 공동주택가격이 모두 있는 경우에는 ’공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 금액‘(제1호)을, ❷ 토지와 건물 등 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 ’그 감정평가가액에 비례하여 안분계산한 금액‘(제2호)을, ❸ 위 두 경우를 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우 ⁠‘국세청장이 정하는 바에 따라 안분계산한 금액’(제3호)을 각 공급가액으로 산정하도록 규정하고 있다. 이 사건 토지 및 주택에 대해서 이 사건 토지의 개별공시지가 및 이 사건 주택의 개별주택가격만으로는 안분계산이 불가능하고, 이 사건 건물에 대해서는 감정평가가액이 존재하지 않음은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 이 사건 매매대금은 위 제3호에 의해서만 안분계산이 가능하게 된다.

          한편, 이 사건 고시 제2조는 ’토지의 기준가액은 소득세법 제99조 제1항 제1호 가목에 따른 토지의 기준시가(개별공시지가)로 하고, 건물 등의 기준가액은 같은 법 제99조 제1항 제1호 나목의 규정에 따라 국세청장이 고시한 건물의 기준시가의 산정방법(고시 기준시가)을 준용하여 계산한 가액으로 한다‘고 규정하고 있고, 이에 의하면 이 사건 주택 부분의 기준시가를 산정해낼 수 있다.

        ④ 또한, 앞서 본 바와 같이 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호에서 안분계산은 ⁠‘공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액’에 비례하여 안분계산하도록 규정하고 있는 점, 구 상증세법 시행령 제50조 제6항도 ⁠‘법 제61조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 개별공시지가는 평가기준일 현재 고시되어 있는 것을 적용한다’고 규정하고 있는 점, 소득세법 시행령 제164조 제3항이 ⁠‘구 소득세법 제99조 제1항 제1호 가 내지 라목의 규정을 적용함에 있어서 새로운 기준시가가 고시되기 전에 취득 또는 양도하는 경우에는 직전의 기준시가에 의한다’고 규정하고 있는 점, 통상 새로 고시된 개별공시지가나 공동주택가격 등은 전년도에 고시된 것보다 높으므로, 해당년도의 개별공시지가나 공동주택가격 등이 고시되기 전에는 직전년도에 고시된 것을 해당 거래의 공동주택가격으로 보도록 의제하여야 납세자를 보호하고 법적 안정성과 예측가능성을 기할 수 있는 측면이 있는 점(이후 새로 고시된 가격에 따라 매번 가액을 새로 산정해야하는 법적 불안정 상태가 초래될 수 있다) 등에 비추어 보면, 이 사건 고시 제2조를 준용 또는 유추적용하여 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택에 안분계산할 때 그 기준시점은 이 사건 매매계약이 체결된 날로 봄이 상당하다.

      라) 이 사건 고시 제2조에 따라 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 및 주택 부분을 산정해보면, 이 사건 매매대금이 952,650,000원인 사실은 앞서 본 바와 같고, 이 사건 매매계약 체결일인 2017. 2. 14.을 기준으로 당시 고시되어 있던 이 사건 토지의 개별공시지가는 44,940,000원 = 642,000원 × 70㎡ 인 사실, 이 사건 주택에 고시 기준시가의 산정방법을 준용하여 계산한 가액이 2,592,900원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나 을 제12호증의 각 기재에 의하여 인정된다.

        따라서 이 사건 매매대금은 아래와 같이 이 사건 토지 부분 900,683,337원, 이 사건 주택 부분 51,966,663원으로 안분되고, 이는 피고가 이 사건 법인세부과처분 및 소득금액변동통지에 있어 이 사건 매매대금을 이 사건 토지 및 주택 부분에 안분한 가액과 동일하다.

    3) 건전한 사회통념이나 상관행상 경제적 합리성을 갖춘 거래인지 여부

      앞서 본 인정사실에다가 앞서 든 증거들과 을 제10호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고와 A이 A 소유의 이 사건 주택은 과대평가하고, 원고 소유의 이 사건 토지는 과소평가하여 이 사건 매매대금을 분배한 행위는 건전한 사회통념이나 상관행상 경제적 합리성을 갖춘 거래라고 볼 수 없다.

        ① 원고는 이 사건 토지의 양도에 관한 법인세 신고를 하지 않았다가, 피고가 과세자료 해명 안내문을 발송하자 그때서야 2017. 5. 29.자 주주총회의사록, 원고와 A 사이의 2017. 6. 2.자 합의서를 근거로 하여 이 사건 매매대금 중 이 사건 토지의 양도가액에 관한 1차 소명(이 사건 토지 부분 52,650,000원, 이 사건 주택 부분 900,000,000원)을 하였다. 이어 원고는 2018. 12. 15.자 주주총회의사록(2017. 5. 29.자 주주총회결의 취소안건 포함), 원고와 A 사이의 2018. 12. 15.자 합의서(2017. 6. 2.자 합의해제 포함)를 근거로 하여 2차 소명(이 사건 토지 부분 137,200,000원, 이 사건 주택 부분 815,450,000원)을 하였다. 이러한 사실에 의하더라도 원고와 A 사이의 이 사건 매매대금의 안분방법은 세금신고를 위해 사후적으로 이루어졌을 뿐만 아니라 임의로 수정되었던 것으로 의심이 된다.

        ② 원고가 1차 및 2차 소명 과정에서 신고한 이 사건 토지 부분의 매매대금은 앞서 본 이 사건 고시 제2조에 따라 산정한 이 사건 토지 부분의 매매대금보다 현저히 적을 뿐만 아니라, 당초 원고와 A이 이 사건 토지 및 주택을 취득할 당시의 매각가격과 매매대금의 비율과 비교하더라도 과도하게 이 사건 토지의 가액이 낮게 책정되었다.

        ③ A이 이 사건 주택 양도에 관하여 2021. 1. 14. 제출한 양도소득세 기한후신고서에도, 이 사건 매매대금 중 이 사건 주택 부분이 51,966,663원으로, 이 사건 토지 부분이 900,683,337원으로 각 기재되었고, 이는 앞서 본 이 사건 고시 제2조에 따라 산정한 내용과 동일하다.

    4) 부당행위계산 부인의 적용

      원고가 2017 사업연도 법인세 기한후신고를 하면서 ⁠‘이 사건 매매대금 중 이 사건 토지 부분을 137,200,000원으로, 이 사건 주택 부분을 815,450,000원으로 정한 행위’는, 이 사건 토지의 매매대금을 앞서 2)항에서 인정된 금액보다 현저히 낮은 금액으로 정하는 방법을 이용하여 특수관계인인 A에게 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 이익을 분여하고, 원고의 법인세 부담을 감소시킨 것이므로, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호에 준하는 행위로서 같은 항 제9호 소정의 ⁠‘이익분여’에 해당하여 부당행위계산 부인의 적용대상에 해당한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

3. 결론

  그렇다면 원고의 주위적 및 예비적 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

출처 : 부산지방법원 2023. 01. 20. 선고 부산지방법원 2022구합21734 판결 | 국세법령정보시스템