요지

세무조사시 통지하였던 조사대상 세목 이외 법인세를 경정한 것은 세금계산서의 기능에 근거한 것으로 법인세 고유의 과세요건사실을 조사한 것으로 볼 수 없어 세무조사의 범위를 확대한 것으로 볼 수 없음

판결내용

판결 내용은 붙임과 같습니다.

상세내용

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2021. 6. 2. 원고에게 한 2018년 제2기 부가가치세 49,014,640원(가산세 포함) 및 2021. 6. 3. 원고에게 한 2018 사업연도 법인세 76,311,630원(가산세 포함)의 각 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2005. 12. 12. 설립되어 GG시 HH구 JJ로93번길 26(KK동)에서 가로등주 및 철구조물 제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 회사이다.

나. 원고는 2018년 제1기부터 2019년 제1기까지의 부가가치세 과세기간 동안 아래 과 같이 화성시에 있는 주식회사 AAAA(이하 ⁠‘이 사건 매입처’라 한다)로부터등기구, LED투광 등의 원재료 매입으로 총 31매, 합계 5,493,460,000원(공급가액)의 세금계산서를 발급받았고, 같은 기간에 서울 성동구에 있는 주식회사 BBB(이하 ⁠‘이 사건 매출처’라 하고, 매입처 회사와 통틀어 ⁠‘이 사건 거래처’라 한다)에 철제 가로등주 등의 제품 판매로 총 33매, 합계 4,897,412,363원(공급가액)의 세금계산서를 발급하고,이에 관한 부가가치세를 신고하였다.

다. 피고는 2019. 9. 30.부터 2020. 1. 14.까지 원고의 2018. 1. 1.부터 2019. 6. 30.까지의 과세기간에 대한 부가가치세 세무조사 및 조세범칙조사(이하 합하여 ⁠‘당초 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 2020. 1. 9. 원고에게 원고와 이 사건 거래처 사이의 거래를 실물거래 없는 가공거래로 보아 아래 의 가공거래금액에 대하여 2018년 1기 부가가치세 54,423,040원(가산세 포함), 2018년 제2기 부가가치세 67,949,160원(가산세포함), 2019년 제1기 부가가치세 144,820,480원(가산세 포함)을 과세하고, 아래 와 같이 변경된 2018 사업연도 수입금액 및 과세표준에 대하여 2018 사업연도 법인세50,150,640원(가산세 포함)을 과세하며, 2018 사업연도 소득 217,358,900원에 대하여 법인세법에 따라 원고의 대표자 CCC을 귀속자로 하여 상여로 소득처분(원천징수 예상세액 0원)을 하겠다는 내용의 당초 세무조사 결과 통지를 하였다.

라. 피고는 2020. 2. 1. 원고에게 당초 세무조사 결과 통지와 같이 2018년 1기 부가가치세 54,423,040원(가산세 포함), 2018년 제2기 부가가치세 67,949,160원(가산세 포함), 2019년 제1기 부가가치세 144,820,480원(가산세 포함), 2018 사업연도 법인세50,150,640원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ⁠‘당초 부과처분’이라 하고, 그중 법인세 부과처분을 ⁠‘당초 법인세 부과처분’이라 한다). 이후 원고는 당초 부과처분에 따른 부가가치세 및 법인세를 모두 납부하였다.

마. 피고는 2021년 2월경 당초 세무조사 및 부과처분을 검토한 결과, 당초 부과처분이 그 세무조사 시 확정한 가공거래금액과 달리 ① 2018년 2기 부가가치세 부과처분과 관련하여 원고와 이 사건 거래처 사이의 거래금액 중 확정신고 기간인 2018. 10. 1.부터 2018. 12. 31.까지 사이의 거래금액이 반영되지 않았고, ② 2018 사업연도 법인세부과처분과 관련하여 과다매입한 가공거래금액(가공거래매입액-가공거래매출액) 중 일부만 수입금액 및 과세표준에 반영되었다는 사실을 확인하였다.

바. 피고는 2021. 2. 3. 원고에게 ① 2018년 제2기 부가가치세에 관하여, 해당 과세기간 이 사건 거래처와의 거래금액 중 아래 와 같이 가공거래금액에서 당초 제외되었던 이 사건 매입처와의 매입액 1,005,500,000원(이하 ⁠‘이 사건 매입액’이라 합니다)과 이 사건 매출처와의 매출액 908,652,000원(이하 ⁠‘이 사건 매출액’이라 합니다)을 추가 가공거래금액으로 하여 2018년 제2기 부가가치세 49,014,648원(가산세 포함)을과세하고, ② 2018 사업연도 법인세에 관하여, 당초 누락된 가공매출금액과 가공매입금액을 각각 익금과 손금에 불산입하고 아래 과 같이 변경된 2018 사업연도 수입금액 및 과세표준에 대하여 2018 사업연도 법인세 76,311,630원(가산세 포함)을 과세하며, 2018 사업연도 소득 273,765,400원에 대하여 법인세법에 따라 원고의 대표자 CCC을 귀속자로 하여 상여로 소득처분(원천징수 예상세액 108,762,090원)을 하겠다는 내용의 과세예고통지(이하 ⁠‘이 사건 과세예고통지’라 한다)를 하였다.

사. 원고는 2021. 3. 10. 피고에게 과세전적부심사를 청구하였다. 피고는 2021. 4. 28. 원고의 대표자 CCC의 상여로 통지한 과다매입금액 447,187,637원(= 2018년 이사건 거래처와 사이의 매입액 합계 2,337,460,000원 – 2018년 이 사건 거래처와 사이의 매출액 합계 1,890,272,363원)을 재조사하여 그 귀속에 따라 소득처분하고, 나머지청구는 불채택 한다는 결정을 하였다.

아. 피고는 위 결정에 따른 재조사를 실시하여 2021. 6. 2. 원고의 대표자 CCC의 상여로 소득처분한 소득금액변동통지를 취소하고, 2021. 6. 2. 원고에게 2018년 제2기부가가치세 49,014,640원(가산세 포함)을, 2021. 6. 3. 원고에게 2018 사업연도 법인세 76,311,630원을 각 경정·고지하였다(이하 부가가치세 부과처분은 ⁠‘이 사건 부가가치세 부과처분’, 법인세 부과처분은 ⁠‘이 사건 법인세 부과처분’이라 하고, 이를 통틀어 ⁠‘이 사건 처분’이라 한다).

자. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 9. 6.경 OO지방국세청장에게 이의신청을 제기하였으나, OO지방국세청장은 2021. 11. 24.경 위 이의신청을 기각하는 결정을 하였고, 이에 원고는 2022. 2. 21. 국세청장에게 심사청구를 제기하였으나, 국세청장은 2022. 6. 22. 위 심사청구를 기각하는 결정을 하였다. 원고는 2022. 7. 7.경 위 심사청구 기각 결정을 수령하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4, 7, 8호증(가지번호 있는 경우 가지번호 포함), 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 요지

1) 피고는 당초 세무조사 결과 통지 및 그에 따른 부과처분을 종료한 후에, 당초 세무조사 당시 원고의 대표자 CCC에 대하여 작성된 문답서(이하 ⁠‘이 사건 문답서’라 한다)를 근거로, 당초 세무조사 결과 통지에서 가공거래금액으로 보지 않았던 이 사건 매입액과 매출액을 가공거래금액으로 번복하여 이 사건 과세예고통지를 하였다. 이는국세부과의 원칙인 근거과세의 원칙, 신의성실의 원칙, 재조사금지 원칙 등을 위반한것일 뿐만 아니라 세무조사권을 남용하여 재량권의 범위를 일탈‧남용한 위법한 과세처분이다(이하 ⁠‘제1 주장’이라 한다).

2) 피고는 부가가치세에 관하여만 당초 세무조사를 실시하였음에도, 세무조사의 범위를 임의로 확대하여 원고에게 부가가치세뿐만 아니라 법인세도 부과하였고, 당초 법인세 부과처분의 오류 정정이라는 이유로 이 사건 법인세 부과처분도 하였다. 따라서 이 사건 법인세 부과처분에는 세무조사의 범위를 임의로 확대한 절차상 중대한 하자가 있다(이하 ⁠‘제2 주장’이라 한다).

3) 원고는 이 사건 매입액과 매출액의 차액 상당액(이하 ⁠‘이 사건 과다매입액’이라 한다)을 원재료 기말재고금액으로 과다계상하였을 뿐 손금에 산입하지 않았기 때문에, 이 사건 과다매입액을 손금불산입한 이 사건 법인세 부과처분은 위법하다(이하 ⁠‘제3 주장’이라 한다).

4) 설령 당초 부과처분에 대하여 부과제척기간 내에 그 당시 과세근거를 가지고 추가적인 과세처분을 할 수 있다고 하더라도, 이 사건 처분은 당초 부과처분에 대한 단순한 착오나 오류를 수정하는 것으로 볼 수 없으므로, 피고는 당초 부과처분을 취소하고 당초 부과처분과 이 사건 처분을 포함하여 새로운 부과처분 절차를 밟음으로서 새로운 부과처분에 대해서 원고에게 불복청구의 기회를 주어야 했다(이하 ⁠‘제4 주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정 사실

앞서 든 증거, 갑 제9, 10, 11호증, 을 제5, 6, 7호증의 각 기재, 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

1) 당초 세무조사시 작성한 CCC에 대한 이 사건 문답서에 기재는 아래와 같다.

2) 당초 세무조사 결과, 피고 소속 공무원이 2020년 1월경 작성한 조사종결 보고서 및 그에 첨부된 자료상조사 보충조서의 내용은 아래와 같다.

문) 가공거래에 대해서 어떻게 설명을 들으셨나요?

답) 처음에 DDD(이 사건 매출처이다, 이하 같다)에서 연락이 와서 가공의 세금계산서의 발행을 해달라고 요청이 왔는데 그 부분에 대해 불법적인 내용을 인지하지 못하고 같은 금액의 세금계산서를 수취하게 되면 세금적으로 문제가 없으니 괜찮다고 설명을 들었습니다.

(중략)

답) DDD에서 가공세금계산서 발행 및 수취에 대한 표가 메일 또는 FAX로 오면 여직원이 그대로 세금계산서를 발행하게 되고, 한 달 이내로 발행한 세금계산서 금액대로 돈이 송금되면 금액과 대조하는 형태로 가공세금계산서를 발행하였다.

문) 가공세금계산서의 발행 및 수취와 관련된 금융거래는 어떻게 처리했나요?

답) 가공 발행한 금액이 법인 통장으로 송금되면 5일 이내로 가공 수취한 이 사건 매입처로 대금을 송금하였다. 이 사건 매입처로 송금한 대금 중에는 실제거래분에 대한 금액도 같이 합산하여 송금하였다.

문) 이 사건 매입처와의 매입거래 중 실제거래분이 있나요?

답) 라인투광등, 간접등, 조명카트용 투광등 등등이 있었습니다. 물품을 가져올때는 화성시 정남면에 위치한 공장에서 저나 회사 직원이 회사차량으로 직접 가져왔습니다. 이에 대한 거래명세표는 가공거래와 별도로 갖고 있으며, 품목별로 매출처도 확인이 가능합니다.

문) 이 사건 매입처 대표자는 이번 OO지방국세청 조사1국에서 실시한 범칙조사에서 원고와 거래에 대해 전부 가공거래임을 시인하였습니다. 이에 대해서는 어떻게 생각하시나요?

답) 지금 조사가 시작되고부터 계속 저와의 만남을 피하고 있습니다.

문) 이 사건 매출처와의 거래는 전부 가공이 맞나요?

답) 네 매출거래는 전부 가공이 맞습니다.

4. 사업장에 대한 조사

나. 대표자 등에 대한 조사

○ 대표자인 CCC에 대한 확인

- 착수 당시 이 사건 거래처와의 거래를 실제물품을 동반한 정상적인 거래로 진술하였으나, 사무실에서 이 사건 거래처와의 월별 세금계산서 발급표가 발견되어 소명요청한 결과 이 사건 매출처가 매달 원고에게 이 사건 매출처에서 발급해야할 금액과 이 사건 매입처가 원고에게 발급해야 할 금액을 정리한 엑셀자료를 보낸 것으로 진술하고 가공거래를 시인함.

- 이 사건 매입처와의 매입거래 중 일부 정상거래가 있는 것으로 소명했지만, 이 사건매입처의 대표자는 원고와의 거래에 대해서는 전부 가공거래로 진술함.

5. 원고 가공거래 구조

- 원고 가공거래의 구조를 살펴보면, 이 사건 매출처에서 원고에게 월별로 세금계산서를 발급해야하는 날짜와 단가, 수량, 금액이 적혀있는 엑셀표를 보내면 원고의 경리담당 직원이 해당 표에 따라 세금계산서를 발급하는 것으로 확인됨

- 또한 이 사건 매입처에서 원고에게 발급하는 금액도 일자별로 함께 정리하여 매달 가공세금계산서에 대한 내용을 전달하는 등 가공거래에 대해 서로 인지하고 발급 및 수취한 것으로 확인됨.

7. 매출처에 대한 조사

1) 이 사건 매출처

- 전자세금계산서 발행 IP 등 분석한바 이 사건 매출처는 이 사건 매입처와 동일한 컴퓨터에서 세금계산서를 발행한 사실이 확인되고, OO청 조사3국 1과 2팀에서 19. 9. 3.~19. 12. 16.에 실시한 자료상조사에서 자료상으로 확정되어 고발처리 되었음

- 또한 원고의 대표자 역시 이 사건 매출처에서 가공세금계산서 발행 및 수취에 대한 표를 매달 팩스나 메일로 보내 가공의 세금계산서를 발행한 것으로 인정한 사실을 근거로 원고가 발급한 4,897백만 원을 가공확정하고자 함.

8. 매입처에 대한 조사

1) 이 사건 매입처

- 전자세금계산서 발행 IP 등 분석한바 이 사건 매입처는 이 사건 매출처와 동일한 컴퓨터에서 세금계산서를 발행한 사실이 확인되고, OO청 조사1국 2과 1팀에서 19. 9. 30.~19. 11. 27.에 실시한 자료상조사에서 자료상으로 확정되어 고발처리 되었음

- 또한 원고의 대표자 역시 이 사건 매출처에서 가공세금계산서 발행 및 수취에 대한 표를 매달 팩스나 메일로 보낸 자료를 확인하고 이 사건 매입처에게 가공세금계산서를 수취한 것을 인정함

- 대표자 CCC은 문답서의 진술 중 전체 매입의 5,493백만 원 중 실제거래가 612백만원 있는 것으로 소명하였으나, 실제거래에 대한 근거자료로 정상적인 매출거래에 사용된 매입자료가 일부 이 사건 매입처로부터 받은 것이라고 거래명세표만을 제출하였고, 이 사건 매입처만 제공할 수 있는 물품도 아닌 것으로 확인되었음

- 매입자료 실제거래가 존재하였다면 가공거래금액과 실제거래금액을 구분하여 세금계산서를 발행하거나 금융내역 역시 분리되어 관리되었어야 하지만 대표자는 단순히 정상적인 매출거래에 사용된 것을 근거로 거래명세표를 제출하여 증빙부족이 부족하고 이 사건 매입처의 대표자가 OO청 조사 당시 원고와의 거래는 전액가공이라고 진술하였으므로 원고가 수취한 5,493백만 원을 전액 가공확정하고자 함.

9. 조사 결과

- 원고의 대표자 CCC은 조세범처벌법 제10조 제3항을 위반하고 특정범죄가중처벌법 제8조의2 제1항에 해당하여 조세범처벌절차법 제17조에 따라 즉시 고발하고,

- 원고가 선량한 관리자로서의 상당한 주의와 감독을 기울인 것으로 볼 수 없어 조세범처벌법 제18조에 따른 양벌규정을 적용하고자 함

3) 피고는 2020. 2. 14.경 원고 및 CCC을 조세범처벌법 등을 위반하였다는 혐의로 EE지방검찰청 안산지청에 고발하였고, EE지방검찰청 안산지청 검사는 EE지방법원 안산지원에 원고 및 CCC을 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서 교부등) 및 조세범처벌법위반 혐의로 기소하였다. EE지방법원 안산지원은 2021. 10. 1. CCC에게 ⁠‘2018. 6. 1.경부터 2019. 7. 10.경까지 총 33회에 걸쳐 이 사건 거래처를 상대로 공급가액 합계 4,897,412,363원 상당의 허위 세금계산서를 발급하고, 2018. 5. 10.경부터 2019. 7. 10.경까지 총 31회에 걸쳐 공급가액 합계 5,493,460,000원 상당의 허위 세금계산서를 수취함으로써, 영리를 목적으로 공급가액 합계 10,390,872,363원 상당의 허위 세금계산서를 발급 및 수취하였다’는 범죄사실의 특정범죄가중처벌등에 관한 법률위반(허위세금계산서교부등)죄로 징역형의 집행유예를, 원고에게 ⁠‘위 CCC이 원고의 업무에 관하여 위와 같이 허위 세금계산서를 수수하였다’는 범죄사실의 조세범처벌법위반죄로 벌금형을 각 선고하였다(EE지방법원 안산지원 2020고합400호). 원고 및 CCC은 위 판결에 항소하였으나, EE고등법원은 2022. 8. 12. 원고 및 CCC의 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였고(EE고등법원 2021노836호), 이에 원고 및 CCC은 위 판결에 상고하였으나, 대법원은 2022. 11. 17. 원고 및 CCC의 상고를 모두 기각하는 판결을 선고하여, 위 판결이 그대로 확정되었다.

4) 피고 소속 공무원이 2021년 1월경 작성한 직권경정 검토보고서에 의하면, ⁠‘당초 조사결과 이 사건 매출처와의 매출세금계산서 4,897백만 원 전부 가공확정하고, 이 사건 매입처와의 매입세금계산서 5,493백만 원 전부 가공확정하였으나, 2018년 2기 부가가치세 결의서상에는 일부만 부인하여 미경정 금액있음’, ⁠‘또한 법인세 결의시 2018년도 1기 부가가치세 경정분 미반영 되어있음’, ⁠‘당초 세무조사 종결한 담당자 통해 내용 확인한바, 단순 착오로 인한 누락분으로 확인됨’이라는 내용이 기재되어 있다.

라. 제1 주장에 대한 판단

1) 부가가치세법 제57조 제3항은 ⁠‘납세지 관할 세무서장등은 제1항 및 제2항에 따라 결정하거나 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류가 있거나 누락한 내용이 발견되면 즉시 다시 경정한다’고 규정하고 있고, 법인세법 제66조 제4항은 ⁠‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정한다’고 규정하고 있다.

2) 앞서 본 사실 및 증거와 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 ① 당초 세무조사시 담당공무원은 CCC에 대한 문답과정에서 ⁠‘원고와 이 사건 매출처 사이의 매출거래는 전부 가공이 맞다’, ⁠‘가공세금계산서를 발행한 금액이 법인 통장으로 송금되면 5일 이내로 가공세금계산서를 수취한 이 사건 매입처로 대금을 송금하였다’는 CCC의 진술을 확보하였고, CCC이 ⁠‘이 사건 매입처에 송금한 대금 중에는 실제거래분에 대한 금액도 같이 합산하여 송금하였다’라고 진술하자 ⁠‘이 사건 매입처의 대표자는 원고와의 거래에 대해 전부 가공거래임을 시인하였다’고 하면서 CCC에게 이 사건 매입처와의 거래가 전부 가공거래가 아닌지를 확인하였던 점, ② 당초 세무조사 결과 작성된 조사종결 보고서에는 2018년 2기에 이 사건 매입처와의 매입금액 1,745,900,000원과 이 사건 매출처와의 매출금액 1,450,202,363원이 전액 가공거래로 정리되어 있는 점, ③ 피고는 당초 세무조사를 마치고 원고와 그 대표자인 CCC을 조세범처벌법 위반 혐의로 검찰에 고발하였는데, 그 고발 내용에는 2018년 2기에 이 사건 매입처로부터 발급받은 세금계산서와 이 사건 매출처에 발급한 세금계산서가 전부 허위 세금계산서에 해당한다는 내용이 포함되어 있는 점, ④ 피고 소속 공무원은 2021년 1월경 ⁠‘이 사건 매출처와의 매출세금계산서 4,897백만 원 전부 가공확정하고, 이 사건 매입처와의 매입세금계산서 5,493백만 원 전부 가공확정하였으나, 2018년 2기 부가가치세 및 2018 사업연도 법인세 부과 당시 반영되지 않은 부분이 있다는취지의 직권경정 검토보고서를 작성하였고, 위 보고서에는 ⁠‘당초 세무조사 담당자를 통해 내용 확인한 결과, 단순 착오로 인한 누락분으로 확인된다’는 기재도 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 처분은 원고가 당초 세무조사한 내용 중 일부를 착오로 누락하여 당초 부과처분을 함에 따라, 이러한 사실을 발견하고 당초 세무조사 내용과 일치하도록 즉시 부가가치세 및 법인세를 경정한 것으로서, 당초 부과처분의 동일성이 인정되는 범위 내에서 그 오류나 누락을 경정한 것에 해당한다고 봄이 타당하다.

3) 이에 대하여 원고는, 피고는 당초 부과처분에서 이 사건 매입액과 매출액을 실지거래로 인정하였는데 이를 번복하여 이 사건 매입액과 매출액이 가공거래에 해당한다고 보아 이 사건 부과처분을 하였고, 당초 세무조사 결과를 한 번에 통지하지도 않았으며, 추가 과세처분이 없으리라는 원고의 기대에 반하여 이 사건 처분을 하였는바, 이는 신의성실의 원칙에 위반된다고 주장한다. 그러나 일반적으로 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는, ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, ④ 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 할 것인데(대법원 2019. 1. 17. 선고 2018두42559 판결 등 참조), 앞서 본 것처럼 피고는 당초 세무조사한 내용 중 일부를 착오로 누락한 것에 불과하고, 그것이 이 사건 매입액과 매출액을 실지거래로 인정한다거나 이 사건 매입액과 매출액에 관하여는 과세하지 않겠다는 내용의 공적인 견해를 표명하였다고 볼 수 없고, 당초 부과처분을 받고 원고가 추가적인 과세처분이 없을 것이라고 기대하였다고 하더라도 그러한 신뢰가 보호할 가치 있는 신뢰에 해당한다고 보기도 어렵다. 또한 피고가 고의적‧의도적으로 당초 세무조사 결과를 나누어 통지하였다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

또한 원고는, 당초 세무조사에서 작성된 이 사건 문답서는 재조사가 허용되는 과세자료에 해당하지 않고[구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의4 제2항 참조], ⁠‘세무조사에서 확인된 것으로 조사대상자 외의 자에 대한 과세자료’에 해당하지 않아 과세예고통지 대상에도 해당하지 않는데(구 국세기본법 제81조의15 제1항 제2호 참조), 피고는 이 사건 문답서 등 당초 세무조사에서 작성하거나 취득한 자료를 토대로 이 사건 과세예고통지를 하였는바, 이 사건 과세예고통지는 국세기본법상 재조사 규정을 회피하기 위하여 위법하게 이루어진 것으로 실질적으로 재조사에 해당하고, 이 사건 처분은 구 국세기본법 제81조의4 제2항 각호에서 정한 사유 없이 실시된 위법한 재조사 또는 위법한 이 사건 과세예고통지를 기초로한 것에 해당하거나 근거과세 원칙에 위반되어 위법하다는 취지로 주장하나, 앞서 본 것처럼 이 사건 처분은 당초 부과처분의 오류나 누락을 경정한 것에 불과하고, 국세기본법상 재조사 사유 없이 실시된 재조사를 기초로 하였다거나, 근거로 사용할 수 없는 자료를 근거로 과세처분을 한 것으로 볼 수는 없다. 뿐만 아니라 구 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호는 ⁠‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’도 과세예고통지의 대상으로 규정하고 있고 피고는 당초 부과처분에 오류가 있음을 발견하고 이를 수정하기 위하여 이 사건 과세예고통지를 하였을 뿐 이를 통하여 원고에게 추가적인 조사를 실시하였다고 보기도 어려우므로, 이 사건 과세예고통지가 근거 없이 이루어진 것이라거나 국세기본법상 재조사 규정을 회피하기 위하여 이루어진 것으로 실질적으로 위법한 재조사에 해당한다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

나아가 원고는, 이 사건 처분은 당초 부과처분을 번복하여 추가로 고액의 과세를 한 것으로서 단순한 오류 경정에 해당하지 않는 점, 원고는 당초 부과처분에 대하여 추가적인 과세처분이 없을 것으로 기대하고 불복하지 아니하였던 점, 피고는 당초 부과처분의 불복청구기한이 도과하기 이전에 당초 부과처분에 오류가 있음을 알고 있었음에도 당초 부과처분을 취소하지 아니하고 이 사건 처분을 하였던 점 등을 고려하면, 이 사건 처분은 세무공무원의 재량권의 한계를 일탈‧남용한 것이라고 주장한다. 그러나 부가가치세법 제57조 제3항, 법인세법 제66조 제4항은 과세관청이 결정 또는 경정에 오류나 누락이 있는 것을 발견한 경우에는 즉시 이를 다시 경정하여야 한다고 규정하고 있고, 이에 따라 피고가 당초 부과처분의 오류나 누락을 경정하는 이 사건 처분을 하였음은 앞서 본 바와 같은 점, 피고가 이 사건 매입액과 매출액에 관하여 과세하지 않겠다는 공적인 견해표명을 하였다거나, 당초 부과처분에 대하여 추가적인 과세처분이 없을 것이라는 원고의 신뢰가 정당하다고 볼 수 없는 점, 피고는 2021년 1월경 당초 부과처분의 오류를 확인하는 직권경정 검토보고서를 작성하였다고 보일 뿐 피고가 당초 부과처분의 불복청구기한이 도과하기 이전에 당초 부과처분에 오류가 있었다는 것을 알았다고 볼 만한 뚜렷한 자료도 없는 점, 피고는 원고는 이 사건 매입액과 매출액에 관하여 허위 세금계산서를 작성하였다는 사실로 형사처벌을 받은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 처분이 세무공무원의 재량권을 일탈‧남용한 것이라고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 위 주장도 받아들이지 아니한다.

마. 제2 주장에 대한 판단

1) 세무공무원은 세무조사 진행 중 구체적인 세금탈루 혐의가 다른 세목까지 관련되는 것으로 확인되는 경우에 세무조사를 확대할 수 있지만, 그 사유와 범위를 문서로 통지하여야 한다(구 국세기본법 제81조의9 제1항, 제2항). 그런데 위 조항에 따라 범위의 확대를 제한받는 과세관청의 행위는 조사대상으로 통지한 세목 아닌 다른 세목에 관한 ⁠‘세무조사’이고, 다른 세목에 관한 과세처분이 아니다. 즉, 위 조항은 세무조사의 확대를 세목별로 제한할 뿐이고 과세처분의 확대를 세목별로 제한하고 있지는 않다.

따라서 과세관청이 조사대상으로 통지한 세목에 관한 세무조사를 통하여 수집한 과세 자료를 기초로 삼아 다른 세목에 관한 과세처분을 하더라도 그러한 사유만으로 과세처분이 위법하다고 단정할 수는 없고, 다만 다른 세목에 관한 과세처분을 할 의도로 세무조사에 착수하면서 피조사자를 오인시키기 위하여 그 다른 세목을 조사대상으로 통지하지 않는 등의 방법으로 세무조사권을 남용하여 적법절차의 원칙을 위반하였다고 볼 만한 특별한 사정이 있는 경우에 한하여 그 다른 세목에 관한 과세처분이 위법하다고 할 것이다.

2) 피고가 당초 세무조사를 통하여 원고가 2019. 9. 30.부터 2020. 1. 14.까지 실물거래 없이 매출 및 매입 세금계산서를 발행하거나 수취하였음을 확인한 사실, 피고가 위와 같이 확인한 사실을 기초로 2018 사업연도의 손금 및 익금을 다시 산정하여 법인세 과세표준액을 경정하는 당초 법인세 부과처분을 한 사실, 피고는 당초 법인세 부과처분에서 누락된 가공매출금액과 가공매입금액이 있음을 발견하고 그 누락된 부분을 반영하여 이 사건 법인세 부과처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

위 인정사실로부터 알 수 있는 아래의 사정들에 의하면, 당초 세무조사의 조사사유나 범위가 확대되었다고 볼 수 없으므로, 위 세무조사에 구 국세기본법 제81조의9를 위반한 위법이 있다는 원고의 제2주장도 받아들일 수 없다.

① 피고는 당초 세무조사의 조사대상 세목인 부가가치세와 관련하여 원고가 발급하거나 발급받은 세금계산서의 가공 여부만을 조사하였고, 그 외에 별도로 법인세의 과세요건사실을 조사하지 않았다.

② 피고가 원고에게 당초 세무조사의 조사대상 세목인 부가가치세가 아닌 법인세의 과세표준액을 경정하기는 하였지만, 이는 세무조사 종결 후에 법인세의 과세요건 충족 여부를 판단하는 과정에서 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 세금계산서의 기능에 근거한 것일 뿐 세무조사 당시에 법인세 고유의 과세요건사실을 조사하였기 때문이 아니다.

③ 피고가 당초 세무조사의 궁극적인 목적이 법인세를 부과하려는 데에 있음에도 불구하고 원고를 오인하게 할 의도로 조사대상 세목을 부가가치세로 한정하여 세무조사에 관한 사전통지를 하였다거나 세무조사를 실시하였다고 보기 어렵다. 그리고 원고가 그러한 통지나 조사 탓에 조사대상 사실에 대한 해명의 기회를 부당하게 박탈당하였다고 볼 수도 없다.

바. 제3 주장에 대한 판단

앞서 본 사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 과다매입액을 손금불산입한 이 사건 법인세 부과처분이 위법하다고 볼 수도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

① 원고의 대표자는 당초 세무조사 과정에서 이 사건 매출처에 매출세금계산서를 발급하고 받은 돈은 5일 이내로 매입세금계산서를 발급받은 이 사건 매입처로 송금한다고 진술하였다. 원고는 이 사건 매출처로부터 가공세금계산서 발행 및 수취에 관한 표를 받아 이를 기초로 가공세금계산서을 발행 및 수취하였고, 대략적으로 같은 금액의 매출세금계산서와 매입세금계산서를 발행 및 수취하려던 것으로 보인다. 실제로 원고의 금융거래내역을 보면 이 사건 과다매입액 상당의 현금이 사외로 유출된 것이 확인된다. 원고가 이 사건 거래처와 발행 및 수취한 세금계산서는 모두 허위인 것으로 조사되었고, 그와 같은 범죄사실로 원고와 원고의 대표자는 형사처벌도 받았다. 이와 같은 원고와 이 사건 매입처, 매출처 사이의 거래 형식과 특성, 현금유출내역 등에 더하여 가공의 매출세금계산서를 발행하더라도 같은 금액의 매입세금계산서를 수취하게 되면 세금적으로 문제가 없다는 말을 듣고 가공거래에 나아갔다는 취지의 원고 대표자 CCC의 진술 내용(을 제5호증 제3면 참조) 등을 종합하면, 원고는 이 사건 과다매입액 상당액을 손금으로 산입하였을 것으로 추단된다.

② 원고는 이 사건 과다매입액이 원재료 기말재고금액으로 과다계상되어 있다고 주장하면서 재고현황표(갑 제6호증)를 제출하였으나, 원고는 당초 세무조사에서는 위와 같은 주장을 하거나 위 재고현황표를 제출한 사실이 없고, 위 재고현황표는 실지재물조사를 통해 작성한 것이 아니라 원고가 매출원가율을 이용하여 추정한 수치에 불과하다고 보이므로, 위와 같은 자료만으로는 원고의 주장과 같이 이 사건 과다매입액이 원재료 기말재고금액으로 과다계상되어있다고 보기 어렵다.

③ 피고는 당초 부과처분에서도 원고와 이 사건 거래처 사이의 가공매출거래액에서 가공매입거래액을 뺀 금액, 즉 과다매입액을 손금불산입하여 당초 법인세 부과처분을 하였는데, 원고는 이에 대하여 별다른 불복조치를 취하지 않고 당초 법인세 부과처분에 따른 법인세액을 모두 납부하기도 하였다.

사. 제4 주장에 대한 판단

살피건대, 앞서 본 것처럼 이 사건 처분은 원고에 대한 세무조사 또는 재조사를 실시하여 전혀 새로운 과세처분을 한 것이 아니라, 부가가치세법 제57조 제3항, 법인세법 제66조 제4항에 따라 당초 부과처분에서 발견된 오류나 누락에 따라 이를 경정한 것에 불과하다. 여기에 앞서 라.항에서 본 바와 같은 여러 사정에 비추어 보면, 피고에게 당초 부과처분을 취소하고 이 사건 처분을 포함하여 새로운 부과처분 절차를 밟아야 한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.

출처 : 수원지방법원 2023. 10. 05. 선고 수원지방법원 2022구합77270 판결 | 국세법령정보시스템